[주 문]

심판청구를 기각한다

[이 유]

1.처분개요

가. 청구법인은 2019.11.22. 청구법인의 전 대표이사 A가 100% 지분을 소유한 주식회사 B(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 주식회사 C(이하 “C”라 한다) 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원(합계 OOO원)에 양도하였고, 쟁점주식의 시가를 「상속세 및 증여세법」상 보충적 평가방법에 따라 평가한 1주당 OOO원으로 산정한 후 청구법인이 특수관계법인인 쟁점법인에게 쟁점주식을 시가보다 저가에 양도하였다고 보아 부당행위계산 부인 규정에 따라 시가와 대가의 차액인 OOO원의 2019사업연도 익금 산입 등을 하여 2019사업연도 법인세 OOO원 및 2020사업연도 법인세(미환류소득에 대한 법인세 포함) OOO원을 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 2025.2.25. 쟁점법인이 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제4호 또는 제7호의 특수관계법인에 해당하지 않는다는 이유로 위 OOO원의 익금불산입 등을 하여 법인세 합계 OOO원[2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원(미환류소득에 대한 법인세)]의 환급을 구하는 경정청구를 각각 제기하였다.

다. 처분청은 쟁점법인이 청구법인의 특수관계법인에 해당한다고 보아 2025.5.14. 위 경정청구를 각각 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) D은 청구법인의 설립자․최대주주 및 공동 대표이사(명예회장)로서 쟁점주식 거래 당시 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하 “공정거래법”이라 한다) 제2조 제2호 나목에 따른 ‘동일인’(E기업집단 사업내용을 사실상 지배하는 자)에 해당한다.

 A는 쟁점주식 거래 이전인 2019.10.31. 청구법인의 대표이사에서 사임(퇴사)하였고, 퇴사 전 청구법인의 주주(명목상 지분비율 3.OOO%, 자기주식을 제외한 실질 지분비율 4.OOO%)이면서 청구법인의 공동 대표이사(회장)로 재직한 이력이 있는 한편, 청구법인에서 퇴사할 당시 C의 사내이사(계열회사의 등기임원을 겸직하였던 것으로, 별도의 보수를 수령한 사실은 없다)에서는 사임하지 않았다.

 쟁점법인은 2007.1.10. 건축자재 도․소매업을 영위할 목적으로 설립된 회사로, A가 지분 100%를 소유하고 있고, 이사회 구성원과 감사는 모두 A와 그 가족으로만 구성되어 있다.

 한편, 쟁점법인은 2019.11.22. 쟁점주식 거래 당시 청구법인의 소액주주(명목상 지분비율 0.OOO%, 자기주식을 제외한 실질 지분비율 0.OOO%)이다.

 (2) D이 발행주식을 1주도 보유하고 있지 아니한 쟁점법인이 E 기업집단에 속한다고 볼 수 없다. 그리고 쟁점법인 이사회의 구성원과 감사는 모두 A와 그 가족으로만 구성되어 있으므로, D이 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고도 볼 수 없다. 따라서 쟁점법인은 청구법인과의 관계에서 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호의 ‘공정거래법상 계열회사 관계에 따른 특수관계인’에 해당하지 않는다.

  (가) 공정거래법 제2조 제2호에 의하면 “기업집단”이란 동일인이 같은 법 시행령 제3조 제1호 소정의 지분율 요건 또는 제2호 소정의 지배력 요건 중 어느 하나를 충족하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말하며, 같은 조 제3호는 2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우 서로 상대방의 “계열회사”에 해당된다고 규정하고 있다. 그리고 공정거래법 시행령 제3조 제1호는 ‘동일인이 단독으로 또는 동일인관련자(6촌 이내의 혈족 등 친족 또는 계열회사의 임원)와 합하여 당해 회사의 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사는 동일인이 지배하는 기업집단에 포함한다’고 규정하고 있다.

  (나) 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시, A가 2019.10.31. 청구법인에서 퇴사하였으나, 청구법인의 계열회사인 C의 사내이사(등기임원을 겸직한 것으로서, 별도의 보수를 수령한 사실이 없다)를 사임하지 않아서 2019.11.22. 쟁점주식 거래 당시 A가 동일인관련자(계열회사의 임원)에 해당하므로, 동일인관련자가 지분 100%를 소유한 쟁점법인을 청구법인과 계열회사 관계에 따른 특수관계인(「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호)으로 보았다.

  (다) 그러나 이 건과 쟁점이 동일한 조세심판원 선결정례(조심 2016전3135, 2017.6.30., 조심 2020중733, 2020.7.21.)는 ‘공정거래법 시행령 제3조는 “동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합하여 당해 회사 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사”를 동일인이 지배하는 기업집단에 포함한다고 규정하고 있으므로, 동 규정은 ① 동일인이 단독으로 위 지분율 기준 이상의 당해 회사 발행주식을 보유하는 경우 및 ② 동일인과 동일인관련자가 각 보유하는 당해 회사 발행주식을 합하여 위 지분율 기준 이상이 되는 회사를 기업집단의 범위에 포함한다고 해석함이 타당한 점 등에 비추어 동일인이 당해 회사 발행주식을 1주도 보유하고 있지 아니한 경우에는 당해 회사를 공정거래법상 동일인이 지배하는 기업집단에 속한다고 볼 수 없다’고 해석하였다.

