[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 0000에 위치하고 있는 지방자치단체로, 2020.6.～2022.7. 기간 동안 0000 00군 OOO를 신축하고 2020년 제1기～2022년 제2기 부가가치세 신고시 공영주차타워 건축비용에 대한 매입세액을 불공제하였다.

나. 청구법인은 공영주차타워를 신축한 2022.7.경부터 주차비를 무료로 운영하다가 2023.1.1.～2023.7.31. 기간 동안 유료로 전환하여 운영하였으며, 2023.8.1.부터 OOO(이하 “OOO”이라 한다)과 위탁관리 계약을 체결하여 주차장 운영을 위탁운영하였다.

다. 청구법인은 2025.7.2. 2020년 제1기～2022년 제2기 공영주차타워 건축비용을 매입세액 공제하고 부가가치세 합계 OOO원을 아래 <표1>과 같이 환급해달라고 경정청구를 하였으나, 처분청은 청구법인의 주차장운영업(이하 “쟁점사업”이라 한다)은 부가가치세 면제사업에 해당한다고 보아 2025.9.2. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

<표1> 청구법인의 부가가치세 경정청구 내역

(단위 : 원)

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 「부가가치세법」 제2조 제3호 및 제3조 제1항 제1호에 따른 부가가치세 납세의무자에 해당하므로 청구법인의 주차장운영업은 부가가치세 과세사업에 해당한다.

「부가가치세법」 제2조 제3호는 ‘사업자’를 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자로 규정하면서, 같은 법 제3조 제1항 제1호에서 사업자에 해당하는 지방자치단체는 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있는데, 청구법인은 공영주차타워를 설치·운영하면서 유상으로 주차요금을 받고 주차서비스라는 용역을 공급하는 사업자로서 부가가치세 납세의무자에 해당한다.

「부가가치세법」 제38조는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제한다고 규정하고 있고, 사업자인 청구법인이 지출한 공영주차타워 신축비용은 유료 주차용역을 제공하는 과세사업에 사용하기 위한 목적으로 지출한 것이므로 부가가치세 매입세액 공제대상이다.

 (2) 청구법인은 OOO에 공영주차타워 운영을 위탁하고 있으나 쟁점사업의 실질적 수행 주체는 OOO이 아니라 청구법인이므로 청구법인이 사실상 유료 주차용역을 제공하고 있다고 보아야 한다.

 청구법인은 「지방공기업법」에 따라 설립된 OOO에 2023.8.1.부터 공영주차타워 운영을 위탁하고 있으며, OOO은 주차요금을 징수하여 부가가치세를 차감한 금액을 징수 익일 청구법인의 세입계좌로 입금하고, OOO의 운영비는 청구법인이 지급된 OOO위탁비에서 충당하고 있다. 이때 주차장 운영유지비 관련 부가가치세 매입세액과 주차요금 관련 매출세액은 OOO 명의로 신고납부하고 있다.

 그러나 이는 단순히 위탁계약상의 대행 구조에 따라 명단 명의로 행해진 것에 불과하며, 주차요금 수입의 귀속이라는 실질적인 경제적 효과는 청구법인 세입에 귀속되므로, 주차서비스 제공의 사업주체는 청구법인으로 보아야 한다.

 (3) 처분청은 쟁점사업이 「부가가치세법 시행령」 제46조에서 규정한 부가가치세를 면제하지 않는 재화·용역의 범위에 포함되지 않는다고 하여 면세사업이라고 주장하나, 이는 현행 법체계를 잘못 해석한 주장이다.

 「부가가치세법」은 제2조 제3호 및 제6호에서 과세사업을 정의하고 있으므로, 「부가가치세법 시행령」 제46조는 과세사업의 범위를 명확히 하기 위한 보충규정으로서 예시적 규정이다. 그러므로 「부가가치세법 시행령」 제46조에 열거되지 않은 사업이라고 하더라도, 대가를 받고 재화·용역을 공급하는 사업이라면 당연히 과세사업에 해당하는 것이고, 명문으로 면세규정을 둔 경우에만 부가가치세 면제가 가능하다.

