주문

심판청구를 기각한다

이유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2000.10.6. 반도체 장비 관련 부품 및 화학제품 개발 제조 등을 목적으로 설립되어 2017.12.6. 한국거래소 코스닥 시장에 상장된 법인으로, 2019~2021 사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제19조에서 규정하는 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제(이하 "쟁점규정")이라 한다)를 적용하지 아니하고 법인세를 신고 납부하였다가, 2024.1.9. 처분청에 쟁점규정을 적용하여 재계산한 법인세 2019사업연도 159,055,030원, 2020사업연도 84,801,430원, 2021사업연도 52,538,520원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 청구법인이 쟁점규정상 세액감면 요건인 '경영목표와 목표달성에 따른 성과급 지급기준을 사전에 서면으로 약정하였을 것'을 충족하지 못한 것으로 보아 2024.3.12. 이를 거부하였다.

나. 청구법인은 이에 부에 불복하여 2024.6.5. 심펀청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

조세특례제한법 제19조는 성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 등을 규정하고 있는데, 세액공제 및 세액감면 요건으로 ①중소기업기본법 제2조제1항에 따른 중소기업일 것, ②대통령령으로 정하는 상시근로자에게 지급할 것, ③대통령령으로 정하는 경영성과급을 지급하는 경우일 것을 규정하고 있다.

같읍 법 시행령 제17조제1항에 의하면 법 제19조제1항 본문에서 규정하는 '대통령령으로 정하는 상시근로자'란 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자로, 근로계약이 1년 미만인 근로자 등을 제외한 자를 말하며 법 제19조제1항 단서는 성과공유 중소기업의 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수보다 감소한 경우에는 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

또한 같은 법 시행령 제17조제2항에 의하면 법 제19조제1항 본문에서 규정하는 '대통령령으로 정하는 경영성과급'이란 중소기업 인력지원 특별법 시행령 제26조의2 제1항제1호에 따른 성과급일 것, 영업이익이 발생한 기업이 지급하는 성과급일 것을 요구하는데, 중소기업 인력지원 특별법 시행령 제26조의2 제1항은 대통령령으로 정하는 성과공유 유형이란 다음 각 호의 유형을 말한다고 규정하면서 같은 항 제1호에서 중소기업과 근로자가 경영목표 설정 및 그 목표달성에 따른 성과급 지급에 관한 사항을 사전에 서면으로 약정하고 이에 다라 근로자에게 지급하는 성과급제도의 운영을 규정하고 있다.

한편 같은 법 시행령 제4항은 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 성과공유 유형의 세부기준 등에 관하여 필요한 사항을 중소벤처기업부장관이 정하여 고시한다고 규정하고 있고, 위 시행령의 위임에 따라 규정된 중소기업 근로자간 성과공유 확인 및 지원에 관한 고시 제3조제1항은 성과공유 유형별 요건에 대하여 영 제26조의2 제1항제1호에 다른 성과급은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다고 규정하고 있는데, 제1호는 '사업주와 근로자간에 근로계약, 취업규칙, 단체협약, 미래성과협약 등을 통해 매출액, 영업이익 등의 경영목표와 목됴달성에 따른 성과급 지급기준을 사전에 서면약정하여야한다'고 규정하고 있다.

청구법인은 중소기업기본법 제2조제1항에 따른 중소기업으로 2019년부터 2021년까지 중소벤처기업부 장관으로부터 중소기업 확인을 받았고, 2019~2021사업연도에 매면 영업이익이 발생하였으며 같은 기간 근로기준법에 따라 근로계약을 체결한 내국인 근로자 중 조세특례제한법 시행령 제17조제1항 각 호 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 후 상시근로자 수를 계산한 결과 상시근로자 수가 증가하였다.

다만, 처분청은 조세특례제한법 제19조제1항 및 중소기업인력지원 특별법 시행령 제26조의2 제1항제1호, 중소기업 근로자간 성과공유확인 및 지원에 관한 고시 제3조 제1항제1호가 쟁점규정에 따른 세액공제를 받기 위해서는 '경영목표와 목표달성에 따른 성과급 지급 기준을 사전에 서면으로 약정하여야 한다'고 규정하고 있으나, 청구법인의 경우 이러한 사전 서면약정이 존재하지 아니한다는 이유로 2024.3.12. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

그러나 청구법인은 근로기준법 제93조에 따라 취업규칙을 제정하여 고용노동부 장관에게 신고한 후 적용하고 있고, ‘급여규정’ 및 ‘성과급지급관리지침’에 의거하여 성과급 제도를 도입하여 운영하고 있으므로 중소기업 인력지원 특별법 시행령 제26조의2 제1항제1호에 다른 성과급 지급에 관한 사항을 사전에 서면으로 약정한 경우에 해당한다.

