가. 청구법인은 「사립학교법」에 따른 학교법인으로서, 1994년 4월 A 부속병원(이하 “부속병원”이라 한다) 개원에 필요한 자금을 조달하기 위하여 1995～2004사업연도에 「사립학교법」상 일반업무회계의 자금 OOO원을 부속병원회계에 이전하였고, 이후 아래 <표1>과 같이 2018～2021사업연도에 부속병원회계의 자금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 일반업무회계에 이전하는 한편, 동 금액을 재원으로 2019～2021사업연도에 수익용 부동산을 취득하였다. <표1> 쟁점금액의 이전 및 관련 사용내역 (단위 : 억원) OOO * 충청남도 천안시 소재 빌딩을 이하 “B빌딩”이라 하고, 세종특별자치시 소재 빌딩을 이하 “C빌딩”이라 함 나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.3.12.부터 2024.9.12.까지 청구법인에 대해 세무조사를 실시한 결과, 쟁점금액의 이전이 「법인세법 시행규칙」 제76조(비영리법인의 구분경리) 제4항 및 같은 법 기본통칙 113-156…3(비영리법인의 이익잉여금의 범위) 제2항(이하 합하여 “쟁점규정”이라 한다)에 따라 손금산입된 고유목적사업준비금의 사용분에 해당하고, 결과적으로 수익용 부동산을 취득하는데 사용됨으로써 청구법인이 고유목적사업준비금을 목적 외 용도로 사용한 것으로 보아 2025.1.9. 청구법인에게 2020사업연도 법인세 OOO원 및 2021사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원을 경정․고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 처분청이 쟁점규정을 기계적으로 적용하여 쟁점금액에 대해 부속병원회계의 고유목적사업준비금에서 사용한 것이라고 임의로 의제한 후, 고유목적사업준비금의 목적 외 사용으로 보아 청구인에게 법인세를 과세한 처분은 실제 사실관계에 맞지 아니한 처분으로 위법하고 부당하다. (1) 청구법인의 부속병원회계는 고유목적사업준비금 설정액을 교육사업을 위한 회계전출금 및 병원 의료기기 취득 등 고유목적사업에 전부 사용하고 있고, 쟁점금액은 고유목적사업준비금 사용과는 전혀 무관하다. (가) 「사립학교법」에 따른 학교법인에 대한 고유목적사업준비금 손금산입 제도는 사립학교법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하면서, 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 지출할 것을 전제로 교육이라는 국가의 공공사무를 대신하여 수행하는 사립학교 법인에 대하여 법인세를 면제하여 주는 제도이다. 비영리내국법인은 원칙적으로 「법인세법」 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) 제1항에 따라 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정 한도액의 범위 안에서 이를 손금에 산입할 수 있는데, 특히 「조세특례제한법」 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) 제1항 제1호 가목은 청구법인과 같은「사립학교법」에 따른 학교법인의 수익사업에서 발생한 소득은 전액 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있도록 규정하고 있다. 「법인세법」은 고유목적사업준비금 손금산입 제도의 취지에 맞게 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 지출의 범위를 엄격하게 규정하고 있는바, 같은 법 시행령 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) 제5항은 고유목적사업의 범위를 ‘해당 비영리내국법인이 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 수익사업 외의 사업’으로 규정하고 있고, 제6항 제3호는 의료법인이 지출하는 금액 중 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 등을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 부속병원회계의 고유목적사업준비금은 모두 교육사업의 경비에 충당하기 위한 회계전출금 및 부속병원의 건물 취득 등 고유목적사업에 실제 사용하였다. 이는 고유목적사업준비금의 세부 사용내역 및 회계처리 등의 여러 증빙들로 확인이 가능하고, 청구법인은 고유목적사업 등에 사용한 금액에 대해 ‘운용소득 사용명세서’를 작성하여 사업연도마다 국세청 홈택스에 게재하는 방법으로 공시하고 있으며(2021사업연도부터는 세부명세서도 제출하고 있음), 조사청 역시 세무조사 과정에서 청구법인의 고유목적사업 지출에 대해 모두 문제가 없는 것으로 인정하였다. (다) 청구법인은 「사립학교법」의 적용을 받는 법인으로서, 교육의 공공성 및 특수성을 고려하여 엄격한 감사를 받으면서도 쟁점금액을 포함한 고유목적사업준비금의 목적 외 사용 등의 이유로 지적을 받은 사실이 단 한 차례도 없다. 