1. 피고가 2022. 2. 15. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 법인세 451,877,106원(가산세 41,079,737원 포함)의 과세처분 중 443,661,158원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 98%는 원고가, 나머지 2%는 피고가 각 부담한다.

피고가 2022. 2. 15. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 법인세 451,877,106원(가산세 41,079,737원 포함)의 과세처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

가. 원고의 토지 취득 및 양도

(1) 원고는 부동산 개발 및 임대업, 철근콘크리트공사업, 토목공사업 및 그 부대사업을 목적으로 하는 회사이다.

(2) 원고는 2016. 6. 30. 같은 날 임의경매로 인한 매각을 원인으로 BB CC구 DD동(이하 ‘DD동’이라고만 함) 산00-1, 300-11, 300-2, 300-3, 300-4, 300-5, 300-6, 300-7, 300-8, 300-9, 300-10, 300-11, 300-12, 300-17 각 임야 및 DD동 000 전 등 (이하에서 통틀어서 ‘분할 전 각 토지’라 함)에 관하여 각 소유권이전등기를 마쳤다.

(3) 분할 전 각 토지는 2017. 5. 18. 공장용지로 각 지목이 변경되었고, 2017. 5. 19.합병(이미 분할된 일부 토지 제외)되어 DD동 300-1(2016. 10. 17. DD동 산00-1에서 등록전환됨) 공장용지 19,522㎡(이하 ‘합병된 토지’라 함)가 되었다. 합병된 토지는 2017. 6. 30. [별지1] ‘부동산 목록’ 기재 각 토지(위 목록 순번 1. 기재 토지를 이하에서 ‘DD동 300-1 토지’라 하고, 위 목록 기재 나머지 토지들 역시 이하에서 위와 같이 일컬으며, 위 목록 기재 각 토지를 통틀어서 ‘이 사건 각 토지’라고 함) 등으로 다시 분할되었다.

(4) 원고는 이 사건 각 토지를 아래와 같이 각 양도하였다(아래 ‘양수인’란 기재 당사자들 중 EEEE 주식회사, FFF, 주식회사 GG유통, 주식회사 HHHH 및 주식회사 JJ을 이하에서 통틀어서 ‘이 사건 양수인들’이라 함).

나. 피고의 과세처분 경위

(1) 원고는 2019. 3. 26. 2018년 귀속 법인세를 신고(이하 ‘종전 신고’라고 함)·납부하였다. 원고는 2019. 11. 28. 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 법인세법 제55조의2에 따라 이 사건 각 토지 양도로 발생한 소득을 과세표준으로 하여 아래와 같이 계산한 세액을 추가하는 취지로 2018년 귀속 법인세를 수정신고(이하 ‘이

사건 수정신고’라고 함)·납부하였다.

(2) 원고는 2020. 1. 15. 당시 원고 주소지를 관할하는 KKK세무서장에 이 사건 각 토지가 사업용 토지에 해당함을 전제로 이 사건 수정신고 당시 과다 계상한 법인세 410,797,370원의 감액·환급을 구하는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 함)를 하였다. KKK세무서장은 이 사건 경정청구를 받아들여 2020. 2. 17. 위 금액에 관한 환급결정(이하 ‘이 사건 감액경정’이라 함)을 하였다.

(3) 감사원은 2021. 4. 29.부터 2021. 5. 27.까지 KKK세무서에 대한 감사를 실시하였다. 감사원은 위 감사 결과 이 사건 각 토지가 공장용지로 그 지목이 변경되기 전 임야 또는 농지였고, 이 사건 각 토지 중 일부는 재산세 종합합산과세대상이거나 착공 전에 양도되었다는 등의 이유로 비사업용 토지에 해당한다고 판단하였다. 이에 감사원

은 KKK세무서가 위와 같은 사실 확인을 하지 아니함으로써 이 사건 각 토지 양도에 따른 원고의 소득에 관하여 법인세법 제55조의2에 따른 법인세를 부족하게 징수하였다고 판단하였다. 감사원은 KKK세무서 등에 그 시정을 요구하였다(이하 ‘이 사건 시정 요구’라고 함).

