[주 문]

 OO세무서장이 2025.1.21. 청구법인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 OOO원 및 2019사업연도 법인세 OOO의 부과처분과 2025.5.12. 청구법인에게 한 2020년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2020사업연도 법인세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 1971.5.18. 개업하여 경상남도 OOO에서 제강 제조업을 영위하고 있는 법인으로, 2019년 제1기∼2020년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)으로부터 총 OOO원의 세금계산서(총 123매, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후, 아래 <표1>과 같이 관련 매입세액을 공제하고, 공급가액을 손금에 산입하여 2019년 제1기～2020년 제2기 부가가치세 합계 OOO원 및 2019～2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 신고하였다.

<표1> 청구법인의 부가가치세 및 법인세 신고 주요내용

(단위 : 백만원)

○○○

나. 부산지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.23.∼2025.3.15. 기간 동안 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아, 관련 매입세액을 불공제하고, 법인세 증명서류 수취 불성실가산세를 부과하여야 한다는 조사결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 아래 <표2>와 같이 2025.1.21. 등 청구법인에게 2019년 제2기～2020년 제1기 부가가치세 합계 OOO원 및 2019～2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정‧고지하였다.

<표2> 처분청의 경정 고지내역

(단위 : 백만원)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.14. 등 이의신청을 거쳐, 2025.9.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 이 건 경위는 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 압연강재의 재료가 되는 빌렛을 수입하여 OOO공장(부산광역시 OOO) 및 OOO공장(부산광역시 OOO)에서 압연강제를 생산하였고, 2009년에 OOO제강소(경상남도 OOO 소재)를 준공하여 OOO제강소에서 빌렛을 직접 생산한 후 OOO공장, OOO공장으로 운송하여 압연강재를 생산하게 되었으며, 이로 인해 OOO제강소에서 생산한 빌렛을 OOO공장, OOO공장으로 사내 운송하는 수요가 새롭게 발생하게 되었다.

  (나) 청구법인은 운송업을 영위하지 않았기에, B 주식회사, C 주식회사, 주식회사 D 등 운송주선업자와 계약하여 운송업무를 위임하고 있었고, 추가 운송 수요가 발생하여 A과 추가로 운송주선계약을 체결하게 되었다.

 (2) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아, 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하다. (주위적 청구)

  (가) A은 인적‧물적 시설을 갖추고 있고, 외부감사인의 감사를 받는 권리‧의무의 주체가 되는 법인격을 가진 법인으로, 그 실체가 없다는 처분청의 의견은 부당하다.

   1) 처분청은 A을 인적‧물적 시설이 없는 서류상의 회사로 보아, A이 청구법인에게 실제 용역의 제공을 하지 않았다는 의견이나, A은 인적‧물적 시설을 갖추고, 관련 법령에 따른 면허를 취득하여 운송주선업을 영위하였는바, 이러한 법률관계는 존중되어야 한다.

   A은 2009.2.4. 화물운송 중개 및 관련 서비스업을 주요 영업으로 하여 설립된 법인으로, 2015.12.18. 무역업 및 수출입 알선, 대행업을 업종 추가하였고, 본사와 영업소는 각 경상남도 OOO과 충청남도 OOO에 소재하고 있다. A은 「화물자동차 운수사업법」에 따라 경상남도 OOO과 충청남도 OOO로부터 화물자동차 운송주선업 허가를 받았고, OOO 회원으로, 굴삭기 등 건설기계를 보유하고 있으며, 2019년 당시 지입차량 13대로 총 623회를 운행하였다. 또한, A은 하부 운송업체(E)도 있었으며, F, (유)G 등에 슬래그포트 캐리어와 굴삭기를 임대하는 장비임대업 등도 영위하였다.

   A은 운송주선업의 특성상 A의 사무실이 아닌 청구법인의 사무실에서 업무를 수행하였으나, A의 OOO영업소와 OOO사무실은 사무실 임차계약을 체결하고 임차료를 지불하였다.

   2) A은 청구법인뿐만 아니라, H 주식회사(이하 “H”이라 한다)와도 지속적으로 거래를 하였다.

   3) 처분청은 청구법인의 직원이 청구법인의 사무실에서 A의 업무를 수행하였다는 의견이나, A은 청구법인의 관계사로 원활한 업무처리를 위해 업무 경험이 있는 청구법인의 직원을 임원으로 채용하였고, 관계사 직원의 겸직은 관행적인 것이다.

