[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2013.6.3.부터 ‘A’라는 상호로 개업하여 국내 암환자 등을대상으로 면역세포를 이용한 치료행위와 관련된 용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공하고 있는 개인사업자이다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2021.1.21.～2024.3.14. 기간 동안 청구인에 대한 개인통합조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구인이 동서관계에 있는 B 명의의 금융계좌(OOO, 이하 “쟁점계좌”라 한다)를 이용하여 매출액을 누락한 사실 등을 확인하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 이에 따라 청구인이 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 것으로 보아 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 위 매출누락액을 과세표준에 포함하여, 2024.1.4., 2024.7.8. 및 2024.7.12. 아래 <표1>과 같이 청구인에게 2016년 제2기〜2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2016년〜2020년 귀속 종합소득세 합계 OOO원을각 경정·고지하였다.

<표1> 이 건 부과처분 내역

000

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.3.29. 및 2024.9.30. 심판청구를제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건부과처분 중 2017년 제1기〜2018년 제2기 부가가치세 합계OOO원 및 2016‧2017년 귀속 종합소득세 합계 OOO원의 각 부과처분(이하 “쟁점처분”이라 한다)은 부과제척기간을 도과한 위법한 처분이므로 취소되어야 한다. 처분청은 청구인이 쟁점계좌를 통해 면역세포치료 요금 등을 지급받아 전달한 행위를 조세의 부과를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다고 보아 10년의 부과제척기간을 적용하였으나, 위 행위만으로는 청구인이 적극적 부정행위를 한 것으로 볼 수 없다.

  (가) ‘사기 기타 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 현저하게 곤란하게 하는 적극적인 행위를 의미한다.

   1) 「국세기본법」 제26조의2 및 같은 법 시행령 제12조의2 제1항에서 사기나 그 밖의 부정한 행위를 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에해당하는 행위라고 규정하고 있고, 「조세범 처벌법」 제3조 제6항은 ‘부정행위 등’이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 의미한다고 하면서, 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장(제1호), 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호), 장부와 기록의 파기(제3호), 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐(제4호), 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합례표의 조작(제5호), 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작(제6호), 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위(제7호)라고 각각 규정하고 있다.

   2)위 「국세기본법」 제26조의2는 2011.12.31. 개정 전까지 ‘부정행위’의 개념에 관하여 구체적으로 규정하지 않았으나, 개정 후에는 ‘부정행위’의 구체적인 내용과 행위 양태를 대통령령으로 정하도록 위임하였고, 그 위임에 따라 신설된 「국세기본법 시행령」 제12조의2에서는 ‘부정행위’를 「조세범 처벌법」 제3조 제6항의 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 하는 적극적 행위라고 명확하게 규정하고 있는바, 기획재정부가 2012년 7월 발간한‘2011 간추린 개정세법’에서도 그 개정이유를 부과제척기간 연장사유·부정과소신고가산세 중과사유(「국세기본법」)와 「조세범 처벌법」상 조세포탈 성립요건인 부정행위의 구체적 유형을 통일적으로 규정하기 위함이라고 분명하게 밝히고 있다. 따라서 「국세기본법」의 개정내용과 그 개정이유에 따르면 2011년 12월 「국세기본법」 개정 이후부터는 장기 부과제척기간의 적용사유와 「조세범 처벌법」상 조세포탈 성립요건인 ‘부정행위’는 의미가 통일되어 동일하다.

   3) 대법원도 장기 부과제척기간의 적용요건인 부정행위를 조세포탈죄의 부정행위와 동일한 의미로 파악해야 함을 명확히 하고 있다. 즉, 대법원은 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호의 ‘부정행위’는 형사처벌 법규인 조세포탈죄의 구성요건에 준하여 엄격해석되어야 하는것이므로 과세관청의 과세요건에 대한 증명책임 또한 의심의 여지가 없을 정도로 증명되어야 할 것이며 추정에 의한 과세는 허용되지 않는다는 점을 분명히 하고 있다(대법원 2014.5.16. 선고 2011두29168 판결 참조).

   또한, 대법원은 “구「국세기본법」 제26조의2 제1항의 입법취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도, 국세에 관한 과세요건 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에는 과세관청이 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기 어려우므로, 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다”고 설시한 후 구체적 사안에서 “이 사건 간주배당소득에 대한 조세포탈의 목적이 일부 있었던 것으로 평가할 수 있다고 하더라도, 피고가 주장하는 사정만으로는 원고가 소외인에 대한 명의위장 외에 적극적인 행위를 하였다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 특별한 사정이 인정되지 않으므로, 이 사건 간주배당소득에 관한 종합소득세에는 구「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호에서 정한 10년의 제척기간이 아니라 같은 항 제3호에서 정한5년의 제척기간이 적용되어야 한다”고 판결한 바 있다(대법원 2020.8.20. 선고 2019다301623 판결 참조).

   이상과 같이 「국세기본법」에 따른 ‘부정행위’는 「조세범 처벌법」 제3조에서 규정하는 조세포탈죄의 부정행위와 동일한 의미를 가지므로, 납세자에게 장기 부과제척기간을 적용하려면 해당 행위가 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위에 해당될 정도로 가벌성이 있는 세금탈루행위에 해당되어야 한다.

  (나) 이 건 조세범칙조사심의위원회는 청구인이 사기나 그 밖의 부정한 행위를 통해 국세를 포탈하지 않았다고 판단하여 ‘무혐의’로 처분하였다.

   1) 「조세범 처벌절차법」은 조세범칙사건을 공정하게 처리하기 위하여 지방국세청에 조세범칙조사심의위원회를 두며(제5조), 조세범칙조사에 대하여는 반드시 조세범칙조사심의위원회의 심의를 거쳐 조세범칙처분(통고처분, 고발처분, 무혐의 처분)을 하여야 한다고 규정하고 있는바(제14조 및 제15조), 조사청이 무려 약 40개월에 걸쳐 진행된 청구인에 대한 세무조사가 모두 종결되자 2024.5.17. 조세범칙조사심의위원회에 “청구인이 2016〜2020년 기간 동안 차명계좌를 이용하여 조세를 누락한 행위가 「조세범 처벌법」 제3조 제6항을 위반한 것”인지 여부에 관한 심의를 요청함에 따라 동 위원회는 조사청의 의견과는 달리 청구인이 사기나 그 밖의 부정한 행위를 통해 국세를 포탈한 사실이 없다고 판단하고 2024.6.5. 청구인에 관한 혐의내용에 대하여 “「조세범 처벌법」 제3조(조세포탈 등)에 해당하지 아니하여, 「조세범 처벌법」 제19조에 따라 무혐의 결정”한다고 의결하였다. 즉, 조세범칙조사심의위원회는 비록 청구인이 차명계좌를 사용함으로써국세를 일부 신고누락한 결과가 발생하였다 하더라도, 그것만으로 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저하게 곤란하게 한 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 할 수 없다고 판단한 것이다.