학교법인의 학교회계에 대해서는 「사립학교법」에 따라 기본재산 처분 시 관할청의 허가(제28조 제1항), 학교교육에 직접 사용되는 일정 재산 매도 및 담보제공 금지(제28조 제2항), 교비회계 수입 타 회계에 전출 및 대여 금지(제29조 제6항), 매 회계연도 개시 전 및 종료 후 관할청에 예․결산 보고 및 공시(제31조 제1항), 법령 등 위반 예산에 대한 관할청 시정 지도(제31조 제2항), 결산서 제출 시 감사 전원이 서명․날인한 감사증명서 첨부, 독립된 공인회계사 등이 작성한 감사증명서 첨부(제31조 제4항) 등 고유목적사업 외 용도로 부당 지출되는 것을 차단할 수 있는 각종 안전장치가 확보되어 있고, 청구법인은 이에 맞는 엄격한 자금집행을 수행하였는바, 현재까지 고유목적사업준비금 설정액을 목적 외의 용도로 사용하였다는 이유로 지적받은 사실이 단 한 차례도 없다. (2) 쟁점금액에 대해 쟁점규정을 적용할 수 없다. (가) 청구법인의 회계는 「사립학교법」 제29조에 따라 교비회계, 부속병원회계, 일반업무회계, 수익사업회계로 구분되나, 세법상으로는 「법인세법」 제113조(구분경리)에 따라 ‘수익사업’에 속하는 것과 ‘기타의 사업(수익사업이 아닌 그 밖의 사업)’에 속하는 것의 두 가지 회계로 구분되는데, 쟁점규정은 문언상 비영리법인이 「법인세법」 제113조에 따라 ‘수익사업’과 ‘기타의 사업(수익사업이 아닌 그 밖의 사업)’ 간 지출 또는 전입이 있는 경우를 규율할 뿐, 수익사업 내에서의 자금 이동이 있는 경우, 즉 고유목적사업준비금과는 무관한 경우에는 적용의 여지가 없는 규정이다. (나) 쟁점금액의 이전은 그 실질이 청구법인의 수익사업 내에서의 지출이므로 쟁점규정의 적용 대상에 해당하지 아니한다. 1) 청구법인은 C빌딩의 경우 2017년에 이미 새로운 수익사업 회계가 개설된 상황으로, C빌딩 취득 당시 발생한 외부 차입금이 있어 쟁점금액을 일반업무회계에 대여금 상환의 형태로 전입함과 동시에 동 차임금을 상환하였고, B빌딩의 경우에도 「사립학교법」 제32조의2(적립금)에 따라 적법하게 수익용 기본재산 취득기금으로 적립한 후 곧바로 수익사업회계를 개설하여 B빌딩 취득에 사용하였는바, 쟁점금액의 이전은 청구법인의 수익사업 내에서 이루어진 것으로서, 수익사업에서 기타의 사업에 지출을 한 경우의 상계처리 순서에 관한 쟁점규정은 적용될 여지가 없다. 2) 예를 들어, 부속병원회계 내에서 수익용 부동산을 취득한 경우를 가정해 보면, 수익용 부동산 취득자금에 부속병원회계의 고유목적사업준비금이 사용되지 않았다면 당연히 이를 고유목적사업준비금의 목적 외 사용으로 볼 수는 없는 것인바, 쟁점금액의 이전 역시 그 실질은 수익사업 내의 자금 이동에 불과하고, 실제로도 청구법인은 수익사업 내의 자금 이동으로 전제하고 쟁점금액의 이전에 대해 고유목적사업준비금을 사용하지 아니하였다. 따라서, 쟁점금액에 대해 쟁점규정을 적용하여 실제 사용하지도 아니한 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 임의로 의제하여 과세할 수는 없다. 3) 「사립학교법」상 일반업무회계에는 「법인세법」상 수익사업과 기타의 사업이 병존하고 있는데, 처분청은 쟁점금액에 대해 수익사업에서 기타의 사업(일반업무회계)에 전입한 경우에 해당하여 쟁점규정의 적용 대상이라는 의견이나, 이는 자금 이동의 실질을 고려하지 않은 형식 논리이거나, 청구법인의 일반업무회계가 오로지 기타의 사업(비수익사업)만을 영위한다고 오인한 데서 비롯된 것으로, 일반업무회계 안에는 기타의 사업과 수익사업이 병존하고 있고, 청구법인의 일반업무회계에는 실제 다수의 ‘수익용 기본재산’이 존재하며, 해당 자산에서 발생한 이익은 법인세 신고시 과세소득에 포함하여 신고하고 있는바, 청구법인은 수익용 기본재산 중 새로운 사업을 개시하여 사업자등록을 하는 등 행위가 있을 시 별도의 수익사업회계로 구분하는 것일 뿐, 일반업무회계 내에도 「법인세법」상 수익사업에 해당하는 자산 및 부채가 포함되어 있기 때문에 일반업무회계를 무조건 「법인세법」상의 기타의 사업으로 의제하는 것은 옳지 않다. 4) 학교법인의 관할감독기관인 한국사학진흥재단이 발간한 ‘사학기관 재무·회계 규칙에 대한 특례규칙 해설서(2023)’에 의하면, “수익사업회계는 학교법인이 영위하고 있는 수익사업의 성과를 측정 및 구분관리하기 위하여 일반업무회계에서 분리한 것이고, 수익사업 규모가 작은 경우 별도로 구분하지 않고 일반업무회계에 포함하여 보고하는 것도 가능하다”라고 설명하고 있다. (3) 쟁점금액의 이전을 수익사업 내의 자금 이동으로 볼 수 없다 하더라도, 쟁점금액의 사법상 법률관계는 비영리법인의 내부회계 간 자금대차거래에 해당하고, 조세회피목적 등이 전혀 없었다. (가) 비영리법인의 내부회계 간 자금대차거래는 사법상 법률관계이므로 별도로 이를 금지하는 규정이 없는 이상 그대로 인정되어야 하는데, 「사립학교법」은 기본적으로 내부회계 간 자금대차거래를 금지하고 있지 아니하고, ‘교비회계’의 경우에도 차입금의 원리금을 상환하는 경우에는 다른 회계로 전출·대여할 수 있다고 규정하여 기본적으로 내부회계 간 자금대차거래를 