  따라서 조세심판원 선결정례와 동일하게 이 건의 경우에도 E기업집단의 동일인인 D이 쟁점법인의 발행주식을 1주도 보유하고 있지 아니하므로, 쟁점법인이 공정거래법상 D을 동일인으로 하는 E기업집단에 속한다고 볼 수 없다.

  (라) 국세청의 예규(서면-2019-법인-2476, 2019.12.13.)에서도 내국법인(A법인)과 해당 내국법인의 자회사(내국법인이 73.6% 출자) 주주인 대표이사가 출자한 다른 내국법인(자회사의 대표이사가 50% 출자한 B법인)이 서로 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있지 않아「법인세법 시행령」제2조 제5항 각 호의 규정에 해당하지 않는 경우에는 A법인과 B법인을 특수관계인으로 보지 아니하는 것으로 해석하고 있는바, 해당 국세청 예규에 의하면 임원의 임면권 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하지 않는 경우에는 동일인관련자(계열회사의 임원)가 30% 이상을 소유하면서 최다출자자에 해당하는 경우에도 당해 법인은 기업집단 소속기업(계열회사)에 해당되지 않는다고 해석한 것이다.

  (마) 2019.11.22.자 쟁점주식 거래 당시 쟁점법인은 A가 100%의 지분을 소유하고 있었고, 쟁점법인의 이사회 구성원[대표이사 F(A의 아들), 사내이사 A]과 감사[G(A의 배우자)]는 모두 A와 그 가족이므로, E기업집단의 동일인인 D이 이사 임명, 임원의 100분의 50 이상의 선임 또는 그러한 선임을 할 수 있는 회사․조직의 변경 등과 관련된 주요 의사결정이나 업무집행에 지배적인 영향력을 행사하는 등 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있었다고 볼 수 없다.

  (바) 참고로, 청구법인의 2017년부터 2019년까지의 사업보고서 공시자료(계열회사 등에 관한 사항)에서도 쟁점법인을 청구법인의 계열회사(E기업집단 소속기업)로 공시하고 있지 않았다.

 (3) 쟁점주식 거래 당시 청구법인이 쟁점법인의 발행주식을 1주도 보유하고 있지 아니하였고, A가 독립적으로 쟁점법인에 지배적인 영향력을 행사하고 있었므로, 쟁점법인은 청구법인과의 경영지배관계에 따른 특수관계인(「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제4호)에 해당하지 않는다.

  (가) 「법인세법」 제52조에 따라 부당행위계산으로 부인되는 거래의 상대방인 특수관계인에 대하여 같은 법 시행령 제2조 제5항은 ‘법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다’고 규정하면서, 제2호에서 소액주주가 아닌 주주를 특수관계인으로 규정하고 있고, 제4호에서 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을 특수관계인으로 규정하고 있다.

 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제3항 제2호 가목에서 본인이 법인인 경우 직접 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인을 특수관계인으로 규정하고 있고, 같은 조 제4항 제1호 가목에서 ‘같은 조 제3항 제2호 가목의 규정을 적용할 때 영리법인의 발행주식 총수의 30% 이상을 출자한 경우 해당 법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다’고 규정하고 있다.

  (나) 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시, 청구법인의 주주인 A(특수관계인)가 쟁점법인의 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하고 있었으므로, 쟁점법인은 청구법인과의 경영지배관계에 따른 특수관계인(「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제4호)에 해당한다고 보았다.

  (다) 그러나 이 건과 쟁점이 동일·유사한 경영지배관계에 따른 특수관계인 해당 여부와 관련한 조세심판원 선결정례(조심 2019중3517, 2021.3.22.)에서 「소득세법」상 양도소득에 대한 부당행위계산 부인 규정의 적용 여부와 관련하여, 개인인 본인(A)은 직접 출자하지 아니한 채 그와 「국세기본법 시행령」상의 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자(B : A의 아버지)만이 해당 법인(C : B가 대표이사로서 76% 출자한 법인)의 발행주식 총수 30% 이상을 출자한 경우, 경영지배관계에 따른 특수관계법인에 해당하기 위해서는 해당 법인이 본인이 단독으로 또는 본인의 친족관계 등에 있는 자와 함께 소유한 주식 등의 합계가 총 발행주식의 100분의 30 이상인 법인이어야 하고, 본인(A)이 그 주식을 소유하지 않은 채 그와 친족관계 있는 자(B)만이 그 주식을 소유한 법인(C)은 본인(A)의 특수관계인에 해당하지 않는다고 해석하였다.