   따라서 청구인에게는 위 조세범칙심의위원회의 의결에 따라 통상의 부과제척기간(5년)이 적용되어야 하므로 처분청이 사기 그 밖의 부정한 행위에 따른 10년의 장기 부과제척기간을 적용하여 청구인에게한 쟁점처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

  (다) 자금담당 직원이 사업용으로 사용하고 있는 쟁점계좌로 면역세포치료대금 등을 수령하였다고 하여 그것이 곧바로 조세의 부과와 징수를 현저하게 곤란하게 하는 부정행위에 해당한다고 볼 수 없다.

   1) 청구인이 쟁점계좌를 사용한 이유는 청구인이 일본 출장으로 연평균 96일 정도 해외에 있게 되자 사업용 신용카드의 사용한도가 초과되어 즉시 결제하여야 하는 등의 긴급한 상황임에도 본인확인 절차등을 할 수 없어서 여러 차례 업무가 중단되는 경우가 발생함에 따라 부득이하게 쟁점용역을 제공하기 시작한 지 10개월 후 무렵부터(2016.6.16.) 쟁점계좌를 사업상 보조계좌로 함께 사용하기 시작하였을 뿐 결코 매출누락을 위한 차명계좌로 이용한 것이 아니다.

   2) 청구인은 환자들에게 OOO의 가격 및 조건을 안내할 때에도 사업용 계좌와 함께 쟁점계좌를 환자들의 납부계좌로 공개적으로 안내하였고, 쟁점계좌로 수령한 금전도 다시 사업용 계좌로 이체하거나 환자들에게 환불되는 대금으로 사용하였으며, 면역세포배양비 지급, 수탁경비 등의 지출, 사업관련 카드비용 납부, 세금납부 등 대부분이 사업용으로 사용되었고, 청구인은 환자들에게 쟁점계좌로대금 입금을 요구하거나 유도한 사실도 없으며 오로지 환자들의 자유로운 의사로 쟁점계좌를 이용하여 비용을 납부한 것이다.

   3) 또한, 청구인은 환자들이 쟁점계좌로 입금된 금전에 대하여 현금영수증 또는 세금계산서의 발급을 요청하면 그 금액 전액에 대하여 현금영수증을 발급하거나 세금계산서를 교부해 주는 등 쟁점계좌를 통해서 조세의 부과와 징수를 현저하게 곤란하게 하는 적극적인 행위를한 사실이 없고, 쟁점계좌는 빈번하게 해지 또는 갱신된 이력도 없을 뿐만 아니라 청구인 명의의 사업용 계좌와 상호 간의 입출금 내역도 상당하여 조사청의 이 건 세무조사에서도 금융조회 등을 통하여 용이하게 청구인이 수령한 대금의 총액과 내역 등을 포착할 수 있었다.

 (2) 청구인이 ㈜C와 체결한 ‘의료국제연계 보조업무계약(이하 “쟁점계약”이라 하고 그 계약서를 이하 “쟁점계약서”라 한다)에 따라 환자들로부터 수취한 알선 및 송출수수료에 대하여 부가가치세 영세율이 적용되어야 한다.

  (가) 국외에서 용역의 중요하고 본질적인 부분이 이루어진 경우에는 제공한 용역의 일부가 국내에서 이루어졌다고 하더라도 그 전체에 대하여 영세율이 적용되어야 한다.

   1) 부가가치세는 관세 및 조세에 관한 일반협정(GATT)상 소비지국 과세원칙이 적용되므로 부가가치세 납세의무도 원칙적으로 우리나라 과세권이 미치는 국내에서 공급되는 재화 또는 용역의 거래에 관하여 성립하므로, 「부가가치세법」은 어떠한 재화 또는 용역의 거래가 국내에서 이루어진 것인지 아니면 외국에서 이루어진 것인지를 판별하기 위하여 ‘공급장소’를 규정하고 있는바, ‘공급장소’는 부가가치세에 관한 과세권의 행사와 납세의무의 성립 여부를 판단하는 중요한기준점이 된다.

   2) 「부가가치세법」 제20조 제1항 제1호는 용역거래의 경우 ‘공급장소’를 ‘역무가 제공되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 장소’로규정하고 있으므로, 국외에서 역무가 제공되는 용역공급의 경우 「부가가치세법」상 공급장소는 국외이므로 해당 용역의 공급은 과세거래에해당되지 아니하여 영세율이 적용된다.

   3) 대법원은 이 건과 같이 환자들에게 제공되는 하나의 용역거래에 수개의 역무가 복합되어 제공되는 경우일 때의 ‘공급장소’의 판단기준과 관련하여 ‘내국법인이 제공한 단일한 용역의 중요하고 본질적인부분이 국외에서 이루어진 경우에는 제공한 용역의 일부가 국내에서 이루어졌다고 하더라도 용역의 제공장소는 국외로 보아야 한다’고 판시하고 있다(대법원 2016.1.14. 선고 2014두8766 판결 참조). 즉, 대법원은 국내 및 국외에 걸쳐 수개의 역무가 제공되는 전체적으로 하나의용역거래의 경우, 해당 용역의 중요하고 본질적인 부분이 어디에서 이루어진 것인지를 살펴서 용역의 공급장소와 납세의무 성립 여부를 판단하여야 한다는 분명한 법리와 판단을 밝히고 있다.

   4) 한편, 청구인과 ㈜C가 환자들에게 한국 및 일본에 걸쳐서 제공한 전체 면역세포치료 용역에서 가장 중요하고 본질적인 부분은 ㈜C가 일본에서 제공하고 있는 혈액에 대한 검사와 면역세포의 분리, 특허기술을 이용하여 암 치료에 효능이 있는 면역세포의 고농도 배양 및 면역세포 주사제의 생산 등과 같은 역무들이다. 환자들의 입장에서도 일본에서 제공되는 역무 부분이 전체 면역세포치료용역 중에서 가장 필요로 하는 역무의 핵심이며, 청구인과 맺은 계약에서 가장 중요한 내용과 목적으로 삼고 있는 것도 한국에서는 기술과 능력이 없어서 제공할 수 없는 면역세포를 고농도로 배양한 후 이를 주사하여 암치료를 받는 것이다.

   5) 따라서 청구인이 제공한 알선 및 송출, 채혈, 운송, 주사 등과 같은 역무들이 비록 국내에서 이루어졌다 하더라도 전체 면역세포치료용역의 중요하고 본질적인 부분(혈액에 대한 검사와 면역세포의 분리, 특허기술을 이용하여 암 치료에 효능이 있는 면역세포의 고농도 배양 및 면역세포 주사제의 생산)이 일본에서 이루어졌으므로, 그 「부가가치세법」상 공급장소는 국외인 일본이며 과세거래에 해당하지 아니하므로 전체적으로 영세율이 적용되어야 한다.

  (나) 설령 쟁점용역을 일본과 한국에서 각각 독립하여 제공한 둘 이상의 복수용역이라고 가정하더라도, 청구인이 한국에서 제공한 부분은 국내에서 국내사업장이 없는 외국법인에게 사업지원서비스를 제공한 것이므로 영세율이 적용되어야 한다.