   청구법인의 직원이 청구법인의 사무실에서 A의 업무를 수행하게 된 이유는 청구법인의 화물 배차업무는 청구법인의 ERP 시스템에 접속하여 운송물량을 배분해야 하는데, 외부에서는 ERP 시스템 접속이 불능하므로, 실시간 업무 대응을 위해 운송주선업체 직원이 청구법인에서 상주하여 업무를 처리하고 있으며, 이는 청구법인과 거래하고 있는 다른 운송주선업체들도 마찬가지이다.

   조세심판원은 다수의 관계사를 동일 사업장에서 운영하는 기업의 관계사 간 거래에 있어, 관계사 대표이사가 동일하고 같은 사무실을 사용하며, 관계기업 간에 이윤 없이 거래하고, 심지어 IP주소가 동일한 컴퓨터에서 관계사가 세금계산서를 대신 발급하는 등 영업, 회계 및 자금 업무를 관계사가 대신 처리해 준 사건에 대하여 이러한 사실관계는 가공거래, 끼워넣기 거래의 근거가 될 수 없다고 결정한 바 있다(조심 2011서1121, 2012.10.5.).

   아래 <표3>과 같이 A의 임원이 청구법인의 업무를 겸직하고 있긴 하였으나, A의 업무처리는 A의 임원(a, b, c) 등의 지시와 책임으로 진행되었으며, 자금 및 회계 등도 청구법인과 별도로 관리하였다.

<표3> 청구법인과 A에 겸직한 직원 현황

○○○

  (나) 법인이 운송업자와 직접 계약을 할 것인지, 다른 사업자에게 위임할 것인지는 경영상의 선택이며, 이는 존중되어야 한다.

   1) 청구법인이 운송업자와 직접 계약을 체결하는 방식과 운송주선업자와 계약을 체결하여 운송의 전반적인 책임을 위임하는 방식 중 후자를 선택한 것은 업무 효율 및 고정지출비 절감 차원으로, 최근 많은 화주들이 아웃소싱을 맡기는 추세이기에, 청구법인도 이와 같은 경영상 선택을 한 것이다.

   청구법인은 운송업자와 직접 계약을 체결하게 될 경우, 화물연대 파업 등으로 개별운송업자와 적시에 계약이 어려운 경우도 빈번하고, 화물기사들과 건별 계약을 체결해야 하는 번거로움이 있는 반면, 운송주선업자에게 위임하게 되면 업무 일체가 위임되고, 여러 손해를 운송주선업체에 부담시킬 수 있으며, 2차 운송업체들을 지역별로 나눌 수 있는 등 여러 장점이 있다.

   따라서, 사업자가 운송주선업자에게 위임하더라도, 이는 가장행위나 통정허위 표시로 무효가 될 수 없으며, 계약상 또는 법률상 실질 거래를 부인할 수 없다.

   2) 본인의 책임과 계산으로 한 거래를 가공거래로 볼 수 없고, 여기서 ‘본인의 책임과 계산’이란 거래에 대한 법적‧경제적 귀속이 거래당사자에게 있는 경우를 의미한다.

   청구법인은 A과 독점적인 운송주선계약을 체결한 것이 아니라, 이전에도 운송주선업자를 통하여 운송의 전반적인 업무는 위임하고 있었으며, 정상적으로 계약을 체결하고 대금을 지급하였다. A은 자신의 책임과 계산으로 하부운송업자와 운송주선계약을 체결하고 대금을 지급하였으며, 이는 청구법인과 거래하는 다른 운송주선업자들의 거래와 동일하다.

   3) 이 건 거래에 있어, 거래 당사자인 청구법인과 A은 부가가치세와 법인세를 정상적으로 납부하여 어느 일방도 세금을 탈루한 사실이 없으며, 조세를 회피하고자 한 의도도 전혀 없었다.

   4) 조세심판원은 사업자가 독립된 경제주체로서 존재하는 이상 그 명의로 한 개별 거래행위의 효력은 인정되어야 하는 것이 원칙이라는 취지로 결정한바 있다(조심 2019중3455, 2020.7.27.).

  (다) A이 수출입 대행을 하게 된 것은 청구법인의 특수한 사정 때문이며, A은 신용 공여 등을 통해 실제로 업무를 대행하였다.