  (라) 또한 이 건과 쟁점이 동일·유사한, 경영지배관계에 따른 특수관계인 해당 여부와 관련한 대법원 판례(대법원 2021.5.7. 선고 2020두49324 판결, 대법원 2022.1.14. 선고 2021두51593 판결, 대법원 2024.7.25. 선고 2022두63386 판결, 대법원 2024.10.8. 선고 2024두46255 판결)에서, 대법원은 문언체계가 동일한 「지방세기본법」, 「국세기본법」 및 「법인세법」상 특수관계인 여부를 판정함에 있어서 세법의 문언상 “‘본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여’ 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 경우를 ‘본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자가’ 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 경우로 볼 수 없으며, 따라서 본인(A)의 특수관계인(B : 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자)이 어느 법인(C)에 지배력을 행사하는 관계에 있더라도 그러한 사정만으로 곧바로 본인(A)과 해당 법인(C)의 특수관계가 인정되지 않고, 지배적인 영향력의 행사는 특수관계인(B)이 아닌 본인(A)을 기준으로 판단하여야 하고, 본인(A)이 직접 지배적인 영향력을 행사하지 않고 특수관계인(B)을 통하여 지배적인 영향력을 행사한다고 인정되려면 그 영향력을 본인(A)이 직접 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는 정도에 이르러야 한다”고 일관되게 판시하고 있다.

  부언하면, 대법원은 “‘통하다’의 사전적 의미가 ‘어떤 사람을 매개로 하거나 중개하게 하다’인 점에서, 본인이 그와 특수관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다고 인정되기 위해서는, 본인(A)이 그와 특수관계에 있는 자(B)의 의사결정을 좌우함으로써 본인이 법인에 직접 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동등하게 볼 수 있을 정도에 이르러야 하고, 이때 ‘본인과 특수관계에 있는 자’(B)는 본인(A)이 법인에 대하여 행사하고자 하는 영향력을 그 중간에서 매개하는 역할을 수행하는 경우를 의미한다고 해석되어야 하는 것이지, ‘본인과 특수관계에 있는 자’(B)가 본인(A)의 영향 없이 독자적으로 법인에 대하여 영향력을 행사하는 경우를 의미하는 것이라고는 해석할 수 없다”고 판시하고 있다.

 (4) 청구법인의 항변 내용은 <별지1>과 같다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점법인은 구 공정거래법 시행령 제3조의 지분율 요건을 충족하여 기업집단에 속하는 법인이므로 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호의 특수관계인에 해당한다.

  (가) 동일인인 D과 동일인관련자인 A가 합하여 쟁점법인의 발행주식 총수의 100분의 30 이상(A가 100% 소유)하는 경우로서 최다출자자인 쟁점법인은 기업집단의 계열회사이므로 청구법인의 특수관계인에 해당한다.

   1) 서울고등법원은 “공정거래법 시행령 제4조 제1호(구 공정거래법 시행령 제3조 제1호에 해당)는 ‘동일인이 지분을 소유한 바 없이 동일인관련자만이 해당 회사의 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우’가 포함된다고 해석함이 타당하고, 나아가 위 조항이 위임의 범위를 일탈한 것이라거나 과잉금지원칙에 위반된다고 볼 수도 없다”고 판시하였다(서울고등법원 2024.2.15. 선고 2022누39835 판결, 확정).

   법원은 “‘동일인이 동일인관련자와 합하여’에서 ‘합하다’는 사전적으로 ① ‘여럿이 한데 모이다, 또는 여럿을 한데 모으다’라는 의미와 ② ‘둘 이상의 수나 식을 더하다’라는 의미를 지닌다. 따라서 ‘합하여’를 전자의 의미로 사용하는 경우에는 여럿으로서, 후자의 의미로 사용하는 경우에는 동일인과 동일인관련자가 ‘0’이 되는 경우를 특별히 배제할 이유가 없다”고 판시하였다.

   법원은 “위 규정의 문언을 있는 그대로 이해하면 ‘동일인이 소유한 주식의 수’와 ‘동일인관련자가 소유한 주식의 수’를 ‘합하여’ 발행주식총수의 100분의 30 이상이 되는 경우를 의미한다고 할 것이므로, 즉 동일인이 소유한 주식의 존재를 전제하지 않는 후자의 의미로 사용되었다고 봄이 자연스럽다”고 판시하였고, “종래의 실무 역시 동일인이 주식을 소유하지 않은 회사라 하더라도 지분율 요건을 충족할 수 있음을 당연한 전제로 하여 왔다(대법원 2022.5.12. 선고 2017두63993 판결, 대법원 2020.2.27. 선고 2019도19190 판결, 대법원 2015.3.26. 선고 2012두27268 판결, 같은 뜻임)”고 판시하였다.

   법원은 여기에 덧붙여 “기업집단 제도에 관한 공정거래법령의 입법취지와 목적, 제․개정 연혁에 비추어 보더라도 이와 달리 보기 어렵다”고 판시하였다.

