[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 경기도 OOO에서 OOO업을 영위하는 주식회사 A(이하 “쟁점체납법인”이라 한다)의 주식 OOO주(100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2021.12.13. 취득하였다.

나. 처분청은 청구법인이 2021년 12월 서울특별시 OOO외 OOO필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 매입하였으나, 2024년 귀속 종합부동산세와 2023~2024사업연도 법인세(원천분)를 납부하지 않아 OOO원을 체납한 사실을 확인하여, 2025.2.3. 청구인을 쟁점체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지하였다.

<표1> 쟁점체납법인 체납액 및 납부고지내역

○○○

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.28. 이의신청을 거쳐 2025.10.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구주장에 앞서 쟁점주식의 취득 및 일부를 양도하게 된 경위는 아래와 같다.

  (가) 청구인은 OOO업을 영위하는 쟁점체납법인의 주주이고, 쟁점체납법인은 쟁점토지를 취득하는 과정에서 약 OOO원의 자금을 대출을 받았다.

  (나) 이후 건설경기 악화와 OOO사태로 인한 금융시장불안으로 시공사 선정 및 프로젝트 파이낸싱이 진행되지 않아 쟁점토지 개발사업이 장기간 표류하였고 2023.12.31. 기준 쟁점법인의 대출이자가 OOO원이 연체되었고 쟁점체납법인은 자본잠식상태(약 OOO원)에 이르게 되었다.

  (다) 청구인은 심각한 경영위기를 타개하고자 사업권양도계약을 체결하였으나 양수인의 대금 미지급으로 사업권양도계약이 취소되어 경영 위기는 더욱 심각해졌다. 이러한 절박한 상황에서 청구인은 B으로부터 공동사업 추진 및 쟁점토지 매각을 제안받아 손실 최소화를 위해 쟁점주식 중 OOO주(50%)를 OOO원에 B에게 양도하였다. 당시 쟁점체납법인은 세무대리인에게 기장료조차 지급하지 못하는 극심한 자금난에 처해 있었고, 이로 인해 쟁점주식 변동사항을 세무대리인에게 적시에 고지하지 못하였다. 그 결과 2023사업연도 법인세 신고시 주식변동사항이 반영되지 않은 주식변동상황명세서가 제출되어 청구인이 쟁점체납법인의 주식을 100% 보유한 것으로 잘못 기재되었다. 또한 세무대리인으로부터 넘겨받은 결산자료를 기초로 감사업무를 수행한 감사인 역시 주주변동사항을 전달받지 못한 동일한 사정으로 감사보고서에 청구인이 쟁점체납법인의 주식 100%를 보유한 것으로 잘못 기재하였다.

 (2) 아래와 같은 이유로 청구인을 쟁점체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 위법·부당하다.

  (가) 「국세기본법」제39조에 규정된 출자자의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이므로 그 적용요건을 엄격히 해석하여야 하며 청구인이 납세의무 성립일 현재(2024.6.1.) 쟁점체납법인의 주식 50%를 초과 보유하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사한 경우에 한해서 제2차 납세의무자로 지정하여야 한다.

  (나) 다수의 예규 및 판례에서도 주식변동상황명세서에 과점주주로 기재되어 있다하더라도 납세의무성립일(2024.6.1.)이전에 주식을 양도한 사실이 확인되어 납세의무성립일 현재 과점주주에 해당되지 않는 경우 제2차 납세의무를 부담하지 않는다고 판단하고 있다.

  (다) 처분청은 쟁점체납법인의 2023사업연도 법인세 신고서상 주식변동명세서에 청구인이 쟁점체납법인의 주식 100%를 보유한 것으로 기재되어 있는 것을 근거로 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하였으나, 아래와 같은 사실을 통해 청구인이 체납국세 납세의무성립일 현재 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다는 사실이 확인된다.

