1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 2. 10. 원고에게 한 2020 사업연도 법인세 544,590,520원, 2021 사업연도 법인세 738,047,480원(각 가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 기술연구 및 용역 수탁업 등을 영위하는 법인으로, 구 조세특례제한법

(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제100조의32에 따른 미환류소득에 대한 법인세 납부의무를 부담한다.

나. 원고가 2018 내지 2020 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 계산할 때 공

제한 결손금은 아래 [표 1]의 당기공제액 기재와 같다.

다. 원고는 2019, 2020 사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 신고하면서, 해당 사업

연도의 결손금 전기이월액([표 1] 중 ‘전기이월액’)을 각 사업연도 소득에서 차감하는

방식으로 미환류소득을 산정하고, 이를 각 차기환류적립금으로 적립하여 해당 사업연

도의 미환류소득에서 공제하여, 2020 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 218,571,831원 및 2021 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 1,272,767,206원을 각 신고ㆍ납부하였다. 원고의 2018 내지 2021 사업연도 미환류소득 산정내역 및 2020, 2021 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 신고ㆍ납부내역은 아래 [표 2]와 같다.

라. 피고는, 미환류소득을 산정할 때 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을

계산하면서 실제 공제한 이월결손금을 초과하는 금액을 차감할 수 있으나 이전 사업연

도 미환류소득을 산정하면서 이미 차감한 이월결손금을 다음 사업연도 미환류소득을

산정하면서 중복 차감할 수는 없다는 전제에서, 2018 사업연도 미환류소득을 산정하면서 이월결손금 57,228,101,163원1)을, 2019 사업연도 미환류소득을 산정하면서 이월결손금 58,242,045,582원2)을 각 차감하는 방식으로 원고의 미환류소득에 대한 법인세를 계산하여, 2023. 2. 10. 원고에게 2020 사업연도 법인세 544,590,520원 및 2021 사업연도 법인세 738,047,480원(각 가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 피고의 원고에 대한 2018 내지 2021 사업연도 미환류소득 산정내역 및 2020, 2021 사업연도 미환류소득에 대한 법인세 경정ㆍ고지내역은 아래 [표 3]과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 2. 관계 법령

 별지 기재와 같다.

 3. 이 사건 처분의 위법 여부

 가. 원고의 주장

미환류소득을 산정할 때 차감하는 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’은 각 사업연도

소득에 대한 법인세 과세표준을 계산할 때 공제하는 이월결손금과 동일하게 ‘각 사업

연도 개시일 전 일정 기간 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의

각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액’을 의미하고, 이때 이월결

손금 공제한도 규정(법인세법 제13조 제1항 단서)은 적용되지 않는다. 기획재정부의 유권해석과 과세실무도 마찬가지였으며, 2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정된 조세특례법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목은 위와 같이 확립된 유권해석을 반영한 확인적 규정이다. 또한 미환류소득에 대한 법인세는 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 적용 국면이 상이하므로 ‘이월결손금의 중복차감 방지’라는 개념 자체가 성립할 수 없으며, 과세대상 미환류소득을 산정할 때 이월결손금을 차감 항목 중 하나로 병렬적으로 구성하면서 별도의 공제한도나 잔액을 관리하는 규정 또는 서식을 두지 않았다는 점도 이를 뒷받침한다. 따라서 이와 다른 방식으로 이월결손금을 차감하여 미환류소득을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 규정

1) 미환류소득에 대한 법인세 과세제도는 2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정된법인세법 제56조에서 도입되어 2015. 1. 1. 시행된 것으로, 2018. 1. 1.부터는 조세특례제한법 제100조의32에서 규정하고 있다.

구 조특법 제100조의32는 일정 규모 이상의 내국법인이 투자, 임금 등으로 환류하지

아니한 ‘미환류소득’이 있는 경우 그에 대하여 일정 비율의 법인세를 추가 납부하여야

한다고 규정하고 있다. 구 조특법 제100조의32 및 그 위임에 따른 구 조세특례제한법

시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제100조의32에 따르면, 각 사업연도 소득에 가산항목 합계액을 더하고 차감항목 합계액을 빼서 ‘기업소득’을 산정하고, 여기에 일정 비율을 곱하여 산출한 과세대상소득에서 임금증가액 등을 공제하여 ‘미환류소득’을 산정한 다음, 차기환류적립금과 이월된 초과환류액을 공제하고 법정 세율을 적용함으로써 미환류소득에 대한 법인세를 계산한다.

미환류소득을 산정할 때 차감하는 항목 중 ‘결손금’에 대하여, 구 조특법 시행령

제100조의32 제4항 제2호 라목은 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’이라고 규정하였다(이하 ‘이 사건 쟁점규정’이라 한다). 이후 이 사건 쟁점규정은 2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다’고 개정되었다(이하 ‘이 사건 개정규정’이라 한다).

