[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

1. 처분개요

가. 청구법인은 2022.8.12. 설립되어 의약품 중개업을 영위하는 법인으로, 2022년 제2기～2023년 제2기 부가가치세 과세기간에 의약품 마케팅 대행용역에 관하여 A 주식회사 등 8개 업체(이하 “쟁점매출처”이라 한다)에게 매출세금계산서 총 65매, 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)을 발급하고, 주식회사 B 등 20개 업체(이하 “쟁점매입처”이라 한다)로부터 매입세금계산서 총 91매, 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하였다.

나. 처분청은 2024.2.29.～2024.9.13. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시한 결과, 청구법인이 실제 용역의 제공 없이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 보아, 2024.11.7. 청구법인에게 2022년 제2기～2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원을 각 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 「국세기본법」제81조의12에 따라 처분청은 세무조사 후 20일 내에 세무조사결과통지서를 통지하지 않아 중대한 절차상 하자가 있으므로 이 건 처분은 위법하다.

 (1) 이 건 세무조사는 2024.2.29.～2024.9.13. 기간 동안 실시하였고, 처분청은 2024.9.30. 등기우편으로 세무조사결과통지서를 발송하여 청구법인은 2024.10.4. 세무조사 종료 후 21일에 이를 수령하였다.

 세무조사 절차에서의 납세자 권익을 보호하기 위하여 세무조사 결과의 통지기한과 예외 사유를 명시적으로 특정한 규정의 내용 및 입법취지와 세무조사가 납세자의 재산권이나 생활에 미치는 막대한 영향, 과세관청이 우회적으로 세무조사의 기간을 연장하는 경우에 발생할 수 있는 각종 부작용, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하면, 과세관청이 사전에 납세자의 동의를 구하거나 설명하는 등의 절차를 거치지 않은 채 세무조사결과의 통지기한 이후에 그 조사결과를 통지한 경우에는 이를 용인할 만한 사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 중대한 절차적 하자가 존재하므로 그에 따른 과세처분은 위법하다.

 세무공무원이 세무조사 결과의 통지기한을 준수하지 못한 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당한다고 본 판례가 있다(서울고등법원 2024.11.14. 선고 2023누64999 판결, 대법원 2025.4.3. 선고 2024두66839 판결 심리불속행).

 (2) 처분청은 2024.9.27. 전자우편으로 세무조사결과통지서를 송달하였으나, 「국세기본법 시행령」제6조의4 제1항에서 전자송달할 수 있는 서류는 납부고지서, 독촉장, 국세환급통지서, 신고안내문, 그밖에 국세청장이 정하는 서류로 한다고 규정하고 세무조사결과통지서를 포함하고 있지 않으므로 전자우편에 의한 통지는 적법한 통지에 해당하지 않는다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인이 2025.2.3. 제출한 심판청구서(1차)에는 대표이사가 a로 기재되어 있고, 위임장에는 위임자가 주식회사 C 대표이사 b로 기재되어 있으며, 2025.3.11. 제출한 심판청구서(2차)에는 대표이사가 c으로 기재되어 있으나, 국세통합전산망 및 청구법인의 등기사항일부증명서에는 d이 청구법인의 단독 사내이사로 등재되어 있다.

 a는 청구법인의 지분 33%를 보유한 주주로서 「국세기본법」제55조 제1항 및 제2항에 열거되어 있는 이 건 부과처분의 직접적인 당사자 또는 이해관계인이 아니고, c은 2024.3.18. 청구법인의 사내이사에서 사임하였으므로 이 건 심판청구는 정당한 대표권 및 대리권이 없는 부적격자가 청구한 것이 명백하여 부적법한 청구로서 치유할 수 없는 중대한 하자에 해당한다.

 c은 청구법인의 직전 대표자이므로 심판청구를 대리인에게 정당하게 위임할 수 있다고 보더라도 청구법인이 이 건 처분을 알게 된 날(2024.11.7.)로부터 90일이 경과한 시점에 접수하였으므로 ｢국세기본법｣ 제68조에 따른 청구기간을 이미 도과하여 부적법한 심판청구에 해당한다.

 (2) 청구법인은 2024.7.18. 청구법인과 관련된 모든 우편물에 대하여 전자송달을 신청하였고, 청구법인은 2024.7.23. 해명자료 준비 시간이 필요하다는 사유로 세무조사기간을 2024.9.13.까지 연장하는 신청을 하였고, 2024.9.13. 이 건 세무조사가 종결되었다.

