[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 주식회사 A(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」제2조 제1항에 따른 벤처기업으로 이하 “쟁점법인”이라 한다)의 임원으로 2021.11.23. 쟁점법인의 주주총회 결의로 「벤처기업육성에 관한 특별법」(이하 “벤처기업법”이라 한다) 제16조의4 제1항에 따른 주식매수선택권 80,000주를 부여받아 그 중 32,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2023.12.11. 행사한 후 총 행사이익 OOO원(이하 “쟁점행사이익”이라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제16조의4에 따른 과세특례(이하 “쟁점과세특례”라 한다)를 적용하고자 2023.12.8. 쟁점법인에 과세특례신청서를 제출하였다.

나. 이후, 청구인은 주식매수선택권 행사를 위하여 2023.11.28. 개설한 증권계좌(OOO 208-01-62****, 이하 “쟁점계좌”라 한다)가 조특법 제16조의4 제8항에서 규정한 ‘주식매수선택권 전용계좌’에 해당하지 아니할 수도 있다고 보아, 2025.1.20. 쟁점행사이익을 소득금액에 합산하여 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 기한 후 신고하면서, 같은 날 처분청에 쟁점과세특례를 적용하여 위 종합소득세액의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

다. 처분청은 쟁점과세특례를 적용받기 위해서는 조특법 시행령에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 하나, 청구인이 개설한 쟁점계좌는 이에 해당하지 아니하는 것으로 보아, 2025.3.5. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.14. 이의신청을 거쳐 2025.7.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 쟁점과세특례를 적용받기 위한 모든 납세협력의무를 이행하였는바, 청구인이 개설한 쟁점계좌는 조특법상 ‘주식매수선택권 전용계좌’로 볼 수 있으므로, 쟁점과세특례를 적용하여 이 건 종합소득세를 경정하여야 한다.

  (가) (조세법률주의) 조특법 제16조의4 제1항은 벤처기업의 임원이 벤처기업에서 부여받은 주식매수선택권 중 일정한 요건을 갖춘 주식매수선택권 행사이익에 대하여 과세특례를 적용받을 수 있음을 규정하고 있고, 같은 조 제8항은 “제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 한다”고 규정하고 있는바, 청구인이 주식매수선택권 행사에 따른 주식의 입고 및 거래만을 위하여 개설한 쟁점계좌는 법 문언에 의하더라도 주식매수선택권 전용계좌에 해당한다.

  (나) (실질과세원칙) 청구인은 쟁점행사이익과 관련하여 조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4의 취지와 실질에 부합하는 방식으로 과세특례를 적용받고자 하였다. 즉 청구인은 오로지 주식매수선택권 행사에 따른 쟁점주식의 취득 및 거래만을 위하여 쟁점계좌를 개설한 것인바(이는 해당 계좌의 개설 시기 및 개설 이후 주식 거래내역에 의하여 명백하게 확인된다), 이는 법령이 요구하는 주식매수선택권 전용 계좌의 실질적 목적 내지 이용 방식에 부합한다.

  (다) (제도의 취지) 조특법 제16조의4 및 같은 법 시행령 제14조의4에서 주식매수선택권 전용계좌 개설 및 거래 현황 신고 의무를 부과한 취지는, 해당 조항을 적용받은 주식에 대해 과세관청의 사후관리를 원활히 하고 벤처기업 임직원의 근로의욕을 고취하며, 기업가치 제고를 지원하기 위한 것인바, 해당 조항의 목적은 형식적, 엄격한 요구에 의해 납세의무자를 곤경에 처하게 하려는 것이 아니라, 과세의 명확성과 공정성을 확보하는 데 있다.

  청구인은 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하기 위한 쟁점계좌를 개설⋅사용하였고, 이는 실질적인 주식매수선택권 전용계좌에 해당하는바, 실질 요건이 충족되었음에도 단지 형식적 절차의 일부 흠결만을 이유로 과세특례 적용을 배제하는 것은 실질과세원칙과 조세공평의 원칙 등에 반하여 부당하다.

  (2) 청구인의 귀책이 아닌, 금융기관 직원의 과실로 인하여 청구인에게 발생하는 불이익이 과도하다.