(4) KKK세무서장은 2021. 12. 7. 이 사건 시정요구에 따라 원고에 2018년 귀속 법인세 부과에 관한 과세예고를 하였다. 이에 원고는 2022. 1. 28. 당시 원고의 주소지 관할 세무서장인 MMM세무서장에 과세전적부심사를 청구하였다. 위 과세전적부심사 청구가 받아들여지지 않음에 따라, 피고는 2022. 2. 15. 당시 원고의 주소지 관할 과세 관청으로서 원고에 이 사건 각 토지 양도에 따른 2018년 귀속 법인세 410,797,370원, 이에 대한 가산세 합계 149,004,421원(과소신고가산세 41,079,737원 및 납부불성실가산세 107,924,684원), 총 559,801,790원(원 이하 단위 버림)을 경정·고지(이하 ‘종전 과세 처분’이라 함)하였다. 원고는 2022. 2. 22. 종전 과세처분 고지서를 송달받았다.

(5) 원고는 2022. 5. 20. 조세심판원에 종전 과세처분의 취소를 구하는 재결을 청구 하였다. 조세심판원은 2023. 10. 11. 종전 과세처분은 납부불성실가산세(107,924,684원)를 제외하여 이를 경정하고, 원고의 나머지 청구는 기각하는 내용의 재결(이하 ‘이 사건 재결’이라 함)을 하였다[종전 과세처분 중 이 사건 재결에 의하여 감액경정되고 남은 부분, 즉 법인세 410,797,370원 및 과소신고가산세 41,079,737원(합계 451,877,107원) 부분을 이하에서 ‘이 사건 과세처분’이라 함]. 원고는 2023. 10. 13. 이 사건 재결서를 송달받았다.

다. 이 사건 관련 법령은 [별지2] 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제5호증, 을제1호증, 을제2호증(가지번

호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같음)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

이 사건 과세처분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 원고는 이 사건 각 토지 전체에 공장 단지(이하 ‘이 사건 공단’이라 함) 조성을 계획하였고, 이를 위한 공사를 진행하다가 이 사건 각 토지를 개별적으로 양도하였다. 특

히 DD동 300-31 토지는 이 사건 공단의 출입도로로 이용될 계획이었고, 이를 위한 아스팔트 포장 공사가 이루어졌다. 결국 이 사건 각 토지는 법인세법 제55조의2 제1항

제3호, 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제46조의 2 제1항 제5호에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 이 사건 과세처분을 하였다(이하 ‘제1주장’이라 함).

나. 원고는 이 사건 감액경정을 신뢰하여 해당 세액을 환급받았음에도 피고가 다시 이 사건 과세처분을 한 것은 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 반한다. 피고가 이 사건 과세처분을 할 당시 이 사건 감액경정을 하였을 때와 비교하여 새로운 과세증거가 확인되었던 것도 아닌 이상, 이 사건 과세처분은 법인세법 제66조 제4항에도 반한다(이하 ‘제2주장’이라 함).

다. 원고는 2018년 귀속 법인세에 대한 법정신고 기한 내에 이 사건 각 토지가 비사업용 토지임을 전제로 이 사건 수정신고를 하였다. 원고는 위 신고기한 도과 후에 한 이 사건 경정청구에 이르러서야 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 주장하였고, 위 주장이 받아들여져 이 사건 감액경정이 이루어졌을 뿐이다. 과세관청이 이 사건 감액경정을 한 이상, 피고가 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정을 하더라도 이는 국세기본법 제22조의3 제1항에 따라 당초 확정된 세액에 관한 법률관계에 영향을 미치지 않는다. 여기서 당초 확정된 세액에 관한 법률관계는 이 사건 감액경정에 의하여 가산세 납부 의무가 없는 것으로 확정된 법률관계를 말한다. 결국 이 사건 과세처분은 국세기본법 제22조의3에도 반한다. 따라서 피고는 원고에 국세기본법 제47조의3에 따른 가산세를 부과할 수 없다. 원고가 납세의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 볼 것이므로, 국세기본법 제48조 제1항 제2호에 의해서도 가산세 면제 사유가 인정된다. 그럼에도 불구하고 피고는 원고가 이 사건 각 토지 양도에 따른 법인세액을 적게 신고하였다고 보아 원고에 과소신고가산세를 부과하였다(이하 ‘제3주장’이라 함).