   1) 청구법인은 2015.12.18. 법원으로부터 회생절차개시결정을 받았으며, 2015.12.21. 항목당 OOO원 이상 금원 지출은 법원의 허가를 득한 후 집행하여야 한다는 통지를 받았다. 이후 청구법인의 모든 지출거래는 CRO(법원에서 파견된 최고 위험 관리자)의 감시와 통제 속에 있었고, 검증을 거쳐 집행하였다.

   2) 청구법인은 연속되는 적자와 대출금 상환압박으로 조달한 자금을 상환할 수 없는 상황이 되어 법정관리에 들어간 후, 은행으로부터 신용을 부여받지 못하여 수출입 업무를 위한 L/C(신용장)를 개설할 수 없었다. 이러한 상황에서 관계사인 A이 수출입 알선, 대행업을 업종 추가하고, d(A 대표이사) 개인의 연대보증과 A 소유 부동산을 은행에 담보로 제공하여 은행으로부터 수입신용장 개설한도(미화 OOO 달러)를 부여받아 원자재 수입을 할 수 있었다.

  (라) 「형법」과 조세법은 그 목적이나 대상이 다르므로, 조세를 부과함에 있어 구체적 사실관계는 달리 판단하여야 하며, 무조건 형사판결 내용을 원용하여서는 아니된다.

   1) 검찰은 e(청구법인의 전 대표이사)이 법인(A)을 설립하여 중간에 끼워넣기로 운송주선수수료 상당의 이익을 취하였다고 보아, 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임) 혐의로 기소하였고, 서울동부지방법원은 e에게 유죄를 선고하면서 “피해회사(청구법인)의 영업비용을 불필요하게 증가시킴으로 피해회사가 손해를 부담하게 해서는 안되는 업무상 임무가 있었다”고 판시하였으나(서울동부지방법원 2021.9.10. 선고 OOO 판결, 이하 “쟁점형사판결”이라 한다), 이는 청구법인이 운송업을 영위했을 경우를 가정하여 판단한 것으로, 청구법인은 운송업을 직접 영위하지 않은 채로 운송주선업자를 통해 물류 운송을 해오고 있었다.

   이러한 쟁점형사판결은 e의 배임행위에 대한 판결이지 세금계산서 관련 「조세범 처벌법」 위반에 대한 판결이 아니므로, 동 판결문 내용을 근거로 이 건 거래를 세법상 위법한 것으로 판단할 것은 아니다.

   만약, 청구법인이 A이 아닌 다른 운송주선업자와 거래를 하였다고 하더라도 추가적인 비용이 발생했을 것인데, 법원은 이를 감안하지 않고 A의 운송주선수수료 전체를 배임금액으로 산정한 문제도 있다.

   2) 사실관계에 대한 실질 조사 없이 과거 형사판결에만 의존하거나, 특정 납세자와의 거래만을 단편적으로 조명하여 이루어진 이 건 처분은 그 절차상 중대한 하자가 있는 위법한 처분이다.

   3) 설령 이 건 거래가 배임행위에 해당한다 하더라도, 이는 다른 거래처와의 거래금액과의 비교를 통해 부당행위계산부인 규정을 적용하여 법인세를 부과하여 소득 처분하고, 「상속세 및 증여세법」 제45조5(특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여)에 따른 A의 주주를 대상으로 증여세를 부과할지 여부를 검토해야 하는 사안이다.

  (마) e이 검찰 수사에서 진술한 것은 인신구속과 실형 부담에 대한 절박함에 따른 것으로, e의 진술만으로 이 건 거래를 판단해서는 아니된다.

   전 사주의 배임 관련 사건은 유가증권시장 상장법인인 청구법인의 주가에 악영향을 미치게 되므로, 청구법인도 e에게 그 책임을 물어야 했기에, e과 청구법인 간에 갈등이 있었고, e은 변호사의 조언에 따라 빠른 재판의 종국과 형의 감경을 위해 검찰이 주장하는 내용을 인정하고, 배임액을 청구법인에 지급한 것이다.

