[주 문]

남대문세무서장이 2024.2.2. 청구법인에게 한 2018～2021사업연도 법인세 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 해외 본사 등이 제작한 의료장비를 수입하여 의료기관 등에 판매하면서 의료장비에 대한 보증수리용역을 함께 공급하고 있고, 자신이 제공하는 용역을 장비 구입 후 1년 간 무상으로 제공하는 무상보증수리용역(Standard Warranty)과 그 기간 이후에 제공하는 유상보증수리용역(Extended Warranty로, 이하 “쟁점용역”이라 한다)으로 구분하고 있다.

 청구법인은 쟁점용역의 수입금액에 대하여 약정한 용역제공 기간경과에 따라 일할 계산하여 장부(기업회계)상 수익을 계상하면서 「법인세법」상 익금 귀속시기를 장비의 인도시점으로 보아 인도시점에 용역대가 총액을 일시에 익금산입하였다가(인도된 다음 사업연도 이후에는 장부상 수익계상액을 손금추인함), 이후 2023.9.12. 그 수입금액의 익금 귀속시기를 장부(기업회계)상 수익 인식시기로 변경하여 2018～2021사업연도 법인세 합계 OOO원의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 청구법인이 고객과 체결한 물품공급계약서에 물품 공급대가와 쟁점용역의 공급대가가 구분 기재되어 있지 아니하다는 등의 이유로 쟁점용역 수입금액의 익금 귀속시기를 장비 공급대가와 달리 볼 수 없다는 이유로 2024.2.2. 청구법인의 경정청구를 각 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.4.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「법인세법 시행령」제69조 제1항의 용역의 제공으로 인한 손익의 귀속시기에 관한 규정과 같은 법 제43조에 따른 기업회계기준과 관행의 적용에 관한 규정에 따르면, 쟁점용역의 수입금액은 용역의 제공기간에 걸쳐 안분하여 인식하는 것이 타당하다 할 것인바, 그 익금 귀속시기를 의료장비의 인도시기로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법하다.

 (1) 장비의 물품대금과 쟁점용역에 대한 계약을 일괄하여 함으로써 물품공급계약서에 쟁점용역의 대가가 명시적으로 표시되지는 아니하나, 실질적으로는 견적서 등에 따라 그 대가가 명확하게 구분된다.

  (가) 법원 판례(서울고등법원 2022.11.29. 선고 2022누38900 판결)와 조세심판 선결정(조심 2020서8508, 2021.5.20.) 등에서 대외에 명시적으로 재화(공동주택)와 용역(발코니 확장 공사용역)의 공급대가가 구분되지 않더라도 실질적으로 총 계약금액에 두 종류의 대가가 포함되어 있고, 그 대가를 합리적으로 구분할 수 있다면 각각의 대가를 구분하여 과세할 수 있다고 보고 있다.

  처분청은 청구법인이 고객과 체결하는 물품공급계약서에 쟁점용역의 대가가 별도로 기재되어 있지 아니한 점을 문제삼고 있으나, 위와 같은 법리에 따른다면, 쟁점용역의 공급대가도 실질적으로 물품의 공급가액과 구분되므로, 쟁점용역에 관한 수입금액은 물품 공급대가의 익금 귀속시기와 달리 보아야 한다.

  (나) 청구법인이 공급하는 보증수리용역은 청구법인의 정책상 일괄적으로 1년간 제공되는 무상보증수리용역과 그 기간을 초과하여 제공되는 유상보증수리용역(쟁점용역)으로 구분된다.

  물품공급계약서에는 위 기간이 합산되어 하자보증기간이 통상 ‘검수완료일부터 3년’ 등으로 표시되나, 실질적으로는 무상보증수리용역이 1년이고, 그 초과하는 2년은 유상보증수리용역(쟁점용역)의 제공기간이다.