 또한 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제106조 제7항은 정부업무대행단체가 공급하는 재화·용역에 대하여 부가가치세를 면제하고 있는데, 「조세특례제한법 시행령」 제106조 제8항 제7호에 따라 면세 범위에 주차장운영업은 제외되어 있으므로 특별법 우선원칙에 따라 공영주차장을 유료로 운영하는 사업은 원래 과세사업임이 원칙이다.

 (4) 청구법인이 쟁점사업을 영위하는 것은 행정주체로서 공(公)법관계를 전제로 행정서비스를 제공하려는 목적이 아니라 사(私)적 주체로서 사(私)법관계를 전제로 수익을 얻기 위한 목적으로서 시장형 경제활동이므로, 과세대상에 해당한다.

 (5) 처분청은 주차장운영업을 영위하여 얻는 주차요금 수입에 대해서는 부가가치세 과세사업이라고 보면서, 동일 사업에 필수적인 공영주차타워의 신축비용의 매입세액 공제는 부인하고 있는데, 이는 과세중립원칙 및 신의성실원칙에 반하며, 납세자에게 이중 불이익을 주는 것이다.

 처분청은 세무조사 과정에서 OOO이 징수하는 주차요금에 대해서는 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제6호 및 같은 법 시행령 제106조 제8항 제7호에 따라 부가가치세를 납부하라고 지적하였고, 이에 따라 OOO은 청구법인 명의로 현재까지 부가가치세를 신고납부하고 있다.

 처분청은 쟁점사업의 매출에 대해서는 부가가치세를 부과하면서 주차서비스 제공에 필요한 공영주차타워 건축비용은 매입세액 공제를 해줄 수 없다는 입장으로, 동일한 경제활동에 대하여 달리 판단하여 일관성 없는 모순적 법적용을 하고 있다.

 만일 청구법인이 제공하는 주차 용역이 처분청이 주장하는 것과 같이 부가가치세 면제대상이라면, 처분청은 OOO이 기납부한 부가가치세를 환급해주어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호에 따라 지방자치단체가 공급하는 재화·용역은 원칙적으로 부가가치세를 면제하며, 같은 법 시행령 제46조 각 호는 예외적으로 과세하는 재화·용역을 열거하고 있는데, 쟁점사업은 「부가가치세법 시행령」 제46조에 열거되어 있지 않으므로 과세사업이 아니다.

 그러므로 청구법인이 공영주차타워를 건설하면서 발급받은 매입세금계산서상 건축비용 관련 매입세액은 과세사업과 관련된 것으로 볼 수 없고, 매입세액 불공제해야 한다.

 (2) 청구법인은 2023.8.1.부터 쟁점사업을 「지방공기업법」에 따라 설립된 OOO에 위탁하여 운영하고 있으나, 실질적으로는 청구법인의 명의와 계산으로 사업을 하고 있으므로 쟁점사업은 지방자치단체인 청구법인이 공급하는 것으로서 면세사업이고, 부가가치세 매입세액 공제를 받을 수 없다.

 위·수탁협의서에 따르면 징수된 주차요금은 익일 청구법인의 세입계좌로 입금되어 쟁점사업 관련 수익은 청구법인에 귀속되며, OOO 운영비, 사업수행비 등은 청구법인이 지급하고 있고, 쟁점사업의 주체가 청구법인이라는 것은 다툼이 없는 사실이다.

 공영주차타워를 건설하면서 발급받은 건축비용 관련 매입세금계산서에는 ‘공급받는 자’가 OOO이 아닌 청구법인으로 기재되어 있다.

 국세청 유권해석(사전-2023-법규부가-0192, 사전-2022-법규부가-1236 등 다수)도 일관되게 사업에 필요한 예산을 모두 국가(위탁자)의 부담으로 하는 등 해당 사업이 국가의 명의와 계산으로 수행되는 것으로 볼 수 있는 경우 해당 용역의 공급에 대해서는 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호에 따라 부가가치세가 면제된다는 입장이다.

 (3) 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호에 따라 청구법인과 같은 지방자치단체가 공급하는 재화·용역은 원칙적으로 부가가치세 면제대상으로 법률에서 규정하고 있다.

 다만 「부가가치세법 시행령」 제46조는 예외적으로 부가가치세 면제대상에서 제외되는 재화·용역을 규정하고 있으므로, 여기에 해당되지 않는 청구법인의 쟁점사업은 과세대상 용역이 아니라고 보는 것이 타당하다.