라. 설령 제2, 3주장이 받아들여지지 않는다 하더라도, 원고가 이 사건 수정신고를 한 이상 국세기본법 제48조 제2항 제1호 라목에 따라 가산세액의 100분의 30에 해당하는

금액은 감면되었어야 한다(이하 ‘제4주장’이라 함).

3. 판단

가. 제1주장에 관하여

(1) 관련 법리 및 관련 규정

(가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 또한 비사업용 토지에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 비사업용 토지 제외사유는 납세의무자가 증명책임을 부담하고, 토지 등 양도소득에 대한 과세특례제도의 입법취지에 비추어 그 제외사유는 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 한다(대법원 2023. 6. 29. 선고 2023두34637 판결 등 참조).

(나) 법인세법 제55조의2 제1항 제3호에 따라, 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우 토지 등의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 추가 납부하여야 한다. 같은 조 제2항은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 같은 항 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 비사업용 토지로 정의하고 있고, 밭(제1호)이나 임야(제2호)는 농업이나 임업을 주된 사업으로 하는 법인이 소유하는 경우 등 일정한 예외에 해당하지 않는 한 여기에 해당한다. 법인세법 시행령 제92조의3 제3호에 따라, 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간 또는 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간(일수에 따라 계산함)을 초과하는 기간 동안 위 요건을 충족한 경우 비사업용 토지에 해당한다.

(다) 한편 법인세법 제55조의2 제3항은 위 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대

통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 정하고 있다.

위 규정의 위임에 따른 규정인 법인세법 시행령 제92조의11 제1항은 제3호에서 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는

이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 토지는 기획재정부령으로 정하는 기간 동안 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 법인

세법 제55조의2 제2항에 따른 비사업용 토지 해당 여부를 판정하도록 정하고 있다. 위 규정의 위임에 따라 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호는 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 함)한 토지는 당해 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함함) 동안 위 예외에 해당하는 것으로 정하고 있다.

(2) 추가로 인정되는 사실

(가) 분할 전 각 토지 일대 토지들의 소유자였던 LLLL공업 주식회사(이하 ‘LLLL’이라고만 함)는 구릉지 형태로 남아 있던 분할 전 각 토지 일대를 공장부지로 만들기 위해 2009. 2.경 BB광역시 CC구청장(이하 ‘CC구청장’이라고만 함)으로부터 개발행위허가 및 산지전용허가 등(이하에서 통틀어서 ‘종전 개발행위허가 등’이라 함)을 받았다.

(나) 위 각 허가에 이어진, 분할 전 각 토지 일대에 대한 건축허가(이하에서 아래 각 변경허가 등 전후를 통틀어서 ‘이 사건 건축허가’라고 함)와 이에 대한 변경 등 경위는 아래와 같다.

(다) 원고는 2017. 4.경 CC구청장으로부터 종전 개발행위허가 등에 관한 변경허가를 받았다.

(라) DD동 300-30 공장용지 1,013㎡(이하 ‘DD동 300-30 토지’라고 함)는 2017. 6. 30. 합병된 토지에서 이 사건 각 토지와는 별개로 분할되었다. 원고는 DD동 300-30 토지 지상에 2층 공장 건물(이하 ‘DD동 300-30 공장’이라 함)을 건축하여, 2017. 7. 24. 주식회사 XXX그룹(변경 전 상호 : 주식회사 XXX그룹)에 위 건물과 DD동 300-30 토지 및 DD동 300-31 토지 중 1531분의 85.99 공유지분을 매도하고 2017. 8. 30.경 위 매매를 원인으로 하여 위 회사 명의의 소유권이전등기를 마쳐주었다.