  청구법인은 모든 물품공급계약서의 첨부서류로 표준약관 성격의 “OOOhealthcare General Terms and Conditions of Sales And Software License”라는 명칭의 서류가 첨부되는데, 동 약정의 제12항에는 장비판매 시 제공되는 기본 무상수리(S/W) 기간이 1년임을 명시하고 있다. 따라서 물품공급계약서에 기재된 총 보증기간에서 위 무상보증기간(1년)을 제외한 기간이 쟁점용역의 제공기간임을 알 수 있다.

  예를 들면, OOO과의 장비매매계약서의 특별조항 제2조(하자보증기간)에서 무상보증기간은 12개월로 확인하되, 청구법인이 유지보수서비스를 “인수”완료일부터 3년간 제공하기로 약정하였는데, 그 내용을 실질적으로 따져보면, 1년은 무상으로, 나머지 2년은 유상으로 보증수리용역을 공급하기로 약정한 것이다.

  위와 같이 무상과 유상의 각 보증수리용역 기간이 계약서에 구분 기재되지 않는 것은 청구법인의 고객들이 고가의 의료장비를 입찰을 통해 구매하면서 구매예산과 하자보증기간 등의 입찰조건을 먼저 공고하고, 청구법인은 그 입찰조건에 맞추어 물품대금과 용역대금을 합하여 총액으로 입찰에 참여함에 따른 것이다.

  청구법인은 영업활동과정에서 전체 보증기간과 무상․유상보증기간 및 그 대가에 대해 고객에게 견적을 제시·설명하는 과정을 거치고, 고객은 의료장비를 안정적으로 이용하기 위한 보증수요를 결정한 후 대가를 비교하여 이를 총 공급가액에 반영하여 전체 보증기간을 명시한 최종 계약을 체결하게 된다. 이러한 과정은 고가의 의료장비를 매매하는 과정에서는 반드시 수반되는 과정일 수밖에 없는바, 고객은 장비 구매 시 연장보증기간을 몇 년으로 할 것인지를 설정하여 해당 기간별(1～5년) 견적을 고려하고, 최초 계약한 유상보증기간이 종료된 이후의 추가보증에 대해서도 최초 구매 시 장래 지불할 단가를 협상한다.

  (다) 쟁점용역의 대가는 그룹 본사에서 정한 보증수리 단가표를 기초로 산정되고, 최종적으로 확정된 쟁점용역의 수입금액은 견적서에 “Extended Warranty” 항목으로 물품가격과 용역대가가 구분되어 표시되므로, 쟁점용역의 대가는 견적서를 통해 명확히 확인할 수 있다.

  청구법인과 고객과의 거래는 통상적으로 입찰을 통해 견적서를 제출한 후 결정된다. 입찰을 위한 견적 산정 시 쟁점용역의 대가는 필립스 그룹이 정한 제품별 보증수리 단가표에 따라 책정되는데, 그 단가표는 직전 3개년 보증수리용역에 투입된 원가에 일정 마진을 가산하고 물가상승률(2%) 등을 고려하여 산정된 것이다. 보증수리 단가표는 제품별로 무상보증수리용역 1년(12개월)과 쟁점용역 2년을 기본기간으로 하여 책정되고, 쟁점용역의 기본기간인 2년보다 단기인 경우(예 : 1년)에는 월할 계산하여 대가를 산정한다.

  위와 같이 산정된 용역대가는 물품공급계약서에는 총액으로 물품대가와 합산하여 표시되지만, 입찰에 참여할 때 청구법인이 제출하는 견적서에는 쟁점용역의 수입금액이 “Extended Warranty” 라는 항목으로 명확하게 표시된다.

  (라) 처분청은 쟁점용역의 수입금액이 임의로 책정될 수 있다는 의견이나, 청구법인의 조직은 장비판매팀과 쟁점용역을 공급하는 서비스팀으로 구분되고, 쟁점용역의 수입금액은 서비스팀의 성과에 해당하므로, 임의로 할인하거나 무상으로 제공될 수 없다.

