1. 처분개요

가. 청구인과 A은 서울특별시 서초구 OOO에서 건축설계 및 안전진단업을 영위하는 주식회사 B(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 공동대표이사이고, 쟁점법인은 2023.9.6. 자본금 OOO원을 OOO원으로 증액하는 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)를 결의하고, 2023.9.12. 쟁점유상증자에 따라 변경된 자본금을 등기한 후 2024.3.31. 쟁점유상증자 결과 청구인의 지분율이 10.47%에서 43.48%로 증가하였다는 내용의 주식등변동상황명세서를 첨부하여 2023사업연도 법인세 과세표준을 신고하였다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.2.10.부터 2025.3.11.까지 청구인에 대한 증여세 조사를 실시하여, 청구인이 쟁점유상증자를 통해 2023사업연도 법인세 과세표준 신고시 첨부한 주식등변동상황명세서의 내용과 같이 청구인의 지분율이 증가하였고, 이는 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)상 증자에 따른 이익의 증여에 해당하는 것으로 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였으며, 처분청은 2025.5.7. 청구인에게 2023.9.6. 증여분 증여세 OOO원을 결정․고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.7.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점유상증자 당시 청구인은 이에 신경쓰기 어려운 상황이었고 쟁점유상증자와 관련한 문제는 실무자 및 다른 주주들과의 의사소통 문제로 잘못 신고된 것이다.

 2023년 하반기에 원활한 금융거래 등을 위한 자본금 OOO원의 증액이 필요하다는 엔지니어링 협회의 권고로 쟁점유상증자를 하게 되었으나, 당시 설계안전진단 관련한 문제를 처리하던 청구인은 이를 신경쓰지 못하였고 C 관리부장이 증자관련 문제를 전담하여 처리하였다. 설계안전진단을 하고 있던 청구인은 C 관리부장과의 정확한 소통 부재로 인하여 다른 주주들과의 균등증자로 쟁점유상증자를 처리하여야 함에도 청구인만 단독으로 유상증자한 것으로 잘못 처리되었다.

 청구인은 쟁점법인 주주들과 친인척관계도 없고 쟁점법인을 공동으로 운영하고 있으므로 증자도 같이 하여야 한다. 다른 주주들이 청구인의 조세회피에 도움을 주거나 이익을 몰아주기 위하여 유상증자 참여를 포기할 이유가 없다.

 C 관리부장은 쟁점유상증자 당시 증자대금으로 사용하기 위하여 쟁점법인 계좌에서 OOO원을 인출하여 D 법무사에게 전달하였고 이와 관련하여 D 법무사는 다른 주주들과 균등증자로 처리하였어야 함에도 청구인 단독으로 유상증자한 것으로 잘못 처리하였으며 C 관리부장도 청구인도 증자만 완료되면 된다는 판단하에 세부적인 내용은 제대로 확인하지 못하였다.

 이후 청구인은 당초 아래 <표1> 기재와 같이 주식등변동상황명세서를 잘못 제출한 것을 인지하고 조사청으로부터 증여세 조사를 받고 난 이후인 2025.7.21. 아래 <표2> 기재와 같이 수정하여 다시 제출하였고 2025.7.21. 관련 가산세도 모두 납부하였다. 아울러 급하게 쟁점법인의 자금으로 마련된 쟁점유상증자 대금은 각 주주의 가지급금으로 처리하였고 이후 일부 주주들로부터 변제된 사실도 확인되어 쟁점법인은 균등증자를 한 것이 확실하므로, 증여세 부과처분은 취소되어야 한다.

<표1> 당초 잘못 제출한 주식등변동상황명세서

○○○

<표2> 수정 제출된 주식등변동상황명세서

○○○

 (2) 쟁점법인이 2025.7.21. 수정하여 제출한 주식등변동상황명세서와 2025.7.21. 수정신고한 2023사업연도 법인세 과세표준 확정신고 내용에 따라 쟁점유상증자에 따른 주식변동 결과를 판단하여야 한다.

「국세기본법」 제45조는 관할 세무서장이 세법에 따라 국세의 과세표준․세액을 결정․경정하여 통지하기 전으로서 같은 법 제26조의2에 따른 부과제척기간이 경과하기 전에는 과세표준에 대한 수정신고를 할 수 있다고 규정하고 있으므로 처분청은 쟁점법인이 수정신고한 내용대로 쟁점유상증자에 따른 주식변동을 인정해야 한다.

