1.처분개요
가. 청구인은 2009.9.14. A 소유의 공공임대주택인 경기도 OOO(이하 “쟁점양도주택”이라 한다)에 주민등록 전입신고를 하고 거주하다가 2023.8.9. A로부터 쟁점양도주택을 매입하여 취득한 뒤, 2024.9.24. 매매가액 OOO 원에 양도하였고, 같은 날 쟁점양도주택의 양도에 대하여 구 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제1호에 따라 보유기간의 제한을 받지 않는 공공임대주택 양도에 대한 1세대 1주택 비과세를 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
나. 처분청은 2025.3.24.부터 2025.5.10.까지 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 후, 청구인이 쟁점양도주택을 양도할 당시 쟁점양도주택 외에도 전북특별자치도 OOO 소재 단층 주택 OOO㎡(이하 “쟁점미등기주택”이라 한다)를 소유하고 있었다는 이유로 1세대 2주택으로 보아 청구인의 1세대 1주택 비과세 신고를 부인하고 동시에 청구인이 쟁점양도주택을 1년 이상 2년 미만 보유하였다는 이유로 60% 세율을 적용하여 2025.8.6. 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원을 포함)을 경정·고지하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.18. 심판청구를 제기하였다.
2.청구인 주장 및 처분청 의견
가.청구인 주장
(1) 청구인의 모친인 B(이하 “청구인의 어머니”라 한다)은 1984.12.5. 쟁점미등기주택 및 그 부수토지(이하 부수토지를 “쟁점부수토지”라 한다)를 매수하였다. 청구인의 어머니는 1993.7.14. 「부동산등기 특별조치법」에 따라 쟁점미등기주택의 부수토지에 대한 소유권이전등기를 마쳤으나 쟁점미등기주택은 미등기 상태이므로 소유권이전등기를 할 수 없었다. 즉, 쟁점미등기주택은 청구인의 어머니가 1984.12.5. 쟁점미등기주택 및 그 부수토지를 함께 매수한 것이어서 사실상 모친의 소유인 것이고 마을 사람들도 인우보증서를 통해 이를 확인해 주고 있다. 쟁점미등기주택의 구건축물관리대장에 의하면 1974.8.27. 쟁점미등기주택이 청구인의 명의로 등재된 것으로 기재되어 있는데, 1974년 8월은 청구인의 나이가 만 8세인 때이므로 이 무렵 청구인은 쟁점미등기주택을 매매·신축할 수 있는 능력도 없었고, 상속·증여받은 바도 없었다.
(2) 구건축물대장의 기재 내용을 살펴보면, 구건축물대장 작성 당시에는 청구인의 주민등록상 주소지가 전북특별자치도 OOO임에도, 신번지인 전북특별자치도 OOO로 기재되어 있고, 쟁점미등기주택(OOO㎡)의 신축년도는 1974년으로 기재되어 있음에도 쟁점미등기주택의 부속건물인 축사(OOO㎡)의 신축년도는 1954년으로 기재되어 있어 그 내용이 부실하게 기재되어 있음을 알 수 있다.
(3) 건축물대장의 용도는 본래 건축물의 현황을 나타내는 공부이지, 소유권을 표시하는 것은 아니며, 50여년 전인 1974년도에 매우 부실하게 작성된 구건축물대장에 근거하여 작성된 신건축물대장의 내용에 따라 소유자로 특정하는 것은 실질과세 원칙에 반하는 것이다
(4) 또한, 청구인은 1965년생으로서 18세인 1983년도부터 1991년도 이농 시까지 쟁점미등기주택에서 5년 이상 영농에 종사했다.
(5) 청구인의 배우자 C는 주민등록상으로는 쟁점양도주택에서 5년 미만 거주한 것으로 보이나, 실제 거주 기간은 5년 이상이다.
설사 주민등록표와 같이 청구인의 배우자가 4년 6개월을 거주해서 주민등록표상 거주 기간이 5년 미만이라고 하더라도 청구인의 배우자는 신용불량과 이에 따른 가정불화로 5년의 거주기간 요건을 충족하지 못한 것이므로 부동산거래관리과-338, 2010.3.5. 예규에 따라 부득이한 사유로 해당주택에서 일시 퇴거한 경우로서 나머지 세대원이 거주요건을 충족한 경우에는 「소득세법 시행령」 제154조 제1항을 적용받을 수 있다.