(마) DD동 300-32 공장용지 304㎡(이하 ‘DD동 300-32 토지’라고 함)는 2017. 6. 30. 합병된 토지에서 이 사건 각 토지와는 별개로 분할되었다. 원고는 DD동 300-32 토지 지상에 3층 공장 건물(이하 ‘DD동 300-32 공장’이라 함)을 건축하였다.

(바) 이 사건 양수인들은 원고로부터 이 사건 각 토지를 양수한 뒤 CC구청장으로부터 각 건축허가를 받아 각 그 소유 토지(DD동 300-31 토지 제외) 지상에 아래와 같이 공장 또는 창고 건물을 건축하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑제6호증, 을제3호증 내지 을제25호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(3) 구체적 판단

(가) 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호의 해석

다음과 같은 이유에서, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제5호(이하 ‘이 사건 규정’이라 함)의 ‘착공’은 건축물 신축을 위한 공사를 의미한다고 보는 것이 타당하다.

법인세법 제55조의2 제1항 제3호가 법인의 비사업용 토지의 양도소득에 관하여 법인세를 중과하도록 한 것은 토지를 생산수단이 아니라 단순한 거래의 객체로 삼아 그 양도차익으로써 법인의 재산을 늘리는 것을 규제함으로써 부동산 거래질서를 안정화하는 데에 있다고 해석된다. 이 사건 규정은 앞서 본 것처럼 법인세법 제55조의2 제3항, 같은 법 시행령 제92조의11 제1항에 따라 비사업용 토지의 예외에 해당하는 부득이한 사유, 즉 토지를 생산수단이 아니라 단순한 거래의 객체로 삼아 그 양도차익으로써 법인의 재산을 늘리는 것으로 볼 수 없는 사유에 관한 것이다.

이 사건 규정은 ① 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득할 것과 ② 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공할 것을 그 요건으로 한다. 그런데 ① 건축물이 정착되지 아니한 토지를 취득하고 ② 건축물 공사가 아닌 대지 조성, 기반시설 공사 내지 진입로 공사 등만을 한 상태로 양도하는 경우 토지를 생산수단으로써 활용하려 하였으나 부득이하게 이에 미치지 못한 것으로 평가하기는 어렵다. 더욱이 이 사건 규정은 ② ‘사업용으로 사용하기 위하여’ 건설에 착공할 것을 요건으로 하고 있는데, 대지 조성, 기반시설 공사 내지 진입로 공사 등만으로 위와 같은 목적이 충족된다고 보기도 어렵다.

(나) 이 사건 각 토지에 이 사건 규정이 적용되는지 여부

위와 같은 이 사건 규정의 해석을 전제로 살피건대, 위 인정사실들, 을제26호증, 을제27호증의 각 기재, 갑제7호증 내지 갑제8호증의 각 영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 건축물이 정착되지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공하였다고 볼 수는 없다고 판단된다. 즉, 이 사건 각 토지에 이 사건 규정은 적용된다고 볼 수 없다.

① 원고가 그 주장처럼 분할 전 각 토지를 매입하여 이를 정비하고 지목을 변경한 다음 합병 후 다시 분할하여 이 사건 공단을 만들고 각 공장을 분양할 계획을 가지고 있었던 것으로 보이기는 한다. 그러나 원고는 그 주장에 따르더라도 분할 전 각 토지의 취득 후 그 형질변경과 부지 안정화 등을 위한 공사, 공단 전체의 진입로 개설 공사, 전기 설비·오수·하수관 설치 공사 등을 완료하였을 뿐이다. 원고가 공장 건물의 신축을 위하여 단순한 준비작업을 넘어 굴착 또는 터파기 공사 등을 착수(대법원 1997. 9. 9. 선고 96누15558 판결 등 참조)하였다고 볼 수도 없다. 결국 원고는 이 사건 각 토지 지상에 공장 건물 건축을 위한 공사는 착공하지 않은 상태에서 이 사건 각 토지를 양도하였다고 보아야 한다.