  (바) 조사청은 2025.4.14. 이 건 거래를 사실과 다른 세금계산서로 보아 「조세범 처벌법」위반 혐의로 수사기관에 고발하였고, 수사기관(경상남도경찰청)은 2025.7.31. 혐의없음으로 불송치 결정을 내렸는바, 이는 이 건 처분이 사실관계를 오인하여 이루어진 것임을 뒷받침하는 중요한 근거이다.

   수사기관이 실질거래가 있었다는 사실을 인정하였음에도 불구하고, 조사청이 쟁점형사판결만을 토대로 A의 실체를 부인하고, 실질적인 조사 없이 일방적으로 청구법인에 불리한 해석하여 이 건 처분을 한 것은 명백한 사실관계 오인이며, 과세의 정당성과 공정성을 훼손한 것이다.

  (사) 법원 판례를 보더라도, 설령 회사의 물적·인적 설비가 부실하고, 관계회사에서 그 업무를 도와준 사정이 있더라도, 회사가 독립된 경제주체로서 실재하면서 실제로 자신의 명의와 계산으로 사업을 수행한 이상, 이러한 사정을 들어 회사 명의의 거래를 단순히 명목에 불과한 가공거래라고 볼 수는 없다.

  법원은 회사 명의의 거래에 관하여 세법상 부당행위계산부인 규정의 적용이나 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」상 부당지원행위 또는 「형법」상 배임의 성부 등을 논할 수 있음은 별론으로 하고, 적어도 회사가 독립적 경제주체로서 사업을 수행하면서 해당 거래에 따른 권리를 향유하고 의무를 부담한 이상 회사 명의의 거래를 실질적으로 부존재한다고 평가할 수 없다고 판시한바 있다(서울고등법원 2022.10.14. 선고 2021노1714 판결).

 (3) 청구법인은 화주로서 실제 거래를 하였으므로, 쟁점세금계산서상 공급가액에서 운송주선수수료 및 수입대행수수료를 제외한 매입세액은 공제되어야 한다. (예비적 청구)

  (가) 법원은 쟁점형사판결에서 “피해회사가 화물운송기사들과 직접 운송거래를 하였음에도 A이 피해회사와 화물운송기사들 사이에서 운송주선을 한 것처럼 가장하여 운송주선수수료 합계 OOO원 상당의 이익을 취득하게 함과 동시에 피해회사에 동액 상당의 손해를 가하였다”고 판시하고 있는바, 이는 법원도 화물운송기사들의 용역제공은 인정한 것이다.

  (나) 청구법인이 A에 세금계산서 전액(화물운송기사 운송료와 운송주선수수료의 합계)을 발행하게 된 이유는 청구법인이 운송주선업자와 포괄적인 위임계약을 하였기 때문이며, 운송업자와는 개별적으로 용역제공에 대한 세금계산서를 발행하지 않고, 운송주선업자인 A이 운송업자와 운송용역에 대한 세금계산서를 수수하였다.

   운송주선업자는 운송주선수수료에 대해서만 세금계산서를 발행할 수도 있고, 운송주선수수료를 포함한 전체 운임에 대하여 세금계산서를 발행할 수도 있으므로, 처분청이 실제 거래구조인 ‘청구법인 ⇔ A ⇔ 화물운송업자(화물운송기사)’의 형식을 부인하고, ‘청구법인 ⇔ 화물운송업자(화물운송기사)’의 거래로 본다면, 당연히 청구법인과 화물운송업자의 거래에 해당하는 부분에 대한 매입세액은 공제하는 것이 타당하다.

  (다) 「국세기본법」제14조 제3항은 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 조세공평을 도모하고자 한 것이다.

   처분청이 이 건 거래를 위 규정에 따라 재구성하기 위해서는 조세회피 목적이 인정되어야 하고, 법적 형식과 다른 경제적 실질이 존재하여야 한다. 그러나, 청구법인과 A은 이 건 거래에 있어 거래단계별 세금계산서를 발급하고, 부가가치세 및 법인세 등 세금을 정상적으로 신고‧납부하였고, 조세회피목적이 없었음에도 불구하고, 이 건 거래를 부인하고, 쟁점세금계산서 관련 매입세액 전부를 불공제한 처분은 부당하다.

  (라) 따라서, A의 운송주선수수료에 대한 부분이 부인되더라도, 운송업자들의 화물운송용역에 대한 거래는 부인되어서는 아니된다.