   2) 청구법인 또한, 이와 같은 법원의 판결 및 법령의 취지 및 실무상 처리방법 등을 알고 당초 정기신고 시에는 ‘특수관계법인’으로 인식하고 법인세의 자진 신고 및 납부를 하였으나, 세무조사 및 경정을 할 수 없도록 부과제척기간을 한 달 남겨두고 경정청구를 한 것으로 보인다.

   청구법인은 2024.9.4. 법인세 수정신고 및 OOO원 가량을 자진하여 납부하였는데, 청구법인이 그때까지도 이 건에 대해 경정청구를 하지 않았던 것은 청구법인 스스로도 쟁점법인이 특수관계인에 해당하는 사실을 알고 있었기 때문으로 보인다.

  앞서 언급한 서울고등법원 2024.2.15. 선고 2022누39835 판결에서 판시한 바와 같이 기업집단의 범위는 ‘지분율 요건’과 ‘지배력 요건’ 둘 중 하나만 충족하면 되므로 쟁점법인은 기업집단의 범위에 포함되어 청구법인의 특수관계인임이 분명하다.

  (나) 청구법인의 비소액주주이자 전 대표이사인 A가 쟁점법인의 지분 100%를 소유하여 청구법인이 쟁점법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하는 경우에 해당하므로 쟁점법인은 청구법인의 특수관계인에 해당한다.

  청구법인의 2019.11.4.자 이사회 회의록에 따르면 청구법인은 쟁점주식의 매수자를 A로 결정하였으나, 실제 거래는 A가 사주로 있는 쟁점법인과 거래를 하였는바, A가 40년간 청구법인에 근무했을 뿐 아니라 20년 가까이 대표이사로 재직하였으며, 비소액주주였으므로 거래상대방을 지정할 수 있었던 것으로 보인다.

   A는 2019년 10월 경영 일선에서 물러났음에도 불구하고 청구법인 지분을 포함해 주요 계열사인 C, 주식회사 H 및 주식회사 I의 지분을 보유하여 여전히 영향력을 가지고 있었던 것으로 평가받았다(202OOO자 기사 참조).

   그리고 쟁점주식 거래 시점에 청구법인과 A는 아래 <표1>과 같이 청구법인의 관계회사 주식을 거래하였다.

<표1> 청구법인과 A 사이의 청구법인 관계회사 주식 거래내역

○○○

   위 거래는 청구법인의 관계회사 주식 거래를 통해 계열분리를 위한 작업으로 보이고, 이는 C의 지배력을 청구법인의 실권자이자 최고경영자였던 A에게 넘겨주고 주식회사 H 및 주식회사 I의 지배력을 청구법인이 확보하기 위한 것으로 보인다.

   또한 ① A가 청구법인의 대표이사로서 퇴사 직전 쟁점주식의 평가를 의뢰한 점, ② A가 퇴직하였음에도 퇴직 이후 향후 3년간 고문으로 위촉하기로 의결한 사실이 있는 점, ③ A가 2012년 OOO월부터 2018년 OOO월까지 청구법인과 쟁점법인의 대표이사를 겸임한 적이 있는 점, ④ 쟁점법인의 감사가 청구법인의 재경지원부에서 근무했던 J으로 두 회사 간에 서로 인사 교류가 있는 점, ⑤ C의 대주주는 쟁점법인이지만 여전히 청구법인과 인사교류(C의 대표자는 청구법인의 CFO였던 K)가 있는 점으로 보아, 청구법인과 쟁점법인은 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제4호의 ‘해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우’에 해당한다.

  이뿐만 아니라 쟁점주식의 양도계약서 작성과 동시에 고액의 양도대가가 지불되어 거래가 완료된 것은 A가 퇴직 전 쟁점주식 양도에 대해 지배적 영향력을 행사할 수 있었기에 가능한 것임이 분명하다.

  (다) 청구법인이 주장한 판례는 이 건과 무관하며, 지배적 영향력은 사실판단 사항으로 개별적으로 검토되어야 한다.

  청구법인이 제시한 대법원 2024.7.25. 선고 2022두63386 판결의 거래당사자는 개인과 법인으로, 계열회사가 공정거래법상 기업집단의 범위에 포함되는 이 건과 관련이 없다(개인이 동생 부부가 100% 지분을 보유한 법인에게 공장건물 등을 양도). 그리고 청구법인이 제시한 판례에서의 개인인 본인과 공정거래법상의 동일인을 동일시해서는 아니된다.

  청구법인이 제시한 조세심판원의 조심 2016전3135, 2017.6.30.과 조심 2020중733, 2020.7.21.의 선결정례는 ‘지배력 요건’에 대한 것으로 보이나, 법원에서 ‘지배력 요건’에 대해 판시한 이후로는 동일한 결정례가 없다.

  상기 외 청구법인이 제시한 판례 등은 ‘지배적 영향력’에 대한 사실판단 사항으로 개별 사건마다 별개로 판단해야 하며, 사실상 ‘지배적 영향력’이 분명한 이 건에서는 의미가 없다.