2) 한편, 구 법인세법(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항 제1호는 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 계산할 때 공

제되는 이월결손금을 ‘제14조 제3항의 이월결손금 중 각 사업연도의 개시일 전 10년3)

이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로 제60조에 따라 신고하거나 제66조에

따라 결정ㆍ경정되거나 국세기본법 제45조에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손

금’이라고 규정하고, 같은 법 제14조 제3항은 ‘내국법인의 이월결손금은 각 사업연도의

개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제10조 제2항은 ‘법 제13조 제1항 제1호에 따라 결손금을 공제할 때에는 먼저 발생한 사업연도의 결손금부터 차례대로 공제한다’고 규정하고 있다.

또한 구 법인세법 제13조 제1항 단서는 ‘이월결손금에 대한 공제는 각 사업연도

소득의 100분의 60을 한도로 한다’고 규정하고 있는데, 위와 같은 이월결손금의 공제

한도는 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정된 법인세법 제13조 단서에서 도입되어

2016. 1. 1. 시행되었다.

다. 구체적 판단

1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해

석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다.

그렇지만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는

조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법

취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15.선고 2007두4438 판결 등 참조).

2) 앞서 인정한 사실, 을 제2 내지 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합

하여 인정되는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 쟁점규정의 ‘해당

사업연도에 공제한 결손금’은 그 문언에도 불구하고 ‘각 사업연도 소득에 대한 법인세

과세표준을 계산할 때 공제할 수 있는 누적 이월결손금 중 이전 사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 산정할 때 차감되지 않은 부분’을 의미한다고 해석함이 타당하다.

가) 이 사건 쟁점규정은 미환류소득을 산정할 때 차감할 결손금을 ‘법인세법 제

13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’이라고 규정하는데, 구 법인

세법 제13조 제1항 제1호, 제14조 제3항은 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개

시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때

공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로 공제한다고 규정하고 있다. 그런데 미환류소

득에 대한 법인세 과세제도가 도입될 당시의 법인세법은 이월결손금의 공제한도를 규정하고 있지 아니하였고, 이에 따라 법인세법 제13조 제1항 제1호의 이월결손금과 미환류소득 산정시 공제되는 결손금[구 법인세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26068호로 개정되고 2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제93조 제4항 제2호라목]이 일치하였다.

나) 이후 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정된 법인세법 제13조 단서에 이월

결손금의 공제한도 규정이 신설되면서 ‘공제할 수 있는 이월결손금’과 ‘실제 공제한 이

월결손금’이 개념적으로 구별되었는데, 미환류소득 산정시 공제하는 이월결손금에 관한

위 시행령 문언은 이를 구분하지 않고 그대로 유지되면서 이 사건 쟁점규정의 의미가

문제되었다. 이에 대하여 기획재정부, 국세청은 이 사건 쟁점규정의 ‘해당 사업연도에

공제한 결손금’의 의미를 실제 공제한 결손금이 아닌 ‘각 사업연도의 개시일 전 일정

기간 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준

계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라고 일관되게 해석하여 왔다(기획재정부 법인세제과-312, 2016. 3. 30.,6) 사전-2020-법령해석법인-1059, 2020. 12. 7. 등).

다) 이 사건 개정규정을 통하여 이 사건 쟁점규정의 문구가 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’에서 ‘해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금’으로 변경되었고, 이에 따르면 종전 유권해석 등의 내용과 같이 당해 사업연도에 공제되지 아니하고 누적되어 있는 이월결손금이 원칙적으로 미환류소득 계산시 기업소득에서 공제되는 이월결손금에

해당한다. 결국 이 사건 개정규정은 종전 유권해석에 따라 해석되어 온 이 사건 쟁점

규정의 의미를 확인하는 취지에서 개정된 것으로 봄이 상당하다.

라) 미환류소득에 대한 법인세 과세제도는 법인으로 하여금 소득을 투자 또는

임금 등으로 활용하도록 유도하는 성격의 조세제도로, 기업에 환류 여력이 있는 경우에 한하여 이에 대한 법인세를 추가적으로 과세하는 것이다. 그런데 이 사건 쟁점규정을 형식적으로 해석하여 ‘실제 공제된 결손금’만을 미환류소득 산정시 기업소득에서 공제할 수 있다고 본다면, 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 계산할 때 공제되는 않은 누적 이월결손금이 존재하여 실제로는 환류 여력이 충분하지 않은 경우에도 이를 미환류소득 산정시 기업소득에서 공제할 수 없게 되어 결과적으로 납세자에게 지나친 부담을 지우게 되는바, 이는 미환류소득에 대한 법인세 과세제도의 입법취지에 반한다고 할 것이다.