② 갑제7호증, 갑제8호증의 각 영상에 의하더라도, 원고가 위와 같이 대지 조성 및 기반시설 공사 등에 그쳤던 사정이 나타나고, 이 사건 각 토지 지상에 공장 건물 신축을 위한 공사에 착수하였다는 점은 확인되지 않는다. 오히려 앞서 본 것처럼, 이 사건 양수인들이 원고로부터 이 사건 각 토지를 양수한 뒤 비로소 그 지상에 공장 또는 창고 건물을 건축하였다.

③ 앞서 본 것처럼 원고는 분할 전 각 토지를 양수한 뒤 이 사건 건축허가에 대한 변경허가를 받았고, 그 결과 최종적으로 위 건축허가에 따른 대지면적은 19,568㎡, 건축면적은 749.7㎡가 되었다. 그런데 원고가 직접 건축한 DD동 300-30 공장 및 DD동 300-32 공장의 건축면적 합계가 위와 같은 이 사건 건축허가에 따른 건축면적과 일치하는 것으로 보인다. 이러한 점은 원고가 종전 개발행위허가 등 및 이 사건 건축 허가를 바탕으로 위 각 공장의 건축 외에 별다른 공사에 착수하지 않았음을 방증한다고 볼 것이다.

(다) 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

위와 같이 이 사건 각 토지에 이 사건 규정이 적용되지 않음을 전제로, 이 사건 각 토지가 법인세법 제55조의2 제2항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지에 관하여 살핀다.

앞서 본 바와 같이 원고는 2016. 3. 30. 분할 전 각 토지를 취득하였고, 그로부터 414일 후인 2017. 5. 18. 분할 전 각 토지의 지목을 임야 또는 전에서 공장용지로 각 변경하였다. 원고는 농업을 주된 사업으로 하지 아니하는 법인으로서, 분할 전 각 토지 중 DD동 322 전은 위와 같이 지목이 변경되기 전까지 법인세법 제55조의2 제2항 제1호 가.목에 해당하였다고 판단된다. 분할 전 각 토지 중 위 토지를 제외한 나머지 각 임야 역시 각 지목 변경 전까지 법인세법 제55조의2 제2항 제2호 단서 각 목 중 어느 하나에 해당하지 않아 비사업용 토지에 해당하였다고 판단된다.

한편 이 사건 각 토지 중 원고가 가장 늦게 양도한 DD동 300-39 토지는 그 양도일이 2018. 12. 20.로서, 원고는 위 토지를 995일간 소유하였다. 위와 같이 3년 미만인 DD동 300-39 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간에 해당하는 265일 및 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간에 해당하는 398일을 각 초과하는 기간 동안, 위 토지는 임야에 해당하였음을 알 수 있다.

결국 이 사건 각 토지 모두 법인세법 제55조의2 제2항이 정한 요건에 해당하여 비사업용 토지에 해당하였다고 판단된다. 원고가 제출한 증거만으로는 이를 뒤집고 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에서 제외되는 사유가 있다고 인정하기에 부족하며 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 제1주장은 받아들일 수 없다.

나. 제2주장에 관하여

일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2006. 5. 26. 선고 2003다18401 판결 등 참조).

위와 같은 관련 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 감액경정만으로 과세관청이 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다거나, 이를 전제로 원고의 이 사건 수정신고에 따른 과소신고가산세를 부과하지 않을 것이라는 취지의 공적 견해를 표명한 것으로 단정하기는 어렵다. 설령 이를 인정한다 하더라도, 원고가 과세관청의 견해표명을 신뢰하고 이에 따른 행위를 하였다고 볼 수는 없다. 원고가 세액 환급을 받은 것은 이 사건 감액경정 자체에 수반된 결과로서, 이를 과세관청의 견해 표명과 별도로 이루어진 납세자의 행위라고 볼 수는 없기 때문이다. 여기에 신의성실의 원칙은 합법성의 원칙을 희생해서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용된다는 점(대법원 2002. 10. 25. 선고 2001두1253 판결 등 참조)까지 감안하면, 이 사건 과세처분이 신뢰보호의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 반한다고 볼 수는 없다고 판단된다.

