1. 처분개요

가. 청구법인은 1997.2.1. 개업하여 경기도 용인특례시 수지구 OOO에서 전기 공급 및 제어장치 제조업을 영위하고 있는 법인사업자로, 2019년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 A(대표자 : a, 이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 쟁점세금계산서관련 거래를 “쟁점거래”라 한다)를 수취하여 매입세액을 매출세액에서 공제하고 공급가액을 손금산입하여 2019년 제1기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. OO세무서장(이하 “쟁점거래처조사청”이라 한다)은 쟁점거래처에 대한 부가가치세 조사를 실시하고, 쟁점거래를 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 가공거래로 확정하여 처분청에 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 처분청은 2025.7.4.∼2025.7.9. 기간 동안 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 2019년 제1기 부가가치세 OOO원을, 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하여 2019사업연도 법인세 OOO원을 각각 경정・고지하였으며, 청구법인에게 공급가액 OOO원을 청구법인의 대표이사 a(이하 “대표이사”라 한다)에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.

  <표1> 이 건 부과처분 내역

(단위 : 원)

○○○

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.10. 심판청구를 제기하였고, 처분청은 2025.9.22. 위 부가가치세 부과처분을 직권으로 취소하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 자동차, 개인 휴대 전자기기 및 개인이동장치(전기자전거, 전동킥보드) 등의 핵심 에너지원인 OOO를 제조하여 한국 내 이차전지 개발 제조회사, 휴대폰 제조회사, 이차전지 개발 국책연구기관, 이차전지 시험평가인증기관, 대학 등에 해당 장비를 공급하는 OOO 전문 공급업체이며, 지난 30여 년 동안 신뢰성 있는 장비공급과 전지개발관련 시험평가방법 등의 지속적인 기술지원을 통하여 대한민국 이차전지산업 발전에 많은 기여를 한 전문 중소기업이다.

 (2) 처분청은 2025.2.20. 청구법인에게 2019년도 귀속분 쟁점거래에 대하여 해명자료 제출요청 통지를 하였고, 청구법인은 해명을 요청한 거래에 대하여 단 한건도 빠뜨리지 않고 실거래임을 입증하는 충분한 해명서를 제출하였다.

  (가) 처분청은 청구법인이 제출한 해명서에 대하여 “우리가 검토할 것이니 놓고 가라”고 하였고, 그 이후 해명자료에 대하여 아무런 확인도 하지 않았으며 청구법인에게 추가자료 제출을 요청한 사실이 없다.

  (나) 따라서 처분청은 쟁점거래에 대해 실질적인 조사를 하지 않았다. 또한, 처분청은 OO세무서장(당시 청구법인의 관할 세무서장, 쟁점거래처조사청과의 구분을 위해 이하 “청구법인조사청”이라 한다)이 청구법인에 대한 세무조사를 한 후 2014∼2018년 귀속 협력사간 거래를 허위·거짓거래로 보아 부과처분 하였으므로, 2019년 귀속분 거래(쟁점거래)는 실질적인 조사를 하지 않더라도 (자동으로) 허위·거짓거래로 추정되기 때문에 부과처분을 한 것이라고 하였다.

  (다) 과세관청은 국가의 세금징수를 하는 기관이며 어느 기관 보다 공정하여야 한다. 또한 조사청은 피조사자가 명백한 근거에 의해 제기하는 불법적인 조사와 처분에 대한 의혹은 피조사자가 납득할 수 있는 해명을 하여야 하고, 이는 납세자인 피조사자에 대한 의무이다.

    청구법인조사청은 청구법인의 세무조사 기간 동안 온갖 불법행위와 불법적인 조사, 부실조사, 허위보고서 작성, 관서장의 결재와 승인 없이 조사공무원이 임의대로 불법적인 처분을 하였는바, 이는 유효한 처분이 될 수 없고 이를 위장·조작·은폐하기 위하여 공문서를 수차례 위조하는 행위를 하였다. 이는 납세자와 국민에 대한 중대 범죄행위이다.

    특히나 청구법인에 대한 2014∼2018년 귀속 부가가치세 세무조사는 불법적인 조사와 과세결정·부과처분이고 이를 위장·조작·은폐하기 위하여 수차례 공문서를 위조하였는데, 이를 근거로 기초적인 조사도 없이 2019년 거래분(쟁점거래)을 임의로 허위·거짓거래로 단정하여 부과처분 하는 것은 불법적인 처분이다.

