[주 문]

OO세무서장이 2024.1.17. 청구법인에게 한 2019〜2021사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 물류업을 영위하는 법인 사업자로, 2019.5.13. 충청북도 진천군 OOO에 ‘OOO’(이하 “쟁점시설”이라 한다)이라는 명칭으로 지상 4층, 연면적 합계 184,308.77㎡ 규모의 창고시설용 건축물의 건축허가를 받고, 2022.5.6. 쟁점시설에 관한 사용승인을 받았다.

청구법인은 쟁점시설이 「조세특례제한법 시행규칙」별표5 제4호의 ‘창고시설 등’에 해당한다고 보고, 그 투자가 완료된 2022사업연도의 법인세 신고 시 그 투자금액에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제24조 제1항에 따른 통합투자세액공제를 적용하였다가, 이후 2023.6.30. 쟁점시설과 경상남도 양산시에 설치한 ‘OOO’의 각 투자에 관한 세액공제의 적용시기를 ‘투자가 이루어진 사업연도’로 변경하여 2019〜2021사업연도 법인세의 경정청구를 제기하였다.

나. 처분청은 2024.1.17. ‘OOO’의 투자금(약 OOO원) 및 쟁점시설에 설치된 기계장치의 투자금(약 OOO원)은 조특법 제24조 제1항 제1호 가목에 해당한다고 보아 경정청구를 인용하고, 쟁점시설(건물 및 구축물 부분으로, 투자금은 약 OOO원임)은 ‘보관과 저장’을 주목적으로 하는 조특법 시행규칙 [별표5] 제4호(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 따른 ‘창고’에 해당하지 아니하여 조특법 제24조 제1항 제1호 나목의 요건을 충족하지 못한다고 보아 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.2.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 쟁점시설은 상품의 보관ㆍ저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 창고시설로서 쟁점규정에 따른 유통산업합리화시설에 해당하므로, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.

 (1) 쟁점규정은 본문과 괄호로 구성되어 있고, 괄호는 본문 외의 사항을 “포함한다”로 규정하고 있는바, 쟁점규정의 적용대상은 「건축법 시행령」별표1 제18호 가목의 ‘창고’에 한정되지 아니한다.

 쟁점규정은 아래와 같이 창고시설 등에 관하여 “물품의 보관ㆍ저장 및 반출을 위한 창고로서 「건축법 시행령」 별표 1 제18호 가목의 창고(상품의 보관ㆍ저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 창고시설을 포함한다)” 등으로 정의하고 있다.

 이는 「건축법 시행령」별표1 제18호 가목의 창고(이하 “가목 창고”라 한다)와 별개로 상품의 보관·저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 창고시설(이하 “괄호 조항”이라 한다) 역시 유통산업합리화시설에 해당함을 의미한다.

 세법에서 아래와 같이 여러 곳에서 괄호의 규정을 두는 경우가 있는데, 괄호 조항은 본문과는 다른 것을 본문의 정의에 포섭할 때 사용된다. 예를 들면, 조특법 제6조 제2호에서 본문에는 제조업을, 괄호에는 유사제조업을 포함하는 것을 규정하고 있는데, 유사제조업은 제조업이 아닌 것을 전제한다.

 이 건에서도 본문의 가목 창고와 괄호의 ‘시스템화된 창고시설’은 각각 별개의 것으로 보아야 하고, 쟁점시설의 건축물대장 일부 층의 세부용도가 “물류터미널”이라 하더라도 쟁점시설은 괄호 조항에 해당하므로 유통산업합리화시설에 해당한다고 봄이 타당하다.

 (2) 물류산업의 육성이라는 입법취지를 고려하면, 쟁점시설은 유통산업합리화시설로 보는 것이 타당하고, 기존 유권해석(국세청 법인세과-1005, 2010.10.29.)은 물류터미널을 유통산업합리화시설로 인정한 바 있다.

 조특법 시행규칙은 세액공제를 적용하는 투자의 범위에 대하여 종전에는 시스템화된 창고시설만을 규정하였다가 아래와 같이 2004.3.6. 개정시 일반 창고시설까지 확대하면서 종전 규정은 괄호의 형태로 유지하였다. 쟁점시설은 쟁점규정의 괄호에 해당하는 ‘상품의 보관ㆍ저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 창고시설’로서 개정 전에도 세액공제 대상이었고, 그 범위의 확대취지에 비추어 보더라도 쟁점규정의 적용대상으로 보는 것이 타당하다.