  청구법인의 영업사원이 특정 입찰 건에 대하여 보증수리 단가표상 용역가격보다 할인된 금액을 견적가격으로 책정하기 위하여는 서비스팀의 승인을 받아야 하고, 영업사원의 인센티브 책정 시에 장비판매실적과 보증용역 판매실적이 구분하여 반영되므로, 단순히 세무상의 이익을 위하여 임의로 용역대가를 책정할 수 없다.

  (마) 청구법인은 그룹 본사가 제작한 장비를 고객사에게 공급하면서 그 보증수리용역은 청구법인의 책임과 계산에 따라 이행하므로, 물품공급과 보증수리용역의 대가는 객관적으로 구분된다.

  아래와 같이 청구법인이 고객에게 제공하는 산출내역서에는 보증기간이 명시되어 있다.

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 또한 청구법인은 계약서에 명시된 유상보증기간이 종료된 후의 추가 유지보수계약의 대가도 사전에 협의하여 그 조건을 첨부하고 있다.

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  (바) 처분청은 쟁점용역의 가격이 외부에 공표되어 있지 않은 점을 문제삼고 있으나, 청구법인이 판매하는 의료장비는 그 종류가 매우 다양하고 수요자가 특정되어 있어 범용적인 재화에 해당하지 아니하고, 각 의료기관의 요청에 맞게 개량되기에 일반 소비재와 같이 유상보증단가를 일률화하여 외부에 공표하기 어렵다. 의료장비는 다수의 일반 소비자를 상대로 하는 B2C 거래가 아닌 사업자 간의 B2B 거래이므로, 유상보증단가를 외부에 공표할 사업상의 이유가 적다.

 (2) 물품공급과 용역의 공급이 하나의 계약에 따라 공급되는 경우에도 그 내용이 명확히 구분된다면 각각 개별 거래의 내용에 따라 세법을 적용하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다.

 이 건의 경우 물품공급계약이라는 하나의 계약을 체결하지만, 그 계약의 물품은 그룹 본사가 고객이 요구한 사양에 맞게 제작한 것을 청구법인이 수입하여 국내 고객사에게 공급하는 것인 반면, 그 보증수리용역은 청구법인의 책임과 계산에 따라 이행하므로, 물품공급과 보증수리용역의 대가는 객관적으로 구분되며, 각각의 거래에 맞게 세법을 적용하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다. 그렇지 않고 물품 공급대가와 용역의 공급대가를 장비의 인도시점에 한꺼번에 익금으로 인식하는 것은 거래의 실질에 어긋나게 각 사업연도 소득금액을 왜곡하는 결과가 되어 불합리하다.

 (3) 청구법인은 기업회계기준에 따라 쟁점용역의 대가를 물품 공급대가와는 별도로 식별하여 외부감사인의 동의 하에 물품의 공급대가는 인도시점에, 쟁점용역의 대가는 기간경과에 따라 각각 일관되게 회계처리하고 있고, 이러한 청구법인의 회계처리는 거래의 경제적 실질을 반영한 것이므로, 「법인세법」상 익금 귀속시기 적용 시에도 존중되어야 한다.

 「법인세법」에서 열거된 조항으로 손익의 귀속을 정하는 것이 어려운 경우에는 법인세법상의 권리의무확정주의에 반하지 아니하는 한, 일반적으로 공정타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준상의 손익의 발생에 관한 기준을 채택하여 손익의 귀속을 정할 수도 있다 할 것이고 또한 그렇게 하는 것이 「국세기본법」상의 기업회계존중의 원칙에도 부합한다 할 것[대법원 1992.10.23. 선고 92누2936, 2943(병합) 판결]이다.

 일반기업회계기준 제16장 제8절에서 “제품판매가격에 제품 판매 후 제공할 용역에 대한 대가가 포함되어 있고 그 대가를 식별할 수 있는 경우에는 그 금액을 분리하여 용역수행기간에 걸쳐 수익으로 인식한다.”라고, 같은 장 제9절에서는 대가를 식별할 수 있는지 여부는 재화 또는 용역의 제공이 각각 총거래가격에 영향을 미치는지 여부에 따라 판정하도록 규정하고 있다.