 (3) 처분청의 의견대로 이 건의 부과제척기간을 10년으로 본다고 하더라도, 세무조사의 통지 및 세무조사결과의 통지가 부과제척기간이내인 2025.3.31. 이전에 이루어 져야만 유효한 조사와 부과처분이 되며 부과제척기간도 10년으로 적용이 가능하다.

  (가) 처분청은 2025.3.31. 이전에 2019년 귀속분에 대하여 아무런 조사통지와 과세결정통지를 한 사실이 없다.

  (나) 「국세기본법」 제26조의2 제1항에서 “국세를 부과할 수 있는 기간(이하 ‘부과제척기간’이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다”라고 명확히 규정하고 있다.

  (다) 따라서 국세의 부과제척기간은 5년이며, 2019년 귀속 부가가치세 및 법인세는 2025.1.25 및 2025.3.31에 부과제척기간이 만료 되었다. 그러므로 처분청의 이 건 부과처분은 불법적인 처분이며 무효한 처분이다.

(4) 이 건은 납부의무가 소멸된 이후의 불법적인 처분이다.

  (가) 「국세기본법」 제26조는 납세의무가 소멸이 되는 시점을 “제26조의2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때”라고 규정하고 있다.

  (나) 따라서 「국세기본법」 제26조의2에 근거하여 청구법인의 2019년 귀속 부가가치세는 2025.1.25., 2019사업연도 법인세는 2025.3.31.자로 부과제척기간이 만료되었기 때문에 청구법인의 납세의무가 소멸되었다.

  (다) 납세의무가 소멸된 이후에 처분청이 청구법인에게 부과처분한 부가가치세 및 법인세, 소득금액변동통지는 불법적이고 무효한 처분이다.

 (5) 청구법인조사청은 청구법인의 2014년 귀속 부가가치세 부과제제척기간을 2020.1.25.로 보았기 때문에 부과처분을 할 수 없었다.

  (가) 청구법인조사청은 2020.1.16.∼2020.3.17. 기간 동안 청구법인에게 2014∼2018년 귀속 부가가치세에 대한 세무조사를 통지하고 세무조사를 실시하였다.

  (나) 청구법인조사청이 실시한 세무조사는 중복조사에 의한 불법적인 세무조사이고, 조사종결 후 피조사자인 청구법인에게 설명이나 조사결과의 통지도 없었으며 결재권자인 관서장의 결재승인을 득하지 않고 조사공무원이 임의대로 조사종결과 동시에 허위거래 단정과 과세결정 후 2020.3.23. 2014사업연도 법인세를 부과처분 하였다.

    청구법인조사청이 2020.3.17. 세무조사를 종결하고 단 1일 만에 허위 조사결과보고서를 작성하였으며, 조사결과를 피조사자인 청구법인에게 설명이나 서면통지도 하지 않았다. 심지어 관서장에게 조사결과 보고나 과세여부에 대한 관서장의 결재·승인 없이 불법적으로 부과처분을 하였는데, 그 이유는 2020.3.31.자로 2014사업연도 법인세 부과제척기간이 만료하기 때문이며, 청구법인이 이에 대해 ‘과세전적부심사청구’의 기회를 박탈하고 부과처분한 점에 대해 이의를 제기하자 청구법인조사청은 “2014사업연도 법인세는 부과제척기간이 2020.3.31.로 만료되기 때문에 이는 부득이 하고 특별한 예외 사유에 해당함으로 즉시 부과처분 하였다”고 분명하게 답변하였다.

    즉, 청구법인조사청이 조사종결 후 단 2∼3일 만에 관서장의 결재승인도 받지 않고 2014사업연도 법인세를 불법적으로 부과처분한 이유는 어떻게 해서든 (불법적으로라도) 부과제척기간이내에 부과처분하기 위함이었다.

    청구법인조사청이 세무조사결과 후 관서장의 결재승인도 없이 2014사업연도 법인세 및 소득금액변동통지, 2015∼2018년 귀속 부가가치세 및 2015∼2018사업연도 법인세 및 소득금액변동통지를 하였지만 2014년 귀속 부가가치세를 부과처분하지 못한 이유는 2020.1.25.자로 부과제척기간이 만료되었기 때문이다.