나.처분청 의견
(1) 청구인은 이 건 세무조사기간 중 쟁점미등기주택의 건축물관리대장상 소유자 명의가 청구인으로 되어 있는 것은 근거 없는 부실기재이고, 실제 소유자는 청구인의 어머니라고 주장하면서, 건축물관리대장상 소유자 명의 변경을 위해 조사중지 요청을 한 바, 이를 수용하여 2025.4.9.부터 2025.5.10.까지 조사를 중지하였으나, 조사 재개일까지 건축물관리대장상 소유자의 명의를 수정하지 못하였으므로 쟁점양도 주택 양도당시 1세대 2주택으로 판단한 것이다.
(2) 건축물관리대장의 소유자 등재에 관한 업무는 지방자치단체 소관이고, 처분청은 공부를 신뢰하여 판단한 것이므로 건축물관리대장에 대한 수정 사항이 있다면 해당 기관에서 이에 대해 수정한 것이 확인된 이후에 처분청이 다시 판단할 수 있는 것이다. 쟁점미등기주택의 보유기간 동안 건축물관리대장의 소유자 변경을 언제든 할 수 있었음에도 소유자변경을 하지 아니한 책임은 청구인에게 있다고 할 것이다.
(3) 청구인이 쟁점미등기주택의 실지 소유자가 아니라고 주장하고 있으나, 이를 입증할 만한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있으므로 공부상 소유자인 청구인에게 한 처분은 정당하다.
(4) 또한, 청구인이 직접 영농에 종사하였다는 증빙자료가 없다.
(5) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 제1호는 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상일 것을 비과세 양도소득으로 인정받기 위한 요건 중 하나로 정하고 있고, 아울러 같은 법, 같은 조 제6항은 위 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 하도록 규정하고 있다.
(6) 한편, 「소득세법 시행규칙」 제71조 제3항은, 같은 법 시행령 제154조 제1항 제1호에서 “기획재정부형으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시·군으로 주거를 이전하는 경우를 말한다고 규정하고 있으므로, 열거된 사유로 인해 다른 시·군으로 주거를 이전해야만 세대전원 거주요건을 충족할 수 있다.
이와 같이 「소득세법 시행령」 제154조 제6항은 거주기간을 주민등록표 등본에 의한 전입일과 전출일로 삼도록 명시하고 있을 뿐 아니라, 비과세요건 또는 조세 감면요건에 해당하는지 여부는 엄격하게 해석하여야 하는 바(서울행정법원 2024.7.24. 선고 2023구단80381 판결, 같은 뜻임), 청구인의 배우자로서 세대원인 C의 주민등록표 등본에 의한 전입일과 전출일을 기준으로 C는 5년 이상 거주요건을 충족하지 못하였음이 분명하고 나아가 그 사유가 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 등을 위해서였다 하더라도 C는 OOO에서 OOO로 이전하였을 뿐 다른 시·군으로 이전한 것도 아니다.
(7) 결국 쟁점양도주택의 양도는 공공임대주택에서 세대전원이 5년이상 거주해야 된다는 요건을 충족하지 못하였으므로 「소득세법 시행령」제154조 제1항 제1호를 적용할 수 없다.
3.심리 및 판단
가. 쟁점
① 청구인이 쟁점미등기주택의 실제 소유자인지 여부
② 쟁점미등기주택을 이농주택으로 보아 비과세 특례를 적용할 수 있는지 여부
③ 세대전원이 쟁점양도주택에 5년 이상 거주한 것으로 볼 수 있는지 여부
나.관련 법령 등 : <별지> 기재
다.사실관계 및 판단
(1) 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 쟁점양도주택의 부동산등기사항전부증명서에 의하면, 청구인이 2023.7.18. 매매를 원인으로 취득한 뒤에 2024.7.3. 공유자인 D, E에게 매도한 것으로 확인되고 그 내용은 아래 <표1>과 같다.
<표1> 쟁점양도주택 등기사항전부증명서
○○○
(나) 쟁점부수토지의 부동산등기사항전부증명서(아래 <표2>)에 의하면 청구인의 어머니가 1984.12.5. 매매를 원인으로 취득한 것으로 확인되고, 쟁점미등기주택의 부동산등기사항전부증명서(아래 <표3>)에 의하면 2025.11.4. 청구인 어머니 명의의 소유권보존등기가 된 것으로 확인된다.
<표2> 쟁점부수토지 부동산등기사항전부증명서
○○○
<표3> 쟁점미등기주택 부동산등기사항전부증명서
○○○
(다) 청구인의 어머니가 청구인을 상대로 쟁점미등기주택의 소유자가 청구인의 어머니임을 확인하는 소송(수원지방법원 성남지원 2025.9.23. 선고 OOO 판결, 이하 “쟁점판결”이라 한다)을 제기하여 2025.10.14. 승소가 확정되었고, 그 내용은 아래 <표4>와 같다.