 서울특별시 서초구청장은 청구인의 수정된 주식등변동상황명세서 내용대로 취득세를 경정해달라는 경정청구에 대하여 이를 인용하여 당초 청구인이 납부한 취득세를 전액 환급하였고, 이때 서울특별시 서초구청장은 경정청구를 위해 당초 납부한 지방세 납부영수증, 공증받은 임시주주총회 의사록, 주주명부, 법인등기부등본, 주식등변동상황명세서에 의하여 균등증자를 확인하고 인정하였다.

 처분청은 이 건 처분의 근거로 청구인이 법원에 유상증자에 따른 등기를 할 때 불균등증자로 신고한 점을 들고 있으나, 법원 등기서류는 등기신고를 대리한 법무사에게 금융증빙과 주주인장을 맡겨 작성하는 과정에서 잘못 신고한 것으로 이를 확인한 후 정정하고자 하였으나 법인의 등기사항전부증명서에는 자본금 총액만 기재되므로 개별주주의 보유주식수와 관련된 부분은 수정할 필요가 없어 정정신고를 하지 아니한 것 뿐이다.

 상증세법 제45조의2 명의신탁 증여의제를 적용할 때에도 주주명부가 작성되지 않은 경우에는 「법인세법」에 따라 관할 세무서장에게 제출한 주주 등 관련 서류 및 주식등변동상황명세서에 따라 명의개서 여부를 판단하므로, 쟁점법인이 제출한 관련서류나 주식등변동상황명세서가 아닌 법인등기부에 등재되지 않은 법인등기 신고시 제출한 서류에 근거하여 증여세를 부과하는 것은 위법하다.

나. 처분청 의견

 쟁점법인은 2023.9.12. 서울중앙지방법원에 자본금 증자에 대한 등기를 하였고, 조사청은 적법한 절차에 따라 해당 등기서류를 확인하여 청구인이 단독으로 저가로 발행된 신주를 인수한 사실을 확인한 후 이 건 증여세를 결정하였다.

 쟁점유상증자는 청구인과 쟁점법인 공동대표 A이 참석 및 동의하여 진행되었다. 쟁점법인이 쟁점유상증자와 관련하여 서울중앙지방법원 등기국에 제출한 서류 중 이사회 회의록에 의하면 이사회 참석자는 청구인과 공동대표인 A이고, 청구인과 A은 신주 보통주 10,000주를 발행가액 OOO원에 발행하는 것을 승인한 것으로 확인된다.

 쟁점법인은 청구인을 포함하여 총 6명의 주주가 있음에도 쟁점유상증자에 참여한 것은 청구인이 유일하였고 신주청약서 및 주식인수증을 통해 청구인이 신주 10,000주 전부를 인수한 사실을 확인하였다.

 쟁점법인 주주는 청구인, 청구인의 배우자 E, A, A의 배우자 F, 쟁점법인 감사 G, G의 배우자 H로 총 6명이나, 쟁점유상증자에 참여한 것은 청구인이 유일하고 쟁점유상증자를 통해 발행한 신주 10,000주는 모두 청구인이 인수하였으며 처분청은 신주청약서 및 주식인수증을 통해 청구인이 신주를 모두 인수한 사실을 확인하였다.

 쟁점법인 주주 6명은 모두 쟁점유상증자시 최고기간을 주지 않음에 동의하였고 청구인을 제외한 나머지 주주 5명은 신주인수를 포기하였다.

 쟁점유상증자에 따른 증자대금 역시 청구인만 납입하였고, 청구인을 제외한 나머지 주주들은 증자대금을 납입한 사실이 없는바 균등증자라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

 조사청은 쟁점법인이 서울중앙지방법원에 제출한 서류, 쟁점법인이 2023사업연도 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서, 청구인이 유상증자대금 OOO원을 단독으로 쟁점법인 계좌에 납입한 사실 등을 확인하였고 이에 불균등증자에 따른 이익에 대하여 청구인에게 이 건 증여세를 부과하는 결정을 하였다. 청구인은 다른 주주들과의 의사소통 문제로 균등증자임에도 청구인이 단독 참여하게 되었다고 주장하나, 실제 증자대금을 납입한 것도 청구인 외에는 없는 것으로 확인되는바 이러한 주장은 받아들이기 어렵다.

 또한 청구인은 조사 당시 이를 균등증자로 주장한 바 없고, 이 건 세무조사 종결 이후 쟁점법인이 제출한 수정 주식등변동상황명세서는 쟁점유상증자가 균등증자임을 입증할 증빙으로 인정하기 어렵다.