 (다) 처분청은 청구법인의 2019년 귀속 부가가치세 및 2019사업연도 법인세의 부과제척기간이 만료된 이후에 간편세무조사를 실시하고 이 건 부과처분을 하였다. 이러한 부과처분은 법률에 근거하지 않고 조사공무원이 직권을 남용하여 불법적으로 부과처분한 것이며, 무효한 처분이다.

 (6) 세무조사 개시·결과 통지, 과세결정 등의 세금의 부과와 징수는 법률에 근거를 두고 있으며, 회사의 설립, 경제, 노동, 환경, 식품, 보건, 의료 등 모든 사항은 법률에 따라 행해져야 한다.

   처분청이 청구법인에 대하여 세무조사 통지와 조사개시를 행할 수 있는 것도 법률에 명시되어있기 때문에 청구법인에 대한 조사가 가능한 것이다. 국세의 부과처분도 「국세기본법」에 근거하여야 하고 법률에 근거 하지 않은 처분은 불법적인 처분이다.

   그럼에도 불구하고 세무공무원들은 국가의 세금을 징수한다는 미명아래 온갖 불법적인 조사와 불법행위 및 불법적인 부과처분을 할 뿐 아니라 불법행위를 은폐·조작하기 위하여 공문서를 조작·허위 작성하는 중범죄를 아무런 죄의식 없이 자행하는 것이 현실이다.

   불법적인 조사와 처분, 불법행위 및 중대 범죄행위는 어떤 이유로도 용인될 수 없다. 처분청은 법률을 자의적으로 해석하여 청구법인에게 불법적인 부과처분을 하였다. 불법적인 처분은 무효한 처분이고 마땅히 취소되어야 하므로 이 건의 부과처분도 취소되어야 한다.

 (7) 이 건 부과처분에 대해 반드시 심의되어야 하는 핵심사항은 다음과 같다.

  (가) 국가기관의 불법적인 행위는 절대로 합법적인 행위가 될 수 없다.

   1) 청구법인조사청의 조사공무원들은 청구법인에게 불법적인 세무조사를 통지를 하였고, 조사과정에서 수많은 중대 불법행위들이 있었으며, 조사공무원들은 허위·조작된 조사결과보고서를 작성하였고 허위·조작된 조사결과보고서에 근거하여 임의대로(관서장의 결재 승인을 받지 않았고, 납세자에게 조사결과를 통지 하지 않았음) 고지처분을 하였다.

   2) 세무조사의 통지, 세무조사 개시, 세무조사의 진행과정, 세무조사의 종결 및 처분에 이르기까지 전 과정에서 단 하나라도 합법적으로 이루어진 것이 없는 불법적인 조사에 의한 불법적인 처분이었다.

     세무조사통지에서 세무조사의 종결 및 처분, 일련의 과정에서 청구인이 심판청구서에 제기한 중대한 불법행위들에 대하여 반드시 확인하는 절차가 있어야 하고 필요 시 청구법인조사청의 조사공무원 및 조사과장, 결재권자에 대하여 대면질의 또는 조사를 통하여 불법행위 및 공문서위조 및 행사관련 범죄행위에 대하여 철저한 확인 및 검증을 한 후 결정되어야 한다.

  (나) 국가기관인 청구법인조사청은 불법적인 세무조사 통지와 불법적인 처분을 조작·은폐하게 위하여 조직적으로 공문서를 위조하였다. 이런 부분은 명확히 검증되어야 한다.

   1) 청구법인은 납세자로서, 세무조사를 받고 세금을 고지처분 받은 당사자로서 세무조사결과에 대하여 상세한 설명과 해명을 받을 권리가 있고, 청구법인조사청과 처분청은 청구법인의 해명요청에 대하여 상세히 설명할 의무가 있으며 이는 명백하게 법에 명시되어 있다.

   2) 설령 법에 명시되어 있지 않더라도 국기기관인 조사관청은 납세자에게 상세한 설명을 하여야 한다. 그런데 국가기관인 청구법인조사청은 납세자의 해명요구에 대하여 본인들의 중대한 불법행위 및 범죄행위들을 조작·은폐하기 위하여 공문서를 수차례 위조하여 성실한 납세자를 범죄자로 만들었다. 이러한 국가기관의 범죄행위는 있을 수 없는 행위이고 반드시 규명이 되어야 한다.

   3) 청구법인조사청은 청구법인이 중대 범죄행위인 공문서 위조 및 행사 죄 관련 한 여러 가지 사항들에 대하여 해명과 정보공개를 요청하였으나 어떠한 사항도 공개하지 않고 거부하였다. 이렇게 공개를 거부하고 은폐하는 것은 범죄행위를 스스로 인정하는 것이다.