나. 처분청 의견

 A은 실체가 없는 서류상 회사로, 청구법인에게 실제 용역을 제공한 바가 없어, 이 건 거래의 주체가 아니므로, 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서이다.

 (1) 청구법인은 A이 실체가 있는 회사라고 주장하나, 이는 사실과 다르다.

  (가) 쟁점법원판결은 “e은 수수료를 취득할 목적으로 인적‧물적 시설이 없는 서류상 회사인 A을 설립한 후 마치 A이 청구법인과 화물운송기사들 간의 운송거래를 주선하는 것처럼 외형을 만들었다”고 판시하면서, “청구법인이 화물운송기사들과 직접 운송거래를 하였음에도 A이 청구법인과 화물운송기사들 사이에서 운송주선을 한 것처럼 가장하여 A으로 하여금 운송주선수수료를 취득하게 함과 동시에 청구법인에게 동액 상당의 손해를 가하였다”고 명시하고 있다.

   법원은 “형사사건은 범죄사실의 존부 및 범위의 판단과 적정한 처벌을 전제하고 있어, 세법의 적용과는 그 목적이나 대상이 다르고 형사사건의 판결만으로 사업상의 거래행위가 바로 무효나 취소되지 않으므로 형사판결의 사실인정에 기속되어야 하는 것은 아니나, 동일한 사실관계에 관하여 이미 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 행정소송 등에서 유력한 증거자료가 되는 것이어서 행정사건에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사판결의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실을 인정할 수 없다”는 입장이다(대법원 1999.11.26. 선고 98두10424 판결 등 참조).

  (나) 청구법인의 임직원인 e, a, f, g, c 등의 검찰 진술조서에 따르면, A의 설립 주체이며 최종 의사결정권자였던 e이 수수료를 편취하기 위해 청구법인과 명목상의 거래를 하였을 뿐, 실제 업무는 청구법인의 계산과 책임으로 수행하였음을 시인하고 있다.

   청구법인은 e이 수사를 빠르게 종결하기 위해 검찰에서 원하는 대로 사실과 다른 진술을 하였다고 주장하고 있으나, 해당 수사결과 A이 실체 없는 서류상의 회사임이 밝혀졌고, 법원도 이와 동일하게 판단하였으므로, 현 시점에서 검찰 수사과정에서 확보된 증거들의 효력을 부인할 이유가 없는바, 수사 과정에서 증거로 채택되어 확정된 증언 등을 토대로 사실관계를 정립하는 것이 바람직하다고 판단된다.

  (다) 쟁점법원판결과 e 등의 진술조서에 따르면, 청구법인의 화물운송업무는 청구법인 물류팀에서 각 운송업자들과 직접 계약하고, 수출입업무는 청구법인 원료구매팀에서 구매하거나 판매처와 계약내용을 직접 결정하여 진행한 것으로 확인되는바, 실제 업무수행 주체가 아닌 A으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 재화·용역을 실제로 공급한 주체로부터 수취한 세금계산서가 아니므로, 필요적 기재사항인 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭이 사실과 다른바, 관련 매입세액은 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에서 규정하고 있는 공제하지 아니하는 매입세액에 해당한다.

 (2) 청구법인은 조세회피 의도가 없었으므로, 처분청이 실질과세원칙을 적용하여 이 건 거래를 부인할 수 없다고 주장하나, 이는 타당하지 않다.

  (가) 「국세기본법」제14조 제1항은 “과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다”고 규정하고 있다.

  (나) 따라서, 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배·관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 당해 과세대상을 지배·관리하는 자를 납세의무자로 삼아야할 것이며, 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리·처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2014.5.16. 선고 2011두9935 판결 참조).

  (다) 위 규정은 ‘귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있다는 점’을 요건으로 하고 있으므로, 세법상 가장행위의 효력을 부인하거나 그 외관을 걷어 내고 세법을 적용하는 것 역시 ‘사실상 귀속자에 대하여 또는 거래의 실질에 따라 과세하는 범주’에 포함된다고 보는 것이 타당할 것이며, 이에 따라 실질과세원칙의 적용범위를 조세회피행위에 한정할 이유가 없다.

 (3) 청구법인은 A이 수출입업무를 대행하는 것이 불가피하였다고 주장하나, 이는 타당하지 않다.

