1. 처분개요

가. 청구인은 2022년에 아래 <표1>의 사업장 등을 포함한 6개의 개인사업장을 운영하는 사람으로, 2020년 귀속 종합소득세 신고분부터 ‘OOO’에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제6조 제1항에 따른 창업중소기업에 대한 세액감면을 적용하고 있다.

<표1> 2022년 귀속 청구인의 사업장별 소득금액

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나. 청구인은 2022년 귀속 종합소득세 신고 시 조특법 제143조 제3항에 따라 ‘OOO’에서 발생한 결손금을 다른 사업장(OOO, OOO)의 소득금액에 비례하여 안분한 후, ‘OOO’에서 발생한 소득금액에서 OOO의 결손금을 차감하여 아래 <표2>와 감면소득금액 OOO원에 상응하는 감면세액 OOO원을 신고하였다.

<표2> 감면소득금액 산정내역

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다. 이후 청구인은 2024.9.2. 조특법 제143조 제3항에 따라 결손금 안분계산을 적용하여야 하는 “겸영”은 한 사업장 내에서 여러 사업을 영위하는 것만을 의미하고, 각각 다른 사업장을 운영하는 경우에는 “겸영”에 해당하지 아니하므로, 감면대상사업의 소득금액 계산 시 타 사업장의 결손금을 공제하지 않는 것이 타당하다는 이유로, OOO의 결손금을 차감하지 않은 OOO원을 OOO의 감면대상 소득금액으로 재산정하여, 2022년 귀속 종합소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으며, 이에 대하여 처분청은 2024.10.29. 경정청구를 거부하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.13. 이의신청을 거쳐 2025.5.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 둘 이상의 사업장을 가진 청구인의 경우 조특법 제143조 제1항에 따른 “겸영”에 해당하지 않으므로, OOO에 대한 감면대상사업 소득금액 계산 시 다른 사업장(OOO)에서 발생한 결손금을 공제하지 않는 것이 타당한바, 그와 다른 전제에서 이루어진 이 건 처분은 위법하다.

 아래 <표3>과 같이 소득세법령 및 부가가치세법령에서 “겸영”이라는 표현은 하나의 사업장 내에서 업종이 다른 여러 사업을 영위하는 경우(예를 들면, 소득세법 제78조 제1항 제2호 단서에서 사업자가 부가가치세 과세사업과 그 외의 사업을 겸영하는 경우를 규정하였다)를 표현할 때 사용되고 있고, 사업장이 여럿일 경우에 대하여는 “둘 이상의 사업장을 가진 사업자”, “사업장이 둘 이상인 사업자”라고 표현할 뿐 “겸영”이라는 표현을 사용하지 않고 있다.

 특히, 「소득세법 시행령」 제131조의2 제1항 제1호 및 제143조 제6항에서 “업종을 겸영하거나 사업장이 2 이상인 경우”라고 표현함으로써 두 용어를 혼용하여 사용하지 않고 명확히 구분하여 사용하고 있으므로, 이 건의 경우에도 사업장이 둘 이상인 경우로서 “겸영”하는 경우에 해당하지 않으므로, 조특법 제143조에 따른 결손금 안분계산은 적용되지 않는 것이 타당하다.

<표3> 관련 법령의 내용

 (2) 처분청은 청구주장처럼 해석하는 경우 감면대상사업의 소득금액이 합산 소득금액보다 큰 경우가 발생하는 문제가 있다는 의견이나, 그러한 문제를 방지하고자 한다면, 현행 법률 규정을 법인세법과 같이 개정하여야 하는 것이지 법령의 문언을 뛰어 넘는 확장해석을 통해 해결하는 것은 타당하지 아니하다.

 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것(OOO)이다.

 「법인세법」제59조 제2항에서 “제1항 제1호에 따른 세액 감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액...(중략)...에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조에 따른 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액으로 한다.”라고 규정함으로써 감면세액의 계산요소 중 과세표준 대비 감면대상 소득금액의 비율에 한도를 정하고 있다.

 따라서 「소득세법」에서 감면대상사업의 소득금액이 합산 소득금액보다 많아지는 문제를 해결하기 위하여는 위 「법인세법」의 괄호규정과 같은 방식으로 규정함으로써 입법적으로 해결하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 조특법 제143조 제1항에서 언급한 “겸영”의 의미는 청구인이 주장하는 바와 같이 하나의 사업장 내에서 둘 이상의 사업을 영위하는 경우를 의미하는 것이 아니라, 감면대상사업과 그 밖의 다른 사업을 함께 경영하는 것을 의미한다고 보는 것이 타당한바, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다.