   4) 청구법인조사청은 이러한 중대 범죄행위를 자행하고, 조작·은폐하였다. 또한 청구법인의 정보공개를 거부하면서 본인(청구법인조사청)들의 행위들이 합법이라고 괘변을 하고 있다.

   5) 청구법인조사청은 중대범죄행위인 공문서 위조 및 행사 죄 관련하여 국가수사기관의 자료제출 요청에도 자료제출을 거부하고 있다. 이러한 불법적인 조사와 불법적인 처분은 절대적으로 효력있는 합법적인 처분이 될 수 없다. 이러한 중대 범죄행위들에 의한 불법적인 처분이 합법적인 처분이 된다면 국가기관과 조사공무원들의 불법행위 및 범죄행위가 합법이 된다는 것이고 국가기관은 국민을 상대로 어떠한 중대 범죄행위를 하여도 합법행위가 된다는 것이다. 이를 바로잡지 않으면 이는 법치국가가 아니라 범죄 국가기관이 되는 것이다. 그러므로 반드시 불법조사와 불법적인 처분 및 공문서 위조행위 등에 대하여 철저하게 규명한 후에 심판이 이루어져야 한다.

  (다) 조세행정소송 판결(대법원 2025.5.1. 선고, OOO 판결)은 청구법인조사청이 제출한 위조 공문서에 의한 판결이다.

   1) 조세행정소송 1심(수원지방법원 2024.2.1. 선고, OOO 판결)의 심리기간 중에 청구법인은 청구법인조사청의 세무조사가 불법적인 세무조사 통지에 의한 조사이고, 청구법인조사청의 조사공무원은 관서장에게 조사결과를 보고하지 않았으며, 관서장의 결재승인을 받지 않은 상태에서 조사공무원원들 임의로 고지처분한 것은 무효한 처분임을 계속 주장하자,

   2) 1심 담당재판부는 피고인 청구법인조사청 및 처분청에게 불법적인 처분이 아님을 입증하는 서류를 제출하라고 명하였으나 심리를 종결할 때 까지 끝내 제출하지 않았고 재판장은 피고인 처분청(청구법인조사청)에게 제출하지 않은 것에 대하여 공개적으로 질타를 하였다. 그럼에도 불구하고 심리기간 중에는 해명자료를 제출하지 않았다.

   3) 그런데 심리를 종결하고 선고가 임박한 시점에 피고인 청구법인조사청 및 처분청은 “서면확인 종결보고서” 및 “부가가치세 조사종결보고서”를 교묘하게 위조하여(즉, 공문서를 위조하여) 재판부에 제출하였고 재판부는 위조된 공문서를 토대로 판결을 하였다.

     국가기관은 국민에게 준법정신을 계도하고, 교육하여 법질서를 확립하는 데 앞장서는 것인데, 국가기관이 선량한 국민을 속이고 억압하는 파렴치한 범죄행위를 자행하고, 본인들의 범죄행위들을 은폐 조작하기 위하여 또 다른 범죄행위를 주저하지 않고 자행하는 것에 대하여 국무총리실이 합법화하여주고 면죄부를 준다면 국가는 존립할 이유가 없는 것이다.

   4) 청구법인은 청구법인조사청의 불법행위 및 수차례의 공문서 위조행위관련 범죄행위들에 대하여 해명요구와 정보공개를 요청하였으나 어떠한 해명도 하지 않고, 해명을 거부하고 있으며 조작·은폐하고 있다.

  (라) 국세청은 불법적인 조세 부과처분임을 인지하였음에도 의도적이고 상습적으로 불법적인 처분을 하고 있는 것이 일반화된 현실이다.

   1) 2020년 청구법인조사청은 2014∼2018년 귀속분에 대한 세무조사의 결과로 청구법인에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였고, 이에 청구법인과 제2차납세의무자인 청구법인의 대표이사에게 OOO원에 상당하는 금액에 대하여 압류처분을 하였다.

   2) 5년이 경과한 2025년 5월, OO세무서장(소득세과)은 2014∼2018년 귀속 대표이사의 상여소득에 대하여 종합소득세를 별도로 부과처분 하겠다는 통지를 대표이사에게 하였다.