<표4> 쟁점판결의 판결문(일부)
○○○
(라) 구건축물관리대장상(아래 <표5>) 쟁점미등기주택의 건축년도는 1974년, 소유자는 청구인으로 기재되어 있었으나, 쟁점판결이 있은 뒤에 건축물대장(아래 <표6>)상 쟁점미등기주택의 소유자 현황이 청구인의 어머니로 기재된 것으로 확인된다.
<표5> 구건축물관리대장
○○○
<표6> 건축물관리대장
○○○
(마) 청구인과 세대를 같이하는 가족은 배우자 C, 자녀 F, G이 있는 것으로 확인되며 그 내용은 아래 <표7>과 같다.
<표7> 청구인의 가족관계
○○○
(바) 청구인의 배우자를 제외한 청구인, F 및 G은 2009.9.14.부터 2024.9.23.까지 쟁점양도주택에 주민등록이 되어있음이 주민등록초본을 통해 확인된다.
(사) 아래 <표8>의 청구인의 배우자의 주민등록초본에 의하면, 청구인의 배우자는 2009.9.14. 쟁점양도주택에 전입신고 하였는데, 그로부터 5년이 안 되는 약 4년 6개월 후인 2014.4.3. 경기도 OOO으로 전출한 것으로 확인되고, 이후 2021.7.16. 해당 주소지에 ‘직권거주불명등록’이 기재되어 있으며, 2022.11.9.에는 경기도 OOO에 ‘직권거주불명등록이전’이 기재되어 있고, 그 이후인 2025.7.7.에는 경기도 OOO에 전입한 것으로 확인된다.
<표8> 청구인 배우자의 주민등록초본 내용(일부)
○○○
(아) 청구인은 청구인의 배우자에게 신용상의 문제가 있어 2014.4.3. 주민등록상 주소지를 경기도 OOO로 옮겨놓았을 뿐이라고 주장하면서 아래 <표9>의 청구인의 배우자의 신용정보조회서를 제출하였고 청구인의 배우자는 2019.12.4. 채무불이행자명부에 등재된 것으로 확인된다.
<표9> 신용정보조회서
(자) 청구인의 배우자를 채무자로 하는 수원지방법원 성남지원 OOO 채권압류 및 추심명령 결정서에 의하면 채권자 유한회사 H가 청구인에 대하여 가지고 있는 채권은 OOO원이고 구체적인 내역을 보면 2013년 및 2014년에 해당 채권이 발생한 것으로 보이며 그 내용은 아래 <표10>과 같다.
<표10> 채권압류 및 추심명령 결정서
○○○
(차) 청구인은 청구인과 청구인의 배우자가 청구인의 배우자의 채무문제로 불화를 겪는 상황에서, 청구인의 배우자의 채권자들로부터의 독촉을 피하기 위해 2014년경부터 배우자의 공부상 주소지를 옮기고 지내던 중인 2025.9.29. 이혼했다고 주장하며, 혼인관계증명서(아래 <표11>)를 제출하였고 이에 대한 이혼합의서 및 재산분할약정서의 내용은 아래 <표12>와 같다.
<표11> 혼인관계증명서(일부)
○○○
<표12> 이혼합의서 및 재산분할약정서(일부)
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,
(가) 먼저, 쟁점①, ②에 관하여 살피건대, 처분청은 쟁점주택 양도 당시 청구인이 쟁점미등기주택과 쟁점양도주택을 소유하여 1세대 2주택인 상황에서 쟁점주택을 양도했다는 의견이나, 청구인의 어머니가 쟁점부수토지를 취득하면서 그 지상에 건축되어 있는 쟁점미등기주택도 함께 취득한 것으로 보이는 점, 구건축물대장에는 청구인이 만 8세에 쟁점미등기주택을 소유한 것으로 기재되어 있어 구건축물대장의 기재를 신뢰하기 어려워 보이는 점, 이러한 점을 반영하여 쟁점판결에서도 쟁점미등기주택의 소유자가 청구인이 아닌 청구인의 어머니라고 판단한 점, 쟁점판결이 있은 뒤에 쟁점미등기주택의 등기부와 건축물대장에도 소유자가 청구인의 어머니로 기재(정정)된 점 등에 비추어 쟁점양도주택 양도 시 청구인이 쟁점미등기주택을 소유한 것으로 볼 수 없다는 청구인의 주장은 타당한 것으로 판단되고, 쟁점미등기 주택이 청구인의 소유가 아니라면 쟁점②에 대해서는 판단의 필요성이 없다고 판단된다.