   1) 쟁점용역을 일본에서 면역세포배양 용역을, 한국에서 치료환자 모집, 채혈, 주사 등을 각각 분담하여 제공한 둘 이상의 독립적인 복수용역에 해당한다고 가정하더라도, 청구인이 ㈜C의 접수창구가 되어 면역세포치료에 관한 이념과 방침 및 구체적인 치료방법의 설명, 환자 모집 및 송출, 배양일정 조정, 채혈, 주사 등의 역무를 반복적으로 제공한 것은 「부가가치세법 시행령」 제33조 제2항 제1호아목의 ‘사업지원 서비스업’에 해당한다. 즉, 통계청장이 고시한 한국표준산업분류표는 “고객의 요구에 의하여 청구서 작성, 기록활동, 인력 및 물자 분배 등의 일일 사무행정서비스를 종합적으로 제공하거나 기타 분류되지 않은 사무지원서비스업”을 기타사무지원 서비스업(75919)으로, 그 외 달리 분류되지 않은 사업지원서비스를 수행하는 산업활동 모두를 ‘그 외 기타분류안된 사업지원서비스업(75999)’으로 각각 규정하고 있는바, 청구인이 영위한 사업은 ‘사업지원서비스업’에 해당한다.

   2) 한편, 국세청은 청구인과 같은 사업방식으로 일본 면역세포요법을 대행하고 있는 사업에 관하여 ‘국내업체가 지급받는 알선 및 송출수수료에 영세율이 적용되어야 한다’고 유권해석(사전-2016-법령해석부가-287, 2016.8.17.)을 하고 있는바, 일본 면역세포요법을 대행한 대부분의 대행사들은 위 유권해석에 따라 알선 및 송출수수료에 대하여영세율을 적용받아 왔다. 위 대행사가 제공한 국내환자 간의 진료계약서 작성, 치료비 수령 대행, 국내환자의 혈액샘플 채취·기초검사 및 배송 등의 역무내용과 청구인이 한 역무의 내용이 동일하고, 위 유권해석의 사안과 동일하게 역무의 대가를 환자들로부터 지급받아 ㈜C에 송금할 금액에서 차감하는 방식으로 수수료를 지급받아 왔으며, 동 수수료는 전체비용의 10%로, 위 사안(상품총액의 63%)에 비하여 현저하게 적어서 「부가가치세법 시행령」 제33조 제2항 제1호아목의 취지에 오히려 부합하다 할 것이다.

   따라서 설령 면역세포치료 용역을 일본과 한국에서 각각 독립하여제공한 둘 이상의 복수용역이라고 가정하더라도, 청구인이 제공한 용역은 청구인이 ㈜C에게 사업지원서비스를 제공한 것이므로 부가가치세 영세율이 적용되어야 한다.

 (3) 청구인에게 귀속되는 정당한 부가가치세 과세표준은 거래상대방으로부터 받은 전체 금전 중 청구인이 제공한 용역과 대가관계가 있는 것이므로, 환자들로부터 수령한 금전 중에서 청구인이 지급편의를위하여 대신 수령한 진료비 및 채혈 주사료(OOO엔), 항공료(OOO원), 면역관문억제제 구입비용(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 공급가액에서 제외하지 아니하고 이를 전액 과세표준에 포함하여 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 위법하다.

  (가) 「부가가치세법」상 과세표준은 거래상대방으로부터 수취한 전체 금전 중에서 청구인이 공급한 용역과 대가관계에 있는 부분에 한정되어야 한다.

   1) 「부가가치세법」 제4조 제1호는 사업자가 제공하는 ‘용역의 공급’을 과세대상으로 규정하면서 용역공급의 부가가치세 과세표준을 제29조 제1항 및 제3항에서 금전으로 대가를 받는 경우에는 ‘그 대가’라고 하면서, 이때 ‘대가’란 ‘거래상대방으로부터 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함한다’고 규정하고 있는바, 사업자가 용역을 공급하면서 거래상대방으로부터 지급받은 금전이 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부는그 금전이 용역의 공급과 대가관계에 있는지에 따라 결정되고, 단순히 용역의 공급자가 거래상대방을 위하여 그가 부담해야 하는 금전을 용역의 대가와 구분하여 편의상 함께 수령하여 지급을 대행한 것에 불과하다면 그 금전은 용역의 공급과 대가관계에 있다고 볼 수 없다.

   2) 대법원도 사업자가 제공한 용역의 공급과 대가관계에 있는 금전상당액만을 과세표준으로 판단하였는바, 여행사인 원고가 그동안 원고와 고객들 사이에서 체결한 여행계약에서 여행알선수수료를 명시하지 않았다고 하여 고객들로부터 받은 여행요금 전액을 부가가치세 과세표준으로 보아 과세한 처분에 대하여, 여행요금에서 여행알선수수료에 해당하는 금원을 쉽게 분리할 수 있는 이상 알선수수료만을 여행알선용역에 대한 대가로서 부가가치세 과세표준이 된다고 보아 형식에 관계없이 실질적인 대가관계에 있는 금전만이 부가가치세 과세표준에 해당한다고 판단하였다(대법원 2021.2.10. 선고 2020두52566 판결 참조).

  (나) 처분청도 직권으로 경정‧결정을 통해 청구인이 제공한 용역과는 대가관계에 있다고 볼 수 없는 ‘면역세포 배양비’를 과세표준에서제외한 바 있다.

  처분청은 당초 서울지방국세청 과세사실판단위원회에서 의결하였음에도 청구인이 환자들로부터 받은 면역세포치료 요금 전액을 청구인에게 귀속되는 대가로 보아 청구인에게 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 부과하였으나, 1심 법원은 “청구인이 환자들로부터 수령하여 ㈜C에 지급한 면역세포 배양비에 해당하는 부분까지 청구인의 쟁점용역과 대가관계가 있다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 면역세포 배양비용은 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 하고, 이를 지적하는 청구인의 이 부분 주장은 이유 있다”고 판결하였다(서울행정법원 2023.7.14. 선고 OOO 판결 참조).

  이후 2심 법원도 1심 법원과 같은 취지에서 처분청의 부과처분에 관한 대가관계의 위법성을 지적하자, 이례적으로 재판이 계속되고 있는중에 처분청은 청구인의 금융계좌 등에서 면역세포 배양비로 지급된 금액 OOO원을 구분하여 이를 부가가치세 과세표준에서 차감하여 부가가치세 OOO원을 직권으로 감액하였는바, 이와 같이 처분청 스스로도 쟁점용역과 대가관계에 있는 금전만이 청구인에게 귀속되어야 한다는 사실을 충분히 인지하고 있는 것으로 보인다.

  (다) ‘면역세포 배양비’와 마찬가지로 청구인이 제공한 쟁점용역과 대가관계에 있지 아니한 채혈 및 주사료(OOO엔), 항공료(OOO원), 면역관문억제제 구매비용도 청구인에게 귀속되는 부가가치세 공급가액으로볼 수 없다.

   1) 청구인은 ㈜C를 보조하여 환자들의 모집, 송출, 요금수령 및 대금납입, 배양을 위한 채혈과 전달, 면역세포배양액의 수령 및 전달, 치료와 관련된 상세설명, 환자들로부터의 질의에 대한 답변 등과 같은 환자들에게 제공되는 전체 면역세포치료에 관한 보조역무와면역관문억제제 병행치료를 희망하는 환자들의 요청으로 OOO등의 주사제를 수배하여 구매를 대행해 주는 용역을 제공하였다.