근로기준법 제93조는 상시 10인 이상 근로자를 사용하는 사용자가 열고된 사항에 대한 취업규칙을 작성하여 고용노동부 장관에게 신고하도록 하고 있고, 근로기준법 제97조에 따라 취업규칙에 미달하는 부분은 무효이며 그 부분은 취업규칙에 따르도록 하고 있다. 즉, 취업규칙은 당사자 사이에 합의된 근로계약이며 근로기준법에 미달할 경우 이를 무효로 하고 근로계약에 우선하여 적용되는 규범적 효력이 있다.

청구법인은 취업규칙을 작성하여 고용노동부 장관에게 신고한 후 적용하고 있는데 청구법인의 취업규칙 제38조에서는 ‘임금에 관한 자세한 사항은 별도로 정한 급여규정에 따른다’고 규정하고 있다. 또한 급여규정 제17조에서는 성과급에 대한 부분을 ‘성과급 지급관리지침’에서 별도 정하는 것으로 위임하고 있다. 따라서 청구법인이 취업규칙에 따라 지급하는 성과급은 취업규칙의 법 규범적 성격에 따라 사전에 서면으로 약정한 것과 동일하고 성과공유 세액공제 대상에 해당한다,

한편 중소벤처기업부 장관은 2023.7.17. 청구법인의 ‘성과급 지급관리지침’에 의거하여 성과급 제도를 검증한 후 중소기업인력지원특별법 제27조의2에 따른 성과공유기업으로 확인하였으므로, 청구법인의 취업규칙 중 성과급에 관한 내용을 규정한 ‘성과급지급관리지침’은 사전에 서면으로 약정한 것으로 볼 수 있다.

또한 ‘중소기업 근로자간 성과공유 확인 및 지원에 관한 고시’ 제2조 제5호에서 성과급이란 영 제26조의2 제1항 제1호에 따라 사업주와 근로자가 사전에 경영목표를 설정하고 근로자들의 참여와 노력으로 경영목표를 달성한 경우 약정한 내용에 따라 근로자에게 현금 또는 주식으로 지급하는 금품으로 정의하고 있고, 제3조 제1항 제1호에서는 영 제26조의2 제1항 제1호에 따른 성과급이 갖춰야 할 요건을 규정하면서 사업주와 근로자 간에 근로계약, 취업규칙, 단체협약, 미래성과공유협약 등을 통해 매출액, 영업이익 등의 경영목표와 목표 달성에 따른 성과급 지급기준을 사전에 서면으로 약정하여야 한다고 규정하고 있다.

즉 사전 서면약정된 개별, 다수 도는 쌍방을 구속하는 취업규칙 및 다양한 형태의 협약을 모두 ‘대통령령으로 정하는 경영성과급’으로 인정하고 있고 꼭 사업주와 근로자가 개별적으로 계약을 체결할 것을 요구하지 않는다. 또한 제4조 제1항 제1호에서는 성과공유 확인서류로 취업규칙도 인정하고 있다.

이상과 같이 조세특례제한법 제19조 제1항 및 중소기업 인력지원 특별법 시행령 제26조의2 제1항 제1호에 따른 사전약정여부 판단시 청구법인의 ‘성과급지급관리지침’도 포함되는바 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 2019~2021사업연도 당시 쟁점규정에서 정하는 세액감면 요건 중 ‘경영목표와 목표달성에 따른 성과급 지급기준을 사전에 서면으로 약정하였을 것’을 제외한 다른 요건을 충족하였다는 점에 대해서는 다툼이 없다.

다만 쟁점규정은 ‘대통령령으로 정하는 경영성과급을 지급하는 경우일 것’을 세액감면 요건으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제17조 제2항에 의하면 법 제19조 제1항 본문에서 규정하는 대통령령으로 정하는 경영성과급이란 ①중소기업 인력지원 특별법 시행령 제26조의 제1항 제1호에 따른 성과급일 것, ②영업이익이 발생한 기업이 지급하는 성과급일 것을 요구하는데, 중소기업인력지원 특별법 시행령 제26조의2 제1항은 대통령령으로 정하는 성과공유 유형을 규정하고 있으며 그 1호에서 ‘중소기업과 근로자가 경영목표 설정 및 그 목표달성에 따른 성과급 지급에 관한 사항을 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 근로자에게 지급하는 성과급 제도의 운영’을 규정하고 있다. 또한 같은 령 제4항은 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 성과공유 유형의 세부기준 등에 관하여 필요한 사항을 중소벤처기업부장관이 정하여 고시한다고 규정하고 있고, 위 시행령의 위윔에 따라 규정된 ‘중소기업 근로자간 성과공유 확인 및 지원에 관한 고시’ 제3조 제1항은 성과공유 유형별 요건에 대하여 영 제26조의2 제1항 제1호에 따른 성과급은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다고 규정하고 있는데, 제1호는 ‘사업주와 근로자간에 근로계약, 취업규칙, 단체협약, 미래성과협약 등을 통해 매출액, 영업이익 등의 경영목표와 목표달성에 따른 성과급 지급기준을 사전에 서면약정하여야 한다.’고 규정하고 있다.