  (가) 청구인의 입장에서는 일반 증권계좌와 주식매수선택권 전용계좌가 어떻게 다른 것인지, 개설 시점부터 신청서 등이 다른 것인지, 아니면 동일하게 증권계좌가 개설된 이후에 주식매수선택권 전용계좌로 지정이 되는 것인지 등 금융기관의 구체적인 업무 매뉴얼이나 형식적 절차 등에 대하여는 잘 알지 못하고 알 수도 없다.

  (나) 청구인은 조특법 및 같은 법 시행령의 규정에 따라 2023년 11월경 금융기관을 방문하여 주식매수선택권 전용계좌의 개설을 요청하였고, 직원의 안내를 받아 계좌를 개설하였을 뿐이며, 해당 계좌 개설 확인서를 첨부하여 조특법 시행령에 따라 2023.12.8. 쟁점법인에게 특례적용신청서를 제출한 것이나, 이후 쟁점계좌가 주식매수선택권 전용계좌가 아니라는 안내를 받고 쟁점계좌에 관한 형식적, 절차적인 문제점이 있다는 것을 사후적으로 인지하였을 뿐이다.

  (다) 만약 청구인이 당초부터 조특법에 따른 요건을 충실히 갖추고자 한 것이 아니라면, 쟁점계좌에 문제가 있을 수도 있음을 인지한 이후 소득세를 수정신고하지도 않았을 것이다. 청구인은 관련 법령에 따른 납세협력의무를 충실히 준수하고자 하였으나, 금융기관 직원의 업무상 실수로 인하여 약 OOO이 넘는 세금을 추가로 부담하게 되는 등 과도한 불이익이 발생하게 되었다.

<표1> 과세방식별 청구인의 세부담 비교

○○○

  (라) 청구인의 의도와는 달리 일반계좌가 개설되었고, 이 사실을 인지하지 못한 청구인은 금융기관을 신뢰하여 전용계좌가 개설된 것으로 알고 있었으며, 이 과정에서 청구인에게 어떠한 고의나 과실, 조세회피목적이 전혀 없었으므로 주식매수선택권 전용계좌를 개설하지 못한 부분은 청구인에게 귀책사유가 없다.

  (마) 납세의무 이행에 있어 금융기관의 안내와 협력이 필수적임에도 불구하고, 금융기관 직원의 착오로 인한 불이익이 청구인에게만 전가되는 것은 부당하다. 더욱이, 실질적 요건이 모두 충족된 상황에서 제3자의 실수로 인한 형식적 요건 미이행을 이유로 과세특례를 부인하거나 과도한 가산세를 부과하는 것은 조세 정의 및 납세자 권리 보호 원칙에도 반한다.

 (3) 설령 쟁점계좌가 주식매수선택권 전용계좌가 아니고, 쟁점과세특례 적용 대상이 아니라고 보더라도, 가산세 감면의 정당한 사유가 존재한다.

  (가) 청구인은 주식매수선택권 행사와 관련한 모든 실질적 요건을 충족하였고, 법령의 취지에 따라 전용계좌를 개설하여 해당 계좌를 통해서만 쟁점주식을 거래하였으며, 모든 세무신고 및 관련 서류 제출 등 협력의무를 충실히 이행하였다.

  (나) 금융기관 직원의 착오로 인하여 주식매수선택권 전용계좌가 아닌 일반계좌가 개설된 점, 청구인이 이 사실을 인지한 순간 곧바로 기한 후 신고를 하는 등 납세의무를 충실히 이행하려고 노력한 점 등을 고려할 때, 청구인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 존재한다.

나. 처분청 의견

  (1) 조세법률주의의 원칙상 그 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 그 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건 규정가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884판결 등 같은 뜻임).

  (2) 청구인은 쟁점계좌가 주식매수선택권 전용계좌의 명칭으로 개설된 계좌는 아니지만 실질은 주식매수선택권 행사하여 취득한 주식만을 거래하였으므로 전용계좌로 인정되어야 한다고 주장하나,

  조특법 시행령 제14조의4 제10항에서 전용계좌의 요건에 대해 명시하고 있고, 금융투자업자가 벤처기업 임직원의 다른 매매거래계좌와 구분하여 ‘주식매수선택권 전용계좌’의 명칭으로 별도로 개설⋅관리해야 한다고 명확히 규정하고 있는바, 쟁점과세특례와 관련한 규정은 법문 그대로 해석해야 하고, 관련 법과 시행령에 전용계좌로 볼 수 있는 요건에 대해 명확히 규정하고 있음에도 그 요건들을 충족하지 못한 쟁점계좌를 실질에 따라 전용계좌로 인정해야 한다는 주장은 이유가 없다.