 국세청 유권해석(법인세과-1005, 2010.10.29.)도 물류터미널을 유통산업합리화시설로서 투자세액공제 대상으로 해석하였다.

 (3) 건축물의 주용도가 ‘물품의 장기보관’인 창고만을 유통산업합리화시설로 보는 것은 입법취지에 맞지 않는 해석이다.

 쟁점시설은 물량 분산 최적화 시스템 등 최첨단 장비를 도입하여 각 거점으로 이동하기 전까지 상온 화물은 쟁점시설의 1층 및 3층에, 냉장(냉동)화물은 1층에 평균 12시간의 보관을 거쳐 반출이 자동적으로 이루어지도록 설계되었고, 이는 경정청구 현장실사 시에도 확인된 사항이다.

 쟁점시설은 건축물 사용승인서, 건축물 허가신청서, 스마트물류센터 인증 신청서 및 건축물대장 등 다수의 서류상 쟁점시설의 주용도가 창고시설로 확인되고 있으며, 조특법 시행규칙 별표5도 “창고시설”을 유통산업합리화시설로 본다는 점에서 쟁점시설은 통합세액공제 대상에 해당한다.

 처분청은 경정청구 거부처분의 이유로 쟁점시설의 속성이 물류터미널로서 물품의 장기보관이 이루어지지 않는다는 점을 들고 있으나, 쟁점시설의 주된 기능이 물품의 장기보관이 아니라면 유통산업합리화시설로 볼 수 없다는 해석은 유통산업 투자를 장려하고 이에 대해 혜택을 부여하려는 법의 취지에 어긋난다. 그 해석대로라면 물류흐름을 효율화한 쟁점시설은 유통산업합리화시설이 아니고, 단순 보관만을 위한 일반 창고만 유통산업합리화시설에 해당된다는 불합리한 결론으로 귀결되며, 쟁점규정에서 괄호 조항을 두는 의미가 퇴색된다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점시설은 물품을 ‘보관·저장’하려는 ‘창고’의 목적이 아니라 물품을 ‘지역별로 분류’하여 ‘해당 지역 물류망으로 연계’하는 것을 목적으로 운영되는 시설인바, “「건축법 시행령」별표1 제18호 가목”의 “창고”에 해당하지 아니하므로, 쟁점시설이 통합투자세액공제 대상에 해당하지 않는다고 본 이 건 처분은 적법하다.

 청구법인이 제출한 쟁점시설 소개자료의 ‘화물흐름도’를 보면, 화물이 ‘2층 하차 후 AI3 분류를 통해 중대형, 소형, 이형으로 분류한 후 목적지별 출고 슈트로 배출’되는 흐름을 거치고 있을 뿐, 일반적인 보관·저장의 과정을 거치지 아니한다.

 집화한 물품이 각 지역으로 분류될 때까지 또는 분류 물량을 초과하는 경우 일시적으로 머물러있다가 반출되는 것이지, 이것을 보관·저장 목적의 창고라고 볼 수 없다.

이것은 “보관·저장 및 반출을 하기 위한 창고시설”로서 조특법상 창고시설로 인정된 청구법인의 다른 투자시설인 “OOO”[해당 센터의 자동화설비는 입고⇒자동화창고(입고․보관․출고)⇒피킹⇒검수․출고의 과정별로 설치되어 있다]와 비교하여 보면 쟁점시설은 보관·저장 목적의 창고와는 목적이 다른 시설임을 확인할 수 있다.

 (2) 청구법인의 주장에 대하여 처분청이 반박한 내용은 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 장기보관만 하는 창고만 조특법상 창고시설로 보는 것은 비합리적이고, 단기보관 창고도 창고시설에 해당한다고 주장하나, 앞서 언급했듯이 쟁점시설은 장·단기 보관 여부를 떠나 저장·보관 목적의 시설이 아니므로 조특법상 창고시설에 해당하지 않는다.

  (나) 청구법인은 쟁점시설에서 상품의 보관․저장이 이루어지고 있고, 분류장으로 사용하더라도 보관･저장이 필수적으로 동반된다고 주장하나, 택배물건의 배송지 분류를 위해 분류장에 일시적으로 머무르는 것을 저장･보관으로 보아 ‘창고’라고 하는 것은 지나친 확대해석이고, 쟁점규정상으로도 “물류터미널”이나 “집배송 시설”은 공제대상에 포함되지 아니한다.