 앞서 살펴 본 바와 같이 청구인과 공동대표이자 주주 A이 이사회에 참석하여 쟁점유상증자를 승인한 점, 청구인과 공동대표이자 주주인 A이 변경된 주주명부에 공동대표 자격으로 법인인감을 날인함으로써 청구인이 단독으로 유상증자에 참여한다는 사실을 확인한 점, 청구인과 A을 포함한 쟁점법인 주주 6인은 모두 최고기간을 주지 않는 것에 동의한 점, 청구인을 제외한 나머지 주주들은 신주인수를 포기한 점, 청구인이 신주를 청약하고 해당 주식을 인수한 사실을 확인하였고 증자대금도 청구인이 단독으로 납부한 점 등을 종합하여 살펴보면 청구인이 쟁점법인의 유상증자시 불균등증자에 따른 이익을 증여받은 것으로 보아 이 건 증여세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 청구인이 쟁점유상증자를 통해 시가보다 낮은 가액으로 발행된 신주를 소유주식수 비율보다 초과 배정받음으로써 불균등증자에 따른 이익을 얻은 것으로 보아 증여세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 쟁점법인은 2023.9.6. 쟁점유상증자를 실시하여 신주 10,000주를 모두 청구인에게 배정하였고, 그로 인하여 청구인의 지분율은 당초 10.47%에서 43.38%로 증가한 것으로 확인된다. 구체적 내용은 <표3> 기재와 같다.

<표3> 쟁점유상증자에 따른 증자주식 배정현황

○○○

 (2) 쟁점법인은 2023.9.6. 자본금 OOO원을 OOO원으로 증액하는 쟁점유상증자를 결의하고, 2023.9.12. 다음과 같은 서류를 첨부하여 법인 변경등기를 신청하였다.

  (가) 쟁점법인 이사회 의사록(2023.9.6.)에 의하면 쟁점법인은 2023.9.6. 오전 10시 30분 본점 회의실에서 이사회를 개최하여 제1호의 안으로 신주발행의 건을 의결하였고, 당시 이사 총수 3명 중 2명, A, 문용민이 참석한 것으로 확인된다.

  (나) 쟁점법인의 신구 대비 주주명부(2023.9.6.)는 <표4> 기재와 같다.

<표4> 쟁점법인의 신구 대비 주주명부(2023.9.6.)

○○○

  (다) 청구인을 포함한 쟁점법인의 주주들은 모두 쟁점유상증자시 「상법」 제418조 및 제419조에 의한 최고기간을 주지 않음에 동의한다는 내용의 기간단축동의서에 동의하고 날인한 것으로 확인된다.

  (라) 청구인을 제외한 쟁점법인의 다른 주주들은 2023.9.6. 회사가 신주를 발행하여 증자함에 있어 주주가 가지는 배정주식 인수권 전부를 포기한다는 내용의 신주인수 포기서를 제출한 것으로 확인된다.

  (마) 청구인은 2023.9.6. 쟁점법인에 신주 10,000주를 1주당 OOO원에 인수한다는 내용의 신주청약서를 제출하였고, 2023.9.18. OOO원이 청구인 명의 OOO은행 계좌에서 쟁점법인 계좌로 입금된 것으로 확인되며 청구인이 쟁점법인 보통주 10,000주를 인수하였다는 내용의 주식인수증을 제출되었다.

 (3) 조사청은 청구인이 쟁점유상증자 후 쟁점법인의 주식 1주당 평가액이 OOO원임에도 쟁점법인이 신주를 저가 발행(1주당 OOO원)하였고, 청구인이 쟁점유상증자시 균등배정 비율보다 8,953주 초과인수함에 따라 다른 주주로부터 OOO원의 이익을 분여받은 것으로 보아 처분청에 관련 과세자료를 통보하였다. 조사종결보고서의 구체적 내용은 다음과 같다.

○○○

 (4) 쟁점법인은 조사청의 이 건 증여세 부과처분 이후인 2025.7.21. 2023사업연도 법인세를 수정신고(주식등변동상황명세서 수정제출)하였다.

 (5) 청구인은 청구주장을 입증하기 위해 쟁점유상증자가 균등증자임에도 착오로 청구인에게 전부 배정된 것이라는 취지의 쟁점법인 주주들 확인서, 쟁점법인 관리부장 C 확인서 및 쟁점유상증자시 증자대금을 법인 자금으로 지급하였다가 이후 각 주주들의 가지급금으로 처리하였다는 내용의 쟁점법인 거래처원장(가지급금)을 제출하였다.