  (3) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하는 것인바(대법원-2020두-10780(2024.06.24.) 판결 참조),

  청구인은 납세의무 이행에 있어 금융기관의 안내와 협력은 필수적임에도 청구인의 의도와는 달리 금융기관 직원의 실수로 인해 일반계좌가 개설되었고, 이 과정에서 청구인에게 어떠한 고의나 과실, 조세회피목적이 전혀 없었으므로 청구인에게 귀책이 없는바 가산세 감면의 정당한 사유가 존재한다고 주장하나,

  납세의무 이행에 있어 금융기관의 안내와 협력은 필수적인 요건이 아니고, 과세특례 적용하여 세부담을 줄임으로써 발생하는 이익은 청구인에게 귀속되는 이익으로 청구인이 더욱 주의의무를 다했어야 하며, 청구인의 주장대로 금융기관에서 잘못된 안내를 하였다고 하더라도 이는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점계좌를 조특법상 ‘주식매수선택권 전용계좌’로 보아 조특법 제16조의4에 따른 과세특례를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

 ② 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 조세특례제한법

 제16조의2【벤처기업 주식매수선택권 행사이익 비과세 특례】① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조 및 제16조의3에서 “벤처기업 임원 등”이라 한다)이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권(코넥스상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정한다)을 행사(벤처기업 임원 등으로서 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사하는 경우를 포함한다)함으로써 얻은 이익(주식매수선택권 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차액을 말하며, 주식에는 신주인수권을 포함한다. 이하 이 조부터 제16조의4까지 “벤처기업 주식매수선택권 행사이익”이라 한다) 중 연간 5천만원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 아니한다.

② 제1항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  제16조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】① 벤처기업 또는 대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자(이하 이 조에서 “벤처기업 임직원”이라 한다)가 2024년 12월 31일 이전에 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권(이하 이 조에서 “적격주식매수선택권”이라 한다)을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대해서 벤처기업 임직원이 제2항을 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사 시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 경우 그 차액(이하 “시가 이하 발행이익”이라 한다)에 대해서는 주식매수선택권 행사 시에 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세를 과세한다.

1. 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3에 따른 주식매수선택권으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖출 것

2. 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사일부터 역산하여 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 해당 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액의 합계(이하 이 조에서 “전체 행사가액”이라 한다)가 5억원 이하일 것

② 적격주식매수선택권 행사 시 제1항에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우 적격주식매수선택권 행사에 따라 취득한 주식(해당 주식의 보유를 원인으로 해당 벤처기업의 잉여금을 자본에 전입함에 따라 무상으로 취득한 주식을 포함한다)을 양도하여 발생하는 양도소득(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대해서는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 각 목에도 불구하고 주식 등에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 과세한다.

③ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우 양도소득금액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제1항 각 호 외의 부분 본문에 따라 소득세를 과세하지 아니한 경우(주식매수선택권 행사 이후 제5항에 따라 소득세를 과세한 경우를 포함한다)에는 해당 주식매수선택권의 행사에 따라 발생하는 비용으로서 대통령령으로 정하는 금액을 「법인세법」 제19조, 제20조 및 제52조에도 불구하고 해당 벤처기업의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

⑤ 벤처기업 임직원이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 제1항에도 불구하고 같은 항 제2호에 따른 기간 내에 주식매수선택권을 행사함으로써 얻은 모든 이익(제1호의 경우에는 증여 또는 처분한 주식에 대한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익)을 「소득세법」 제20조 또는 제21조에 따라 소득세로 과세하며, 이 경우 소득의 귀속시기는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도로 한다.

1. 적격주식매수선택권 행사로 취득한 주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하는 경우(해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우는 제외한다) : 증여일 또는 처분일

2. 전체 행사가액이 5억원을 초과하는 경우 : 전체 행사가액이 5억원을 초과한 날

3. 제8항에 따른 전용계좌를 통하여 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 거래한 경우 : 주식매수선택권 행사로 취득한 주식 외의 주식을 최초로 거래한 날

⑥ 적격주식매수선택권을 부여하는 벤처기업 및 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자는 적격주식매수선택권의 부여 및 행사와 관련한 자료, 적격주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 이체자료 등 제1항부터 제5항까지를 적용하기 위하여 필요한 자료로서 대통령령으로 정하는 자료를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 제2항에 따라 양도소득세를 과세하는 경우에는 제14조 제1항 제7호를 적용하지 아니한다.