  (가) 청구법인은 회생절차 개시로 인해 법정관리에 들어간 후, 담보 부재 및 운영자금 부족 등으로 은행으로부터 신용을 부여받지 못해 수입신용장(L/C)를 개설할 수 없었기에, A에게 수출입업무를 대행시킬 수밖에 없었다고 주장하나, 청구법인은 전신환(T/T) 송금방식을 활용하거나, 기존의 신용담보 신용장 개설 방식 대신 수입 건별 신용장 개설 방식으로 신용장을 개설하여 자체적으로 수출입업무를 수행할 수 있었다.

  (나) 청구법인은 d(A 대표이사) 개인의 연대보증 및 A 소유 부동산을 담보로 제공하여 은행으로부터 신용장 개설한도를 부여받아 수출입대행업무를 진행할 수 있었다고 주장하나, d는 e(청구법인의 전 대표이사이자 주주)의 배우자로, 청구법인에 대한 제3자 담보제공으로 신용장 개설 한도를 확보하는 방법도 있었을 것이다.

  (다) 청구법인은 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인이 신용장을 개설할 수 있었음에도 불구하고, A에게 별도의 수수료를 지급하는 거래를 발생시켰고, 그마저도 청구법인의 직원이 직접 해당업무를 수행하였는바, 청구법인이 A에게 수출입업무를 대행시킨 것이 합리적인 의사결정이었다는 청구주장은 설득력이 없다.

  (라) 또한, 청구법인은 거래은행으로부터 수입신용장 개설을 반려 당한 사실이 있다는 객관적인 증거자료를 제출하지 못하고 있는바, 청구법인이 A에게 수출입업무를 대행시킬 수밖에 없었다는 청구주장을 인정하기 어렵다.

 (4) 청구법인은 A을 끼워넣는 거래구조를 취하였으나, 실질적인 업무는 청구법인에서 이루어졌음이 명백하다.

  (가) e 및 A의 임원(a, b) 등은 “A은 e이 청구법인이 대표이사로 재직할 당시 이익 분여를 위하여 설립한 명목상의 법인이며, A의 명의로 진행되는 모든 거래의 최종 의사결정은 e을 거친다는 것을 알고 있었다”고 진술하였다.

  (나) 청구법인의 물류팀 사무실에서 a(A의 임원이자 청구법인의 물류팀 직원)이 청구법인의 직원 명찰을 패용한 채 A 명의로 화물기사들과 운송계약을 맺고 배차업무를 진행하는 등 청구법인 직원들이 A의 운송용역 제공업무를 수행하였다.

   또한, 청구법인의 원료구매팀장이 청구법인 이사의 지시를 받아 당초 청구법인의 명의로 수행하던 재료 직수입 업무를 A의 명의로 진행한 바 있다고도 진술하였다.

 (5) 조사청은 청구법인과 A의 거래관계에 대한 실지조사를 수행하였고, 실지조사 결과 청구법인이 A으로부터 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 확인되어, 이 건 처분을 한 것이다.

  (가) 조사청은 청구법인에 대한 조사과정에 관련 법원 판결문, 검찰 신문조서 등을 수집하였으며, 해당 자료들을 검토한 결과, 청구법인과 A의 거래가 실제 거래없이 세금계산서만 수수한 ‘끼워넣기’ 거래에 해당함을 확인하였다.

  (나) 또한, e에 대한 조사과정에서 e은 ‘수사에 대한 심리적 압박 등으로 검찰 수사 당시 진술을 잘못한 것’이라며 검찰 신문조서 내용과 다른 주장을 제기하였으나, 이를 뒷받침할 만한 증빙을 제시하지 못하였기에, e의 단순 진술에 따르기보다는 법원에서 확정된 사실관계를 근거로 하여, 청구법인과 A의 거래를 ‘끼워넣기’ 거래로 보아, 이 건 처분을 한 것이다.

 (6) 조세 부과 처분에 있어서, 수사기관의 불송치 결정이 그 피의 사실이 존재하지 않는다는 증거가 되어, 조세 부과 처분에 결정적인 영향을 미치는 것은 아니다.

   수사기관의 불송치 결정은 피의사실에 대하여 증거능력이 있는 엄격한 증거에 의하여, 법관으로 하여금 합리적인 의심의 여지가 없을 정도의 확신을 가지게 하는 증명이 없다는 의미일 뿐이지, 그 피의사실의 부존재가 증명되었기 때문은 아니다.