 쟁점용역의 경우 청구법인의 그룹 본사가 제정한 제품별 보증수리 단가표에 기초하여 입찰가격에 맞게 결정한 용역대가가 견적서를 통해 구분되고, 그 용역대가는 총 거래가격에 영향을 미치는 것이 분명하므로, 청구법인은 위 일반기업회계기준에 따라 견적서에 기재된 용역의 수입금액을 기간경과에 따라 수익으로 인식하고 있으며, 이에 대하여 회계감사인은 청구법인의 회계처리를 인정하여 문제삼지 않고 있다.

 (4) 과세관청의 해석에서도 물품의 공급과 구분되는 보증용역의 경우 그 제공기간 동안 안분하여 인식할 수 있다고 해석하고 있다.

 과세관청의 예규를 보면, 소프트웨어 사용료와 유지보수용역의 대가가 실질적으로 구분되는 경우에 인도일을 적용하는 소프트웨어 사용료와 달리 유지보수용역 대가는 용역의 제공기간에 따라 안분하여 손익 귀속시기를 정할 수 있고(재법인 46012-178, 2022.11.14., 서면2팀-540, 2004.3.23.), 인도일에 수익을 인식하는 자동차 공급대가와 구분되는 연장보증수리 서비스용역의 대가는 용역의 제공기간에 따라 안분하여 수익을 인식한다(서면2팀-2203, 2005.12.28.)고 해석하고 있다.

 기획재정부 역시 ‘내국법인이 새로운 개정기준서(K-IFRS 제1115호) 적용에 따라 혼재된 공급에 대한 수행의무를 구분하여 재화의 공급과 용역의 공급으로 각각 수익을 인식하는 경우 재화와 용역의 손익의 귀속은 각 수행 의무별로 판단할 수 있는 것’(기획재정부 법인세제과-102, 2020.1.23.)이라고 해석한 바 있다.

나. 처분청 의견

 물품 판매대가와 쟁점용역의 대가가 명시적 또는 실질적으로 구분되지 아니하고, 쟁점용역의 공급 기간도 불분명하므로, 쟁점용역의 익금 귀속시기를 장비 인도시점으로 보는 것이 타당하다 할 것인바, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다.

 (1) 청구법인은 물품 판매대가와 쟁점용역의 대가가 명확히 구분된다고 주장하나, 그러한 구분은 청구법인이 내부적으로 작성한 견적서류 및 회계처리에서만 구분될 뿐, 고객과 체결한 물품공급계약서에는 그 내용이 구분하여 기재되어 있지 않고, 유상보증수리에 대한 내용 및 금액, 기간 등이 명확히 명시되어 있지 않으며, 하자보증기간만 2～5년으로 명시되어 있다.

 청구법인이 고객에게 발급한 전자세금계산서에도 품목이 의료장비로 기재되어 있을 뿐 유상보증수리용역(쟁점용역)에 대한 내용이 일절 기재되어 있지 아니하다.

 청구법인이 유상보증수리용역이라고 주장하는 금액은 고객과의 물품계약을 할 때 물품의 판매가격에 포함된 금액일 뿐, 별도의 유지․보수계약을 체결하여 보증기간 동안 예상되는 비용을 고객으로부터 받는 선수수익에 해당하지 아니한다.

 청구법인은 총액입찰의 방식으로 계약을 체결하다 보니 쟁점용역이 별도로 표시되지 아니하지만, 고객은 쟁점용역에 대한 내용을 충분히 인지할 수 있다고 주장하나, 이는 청구법인의 일방적인 주장일 뿐이고, 쟁점용역에 대한 가격정책 등을 외부에 공개하지 않고 있으며, 고객과의 협의내용을 객관적으로 확인할 수 있는 서류도 제출하지 아니하였으므로, 고객이 쟁점용역의 공급에 대한 금액을 명확히 구분하여 인지하였다고 보기 어렵다.