인정하고 있으며, ‘사학기관 재무·회계 규칙에 대한 특례규칙 해설서(2023)’를 보더라도, “일반업무회계 및 수익사업회계 간 자금 이전의 실질이 자금대차거래인 경우, 각각 차입 및 대여로 인식하여야 한다”고 안내하고 있는바, 청구법인은 쟁점금액을 사학기관 재무·회계 규칙에 대한 특례규칙에 따라 당초 부속병원회계와 일반업무회계에서 차입 및 대여로 인식하였다. (나) 청구법인은 부속병원의 부채로 인하여 어려움을 겪고 있었고, 주무관청인 교육부는 청구법인의 재정정상화의 일환으로 교육용 기본재산(서울특별시 용산구 한남동 소재 부지 등)을 매각한 자금으로 부속병원의 부채를 상환하는 것도 허가하였는데, 이러한 과정에서 청구법인은 교육부의 허락 및 감독 하에 일반업무회계에서 부속병원회계에 쟁점금액을 대여한 것이고, 이후 시간이 흘러 이를 변제받은 것일 뿐인바, 이를 통해 조세를 회피하려는 의도는 전혀 없었다. (4) 쟁점규정은 실제 고유목적사업준비금을 사용하였거나, 고유목적사업준비금의 사용이 전제된 경우에 적용하는 규정인바, 이 건과 같이 고유목적사업준비금의 사용이 아닌 것이 명백한 경우에도 무조건적으로 고유목적사업준비금의 사용으로 보겠다는 규정이 아니다. (가) 쟁점규정은 비영리법인의 자금 흐름을 기록함과 동시에 비영리법인의 원활한 공익사업을 위해 이미 부여된 세제상 혜택을 유지하여 주겠다는 취지의 규정이다. 법원은 쟁점규정의 취지가 고유목적사업준비금의 손금산입이라는 조세상 혜택에 대한 의무를 조속히 이행하도록 유도하고, 이러한 의무이행 상황을 회계처리로 나타내 주기 위함이라고 판시하였고(대법원 2016.8.18. 선고 OOO 판결), 조세심판원도 쟁점규정의 취지는 수익사업에서 발생한 소득을 비수익사업에 지출하는 경우 가급적 비영리법인의 고유목적사업준비금의 기한 내 사용으로 조속히 인정하여 손금산입을 해 주겠다는 취지로 결정하였다(조심 OOO, 2024.8.7. 등 다수). (나) 쟁점규정은 실제 고유목적사업준비금 사용 여부와 무관하게 무조건 고유목적사업에 사용하였다고 의제하는 규정이 아니다. 법원은 쟁점규정은 경리 원칙 내지 방법을 정한 것에 불과하고, 동 규정에 의하여 실제 고유목적사업준비금의 사용 여부와 무관하게 해당 자산을 고유목적사업에 사용한 것으로 의제하고자 하는 취지로 해석할 수는 없다고 판시하였고(대법원 2017.8.18. 선고 OOO 판결), 또한, 비영리법인이 수익사업에서 비수익사업으로 자금을 전출하면서 고유목적사업준비금에서 차감처리하였으나, 실제로는 수익사업에 사용한 사안에서 “「법인세법」 제29조의 입법취지에 비추어 비영리사업회계로 전출된 쟁점준비금은 위 시행규칙 조문에도 불구하고 향후 고유목적사업에 사용되어야 하는 것으로 그 용도가 한정되어 있다고 보아야 하고, 전출금을 실제 고유목적사업에 사용하였는지 불문하고 영구적으로 법인세 부담이 면제된다고 볼 수 없으므로, 청구법인과 같이 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출할 당시부터 위 자산을 수익사업에 사용할 목적이었고 그 후 실제 위 자산을 수익사업에 사용한 경우에는 수익사업회계에 속하던 자산을 비영리사업회계로 전출하였다는 이유만으로 이를 손금에 산입할 수 없다”고 판시하여, 단순히 형식적인 자금 이동이 아니라 자금의 실질에 따라 고유목적사업에 사용하였는지 여부를 판단하였다(대법원 2016.4.15. 선고 OOO 판결 등). 조세심판원도 최근 법원과 동일한 취지로 “청구법인이 수익사업에서 설정한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계로 전출하면서 고유목적사업준비금의 차감으로 처리하였으나, 실제 5년 내 이를 고유목적에 사용하지 않았다면 이를 고유목적사업에 사용하지 않았다고 보는 것이 적법하다”고 판단하였는바(조심 OOO, 2024.8.7.), 이는 수익사업에서 비수익사업으로 금전을 이전하면서 형식적으로 고유목적사업준비금의 우선 차감으로 처리하였더라도, 그 실질이 고유목적사업에 사용되지 않았다면 고유목적사업준비금의 사용으로 볼 수 없다는 취지인 것이다. 쟁점금액의 이전은 대차거래임이 명백하고, 실제 고유목적사업준비금으로 변제하지 아니하였는바, 이러한 사법상 법률관계를 무시하고 쟁점규정을 적용하여 고유목적사업준비금의 사용으로 간주할 수는 없다는 청구주장과 위 판례 및 선결정례는 동일한 결과가 된다. (다) 쟁점규정을 기계적으로 적용할 경우에는 고유목적사업준비금과 전혀 무관한 자금을 사용한 경우에도 고유목적사업준비금의 사용으로 상계처리하여야 한다는 비상식적인 결론에 이르게 된다. 