1. 처분개요

가. 청구법인은 경기도 성남시 OOO 일원의 토지(이하 “쟁점부동산”이라 한다) 안의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 건설하기 위하여 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도시정비법”이라 한다)에 의해 2013.9.26. 설립된 정비사업조합이다.

나. 청구법인은 조합원들이 현물출자한 쟁점부동산에 대한 재산세는 조합원분양분과 일반분양분에 공통으로 사용되는 비용에 해당되고, 일반분양분에 해당하는 재산세(OOO원)는 「법인세법」상 손금으로 인정되어야 한다는 이유로, 2024.4.19. 처분청에 2019사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 ‘쟁점부동산에 대한 재산세의 납세의무자는 조합원들이고, 청구법인은 조합원들의 예치금으로 재산세를 대납한 것이므로 청구법인의 손금에 해당하지 않는다’고 보아, 2024.9.23. 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.8.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 관리처분계획인가 고시일에 조합원으로부터 현물출자 받은 토지를 취득하였다.

 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호는 ‘대금청산일, 이전등기일·인도일, 사용수익일 중 빠른 날이 속하는 사업연도가 익금 및 손금의 귀속사업연도’라고 규정하고 있고, 조합원이 현물출자한 토지는 ‘상품 등 외의 자산’에 해당한다고 볼 수 있으며, 조세심판원은 정비사업조합이 조합원으로부터 현물출자 받은 토지의 취득시기를 대금청산일, 소유권이전등기일, 사용수익일 중 빠른 날을 취득시기(손익 귀속사업연도)로 보고 있다(조심 2015부4909, 2018.3.14.).

  한편, 도시정비법 제81조 제1항 본문은 “종전의 토지 또는 건축물의 소유자ㆍ지상권자ㆍ전세권자ㆍ임차권자 등 권리자는 제78조 제4항에 따른 관리처분계획인가의 고시가 있은 때에는 제86조에 따른 이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 또는 건축물을 사용하거나 수익할 수 없다”고 규정하고 있으므로, 관리처분계획인가 고시가 있게 되면 조합원은 현물출자 토지에 관한 사용·수익을 할 수 없고, 조합이 현물출자 토지에 관한 사용·수익을 개시하였다고 보아야 한다. 「법인세법 시행령」의 규정, 조세심판원의 선결정례 및 도시정비법에 따르면, 쟁점부동산은 관리처분계획인가 고시일(2016년 8월경)이 지나 청구법인이 사용·수익을 개시한 이후 비로소 신탁등기가 되었으므로, 청구법인은 관리처분계획인가일(내지 관리처분계획인가 고시일)에 쟁점부동산을 취득한 것으로 보아야 한다.

  처분청은 쟁점부동산의 소유권은 여전히 조합원들이 보유하고 있다는 의견이나, 법원은 “재개발정비사업조합인 원고가 조합원들로부터 현물출자를 받은 토지 중 일반분양분 주택을 건축하는 토지부분은 그 목적사업을 수행함에 따른 사업비용에 충당하기 위하여 조합원들로부터 취득한 원고의 소유로 보고, 현물출자를 받은 토지 중 일반분양분 토지는 조합원들에게 환원될 것이 아니어서 조합원들에게 실질적인 소유로 남아 있다고 볼 수 없다OOO”고 판시하였다. 즉, 법원은 정비사업조합이 조합원으로부터 현물출자 받은 토지는 정비사업조합이 취득한 토지로 보고 있고, 특히 위 대법원 2016.2.18. OOO판결은 “일반분양분 토지는 조합원들에게 환원될 것이 아니어서 조합원들에게 실질적인 소유로 남아 있다고 볼 수 없다”고 하였는데, 이 건에서 문제되는 것이 바로 일반분양분 토지에 대하여 납부된 재산세이므로, 적어도 청구법인이 일반분양분 토지를 관리처분계획인가일에 취득하였음은 분명하다.

  또한 「소득세법」 제88조 제9호는 “조합원입주권이란 도시정비법 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다”고 규정하고 있고, 「소득세법 시행령」 제166조 제1항은 “법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존 건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다”고 규정하고 있으므로, 이러한 규정에 의하더라도 현물출자된 토지는 조합이 취득하고 조합원은 그 대가로 입주자로 선정된 지위를 획득하는 것임을 알 수 있다.

 (2) 청구법인은 쟁점부동산에 대한 재산세 납세의무자이고, 실제로 쟁점부동산에 대한 재산세를 납부하였다.