  괄호 조항은 단지 자동 시스템화된 창고도 세액공제 대상에 포함한다는 것일 뿐, 시설의 주된 목적이 ‘상품을 보관·저장 및 반출’이어야 함은 마찬가지이므로, 상품의 분류가 주된 목적인 쟁점시설까지 포함한다고 볼 수 없다.

  (다) 쟁점규정의 조문을 보아도 공제대상인 ‘창고시설 등’은 「건축법 시행령」별표1 제18호 가목의 단순 창고만을 의미하는 것이지, 다목의 ‘물류터미널’이나 라목의 ‘집배송 시설’은 포함되지 아니한다.

  청구주장대로 쟁점시설이 물류터미널로서 창고 기능을 필수적으로 동반하고, 유통의 효율성을 높여주기 때문에 공제대상에 해당한다면, 「건축법 시행령」별표1 제18호 가목의 ‘창고’뿐만이 아니라 다목의 ‘물류터미널’ 역시 공제대상에 포함되어 있어야 할 것이나, 쟁점규정에서 공제대상으로 「건축법 시행령」별표 1 제18호 가목만을 규정하고 있는 점을 보면, 해당규정의 취지는 보관･저장을 위한 창고시설만을 세액공제대상으로 인정하기 위한 것으로 보인다.

  즉, 법령 문언상 공제대상인 창고시설 등은 보관·저장을 주된 기능으로 하는 시설만 인정하겠다는 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점시설이 통합투자세액공제 대상인 조특법 시행규칙 별표5 제4호에 따른 ‘창고시설 등’에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 등: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 심리자료의 내용은 아래와 같다.

  (가) 쟁점시설의 건설과 관련하여, 2019〜2021사업연도 중 건물 및 구축물에 대하여 OOO원이, 기계장치에 대하여 OOO원이 각각 투자되었고, 처분청은 기계장치 투자금(OOO원)은 조특법 제24조 제1항 제1호 가목(기계장치 등 사업용 유형자산)에 해당한다고 보아 경정청구를 인용하고, 쟁점시설(건물 및 구축물 부분으로, 투자금은 약 OOO원임)은 조특법 제24조 제1항 제1호 나목 및 쟁점규정의 ‘창고’ 요건(「건축법 시행령」별표1 제18호 가목)을 충족하지 못한다고 보아 경정청구를 거부하였다.

  (나) 쟁점시설의 현황에 대한 내용은 아래와 같다.

   1) 쟁점시설의 외관은 아래와 같다.

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   2) 쟁점시설의 1․2층의 내부사진은 아래와 같고, 처분청은 해당 시설이 택배화물의 ‘분류장’으로 사용되고 있다고 보고 있다.

<다음 쪽 그림 삽입을 위한 여백>

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   3) 쟁점시설에 관한 일반건축물대장상의 표시 및 처분청이 현장확인 시 확인한 용도는 아래 <표>와 같다.

<표> 쟁점시설의 건축물대장 표시 및 처분청 현장확인 결과

   4) 충청북도 진천군수가 2019.5.13. 발급한 “건축․대수선․용도변경 허가서”에 따르면, 주용도는 “창고시설”로 되어 있고, 터미널동(연면적 181,994.69㎡)․보안동(연면적 2,219.43㎡)․경비실(연면적 94.65㎡)의 3개동으로 구성되어 있으며, 청구법인이 2024.2.14. 인증기관의 장에게 제출한 스마트물류센터 인증 신청서에는 쟁점시설의 용도가 “창고시설”로 기재되어 있다.

   5) 청구법인의 쟁점시설에 대한 설명자료에 따르면, 기존에는 “집배센터⇒발송 터미널⇒도착터미널⇒집배센터”의 방식으로 각 지역 터미널마다 개별적으로 택배를 선별․분류하여 각각 다른 지역 터미널로 이동하여 4단계의 이동경로를 거쳤는데, 쟁점시설을 건설함으로써 전국의 택배를 쟁점시설(OOO)에 집화한 후 자동분류시스템 등을 이용하여 선별․분류하여 쟁점시설에서 최종 집배센터로 직접 배송하는 방법으로 배송단계를 축소한 것으로 나타나고, 쟁점시설의 1․2층에서 택배를 분류하는 시스템은 아래와 같다.