예컨대, 비수익사업에서 수익사업에 OOO원을 대여하였는데, 수익사업에서 수 년간 해당 자금을 보유하다가 결국 이를 사용하지 않은 경우를 가정해 보면, OOO원은 본래 비수익사업의 자금으로서 수익사업의 소득과는 무관한 것으로, 수익사업은 OOO원을 그대로 비수익사업에 변제(반환)하여야 하는데, 이 때 처분청 의견과 같이 비영리법인의 수익사업에서 비수익사업으로 자금이 이동하였다는 이유로 무조건 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 보아야 한다면 OOO원은 수익사업의 고유목적사업준비금과는 전혀 무관한 자금임이 명백함에도 고유목적사업준비금의 사용으로 상계처리해야 한다는 이상한 결론에 이르게 되는바, 이처럼 쟁점규정을 거래의 실질을 고려하지 아니하고 기계적으로 적용할 경우 수익사업의 입장에서는 고유목적에 사용하기 위하여 설정한 고유목적사업준비금 중 OOO원은 특별한 이유도 없이 고유목적사업에 사용하지 못하게 된다. (라) 청구법인은 부속병원회계의 고유목적사업준비금 설정액을 모두 5년 내에 고유목적사업에 적법하게 사용하여 왔고, 부속병원회계는 차입한 자금을 일반업무회계에 그대로 상환하였는데, 쟁점금액은 본래 일반업무회계의 자금으로, 부속병원회계의 고유목적사업준비금과는 무관함에도, 내부회계 간 쟁점금액의 이동이 있었다는 이유로 쟁점규정을 기계적으로 적용하여 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 간주하고, 이를 전제로 부속병원회계의 고유목적사업준비금을 목적 외의 용도로 사용한 것으로 간주하는 것은 실제 거래관계를 전혀 고려하지 않은 위법·부당한 처분이다. (마) 처분청은 쟁점금액이 고유목적사업준비금에서 지출되었다는 의견이나, 해당 고유목적사업준비금에 대응되는 자산을 특정하지 못하고 있다. 쟁점규정의 적용과 관련한 아래의 판례 및 조세심판례는 고유목적사업 등이 아닌 용도로 사용한 고유목적사업준비금 설정액과 그에 대응하는 자산을 특정할 수 있는 사안들로서 처분의 근거가 명확한바, ① 수원지방법원 2015.6.17. 선고 OOO 판결(대법원 2016.4.12. 선고 OOO 판결로 확정)은 청구법인이 토지매각대금(금액 특정)을 고유목적사업 준비금으로 손금산입한 다음 해당 자금으로 수익용 부동산을 취득한 사안이고, ② 조심 OOO(2022.9.14.)는 청구법인이 고정자산처분이익(금액 특정)을 고유목적사업준비금으로 손금계상하였음에도, 5년 이내에 해당 금액을 고유목적에 사용하지 않았음이 명확히 나타난 사안이며, ③ 조심 OOO(2015.7.16.)은 청구법인이 토지처분이익(금액 특정)을 고유목적사업준비금으로 손금계상한 다음 해당 자금으로 수익용 부동산을 취득한 사안이고, ④ 조심 OOO(2024.8.7.)는 청구법인이 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 설정한 후 정기예금에 예치하고, 동 금액을 비영리사업회계로 전출하였으나, 5년 내에 고유목적사업에 사용하지 않았음이 분명함을 전제로 쟁점규정의 적용 대상이 아니라고 부정한 사안이다. 과세관청은 기존 선례들에서는 「법인세법」 제29조의 입법취지 등을 제시하면서 쟁점규정이 경리의 원칙 내지 방법을 정한 것에 불과하다고 하여 전출만으로 쟁점규정이 적용되지 않는다는 의견이었으나, 이 건 처분청은 청구법인의 사안에 대해 기존의 과세관청의 견해와 달리 단순히 부속병원이 소득의 전액을 준비금으로 설정하였다는 이유로 쟁점금액의 이전이 고유목적사업준비금에서 지출되었다고 ‘간주’하고 있는바, 이러한 ‘간주’를 전제로 쟁점금액이 고유목적사업 등이 아닌 용도로 지출한 것이라고 보고 이 건과 같은 처분을 하는 것은 일관되지 못한 과세행정으로 납세자들에게 혼란만 가중될 뿐이다. 나. 처분청 의견 (1) 처분청의 과세근거는 아래와 같다. (가) 청구법인이 운영하는 부속병원은 막대한 잉여금 전액을 고유목적사업에 사용할 것을 조건으로 고유목적사업준비금 손금산입을 통해 법인세를 100% 면제받았고, 부속병원(수익사업)은 법인세를 면제받은 부속병원의 유보 잉여금인 쟁점금액을 대여금 회수 명목으로 일반업무회계(비수익사업)에 지출하였으며, 일반업무회계(비수익사업)는 쟁점금액을 고유목적 사업이 아닌 수익용 부동산(C빌딩, B빌딩)의 취득자금으로 사용하였는바, 부속병원에서 설정한 고유목적사업준비금 기말 잔액이 남아 있음에도 유동자금이 부족하여 정작 고유목적사업 지출에 해당하는 암센터 건립 등 의료사업용 자산을 취득할 때에는 한국사학진흥재단으로부터 차입하여 이자를 지급하고 있는 상황에서 수익사업에서 설정한 고유목적사업준비금을 고유목적사업 등이 아닌 수익용 부동산 취득에 사용하였으므로 이 건 처분은 타당하다.
(나) 쟁점규정은 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출하는 경우는 ‘자본원입액의 반환’으로 규정하는 등 동일한 실체 내에서 자금 이동 시 처리 방법을 엄격하게 규정하고 있고, 더 나아가 ‘비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 해당 자산가액을 다음 각 호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여야 한다’고 명백하게 규정하고 있는바, 1995～2004사업연도에 기타의 사업(일반업무회계)에서 수익사업(부속병원회계)으로 지출한 OOO원은 ‘자본의 원입’으로 보아야 하고, 청구법인이 부속병원회계(수익사업)에서 일반업무회계(비수익사업)에 지출한 쟁점금액은 고유목적사업준비금을 설정하여 손금산입한 잉여금으로 보아야 한다. (다) 기타의 사업에 속한 자산을 수익사업에 지출 또는 전입하는 경우 그 자산가액은 