  2) 청구인은 ㈜C와 청구인의 대행수수료를 ‘고객으로부터수령한 수탁금의 10%로 한다’고 약정하였고(의료업무제휴계약서 부칙 제2항), 그 약정에 따라 청구인은 환자들과 수탁금청구내역서를 작성하면서 OOO의 관련 요금을 상세하게 “면역세포배양비, 일본병원 진료비 및 채혈·주사료, 여행자와 가이드 교통비 및 식대, 가이드 항공료, 당사 알선수수료”로 각각 구분한 후 OOO과 관련하여 청구인이 보조업무를 수행하고 ㈜C로부터 지급받는 청구인의 몫을 3회치료 기준으로 ‘당사 알선수수료 10% OOO원’이라 명시하였다.

   3) 따라서 청구인이 환자들에게 제공되는 전체 면역세포치료에 관한 보조역무와 대가관계에 있는 금전은 알선수수료와 교통비와 식대상당액만으로 보아야 한다. 즉 청구인이 제공한 용역과 대가관계에 있지 아니하고 환자들의 지급 편의를 위하여 대신하여 지급받은 수탁경비에 해당하는 채혈 및 주사료(OOO엔), 항공료(OOO원)도 청구인에게귀속되는 부가가치세 공급가액으로 볼 수 없으므로 이를 부가가치세 과세표준에서 제외함이 타당하다.

   4) 또한, 청구인은 OOO을 신청한 환자들 중에서 면역관문억제제의 병행치료를 원하는 환자가 있으면 OOO또는 OOO를국내 병의원에서 수배하여 이를 환자들을 위해 구매대행을 해주고 환자들로부터 실제 구매비용(OOO원)에 대행수수료 상당액(OOO원)을 가산한 금액(OOO원)을 지급받았는바, 면역관문억제제와 관련하여 청구인이 환자들로부터 지급받은 금전은 청구인이 오랜기간동안 의료관광업을 영위하면서 알게 된 병의원 관계자들을 통하여 소매가격에 면역관문억제제를 조달하여 간호사 출장비용 등 관련 비용을 더한 가격으로 구매대행한 것이므로, 청구인에게 귀속되는 대가관계에 있는 금전은 대행수수료만 해당된다.

   즉, 청구인이 환자들에게 면역관문억제제를 판매하려고 하였다면 청구인이 수배한 억제제 원가의 2～3배 이상을 받아서 막대한 판매이익을 얻을 수 있었음에도 대행수수료 상당액(OOO 평균 OOO원,OOO OOO원)만을 취한 점만 보더라도 청구인이 거래 중간에 끼어든 행위가 판매 목적이 아니라 구매대행 목적이었음을 분명히 알 수 있다.

   5) 이상과 같이 부가가치세 과세표준은 대가관계에 있는 금전이므로, 재화가 공급자로부터 소비자에게로 공급되는 거래의 중간에 특정사업자가 소비자의 편의를 위하여 끼어든 행위가 어떤 목적이었는지에 따라 부가가치세 과세표준의 대상과 범위는 크게 달라진다.

나. 처분청 의견

  (1) 청구인은 쟁점처분이 부과제척기간을 도과하여 위법하다고 주장하나, 청구인이 차명계좌인 쟁점계좌를 사용하여 매출을 누락한 행위는 사기·기타 부정한 행위에 해당하므로 10년의 부과제척기간이 적용되어야 한다.

  (가)「국세기본법」 제26조의2 제1항은 국세의 부과제척기간을 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 납세자가 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로 국세를 포탈하는 경우 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 규정하면서 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호는 부정행위로 ‘장부의 거짓 기장’, ‘소득‧수익‧행위‧거래의 조작 또는 은폐’ 등을 열거하고 있는바, 청구인은 신고된 사업용 계좌가 있음에도 동서인 B 명의의 차명계좌를 이용하여 쟁점용역에 대한 대가 및 면역관문억제제 판매대금을 지급받았고, 해당 매출액을 부가가치세 과세표준에서 누락하였으며, 장부에도 해당 매출액을 기재하지 않아 ‘부정행위’로 국세를 포탈하였음이 명백하다.

  (나) 청구인은 「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사심의위원회 심의 결과에서 ‘무혐의 처분’을 받았으므로 ‘부정행위’가 없었다고 주장하나, 대법원에서는 조세범칙심의위원회의 무혐의 판단은 「조세범처벌법」 위반의 범칙 증빙이 불명확하다는 조세범칙심의위원회의 판단에 따른 것일 뿐이고, 형사사건과 행정사건에서의 입증의 정도나 방법이 다른 이상 이러한 점만으로 부당과소신고가산세의 과세요건이 충족되지 않았다고 보기는 어렵다고 판시하고 있다(대법원 2016.1.28. 선고 2015두55394 판결, 같은 뜻임).

  (다) 조사청의 청구인에 대한 세무조사는 조사청이 청구인의 조세포탈 사실을 인지한 것이 아니라 쟁점용역 이용자가 청구인이 수입금액을 차명계좌로 지급받고 있음을 신고하여 시작되었고, 주민등록등본만으로 청구인과 특수관계 여부를 알기 어려운 ‘청구인의 동서’ 명의의 쟁점계좌는 과세당국의 입장에서 쉽게 확인될 수 없는 계좌로서 해당 차명계좌의 사용은 특단의 사정이 없는 한 조세의 부과와 징수를불능 또는 현저히 곤란하게 한 적극적인 행위에 해당한다.

  (라) 부가가치세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식이므로 납세의무자가 스스로 적법한 신고를 하지 않는 이상 과세관청으로서는 그 탈루사실을 포착하기 어려운 점까지 감안하면 청구인이 차명계좌 사용과 장부의 거짓 기장을 통해 과세표준 신고를 누락한 행위는 ‘부정행위’에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

  (라) 또한, 처분청은 청구인에 대한 2016년 제1기 부가가치세 부과처분 시 청구인의행위를 부정행위로 보아 부당과소신고가산세를 적용하였고, 해당 부과처분에 대한 법원의 1심과 2심에서 부당과소신고가산세 적용이 정당한 것으로 판결한 바 있다.

 (2) 청구인은 쟁점용역의 제공을 영세율 적용대상이라고 주장하나, 청구인은 주된 지위에서 본인의 책임과 관리에 따라 쟁점용역을 국내에서 제공하였으므로 이에 대하여 영세율을 적용할 수 없다.

  (가) 청구인이 수행한 쟁점용역은 정상적인 의료관광업의 형태가 아니라 청구인의 사업구조가 변경된 이후에 청구인이 국내에서 암환자들에게 제공한 면역세포치료와 관련된 것이다.