(나) 마지막으로 쟁점③에 관하여 살피건대, 처분청은 청구인의 배우자가 주민등록상 주소지를 옮겼으므로 5년의 거주기간 요건을 충족하지 못했다는 의견이나, 「소득세법 시행령」제154조 제6항의 ‘거주기간’은 실제 그 주택에서 거주한 기간을 말하는 것이고, 거주기간의 입증의 편의를 위하여 주민등록표에 따라 거주기간을 판단하도록 하고 있는 것이며 반대사실의 입증이 있는 경우에는 그 추정이 깨진다고 보아야 할 것인바(조심 2011서1647, 2011.6.16., 같은 뜻임), 비록 주민등록표상으로는 청구인의 배우자는 쟁점양도주택에서 약 4년 6개월을 거주하여 5년의 거주기간 요건 중 6개월이 부족한 것으로 나타나나, 청구인과 청구인의 자녀들(OOO)이 청구인의 배우자가 주민등록표상 주소지를 옮긴 때(2014.4.3.)로부터 10년 이상을 쟁점양도주택에 거주(2024.9.23.)하였고, 이 기간 중에는 청구인의 자녀들이 미성년자인 기간이 포함되며, 청구인의 배우자의 주민등록초본에 의하면 주민등록을 이전한 새로운 주소지에서 청구인의 배우자가 거주하고 있지 않은 것으로 확인되므로 청구인의 배우자가 쟁점양도주택에서 주민등록상 주소지를 이전한 뒤에도 계속 거주한 것으로 보이는 점, 청구인의 배우자를 채무자로 하는 채권압류 및 추심명령 결정서에 의하면 청구인의 배우자는 2013년과 2014년에 OOO원 이상의 채무를 부담하는 것으로 확인되므로 채권자의 독촉을 피하기 위해 주민등록상 주소지를 변경할 사정이 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구인의 세대원인 청구인의 배우자가 쟁점양도주택에서 5년의 거주기간 요건을 충족하지 못했다고 판단해 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하지 않고 한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 보인다.
4.결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
<별지> 관련 법령 등
(1) 소득세법(2024.12.31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에서 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것
양도소득 과세표준의 100분의 40[주택(이에 딸린 토지로서 대통령령으로 정하는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다), 조합원입주권 및 분양권의 경우에는 100분의 60]
⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 2년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 20(제3호 및 제4호의 경우 100분의 30)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제2호 또는 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.
1. 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 이 조에서 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택
(2) 소득세법 시행령(2024.11.12. 대통령령 제34990호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.
1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간건설임대주택이나 「공공주택 특별법」에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우
⑥ 제1항에 따른 거주기간은 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간으로 한다.
제155조(1세대 1주택의 특례) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택으로서 수도권 밖의 지역 중 읍지역(도시지역안의 지역을 제외한다) 또는 면지역에 소재하는 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)과 그 밖의 주택(이하 이 항 및 제11항부터 제13항까지에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (단서 생략)
2. 이농인(어업에서 떠난 자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)이 취득일 후 5년 이상 거주한 사실이 있는 이농주택
⑨ 제7항 제2호에서 “이농주택”이라 함은 영농 또는 영어에 종사하던 자가 전업으로 인하여 다른 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다)·구(특별시 및 광역시의 구를 말한다)·읍·면으로 전출함으로써 거주자 및 그 배우자와 생계를 같이하는 가족 전부 또는 일부가 거주하지 못하게 되는 주택으로서 이농인이 소유하고 있는 주택을 말한다.
(3) 소득세법 시행규칙(2024.12.31. 기획재정부령 제1098호로 개정되기 전의 것) 제71조(1세대 1주택의 범위) ③ 영 제154조 제1항 제1호 및 제3호에서 “기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유”란 세대의 구성원 중 일부(영 제154조 제1항 제1호의 경우를 말한다) 또는 세대전원(영 제154조 제1항 제3호의 경우를 말한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 다른 시(특별시, 광역시, 특별자치시 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)·군으로 주거를 이전하는 경우(광역시지역 안에서 구지역과 읍·면지역 간에 주거를 이전하는 경우와 특별자치시, 「지방자치법」 제7조 제2항에 따라 설치된 도농복합형태의 시지역 및 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시 안에서 동지역과 읍·면지역 간에 주거를 이전하는 경우를 포함한다. 이하 이 조, 제72조 및 제75조의2에서 같다)를 말한다.
1. 「초·중등교육법」에 따른 학교(초등학교 및 중학교를 제외한다) 및 「고등교육법」에 따른 학교에의 취학
2. 직장의 변경이나 전근등 근무상의 형편
3. 1년 이상의 치료나 요양을 필요로 하는 질병의 치료 또는 요양
4. 「학교폭력예방 및 대책에 관한 법률」에 따른 학교폭력으로 인한 전학(같은 법에 따른 학교폭력대책자치위원회가 피해학생에게 전학이 필요하다고 인정하는 경우에 한한다)