「법인세법」에서 정한 ‘자본의 원입’ 외에 다른 계정으로 경리하는 것은 허용되지 아니하는바, ‘사학기관 재무·회계 규칙에 대한 특례규칙 해설서(2023)’에 따라 일반업무회계 및 부속병원회계 간 자금 이전을 각각 차입 및 대여로 인식하였더라도, 대여금(자산) 및 차입금(부채)으로 계상하는 것은 세법상 허용되지 아니하므로 청구법인은 이와 관련한 세무조정을 통해 자산 및 부채를 부인하였어야 한다. (라) 청구법인은 쟁점금액과 동일한 거래인 2020사업연도에 발생한 일련의 거래에 대하여 일반업무회계에서 죽전치과병원으로 지출한 자금을 대여금이 아닌 ‘자본의 원입’으로 경리하였고, 이에 따라 그 반대의 자금 지출에 대하여도 쟁점규정에 따라 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입한 금액으로 상환하기로 계획하였는바, 단순히 법인의 내부적인 의사결정에 따라 계정과목 분류만으로 세법 적용이 달라지는 것은 타당하지 아니하다. (마) 청구법인은 자의적인 판단에 따라 부속병원에 이전한 자금을 기본금(자본)이 아닌 대여금(자산)으로 회계처리하고, 추후 이를 회수하여 법인세를 면제받은 자금으로 수익용 부동산을 취득한바, 기본금(자본)이 아닌 대여금(자산) 계정을 사용한 이유만으로 회계 간 이동이 자유로이 허용된다면, 대여금 회수의 명목으로 고유목적사업준비금을 수익용 기본재산 취득 등 고유목적사업 외의 용도로 사용하더라도 법인세 추징을 회피하는 부당한 혜택을 누리게 된다. (2) 청구주장에 대한 반박내용은 아래와 같다. (가) 청구법인은 부속병원회계의 고유목적사업준비금 설정액은 모두 고유목적사업에 사용되었고, 교육부 등으로부터 고유목적사업 외의 용도로 사용하였다는 이유로 지적받은 사실이 없다고 주장하나, 법인세 추징 대상인지 여부는 ‘세법 규정’에 따라 판단하는 것이므로 특수성이나 외부 감사결과는 고려대상이 될 수 없다. 청구법인의 고유목적사업준비금 조정명세서(갑)를 보면, 매사업연도 고유목적사업준비금 미사용잔액이 수OOO원에 달하는바, 고유목적사업준비금 설정액을 적정 기간 내에 ‘모두’ 사용하였다는 청구주장은 타당하지 아니하고, 고유목적사업준비금으로 손금산입한 금액을 고유목적사업준비금이 아닌 다른 용도에 사용함으로써 더 이상 이를 고유목적사업에 사용할 수 없는 것이 분명해진 경우에는 5년의 기한을 기다릴 필요 없이 곧바로 익금에 산입하여야 하며(서울고등법원 2017.5.25. 선고 OOO 판결), 국세청의 세무조사와 교육부의 종합감사는 각 주체의 판단 기준이 다르므로 외부 기관의 감사결과는 조사청이 과세표준을 결정할 때 고려할 대상이 아니다. (나) 청구법인은 쟁점금액의 이전이 ‘수익사업 내에서의 자금 이동’에 해당하므로 쟁점규정의 적용 대상에 해당하지 아니한다고 주장하나, 부속병원회계 내에서 수익용 부동산을 취득한 경우와 이 건과 같이 일반업무회계 내에서 수익용 부동산을 취득한 경우의 사실관계가 동일하다고 볼 수 없어 청구주장을 받아들이기 어렵다. 청구법인은 부속병원회계 내에서 수익용 부동산을 취득한 경우를 가정하여, 수익용 부동산 취득자금에 부속병원회계의 고유목적사업준비금이 사용되지 아니하였다면 당연히 이를 고유목적사업준비금의 목적으로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점금액의 이전은 하나의 회계가 아닌 구분 경리되는 부속병원회계와 일반업무회계 간 자금 이동에 관한 사항으로 기초적인 사실관계가 전혀 다르다. 의료법인은 기본자산 취득 시 의료서비스 제공에 필수적인 자산취득에 한정되고, 의료법인이 이윤을 추구하게 되는 경우 환자의 권익을 침해할 수 있으므로 ‘수익용 기본자산’이라는 개념 자체가 존재하지 아니하여 청구법인이 가정한 ‘부속병원회계 내에서의 수익용 부동산을 취득한 경우’는 현실적으로 존재할 수 없는 반면, 학교법인은 교육재정 운영을 위해 「사립학교법」 제28조에서 수익용 기본재산을 취득할 수 있도록 규정하고 있다. (다) 청구법인은 ‘일반업무회계를 기타의 사업(비수익사업)으로 의제하는 것은 옳지 않기 때문에 쟁점금액의 이전이 비수익사업으로의 지출이 아니다’고 주장하는데, 수익용 기본재산은 학교법인의 기본재산으로 취급되고, 기본재산의 취득․관리․처분은 학교의 전반적인 재정 관리와 관련되기 때문에 일반적인 학교법인이 수익용 기본재산을 취득하여 수익사업을 영위하는 활동 그 자체는 수익사업에 속한다고 볼 수 있으나, 학교법인이 수익용 기본재산을 취득하는 활동은 비영리사업(교육)을 안정적으로 운영할 수 있는 재원을 확보하기 위한 것이어서, 이는 일반업무회계의 영역으로서 기타의 사업(비수익사업)에 속하는 것인바, ‘일반업무회계 내에 수익사업에 해당하는 자산이 포함되어 있으니 이것이 수익사업이다’라는 억지 청구주장은 학교법인의 기본적인 운영 및 회계처리 방식을 전혀 이해하고 있지 못한 주장이다. (라) 청구법인은 쟁점금액과 관련하여 내부회계 간 대차거래라고 주장하나, 법원은 쟁점규정이 직접 쟁점이 된 사안에서 ‘세법에서 상계처리 순서를 두는 이유는 조세상 혜택(고유목적사업준비금의 손금산입)에 대한 의무를 조속히 이행하도록 유도하고, 이러한 의무이행 상황을 회계처리로 나타내 주기 위함이며, 만약 이와 같은 순서에 의하지 않고 회사가 임의로 이익잉여금을 먼저 차기하는 경우 회계처리만으로 이것이 고유목적사업에 자산을 지출한 것인지 여부가 분명히 나타나지 않기 때문이다’고 판시한 바 있고(서울행정법원 2015.1.30.