1. 처분개요

가. 청구인은 2016.3.31.부터 2018.1.8.까지 ‘A’이라는 상호로 주택신축판매업을 영위한 개인사업자로, 2018.1.8. OOO에 신축한 도시형 생활주택(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원(이하 “쟁점수입금액”이라 한다)에 판매하고, 2019.5.15. 쟁점수입금액에 단순경비율을 적용하여 2018년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.

나. OO세무서장은 청구인의 거래처인 A㈜를 조사하면서 생성된 과세자료를 2022.8.25. OO세무서장에게 통보하였고, OO세무서장은 2024.4.26. 단순경비율이 아닌 기준경비율을 적용한 추계방법으로 소득금액을 재계산하여, 청구인에게 과세예고통지서와 함께 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지(이하 “1차 과세처분”이라 한다)하였다.

다. 청구인은 1차 과세처분에 불복하여 2024.6.4. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2024.9.9. 장기간 과세권을 행사하지 아니하다가 과세예고통지와 납부고지를 동시에 한 처분은 과세전적부심사청구권을 침해하여 위법하다는 취지로 인용(취소) 결정(조심 2024중3641, 2024.9.9.)하였으며, 그에 따라 처분청은 2024.11.4. 1차 과세처분을 취소하였다.

라. 이후 처분청은「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호의 적용대상에 해당하는 것으로 보아 절차적 하자를 보완하여 2025.7.2. 과세예고통지한 후, 2025.9.4.(2025.8.20. 공시송달에 따른 효력발생일) 청구인에게 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 다시 경정·고지(이하 “2차 과세처분”이라 한다)하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 이 건 2차 과세처분은 1차 과세처분과는 별개의 새로운 처분으로서「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례부과제척기간 적용대상에 해당하지 않아 5년의 국세부과제척기간을 경과한 후 이루어진 처분으로서 위법하다.

  (가) 1차 과세처분의 경우 OO세무서장이 과세처분에 앞서 필수적으로 청구인에게 과세예고통지를 하였어야 함에도 이를 누락(생략)함으로써 청구인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니하였으므로, 1차 과세처분은 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것(OOO)이다.

  (나) 1차 과세처분은 조세심판원의 결정(조심 2024중3641, 2024.9.9.)에 따라 무효인 것으로 확정되었고, 이 건 2차 과세처분은 1차 과세처분과는 별개의 새로운 처분으로 보아야 하므로「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례부과제척기간의 적용대상에 해당하지 않는다.

  (다) 그리고 국세청도 과세전적부심사결정(적부 2023-4, 2023.3.15.)에서 과세전적부심사청구의 기회를 제공하지 않아 당초 처분이 판결로 무효 확인을 받은 경우에는 특례부과제척기간을 적용하여 재처분할 수 없다는 취지의 판단을 하였다.

  (라) 또한 관련 예규(기획재정부 조세정책과-1778, 2024.9.19., 국세청 기준-2023-법규기본-169, 2024.9.24.) 역시 과세처분에 대한 무효 선언 취지의 심판결정 등에 의하여 과세처분이 취소된 경우는「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 특례부과제척기간이 적용되지 않는다고 하였다.

 (2) 이 건 2차 과세처분이 특례부과제척기간 적용대상이더라도, 2차 과세처분 역시 부과제척기간이 임박하여 이루어진 과세예고통지에 근거한 것으로, 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈한 중대한 절차상 하자가 있는 위법한 처분에 해당한다.

  (가) 2차 과세처분이 특례부과제척기간 적용대상이라면, 처분청은 심판결정일(2024.9.9.)부터 1년 내에 재처분을 할 수 있으나, 처분청은 2025.7.2. 청구인에게 과세예고통지를 함으로써, 다시 청구인의 과세전적부심사청구권을 박탈하였다.

  (나) 이는 과세예고통지일부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우,「국세기본법」제81조의15 제3항 제3호 규정에 따라 과세전적부심사청구 대상에 해당하지 않기 때문이다.