  (라) 쟁점법인이 당초 청구법인의 이사회 회의록에 기재된 A를 대신하여 쟁점주식을 매수한 것은 A가 2세 승계 절차를 하고 있는 것으로 보인다.

  쟁점법인은 주식회사 L의 지분 50%, M 주식회사의 지분 90% 등을 보유한 지배회사이며, 주식회사 L의 경우 OOO광역시 OOO에 본사를 두고 부동산 개발 등을 영위하고 있으며, M 주식회사는 OOO 유통업체로 OOO원의 매출을 올리고 있다.

  이러한 행태는 전형적인 2세 승계 절차 중의 하나로, A의 자녀들은 A의 보유 주식을 증여받아 그 주식을 담보로 금융권으로부터 거액의 대출을 받은 후 자신들의 명의로 관계회사를 다수 설립하고, 일감몰아주기 및 자금지원을 통한 개발사업 등으로 주식가치를 올려 추후 합병 및 부의 변칙 승계에 악용하고 있는 것으로 보인다(신문기사 참조). 이와 같은 전형적인 부의 변칙 승계 사례를 막기 위해서라도 이 건의 청구주장은 기각되어야 한다.

  (마) 또한 청구법인의 심판청구가 인용된다면, 청구법인과 똑같은 방법으로 임원이 퇴사하기 전에 법인을 설립한 후, 이 법인을 통하여 이득을 분여하는 등의 탈세 효과를 낳게 된다.

  이와 관련하여 이 건은 202OOO자 OOO지에서 ‘OOO’이라는 제목하에, ‘OOO’라고 기사화되는 등 심각한 문제로 여겨진다.

 (2) 처분청의 추가 답변은 <별지1>과 같다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점법인은 청구법인의 특수관계인이 아니므로 청구법인이 쟁점법인에게 한 쟁점주식의 양도에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지2> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인은 2019.11.22. 쟁점법인에게 쟁점주식을 1주당 OOO원에 매도하는 내용의 계약을 체결하였는바, 주식매매계약서상 2019.11.22. 또는 당사자들이 달리 합의하는 날을 “거래완결일”로 규정한 것으로 나타나고(제2조), 쟁점법인이 거래완결일 당일 청구법인에게 쟁점주식 양도대금을 일시 지급하는 것으로 규정한 것으로 나타난다(제3조).

  이와 관련하여 C의 감사보고서(2019.OOO자, 2020.OOO자)상 아래 <표2>와 같이 청구법인은 2018.12.31. 현재 C의 주식 OOO주(지분율 OOO%)를 보유하고 있다가, 2019.12.31. 현재 OOO주(지분율 OOO%)를 보유하였던 것으로 나타난다.

<표2> C의 주주 구성내역

○○○

  (나) 등기사항전부증명서상 A는 2000.OOO 청구법인의 이사로 중임된 후 2003.OOO 대표이사로 취임하였다가 2019.OOO 대표이사 및 사내이사에서 사임한 것으로 나타나고, D은 2003.OOO부터 2022.OOO까지 청구법인의 대표이사로 재임한 것으로 나타난다.

  한편, A는 2012.OOO 쟁점법인의 대표이사로 취임하여 2018.OOO 퇴임한 것으로 나타나고, 아래 <표3>과 같이 청구법인의 쟁점주식 양도일인 2019.11.22. 당시 쟁점법인의 임원은 대표이사 F, 사내이사 A․N, 감사 G으로 나타나며, 이에 대해 청구법인은 F이 A의 아들, G이 A의 배우자라고 주장한다.

<표3> 쟁점법인의 임원 내역 : 법인등기사항전부증명서(2024.7.19.)

○○○

  (다) 등기사항전부증명서상 A는 청구법인의 쟁점주식 양도일 현재(2019.11.22.) C의 사내이사인 것으로 나타나는 한편, A가 2019년 10월 기준 청구법인의 계열회사 지분을 아래 <표4>와 같이 보유하고 있었던 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 양측의 다툼이 없고, A가 쟁점주식 양도 당시 청구법인의 비소액주주인 점에 대해서도 양측의 다툼이 없다.

<표4> A의 청구법인 계열회사 지분 보유내역 : 2019년 10월 기준

○○○

  (라) 청구법인의 사업보고서상 2017.12.31., 2018.12.31. 및 2019.12.31. 기준 청구법인이 쟁점법인을 계열회사로 공시한 내역은 나타나지 아니하는 한편, 2018.12.31., 2019.12.31. 및 2020.12.31. 기준 청구법인의 임원이 쟁점법인의 임원을 겸직한 내역은 나타나지 아니한다.

  (마) 청구법인은 2019년 9월 ‘O회계법인이 청구법인에게 2019.9.30. 기준 C, P, 주식회사 Q, 주식회사 H, 주식회사 I에 대한 각각의 가치평가 용역을 제공하는 내용’의 계약을 체결하는 한편, 2019.9.25. ‘R회계법인이 청구법인에게 C, 주식회사 I, 주식회사 H, 주식회사 Q, OOO의 「상속세 및 증여세법」에 의한 가치산정 관련 용역을 제공하는 내용’의 계약을 체결하였다.