   3) 이는 동일한 소득에 대하여 청구법인과 대표이사에게 종합소득세를 부과처분하는 것으로 중복하여 세금을 부과처분 하는 것이므로 대표이사는 동일한 소득에 대해 2중으로 세금을 부담하게 된다. 그러므로 이는 부당하고 불법적인 처분임을 명확하게 밝히고 처분취소를 요청하다. 그러나 OO세무서 소득세과 담당자는 “우리는 소득세를 부과하는 부서이므로 법인세와는 상관없이 무조건 부과처분을 할 수 밖에 없다”고 하면서 대표이사에게 부과처분을 하였다.

   4) 주소지 관할세무서장이 직접 징수권을 행사하여 대표이사 개인에게 종합소득세를 부과처분 하는 것은 청구법인의 원천징수권을 박탈한 것이고, 결국 납세의무자인 대표이사에게 종합소득세를 부과하였기 때문에 청구법인의 원천징수의무가 소멸된 것이 되므로 청구법인에게 부과처분한 법인세(근로소득 원천징수 분)는 부과취소되는 것이 당연하다. 그러므로 청구법인은 청구법인에게 부과처분된 법인세를 취소할 것을 요청하였으나, 담당세무공무원은 “불법적으로, 2중으로 부과처분되었다고 하더라도 취소하여 줄 수 없다”고 하였다.

   5) 이에 대표이사는 주소지 관할세무서( OO세무서장)에 이의신청을 제기하였고, 이의신청심의위원회는 신청인의 주장을 ‘인용’ 결정 하여 청구법인에게 부과된 법인세(근로소득 원천징수분)가 모두 취소 처분되었다. 이에 과세관청은 해당결정에 대하여 이의신청이나, 상급기관에 심사청구나 심판청구를 하지 않았다.

   6) 과세관청이 결정을 수용하고 상급기관에 재심의를 요청하지 않은 것은 처음부터 불법적인 2중 부과처분이어서 상급기관에 재심의를 요청할 수 없는 상황이었기 때문이다. 이는 처음부터 불법적인 처분이므로 처분을 하지 않았어야 하는데도 불구하고 불법적인 2중 처분임을 인지하고도 의도적으로 불법적인 처분을 한 것을 인정한 것이다.

     또 다른 이유는 소득세과에서 종합소득세 부과처분 시 법인세가 부과처분된 상태에서 소득세를 부과처분하는 것이 이중 중복처분임을 인지하였지만 법인세를 부과처분 취소하면 법인세과 담당공무원의 세금부과처분 실적을, 즉, 인사고과 실적 및 인센티브 실적을 삭제하는 것이기 때문에 법인세를 취소하지 않은 상태에서 소득세 처분이 불법적인 처분임을 충분히 인지하였음에도, 불법처분임을 감수하고도 본인의 세금 부과처분 실적을 올리기 위하여 불법적인 부과처분을 한 것이다.

   7) 납세자는 중복으로 처분된 불법적인 세금고지처분으로 회복 불가능한 엄청난 재산적 피해와 정신적인 고통을 받게 되지만 과세관청과 세무공무원들은 본인들의 무사안일과 세금 부과처분 실적을 위하여 불법적인 처분을 아무런 죄의식없이 자행하는 것이 현실이다.

   8) 이러한 불법적인 처분을 구제받기 위하여 납세자는 재산적 피해와 정신적 고통은 말할 수도 없고 생업을 포기하다시피 매달려도 구제를 받는다는 보장이 없는 참으로 안타까운 상황이 발생하고 납세자는 어디에도 하소연 할 수 없는 것이 현실이다.

     청구법인조사청이 2020년 3월 청구법인에 실시한 불법적인 세무조사와 허위·조작된 조사결과보고서에 근거하여 조사공무원이 임의로 처분한 행위는 어떠한 경우에도 유효한 처분이 될 수 없다. 이러한 불법적인 세무조사와 불법적인 처분을 조작·은폐하기 위하여 과세관청은 조직적으로 공문서를 수차례 위조하여 공권력을 행사하였고 이와 관련한 청구법인의 해명요청에도 과세관청은 어떠한 해명도 하지 않고 있을 뿐 아니라 계속적으로 공문서위조 등의 범죄행위를 하고 있다.