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  (다) 관련 법령의 내용 및 연혁은 아래와 같다.

   1) 조특법 시행규칙 별표5의 개정내용

   2) 「건축법 시행령」별표1의 개정내용은 아래와 같다.

  (라) 청구법인은 2024.2.29. 기획재정부에 이 건의 쟁점과 관련한 유권해석을 신청하여 2024.10.8. 아래와 같이 회신(조세특례제도과-874, 2024.10.8.)받은 것으로 나타난다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

 처분청은 「건축법 시행령」별표1 제18호 가목의 ‘창고’는 물품의 ‘보관·저장’이 주된 목적인 건축물이나, 쟁점시설은 물품을 지역별로 분류하여 지역 물류망으로 연계하는 시설이어서 ‘창고’에 해당하지 아니한다는 등의 이유로 쟁점시설이 통합세액공제대상에 해당하지 아니한다는 의견으로 이를 나누어 살펴보면,

 처분청은 쟁점규정(조특법 시행규칙 별표5 제4호) 괄호의 “상품의 보관·저장 및 반출이 자동적으로 이루어질 수 있도록 시스템화된 ‘창고시설’”이 창고 건축물은 포함되지 않고, 단순 창고 내부의 기계설비등만을 의미한다는 의견이나, 「건축법 시행령」에서 ‘창고시설’, ‘집배송시설’ 등 건축물을 지칭할 때 ‘시설’이란 표현이 사용되고 있고, 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에서도 물류터미널 등을 ‘물류시설’의 구성항목으로 표현하고 있어, 관련 법령에서 ‘시설’이라는 표현은 건축물을 포함하는 의미로 사용되고 있는바, 쟁점규정의 괄호가 단순히 기계설비만을 의미한다고 볼 것은 아니고, 해당 ‘창고시설’에는 건축물도 포함되는 것이라고 보는 것이 합리적인 점,

 또한 처분청은 쟁점시설이 화물의 ‘보관․저장’이 주된 기능이 아니어서 공제대상인 ‘창고시설’에 해당하지 않는다는 의견이나, ‘보관․저장’의 의미는 물품이 일정 기간 동안 머무르는 것을 의미하는데, 단지 물품이 보관되는 기간의 상대적인 장단에 따라 세액공제대상에 해당하는지를 판정하는 것은 불합리해 보이고, 쟁점시설의 경우 비록 긴 시간은 아니더라도 물품이 일정 시간 동안 쟁점시설 내부에 머무르고 있으므로 쟁점시설에 ‘보관’ 기능이 없다고 단정하기 어려운 점, 조특법 시행규칙 별표5 제4호(그 개정 당시에는 제8호에 규정되어 있었다)는 2004.3.6. 개정되면서 그 특례의 범위가 확대되었음에도 단순한 보관․저장 기능만이 있는 창고만을 공제대상으로 제한적으로 해석하는 것은 물류산업의 지원을 위한 개정취지에 부합하지 아니하는 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점시설에 관하여 한 질의에 대하여 기획재정부는 자동화된 물류터미널인 쟁점시설이 유통산업합리화시설에

해당하는 것으로 해석한 점(기획재정부 조세특례제-874, 2024.10.8.) 등에 비추어 볼 때, 쟁점시설은 쟁점규정에 따른 통합투자세액공제의 적용대상에 해당하는 것으로 보이는바, 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령 등

(1) 조세특례제한법

제24조【통합투자세액공제】① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호 가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.(단서 생략)

1. 공제대상 자산

가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

(2) 조세특례제한법 시행령

제21조【통합투자세액공제】② 법 제24조 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령으로 정하는 자산”이란 토지와 건축물 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 말한다.

③ 법 제24조 제1항 제1호 나목에서 “가목에 해당하지 않는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 자산을 말한다.