  이와 관련하여 O은 OOO법에 따라 C 발행주식을 2019.9.30. 기준 1주당 OOO원으로 평가하였는바, 그 평가내역 및 평가에 사용된 매출액 등의 실적치와 추정치를 비교한 내역은 아래와 같다.

○○○

  (바) 2019.11.4. 개최된 청구법인의 이사회는 A를 2019.11.4.부터 2022.10.31.까지 고문으로 위촉하는 내용의 ‘고문 위촉 승인의 건’ 및 2019년 11월 쟁점주식을 A에게 매도하는 등의 내용이 담긴 ‘관계사 주식 처분 및 취득 승인의 건’을 의결하였는바, ‘관계사 주식 및 처분 및 취득 승인의 건’에는 청구법인이 2019년 11월 A(주식회사 H 주식 OOO주) 및 A․S(주식회사 I 주식 OOO주)으로부터 주식을 취득하는 내용의 주식취득(안)이 포함(거래가액 합계 OOO원)되어 있다.

  (사) D은 2018.7.25. 및 2019.2.13. 주식 등의 대량보유상황 보고 시 쟁점법인과 A를 특별관계자로 보고하였던 한편, 2018.7.25.자 위 보고 시 차입금담보 계약과 관련하여 A와 쟁점법인을 자신의 특수관계인으로 보고하였다.

  (아) 처분청이 제출한 언론 기사의 발췌내역은 아래와 같다.

○○○

  (자) C의 임원 현황은 아래 <표5>와 같은바, 청구법인은 K이 아닌 S(경영지원실장)이 청구법인의 CFO에 해당하고, J이 2019년 12월 청구법인에 사직서를 제출하고 2020.1.2.부터 C에서 근무를 시작하였으나, J의 2019.12.16.자 승진으로 인해 청구법인은 사직서를 수리하지 않다가,「민법」제660조에 따라 근로자가 사직의 의사표시를 한 날부터 1개월이 지나면 퇴직의 효력이 발생하기에 2020.1.31.자로 퇴사처리하였다고 주장한다.

<표5> C의 임원 현황

○○○

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점법인이 자신의 특수관계법인이 아니므로 청구법인이 쟁점법인에게 한 쟁점주식 양도에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없다고 주장하나, 공정거래법 시행령 제3조 제1호는 기업집단에 소속된 계열회사 중 하나로 ‘동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합하여 해당 회사의 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사’라고만 규정하고 있고, ‘동일인이 1주도 소유하지 않은 경우를 제외한다’라고 규정하고 있지 않은 점, 동일인이 1주의 주식을 소유하면서 동일인관련자와 합하여 30% 이상의 지분을 소유한 최다출자자인 회사와, 동일인이 1주도 소유하지 않은 채 동일인관련자만이 30% 이상의 지분을 소유한 최다출자자인 회사를 달리 평가할 이유는 없는 것으로 보이는 점, 청구주장과 같이 공정거래법 시행령 제3조 제1호에 ‘동일인이 지분을 소유한 바 없이 동일인관련자만이 해당 회사의 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우’가 포함되지 않는다고 해석할 경우, 동일인관련자에게의 지분 이전 등을 통한 조세회피의 발생 우려가 있는 점, 서울고등법원은 제정 공정거래법 시행령은 개정 전 「상속세 및 증여세법 시행령」 또는 「소득세법 시행령」등과 달리 ‘당해 회사 또는 출자자가 “각각” 또는 합하여 다른 회사의 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 보유한 경우’에 그 다른 회사를 계열회사로 규정하여 어느 일방이 주식을 소유하지 않은 경우라고 하더라도 당해 규정의 적용대상에서 제외되지 않음을 분명히 하였고, 이후 개정된 공정거래법 시행령이 ‘각각 또는 합하여’라는 문언을 사용하지 않고 ‘합하여’라는 문언을 사용한 것은 문구정리에 불과한 것으로 보인다는 등의 이유로 공정거래법 시행령 제3조 제1호에 대하여 ‘동일인이 지분을 소유한 바 없이 동일인관련자만이 해당 회사의 발행주식총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우가 포함된다’고 해석한 점(서울고등법원 2024.2.15. 선고 2022누39835 판결 참조) 등에 비추어, 쟁점법인은 청구법인과의 관계에서 「법인세법 시행령」 제2조 제5항 제7호의 특수관계법인에 해당하는 것으로 판단되고,

 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점주식을 시가보다 저가에 양도한 사실에 대해서는 청구법인과 처분청 양측의 다툼이 없는 점 등을 고려할 때, 처분청이 쟁점법인을 청구법인의 특수관계법인으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지1> 청구법인의 항변 내용 및 처분청의 추가 답변

○○○

<별지2> 관련 법령

 (1) 법인세법(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것)

 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

12. "특수관계인"이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것)

 제2조(정의) ⑤ 법 제2조 제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」 제401조의2 제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

 가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)

 나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

7. 해당 법인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 법인인 경우에는 그 기업집단에 소속된 다른 계열회사 및 그 계열회사의 임원

 제50조(업무와 관련이 없는 지출) ② 제1항 제1호 및 제2호에서 “소액주주등”이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식등을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체가 아닌 지배주주등의 특수관계인인 자는 제외하며, 이하 “소액주주등”이라 한다)을 말한다.