 (6) 청구인은 2025.12.23. 개체된 조세심판관회의에서 의견진술 자료로 아래 <표11> 및 <표12> 기재와 같이 ‘쟁점유상증자 전․후연도 청구인에 대한 배당금 지급내역표’를 제출하였다. 다만 위 <표11> 및 <표12> 내용을 입증할 수 있는 금융거래내역은 제출되지 아니하였으며, 청구인의 대리인 공인회계사 I은 2023.12.23. 조세심판관회의에 출석하여 ‘2024년 지급받은 배당금이 2023년과 같이 총 지급된 금액 대비 12.75%가 아닌 이유는 쟁점법인이 전문자격사 법인으로 독립채산제로 운영되고 있고 그로 인해 지분율에 따라 배당이 이루어지는 것이 아니라 성과에 따라 배당이 이루어지고 있기 때문’이라고 진술하였다.

<표11> 쟁점유상증자 전(2023년 3월) 지급된 총 배당금 중 청구인에게 지급된 배당금과 그 비율

○○○

<표12> 쟁점유상증자 후(2024년 3월) 지급된 총 배당금 중 청구인에게 지급된 배당금과 그 비율

○○○

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점유상증자에 따른 주식의 초과배정이 착오로 인한 것이고 조사청으로부터 증여세 조사를 받고 난 이후인 2025.7.21. <표2> 기재와 같이 주식등변동상황명세서를 수정하여 다시 제출하였으며 당초 쟁점법인의 자금으로 마련되었던 쟁점유상증자 대금은 각 주주의 가지급금으로 처리하였고 이후 일부 주주들로부터 변제된 사실도 확인되므로 쟁점법인은 균등증자를 한 것으로 보아 이 건 증여세 부과처분을 취소하여야 한다고 주장한다.

 그러나 쟁점법인 주주는 청구인, 청구인의 배우자 E, A, A의 배우자 F, 쟁점법인 감사 G, G의 배우자 H로 총 6명임에도 2023.9.6. 청구인만이 쟁점법인 신주 10,000주를 1주당 OOO원에 인수한다는 내용의 신주청약서를 제출한 것으로 확인되고 청구인을 제외한 다른 주주들은 신주인수를 포기한 것으로 확인되는 점, 청구인 명의 OOO은행 계좌에서 쟁점법인 계좌로 2023.9.18. OOO원이 입금되었으며 청구인이 쟁점법인 보통주 10,000주를 인수하였다는 내용의 주식인수증이 제출된 점, 쟁점법인의 주식 1주당 평가액이 OOO원임에도 쟁점법인이 신주를 저가 발행(1주당 OOO원)하였고, 청구인이 쟁점유상증자시 균등배정 비율보다 8,953주 초과인수한 점, 청구인은 2025.12.23. 개최된 조세심판관회의에서 ‘쟁점유상증자 전․후연도 청구인에 대한 배당금 지급내역표’를 제출하며 쟁점유상증자 전․후 청구인에 대한 배당금 지급 비율에 큰 차이가 없다는 취지로 주장하였으나 해당자료를 입증할 수 있는 금융거래내역을 제출하지 아니하여 이를 확인할 수 없고, 청구인의 대리인 공인회계사 I은 2025.12.23. 조세심판관회의에서 ‘2024년 지급받은 배당금이 2023년과 같이 총 지급된 금액 대비 12.75%가 아닌 이유는 쟁점법인이 전문자격사 법인으로 독립채산제로 운영되고 있고 그로 인해 지분율에 따라 배당이 이루어지는 것이 아니라 성과에 따라 배당이 이루어지고 있기 때문’이라고 진술하고 있어 결국 2023년 및 2024년 쟁점법인이 청구인에게 지급한 것은 배당금이 아닌 성과금 성격의 금원인 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점유상증자를 실시하면서 청구인 소유주식수의 비율을 초과하여 추가배정함에 따라 불균등증자에 따른 이익 등이 발생한 것으로 보아 청구인에게 증여세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 상속세 및 증여세법

 제39조[증자에 따른 이익의 증여] ① 법인이 자본금(출자액을 포함한다. 이하 같다)을 증가시키기 위하여 새로운 주식 또는 지분[이하 이 조에서 "신주"(新株)라 한다]을 발행함으로써 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 주식대금 납입일 등 대통령령으로 정하는 날을 증여일로 하여 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