  (다) 결과적으로 이 건 2차 과세처분도 1차 과세처분과 같이 청구인의 과세전적부심사청구권을 침해하여 중대한 절차상 하자가 있는 것이다.

 (3) 아울러 특례부과제척기간 적용 시 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니라 할 것인바, 2차 과세처분 시 1차 과세처분보다 증액된 2018년 귀속 종합소득세 OOO원은 부과제척기간이 도과한 무효의 처분이라 할 것이다(OOO).

나. 처분청 의견

 (1) 이 건 2차 과세처분은 「국세기본법」제26조의2 제6항에서 규정하는 ‘경정이나 그 밖에 필요한 처분’의 의미는 당해 결정의 주문을 이행하기 위한 처분에 한정하는 것이 아니라 결정의 이유에서 밝힌 위법사유를 보완하는 처분까지 포함하는 것으로 해석함이 타당하다.

  (가) 이 사건에서 1차 과세처분에 대한 조세심판원의 결정(조심 2024중3641, 2024.9.9.)은 1차 과세처분의 절차상 하자가 있었음을 원인으로 인용(취소) 결정하였고, 그 결정의 이유에서 밝힌 내용과 취지상 위법사항을 보완한 후속처분을 예정하고 있는 것으로 보이며, 이에 특례부과제척기간을 적용하여 그 결정의 취지에 따라 절차상 하자를 보완하여 한 이 건 2차 과세처분은 특례제척기간 규정이 정하는 당해 행정심판 결정에 따른 처분이므로 이 사건 처분은 적법하다.

 (2) 처분청은 2차 과세처분에 대하여 과세예고통지일로부터 부과제척기간의 만료일까지 3개월 이하인 경우에 해당하므로 과세전적부심사 제외 결정한 것으로, 청구인 역시 ‘심사제외결정’ 해달라는 취지로 청구한 것이었다.

  (가) 2025.7.8. 청구인의 배우자인 A이 처분청에 방문하였을 때 2018년도 사업소득과 관련한 필요경비 내역이 있다면 적극적으로 반영해줄 것을(사실상 과세전적부심사청구권에 준한다고 볼 수 있다)안내하였고, 청구인에게는 고지예정일인 2025.8.8.까지 30여일 정도의 시간이 주어졌지만 제출하지 아니하였다.

  (나) 청구인이 제시한 다수의 판례 및 결정례들은 과세관청이 과세예고통지서를 생략하거나 과세예고통지 후 곧바로 고지하는 등의 절차상의 하자로서, 처분청이 한 이 건 2차 과세처분과는 사실관계가 같다고 볼 수 없다.

  (다)「국세기본법」및 같은 법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세전적부심사를 생략하더라도 위법하다고 볼 수 없고, 비록 과세전적부심사 절차를 거치지 않았다 하더라도 청구인에게는 이의신청 및 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있으므로 반드시 처분을 취소하여야 할 중대하고 명백한 절차상 하자가 있는 것으로 보기 어려우므로 이 건 2차 과세처분은 적법한 과세처분이다.

 (3) 2차 과세처분은 1차 과세처분의 심판결정에 따라 그 이유에서 밝힌 내용과 위법사항을 보완한 후속처분으로 별개의 처분에 해당되지 않고, 1차 과세처분 시 산출세액에 오류가 있음을 확인하여 과세표준 및 세액을 경정한 것으로 이를 불이익변경금지의 원칙에 반하는 것이라고 할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 이 건 2차 과세처분이「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호의 적용대상인지 여부

 ② 2차 과세처분도 1차 과세처분과 같이 청구인의 과세전적부심사청구권을 침해하여 중대한 절차상 하자가 있다는 청구주장의 당부

 ③ 2차 과세처분이 1차 과세처분보다 불리한 (증액된) 결정에 해당하여 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.

  (가) 청구인은 2018.1.8. 판매한 쟁점부동산에 대하여 2019.5.15. 단순경비율을 적용하여 2018년 귀속 종합소득세를 신고·납부하였다.