 「조세특례제한법」제143조 제1항에서 명시한 “겸영”의 의미는 감면대상사업과 그 밖의 사업(과세소득을 발생시키는 사업)을 함께 영위하는 것을 의미할 뿐, 사업장의 물리적 위치나 개수와는 무관하다.

 「소득세법」제59조의5에 따라 계산하는 감면세액은 사업장별 감면세액계산이 아니라, 종합소득금액에 상응하는 산출세액을 계산한 후 그 금액에 종합소득금액에서 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 계산되므로, 감면세액의 기초가 되는 산출세액이나 종합소득금액 자체가 결손금 통산 후의 금액이다. 따라서 감면세액을 산출하는 산식의 분자에도 결손금이 통산된 후의 감면대상사업의 소득금액을 반영하는 것이 타당하다.

 또한 조특법 제143조 제3항은 2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되면서 신설된 규정으로, 감면대상사업과 다른 사업 중 일부 사업에서만 결손금이 발생한 경우 결손금 통산방법을 명확하게 하기 위해 개정된 것이고, 그러한 취지를 감안하면 감면대상이 아닌 사업의 결손금이 감면대상과 감면대상이 아닌 사업의 소득금액 비율로 안분되는 것이 타당하다.

 (2) 청구주장에 대한 반박은 아래와 같다.

 청구주장대로 감면대상사업의 소득금액을 계산할 경우에는 감면세액 계산의 산식[산출세액(결손금 공제 후)×감면대상사업의 소득금액(결손금 미공제) ÷ 종합소득금액(결손금 공제 후)]의 구조상 감면세액이 과다산정되는 문제가 있는데, 이에 대하여 청구인은 「법인세법」제59조 제2항과 같이 과세표준 대비 감면소득금액의 비율을 100%로 제한하는 규정이 명문으로 있어야 한다고 주장하나, 그러한 주장은 아래의 내용에 비추어 타당하지 아니하다.

 「법인세법」제59조 제2항에서 "산출세액에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조에 따른 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액"으로 감면세액을 계산하도록 규정하고 있는데, 이는 이는 감면소득이 과세표준을 초과하는 경우 감면세액이 산출세액을 초과하는 불합리한 상황이 발생하는 것을 방지하기 위한 것이다.

 위와 달리 「소득세법」의 경우 제59조의5 제1항에 규정한 바와 같이 감면세액을 “종합소득 산출세액×(감면대상사업의 소득금액/종합소득금액)×감면율”의 방식으로 계산하도록 규정하고 있고, 이 계산식에서 분모인 종합소득금액은 결손금이 통산된 금액이므로, 감면대상 소득금액(분자) 역시 결손금 통산 후의 금액으로 계산되어야 체계적 정합성이 유지된다. 만약 청구주장대로 감면대상사업의 소득금액 계산 시 결손금을 통산하지 않는다면, 감면대상사업의 소득금액이 종합소득금액을 초과하는 불합리한 결과가 발생할 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

종합소득세 납세의무자의 세액 감면대상사업에서 이익이 발생하였으나 비감면대상사업에서 결손이 발생한 경우 감면세액의 계산방법

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다.

  (가) 청구인의 2023년 귀속 종합소득세 신고 및 경정청구의 내용은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 종합소득세 신고 및 경정청구 내용

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  (나) 청구인의 2023년 귀속 사업소득명세서는 아래 <표5>와 같다.

<다음 쪽 표 삽입을 위한 여백>

<표5> 청구인의 2023년 귀속 사업소득명세서

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* 해당 금액에 포함된 감면대상이 아닌 소득금액 OOO원을 제외하면, 감면대상 소득금액은 OOO원임

  (다) 청구인의 감면세액 계산내역은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 청구인의 감면세액 계산내역

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1) 산식 = 종합소득 산출세액×감면대상사업의 소득금액÷종합소득금액

2) 남이천창고의 안분한 결손금을 공제한 후의 소득금액

3) 남이천창고의 결손금을 반영하지 않은 소득금액

  (라) 조특법 제143조의 연혁을 보면, 당초 구분경리 사업에서 결손금이 발생할 경우 공제방법에 대한 규정이 없다가, 2010.1.1. 조특법 제3항이 신설되면서 “감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.”로 규정하였다.