 청구법인은 표준약관에 무상보증기간(1년)이 정해져 있으므로, 나머지 보증기간이 쟁점용역의 제공기간이라고 주장하나, 이는 추정에 불과할 뿐이고, 그 용역기간에 대한 명시적인 자료가 없다.

 한편 청구법인은 유상보증기간 종료 후의 추가 유지보수계약의 대가에 대하여 사전에 협의하여 아래와 같이 계약서에 첨부하였다고 주장하고 있으나, 해당 계약은 경정청구 대상 사업연도(2018〜2021사업연도)가 경과된 후인 2022년에 작성된 것으로, 청구법인이 경정청구의 대상이 아닌 사업연도의 자료를 제출한 것은 경정청구 기간 내에는 유상보증수리 약정과 관련하여 별도의 약정이 없다는 점을 방증하는 것으로 보인다.

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 청구법인은 고객이 쟁점용역의 공급을 인지하고 있다고 주장하며, 의료기관 및 대리점으로부터 수취한 확인서를 제출하였으나, 제출된 확인서는 2021년 이후에 제공된 장비에 대한 내용이고, 경정청구 당시에는 그러한 확인서가 제출되지 아니하였으며, 일부 고객이 제출한 확인서의 내용을 일반화하여 모든 고객이 쟁점용역의 내용 및 금액을 알고 있었다고 볼 수 없다.

 (2) 쟁점용역의 대가가 계약서에 명시되어 있지 아니하여 청구법인이 수익 인식시기를 임의적으로 조정할 가능성이 있다.

 물품공급계약서나 전자세금계산서와 같은 객관적인 거래 증빙에 의해 거래의 실질이 확인되지 않은 상황에서 청구법인의 내부 견적서에 따라 귀속시기를 정할 경우 오히려 청구법인이 쟁점용역의 대가에 관한 익금 귀속시기를 임의 조정할 가능성이 있다.

 청구법인은 물품 판매대가와 쟁점용역의 대가가 명확히 구분된다며, 그룹 본사에서 정한 보증수리 단가표, E/W 가격 조정 승인에 관한 전자메일 자료를 제시하였으나, 이러한 자료들은 청구법인의 내부에서만 통용되는 것이고, 외부적으로 공표된 객관적인 자료나 증빙은 없다.

 (3) 실현주의를 바탕으로 하는 기업회계기준에 따른 수익 인식시기와 권리의무확정주의를 바탕으로 하는 「법인세법」상 익금 귀속시기는 다르다.

 청구법인은 기업회계기준에 따라 물품 판매대가와 쟁점용역에 대한 대가를 구분하여 전자는 인도시점에, 후자는 용역 제공기간에 안분하여 각각 별도로 회계처리하고 있고, 이는 「법인세법」상 익금 귀속시기를 적용할 때에도 존중되어야 한다고 주장한다.

 그러나 기업회계기준은 발생주의를 전제로 수익은 실현주의에 의하여 인식하지만, 「법인세법」에서는 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속시기를 권리의무확정주의에 따라 결정하고 있다. 또한 쟁점용역의 대가는 계약이 체결될 때 반환의무가 없이 물품가격에 포함되어 결정되는 것인바, 선수금 성격의 것으로 볼 수도 없으므로, 그 익금 귀속시기는 물품의 인도시점으로 보는 것이 타당하다.

 (4) 청구법인은 과세관청의 유권해석(재법인 46012-178, 2002.11.14., 서면2팀-540, 2004.3.23.)이 자신의 사례와 유사하다고 주장한다.

 그러나 위 예규의 사실관계를 보면, 계약서상 백신프로그램의 대가는 “소프트웨어 사용권”과 “고객지원 서비스 이용권”으로 명시되어 있고, 그 권리의 내용도 명확히 정의되어 있으며, 해당 회사의 인터넷 홈페이지를 통해 가격정책을 대외적으로 공지하고 있다고 되어 있는바, 물품공급계약서 및 대외적으로 공개되는 자료에 쟁점용역의 대가가 구분되어 있지 않은 이 건과는 사실관계가 달라 그 예규들을 이 건에 참고할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 기업회계기준에 따라 유상보증수리용역 대가를 용역제공 기간 동안 균등하게 익금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등: <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 심리자료의 내용은 아래와 같다.