마) 따라서 미환류소득 산정에 관한 법령의 개정경과, 반복된 유권해석에 따른

납세자들의 신뢰보호, 미환류소득에 대한 법인세 과세제도의 입법취지 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건 쟁점규정의 ‘공제한 결손금’은 원칙적으로 ‘각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 계산할 때 공제할 수 있는 누적된 이월결손금’으로 해석함이 타당하다. 이 사건 처분 또한 동일한 전제에서 이루어졌음은 앞서 살핀 바와 같다.

바) 한편, 이 사건 쟁점규정에 따라 공제할 수 있는 누적된 이월결손금을 차감하

는 경우에도, 이전 사업연도 미환류소득을 산정할 때 이미 차감한 이월결손금을 다음

사업연도 미환류소득을 산정할 때 중복하여 차감하는 것은 허용되지 않는다고 보아야

한다. 그 이유는 다음과 같다.

(1) 이 사건 쟁점규정의 문언은 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당

사업연도에 공제한 결손금’이라는 것이고, 그 내용은 앞서 본 바와 같이 ‘공제한도의

적용이 없이 해당 사업연도에 공제할 수 있는 누적된 이월결손금’이다. 그런데 이 사건

쟁점규정을 ‘공제할 수 있는 누적된 이월결손금을 차감한다’는 것을 넘어서 ‘이전 사업

연도 미환류소득을 산정할 때 이미 차감한 이월결손금을 중복하여 차감할 수 있다’는

것으로 해석할 근거가 없다. 앞서 본 유권해석이나 개정된 법령 또한 이월결손금의 중복차감에 관한 내용을 포함하고 있지 아니하다.

(2) 이전 사업연도 미환류소득을 산정할 때 이미 차감한 이월결손금을 중복하

여 차감할 수 있다는 해석은 이 사건 쟁점규정에서 원용하는 ‘법인세법 제13조 제1항

제1호’가 적용되는 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 계산할 때에도 이월결손금의 중복공제가 허용되지 않는다는 점을 고려할 때 부당하다.

(3) 미환류소득을 산정할 때 이월결손금의 중복 차감을 허용하면 각 사업연도 소득에서 실제로 누적된 이월결손금을 초과하는 액수를 차감할 수 있게 되므로, 누적된

이월결손금이 없거나 적은 기업과의 과세형평에 비추어 불합리한 결과를 초래한다. 또한

누적된 이월결손금이 다액이라는 사정만으로 기업의 환류 여력이 부족하다고 볼 수 없

으므로, 이월결손금의 중복 차감을 허용하지 않는 것이 납세자에게 과중한 부담이 된

다고 보기도 어렵다.

(4) 2025. 3. 21. 기획재정부령 제1119호로 개정된 조세특례제한법 시행규칙

[별지 제114호 서식]은 미환류소득에 대한 법인세 신고서에 ‘이월결손금 기차감액’을

별도로 관리하는 서식을 신설하였는바, 이는 미환류소득의 중복 차감이 금지된다는 것을 확인하는 취지의 개정으로 보이고, 위 개정 이전에는 미환류소득을 제한 없이 중복하여 차감할 수 있었다고 볼 수 없다.

3) 결국 앞서 [표 2]에서 본 바와 같이 원고가 2018 사업연도 미환류소득을 계산

할 때 이월결손금 115,470,146,745원 중 57,228,101,163원을 차감하였음에도 이월결손금이 추가로 발생하지 않은 2019, 2020 사업연도 미환류소득을 계산하면서 각각 72,658,363,614원, 21,039,581,784원을 이월결손금으로 차감한 것은 35,455,899,816원(＝ 57,228,101,163원 + 72,658,363,614원 + 21,0319,581,784원 － 115,470,146,745원)상당의 결손금을 중복 차감한 것으로서 이 사건 쟁점규정에 반하는 계산인 반면, 앞서 [표 3]에서 본 피고의 계산은 이 사건 쟁점규정에 부합하는 것으로 판단된다(피고는, 당해 사업연도 소득에 대한 법인세를 계산할 때 실제로 공제한 결손금을 당해 사업연도 미환류소득을 계산할 때 그대로 차감해야 한다는 취지로도 주장한다. 그러나 피고는 이 사건 처분을 하면서 위와 같은 방식으로 미환류소득을 계산하지 않았고, 위와 같은 방식으로 원고의 미환류소득을 다시 계산하여 재처분하지도 않았으므로, 피고의 위 주장에 대해서는 더 나아가 판단하지 않는다).

4) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

 4. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결

한다.