 「지방세법」 제107조는 신탁법에 따라 수탁자 명의로 등기된 신탁재산의 재산세 납세의무자를 ‘수탁자’라고 규정하고 있는데, 쟁점부동산은 2016년 8월경 관리처분계획인가 이후 청구법인 명의로 신탁등기가 되었으므로, 그 신탁토지에 대한 재산세는 「지방세법」 제107조 제1항 제3호에 따라 수탁자인 청구법인이 납세의무자가 된다.

  처분청은 조합원이 실질적 납세의무자라는 의견이나, 이는 「지방세법」의 문언에 반하고, 처분청이 주장하는 실질과세의 원칙에도 반한다. 즉, 쟁점부동산 중 적어도 일반분양분 토지의 경우에는 청구법인이 취득한 것이 분명하고, 이때 일반분양분 토지에 대하여 납부된 재산세는 일반분양분 토지의 소유자인 청구법인이 납부하는 것이 실질과세에 부합하는 것이다.

  또한 처분청은 재개발사업 완료에 따른 준공검사 후 소유권이전고시 이전에 조합원용 아파트의 재산세 납세의무자는 조합원이라는 서울특별시 질의·회신을 근거로 이 사건 현물출자 토지의 재산세 납세의무자는 조합원이라는 의견이나, 처분청도 인정하듯이 재산의 사실상 소유자가 재산세 납세의무자라는 관점에서 보자면 준공된 아파트의 사실상 소유자를 조합원으로 보는 것은 자연스러운 것이며, 쟁점부동산은 관리처분계획인가 이후에 철거가 시작되고 이 건 정비사업의 사업부지가 되어 청구법인이 쟁점부동산을 직접 사용·수익하게 되므로, 사실상 소유자가 재산세 납세의무자라는 같은 관점에서 볼 때, 쟁점부동산의 재산세 납세의무자는 청구법인이다.

 (3) 청구법인이 납부한 쟁점부동산에 대한 재산세 중 일반분양분에 대응하는 OOO원은 일반분양 수입에 대응하는 원가에 해당하므로 손금에 산입되어야 한다.

 「법인세법 시행령」 제19조 제10호는 ‘제세공과금’을 손비의 하나로 규정하고 있고, 청구법인은 정비사업을 시행하여 일반분양분 분양 수입을 얻었으며, 이는 청구법인의 수익사업소득에 해당한다. 그런데 청구법인이 얻은 일반분양분 분양 수입은 일반분양분 토지를 전제로 하는 것이므로, 일반분양분 토지에 관하여 지출된 제세공과금은 당연히 분양수입에 대응하는 원가에 해당된다. 그리고 판매 목적인 토지 등에 대한 재산세 납부액에 대한 손금처리를 규정한 법인세법 기본통칙 19-19…19은 “판매를 목적으로 취득한 토지 등의 경우에도 동 토지 등에 부과되는 재산세등은 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다”고 규정하고 있고, 법인이 재산세를 납부하고 세금과 공과금의 손비로 계상하지 아니하고 이월이익잉여금과 상계할 경우 손금처리를 규정한 법인세법 기본통칙 19-19…30은 “법인이 손금으로 계상할 수 있는 조세공과금 등을 이익잉여금과 상계한 경우에도 이를 손금에 가산하여 신고할 수 있다”고 규정하고 있는바, 법인세법 기본통칙은 판매용 토지에 부과되는 재산세는 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하도록 규정하고 있다.

  즉, 정비조합의 일반분양분 분양 수입은 「법인세법」상의 수익사업이며, 쟁점부동산 중 일반분양분은 판매를 목적으로 정비조합이 관리처분계획인가일에 조합원으로부터 취득한 판매용토지에 해당하고, 그 판매용토지에 부과되는 재산세는 「지방세법」에 따라 납부하는 세금으로서 그 재산세의 납세의무가 확정되는 날이 속하는 각 사업연도소득 계산시 손금에 산입하여야 한다.

  처분청은 청구법인의 재산세 납부는 조합원 예치금으로 정산하므로 순자산의 감소가 없으므로 재산세 납부액이 손금에 해당하지 않는다는 의견이나, 청구법인이 재산세를 납부하는 시점에서 재산세 상당의 돈이 지출되는 것이므로 순자산의 감소가 없다고 할 수 없고, 청구법인이 사후적으로 조합원 예치금에서 정산한다고 하더라도 마찬가지이다. 정비사업의 시행은 조합원의 분담금으로 진행되는 것이고, 최종적으로 조합원이 사업비용을 부담한다고 해서 이를 수입에 대응하는 원가가 아니라고 할 수 없다.