 2024.9.27. 처분청은 청구법인의 전자우편으로 세무조사 결과통지서를 전송하였고, 같은 날 청구법인은 이를 열람한 후 직원 e을 수령인으로 한 수령증을 제출하였으며, 세무대리인도 수령증을 제출하였고, 2024.9.30. 청구법인이 날인한 수령증을 추가로 제출받았다. 처분청은 2024.9.30. 세무조사 결과통지서를 우편으로도 발송하였다.

｢국세기본법｣ 제81조의12 규정은 조사 종결 후 20일 이내에 통지할 것을 규정하고 있을 뿐, 이러한 통지가 반드시 20일 이내에 송달해야 한다고 확장 해석할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 이 건 심판청구가 적법한지 여부(청구인 적격 여부)

 ② 「국세기본법」제81조의12에 따라 세무조사결과를 20일 이내에 통지하지 않아 이에 근거한 과세처분도 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법(2023.12.31. 법률 제19926호로 개정된 것)

제5조(기한의 특례) ① 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부 또는 징수에 관한 기한이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 다음날을 기한으로 한다.

1. 토요일 및 일요일

2. 「공휴일에 관한 법률」에 따른 공휴일 및 대체공휴일

3. 「노동절 제정에 관한 법률」에 따른 노동절

② 삭제 <2006. 4. 28.>

③ 이 법 또는 세법에서 규정하는 신고기한 만료일 또는 납부기한 만료일에 국세정보통신망이 대통령령으로 정하는 장애로 가동이 정지되어 전자신고나 전자납부(이 법 또는 세법에 따라 납부할 국세를 정보통신망을 이용하여 납부하는 것을 말한다)를 할 수 없는 경우에는 그 장애가 복구되어 신고 또는 납부할 수 있게 된 날의 다음날을 기한으로 한다.

제11조(공시송달) ① 서류를 송달받아야 할 자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 서류의 주요 내용을 공고한 날부터 14일이 지나면 제8조에 따른 서류 송달이 된 것으로 본다.

1. 주소 또는 영업소가 국외에 있고 송달하기 곤란한 경우

2. 주소 또는 영업소가 분명하지 아니한 경우

3. 제10조 제4항에서 규정한 자가 송달할 장소에 없는 경우로서 등기우편으로 송달하였으나 수취인 부재로 반송되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우

② 제1항에 따른 공고는 다음 각 호의 어느 하나에 게시하거나 게재하여야 한다. 이 경우 국세정보통신망을 이용하여 공시송달을 할 때에는 다른 공시송달 방법과 함께 하여야 한다.

1. 국세정보통신망

2. 세무서의 게시판이나 그 밖의 적절한 장소

3. 해당 서류의 송달 장소를 관할하는 특별자치시ㆍ특별자치도ㆍ시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말한다. 이하 같다)의 홈페이지, 게시판이나 그 밖의 적절한 장소

4. 관보 또는 일간신문

제55조(불복) ② 이 법 또는 세법에 따른 처분에 의하여 권리나 이익을 침해당하게 될 이해관계인으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 위법 또는 부당한 처분을 받은 자의 처분에 대하여 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 그 밖에 필요한 처분을 청구할 수 있다.

1. 제2차 납세의무자로서 납부고지서를 받은 자

2. 제42조에 따라 물적납세 의무를 지는 자로서 납부고지서를 받은 자

2의2. 「부가가치세법」 제3조의2에 따라 물적납세의무를 지는 자로서 같은 법 제52조의2 제1항에 따른 납부고지서를 받은 자

2의3. 「종합부동산세법」 제7조의2 및 제12조의2에 따라 물적납세의무를 지는 자로서 같은 법 제16조의2 제1항에 따른 납부고지서를 받은 자

3. 보증인

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 자

제59조(대리인) ① 이의신청인, 심사청구인 또는 심판청구인과 처분청은 변호사, 세무사 또는 「세무사법」에 따른 세무사등록부 또는 공인회계사 세무대리업무등록부에 등록한 공인회계사를 대리인으로 선임할 수 있다.

② 이의신청인, 심사청구인 또는 심판청구인은 신청 또는 청구의 대상이 제78조 제1항 단서에 따른 소액인 경우에는 그 배우자, 4촌 이내의 혈족 또는 그 배우자의 4촌 이내의 혈족을 대리인으로 선임할 수 있다.

③ 대리인의 권한은 서면으로 증명하여야 한다.