따라서 쟁점규정에 따른 세액감면을 받기 위해서는 ‘중소기업과 근로자가 경영목표 설정 및 그 목표달성에 따른 성과급 지급에 관한 사항을 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 근로자에게 지급하는 성과급 제도의 운영’을 규정하고 있어야 하는데, 이에 대하여 청구법인은 취업규칙에 따라 임금은 급여규정에, 성과급 지급에 대한 부분은 ‘성과급지급관리지침’은 경영목표의 설정 및 그 목표달성에 따른 성과급 지급에 관한 사업주와 근로자간 사전약정이 아닌 단순히 사무직 및 생산직 직원간 평가등급을 나누는 기준에 불과하여 청구법인이 근로자와 경영목표 설정 및 그 목표달성에 따른 성과급 지급에 관한 사항을 사전에 서면으로 약정하고 이에 따라 근로자에게 성과급을 지급하고 있었던 것으로 인정하기 어렵다.

쟁점규정에서 사전 서면약정을 요구하는 취지는 성과급 지급에 대하여 청구법인이 지급범위, 지급시기, 평가방법 등을 약정하여 사전에 결정하고 권리의무를 확정하라는 것으로 이러한 사전약정을 통해 경영목표를 공유하여 목표달성을 위한 동기부여를 하겠다는 것인데, 단순히 기업을 유지관리하기 위한 ‘성과급관리지침’만으로는 이러한 입법목적을 달성하기 어려운바, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제를 적용하여 법인세를 경정하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련법령

1) 조세특례제한법 제19조 [성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 등]

2) 조세특례제한법시행령 제17조 [성과공유 중소기업의 경영성과급에 대한 세액공제 등]

3) 중소기업인력지원특별법 시행령 제26조의2 [성과공유 유형 및 성과공유기업의 확인]

다. 판단

조세특례제한법 시행령 제17조 제2항에 의하면 법 제19조 제1항 본문에서 규정하는 대통령령으로 정하는 경영성과급이란 ①중소기업 인력지원 특별법 시행령 제26조의2 제1항 제1호에 따른 성과급일 것, ②영업이익이 발생한 기업이 지급하는 성과급 등의 요건을 모두 충족할 것을 요구하는데, 중소기업 인력지원 특별법 시행령 제26조의2 제1항은 대통령령으로 정하는 성과 공유 유형을 규정하고 있고 같은 항 제1호에서 ‘중소기업과 근로자가 경영목표 설정 및 그 목표달성에 따른 성과급 지급에 관한 사항을 사전에 서면으로 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 성과공유 유형의 세부기준 등에 관하여 필요한 사항을 중소벤터기업부장관이 정하여 고시한다고 규정하고 있으며, 위 시행령의 위임에 따라 규정된 ’중소기업 근로자간 성과공유 확인 및 지원에 관한 고시‘ 제3조 제1항은 성과공유 유형별 요건에 대하여 제26조의2 제1항 제1호에 따른 성과급은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하여야 한다고 규정하고 있는데, 제1호는 ‘사업주와 근로자간에 근로계약, 취업규칙, 단체협약, 미래성과협약 등을 통해 매출액, 영업이익 등의 경영목표와 목표달성에 따른 성과급 지급기준을 사전에 서면약정하여야 한다.’고 규정하고 있다.

청구법인은 사내취업규칙 제38조에서 임금에 관한 자세한 사항은 별도로 정한 ‘급여규정’에 따른다고 규정하고 있고, 급여규정 제17조에서는 성과급에 대한 부분을 ‘성과급지급관리지침’에서 별도 정하는 것으로 위임하고 있으므로, 청구법인이 ‘성과급지급관리지침’에 따라 지급하는 성과급은 근로자와의 개별 약정에 의한 것이 아니더라도 사전 서면약정에 따른 것으로 쟁점규정상 세액감면요건인 ‘대통령령으로 정하는 경영성과급을 지급하는 경우’에 해당한다고 주장하나, 청구법인이 제출한 ‘성과급지급관리지침’은 청구법인의 전 직원에게 공통적으로 적용되는 성과급의 지급(분배)에 관한 사항일 분, 청구법인과 근로자간 추구하는 구체적 경영목표나 해당 경영목표를 달성하였을 경우 지급대상이 되는 성과급에 대한 약정이 아닌 것으로 보이므로 쟁점규정에서 요구하는 ‘성과급 제도의 운영’ 요건을 충족한 것으로 보기 어려운 점, 청구법인의 해당 성과급 지급기준은 쟁점규정이 세액공제·감면요건으로 규정하고 있는 사업주와 근로자간 사전약정을 담은 것이 아니라 ‘경영목표설정’과 무관하게 단순히 사무직 및 생산직 직원간 평가등급을 나누는 기준에 불과한 점 등에 비추어 청구법인은 이 건 경정청구와 관련하여 쟁점규정을 충족하지 아니한 것으로 보이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.