   1) 청구인은 쟁점체납법인이 쟁점토지를 취득한 이후 건설경기 악화와 OOO사태 등으로 개발사업이 지연되어 극심한 자금난 및 경영위기에 직면하고 있는 상황에서 B으로부터 제안을 받아 2023.12.17. 청구인이 보유하고 있던 쟁점주식 중 50%를 OOO원에 양도하였으므로 납세의무성립일(2024.6.1) 현재 청구인은 쟁점체납법인의 과점주주에 해당하지 않는다.

   2) 쟁점주식 양도로 인한 주주변동사항이 반영된 주식변동상황명세서 제출의무는 2023.6.30. 체납법인의 대표이사에서 사임한 청구인이 아닌 쟁점체납법인이 부담한다. 쟁점체납법인이 주주변동사항을 반영한 주식변동상황명세서를 당초 신고 기간 내에 제출하지 않았더라도 청구인이 체납국세 납세의무 성립일 이전인 2023.12.17. 쟁점 주식을 양도한 사실이 확인되는 이상 청구인은 쟁점체납법인의 과점주주에 해당하지 않으므로 관련 법령 및 판례에 따라 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 납부‧고지한 처분은 취소되어야 한다.

   3) 쟁점체납법인은 쟁점주식 중 절반 양도와 주주변동사항을 반영한 주식변동상황명세서를 2025년 5월 수정신고를 통해 과세관청에 제출하였다.

   4) 청구인은 쟁점주식 중 절반 양도와 관련한 양도차익이 발생하지 않아 증권거래세와 양도소득세를 신고하지 않아도 되는 것으로 오인하여 당초 신고기한 내에 신고를 하지 않았으나, 이후 OOO세무서장에게 기한후신고를 통해 이를 신고납부하였다. OOO세무서장은 2023.12.17. 쟁점주식 양도로 인하여 증권거래세와 양도소득세 납세의무가 성립하였음 확인한 후 ‘쟁점주식의 양도와 관련하여 과세표준과 세액이 동일하다’는 신고시인 결정통지를 하였다. 법원은 기한후신고에 대한 과세관청의 신고시인 결정통지는 「국세기본법」제45조의3에 따른 과세관청의 결정으로서 양도소득세 부과를 대외적으로 공식화하고 권리‧의무의 변동을 가져오는 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당된다고 판시하였다. 따라서 용산세무서의 기한후신고에 대한 신고시인 결정통지가 단순한 형식적 확인에 불과하다는 처분청의 의견은 이유가 없다.

  (라) 처분청은 쟁점토지의 처분이익이 OOO원에 달한다는 전제하에 쟁점주식 중 절반을 OOO원에 양도한 것은 현저히 낮은 가격으로 경제적 합리성과 거래의 정상성에 반하여 받아들이기 어렵다는 의견이나, 아래와 같이 쟁점주식양도가 OOO원은 오히려 경제적 합리성과 거래의 정상성에 부합되는 가격으로 처분청의 의견은 타당하지 않다.

  1) 쟁점주식 양도 당시인 2023년 12월 기준, 체납법인은 약 OOO원의 자본잠식 상태에 있었고, 대출금에 대한 이자 연체 및 상환 압박으로 극심한 자금난에 처해 심각한 경영위기 상황에 놓여 있었다. 나아가 쟁점체납법인의 「상속세 및 증여세법상」보충적 평가방법에 따른 1주당 평가액 역시 액면가액에 미달하는 수준으로 액면가(1주당 OOO원)를 기준으로 한 쟁점주식 양도는 거래의 정상성과 경제적합리성에 부합되는 거래이다.

  2) 더욱이 쟁점체납법인은 쟁점토지의 매각을 통해 최소한 약 OOO 원 이상의 차익이 발생하여야만 자본잠식을 겨우 면할 수 있었다. 이러한 심각한 경영위기 상황에서 B은 신규 투자자 유치 및 쟁점토지 매각을 통한 경영 정상화 방안을 제안하였고 청구인은 경영위기를 극복하고, 기투입자금 OOO원에 대한 손실을 최소화하고자 불가피하게 쟁점체납법인의 주식 50%를 액면가로 양도하였다.