1. 연구ㆍ시험, 직업훈련, 에너지 절약, 환경보전 또는 근로자복지 증진 등의 목적으로 사용되는 사업용자산으로서 기획재정부령으로 정하는 자산

2. 운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 기획재정부령으로 정하는 자산

3. 중소기업 및 중견기업이 취득한 다음 각 목의 자산(제11조 제1항에 따른 특수관계인으로부터 취득한 자산은 제외한다)

가. 내국인이 국내에서 연구ㆍ개발하여 「특허법」에 따라 최초로 설정등록받은 특허권

(3) 조세특례제한법 시행규칙

제12조【사업용자산의 범위 등】① 영 제21조 제2항에서 “건축물 등 기획재정부령으로 정하는 자산”이란 별표 1의 건축물 등 사업용 유형자산을 말한다.

③ 영 제21조 제3항 제2호에서 “운수업을 경영하는 자가 사업에 직접 사용하는 차량 및 운반구 등 기획재정부령으로 정하는 자산”이란 다음 각 호의 구분에 따른 사업에 직접 사용하는 각 호의 시설을 말한다.

4. 도매업ㆍ소매업ㆍ물류산업 : 별표 5에 따른 유통산업합리화시설

[별표5] 유통산업합리화시설(제12조 제3항 제4호 관련)

(4) 건축법

제2조【정의】① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “건축물”이란 토지에 정착(定着)하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 딸린 시설물, 지하나 고가(高架)의 공작물에 설치하는 사무소ㆍ공연장ㆍ점포ㆍ차고ㆍ창고, 그 밖에 대통령령으로 정하는 것을 말한다.

② 건축물의 용도는 다음과 같이 구분하되, 각 용도에 속하는 건축물의 세부 용도는 대통령령으로 정한다.

18. 창고시설

(5) 건축법 시행령

(가) 2018.12.31. 대통령령 제29457호로 일부개정된 것(현행 규정)

제3조의5【용도별 건축물의 종류】법 제2조 제2항 각 호의 용도에 속하는 건축물의 종류는 별표 1과 같다.

[별표 1] 용도별 건축물의 종류(제3조의5 관련)

18. 창고시설(위험물 저장 및 처리 시설 또는 그 부속용도에 해당하는 것은 제외한다)

가. 창고(물품저장시설로서 「물류정책기본법」에 따른 일반창고와 냉장 및 냉동 창고를 포함한다)

나. 하역장

다. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따른 물류터미널

라. 집배송 시설

(나) 2009.7.16. 대통령령 제21629호로 일부개정된 것

[별표 1] 용도별 건축물의 종류(제3조의4관련)

18. 창고시설(위험물 저장 및 처리 시설 또는 그 부속용도에 해당하는 것은 제외한다)

가. 창고(물품저장시설로서 「물류정책기본법」에 따른 일반창고와 냉장 및 냉동 창고를 포함한다)

나. 하역장

다. 「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」에 따른 물류터미널

라. 집배송 시설

(다) 2009.7.16. 대통령령 제21629호로 일부개정되기 전의 것

[별표 1] 용도별 건축물의 종류(제3조의4관련)

18. 창고시설(위험물 저장 및 처리 시설 또는 그 부속용도에 해당하는 것은 제외한다)

가. 창고(물품저장시설로서 냉장ㆍ냉동창고를 포함한다)

나. 하역장

(6) 물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

1. “물류시설”이란 다음 각 목의 시설을 말한다.

가. 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역을 위한 시설

나. 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역과 관련된 가공ㆍ조립ㆍ분류ㆍ수리ㆍ포장ㆍ상표부착ㆍ판매ㆍ정보통신 등의 활동을 위한 시설

다. 물류의 공동화ㆍ자동화 및 정보화를 위한 시설

라. 가목부터 다목까지의 시설이 모여 있는 물류터미널 및 물류단지

2. “물류터미널”이란 화물의 집화(集貨)ㆍ하역(荷役) 및 이와 관련된 분류ㆍ포장ㆍ보관ㆍ가공ㆍ조립 또는 통관 등에 필요한 기능을 갖춘 시설물을 말한다. 다만, 가공ㆍ조립 시설은 대통령령으로 정하는 규모 이하의 것이어야 한다.

5의2. “물류창고”란 화물의 저장ㆍ관리, 집화ㆍ배송 및 수급조정 등을 위한 보관시설(주문 수요를 예측하여 소형ㆍ경량 위주의 화물을 미리 보관하고 소비자의 주문에 대응하여 즉시 배송하기 위한 주문배송시설을 포함한다)ㆍ보관장소 또는 이와 관련된 하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ상표부착 등에 필요한 기능을 갖춘 시설을 말한다.