  (나) OO세무서장은 청구인의 거래처인 A㈜를 조사하면서 생성된 과세자료를 2022.8.25. OO세무서장에게 통보하였고, OO세무서장은 2022.8.25. OO세무서장으로부터 과세자료를 수보하자 ‘즉시처리 대상자료’로 전환하였다.

  (다) OO세무서장은 과세자료를 검토한 결과, 청구인의 사업개시일이 2018년도이고 기준경비율을 적용하여야 한다고 보아, 2024.4.26. 청구인에게 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정하고, 이에 대한 납부고지서와 과세예고통지를 동시에 한 것(1차 과세처분)으로 확인된다.

  (라) 청구인은 1차 과세처분에 불복하여 2024.6.4. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2024.9.9. 아래 <표1>와 같이 인용(취소) 결정(조심 2024중3641, 2024.9.9.)하였으며, 그에 따라 처분청은 2024.11.4. 1차 과세처분을 취소하였다.

<표1> 우리 원 결정내용(조심 2024중3641, 2024.9.9.)

  (마) 서울지방국세청장은 2025.5.21. OO세무서장에게 아래 <표2>의 예규를 근거로 1차 과세처분에 대한 재처분을 요청하였고, OO세무서장은 2025.5.26. 처분청에 과세자료를 통보하였다.

<표2> 기획재정부 조세정책과-1778, 2024.9.19.

  (바) 이에 따라 처분청은 절차적 하자 보완을 위해 2025.7.2. 과세예고통지하였고, 이에 청구인이 2025.7.30. <그림1>과 같이 ‘심사제외결정’ 해달라는 취지로 과세전적부심사청구를 제기하였으며, 이에 대해 처분청은 2025.8.18. 아래 <표3>와 같이 심사제외결정을 하였고, 2025.9.4.(2025.8.20. 공시송달에 따른 효력발생일) 청구인에게 2018년 귀속 종합소득세 OOO원을 다시 경정·고지(2차 과세처분)하였다.

<그림1> 과세전적부심사청구(2025.7.30.) 내용

ㅇㅇㅇ

<표3> 과세전적부심사청구 결정 내용

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가)「국세기본법」제81조 제3항 및 같은 법 시행령 제63조의15에서 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 이에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외적인 사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청이 과세처분에 앞서 필수적으로 행하여야 할 과세예고통지를 하지 아니하여 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 하였다면, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대하고 명백한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 처분은 무효라 할 것이다(OOO).

  (나) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 1차 과세처분에 대한 심판청구의 인용결정에 따라 부과처분을 취소하였다가, 절차적 하자를 치유(과세예고통지)한 후에 다시 부과·고지한 이 건 2차 과세처분은「국세기본법」제26조의2 제6항 제1호에 따른 부과제척기간 특례의 적용대상에 해당하여 적법한 처분으로 볼 수 있다는 의견이나,

   OO세무서장이 당초 1차 부과처분에 앞서 청구인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 중대한 절차상 하자가 존재하였고, 재결청인 우리 원은 그 절차상 하자를 중대하고도 명백한 것이라고 보아 1차 부과처분을 취소하는 결정을 하였는바, 이로 인해 그 법률효과는 소멸하는 것이고 다시 절차상 하자를 보완하여 동일한 과세대상에 대하여 재차 부과처분을 하게 되더라도 이미 소멸한 법률효과가 다시 회복되는 것은 아니라 할 것인 점,

  1차 과세처분 시 절차상 하자를 보완하여 재차 하게 된 2차 과세처분은 1차 과세처분과는 별개의 새로운 처분으로서「국세기본법」제26조의2 제6항에 따른 부과제척기간 특례의 적용대상에 해당하지 아니하고, 2차 과세처분(2025.9.4.) 당시 이미 일반적인 부과제척기간(5년, 기한만료일 : 2024.5.30.)도 경과한 점 등에 비추어, 처분청이 청구인에게 2차 과세처분을 한 것은 잘못이 있는 것으로 판단된다(조심 2017지278, 2017.12.1. 및 조심 2021서3633, 2021.12.15. 외 다수, 같은 뜻임).