 (4) 청구법인은 대가를 받고 유상으로 용역을 제공하므로 부가가치세 과세대상이라고 주장하나, 유상 용역이라고 하여 무조건 과세대상인 것은 아니다.

 「부가가치세법」에 따라 면세되는 재화·용역의 공급은 사업주체(인적 기준) 또는 객체(물적 기준)에 따라 구분할 수 있는데, 사업자가 누구인지와 관계없이 특정 재화·용역을 공급하는 경우 면세하는 것은 물적 기준에 의한 면세이고, 특정 사업자가 공급하는 모든 재화·용역을 면세하는 것은 인적 기준에 의한 면세이다.

 즉 지방자치단체인 청구법인이 제공하는 쟁점사업(주차장운영업)은 대가 유무와 관계없이 인적 기준에 의하여 부가가치세가 면제되는 사업으로, 인적 기준에 의하여 면세되는 것이다.

 (5) 청구법인은 쟁점사업이 과세사업이라는 처분청의 판단에 따라 OOO이 주차요금에 대하여 부가가치세를 신고납부하였다고 주장하나, 처분청은 쟁점사업이 과세사업인지 여부를 OOO 또는 청구법인이 판단하여 부가가치세 신고납부 여부를 결정하라고 안내하였다.

「조세특례제한법」 제106조 제1항 제6호는 청구법인이 아니라 정부업무대행단체인 OOO이 쟁점사업의 주체인 경우에 적용될 수 있으며, OOO이 주차장운영업을 영위하는 경우 주차 용역은 부가가치세 과세대상이다. 그러나 청구법인이 쟁점사업의 주체이므로, 주차 용역은 부가가치세 면제대상이다.

 그러므로 주차요금 관련 OOO이 부가가치세를 신고납부한 것은 이 사건 공영주차타워 건축비용 매입세액 공제 여부와는 무관하며, OOO에게 귀속되는 주차장운영업 수익에 대하여 OOO이 부가가치세 매입세액 공제 경정청구를 할 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 지방자치단체인 청구법인이 OOO에 위탁하여 운영 중인 쟁점사업과 관련하여, 청구법인 명의로 지급한 공영주차타워 건설비용을 부가가치세 매입세액 공제해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 2020년 제1기～2022년 제2기에 지출한 공영주차타워 건축비용 중 매입세액 공제받지 못한 OOO원에 대한 매입세액 OOO원을 공제해달라는 경정청구를 아래 <표2>와 같이 제기하였다.

<표2> 청구법인의 부가가치세 경정청구 내역

(단위 : 원)

 (2) OOO이 아니라 지방자치단체인 청구법인의 명의와 계산으로 주차장 용역을 제공하는 주체라는 점에 대해서는 청구법인과 처분청 모두 다툼이 없다.

 청구법인은 0000 OOO에 연면적 5,755㎡, 지상 3층, 지하 1층, 주차면수 205면의 공영주차타워를 2020.6.경부터 건설하기 시작하여 2022.7.8. 준공하였다.

 공영주차타워 준공 이후 청구법인은 2022.7.13.부터 쟁점사업을 한시적으로 무료로 운영하다가, 2022.10.26. 쟁점사업을 OOO에 위탁운영하기로 내부적으로 결정하고, 2023.7.경 청구법인과 OOO은 ‘00 공영주차타워 위·수탁 협약서’를 아래 <표3>과 같이 체결하여 2023.8.1.부터 OOO에 공영주차타워를 위탁운영하였는데, 협약서 제6조에 따르면 OOO은 청구법인에 수입금 전액을 청구법인 금고 또는 계좌에 불입하여야 된다. OOO은 주차요금 수입에 대하여 청구법인 명의로 부가가치세를 신고납부하였다.

<표3> OOO공영주차타워 위·수탁 협약서

 청구법인이 제출한 2022.1.26.자 ‘OOO운영 향후추진계획(안)’에 따르면 청구법인은 2022년 초 공영주차타워 운영 예산을 확보하고, 운영 인력(기간제 근로자)을 채용하였으며, 2022.10.26.자 ‘OOO운영계획(안)’ 및 2023.6.경 ‘*/oo 공영주차타워 */운영 및 관리 위·수탁 협약 체결(안)’에 따르면 청구법인은 쟁점사업을 OOO에 위탁하면서 소요되는 인건비, 사무관리비, 공공운영비 등 운영비용에 대하여 청구법인의 본예산 중 일부를 OOO 전출금으로 분리 편성하였음을 아래 <표4>·<표5>와 같이 확인할 수 있다.