 1) 「부가가치세법」 제22조는 ‘국외에서 공급하는 용역에 대하여는영세율을 적용한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제20조 제1항 제1호는 용역이 공급되는 장소를 ‘역무가 제공되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 장소’라고 규정하고 있으므로 과세권이 미치는 거래인지는 용역이 제공되는 장소를 기준으로 판단하여야 하는데, 용역의 중요하고도 본질적인 부분이 국내에서 이루어졌다면 그 일부가 국외에서 이루어졌더라도 용역이 공급되는 장소는 국내라고 보아야 한다(대법원 2016.2.18. 선고 2014두13829 판결 등, 같은 뜻임).

   2) 용역의 중요하고 본질적인 부분이 어디서 이루어진 것인지 살펴보면, 먼저 청구인과 암환자들 간에는 OOO 신청서에 따라 계약관계가 성립하는 반면, 암환자들과 일본의 ㈜C 사이에는 어떤 계약관계도 없었다. 실제로 청구인이 국내에서 암환자들의혈액을 채취하여 일본의 ㈜C에 전달하면 ㈜C는 ㈜D를 통해 해당 혈액의 면역세포를 배양하여 청구인에게 보내고, 청구인은 국내에서 간호사를 직접 구하거나 환자가 입원해 있는병원의 도움을 받아 면역세포가 배양된 혈액을 환자에게 주사하였다.

 3) 실제로도 청구인이 ㈜C에 의뢰하는면역세포 배양을 제외한 채혈‧주사 등 치료행위로 볼 수 있는 모든 과정이 청구인의 관리에 따라 국내에서 이루어졌다. 면역세포가 배양된 혈액은 「약사법」에 따른 의약품에 해당하고, 의약품을 국외 사업자로부터 공급받아 국내에서 환자에게 투여하여 치료하였으므로, 해당 용역의 중요하고도 본질적인 부분이 국외에서 이루어졌다고 볼 수 없다. 면역세포를 배양하는 것은 암환자의 치료를 위해 투여할 의약품을 생산하는 것으로서, 암환자 치료 과정에서 발생하는 부수적인 용역일 뿐이다.

   4) 위와 같은 점을 감안하여 청구인이 제기한 2016년 제1기 부가가치세 부과처분에 대한 행정소송에서도 1심 법원은 청구인이 ㈜C에게 단순한 ‘의료행위 알선용역’을 제공한 것이 아니라 국내의 환자들에게 ‘면역세포치료용역’을 제공하였으므로 쟁점용역이 부가가치세 영세율 적용대상이 아닌 것으로 판단하였다(서울행정법원 2023.7.14. 선고 OOO 판결 참조).

  (나) 또한, 청구인은 ㈜C와 체결한 쟁점계약 및 수탁금청구내역서 등을 근거로 청구인이 제공한 쟁점용역은 환자들에게 제공한 것이 아니라 일본의 ㈜C에게 제공한 것으로서 사업지원서비스업을 영위한 것이라고 주장하나, 청구인은 환자들에게 쟁점용역을 제공한 주체이지 단순히 일본의 ㈜C에게 사업지원서비스용역을 제공하는 것이 아니다. 쟁점용역에 관한 계약서류는 OOO신청서로서 동 신청서에는 국내암환자와 청구인만이 직접적인계약당사자로 기재되어 있을 뿐이다.

   1) 「부가가치세법」 제24조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제33조 제2항 제1호는 ‘외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서, 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에 사업지원서비스업(여행사 및 기타 여행보고 서비스업은 제외)에 해당하는 용역을 제공하고 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 경우에는 영의 세율을 적용한다’고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제22조 제2호는 ‘기획재정부령으로 정하는 방법이란 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에게 재화를 공급하거나 용역을 제공하고 그 대가를 해당 비거주자 또는 외국법인에게 지급할 금액에서 빼는 방법을 말한다’고 규정하고 있다.

   2) ㈜C는 국내 암환자들과 어떠한 법률관계도 형성되어 있지 않으므로 계약당사자인 청구인만이 쟁점용역에 대한 권한을 가지고 있고, 직접적인 치료행위 외 다른 부분(일정관리, 채혈, 운송, 배양세포 주입 등) 전부를 청구인이 직접 관리하고 있다. 따라서 ㈜C는 청구인이 쟁점용역을 제공하기 위해 필요한 의약품(면역세포가 배양된 혈액)을 생산하는 협력업체에 불과하다.

   3) 일본 국세청과 조세정보를 교환한 결과, ㈜C 측에서 쟁점계약서에 기초한 거래는 시행되지 않았고, ㈜C는 청구인이 한국에서 한 모든 업무에 대해서 책임이 없다고 회신하였으며, 실제로 청구인의 사업구조를 보더라도 계약내용대로 거래가 이루어지지아니한 사실이 확인되고, 청구주장과 같이 쟁점계약대로 거래가 시행되었다고 가정하더라도 쟁점계약서 제1조(갑‧을 쌍방의 역할) 제1호에서 ㈜C는 일본의 의료기관과 제휴하고, 한국의 환자를 접수하는 창구가 되어 청구인이 희망하는 진찰‧치료 등에 응하도록 규정하고 있어서 쟁점용역의 제공 주체가 청구인임을 확인할 수 있다.

   4) 또한, 쟁점계약서 제3조를 살펴보면 ‘치료비는 아래 표기한 금액으로 한다. 단 환자의 사정으로 일련의 치료행위를 도중에 중단한 경우에도 동일한 금액으로 한다’고 약정하고 있고, 같은 조 제2호는 ‘OOO과그 밖에 필요한 치료를 병행하는 비용은 실제 치료비를 청구인이 부담하도록 한다’고 약정하고 있으며, 같은 조 제3호는 ‘기타 치료비 및 검사료는 일본 의료기관의 규정에 따라 청구인이환자로부터 실제 치료비를 받아 부담하도록 한다’고 약정되어 있는바, ㈜C는 국내 암환자들과 어떠한 법률관계도 형성되어 있지 않고, 청구인의 의뢰를 받아 일본 소재 ㈜D에 면역세포 배양을 의뢰하고 그 결과를 전달받아 이를 다시 청구인에게 전달하는 역할만을 수행하였므로 청구인과만 법률관계가 형성되어 있다.

   5) 따라서 청구인은 국내 암환자와 OOO 신청서 작성을 통해 계약관계가 성립되고, 쟁점용역 제공을 위한 일정관리, 채혈, 운송, 배양세포 주사 등 모든 절차를 직접 관리하고 있으며, 청구인이 국내 암환자에게 국내에서 쟁점용역을 제공하는 과정에서 ㈜C에게 면역세포 배양만을 의뢰하고 있을 뿐이므로, 청구인은㈜C에게 사업지원서비스 용역을 제공하는 것이 아니라 국내 암환자에게 면역세포치료 용역을 제공한 것이다.

(다) 청구인이 쟁점용역의 공급을 영세율 적용 대상이라고 주장하는 근거로 삼고 있는 유권해석(사전-2016-법령해석부가-287, 2016.8.17.)을 신청한 법인의 역할은 일본 의료기관을 대신하여 국내 환자를 모집하고, 일본 의료기관과 국내 환자 간의 진료계약서 작성 등을 대행한 후 그 대가로 수수료를 받는 것이므로, 청구인의 역할과 계약 관계, 용역제공대상 등이 서로 상이하여 이를 이 건에 적용할 수 없다.