  (다) 쟁점②·③은 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 국세기본법

  제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구,「감사원법」에 따른 심사청구 또는「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

  제79조(불고불리, 불이익변경금지) ① 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

② 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 제80조의2에서 준용하는 제65조에 따른 결정을 할 때 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

  제81조의15(과세전적부심사) ① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만,「감사원법」제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1.「국세징수법」제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2.「조세범 처벌법」위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

④ 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.

⑤ 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다.

1. 청구가 이유 없다고 인정되는 경우 : 채택하지 아니한다는 결정

2. 청구가 이유 있다고 인정되는 경우 : 채택하거나 일부 채택하는 결정. 다만, 구체적인 채택의 범위를 정하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에는 제2항 각 호의 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장으로 하여금 이를 재조사하여 그 결과에 따라 당초 통지 내용을 수정하여 통지하도록 하는 재조사 결정을 할 수 있다.

3. 청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 : 심사하지 아니한다는 결정

 가. 제2항에 따른 청구기간이 지난 후에 청구된 경우

 나. 과세전적부심사 청구 후 제6항에 따라 준용되는 제63조 제1항에 따른 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니한 경우

 다. 그 밖에 청구가 적법하지 아니한 경우

 (2) 국세기본법 시행령

  제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등) ① 법 제81조의15 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 것

2. 국세청장의 훈령·예규·고시 등과 관련하여 새로운 해석이 필요한 것

3. 세무서 또는 지방국세청에 대한 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고 통지에 관한 것

4. 제1호부터 제3호까지의 규정에 해당하지 아니하는 사항 중 과세전적부심사 청구금액이 10억원 이상인 것

5.「감사원법」제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정 요구 전에 과세처분 대상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받지 못한 것

③ 법 제81조의15 제3항 제4호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1.「국제조세조정에 관한 법률」에 따라 조세조약을 체결한 상대국이 상호합의 절차의 개시를 요청한 경우

2. 법 제65조 제1항 제3호 단서(법 제66조 제6항 및 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우

 (3) 소득세법

  제80조(결정과 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

 (4) 소득세법 시행령

  제143조(추계결정 및 경정) ④ 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "단순경비율 적용대상자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다.

1. 해당 과세기간에 신규로 사업을 개시한 사업자로서 해당 과세기간의 수입금액이 제208조 제5항 제2호 각 목에 따른 금액에 미달하는 사업자

2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자

 나. 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기·가스·증기 및 수도사업, 하수·폐기물처리·원료재생 및 환경복원업, 건설업(비주거용 건물 건설업은 제외하고, 주거용 건물 개발 및 공급업을 포함한다), 운수업, 출판·영상·방송통신 및 정보서비스업, 금융 및 보험업, 상품중개업 : 3천600만원

  제208조(장부의 비치·기록) ⑤ 법 제160조 제2항 및 제3항에서 "대통령령으로 정하는 업종별 일정 규모 미만의 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자를 말한다. 다만, 제147조의3 및「부가가치세법 시행령」제109조 제2항 제7호에 따른 사업자는 제외한다.

2. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함한다)의 합계액이 다음 각 목의 금액에 미달하는 사업자. 다만, 업종의 현황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 영세사업의 경우에는 기획재정부령으로 정하는 금액에 미달하는 사업자로 한다.

 나. 제조업, 숙박 및 음식점업, 전기·가스·증기 및 수도사업, 하수·폐기물처리·원료재생 및 환경복원업, 건설업(비주거용 건물 건설업은 제외하고, 주거용 건물 개발 및 공급업을 포함한다), 운수업, 출판·영상·방송통신 및 정보서비스업, 금융 및 보험업, 상품중개업 : 1억5천만원