나.처분청 의견

 (1) 청구법인은 조합원들로부터 쟁점부동산의 소유권을 취득하였다고 보기 어렵다.

  청구법인은 신탁등기에 의해 소유권이 조합으로 완전히 이전되는 것이라고 주장하나, 일반적으로 재건축사업시행을 하면서 신탁등기는 법률에 의해 강제되는 것이 아니고, 원활한 정비사업의 수행을 위한 것이다. 소유자인 조합원들의 합의(정관 및 신탁계약)에 의해 실시되고, 신탁등기를 하더라도 조합원은 매매 등 소유권이전등기를 할 수 있으므로 재산권 행사에 문제가 없는 점과 청구법인도 사업목적인 조합원들의 토지 지상에 있는 건축물을 철거하고, 새로운 건축물을 준공하여 신탁등기가 말소되었고, 소유권이 조합원 명의로 다시 환원되었다는 점에서 쟁점부동산의 소유권이 조합원에서 청구법인에게 실질적으로 이전되었다고 보기 어렵다.

 (2) 청구법인은 쟁점부동산에 대한 지방세 납세의무자로 보기 어렵다.

 「지방세법」 제107조 제1항 제3호에서 “신탁법에 따라 수탁자 명의로 등기·등록된 신탁재산의 경우, 위탁자별로 구분된 재산에 대해서는 그 수탁자가 재산세의 납세의무자이나, 이 경우 위탁자별로 구분된 재산에 대한 납세의무자는 각각 다른 납세의무자로 본다”라고 규정되어 있는데, 이는 납세의무자를 위탁자인 조합원 개인에게 부과하게 되면 재산세 납부 독려가 불가능하기에 이처럼 규정하여 징수 효과를 높이는 동시에 신탁재산이 위탁자별로 구분된 재산에 대한 납세의무자는 각각 다른 납세의무자로 본다는 규정을 통하여 사실상 보유자인 개별 위탁자를 납세의무자로 보기 위함이다.

  또한, 「소득세법」 제88조 제1호 가목에서 “도시개발법이나 그 밖의 다른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지로 충당되는 경우에는 양도로 보지 아니한다”라고 규정되어 있는데, 법인에 현물출자하여 주식을 취득하는 유상양도와 달리 재개발·재건축 정비사업조합이 사업을 시행하는 경우, 조합원이 소유한 토지를 정비사업조합에 현물출자한 뒤, 사업시행이 완료되어 조합으로부터 재개발·개건축한 건물을 분양받는 것은 환지처분으로 볼 수 있고, 그렇다면 실지 양도에도 해당하지 않는다.

  도시환경정비법 제81조 제1항에서 ‘관리처분계획인가의 고시가 있은 때에는 이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 또는 건축물을 사용하거나 수익할 수 없다’고 규정되어 있는데, 이는 건축물 등의 사용·수익의 중지규정으로 조합원들이 소유자로서 매매 등 재산권 행사를 금지하는 것이 아니므로, 재산세의 납세의무자는 조합이 아닌 조합원으로 보아야 한다.

 (3) 청구법인이 쟁점부동산에 대한 재산세를 납부한 것은 사실상 조합원들의 예치금으로 납부한 것이므로 이는 「법인세법」상 손금으로 볼 수 없다.

  재건축조합의 자금조달은 시공사·금융사의 계약에 의해 충당되며, 지출용도 이외에는 사용이 제한되고, 위 자금에는 조합원들의 종전부동산의 재산세 등이 포함되지 않는 한 재산세의 납세의무자는 조합원으로 보아야 한다. 재산세 납부와 관련하여, 청구법인으로 송달된 재산세를 조합에서 일괄 납부한 뒤, 대급금으로 처리하였고, 이후 조합원들의 예치금과 상계하여 정산하므로 쟁점부동산에 대한 재산세는 청구법인이 부담한 것이 아닌 조합원들이 부담하는 것으로 보아야 한다.

  청구법인은 쟁점부동산에 대한 재산세를 납부한 뒤, 조합원들의 예치금과 상계하여 정산하는 것은 「법인세법」상 손금의 범위에 해당하지 않고, 청구법인은 재산세를 조합원들의 예치금으로 납부한 것이며, 재건축사업의 사업비에서 조합이 부담하거나 지출한 것도 아니므로 쟁점부동산에 대한 재산세는 청구법인의 손금으로 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  정비사업조합인 청구법인이 납부한 쟁점부동산에 대한 재산세(일반분양분)를 청구법인의 손금으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령 등

 (1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 「감사원법」에 따른 심사청구를 할 수 있다.