  (가) 청구법인은 의료장비 인도시점에 계약서상 총계약금액을 익금산입하여 법인세를 신고하다가 이 건 경정청구를 제기하면서 총계약금액에 포함된 물품대가의 귀속시기는 의료장비의 인도일로, 쟁점용역 대가의 귀속시기는 유상보증기간으로 안분하여 각 사업연도의 소득금액을 경정하여 아래 <표1>과 같이 2018〜2021사업연도 경정청구를 제기하였다.

<표1> 사업연도별 경정청구세액 신정내역

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  (나) 청구법인의 계약내용 및 회계처리 등의 자료는 아래와 같다.

   1) 청구법인이 2022.6.14. OOO과 체결한 물품공급계약서는 아래 <표2>와 같고, 해당 계약서에는 물품대금과 쟁점용역의 대가각 별도로 구분되지 않고 하나의 계약금액으로 표시되어 있고, 보증수리기간은 유․무상에 따른 구분은 되어 있지 않는 것으로 나타난다.

<표2> 2022.6.14. OOO과 체결한 물품공급계약서

   2) 청구법인은 유․무상의 하자보증기간 산정과 관련하여, 아래 <표3>의 표준약관이 모든 고객에게 계약의 첨부서류로 제공되고 있는데, 동 표준약관에서 정한 1년의 무상 보증수리용역 제공기간을 초과하는 계약서상의 하자보증기간(위 계약서상 하자보증기간 2년에서 1년의 무상보증기간을 제외한 나머지 1년이 유상보증수리 기간임)은 쟁점용역이 공급되는 기간임을 알 수 있다고 주장한다.

<표3> 청구법인이 고객에게 제공하는 그룹 표준약관

   3) 청구법인은 계약 체결 전에 고객에게 “견적서”를 제시하는데, 그 견적서에는 구분된 물품대금과 쟁점용역의 대금이 명확하게 표시된다고 주장하며 위 OOO과의 계약에서 사용된 아래 <표4>의 견적서(쟁점용역의 대가는 OOO원임)를 제시하였다.

<표4> 견적서(예시)

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   4) 아래 <표5>의 회계처리내용 등에 따르면, 청구법인은 의료장비를 판매하면서 고객에게 제시한 “견적서”를 기준으로 물품대금과 쟁점용역의 대가를 구분한 후 물품대금 상당액은 의료장비의 인도시점(검수완료일)에 수익으로 계상하고, 쟁점용역의 대가는 인도시점에는 선수수익으로 계상하다가 보증기간에 일할로 안분하여 수익을 계상하고 있는 것으로 나타난다.

<표5> 위 계약에 관한 인도일의 회계처리

(단위 : 원)

* 청구법인은 유상보증수리용역의 수입금액을 물품의 검수완료일에 선수수익으로 계상한 후 용역제공기간에 안분하여 수익으로 대체하였다.

   5) 청구법인이 위와 같이 쟁점용역의 대가를 기간경과에 따라 안분하여 회계처리한 근거로 제시한 기업회계기준의 내용은 아래와 같다.

   6) 청구법인이 제시한 쟁점용역의 단가표 및 해당 단가를 실제 견적서에 반영한 내역은 아래 <표6>과 같고, OOO과 2018년 12월에 체결한 장비 구매계약서의 부속서류인 견적서는 아래 <표7>과 같다.