선고 OOO 판결로 이후 대법원 2016.8.18. 선고 OOO 판결로 확정됨), 관계기관의 어떠한 정책도 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 ‘대여금’으로 처리하도록 법률 등으로 규정한 사실이 없는 반면, 「법인세법」에서는 ‘자본의 원입’으로 경리하도록 명확하게 규정하고 있는바, 청구법인은 1995사업연도 당시 부속병원에 투입된 자금을 세법에 따라 대여금이 아닌 기본금으로 계상하였어야 하고, 차후에 발생할 부속병원 수익은 ‘고유목적사업준비금을 설정하여 고유목적사업에 사용’하거나 ‘법인세를 납부하고 나서 수익용 기본재산을 취득’하였다면 아무런 과세문제가 발생하지 않았을 것으로, 당시 대여금으로 계상한 것은 청구법인의 자의적인 판단에 기초한 것일 뿐이다. (마) 청구법인은 거래의 실질을 고려하지 않고 기계적으로 쟁점규정을 적용할 경우 고유목적사업준비금과 전혀 무관한 자금이 이동하였음에도 고유목적사업준비금을 상계처리하는 것은 비합리적인 것으로, 고유목적사업준비금을 설정한 수익금의 발생 원인을 특정하여야만 쟁점규정에 따른 과세가 가능하다고 주장하나, 이는 타당하지 아니하다. 당초 고유목적사업준비금 설정(손금산입) 시 이에 대응되는 자산을 특정할 필요는 없는데, 「법인세법」 제29조는 비영리법인의 고유목적사업준비금 손금산입 제도를 규정하고, ‘향후 고유목적사업에 지출될 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우 손금에 산입한다’고 규정하고 있는바, 고유목적사업에 사용될 금액을 충당금과 같은 고유목적사업 ‘준비금’이라는 회계상 별도 계정으로 설정할 것을 규정할 뿐으로, 현금, 유가증권, 부동산 등과 같은 특정자산으로 구분하여 설정하라는 명시적 규정이 없고, 만약 고유목적사업준비금을 특정자산에만 대응하여 설정하고 해당 특정자산을 지출한 경우에만 쟁점규정을 적용한다면, 부속병원의 자금을 일반업무회계로 이전시켜 수익용 부동산을 취득한 경우, 해당 자금이 고유목적사업준비금과 관련이 있는 자금인지 명확히 알 수 없기 때문에, 고유목적사업준비금 손금산입을 통해 법인세가 면제된 자금으로 수익용 부동산을 취득하더라도 세법상 아무런 제재를 받지 않는 불합리한 상황이 발생하는 것으로, 이는 쟁점규정을 단순히 기계적으로 적용한 것이 아니라 조세법률의 엄격한 해석에 따라 적법하게 세법을 적용한 것이다. (바) 청구법인은 판례의 실질적인 내용과 달리 청구법인에 유리한 방향으로 조사청의 과세논리와 법원 판결문의 취지를 의도적으로 왜곡하고 있다. 이 건과 과거 선례들의 사실관계 및 쟁점이 서로 다르고, 심지어 청구법인이 제시한 과거 선례들조차 고유목적사업준비금 설정액 및 대응 자산의 특정 여부가 과세 결정에 유의미한 영향을 미쳤다고 볼 수 없으며, 청구법인이 제시한 판례들은 당초 손금산입한 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용하였다고 인정하지 아니하여 법인세를 추징한 것으로 고유목적사업준비금을 설정한 수익금 발생 원인의 특정 여부와 관련이 없고, 고유목적사업준비금 설정(손금산입) 시 자산의 특정 여부와 무관하게 ‘손금산입한 고유목적사업준비금을 실제 사용하는 시점에(사용기한 내) 그 사용처가 명확히 고유목적사업이어야 한다’는 것이 판결의 요지이다. 청구법인은 ① 수원지방법원 2015.6.17. 선고 OOO 판결(대법원 2016.4.12. 선고 OOO 판결로 확정)을 제시하며, 고유목적사업준비금의 처분 근거는 ‘고유목적사업준비금 설정액에 대응되는 자산을 토지매각대금으로 특정할 수 있기 때문’이라고 주장하고 있으나, 동 판결의 요지는 고유목적사업준비금으로 수익용 부동산을 취득하여 더 이상 고유목적사업에 사용할 수 없음이 분명해진 이상, 쟁점규정을 근거삼아 고유목적사업준비금 설정액(손금산입액)을 단지 비영리사업회계에 지출하였다는 이유로 고유목적사업에 사용한 것으로 의제하여 법인세 추징을 배제할 수 없다는 것이고, 또한 ② 조심 OOO(2022.9.14.)를 제시하며 고유목적사업준비금의 처분 근거는 ‘고유목적사업준비금 설정액에 대응되는 자산을 고정자산처분이익으로 특정할 수 있기 때문’이라고 주장하고 있으나, 동 선례의 요지는 고유목적사업준비금으로 손금산입한 금액을 사용기한 5년 내에 사용하지 아니하여, 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 미사용잔액에 대하여 법인세를 추징하겠다는 것이며, ③ 조심 OOO(2015.7.16.)를 제시하며 고유목적사업준비금의 처분 근거는 ‘고유목적사업준비금 설정액에 대응되는 자산을 토지처분이익으로 특정할 수 있기 때문’이라고 주장하고 있으나, 동 선례의 요지는 고유목적사업준비금을 비영리사업회계로 지출한 후 수익사업용 부동산을 취득하는 것은 고유목적사업 외 용도로 사용한 것으로 보아 법인세를 추징하겠다는 것이다. 