⑧ 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 대통령령으로 정하는 바에 따라 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하여야 한다.

⑨ 제1항은 벤처기업 임직원이 적격주식매수선택권을 행사하는 시점에 그 주식매수선택권을 부여한 기업이 더 이상 벤처기업에 해당하지 아니하게 된 경우에도 적용한다.

⑩ 제1항부터 제7항까지를 적용하는 경우 특례 신청‧운영절차 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

  제14조의4【벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례】① 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업”이란 벤처기업이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업을 말하며, 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 자”란 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 “벤처기업 임직원”이라 한다)을 말한다.

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자

2. 해당 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항에 따른 지배주주 등에 해당하는 자

3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주

4. 제3호의 주주와 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자

② 법 제16조의4 제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서에 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출해야 한다.

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 제10항에 따른 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 “주식매수선택권 행사주식지급명세서”라 한다)와 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 “특례적용대상명세서”라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 “금융투자업자”라 한다)는 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 “주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서”라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제16조의4 제1항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량‧매수가액‧대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

3. 사망, 정년 등 기획재정부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3 제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

⑥ 법 제16조의4 제2항에 따라 양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 「소득세법」 제105조 및 제110조에 따라 양도소득과세표준을 신고하는 경우 제2항에 따른 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 기획재정부령으로 정하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

⑦ 법 제16조의4 제4항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 말한다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 주식매수선택권의 경우에는 본문에 따른 금액에서 법 제16조의4 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 시가 이하 발행이익을 제외한 금액을 말한다.

⑧ 법 제16조의4 제5항 제1호에서 “해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유”란 다음 각 호의 사유를 말한다.

1. 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 파산하는 경우

2. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처분하는 경우

3. 합병‧분할 등에 따라 해당 법인의 주식을 처분하고 합병법인 또는 분할신설법인의 신주를 지급받는 경우

⑨ 법 제16조의4 제6항에서 “대통령령으로 정하는 자료”란 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 말한다.

⑩ 법 제16조의4 제8항에 따라 벤처기업 임직원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 전용계좌를 개설해야 한다.

1. 벤처기업 임직원 본인의 명의로 개설할 것

2. 금융투자업자가 벤처기업 임직원의 다른 매매거래계좌와 구분하여 ‘주식매수선택권 전용계좌’의 명칭으로 별도로 개설‧관리할 것

3. 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래할 것

4. 계좌 개설 이후 1개월 내에 주식이 입고되지 않을 경우에는 해당 계좌를 폐쇄하는 내용으로 사전에 약정할 것

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구인은 2021.11.23. 쟁점법인으로부터 주식매수선택권 80,000주를 부여받아 그 중 32,000주를 2023.12.11. 행사한 후 쟁점행사이익에 대하여는 조특법 제16조의4에 따른 쟁점과세특례를 적용하고자 쟁점법인에 쟁점계좌 개설확인서를 첨부하여 과세특례신청서를 제출하였고, 쟁점법인은 2024.1.9. 관할세무서인 수원세무서장에게 주식매수권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 등을 제출하였다.

  (나) 이후 청구인은 2024.12.2. 잔여 주식매수선택권 중 16,000주를 추가로 행사하는 과정에서 쟁점계좌가 조특법상 주식매수선택권 전용계좌에 해당하지 않을 수 있다는 점을 인지하였고, 2025.1.20. 쟁점행사이익을 소득금액에 합산하여 2023년 귀속 종합소득세 OOO원을 기한 후 신고하면서, 처분청에 쟁점과세특례를 적용하여 위 종합소득세액의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

<표2> 청구인의 기한 후 신고 내역

○○○

  (다) 처분청은 청구인의 경정청구를 검토한 결과, 청구인이 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 전용계좌를 개설하지 않은 것을 확인하고, 조특법 제16조의4 제8항의 요건을 미충족한다고 보아 2025.3.5. 청구인의 경정청구를 거부하였다.

