1. 사실관계

○ 질의법인은 안경 제조업을 영위하는 법인으로 본점(공장)이 경북 구미시에 소재하며,

 - 2025년 11월 중 기회발전특구에 동일업종을 영위할 목적으로 2공장을 신축 완료(기회발전특구 지정 후 공사착수)하여 지점사업장 사업자등록 예정임

2. 질의내용

○ 기회발전특구에 지점사업장을 신설하는 경우 해당 사업장에서 발생하는 소득에 대해 “기회발전특구의 창업기업 등에 대한 감면”이 적용되는지

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제121조의33 【기회발전특구의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

① 기회발전특구에 2026년 12월 31일까지 제조업 등 대통령령으로 정하는 업종(이하 이 조에서 "감면대상사업"이라 한다)으로 창업하거나 사업장을 신설(기존 사업장을 이전하는 경우는 제외하며, 기회발전특구로 지정된 기간에 창업하거나 사업장을 신설하는 경우로 한정한다)하는 기업에 대해서는 제2항부터 제8항까지에 따라 소득세 또는 법인세를 감면한다.

② 제1항에 따른 기업은 감면대상사업에서 발생한 소득에 대하여 감면대상사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 그 사업에서 소득이 발생하지 아니한 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다)의 개시일부터 5년 이내에 끝나는 과세연도까지는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 제2항이 적용되는 감면기간 동안 감면받는 소득세 또는 법인세의 총합계액은 제1호와 제2호의 금액을 합한 금액을 한도(이하 이 조에서 "감면한도"라 한다)로 한다.

 1. 대통령령으로 정하는 투자누계액의 100분의 50

 2. 해당 과세연도에 제1항의 적용대상이 되는 사업장(이하 이 조에서 "감면대상사업장"이라 한다)의 상시근로자 수 × 1천5백만원[청년 상시근로자와 대통령령으로 정하는 서비스업(이하 이 조에서 "서비스업"이라 한다)을 하는 감면대상사업장의 상시근로자의 경우에는 2천만원]

④ 제2항에 따라 각 과세연도에 감면받을 소득세 또는 법인세에 대하여 감면한도를 적용할 때에는 제3항제1호의 금액을 먼저 적용한 후 같은 항 제2호의 금액을 적용한다.

⑤ 제3항제2호를 적용받아 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 감면받은 과세연도 종료일부터 2년이 되는 날이 속하는 과세연도 종료일까지의 기간 중 각 과세연도의 감면대상사업장의 상시근로자 수가 감면받은 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받은 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

⑥ 제3항 및 제5항을 적용할 때 상시근로자 및 청년 상시근로자의 범위, 상시근로자의 수의 계산방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 제1항을 적용할 때 창업의 범위에 관하여는 제6조제10항을 준용한다.

⑧ 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받은 기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 제12조의2제8항의 이자상당가산액 등에 관한 규정을 준용한다.

 1. 감면대상사업장의 사업을 폐업하거나 법인이 해산한 경우. 다만, 법인의 합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다.

 2. 감면대상사업장을 기회발전특구 외의 지역으로 이전한 경우

⑨ 제2항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

⑩ 제3항제2호에 따라 서비스업에 대한 한도를 적용받는 기업은 제143조를 준용하여 서비스업과 그 밖의 사업을 각각 구분하여 경리하여야 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제116조의36 【기회발전특구의 창업기업 등에 대한 법인세 등의 감면】

① 법 제121조의33제1항에서 "제조업 등 대통령령으로 정하는 업종"이란 다음 각 호의 업종을 말한다. <개정 2025.2.28, 2025.8.26>

 1. 제조업

② 법 제121조의33제2항에서 "감면대상사업에서 발생한 소득"이란 같은 조 제1항에 따른 감면대상사업을 경영하기 위해 기회발전특구에 투자한 사업장에서 발생한 소득을 말한다.

○ 조세특례제한법 제2조 【정의】

② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조제1항제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다.

○ 조세특례제한법 제3조 【조세특례의 제한】

① 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 다음 각 호의 법률에 따르지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다

 4. 「부가가치세법」

○ 부가가치세법 제6조 【납세지】

① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제8조 【사업장】

① 법 제6조제2항에 따른 사업장의 범위는 다음 표와 같다

 2. 제조업 : 최종제품을 완성하는 장소, 다만, 따로 제품포장만을 하거나 용기에 충전만을 하는 장소와 「개별소비세법」제10조의5에 따른 저유소는 제외한다

○ 부가가치세법 제8조 【사업자등록】

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제6조 【사업 개시일의 기준】

법 제5조제2항에 따른 사업 개시일은 다음 각 호의 구분에 따른다. 다만, 해당 사업이 법령 개정 등으로 면세사업에서 과세사업으로 전환되는 경우에는 그 과세 전환일을 사업 개시일로 한다.

 1. 제조업: 제조장별로 재화의 제조를 시작하는 날

 2. 광업: 사업장별로 광물의 채취ㆍ채광을 시작하는 날

 3. 제1호와 제2호 외의 사업: 재화나 용역의 공급을 시작하는 날