  (마) 위 개정과 관련하여 2010년 조특법 제143조 제3항 신설취지(2009 간추린 개정세법, 기획재정부 발간)는 아래와 같다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 본다.

 청구인은 조특법 제143조 제1항에 따른 “겸영”은 한 사업장 내에서 감면대상사업과 감면대상이 아닌 사업을 영위하는 경우를 의미하므로, 청구인의 경우 OOO에서 발생한 감면대상사업의 소득금액 계산 시 다른 사업장의 결손금을 공제한 후의 소득금액을 기준으로 감면세액을 계산하는 것은 잘못이라고 주장한다.

 살피건대, 조특법 제143조 제1항에서 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다고 규정하고 있고, 제3항에서 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 있는 점, 「소득세법」제59조의5에 따라 계산하는 감면세액은 각 사업장별 감면세액계산으로 계산하는 것이 아니라, 종합소득금액에 상응하는 산출세액을 계산한 후 그 금액에 종합소득금액에서 감면대상사업의 소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 계산하는데, 감면세액 산정의 기초가 되는 산출세액이나 종합소득금액 자체가 결손금 통산 후의 금액인바, 감면대상사업의 소득금액 또한 다른 사업장의 결손금을 통산하여 산정하는 것이 위 세액계산 구조의 체계에 부합한다고 보이는 점 등에 비추어 감면세액을 계산할 때, 감면대상이 아닌 사업장에서 발생한 결손금을 공제한 후의 감면대상소득금액을 기준으로 하는 것이 타당하다 할 것인바, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제2조【정의】② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조제1항제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다.

제6조【창업중소기업 세액감면】① 대통령령으로 정하는 중소기업 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업과 「중소기업창업 지원법」 제53조 제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 창업중소기업의 경우 : 다음 각 목의 구분에 따른 비율

 가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업의 경우 : 100분의 100

 나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우 : 100분의 50

제143조【구분경리】① 내국인은 이 법에 따라 세액감면을 적용받는 사업(감면비율이 2개 이상인 경우 각각의 사업을 말하며, 이하 이 조에서 "감면대상사업”이라 한다)과 그 밖의 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다.

② 소비성서비스업과 그 밖의 사업을 함께 하는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산ㆍ부채 및 손익을 각각의 사업별로 구분하여 경리하여야 한다.

③ 감면대상사업의 소득금액을 계산할 때 제1항 및 제2항에 따라 구분하여 경리한 사업 중 결손금이 발생한 경우에는 해당 결손금의 합계액에서 소득금액이 발생한 사업의 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액을 공제한 금액으로 한다.<2010.1.1. 신설>

(2) 조세특례제한법 시행령

제136조【구분경리】① 법 제143조의 규정에 의한 구분경리에 관하여는 「법인세법」제113조의 규정을 준용한다.

② 법 제143조의 규정에 의한 감면사업의 사업별 소득금액은 「소득세법」 제19조의 규정을 준용하여 계산한다.

(3) 법인세법

제113조【구분경리】⑧ 제1항부터 제7항까지의 규정에 따른 구분경리의 방법, 동일사업을 하는 법인의 판정, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 법인세법 시행령

제156조【구분경리】① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산·부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다.

(5) 법인세법 시행규칙

제75조【구분경리의 범위】① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다.

② 법률에 의하여 법인세가 감면되는 사업과 기타의 사업을 겸영하는 법인은 제1항과 제76조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 구분경리하여야 한다. 이 경우 제76조 제6항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 업종의 구분은 한국표준산업분류에 의한 소분류에 의하되, 소분류에 해당업종이 없는 경우에는 중분류에 의한다.

(6) 소득세법

제19조【사업소득】② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 “결손금”이라 한다.

③ 제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제59조의5【세액의 감면】① 종합소득금액 중 다음 각 호의 어느 하나의 소득이 있을 때에는 종합소득 산출세액에서 그 세액에 해당 근로소득금액 또는 사업소득금액이 종합소득금액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액 상당액을 감면한다.