④ 대리인은 본인을 위하여 그 신청 또는 청구에 관한 모든 행위를 할 수 있다. 다만, 그 신청 또는 청구의 취하는 특별한 위임을 받은 경우에만 할 수 있다.

⑤ 대리인을 해임하였을 때에는 그 사실을 서면으로 해당 재결청에 신고하여야 한다.

제81조의12(세무조사의 결과 통지) 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 폐업 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 세무조사 내용

2. 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거

3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 (2) 국세기본법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34261호로 개정된 것)

제6조의4(전자송달서류의 범위 등) ① 법 제10조 제11항에 따라 전자송달할 수 있는 서류는 납부고지서, 독촉장, 국세환급금통지서, 신고안내문, 그 밖에 국세청장이 정하는 서류로 한다.

② 국세청장이 제1항에 따른 서류 중 납부고지서, 독촉장 및 국세환급금통지서를 전자송달하는 경우에는 해당 납세자로 하여금 국세정보통신망에 접속하여 해당 서류를 열람할 수 있게 해야 한다.

③ 국세청장이 제2항에 따른 서류 외의 서류를 전자송달하는 경우에는 해당 납세자가 지정한 전자우편주소로 송달하여야 한다.

제7조의2(공시송달) 법 제11조 제1항 제3호에서 “등기우편으로 송달하였으나 수취인 부재로 반송되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 서류를 등기우편으로 송달하였으나 수취인이 부재중(不在中)인 것으로 확인되어 반송됨으로써 납부기한 내에 송달이 곤란하다고 인정되는 경우

2. 세무공무원이 2회 이상 납세자를 방문[처음 방문한 날과 마지막 방문한 날 사이의 기간이 3일(기간을 계산할 때 공휴일, 대체공휴일, 토요일 및 일요일은 산입하지 않는다) 이상이어야 한다]해 서류를 교부하려고 하였으나 수취인이 부재중인 것으로 확인되어 납부기한까지 송달이 곤란하다고 인정되는 경우

제52조의2(각하 결정 사유) 법 제65조 제1항 제1호 마목에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 심사청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우

2. 심사청구의 대상이 되는 처분으로 권리나 이익을 침해당하지 않는 경우

3. 법 제59조에 따른 대리인이 아닌 자가 대리인으로서 불복을 청구하는 경우

제63조의13(세무조사의 결과 통지 및 예외) ① 법 제81조의12 제3호에서 "대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 사항을 말한다.

1. 세무조사 대상 세목 및 과세기간

2. 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유

3. 관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 법 제45조에 따른 수정신고가 가능하다는 사실

4. 법 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실

② 법 제81조의12 각 호 외의 부분 단서에서 "폐업 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 폐업한 경우

2. 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우

3. 법 제65조 제1항 제3호 단서(법 제66조 제6항 및 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 의한 조사를 마친 경우

4. 세무조사결과통지서 수령을 거부하거나 회피하는 경우

 (3) 민사소송법

제59조(소송능력 등의 흠에 대한 조치) 소송능력ㆍ법정대리권 또는 소송행위에 필요한 권한의 수여에 흠이 있는 경우에는 법원은 기간을 정하여 이를 보정(補正)하도록 명하여야 하며, 만일 보정하는 것이 지연됨으로써 손해가 생길 염려가 있는 경우에는 법원은 보정하기 전의 당사자 또는 법정대리인으로 하여금 일시적으로 소송행위를 하게 할 수 있다.

제60조(소송능력 등의 흠과 추인) 소송능력, 법정대리권 또는 소송행위에 필요한 권한의 수여에 흠이 있는 사람이 소송행위를 한 뒤에 보정된 당사자나 법정대리인이 이를 추인(追認)한 경우에는, 그 소송행위는 이를 한 때에 소급하여 효력이 생긴다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 처분청은 당초 2024.2.29.～2024.4.19. 기간동안 청구법인의 2023년 제2기 부가가치세조사를 실시하였고, 2024.4.17. 세무조사 범위를 2022년 제2기 및 2023년 제1기로 확대하고, 세무조사 기간을 2024.5.20.까지로 연장하는 내용의 세무조사 범위확대 통지서 및 세무조사 기간 연장 통지서를 청구법인에게 송부하였고, 청구법인은 수령인을 대표자 d으로 하여 수령증을 제출한 것으로 나타난다.