     이러한 범죄행위가 합법인지 정중히 묻고 싶다. 부디 청구법인의 억울함이 해소될 수 있도록 청구법인이 과세관청에 해명 요청한 사항과 불복이유서에 기재된 사항들을 철저하게 규명한 후에 이 건 심판청구에 대한 결정을 할 것을 간곡히 당부 드린다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점거래처는 청구법인 대표이사인 a가 운영하는 개인사업체이고, 청구법인은 쟁점거래처로부터 실물거래 없이 가공매입세금계산서 OOO원을 수취하였다. 이는 「국세기본법」 제26조의 제2항 제2호에 따라 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당한다.

  (가) 청구법인조사청이 실시한 2014∼2018사업연도 청구법인에 대한 범칙조사 결과, 청구법인이 2014년 제1기부터 2018년 제2기까지 본인 및 가족명의 업체로부터 수취한 OOO원의 세금계산서는 실제 재화나 용역의 공급없이 발급받은 거짓세금계산서로 보아 해당 거래 전부를 가공거래로 확정하여 「조세범 처벌법」에 따라 범칙처분하였으며 이와 동일한 행태의 거래가 2019년 귀속분에도 발생하였다.

  (나) 또한 쟁점거래처조사청이 실시한 2015∼2019사업연도 쟁점거래처에 대한 세무조사 결과, 쟁점거래처가 2015년 제1기부터 2019년 제2기까지 청구법인에 발행한 OOO원의 세금계산서는 실제 재화나 용역의 공급없이 발급한 거짓세금계산서로 보아 해당 거래 전부를 가공거래로 확정하였고, 쟁점거래처조사청은 2019년 과세기간에 대하여 처분청에 과세자료를 파생하였다.

 (2) 청구법인은 2019년 귀속 부가가치세와 2019사업연도 법인세는 이미 5년의 부과제척기간이 만료되었으므로 해당 과세처분은 부당하다고 주장하나,

   대법원은 “부가가치세는 수취한 매입세금계산서에 따라 매입세액의 공제 등을 받아 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 인식하였다고는 보기 어려워 장기부과제척기간을 적용할 수 없으나, 법인세는 허위의 회계장부 등을 작성하였으므로 원고에게 법인 소득에 대한 적극적인 은닉의도가 있었음을 추단할 수 있으므로 사기 기타 부정한 행위에 해당하여 10년의 부과체적기간을 적용함이 타당”하다고 판단(대법원 2021.12.30. 판단 2021두33371 판결)하였다.

 (3) 따라서 청구법인에 대한 2019년 제1기 부가가치세는 5년의 부과제척기간을 적용하여 고지시점에 부과제척기간이 만료되었으나, 2019사업연도 법인세는 사기 기타 부정한 행위에 해당하여 10년의 부과제척기간을 적용하므로 정당한 고지이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① (부가가치세) 적법한 심판청구인지 여부

  ② 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

  국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」제2조 제1항 제1호에 따른 국제거래(이하 “국제거래”라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매·임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급·공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급·공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 청구법인조사청은 2020.1.16.∼2020.3.17. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 한 것으로 확인된다. 청구법인조사청은 청구법인이 거래처들로부터 재화나 용역을 공급받지 아니하고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 관련 매입세액 불공제 및 매출원가를 부인하여 과세하도록 하는 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2020.3.27.～2020.5.18. 기간 중에 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 2014년 제1기～2018년 제2기 부가가치세 합계 OOO원, 2014∼2018사업연도 법인세 합계 OOO원을 각 경정․고지하고, 2014∼2018년 귀속 합계 OOO원을 대표이사게 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다.

<표2> 청구법인의 법인세 및 부가가치세 등 부과내역

(단위 : 원)

○○○

    청구법인 조사 당시 쟁점거래처와 관련하여 청구법인조사청이 가공거래로 확정한 공급가액은 다음과 같다.

○○○

  (나) 청구법인은 이에 불복하여 조세심판청구(조심 OOO, 2020.12.29.)를 거쳐 행정소송(대법원 2025.5.1. 선고, OOO 판결)을 한 것으로 확인된다.

   1) 조세심판청구 결정문(조심 OOO, 2020.12.29.)의 주요내용은 다음과 같다.

○○○

   2) 행정소송 판결문의 주요내용은 다음과 같다.