 (3) 국세기본법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33276호로 개정되기 전의 것)

 제1조의2(특수관계인의 범위) ④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우

 가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우

 나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우

 (4) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2018.9.18. 법률 제15784호로 개정된 것)

 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

2. “기업집단”이라 함은 동일인이 다음 각 목의 구분에 따라 대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사의 집단을 말한다.

 나. 동일인이 회사가 아닌 경우 그 동일인이 지배하는 2 이상의 회사의 집단

3. “계열회사”라 함은 2 이상의 회사가 동일한 기업집단에 속하는 경우에 이들 회사는 서로 상대방의 계열회사라 한다.

 (5) 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령(2019.3.12. 대통령령 제29618호로 개정된 것)

 제3조(기업집단의 범위) 법 제2조 제2호 각 목 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기준에 의하여 사실상 그 사업내용을 지배하는 회사”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회사를 말한다.

1. 동일인이 단독으로 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 “동일인관련자”라 한다)와 합하여 해당 회사의 발행주식(「상법」 제344조의3 제1항에 따른 의결권 없는 주식을 제외한다. 이하 이 조, 제3조의2, 제17조의5, 제17조의8 및 제18조에서 같다) 총수의 100분의 30 이상을 소유하는 경우로서 최다출자자인 회사

 가. 배우자, 6촌 이내의 혈족, 4촌 이내의 인척(이하 “친족”이라 한다)

 나. 동일인이 단독으로 또는 동일인관련자와 합하여 총출연금액의 100분의 30이상을 출연한 경우로서 최다출연자가 되거나 동일인 및 동일인관련자 중 1인이 설립자인 비영리법인 또는 단체(법인격이 없는 사단 또는 재단을 말한다. 이하 같다)

 다. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 임원의 구성이나 사업운용 등에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 비영리법인 또는 단체

 라. 동일인이 이 호 또는 제2호의 규정에 의하여 사실상 사업내용을 지배하는 회사

 마. 동일인 및 동일인과 나목 내지 라목의 관계에 해당하는 자의 사용인(법인인 경우에는 임원, 개인인 경우에는 상업사용인 및 고용계약에 의한 피용인을 말한다)

2. 다음 각 목의 1에 해당하는 회사로서 당해 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 회사

 가. 동일인이 다른 주요 주주와의 계약 또는 합의에 의하여 대표이사를 임면하거나 임원의 100분의 50 이상을 선임하거나 선임할 수 있는 회사

 나. 동일인이 직접 또는 동일인관련자를 통하여 당해 회사의 조직변경 또는 신규사업에의 투자등 주요 의사결정이나 업무집행에 지배적인 영향력을 행사하고 있는 회사

 다. 동일인이 지배하는 회사(동일인이 회사인 경우에는 동일인을 포함한다. 이하 이 목에서 같다)와 당해 회사 간에 다음의 1에 해당하는 인사교류가 있는 회사

  (1) 동일인이 지배하는 회사와 당해 회사 간에 임원의 겸임이 있는 경우

  (2) 동일인이 지배하는 회사의 임ㆍ직원이 당해 회사의 임원으로 임명되었다가 동일인이 지배하는 회사로 복직하는 경우(동일인이 지배하는 회사 중 당초의 회사가 아닌 회사로 복직하는 경우를 포함한다)

  (3) 당해 회사의 임원이 동일인이 지배하는 회사의 임ㆍ직원으로 임명되었다가 당해 회사 또는 당해 회사의 계열회사로 복직하는 경우

 라. 통상적인 범위를 초과하여 동일인 또는 동일인관련자와 자금ㆍ자산ㆍ상품ㆍ용역 등의 거래를 하고 있거나 채무보증을 하거나 채무보증을 받고 있는 회사, 기타 당해 회사가 동일인의 기업집단의 계열회사로 인정될 수 있는 영업상의 표시행위를 하는 등 사회통념상 경제적 동일체로 인정되는 회사

 (6) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(2025.3.6. 법률 제20771호로 개정되기 전의 것)

  제133조(공개매수의 적용대상) ③ 주식등을 대통령령으로 정하는 기간 동안 증권시장 밖에서 대통령령으로 정하는 수 이상의 자로부터 매수등을 하고자 하는 자는 그 매수등을 한 후에 본인과 그 특별관계자(대통령령으로 정하는 특별한 관계가 있는 자를 말한다. 이하 같다)가 보유(소유, 그 밖에 이에 준하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다. 이하 이 절 및 제2절에서 같다)하게 되는 주식등의 수의 합계가 그 주식등의 총수의 100분의 5 이상이 되는 경우(본인과 그 특별관계자가 보유하는 주식등의 수의 합계가 그 주식등의 총수의 100분의 5 이상인 자가 그 주식등의 매수등을 하는 경우를 포함한다)에는 공개매수를 하여야 한다. (단서 생략)