  (나) 청구법인은 2024.4.19. 직전 대표자인 c의 위암 수술로 세무조사 소명 요구에 따른 구체적인 자료 준비 등에 어려움이 있어 2024.6.30.까지 세무조사 중지를 신청하여 세무조사기간이 2024.2.29.～2024.8.1.으로 변경되었으며,

  이후 청구법인은 2024.7.23. 쟁점세금계산서 수수에 대한 해명자료 준비 시간이 필요하여 세무조사기간을 2024.9.13.까지로 연장 신청하여 처분청의 최종 조사기간은 2024.2.29.～2024.9.13.(연장 74일, 중지 73일)인 것으로 나타난다.

  (다) 조사결과 처분청은 아래 <표1>, <표2>와 같이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인에게 아래 <표3>과 같이 2022년 제2기～2023년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

<표1> 쟁점매출세금계산서 내역

(단위: 백만원)

○○○

<표2> 쟁점매입세금계산서 내역

(단위: 백만원)

○○○

<표3> 이 건 고지세액

(단위 : 원)

○○○

  (라) 세무조사결과 통지서에는 2022년 제2기～2023년 제2기 과세기간에 대하여 예상고지세액 OOO원, 세액의 산출명세, 가산세의 산출명세가 기재되어 있고, 조사 항목별 세부내역으로 재화 또는 용역의 공급없이 발급한 매출세금계산서 공급가액을 과세표준에서 제외하고, 재화 또는 용역의 공급없이 발급한 매입세금계산서 관련 매입세액을 불공제하는 내용으로 기재되어 있다.

   1) 처분청은 2024.9.27. 청구법인의 전자우편으로 세무조사 결과통지서를 전송하였고, 같은 날 청구법인은 이를 열람한 후 직원 e을 수령인으로 한 수령증을 제출하였으며, 세무대리인도 수령증을 제출하였고, 2024.9.30. 청구법인이 날인한 수령증을 추가로 제출받았다.

   2) 처분청은 2024.9.30. 세무조사 결과통지서를 청구법인에게 등기우편으로도 발송하였고, 청구법인은 2024.10.2. 폐문부재 사유로 미배달되었으며, 2024.10.4. 송달된 것으로 나타난다.

  (마) 청구법인의 법인등기부에 따르면, 청구법인은 2022.8.12. 설립되어 사내이사 c은 2024.3.18. 사임하고, 같은 날 d이 사내이사로 취임하였는바, 이외에 임원에 관한 사항으로 기재된 것이 없다.

  (바) 청구법인은 2025.2.4. 심판청구서(1차)를 우편접수하였는바, 청구인란에 성명 ‘a’, 상호 ‘(주)D’, 청구법인의 사업자등록번호와 청구법인의 본점 소재지를 주소로 기재하였고, 위임장에 위임자가 ‘㈜C 대표이사 b’라고 기재되어 있으며,

  이후 2025.3.12. 심판청구서(2차)를 우편제출하였는바, 청구인란에 성명 ‘c’, 상호 ‘(주)D’, 위임장에 위임자가 ‘㈜D 대표이사 c’으로 기재되어 있다.

  (사) 한편, 2025.9.11. 세무대리 위임장을 다시 제출하였는바, 위임자는 주식회사 D 대표이사 d으로 기재되어 있고, d의 신분증 사본을 첨부하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인이 2025.2.3. 제출한 심판청구서(1차)에는 청구인란에 대표이사 성명을 a로 기재하였으나 이 건 심판청구의 주체는 청구법인인 점, 이후 2025.9.11. 세무대리 위임장을 다시 제출하였는바, 위임자는 청구법인 대표이사 d으로 하고, d의 신분증 사본을 첨부함으로써 대표자 자격이 없는 자가 한 심판청구행위를 추인한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 적법한 대표자가 심판청구행위를 추인하면 그 행위한 때에 소급하여 효력을 가지므로 이 건 심판청구는 적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

  (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 세무조사 후 20일 내에 세무조사결과통지서를 통지하지 않아 중대한 절차상 하자가 있다고 주장하나,

  「국세기본법」제5조 제1항에서 ‘이 법 또는 세법에서 규정하는 신고, 신청, 청구, 그 밖에 서류의 제출, 통지, 납부 또는 징수에 관한 기한이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 다음날을 기한으로 한다’고 하면서 제2호는 ‘공휴일’로 규정하고 있는바, 이 건 세무조사 종결일(2024.9.13.)로부터 20일이 되는 날인 2024.10.3.은 공휴일이므로 그 다음날까지 세무조사결과 통지기한인 점, 이 건 세무조사결과통지서는 2024.10.4. 청구법인에게 등기 송달된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.