 3) 한편 처분청이 전제로 삼고 있는 쟁점토지 매매차익 OOO원은 객관적 근거가 없는 주장으로, 실제로 2024년 10월 31일 쟁점토지은 대출금 및 연체이자를 상환하지 못하여 OOO 원에 공매처분되었다. 공매대금 OOO원은 재산처분보수 및 체납세액 약 OOO 원을 공제한 후 잔액 약 OOO 원이 C 등 14개 금융기관에 대한 대출금 상환에 전액 사용되어, 청구인에게 귀속된 매매차익은 없다.

  (마) 처분청은 청구인이 지인인 B과 제2차 납세의무를 회피하기 위하여 통정하여 허위로 쟁점주식 절반을 양도하는 계약을 체결하였다는 의견이나, B은 세법상 특수관계자가 아닌 단순한 지인일 뿐이다. 청구인은 쟁점주식 양수도계약서가 체납처분 이후에 허위로 작성된 문서가 아님을 확인받고자 자발적으로 문서감정을 의뢰하였으며, 그 결과 쟁점주식 양수도계약서 및 주주명부에 대하여 사후에 허위로 작성되었다고 단정할 만한 근거가 확인되지 않았다. 만약 처분청의 주장과 같이 사후에 허위로 쟁점주식 양수도계약서를 작성하였다면, 문서감정 과정에서 허위작성으로 판정될 위험을 감수하면서까지 청구인이 자발적으로 문서감정을 의뢰할 합리적 이유는 없다. 따라서 청구인이 적극적으로 문서감정을 의뢰한 사실은, 쟁점주식 양수도계약서가 실제 거래일인 2023년 12월 17일경에 작성되었음을 뒷받침하는 객관적 정황에 해당된다.

  (바) 처분청은 쟁점주식에 근질권이 설정되어 있음에도 불구하고 근질권자의 동의 없이 제3자에게 양도되었으므로, 쟁점주식 양도계약이 당연무효에 해당한다는 의견이나, 근질권설정계약에 의해 근질권자의 동의없이 제3자에게 양도할 수 없다는 주식양도 제한약정은 근질권자와 근질권설정자 사이에 채권적 효력이 인정되는 것으로서, 2023.12.17. 청구인과 B이 체결한 쟁점주식 양도계약은 법률상 당연무효 사유에 해당하지 않는다. 따라서 근질권자의 동의 또는 해지 여부 소명 없이는 ‘쟁점주식 양도계약이 당연무효이므로 양도거래 자체가 성립되지 않는다'고 단정한 처분청 주장은 법적 근거가 없는 주장에 불과하며, 쟁점주식 양도계약은 당사자 간 권리의무의 변동을 가져오는 유효한 법률행위에 해당되므로 처분청의 의견은 이유가 없다.

  (사) 청구인은 쟁점주식 중 절반을 2023.12.17. B에게 양도한 주식양도양수계약서, 대금 지급증빙, 양도소득세 및 증권거래세 신고납부영수증 등을 제출하였는바, 청구인을 쟁점체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인과 B은 금융거래내역이 수년간 다수 존재하고, 동일 시점에 출입국내역이 있는 등 오랜 친분이 있는 지인 관계로서 쟁점주식 중 절반을 OOO원에 양수도하였다는 청구주장은 신뢰하기 어렵다.

  (가) 쟁점체납법인에 대한 감사보고서를 보면 납세의무성립일 현재 청구인이 쟁점체납법인의 유일한 주주로서 100%지분을 소유하고 있는 것으로 나타나고, B이 쟁점체납법인 주식을 보유하고 있다는 내용의 주식변동상황명세서가 제2차 납세의무자 지정통지 이전까지 신고된 사실도 없다.

  (나) 청구인과 B간 다수의 금융거래내역이 존재하므로 청구인이 제출한 금융증빙을 쟁점주식 중 절반의 양도대금과 관련한 건이라고 보기 어렵고, 주식양수도계약서 또한 사후에 작성되었을 수 있으므로 청구주장을 신뢰하기 어렵다.