   따라서, 「조세범 처벌법」위반으로 고발한 후 수사기관이 혐의 없음으로 불송치 결정을 내렸다고 하더라도, 청구법인이 A으로부터 수취한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로 보는 데 큰 방해가 되지는 않을 것이다. 수사기관은 A이라는 회사의 실체를 부인하기에는 증거가 부족하다는 이유로 불송치 결정을 하였으나, 법원은 청구법인과 A의 거래가 ‘끼워넣기’ 거래라는 사실을 명확히 판시하였고, 이는 가장 신뢰할 수 있는 증거이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부(주위적 청구)

 ② 운송주선수수료 및 수입대행수수료를 제외한 매입세액은 공제되어야 한다는 청구주장의 당부(예비적 청구)

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  (가) 청구법인은 유가증권시장에 상장된 법인으로, 2019.12.31., 2020.12.31. 현재 주주현황은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구법인의 주주현황

(단위 : 주)

○○○

  (나) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

   1) 청구법인과 A이 2016.4.1. 작성한 운송계약은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 청구법인과 A이 작성한 운송계약서

○○○

   2) 청구법인은 A 이외의 다른 운송주선업자들에게도 동일한 방식으로 운송업무를 위임하고 있다고 주장하면서, 2016.4.1. B 주식회사, C 주식회사 및 주식회사 D와 각 작성한 운송계약서를 제출하였으며, 계약서의 내용은 위 <표5>의 A와 작성한 계약서와 동일한 것으로 나타난다.

   3) 청구법인은 A이 인적‧물적 시설을 갖춘 법인이라고 주장하면서, 다음과 같은 자료를 제출하였다.

    가) 경상남도 OOO군수가 A에 대하여 발급한 ‘화물자동차 운송주선사업 허가증’(허가일 : 2001.8.22.)과 충청남도 OOO시장이 A OOO영업소에 대하여 발급한 ‘화물자동차 운송주선사업 영업소 허가증’(허가일 : 2016.2.15.)을 제출하였다.

    나) OOO가 2018.12.27. A에 대하여 발급한 회원증을 제출하였다.

    다) 경상남도 OOO군수가 발급한 건설기계 등록‧검사증 4매(로더 1대, 굴삭기 3대)를 제출하였다.

    라) A의 OOO사무실 및 OOO영업소의 임대차계약서와 임차료 지급증빙을 아래 <표6>∼<표9>와 같이 각 제출하였다.

<표6> A의 OOO사무실 임대차계약서

○○○

<표7> A의 OOO영업소 임대차계약서

○○○

<표8> OOO사무실 임차료 지급증빙

○○○

<표9> OOO영업소 임차료 지급증빙

○○○

    마) 청구법인은 A이 청구법인뿐만 아니라 H과도 지속적으로 거래를 하였다고 주장하면서, A이 2018.12.26., 2020.1.1. H과 작성한 2019년 운송계약서와 2020년 운송계약서를 각 제출하였다.

    바) 청구법인은 A의 2019년 매출 및 매입내역을 각 아래 <표10> 및 <표11>과 같이 제출하였다.

<표10> A의 매출내역

○○○

<표11> A의 매입내역

○○○

   4) 청구법인은 2015.12.18. 법원으로부터 회생절차개시결정을 받았으며(부산지방법원 2015.12.18. 선고 OOO 결정), 법원 통지서에 따르면, 항목당 OOO원 이상의 금원지출 등에 대해서는 법원의 허가를 얻어야 한다고 기재되어 있는 것으로 확인된다.

   5) 조사청은 2025.4.14. e과 청구법인을 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 및 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발하였고, 경상남도경찰청은 2025.7.31. 아래 <표12> 같이 e과 청구법인을 불송치(혐의없음) 결정한 것으로 나타난다.

<표12> 불송치 결정서

○○○

  (다) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.

   1) 서울동부지방법원은 검찰이 e 등을 피고인으로 하여 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임) 등으로 기소한 사건에 대하여 아래 <표13>과 같이 2021.9.10. e에게 징역 2년 6월에 집행유예 3년 및 벌금 2억 1천만원을 선고한 것으로 확인된다.

<표13> 쟁점형사판결 판결문 주요내용(서울동부지방법원 2021.9.10. 선고 OOO 판결)

○○○

   2) 운송주선수수료 관련 신문조서는 다음과 같다.