○○○

  (다) 한편, 처분청은 대표자 상여로 소득처분하는 소득금액변동통지분에 대한 종합소득세 과세자료를 대표이사의 주소지 관할서인 OO세무서장(이하 “주소지관할청”이라 한다)에게 통보하였고, 주소지관할청은 대표이사가 「소득세법 시행령」 제134조에 따라 소득금액변동통지를 받은 날이 속하는 달의 다음다음달 말일까지 인정상여 소득처분에 대하여 종합소득세 신고를 하지 아니한 사실을 확인하여 아래 <표3>과 같이 종합소득세를 경정·고지하였으며, 이에 대표이사는 2025.5.26. 이의신청을 제기한 것으로 나타난다.

<표3> 종합소득세 부과내역

(단위 : 원)

○○○

    주소지관할청은 해당 이의신청에 대해 2025.7.9. 다음 주문과 같은 결정( OO세무서장 제2025-OOO호, 2025.7.9.)을 하였다.

○○○

  (라) 또한, 청구법인조사청은 청구법인이 2014년 제1기부터 2018년 제2기까지 대표자 본인 및 가족 명의의 거래처들로부터 수취한 세금계산서(공급가액 OOO원)를 실제 재화나 용역을 공급받지 않고 발급받은 거짓세금계산서로 보아 「조세범 처벌법」에 의한 범칙처분하고 조사를 종결한 것으로 나타난다.

    청구법인조사청은 2020.4. 청구법인과 대표이사를 「조세범 처벌법」 등 위반혐의로 고발하였고, 이에 대한 소송내용은 다음과 같이 나타난다.

○○○

  (마) 쟁점거래처조사청은 2024.2.20.부터 2024.4.10.까지 쟁점거래처에 대한 2015∼2019년 귀속 부가가치세 대한 세무조사를 실시한 결과, 쟁점거래처가 발행한 세금계산서는 모두 실물거래 없이 발행된 가공세금계산서로 확정하고 처분청에 과세자료를 파생하였다.

    이에 처분청은 2025.2.20. 청구법인에게 2019년 제1기 매입세금계산서 4매, 공급가액 OOO원에 관한 과세자료해명안내문을 발송하였고, 대표이사로부터 주문서, 거래대금이체확인증 등 해명자료를 받아 검토한 결과, 객관적인 실거래증빙으로 보기 어렵다고 보아 청구법인에게 2019년 제1기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 등을 경정·고지하였다가 2025.9.22. 부가가치세는 부과제척기간(5년)이 만료되었음을 사유로 결정취소하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 우선 쟁점①에 대하여 살피건대, 「국세기본법」 제65조 제1항 제1호, 제81조 및 같은 법 시행령 제52조의2에서 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는 경우 등에는 심판청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있는바, 처분청은 2019년 제1기 부가가치세를 부과하였다가 2025.9.22. 직권으로 취소하였는바, 이 건 심판청구 중 부가가치세의 취소를 구하는 부분은 심리일 현재 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 아니하므로 부적법한 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 청구법인 조사 당시 청구법인조사청의 위법함이 있었으므로 이를 전제로 한 부과처분은 부당하다고 주장하나, 세무조사의 위법성, 「조세범 처벌법」 등 위반에 대한 고발 등에 대한 판결(대법원 2025.5.1. 선고, OOO판결 및 대법원 2024.5.30. 선고, OOO 판결)이 확인되는 점, 청구법인이 2014∼2018년의 기간 동안 쟁점거래처로부터 수취한 세금계산서는 재화나 용역의 공급없이 수취된 허위의 세금계산서라는 선결정 판례가 있는 점, 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요(대법원 2008.9.25. 선고 2008두8284 판결, 같은 뜻임)가 있는 점, 쟁점거래는 2019년 귀속분으로 청구법인 조사대상 기간(2014∼2018년) 이후의 거래인바, 그 거래형식이 동일한 것으로 나타나는 점, 청구법인은 2019사업연도 법인세 등은 5년의 부과제척기간이 지났으므로 이 건 부과처분이 취소되어야 한다고 주장하나, 부가가치세는 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액공제를 받았더라도 이를 통해 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 인식하였다고 보기 어려운 경우 장기부과제척기간을 적용할 수 없으나, 법인세는 청구법인이 쟁점거래처로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 이를 증빙자료로 하여 허위의 회계장부 등을 작성하였으므로 청구법인에게 법인 소득에 대한 적극적인 은닉의도가 있었음을 추단할 수 있으므로 「국세기본법」제26조의2 제2항 제2호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 보아야 하는 점(대법원 2021.12.30. 선고, 2021두33371 판결, 같은 뜻임) 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.