 (2) 쟁점주식의 경우 OOO 외 14곳이 공동 1순위 근질권자로서 근질권이 설정되어 있는바 근질권자의 동의 또는 해지 관련 서류도 없이 쟁점주식 중 절반이 양도되었다고 보기 어렵고, 그 계약이 있었다 하더라도 이는 무효에 해당한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  청구인을 쟁점체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법

  제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

  제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

  가. 합명회사의 사원

  나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

  가. 합자회사의 유한책임사원

  나. 유한책임회사의 사원

  다. 유한회사의 사원

3. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인 또는 영어조합법인의 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 출자액의 합계가 해당 조합의 출자총액의 100분의 50을 초과하는 자들(이하 "과점조합원"이라 한다). 다만, 조합원 간에 손익분배비율을 정한 경우로서 그 손익분배비율이 출자액의 비율과 다른 경우에는 조합원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 손익분배비율의 합계가 100분의 50을 초과하는 자들을 과점조합원으로 한다.

 (2) 국세기본법 시행령

  제18조의2(짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위) 법 제35조 제6항 각 호 외의 부분 후단에서 "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자"란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 친족관계

2. 경제적 연관관계

3. 경영지배관계 중 제1조의2 제3항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 "100분의 30"은 "100분의 50"으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 처분청은 쟁점체납법인이 주식변동상황명세서를 신고한 사실이 없어 청구인이 쟁점주식을 종전 소유주로부터 취득한 양도소득세 및 증권거래세 신고서 등을 근거로 하여 청구인이 2023사업연도 이후 쟁점체납법인의 과점주주(지분율 100%)에 해당한다고 보아 2025.1.31. 제2차 납세의무지정 및 납부고지를 하였다.

  (나) 청구인은 쟁점주식 중 절반을 B에게 양도한 거래에 대한 주식변동상황명세서 및 양도소득세와 증권거래세를 2025년 3월경에 신고·납부하였다.

  (다) 처분청은 쟁점체납법인의 2023년 감사보고서 중 일부를 제출하였고, 감사보고서를 보면 쟁점체납법인의 주주현황에 청구인이 100% 지분을 보유한 것으로 나타나며, 쟁점주식에는 OOO 외 14곳이 공동 1순위로 근질권이 설정되어 있음이 확인되며, 2022.9.28. 작성된 주식근질권설정계약서상 일부 내용은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점체납법인 주식에 설절된 근질권 계약서상 일부

○○○

  (라) 청구인은 B과 쟁점체납법인 주식 OOO주(50%)를 OOO원에 양수도하는 내용의 계약서(작성일자 2023.12.17.)와 금융증빙(B이 청구인 계좌에 입금한 내역)을 제출하였고, 주식양수도계약서에 대한 문서감정서(청구인 의뢰)를 보면 ‘기재년도경에 작성된 것 또는 근래 작성여부를 판단할 수 없는 것으로 사료’된다고 기재되어 있어, 문서감정서를 통해 주식양수도계약서가 작성된 시점에 대한 진위여부는 확인되지 않는다.

  (마) 청구인이 제출한 금융증빙을 살펴보면 2023.12.17. B이 청구인 계좌에 OOO원을 입금한 내역이 나타나고, 이와 관련하여 처분청은 2022년 이후 B이 청구인 계좌로 입금한 총 OOO건의 금융내역을 제출하였다.

<표3> 청구인 계좌 입금내역 중 일부

○○○

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 납세의무성립일 현재 쟁점체납법인의 주식(OOO주) 중 50%만을 보유하여 청구인을 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 취소되어야 한다고 주장하나,

  쟁점주식은 OOO 외 14곳이 공동 1순위로 근질권을 설정한 주식으로 쟁점주식 중 일부를 B에게 양도하는 건과 관련하여 질권자들에게 통보도 없었고 동의도 없었던 것으로 보이는 가운데 쟁점주식 중 일부를 B에게 양도한 건과 관련한 양도소득세와 증권거래세 신고 및 주식변동상황명세서 제출이 이 건 부과처분일(2025.1.31.) 이후에 이루어지는 등 청구주장을 신뢰하기 어려워 보이므로 청구인을 쟁점체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 법인세 등을 납부고지한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.