청구법인의 ‘고유목적사업준비금에 대응되는 자산을 특정하여야 한다’는 주장은 법령상 어디에도 규정되어 있지 아니하고, 현실적으로 자산을 특정할 수 없기 때문에 「법인세법」 제29조는 고유목적사업‘준비금’이라는 별도 회계 계정을 사용하는 것이며, 쟁점규정은 비영리법인이 수익사업에서 비수익사업에 지출한 때 고유목적사업준비금 손금산입액부터 지출된 것으로 보는 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점금액에 대해 고유목적사업준비금을 목적 외 용도로 사용한 것으로 보아 법인세를 부과한 처분의 당부 나. 관련 법령 등 (1) 법인세법 제29조(비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입) ① 비영리내국법인(괄호 생략)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조 제3항 제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(괄호 생략)을 곱하여 산출한 금액 ⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(괄호 생략)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다) 5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) ⑤ 법 제29조 제1항 각 호 외의 부분에 따른 고유목적사업은 해당 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 따른 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제3조 제1항에 따른 수익사업 외의 사업으로 한다. ⑥ 법 제29조 제1항부터 제5항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다. 1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조 제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액 3. 의료법인이 지출하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액 가. 의료기기 등 기획재정부령으로 정하는 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 나. 「의료 해외진출 및 외국인환자 유치 지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 의료 해외진출을 위하여 기획재정부령으로 정하는 용도로 지출하는 금액 다. 기획재정부령으로 정하는 연구개발사업을 위하여 지출하는 금액 제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. ※ 법인세법 기본통칙 113-156…3(비영리법인의 이익잉여금의 범위) ② 규칙 제76조 제4항을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 해당 자산가액을 다음 각 호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여야 한다. 1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조에 따라 손금산입된 금액(같은 조 제2항 후단의 금액을 포함한다) 2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액 3. 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다) 4. 자본의 원입액 (4) 조세특례제한법 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2022년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 가. 「사립학교법」에 따른 학교법인 (5) 사립학교법 제29조(회계의 구분 등) ① 학교법인의 회계는 그가 설치ㆍ경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다. ② 제1항에 따른 학교에 속하는 회계는 교비회계(校費會計)와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우로 한정한다)로 구분할 수 있고, 교비회계는 등록금회계와 비등록금회계로 구분하며, 각 회계의 세입ㆍ세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 학교가 받은 기부금 및 수업료와 그 밖의 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 별도 계좌로 관리하여야 한다. ③ 제1항에 따른 법인의 업무에 속하는 회계는 일반업무회계와 제6조에 따른 수익사업회계로 구분할 수 있다. ⑥ 제2항에 따른 교비회계에 속하는 수입이나 재산은 다른 회계로 전출(轉出)ㆍ대여하거나 목적 외로 부정하게 사용할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 1. 