 (3) 청구인은 환자들로부터 수취한 금전 중 쟁점용역과 직접적인 대가관계가 없는 쟁점금액은 환자들의 지급 편의를 위하여 대신 수령한 것이므로 이를 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점금액은 ㈜C로부터 의료행위 알선수수료를 수취한것이 아니라 암환자들로부터 쟁점용역에 대한 대가 명목으로 수취한 것이므로 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 없다.

  (가) 청구인이 환자들로부터 수취한 금전 중에서 진료비 및 채혈‧주사료‧항공료, 면역관문억제제 구입비용은 청구인이 환자들의 지급편의를 위하여 대신 수령한 것으로 볼 수 없다.

   1) 「부가가치세법」 제29조 제1항은 ‘재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 제3항에서는 ‘제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다’고 하면서 제1호에서 ‘금전으로 대가를 받는 경우 그 대가’를 과세표준으로 규정하고 있다.

   2) 청구인이 암환자들로부터 수령한 금전 중 쟁점용역의 공급과 대가관계에 있는지 여부에 따라 부가가치세의 과세표준에 포함되는지가결정되는 것이고, 단순히 용역의 공급자가 거래상대방을 위하여 거래상대방이 부담하는 비용을 용역공급에 따른 대가와 구분하여 편의상 함께 수령하여 납부를 대행한 것에 불과하다면 그 비용은 용역의 공급과 대가관계에 있다고 볼 수 없다(대법원 2007.9.6. 선고 2007두9778 판결 등, 같은 뜻임).

   3) 청구인은 쟁점계약서에 기술된 내용을 근거로 ㈜C가 쟁점용역의 주된 지위에 있고, 청구인은 ㈜C에 환자들을 알선하고 배양 스케줄 조정, 항공편 예약업무, 통역업무, 채혈, 운송, 주사 등을 수행하는 보조적인 지위에 있다고 주장하나, 청구주장과는 달리 실제로 청구인이 쟁점용역의 주된 지위에 있고 ㈜C는 청구인이 제공하는 쟁점용역에서 의약품(면역세포가 배양된 혈액)을 생산하는 보조적 지위에 있을 뿐이다.

  (나) 청구인은 ㈜C와 청구인의 대행수수료를 고객으로부터 수령한 수탁금의 10%로 약정하였다고 주장하며 그 근거로 쟁점계약서 부칙 제2항 및 수탁금청구내역서 등을 제시하고 있으나, 동 자료 등은사실에 부합하지 아니하여 객관적인 증빙자료로 보기 어렵다.

   1) 청구인의 대행수수료는 고객으로부터 수령한 수탁금의 10%로 한다는 사실이 명시되어 있는 쟁점계약서 부칙에 의하면, 그 작성일자가 2021.3.29.로 기재되어 있고 ㈜C의 대표이사인 E의 서명이 포함된 확인서가 제출되었으나, 이후 일본 국세청과의조세정보를 교환한 결과, 쟁점계약서 자체가 계약내용대로 시행되지 않았음이 확인되어 해당 부칙을 고려해야 할 이유가 없다(실제로도 쟁점계약서 내용대로 청구인이 알선한 환자가 일본으로 출국하여 일본 소재 의료기관에서 진찰‧채혈‧면역세포가 배양된 혈액을 주사받는 행위 등이이루어지지 않았다).

   2) 청구인이 쟁점용역 제공 과정에서 환자들에게 제시하였다는 수탁금청구내역서는 이 건 조사과정에서는 제출되지 않았고, 2016년 제1기 부가가치세 부과처분에 대한 심사청구 시 최초로 제출되었는바, 이 건 조사과정에서 제출된 F의 ‘OOO 신청서’에는이 건 심판청구 및 종전 심사청구 시 제출된 ‘수탁금청구내역서’의 내용이 존재하지 아니하여 신뢰할 수 없다. 즉, 이 건 심판청구 시 제출된OOO 신청서 중 3/4페이지, 수탁금청구내역서 4/4페이지는 사후에 청구주장을 입증하기 위하여 임의로 작성된 것으로 보인다.

   3) 설사 위 수탁금청구내역서가 진실하다고 하더라도 실제로 암환자가 일본으로 출국하지 않았으므로, 수탁금청구내역서에 기재된 면역세포배양비를 제외한 일본병원 진료비 및 채혈‧주사료, 여행자와 가이드 교통비 및 식대, 가이드 항공료 등은 발생하지 아니한 반면, 국내에서 발생한 채혈‧주사료, 여행자와 가이드가 아닌 A직원의 교통비‧항공료 등이 발생하였을 뿐이다.

  (다) 따라서 청구인은 쟁점용역의 주된 지위에 있고, 일본의 ㈜C로부터 의료행위 알선수수료를 수취한 것이 아니라 암환자들로부터 직접 쟁점용역에 대한 대가를 수취한 것이므로 국내에서 발생한 채혈‧주사료, A 직원의 교통비‧항공료 등을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 없다.

  (라) 또한, 면역관문억제제의 경우 청구인은 암환자들을 위해 구매만을 대행한 것이므로 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다고 주장하나, 청구인의 사업구조는 일반적인 재화 판매업자의 거래형태를 따르고 있을 뿐만 아니라 물품대금과 구매대행수수료를 구분하여 받은 것으로 볼 만한 증거도 없으므로 청구인이 구매대행업을 영위하였다고 보기 어렵다.

   1) 구매대행사업은 “계약에 의하여 타인의 명의로 타인의 상품을 거래하는 것으로, 계약에 의하여 상품을 소비자 대신 구매하여 판매‧배송해주고 그에 따른 수수료를 이익으로 취하는 사업”을 말하는바, 청구인의 사업용 계좌 입‧출금 내역을 살펴보면, 청구인이 암환자들에게 구매대행용역을 제공한 것이라면 소비자로부터의 대금수취가 판매자에 대한 대금지급보다 선행되어야 함에도 청구인이 대금수취에 앞서 판매자에게 구매대금을 먼저 송금한 사례가 다수 발견된다.

   2) 한편, 구매대행용역에서는 발생하지 않는 재고수량이 발생하였으며, 판매자로부터 면역관문억제제를 공급받은 후 일정한 마진을 더해판매하는 구조로 일반적인 재화 판매업자의 거래형태를 따르고 있을 뿐만 아니라 물품대금과 구매대행수수료를 구분하여 받은 것으로 볼 만한 증거도 없고, 청구인은 면역관문억제제 공급대상인 환자들이나 면역관문억제제 판매자와 작성한 구매대행계약서 및 정산서, 구매대행내역서 등의 자료도 제시하지 못하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점처분은 부과제척기간을 도과하여 위법하다는 청구주장의 당부

 ② 청구인이 쟁점계약에 따라 환자들로부터 알선 및 송출수수료를 수취한 것 등이 영세율 적용대상인지 여부

 ③ 쟁점용역과 직접적인 대가관계 없이 수령한 쟁점금액을 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 국세기본법

  제26조의2(국세 부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」제 25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

  제47조의3(과소신고‧초과환급신고 가산세) ② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우 : 다음 각 목의 금액을합한 금액

 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등의 100분의 40

 나. 과소신고납부세액 등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액 등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

(2) 부가가치세법

  제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

제20조(용역의 공급장소) ① 용역이 공급되는 장소는 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 곳으로 한다.