 (2) 법인세법

  제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

  제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 각 사업연도에 납부하였거나 납부할 법인세(제18조의4에 따른 익금불산입의 적용 대상이 되는 수입배당금액에 대하여 외국에 납부한 세액과 제57조에 따라 세액공제를 적용하는 경우의 외국법인세액을 포함한다) 또는 법인지방소득세와 각 세법에 규정된 의무 불이행으로 인하여 납부하였거나 납부할 세액(가산세를 포함한다) 및 부가가치세의 매입세액(부가가치세가 면제되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우의 세액은 제외한다)

  제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 (3) 법인세법 시행령

  제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

10. 제세공과금(법 제18조의4에 따른 익금불산입과 법 제57조 제1항에 따른 세액공제를 모두 적용하지 않는 경우의 외국법인세액을 포함한다)

  제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

 (4) 소득세법

  제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

9. “조합원입주권”이란 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획의 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위를 말한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원(같은 법 제22조에 따라 주민합의체를 구성하는 경우에는 같은 법 제2조제6호의 토지등소유자를 말한다)으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)으로 한정하며, 이에 딸린 토지를 포함한다.

 (5) 소득세법 시행령

  제166조(양도차익의 산정 등) ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업등을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다.

 (6) 조세특례제한법

  제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

1. 「도시 및 주거환경정비법」 제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다)

⑤ 제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한 「법인세법」 제4조에 따른 과세소득의 범위에서 제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (7) 조세특례제한법 시행령

  제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」 제4조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

 (8) 지방세법

  제107조(납세의무자) ① 재산세 과세기준일 현재 재산을 사실상 소유하고 있는 자는 재산세를 납부할 의무가 있다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호의 자를 납세의무자로 본다.

3. 「신탁법」에 따라 수탁자 명의로 등기ㆍ등록된 신탁재산의 경우: 위탁자별로 구분된 재산에 대해서는 그 수탁자. 이 경우 위탁자별로 구분된 재산에 대한 납세의무자는 각각 다른 납세의무자로 본다.

 (9) 도시 및 주거환경정비법

  제74조(관리처분계획의 인가 등) ① 사업시행자는 제72조에 따른 분양신청기간이 종료된 때에는 분양신청의 현황을 기초로 다음 각 호의 사항이 포함된 관리처분계획을 수립하여 시장ㆍ군수등의 인가를 받아야 하며, 관리처분계획을 변경ㆍ중지 또는 폐지하려는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하려는 경우에는 시장ㆍ군수등에게 신고하여야 한다.

  제81조(건축물 등의 사용ㆍ수익의 중지 및 철거 등) ① 종전의 토지 또는 건축물의 소유자ㆍ지상권자ㆍ전세권자ㆍ임차권자 등 권리자는 제78조 제4항에 따른 관리처분계획인가의 고시가 있은 때에는 제86조에 따른 이전고시가 있는 날까지 종전의 토지 또는 건축물을 사용하거나 수익할 수 없다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 사업시행자의 동의를 받은 경우

2. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 손실보상이 완료되지 아니한 경우

 (10) 주택공급에 관한 규칙

  제15조(입주자모집 시기) ① 사업주체(영 제16조에 따라 토지소유자 및 등록사업자가 공동사업주체인 경우에는 등록사업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)는 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우에는 착공과 동시에 입주자를 모집할 수 있다.

1. 주택이 건설되는 대지(법 제15조 제3항에 따라 입주자를 공구별로 분할하여 모집한 주택 또는 이 규칙 제28조 제10항 제2호에 따라 입주자를 분할하여 모집한 주택에 입주자가 있는 경우에는 그 입주자가 소유한 토지를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 소유권을 확보할 것(법 제61조 제6항에 따라 주택이 건설되는 대지를 신탁한 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다). 다만, 법 제22조 및 제23조에 따른 매도청구소송(이하 이 호에서 “매도청구소송”이라 한다) 대상 대지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제49조에 따른 사용검사 전까지 해당 주택건설 대지의 소유권을 확보하여야 한다.