<표3> 청구인의 경정청구 내역

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  (라) 쟁점계좌가 조특법 제16조의4 제8항에서 규정한 청구인이 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하는 주식매수선택권 전용계좌에 해당하지 아니한다는 점에 대해서는 청구인도 이견이 없으나, 청구인은 쟁점계좌를 개설하여 오로지 쟁점주식만을 거래하였으므로 사실상 전용계좌에 해당한다는 주장이고, 이 사건 주식매수선택권이 조특법 제16조의4 제8항의 주식매수선택권 전용계좌 요건을 충족할 경우 쟁점과세특례 적용 요건을 모두 충족하여 적격주식매수선택권에 해당한다는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다.

  (마) 청구인은 쟁점계좌가 주식매수선택권 전용계좌에 해당한다고 주장하며 쟁점계좌 개설신청서(2023.11.28.), 계좌개설확인서, 쟁점계좌 잔고증명서(2024.12.24.), 특례적용신청서, 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 등을 제시하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래하기 위하여 쟁점계좌를 개설⋅사용하였고, 이는 실질적인 조특법상 ‘주식매수선택권 전용계좌’로 볼 수 있으므로 쟁점과세특례를 적용하여 이 건 종합소득세를 경정하여야 한다고 주장하나,

  조세법률주의의 원칙상 그 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 그 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다 할 것이다(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884판결 등 같은 뜻임).

  조특법 제16조의4 등에 의하면, 벤처기업의 임원 또는 종업원으로서 대통령령으로 정하는 자가 해당 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권으로서 각 호의 요건을 갖춘 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임직원이 과세특례를 적용받을 것을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청한 경우에는 「소득세법」 제20조 또는 제21조에도 불구하고 주식매수선택권 행사 시에 소득세를 과세하지 아니할 수 있고, 위 특례조항의 위임을 받은 조특법 시행령 제14조의4에 의하면, 쟁점과세특례를 적용받으려는 벤처기업 임직원은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조 제1항에 따른 금융투자업자를 통하여 기획재정부령으로 정하는 계좌를 개설하고, 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서에 기획재정부령으로 정하는 ‘주식매수선택권 전용계좌개설확인서’를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출하여야 하며(제2항), 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 주식매수선택권 전용계좌로 입고하여야 한다고 규정하고 있는바,

  청구인이 주식매수선택권 행사를 위하여 2023.11.28. 개설한 쟁점계좌는 주식매수선택권 전용계좌가 아닌 일반 증권계좌로, 결과적으로 청구인이 이 건 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌를 개설하지 아니하였고, 특례적용신청서에 ‘주식매수선택권 전용계좌개설확인서’를 첨부하여 쟁점법인에게 제출하지 아니한 점, 위 조특법 규정이 쟁점과세특례 적용을 받기 위한 요건으로 주식매수선택권 행사일 전일까지 주식매수선택권 전용계좌를 개설하도록 규정하고 있으므로, 비과세 요건에 해당하는 이 사건 특례조항을 합리적 근거 없이 유추․확장해석하기 어려운 것으로 보이고, 증권사 직원의 실수로 일반증권계좌가 개설되었다는 이유가 법문언에도 불구하고 쟁점과세특례를 적용하여야 할 특별한 사정에 포함되는 것으로 보기 어려운 점, 조특법에서 주식매수선택권 전용계좌를 개설하도록 한 목적은 주식매수선택권 행사와 관련된 주식 거래의 투명성(일반 주식거래와의 명확한 구분)과 사후관리 등을 위함으로 보이는바, 단순히 납세자에게 협력의무를 부과한 것이 아닌 필수적인 요건이라고 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 관련 서류 제출 및 신고 등의 모든 납세의무를 충실히 이행한 점과 금융기관 직원의 착오로 인하여 주식매수선택권 전용계좌가 아닌 일반계좌가 개설되었음에도 이를 인지한 순간 곧바로 기한 후 신고를 한 점 등을 고려하면 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 존재한다고 주장하나,

  세법상 가산세는 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않는 반면, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것인바(대법원 2003.1.10. 선고 2001두7886 판결 외 다수, 같은 뜻임),

  청구인이 제시한 자료만으로는 증권사 직원의 착오로 인하여 일반 증권계좌가 개설된 것이라는 청구주장이 객관적으로 확인되지 아니하고, 설령 증권사 직원의 착오로 인하여 일반 증권계좌가 개설된 것이라 하더라도, 최종적으로 청구인이 쟁점계좌가 조특법상 ‘주식매수선택권 전용계좌’에 해당하는지 여부 등을 스스로 확인하여 신청하여야 할 책임이 있는 것인 점 등에 비추어 청구인에게 신고⋅납부의무 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.