1. 역무가 제공되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 장소

  제24조(외화 획득 재화 또는 용역의 공급 등) ① 제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.

3. 그 밖에 외화를 획득하는 재화 또는 용역의 공급으로서 대통령령으로 정하는 경우

  제29조(과세표준) ① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우 : 그 대가. 다만, 그 대가를 외국통화나그 밖의 외국환으로 받은 경우에는 대통령령으로 정한 바에 따라 환산한 가액

 (3) 조세범 처벌법

제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득·수익·행위·거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(4) 국세기본법 시행령

  제12조의2(국세 부과의 제척기간) ① 법 제26조의2 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 말한다.

(5) 부가가치세법 시행령

  제33조(그 밖의 외화 획득 재화 또는 용역 등의 범위) ② 법 제24조제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우를 말한다.

1. 국내에서 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에 공급되는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 사업에 해당하는 용역으로서 그 대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령으로 정하는 방법으로 받는 것. 다만, 나목 중 전문서비스업과 아목에 해당하는 용역의 경우에는 해당 국가에서 우리나라의 거주자 또는 내국법인에 대하여 동일하게 면세하는 경우(우리나라의 부가가치세 또는 이와 유사한 성질의 조세가 없거나 면세하는 경우를 말한다. 이하 이 항에서 같다)에 한정한다.

 아. 사업시설관리 및 사업지원 서비스업(조경 관리 및 유지 서비스업, 여행사 및 기타 여행보조 서비스업은 제외한다)

 (6) 부가가치세법 시행규칙

  제22조(대가의 지급방법에 따른 영세율의 적용 범위) 영 제33조 제2항 제1호 및 같은 항 제2호 단서에서 “기획재정부령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

2. 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인에 재화를 공급하거나 용역을 제공하고 그 대가를 해당 비거주자 또는 외국법인에 지급할 금액에서 빼는 방법

다. 사실관계 및 판단

 (1)처분청은 청구인에 대한 개인통합조사 및 조세범칙조사를 실시한 결과, 청구인이 아래 <표1>과 같이 동서인 B 명의의 쟁점계좌에입금된 매출액을 신고누락한 사실 등을 확인하여 청구인에게 이 건 부가가치세 및 종합소득세를 경정·고지하였다.

<표1> 과세연도별 매출누락금액 산정 내역

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 (2) 조사청은 당초 2021.1.21.부터 2021.2.19.까지를 조사기간으로 하여청구인의 2016〜2019년 과세연도에 대한 개인통합 세무조사를 착수하였으나, 세무조사 진행 중 청구인의 세무조사 중지 신청, 조사청의 직권중지, 조사기간 연장, 일본과의 국외정보자료 수집 등으로 인하여 조사기간이 2024.5.17.까지 연장되었는바, 청구인에 대한 개인통합조사의 진행 경과를 요약하면 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구인에 대한 개인통합조사 진행 경과

 (3) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가)청구인은 2013.6.3. A를 개업하고 구「의료법」 제27조의2에 따라 보건복지부에 외국인환자 유치업자 등록을 한 후, 외국인 환자를 대상으로 국내 의료기관 이용을 위한 진료예약·계약체결의 대리, 진료정보 제공 및 교통·숙박 안내 등 병원에서의 진료에 관한 편의를 제공하는 사업(서비스/의료관광)을 영위하였다.

  (나)이후 청구인은 2015.8.27. 일본국 도쿄도에 소재하는 ㈜C와 면역세포치료 요법에 관한 쟁점계약을 체결하고, 국내 암환자들을 대상으로 일본에서 시행 중인 면역세포요법의 치료이념과 방침, 구체적인 치료방법에 관한 정보 제공, 진료계약 대리, 일정조정 등 면역세포치료 요법과 관련된 쟁점용역을 제공하는 사업을 새롭게 추가하였는바, 쟁점계약서는 다음과 같다.

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  (다)청구인이 환자들에게 제공하는 ‘OOO 일본여행 설명서’에 의하면 다음과 같이 당초 쟁점용역과 관련된 일정은 ①㈜C와 체결한 쟁점계약을 기초로 ② 국내의 암환자들 중 면역세포 치료를 원하는 환자들을 모집하고, ③해당 환자들이 직접 일본으로 출국하여 ④㈜C가 제휴하고 있는 의료기관에서 채혈하고 한국으로 되돌아오면 ⑤해당 의료기관은 채취한 혈액을 ㈜C에게 전달하고, ㈜C는 이를 ㈜D에 전달하여 면역세포를 배양하게 한 후 ⑥면역세포가 배양된 혈액을 ㈜C가 다시 의료기관에 전달하면 ⑦국내 암환자가 일본으로 재출국하여 ⑧의료기관에서 면역세포가 배양된 혈액을 주사받고 귀국하는 것으로나타난다.

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  (라) 청구인은 당초 계획한 것과 달리 2016년 초 무렵부터 암환자들이 대부분 위중하거나 고령이어서 거동이 어렵다는 등의 이유로 사업구조를 사실상 다음과 같이 변경하였다. 즉, ① ㈜C와 체결한 쟁점계약을 기초로 ② 국내의 암환자들 중 면역세포 치료를 원하는 환자들을 모집하는 것까지는 동일하나, ③ 해당 환자들이 직접 일본으로 출국하지 않고 국내에서 채혈하고 ④ 채취된 혈액을 A의 직원이 일본으로 출국하여 ㈜C에 전달하면 ⑤ ㈜C는 ㈜D에 채취된 혈액을 전달하여 면역세포를 배양하게 한 후 면역세포가 배양된 혈액을 다시 전달받아 ⑥ 이를 일본에 재방문한 A의 직원에게 전달하면 ⑦ A에서 암환자가 입원해 있는 병원의 의료진 등을 섭외하여 면역세포배양 혈액을 암환자에게 주사하는 사업구조로 변경되었는바, 이에 대하여는 조사청과 청구인 간에 다툼이 없다.

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  (마)쟁점용역과 관련된매출은 대부분 면역세포 치료용역을 제공하는 부문과 면역관문억제제(OOO, OOO)를 판매하는 부문에서 발생하는 것으로 나타나는바, 청구인은 환자들로부터 용역대금을 동서지간인 B 명의의 쟁점계좌 또는 A의 사업용 계좌를 통하여 아래 <표3>‧<표4>와 같이 입금받은 것으로 조사되었는데, 처분청은 아래 <표5>와 같이 각 과세기간의 사업관련 입금액에서 ‘기신고액’과 ‘면역세포 배양을 위하여 ㈜C에게 전달한 금액’을 차감한 금액을 공급대가로 산정하여 이 건 처분을 하였다는 의견이다.

<표3> 쟁점계좌로 입금된 매출액

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<표4> 사업용 계좌로 입금된 매출액

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<표5> 이 건 처분시 적용된 공급대가

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  (바)청구인은 다음과 같은 증빙자료를 제시하고 있다.