1. 신주를 시가(제60조와 제63조에 따라 평가한 가액을 말한다. 이하 이 조, 제39조의2, 제39조의3 및 제40조에서 같다)보다 낮은 가액으로 발행하는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

 가. 해당 법인의 주주등이 신주를 배정받을 수 있는 권리(이하 이 조에서 "신주인수권"이라 한다)의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 그 포기한 신주[이하 이 항에서 "실권주"(失權株)라 한다]를 배정(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인이 같은 법 제9조 제7항에 따른 유가증권의 모집방법(대통령령으로 정하는 경우를 제외한다)으로 배정하는 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우에는 그 실권주를 배정받은 자가 실권주를 배정받음으로써 얻은 이익

 나. 해당 법인의 주주등이 신주인수권의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 실권주를 배정하지 아니한 경우에는 그 신주 인수를 포기한 자의 특수관계인이 신주를 인수함으로써 얻은 이익

 다. 해당 법인의 주주등이 아닌 자가 해당 법인으로부터 신주를 직접 배정(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조제12항에 따른 인수인으로부터 인수ㆍ취득하는 경우와 그 밖에 대통령령으로 정하는 방법으로 인수ㆍ취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)받음으로써 얻은 이익

 라. 해당 법인의 주주등이 소유한 주식등의 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 직접 배정받음으로써 얻은 이익

2. 신주를 시가보다 높은 가액으로 발행하는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

 가. 해당 법인의 주주등이 신주인수권의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 실권주를 배정하는 경우에는 그 실권주를 배정받은 자가 그 실권주를 인수함으로써 그의 특수관계인에 해당하는 신주 인수 포기자가 얻은 이익

 나. 해당 법인의 주주등이 신주인수권의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 실권주를 배정하지 아니한 경우에는 그 신주를 인수함으로써 그의 특수관계인에 해당하는 신주 인수 포기자가 얻은 이익

 다. 해당 법인의 주주등이 아닌 자가 해당 법인으로부터 신주를 직접 배정받아 인수함으로써 그의 특수관계인인 주주등이 얻은 이익

 라. 해당 법인의 주주등이 소유한 주식등의 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 직접 배정받아 인수함으로써 그의 특수관계인인 주주등이 얻은 이익

3. 제1호 및 제2호를 적용할 때 「상법」 제346조에 따른 종류주식(이하 이 호에서 "전환주식"이라 한다)을 발행한 경우: 발행 이후 다른 종류의 주식으로 전환함에 따라 얻은 다음 각 목의 구분에 따른 이익

 가. 전환주식을 시가보다 낮은 가액으로 발행한 경우: 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환주식 발행 당시 전환주식의 가액을 초과함으로써 그 주식을 교부받은 자가 얻은 이익

 나. 전환주식을 시가보다 높은 가액으로 발행한 경우: 교부받았거나 교부받을 주식의 가액이 전환주식 발행 당시 전환주식의 가액보다 낮아짐으로써 그 주식을 교부받은 자의 특수관계인이 얻은 이익

② 제1항 제1호를 적용할 때 이익을 증여한 자가 대통령령으로 정하는 소액주주(이하 이 항 및 제39조의3에서 "소액주주"라 한다)로서 2명 이상인 경우에는 이익을 증여한 소액주주가 1명인 것으로 보고 이익을 계산한다.

③ 제1항과 제2항을 적용할 때 이익의 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 국세기본법

 제22조의2[수정신고의 효력] ① 제22조 제2항 각 호에 따른 국세의 수정신고(과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자의 수정신고로 한정한다)는 당초의 신고에 따라 확정된 과세표준과 세액을 증액하여 확정하는 효력을 가진다.

② 제1항에 따른 국세의 수정신고는 당초 신고에 따라 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리ㆍ의무관계에 영향을 미치지 아니한다.

 제45조[수정신고] ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자(「소득세법」 제73조 제1항 제1호부터 제7호까지의 어느 하나에 해당하는 자를 포함한다) 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 관할 세무서장이 각 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전으로서 제26조의2 제1항부터 제4항까지의 규정에 따른 기간이 끝나기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미치지 못할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액이나 환급세액을 초과할 때

3. 제1호 및 제2호 외에 원천징수의무자의 정산 과정에서의 누락, 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령으로 정하는 사유로 불완전한 신고를 하였을 때(제45조의2에 따라 경정 등의 청구를 할 수 있는 경우는 제외한다)

③ 과세표준수정신고서의 기재사항 및 신고 절차에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.