<표6> 청구법인의 쟁점용역 단가표 및 실제 견적서(예시)

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<표7> 2018년 12월 OOO 납품 건의 견적서

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* 위 계약의 총계약금액은 부가가치세를 포함하여 OOO원임

   7) 청구법인은 자신과 계약을 체결한 의료기관들도 1년의 무상보증을 초과하는 기간은 유상으로 제공된다는 사실을 알고 있었다며, OOO, OOO, 주식회사 A 등의 확인서를 제출하였고, OOO의 확인서에는 “본 원은 2023년 12월 청구법인으로부터 MRI 장비를 구입하면서, 해당 장비에 대해 3년의 보증을 제공받았습니다. 해당 장비를 구입할 당시 장비 구매 시 1년의 무상보증이 제공되나 이를 초과하는 기간에 대해서는 유상으로 보증이 제공된다는 점을 알고 있었으며, 추가 2년의 유상보증대가가 포함된 총괄견적을 제출받았습니다.”라고 기재되어 있다.

  (다) 처분청은 2017.4.7.자 OOO의 의료장비 입찰공고문에 첨부된 아래의 물품구매계약 특수조건 및 규격서(SPECIFICATION)를 제시하며 보증수리용역이 전체의 기간(해당 계약에서 3년) 동안 무상이라는 의견을 제시하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

  (가) 「법인세법」제40조는 제1항 및 제2항 등에서 손익의 귀속시기에 관하여 권리의무확정주의를 선언하면서 개별적인 거래유형 등에 따라 익금과 손금의 구체적인 귀속시기를 규정하고 있는데, 이러한 거래유형 등에 따른 세법상의 손익귀속에 관한 규정은 현대사회의 다종다양한 모든 거래유형을 예측하여 그 자체로서 완결적으로 손익의 귀속을 정한 규정이라고 할 수 없으므로, 위 규정들만으로 손익의 귀속을 정하기 어려운 경우에는 「법인세법」상의 권리의무확정주의에 반하지 아니하는 한, 같은 법 제43조에서 정하였듯이 일반적으로 공정․타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 따라 손익의 귀속을 정할 수도 있다고 해석함이 타당하며, 이러한 해석이 「국세기본법」 제20조의 취지에도 부합한다 할 것[대법원 1992.10.23. 선고 92누2936, 2943(병합) 판결, 대법원 2017.12.22. 선고 2014두44847 판결 등 참조]이다.

  (나) 살피건대, 아래의 내용 등을 종합하여 보면, 청구법인이 고객에게 유상보증수리용역을 제공하고 받는 대가는 물품의 인도시점이 아닌 용역제공기간에 안분하여 익금으로 계상하는 것이 타당하다 할 것인바, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

   1) 일반기업회계기준 제16장 제16.9 (3)에서 ‘재화와 용역이 별개로 취급되어 재화 또는 용역의 제공이 각각 총거래가격에 영향을 미치면, 이를 재화판매거래와 용역제공거래로 구분하여 별도로 회계처리 한다.’고 규정하고 있고, 청구법인도 동 규정에 근거하여 의료기관에 의료장비를 판매함에 있어 고객에게 제공하는 “견적서”의 내용에 따라 물품의 대가는 인도기준으로, 쟁점용역의 대가는 용역제공기간에 안분하여 각각 별도로 기업회계상 수익을 인식하고 있으며, 이러한 회계처리에 대하여 외부감사인은 문제를 제기한 사실이 나타나지 아니하고, 청구법인의 재무제표에 대한 감사의견은 계속하여 적정의견으로 표시되어 왔으므로, 쟁점용역의 대가에 관한 청구법인의 회계처리가 위 기업회계기준에 어긋난다고 보기 어렵다 할 것이다. 또한 이러한 일반적으로 공정․타당한 회계관행으로 받아들여지는 기업회계기준에 부합하는 청구법인의 수익 인식기준이 「법인세법」상의 권리의무확정주의에 반한다고 보기도 어렵다.