   1) 청구인은 다음과 같이 ㈜C의 대표이사가 작성한 사실확인서 및 면역세포 배양비 수령확인서를 제시하고 있는데, 동 확인서에는 쟁점용역의 중요하고도 본질적인 행위는 면역세포배양이라는 내용이 포함되어 있다.

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   2) 청구인은 환자들에게 ‘OOO 시행에 관한 정보’라는제목의 안내서 및 환불정책 안내서 등을 배포한다고 주장하며 다음과 같은 안내서를 제시하였는데, 동 안내서상 A는 ㈜D 및 ㈜C의 한국 공식 대행사로 기재하고 있고, 비용 납부계좌로 A의 사업용 계좌 및 쟁점계좌가 게시되어 있는 것으로 확인된다.

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   3) 청구인은 청구인이 차명계좌를 이용하여 매출을 누락한 행위를부정행위로 볼 수 없다고 주장하며 조세범칙조사심의위원회에 대한 심의요청서 및 무혐의통지서를 각각 제시하고 있는데, 동 자료에 따르면 조사청은 2024.5.17. 「조세범 처벌절차법」 제5조에 따라 조세범칙조사심의위원회에 청구인의 차명계좌를 이용한 매출누락 행위가 「조세범 처벌법」 제3조 제6항을 위반한 것인지 여부에 관하여 심의를요청한 결과, 동 위원회는 청구인의 행위가 「조세범 처벌법」 제3조에 해당하지 아니하는 것으로 보아 같은 법 제19조에 따라 무혐의로 결정한 것으로 나타난다.

   4) 그 밖에 청구인은 OOO 일본여행 설명서, OOO 신청서, 수탁금청구내역서 및 OOO 배양결과보고서, 면역세포 배양비 수령확인서 등을 각각 제시하고 있는데, 청구인은 2021.8.30. 다음과 같은 수탁금청구내역서 및 면역세포 배양비 수령 확인서에 대하여 조사청에 문서감정을 신청한 결과, 동 문서들이특별히 위조·변조되었거나 문서에 지워진 문자나 부분이 있다거나 작성시기가 사실과 다른 점이 없음이 확인되었다.

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 (사)청구인은 2022.1.3. 처분청이 2022.71. 청구인에게 한 2016년 제1기 부가가치세 부과처분에 불복하여 행정소송(서울행정법원 OOO)을 제기하였고, 동 소송은 1심‧2심 법원을 거쳐 2025.3.13. 3심 법원에서 심리불속행 기각으로 선고되었는바(대법원 OOO 판결), 위 1심‧2심 법원의 주요 판결 내용은 다음과 같다.

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 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점처분이 5년의 부과제척기간을 도과하여위법하다고 주장하나, 「국세기본법」 제26조의2에서 국세의 부과제척기간을 기본적으로 5년, 무신고한 경우는 7년, 사기 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하는 등의 경우는 10년으로 각각 규정하고 있고, 이 경우 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말한다고 할 수 있는바,

 청구인이 차명계좌인 쟁점계좌를 이용하여 이 건 용역대금 및 면역관문억제제 판매대금 등을 지급받고도 해당 매출액을 부가가치세 과세표준 신고에서 누락하였고, 장부에도 위 매출액을 기재하지 아니한 점, 부가가치세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식이므로 납세의무자가 스스로 적법한 신고를 하지 않는 이상 과세관청으로서는 그 탈루사실을 포착하기 어려워 보이는 점, 청구인이 「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사심의위원회 심의 결과에서 ‘무혐의 처분’을 받았다고 하더라도 조세범칙심의위원회의 무혐의 판단은 「조세범 처벌법」 위반의 범칙 증빙이 불명확하다는 조세범칙심의위원회의 판단에 따른 것일 뿐이고, 형사사건과 행정사건에서의 입증의 정도나 방법이 다른 이상 이러한 점만으로 부정행위에 해당하지 아니한다고 단정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 차명계좌를 이용하여 매출을 누락한행위가 부정행위에 해당하는 이상, 처분청이 10년의 부과제척기간을 적용하여 한 쟁점처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 (5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 영세율과 관련하여쟁점계약에 따라 환자들로부터 수취한 알선 및 송출수수료를 영세율 적용대상으로 보아야 한다는 주장 등을 하고 있으나, 「부가가치세법」 제20조 제1항 제1호는 용역이 공급되는 장소를 ‘역무가 제공되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 장소’라고 규정하고 있으므로 과세권이 미치는 거래인지 여부는 용역이 제공되는 장소를 기준으로 판단하여야 하고, 이때 외국법인이 제공한 용역의 중요하고도 본질적인부분이 국내에서 이루어졌다면 그 일부가 국외에서 이루어졌더라도 용역이 공급되는 장소는 국내라고 보아야 할 것(대법원 2016.2.18. 선고 2014두13829 판결 등, 같은 뜻임)인바, 쟁점용역은 ㈜C가 아닌 환자들에게 ‘면역세포치료용역’을 제공하는 것이고 그 핵심적인 부분인 환자들에 대한 채혈, 주사 등 치료행위나 그에 부수된 것으로 볼 수 있는 행위가 모두 국내에서 이루어진 것으로 조사된 점 등에 비추어, 환자들에게 제공된 쟁점용역의 중요하고 본질적인 부분이 이루어진 곳은 국내라고 봄이 타당하므로, 위 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

 (6) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 환자들로부터 수령한 금전 중에서 쟁점용역의 공급과 대가관계 없이 지급 편의를 위하여 대신 수령한 쟁점금액을 공급가액에서 제외하여야 한다고 주장하나, 쟁점금액 중 면역관문억제제 구입비용의 경우 청구인은 2016년부터 암치료에 사용되는 고가의 면역관문억제제인 OOO, OOO를 환자들의 의뢰를 받아 여러 판매처로부터 구입한 것이라고 하나, 환자들의 의뢰수량과 청구인의 구매수량이 일치하지 않고, 재고 수량이 적지 아니하여 이를 구매대행 과정에서 일시적으로 발생한 것으로 보기 어려울 뿐만 아니라 실제 청구인이 환자들로부터 약제 구매대금과 구매대행 수수료를 구분하여 수령하거나 따로 관리하지 않았던 점 등을감안하면 청구인이 환자들에게 면역관문억제제의 구매대행 용역을 공급한 것으로 보기에는 그 근거가 부족하여 그 구입비용을 공급가액에서제외하기 어려워 보이는 점, 진료비 및 채혈 주사료(OOO엔)의 경우 실제로 면역세포 배양을 제외한 나머지 채혈, 주사 등 치료행위로 볼 수 있는 과정이 모두 청구인의 관리에 따라 국내에서 이루어진 쟁점용역과 관련하여 발생한 것으로 보이는 점, 나머지 항공료(OOO원)의 경우도 청구인이 실제 쟁점계좌 등에 항공료 명목으로 위 금액이 입금되었는지 여부를 객관적으로 입증하지 못한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점금액을 공급가액에서 제외하여야 한다는 청구주장도 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.