  제147조(주식등의 대량보유 등의 보고) ① 주권상장법인의 주식등(제234조 제1항에 따른 상장지수집합투자기구인 투자회사의 주식은 제외한다. 이하 이 절에서 같다)을 대량보유(본인과 그 특별관계자가 보유하게 되는 주식등의 수의 합계가 그 주식등의 총수의 100분의 5 이상인 경우를 말한다)하게 된 자는 그 날부터 5일(대통령령으로 정하는 날은 산입하지 아니한다. 이하 이 절에서 같다) 이내에 그 보유상황, 보유 목적(발행인의 경영권에 영향을 주기 위한 목적 여부를 말한다), 그 보유 주식등에 관한 주요계약내용, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 금융위원회와 거래소에 보고하여야 하며, 그 보유 주식등의 수의 합계가 그 주식등의 총수의 100분의 1 이상 변동된 경우(그 보유 주식등의 수가 변동되지 아니한 경우, 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우를 제외한다)에는 그 변동된 날부터 5일 이내에 그 변동내용을 대통령령으로 정하는 방법에 따라 금융위원회와 거래소에 보고하여야 한다. 이 경우 그 보유 목적이 발행인의 경영권에 영향을 주기 위한 것(임원의 선임ㆍ해임 또는 직무의 정지, 이사회 등 회사의 기관과 관련된 정관의 변경 등 대통령령으로 정하는 것을 말한다)이 아닌 경우와 전문투자자 중 대통령령으로 정하는 자의 경우에는 그 보고내용 및 보고시기 등을 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

(7) 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령(2016.7.28. 대통령령 제27414호로 개정된 것)

제2조(용어의 정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

4. "특수관계인"이란 「금융회사의 지배구조에 관한 법률 시행령」 제3조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

 (8) 금융회사의 지배구조에 관한 법률 시행령(2017.10.17. 대통령령 제28391호로 개정된 것)

 제3조(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제6호 가목에서 "대통령령으로 정하는 특수한 관계가 있는 자"란 본인과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계가 있는 자(이하 "특수관계인"이라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자. 다만, 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령」 제3조의2 제1항 제2호 가목에 따른 독립경영자 및 같은 목에 따라 공정거래위원회가 동일인관련자의 범위로부터 분리를 인정하는 자는 제외한다.

아. 본인이 혼자서 또는 그와 가목부터 사목까지의 관계에 있는 자와 합하여 법인이나 단체에 100분의 30 이상을 출자하거나, 그 밖에 임원(업무집행책임자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 임면 등 법인이나 단체의 중요한 경영사항에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 경우에는 해당 법인 또는 단체와 그 임원(본인이 혼자서 또는 그와 가목부터 사목까지의 관계에 있는 자와 합하여 임원의 임면 등의 방법으로 그 법인 또는 단체의 중요한 경영사항에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있지 아니함이 본인의 확인서 등을 통하여 확인되는 경우에 그 임원은 제외한다)

자. 본인이 혼자서 또는 그와 가목부터 아목까지의 관계에 있는 자와 합하여 법인이나 단체에 100분의 30 이상을 출자하거나, 그 밖에 임원의 임면 등 법인이나 단체의 중요한 경영사항에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 경우에는 해당 법인 또는 단체와 그 임원(본인이 혼자서 또는 그와 가목부터 아목까지의 관계에 있는 자와 합하여 임원의 임면 등의 방법으로 그 법인 또는 단체의 중요한 경영사항에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있지 아니함이 본인의 확인서 등을 통하여 확인되는 경우에 그 임원은 제외한다)

2. 본인이 법인이나 단체인 경우 : 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자

가. 임원

나. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 계열회사(이하 "계열회사"라 한다) 및 그 임원

다. 혼자서 또는 제1호 각 목의 관계에 있는 자와 합하여 본인에게 100분의 30 이상을 출자하거나, 그 밖에 임원의 임면 등 본인의 중요한 경영사항에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 개인(그와 제1호 각 목의 관계에 있는 자를 포함한다) 또는 법인(계열회사는 제외한다. 이하 이 호에서 같다), 단체와 그 임원

라. 본인이 혼자서 또는 본인과 가목부터 다목까지의 관계에 있는 자와 합하여 다른 법인이나 단체에 100분의 30 이상을 출자하거나, 그 밖에 임원의 임면 등 다른 법인이나 단체의 중요한 경영사항에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있는 경우에는 해당 법인, 단체와 그 임원(본인이 임원의 임면 등의 방법으로 그 법인 또는 단체의 중요한 경영사항에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 있지 아니함이 본인의 확인서 등을 통하여 확인되는 경우에 그 임원은 제외한다)