1. 정부 간의 협약에 따라 우리나라에 파견된 외국인이 그 양쪽 또는 한쪽 당사국의 정부로부터 받는 급여

2. 거주자 중 대한민국의 국적을 가지지 아니한 자가 대통령령으로 정하는 선박과 항공기의 외국항행사업으로부터 얻는 소득

② 이 법 외의 법률에 따라 소득세가 감면되는 경우에도 그 법률에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 제1항을 준용하여 계산한 소득세를 감면한다.

제78조【사업장 현황신고】① 사업자(해당 과세기간 중 사업을 폐업 또는 휴업한 사업자를 포함한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업장의 현황을 해당 과세기간의 다음 연도 2월 10일까지 사업장 소재지 관할 세무서장에게 신고(이하 "사업장 현황신고"라 한다)하여야 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 사업장 현황신고를 한 것으로 본다.

1. 사업자가 사망하거나 출국함에 따라 제74조가 적용되는 경우

2. 「부가가치세법」 제2조 제3호에 따른 사업자가 같은 법 제48조ㆍ제49조ㆍ제66조 또는 제67조에 따라 신고한 경우. 다만, 사업자가 「부가가치세법」상 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하여 면세사업 수입금액 등을 신고하는 경우에는 그 면세사업등에 대하여 사업장 현황신고를 한 것으로 본다.

제160조【장부의 비치·기록】⑤ 둘 이상의 사업장을 가진 사업자가 이 법 또는 「조세특례제한법」에 따라 사업장별로 감면을 달리 적용받는 경우에는 사업장별 거래 내용이 구분될 수 있도록 장부에 기록하여야 한다.<개정 2010.12.27.>

(7) 소득세법 시행령

제131조의2【외부세무조정 대상사업자의 범위】① 법 제70조 제6항에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 "외부세무조정 대상사업자"라 한다)를 말한다.

1. 직전 과세기간의 수입금액(결정 또는 경정으로 증가된 수입금액을 포함하며, 법 제19조 제1항 제20호에 따른 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생한 수입금액은 제외한다)이 다음 각 목의 업종별 기준수입금액 이상인 사업자. 이 경우 가목부터 다목까지의 규정에 따른 업종을 겸영하거나 사업장이 둘 이상인 사업자의 경우에는 제208조 제7항을 준용하여 계산한 수입금액을 기준수입금액에 따른다.

제133조【성실신고확인서 제출】② 제1항을 적용할 때 같은 항 제1호부터 제3호까지의 업종을 겸영하거나 사업장이 2 이상인 경우에는 제208조제7항을 준용하여 계산한 수입금액에 따른다.

제143조【추계결정 및 경정】⑥ 제4항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 같은 호 가목부터 다목까지의 업종을 겸영하거나 사업장이 2 이상인 경우에는 제208조 제7항을 준용하여 계산한 수입금액에 의한다.

제208조【장부의 비치·기록】⑦ 제5항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 동호 가목 내지 다목의 업종을 겸영하거나 사업장이 2 이상인 경우에는 다음의 산식에 의하여 계산한 수입금액에 의한다.

　주업종(수입금액이 가장 큰 업종을 말한다. 이하 이 항에서 같다)의 수입금액 ＋ 주업종 외의 업종의 수입금액 × (주업종에 대한 제5항제2호 각목의 금액 / 주업종 외의 업종에 대한 제5항 제2호 각목의 금액)

(8) 부가가치세법

제61조【간이과세의 적용 범위】① 직전 연도의 공급대가의 합계액이 8천만원부터 8천만원의 130퍼센트에 해당하는 금액까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액에 미달하는 개인사업자는 이 법에서 달리 정하고 있는 경우를 제외하고는 제4장부터 제6장까지의 규정에도 불구하고 이 장의 규정을 적용받는다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자는 간이과세자로 보지 아니한다.

4. 둘 이상의 사업장이 있는 사업자로서 그 둘 이상의 사업장의 직전 연도의 공급대가의 합계액이 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따른 금액 이상인 사업자. 다만, 부동산임대업 또는 과세유흥장소에 해당하는 사업장을 둘 이상 경영하고 있는 사업자의 경우 그 둘 이상의 사업장의 직전 연도의 공급대가(하나의 사업장에서 둘 이상의 사업을 겸영하는 사업자의 경우 부동산임대업 또는 과세유흥장소의 공급대가만을 말한다)의 합계액이 4천800만원 이상인 사업자로 한다.