원고는 이 사건 과세처분이 법인세법 제66조 제4항에 반한다고 주장하기도 한다. 위 규정은 과세관청이 세액을 결정 또는 경정한 뒤 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우 즉시 이를 다시 경정하도록 정하고 있다. 과세관청이 세액의 결정 또는 경정을 한 뒤 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견하지 않은

경우에는 다시 세액의 경정을 할 수 없다는 해석은 위 규정으로부터 도출되지 않는다.

즉, 과세관청이 감액경정처분을 한 뒤 다시 증액경정처분을 하는 것이 위 규정 자체로

써 금지되거나, 오류나 누락을 발견한 경우에 한하여 허용된다고 볼 수는 없다. 원고의

위 주장 또한 받아들일 수 없다.

결국 원고의 제2주장 역시 받아들일 수 없다.

다. 제3주장에 관하여

(1) 관련 법리

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다.

또한 가산세는 세법에서 규정한 신고·납세 등 의무 위반에 대한 제재인 점, 구 국세기본법이 세법에 따른 신고기한이나 납부기한까지 과세표준 등의 신고의무나 국세의 납부의무를 이행하지 않은 경우에 가산세를 부과하도록 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 개별 세법에 따른 신고·납부기한을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

(가) 이 사건 감액경정 및 이 사건 과세처분에 의해 가산세 부과 요건이 소멸되는 지 여부

국세기본법 제47조의3 제1항 제2호에 따라, 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우 그것이 부정행위로 인한 것이 아니라면, 과소신고한 납부세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 납부하여야 한다. 이처럼 위 규정에 따른 과소신고

가산세 부과는 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 사실을 그 요건으로 한다.

한편 국세기본법 제22조의3는 세액의 경정이 당초 확정된 세액(감액경정의 경우 그 경정으로 감소되는 세액 외의 세액)에 관한 법률관계에 영향을 미치지 아니한다고 정하고 있는데, 납세의무자가 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 뒤 과세관청의 감액경정 또는 증액경정처분이 있다 하더라도 위 규정으로 인하여 위와 같은 과소신고 사실 자체가 없어지는 것이 아니다. 즉, 국세기본법 제22조의3에도 불구하고

‘신고하여야 할 세액’ 자체가 달라지지 않는 한 과세관청의 경정처분으로 인하여 국세기본법 제47조의3 제1항에 따른 가산세 납부 의무가 사라진다고 볼 수는 없다.

앞서 본 것처럼, 원고는 2018년 귀속 법인세 신고기한인 2019. 3. 31. 이전에 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않음을 전제로 종전 신고를 하였고, 위 기한이 지난 뒤인 2019. 11. 28.에야 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 이 사건 수정신고를 하였다. 원고의 제1주장에 관한 판단에서 본 것처럼 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하고 그에 따른 법인세 증액 경정이 적법하다고 보는 이상, 원고는 종전 신고 당시 이 사건 각 토지 양도와 관련하여 법인세를 신고하여야 할 세액보다 적게 신고하였다고 볼 수밖에 없다. 결국 피고가 이 사건 과세처분에서 국세기본법 제47조의3 제항 제2호에 따라 과소신고가산세를 부가한 것은 적법하다고 판단된다.

원고는 이 사건 과세처분이 이 사건 수정신고에 대한 경정이 아니라 이 사건 감액경정에 대한 재경정에 해당하고, 따라서 원고가 종전 신고 또는 이 사건 수정신고 당시 납부할 세액을 과소신고하였는지 여부는 이 사건 과세처분 중 과산세 부분의 위법 여부와 무관하다는 취지로 주장하기도 한다. 그러나 위와 같이 이 사건 감액경정이나 이에 대한 재경정에 해당하는 이 사건 과세처분이 국세기본법 제22조의3에 따라 당초 확정된 법률관계에 영향을 미치지 아니한다고 하더라도 원고의 과소신고 사실, 즉 과소신고가산세 부과 요건이 인정되지 않는다고 볼 수는 없다. 원고의 위 주장 역시 받아 들이지 않는다.

