주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 1. 26. 원고에 대하여 한 2019 사업연도 법인세 357,263,770원(가산세 포함) 중 130,273,506원을 초과하는 부분을, 2020 사업연도 법인세 871,490,310원(가산세 포함) 중 258,636,617원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

 원고가 항소하면서 당심에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 크게다르지 않고, 제1심에서 제출된 증거들에다가 이 법원에 제출된 증거들을 보태어 원고의 주장들을 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다고 인정된다.

 이에 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 다음과 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하고 원고가 이 법원에서 추가한 주장에 대하여 아래 제2항에서 판단하는 것 외에는 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다(별지 ‘관계 법령’ 포함).

〇 제1심판결문 2쪽 15, 16행의 “슈퍼부스트(Super Boost), 슈퍼바2(Suberba2)”를 “슈퍼바부스트(Superba Boost), 슈퍼바2(Superba2)”로 고쳐 쓴다.

〇 제1심판결문 2쪽 17행의 “슈퍼부스트”를 “슈퍼바부스트”로 고쳐 쓴다.

〇 제1심판결문 6쪽 1행의 “20만 원/kg는”을 “20만 원/kg은”으로 고쳐 쓴다.

〇 제1심판결문 7쪽 21행의 “경제적이고 합리적인 이유 없이” 다음에 “[원고는 EEE로부터의 크릴오일 원료 독점수입권한을 포기하고 이 사건 수정계약을 체결하게 된 이유에 관하여, 과세전적부심사 및 조세심판절차에서는 ‘원고가 이 사건 독점공급계약상 계약 내용을 이행하지 못하였고 또한 판매채널 다변화를 위한 불가피한 선택이었다’라는 취지로 주장하였다가(갑 제5호증, 을 제10호증), 이후 제1심법원에서는 이와 관련된 주장을 하지 않았으며, 항소심인 이 법원에 이르러서는 ‘상장을 준비하던 EEE가 매출처 편중 문제로 인하여 원고에 대한 크릴오일 원료의 추가 공급을 거부하였기 때문이다’라고 주장하였는데, 그 주장이 일관되지 않을 뿐만 아니라 EEE가 이 사건 수정계약 체결 무렵 실제로 원고에 대한 크릴오일 원료 추가 공급을 거부하였음을 뒷받침할 만한 객관적인 자료도 찾아보기 어렵다(원고는 EEE가 해당 내용을 이메일로 남기지 않고 화상회의에서 설명하였다고 주장할 뿐이다)]”를 추가한다.

〇 제1심판결문 8쪽 2, 3행의 “직접 또는 FFFF를 통하여 20만 원/kg에 공급받아 완제품 가공을 의뢰하였다.”를 “BB으로부터 20만 원/kg에 공급받아 FFFF에 완제품 가공을 의뢰하였다.”로 고쳐 쓴다.

〇 제1심판결문 8쪽의 각주 4) 부분을 삭제한다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장

 원고는 BB의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 바 없으므로, 이 사건 거래를 비롯한 원고의 일련의 행위를 법인세법 제52조 제1항에서 정한 특수관계인과의 거래로 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 판단

 1) 법인세법 제52조에 따라 부당행위계산으로 부인되는 거래의 상대방인 특수관계인에 대하여 법인세법 제2조 제12호는 ‘법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.’고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제2조 제5항은 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.’라고 규정하면서 제2호에서 ‘소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자와 그 친족’을, 제4호에서 ‘해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인’을 규정하고 있다. 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항은 영리법인의 경우 ‘법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우’(제1호 가목) 및 ‘임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우’(제1호 나목)에 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다고 규정하고 있다.

 2) 살피건대, 위 규정에 의하면 원고는 원고의 대표이사이자 원고의 지분 100%를 보유하고 있는 CCC과 특수관계에 있고, CCC의 자녀로서 친족에 해당하는 DDD과도 특수관계에 있으며, BB은 BB의 사내이사이자 BB의 지분 70%를 보유하고 있는 DDD과 특수관계에 있다. 따라서 원고가 직접 또는 자신과 특수관계에 있는 CCC 내지 DDD을 통해 BB의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 원고와 BB은 특수관계에 있다고 인정할수 있다. 그런데 위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 체계, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 본인은 직접 출자하지 아니한 채 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자가 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우 그 법인을 ‘본인과 경제적 연과관계 또는 경영지배관계에 있는 특수관계인’으로 인정할 수는 있으나, 이러한 경우에도 본인이 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 관계에 있어야만 해당 법인을 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 대상에 관한 본인의 특수관계인으로 인정할 수 있다고 봄이 타당하다(대법원 2024. 7. 25. 선고 2022두63386 판결의 취지 참조).

 3) 결국 원고와 BB이 법인세법 제52조 제1항에서 정한 특수관계에 해당하는지 여부는 원고가 BB의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 관계에 있는지 여부에 따라 결정된다 할 것인데, 앞서 든 증거, 을 제13 내지 23호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함) 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들, 즉 ① 이 사건 수정계약 체결 당시 CCC은 원고의 대표이사이자 발행주식 100%를 보유한 1인 주주이고, DDD은 CCC의 자녀로서 BB의 유일한 사내이사이자 지분 70%를 보유한 주주였던 점(을 제1 내지 4호증), ② CCC은 2012년경부터 무역업 등을 영위하는 다수의 사업체를 직접 설립하여 운영하여 온 반면, CCC의 자녀인 DDD은 2015년경부터 BB이 설립된 2018년경까지 DDD이 대표이사로 있던 AAA인더스트리 주식회사에서 연간 약 2,200만 원에서 4,600만 원 정도의 근로소득을 얻은 것 외에 BB 설립 전까지 국내에서 별다른 사회경험은 없었던 것으로 보이는 점(을 제15, 16, 20호증), ③ BB의 설립 이후부터 이 사건 부과처분의 과세대상이 된 2020 사업연도까지의 전체 매출 중 상당 부분은 FFFF와 원고에 대한 매출에 해당하는데(을 제17호증, 전체 매출 약 242억 원 중 약 70%에 해당하는 약 172억 원), 앞서 본 바와 같이 BB의 FFFF 및 원고에 대한 매출액은 대부분이 원고의 BB에의 이익 분여로 인하여 발생한 것인 점, ④ 원고는 BB이 2019.10.경 기업은행 ㅇㅇ지점으로부터 25억 원을 대출받는 것에 대하여 자신의 예금을 담보로 제공하기도 한 점(을 제9호증), ⑤ 이와 같은 CCC과 DDD의 인적 관계(한편 이 사건 거래 무렵 CCC과 DDD은 전입신고 내역상 함께 거주하고 있었던 것으로 나타난다), BB의 매출구조, 원고가 아무런 조건 없이 자신의 예금을 담보로 제공하여 BB이 금융기관으로부터 거액의 대출을 받을 수 있도록 한 점 등의 사정에 더하여 원고의 직원들 중 다수가 BB에서 근무하면서 BB의 업무를 함께 수행하였던 점(을 제13, 21호증)까지 고려할 때, 원고 내지 CCC이 BB의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하였다고 봄이 상당하고, DDD이 자신의 독자적인 경영판단과 능력 아래 BB을 설립하고 운영하였다고 보기는 어려운 점 등을 종합적으로 고려하면, 원고가 BB의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 관계에 있었음이 인정된다.

 4) 따라서 원고와 BB은 법인세법 제52조 제1항에서 정한 특수관계에 해당한다 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

 원고의 청구는 이유 없어 기각할 것인데, 제1심판결은 이와 결론이 같아 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.