    가) e의 신문조서 주요내용은 아래 <표14>와 같다.

<표14> e 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

    나) a의 신문조서 주요내용은 아래 <표15>와 같다.

<표15> a 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

    다) f의 신문조서 주요내용은 아래 <표16>과 같다.

<표16> f 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

    라) h의 신문조서 주요내용은 아래 <표17>과 같다.

<표17> h 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

    마) c의 신문조서 주요내용은 아래 <표18>과 같다.

<표18> c 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

   3) 수입대행수수료 관련 신문조서는 다음과 같다.

    가) e의 신문조서 주요내용은 아래 <표19>와 같다.

<표19> e 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

    나) i(청구법인 직원)의 신문조서 주요내용은 아래 <표20>과 같다.

<표20> i 신문조서(주요내용 발췌)

○○○

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다.

   처분청은 A이 인적‧물적 시설을 갖추지 못한 실체가 없는 회사로, A이 청구법인에게 실제 용역을 제공한 사실이 없으므로, 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아야 한다는 의견이나,

   A은 경상남도 OOO군수와 충청남도 OOO시장으로부터 화물자동차 운송주선사업 허가를 받은 운송주선업자로, OOO사무소 및 OOO영업소의 임대차계약을 체결하고 임차료를 지급하는 등 실제 사무실이 존재하는 것으로 보이고, A의 2019사업연도 매출 및 매입내역에 따르면, A은 H과 운송계약을 체결하여 OOO원의 매출이 발생하는 등 90여개 업체에 대하여 총 OOO원의 매출과 130여개 업체로부터 OOO원의 매입을 기록하였으며, 운송주선에 따른 경제적 손익이 e의 개인 회사인 A에 귀속되었는바, e이 개인회사 운영비용 절감 등의 명분으로 청구법인의 인력을 관계사 업무지원에 제공한 행위 등이 부당행위계산부인 대상이 되는지는 별론으로 하더라도 A은 청구법인과 독립된 경제적 실체를 갖추고 있는 것으로 보이는 점,

   납세의무자는 경제활동을 할 때 특정 경제적 목적을 달성하기 위하여 어떤 법적 형식을 취할 것인지 임의로 선택할 수 있고, 과세관청으로서도 그것이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하는바(대법원 2017.4.7. 선고 2015두49320 판결, 같은 뜻임), 청구법인은 OOO제강소에서 생산한 빌렛을 OOO공장, OOO공장으로 운송하는 사내 운송수요가 발생하여 A과 운송계약을 체결하여 운송을 위임한 것으로 보이고, 청구법인과 A은 이 건과 관련한 부가가치세 및 법인세를 정상적으로 납부하여 조세회피 목적이 있었다고 보기도 어려운 점,

   처분청은 서울동부지방법원이 e에 대하여 「특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률」 위반(배임)으로 유죄를 선고한 판결문을 이 건 처분의 근거로 제시하고 있으나, 동 판결문은 e의 배임죄에 대한 판결문으로, 쟁점세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 판단하는 것은 위 법원 판결과는 별개의 문제로 보이는 반면, 경상남도경찰청은 조사청이 e을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 고발한 사건에 대해서는 A이 실체가 없는 업체라고 볼 증거가 불충분하다는 취지로 불송치 결정(혐의없음)을 내린 점 등에 비추어, 쟁점세금계산서를 공급자가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 부과하고, 증명서류 수취 불성실가산세를 적용하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

  (나) 쟁점①이 인용되었으므로, 쟁점②는 별도의 실익이 없어 이에 대한 심리는 생략하도록 한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

(1) 국세기본법

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

(2) 부가가치세법

제11조(용역의 공급) ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(3) 법인세법

제75조의5(증명서류 수취 불성실 가산세) ① 내국법인(대통령령으로 정하는 법인은 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령으로 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각 호의 어느 하나에 따른 증명서류를 받지 아니하거나 사실과 다른 증명서류를 받은 경우에는 그 받지 아니하거나 사실과 다르게 받은 금액으로 손금에 산입하는 것이 인정되는 금액(건별로 받아야 할 금액과의 차액을 말한다)의 100분의 2를 가산세로 해당 사업연도의 법인세액에 더하여 납부하여야 한다.