(나) 가산세 면제의 정당한 사유 인정 여부

앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 각 토지 지상에 공장 건물 신축을 위한 공사에 착수하지 않은 채 위 각 토지를 양도하였다. 그러한 이상 이 사건 각 토지는 비사업용 토지로서 그 양도에 따른 소득은 법인세법 제55조의2에 의한 과세대상이 된다. 원고가

이러한 관계 법령의 해석 및 적용을 인지하는 것이 무리였다고 보이지도 않는다. 따라

서 원고가 2018년 귀속 법인세 신고기한인 2019. 3. 31. 당시 즉 종전 신고를 하였을

무렵 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 법인세법 제55조의2에 따른 법인세를 신고·납부하지 아니한 데에 정당한 사유가 인정된다고 볼 수는 없다.

(다) 소결

원고의 제3주장 역시 받아들이지 않는다.

라. 제4주장에 관하여

구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라고만 함) 제48조 제2항 제1호 나.목[원고는 가산세 감면의 근거 규정으로 국세기본법 제48조 제2항 제1호 라.목을 들고 있으나, 국세기본법 부칙(2019. 12. 31. 법률 제16841호) 제8조에 따라 2019. 12. 31. 개정된 국세기본법 제48조 제2항은 위 개

정 법률 시행일인 2020. 1. 1. 전에 법정신고기한이 만료된 경우로서 위 개정 법률 시행 이후 최초로 수정신고하는 경우 적용된다. 앞서 본 것처럼 이 사건 수정신고가 2019. 11. 28. 이루어진 이상, 이 사건에는 구 국세기본법 제48조 제2항이 적용된다]에 따라, 정부는 법정신고기한이 지난 후 6개월 초과 1년 이내에 수정신고한 경우 해당 가산세액의 100분의 20에 상당하는 금액을 감면한다. 국세기본법 시행령 제29조는 위와 같은 가산세 감면의 제외 사유로서 ‘과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 과세표준수정신고서를 제출한 경우’에 관하여, ① 해당 국세에 관하여 세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 과세표준수정신고서 또는 기한후과세표준신고서를 제출한 경우

(제1호) 또는 ② 해당 국세에 관하여 관할 세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받

고 과세표준수정신고서를 제출한 경우(제2호) 등을 열거하고 있다.

앞서 본 바와 같이, 종전 신고 당시 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않음을 전제로 이루어진 종전 신고에 관하여 국세기본법 제47조의3에 따른 가산세를 부과하는 것은 적법하다고 볼 것이다. 그러나 앞서 본 것처럼, 원고는 2018년 귀속 법인세 신고기한인 2019. 3. 31.로부터 6개월 초과 1년 이내에 해당하는 2019. 11. 28. 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당함을 전제로 이 사건 수정신고를 하였다. 그러한 이상 구 국세기본법 제48조 제2항 제1호 나.목에 따른 가산세 감면 요건이 충족

되었다고 볼 것이다.

이와 관련하여 피고는 과세표준과 세액을 경정할 것을 원고가 미리 알고 이 사건 수정신고를 한 것이어서 가산세 감면 적용 제외 사유가 있다고 다툰다. 그러나 원고가 과세관청으로부터 과세자료 해명 통지를 받거나 그 밖의 사유로 이 사건 수정신고에 앞서 과세관청이 과세표준과 세액을 경정할 것임을 알 수 있었고, 이에 따라 이 사건 수정신고를 하게 되었음을 인정할 아무런 자료가 없다(피고가 근거로 들고 있는 이 사건 재결서 중 해당 부분은, 이 사건 재결 과정에서 피고가 한 주장에 불과한 것이고, 이 사건 재결에서 이와 관련한 사실인정이 이루어졌던 것으로 보이지는 않는다). 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

결국 이 사건 과세처분 중 과소신고가산세 부분은 구 국세기본법 제48조 제2항 제1호 나.목에 따라 그 100분의 20에 상당하는 금액인 8,215,948원(원 미만 단위 올림)이 감면되어야 한다. 원고의 제4주장은 이유 있다.

마. 소결

이 사건 과세처분 중 443,661,158원(=451,877,106원-8,215,948원)을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

4. 결론

따라서 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 인용하고, 나머지 청구 부분은 이유 없으므로 기각하여, 주문과 같이 판결한다.