 가. 매도청구소송을 제기하여 법원의 승소 판결(판결이 확정될 것을 요구하지 아니한다)을 받은 경우

 나. 소유자 확인이 곤란한 대지에 대하여 매도청구소송을 제기하고 법 제23조 제2항 및 제3항에 따른 감정평가액을 공탁한 경우

 다. 사업주체가 소유권을 확보하지 못한 대지로서 법 제15조에 따라 최초로 사업계획승인을 받은 날 이후 소유권이 제3자에게 이전된 대지에 대하여 매도청구소송을 제기하고 법 제23조 제2항 및 제3항에 따른 감정평가액을 공탁한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인은 경기도 성남시 OOO 일원의 사업시행구역 안의 건축물을 철거하고 그 대지 위에 새로운 건축물을 건설하여 도시 및 주거환경을 개선하고 조합원의 주거안정 및 주거생활의 질적향상에 이바지하기 위하여 도시정비법에 의해 2013.9.26. 설립된 정비사업조합이고, 「법인세법」상 비영리내국법인에 해당되는바, 청구법인의 정비사업 추진내용은 아래 <표1>과 같고, 청구법인은 2020.11.30. 경기도 성남시 OOO 6951(분양 및 임대), 6952·6953(근린생활시설), 6950·6956·6959(공원), 6954·5958(도로), 6955(주차장), 6957(공공시설)의 청구법인에 대한 소유권 이전을 위하여 이전고시를 하였다.

<표1> 청구법인 정비사업 추진내용

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  (나) 청구법인은 2017∼2018사업연도 법인세 신고 시 쟁점부동산에 대한 재산세 OOO원을 세금과공과(비용)으로 처리하였으나, 2019사업연도 법인세 신고시 2017∼2018사업연도의 재산세를 세금과공과(비용)으로 회계처리한 것을 <표2>와 같이 조합원대급금(자산)으로 변경하였고, 2019사업연도 재산세 OOO원을 세금과공과(비용)이 아닌 조합원대급금(자산)으로 같이 회계처리하였다.

<표2> 2017∼2018사업연도 재산세 회계처리 변경

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  (다) 청구법인이 주장하는 손금산입액은 아래 <표3>와 같이 쟁점부동산에 대한 재산세 중 일반분양분에 해당하는 OOO원이고, 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시 위 금액이 손금에 산입되지 않았다고 주장하였는데, 전체 연면적 대비 일반분양 비율은 아래 <표4>와 같이 41.89%이며, 쟁점부동산에 대한 재산세 OOO원 중 일반분양 비율 41.89%를 반영한 금액은 OOO원이다.

<표3> 2019사업연도 공통손금에 해당하는 재산세

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<표4> 건축물 분양 연면적(이전고시 기준)

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  (라) 청구법인은 2024.4.19. 처분청에 ‘청구법인은 쟁점부동산의 재산세를 조합원대급금(재산계정)으로 회계처리하였으나, 위 재산세는 자산이 아닌 조합원 분양분과 일반분양분의 공통손금에 해당되므로 일반분양분에 해당되는 재산세 OOO원을 손금산입하여야 한다’고 보아 아래 <표5>과 같이 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정청구하였다.

<표5> 경정청구 비교

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  (마) 처분청은 이 건 심판청구가 제기되기 전에 청구법인의 경정청구에 대한 거부처분을 하지 않았으나, 심판청구가 제기된 이후인 2024.9.23. 청구법인에게 조합원들이 현물출자한 부동산에 대한 재산세는 조합원들이 부담하여야 하는 것이므로 청구법인의 손금이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구 거부통지를 하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 조합원들이 현물출자한 쟁점부동산에 대한 재산세의 납세의무자는 조합원들이므로 청구법인의 손금으로 볼 수 없다는 의견이나, 쟁점부동산의 관리처분계획인가일(2016.8.18.) 이후 신탁등기가 청구법인의 명의로 변경·등기되었으므로 관리처분계획인가일에 청구법인이 쟁점부동산을 취득한 것으로 볼 수 있는 점, 조합원 분양분과 달리 일반분양분은 법인세 납세의무가 청구법인에게 있고, 쟁점부동산 중 일반분양분은 조합원들에게 환원될 것이 아니며, 청구법인의 명의로 쟁점부동산에 대한 재산세를 납부하였는데, 이는 수익사업에 대응되는 비용이므로 「법인세법」상 손금에 해당하는 것인 점 등에 비추어, 이 건에서 쟁점부동산에 대한 재산세를 2019사업연도의 손금으로 인정하더라도 이후 청구법인이 조합원에 대한 배당금을 확정하는 날이 속하는 사업연도에 위 금액이 익금에 해당하게 되는 점을 별론으로 하더라도 처분청이 쟁점부동산에 대한 재산세 중 일반분양분을 청구법인의 손금이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못인 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.