<표4> OOO운영계획(안)

<표5> OOO운영 및 관리 위·수탁 협약 체결(안)

 (3) 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호는 ‘국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’의 공급에 대하여 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제46조 각 호는 면세대상에서 제외되는 재화·용역을 규정하고 있는데, 청구법인이 수행하는 쟁점사업은 「부가가치세법 시행령」 제46조 각 호에 해당하지 않는다.

「조세특례제한법」 제106조 제1항 제6호는 ‘대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’에 대하여 면제한다고 규정하고 있으며, 정부업무대행단체로 같은 법 시행령 제106조 제7항 제22호는 ‘「지방공기업법」 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방OOO’을 규정하고 있으며, 제8항 제7호는 정부업무대행단체가 그 고유의 목적사업으로서 공급하는 ‘주차장운영업’은 면세사업에서 제외한다고 규정하고 있다.

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 OOO에 위탁하여 운영하는 주차장운영업(쟁점사업)이 부가가치세 과세사업에 해당한다고 판단하여 주차요금 수입에 대한 부가가치세 매출세액을 신고·납부하였으므로 공영주차타워 건설비용을 부가가치세 매입세액으로 공제해야 한다고 주장하나, 「부가가치세법」 제26조 제1항 제19호에 따라 지방자치단체가 공급하는 재화·용역은 원칙적으로 부가가치세를 면제하며, 같은 법 시행령 제46조 각 호는 예외적으로 과세하는 재화·용역을 열거하고 있는데, 쟁점사업은 「부가가치세법 시행령」 제46조에 열거되어 있지 않은 점, 지방자치단체인 청구법인의 명의와 계산으로 쟁점사업을 운영하고 있어 쟁점사업은 면세사업에 해당하고, 청구법인이 공급한 공영주차타워 건설비용은 면세사업인 쟁점사업에 제공된 점등에 비추어, 청구법인이 쟁점사업을 과세사업으로 하여 기납부한 부가가치세 매출세액에 대하여 환급하는 것은 별론으로 하더라도, 쟁점사업은 부가가치세가 면제되는 사업에 해당하므로 처분청이 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 부가가치세법

제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

6. “과세사업”이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.

7. “면세사업”이란 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 말한다.

제3조(납세의무자) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.

1. 사업자

제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

 (2) 부가가치세법 시행령

제46조(국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위) 법 제26조제1항제19호에 따른 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것으로 한다.

3. 부동산임대업, 도매 및 소매업, 음식점업ㆍ숙박업, 골프장 및 스키장 운영업, 기타 스포츠시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

 (3) 조세특례제한법

제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호, 제4호의2, 제5호, 제9호의2 및 제12호는 2025년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제2호, 제3호 및 제4호의5는 2026년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하며, 제8호 및 제8호의2는 2014년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하고, 제8호의3은 2015년 1월 1일부터 2025년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 것에만 적용하며, 제9호는 2023년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용하고, 제9호의3은 2024년 12월 31일까지 공급한 것에만 적용한다.

6. 대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것

 (4) 조세특례제한법 시행령

제106조(부가가치세 면제 등) ⑦ 법 제106조제1항제6호에서 “대통령령으로 정하는 정부업무를 대행하는 단체”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다.

22. 「지방공기업법」 제76조의 규정에 의하여 설립된 지방OOO

22의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 「지방공기업법」 제49조에 따라 설립된 지방공사

 가. 시ㆍ군 또는 자치구인 지방자치단체가 설립하였을 것

 나. 제21호에 따른 지방공사를 제외할 경우 해당 지방자치단체가 설립한 유일한 지방공사일 것

 다. 해당 지방자치단체에 제22호에 따른 지방OOO이 없을 것

⑧ 법 제106조제1항제6호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 제7항 각호의 1에 해당하는 자가 그 고유의 목적사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 위하여 공급하는 재화 또는 용역을 말한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외하며, 제7호의 규정은 「부가가치세법 시행령」 제45조제1호에도 불구하고 적용한다.

7. 주차장운영업 및 자동차견인업