차입금의 원리금을 상환하는 경우 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인의 감사보고서(2020․2021사업연도)상 확인되는 고유목적사업준비금의 변동내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 감사보고서상 고유목적사업준비금의 변동내역 OOO (2) 청구법인은 쟁점금액의 이전에 대하여 고유목적사업준비금과 구분되는 자금으로 보아 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 처리하지 아니한 반면, 아래 <표3>과 같이 부속병원회계에서 설정한 고유목적사업준비금을 포함한 청구법인의 고유목적사업준비금을 그 적립한 사업연도로부터 2～3년 내에 모두 고유목적사업에 사용하였다며, 고유목적사업준비금 조정명세서, 운용소득 사용명세서 등을 증빙자료로 제출하였다(<별지1> 참조). 한편, 조사청은 청구법인이 쟁점금액의 이전과는 별개로 2020사업연도 OOO원 및 2021사업연도 OOO원을 부속병원회계에서 일반업무회계로 전출한 것에 대해 정상지출분으로 확인한 것으로 나타난다. <표3> 청구법인의 고유목적사업준비금 설정 및 사용 내역 (단위 : 억원) OOO (3) 청구법인은 쟁점금액의 이전 당시부터 그 용도가 수익용 부동산 취득과 관련된 자금이었다며, 그 증빙으로 수입․지출결의서, 기금운용심의회 회의자료 등의 자료를 제출하였다(<별지2> 참조). (4) 청구법인은 ‘사학기관 재무·회계 규칙에 대한 특례규칙 해설서(2023)’의 192페이지를 보면, 일반업무회계 및 수익사업회계 간 자금 이전의 실질이 자금대차거래인 경우에는 각각 차입 및 대여로 인식하여야 한다고 안내하고 있다고 주장하는바, 그 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 사학기관 재무·회계 규칙에 대한 특례규칙 해설서의 내용 OOO (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구법인이 쟁점금액을 재원으로 수익용 부동산을 취득함으로써 고유목적사업준비금이 목적 외 용도로 사용된 것으로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 부과하였으나, 「법인세법」 제29조는 비영리내국법인에게 법인세의 과세대상이 되는 수입이 있다 하더라도 당해 법인이 이를 고유목적사업준비금으로 계상하여 5년 이내에 고유목적사업에 사용하려는 경우 이를 손금에 산입할 수 있도록 하여 그에 관한 법인세를 면제하되, 법인세를 면제받은 고유목적사업준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 그에 대한 법인세 면제를 철회하고 다시 그에 관하여 법인세를 부과하도록 규정하고 있고, 이는 법인의 수입이 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사업과 직접적으로 관련하지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되기보다는 고유목적사업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는데 그 입법취지가 있다 할 것인바(조심 OOO, 2024.8.7. 등 같은 뜻임), 고유목적사업준비금 설정 및 사용 내역을 보면, 청구법인은 2015년 2월부터 2021년 2월까지 손금산입한 고유목적사업준비금을 2023년 2월까지 모두 사용된 것으로 나타나는 반면, 동 준비금을 사용하지 아니하였다거나 목적 외 용도로 사용한 것은 구체적으로 확인되지 아니하는 점, 또한 고유목적사업준비금 조정명세서상 청구법인은 쟁점금액의 이전과는 별개로 2020사업연도 OOO원 및 2021사업연도 OOO원을 부속병원회계에서 일반업무회계로 전출하면서 고유목적사업비의 지출로 처리한 것으로 확인되는데, 이에 대해서는 조사청도 정상지출분으로 확인한 점, 한편 「사립학교법」에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 쟁점규정에 따라 이를 비영리사업에 지출한 것으로 하는 것이나, 해당 자산을 계속하여 수익사업에 사용하는 경우 등 비영리사업회계에 명목상으로 전입한 것으로 볼 수 있는 경우에는 쟁점규정을 적용할 수 없는 것인바(기획재정부 법인세제과-OOO, 2021.2.3. 참조), 쟁점금액의 이전은 명목상 일반업무회계를 거쳤으나 실질적으로는 전입 즉시 C빌딩 취득 관련 차입금을 상환하거나, 수익사업용 기금으로 적립하여 전입 당시부터 계속하여 수익사업에 사용한 경우로서 쟁점규정의 적용 대상으로 보기 어려운 측면이 있고, 그 실질은 고유목적사업준비금 사용과는 무관하게 당초 일반업무회계에서 차입하여 상환의무가 있는 금액을 상환한 것에 불과하여 쟁점규정의 적용 대상이 아닌 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지1> 고유목적사업준비금 조정명세서 및 운용소득 사용명세서 OOO <별지2> 수입․지출결의서 및 기금운용심의회 회의자료 OOO |