   2) 처분청은 청구법인과 고객이 체결하는 물품공급계약서에 보증수리용역이 유상으로 공급된다는 내용이 언급되어 있지 않고, 그 계약서상 총계약금액이 물품대가와 쟁점용역의 대가로 구분 표시되지 아니하여 두 종류의 수익을 별도로 구분할 수 없다는 의견이나, 청구법인이 제시한 자료에 따르면, 청구법인은 내부적으로 적용하는 쟁점용역의 단가표를 기준으로 용역제공기간에 따라 쟁점용역의 대가를 산정한 후 고객에게 제공하는 입찰 관계서류인 “견적서”에 물품의 대가와 쟁점용역의 대가를 명확히 표시하고 있는 것으로 나타나는바, 물품대가와 쟁점용역의 대가가 개별적으로 식별되고, 고객들도 견적서 등을 통해 그러한 사실을 인지할 수 있었을 것으로 보인다(청구법인이 제출한 고객들의 확인서에도 고객들이 유상으로 쟁점용역이 제공되는 기간을 인지하고 있다는 취지로 기재되어 있다).

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

제20조【기업회계의 존중】세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.

(2) 법인세법

제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제43조【기업회계기준과 관행의 적용】내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 「조세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다.

(3) 법인세법 시행령

제68조【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

 1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 “상품 등”이라 한다)의 판매 : 그 상품 등을 인도한 날

 2. 상품 등의 시용판매 : 상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

제69조【용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도】① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용함에 있어서 건설ㆍ제조 기타 용역(도급공사 및 예약매출을 포함하며, 이하 이 조에서 “건설등”이라 한다)의 제공으로 인한 익금과 손금은 그 목적물의 건설등의 착수일이 속하는 사업연도부터 그 목적물의 인도일(용역제공의 경우에는 그 제공을 완료한 날을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 속하는 사업연도까지 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 그 목적물의 건설등을 완료한 정도(이하 이 조에서 “작업진행률”이라 한다)를 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금에 산입한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 산입할 수 있다.

 1. 중소기업인 법인이 수행하는 계약기간이 1년 미만인 건설등의 경우

 2. 기업회계기준에 따라 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 수익과 비용으로 계상한 경우

② 제1항을 적용할 때 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 경우에는 그 목적물의 인도일이 속하는 사업연도의 익금과 손금에 각각 산입한다.

③ 제1항을 적용할 때 작업진행률에 의한 익금 또는 손금이 공사계약의 해약으로 인하여 확정된 금액과 차액이 발생된 경우에는 그 차액을 해약일이 속하는 사업연도의 익금 또는 손금에 산입한다.

(4) 법인세법 시행규칙

제34조【작업진행률의 계산 등】① 영 제69조 제1항 본문에서 “건설등을 완료한 정도”란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

 1. 건설의 경우 : 다음 산식을 적용하여 계산한 비율. 다만, 건설의 수익실현이 건설의 작업시간ㆍ작업일수 또는 기성공사의 면적이나 물량 등(이하 이 조에서 “작업시간등”이라 한다)과 비례관계가 있고, 전체 작업시간등에서 이미 투입되었거나 완성된 부분이 차지하는 비율을 객관적으로 산정할 수 있는 건설의 경우에는 그 비율로 할 수 있다.

 2. 제1호 외의 경우 : 제1호를 준용하여 계산한 비율

② 제1항에 따른 총공사예정비는 기업회계기준을 적용하여 계약 당시에 추정한 공사원가에 해당 사업연도말까지의 변동상황을 반영하여 합리적으로 추정한 공사원가로 한다.

③ 영 제69조 제1항 본문에 따라 각 사업연도의 익금과 손금에 산입하는 금액의 계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

 1. 익금

  계약금액×작업진행률-직전 사업연도말까지 익금에 산입한 금액

 2. 손금

    당해 사업연도에 발생된 총비용

④ 영 제69조 제2항 제1호에서 “기획재정부령으로 정하는 경우”란 법인이 비치ㆍ기장한 장부가 없거나 비치ㆍ기장한 장부의 내용이 충분하지 아니하여 당해 사업연도 종료일까지 실제로 소요된 총공사비누적액 또는 작업시간 등을 확인할 수 없는 경우를 말한다.