[주 문]

OO세무서장이 2024.10.16. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분은 ＜별지1＞ 기재 경기도 평택시 OOO 외 75필지 답 204,692㎡가 A이 아닌 다른 사람에 의해 대리경작 되었는지 여부 및 ＜표3＞ 기재 A의 사업내역 중 사업장 소재지가 서울특별시인 사업장[B, ㈜C, D, E 등]이 실제 청구인에 의해 영위된 것인지 여부를 확인하는 등 A이 위 토지의 소재지에 8년 이상 거주하며 직접 경작하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2004.4.28. 및 2005.5.30. 증여로 취득한 ＜별지1＞ 기재 경기도 평택시 OOO 외 75필지 답 204,692㎡(약 62,000평으로 이하 “쟁점농지”라 한다)를 2019.10.21. 한국농어촌공사에 쟁점농지를 OOO원에 양도한 후, 2019.11.6. 쟁점농지를 비사업용토지로 보아 「소득세법」 제104조 제1항 제8호에 따른 중과세율(52%)이 적용되는 것으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

나. 청구인은 2024.8.21. 쟁점농지는 청구인의 부 A이 8년 이상 자경하여 비사업용토지에 해당하지 않으므로 양도소득세 계산시 일반세율(42%)이 적용되어야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나 처분청은 2024.10.16. 이를 거부하였다.

＜표1＞ 양도소득세 신고․납부 및 경정청구 내역

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.31. 이의신청을 거쳐 2025.2.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점농지는 청구인의 부 A이 바다를 매립하여 1979년 직접 조성한 농지로 A이 1979년 경기도 평택시 OOO의 농가주택을 구입하여 실제 거주하면서 8년 이상 직접 경작한 농지이다.

쟁점농지는 청구인의 부 A이 1979년 경기도 평택시 앞 바다를 매립하여 직접 조성한 농지로, 1979년 부동산등기부등본에 농지로 신규 등록되었다. A은 경기도 평택시 OOO의 농지가 매우 넓었기 때무에 쟁점농지에서 농사를 짓기 위하여 F을 설립하였고 G, H 등의 직원을 채용하였다.

A은 1979년 쟁점농지 소재지인 경기도 평택시 OOO의 농가주택을 구입하였고 해당 농가주택에 거주하면서 F의 직원들과 같이 쟁점농지에서 벼농사 등을 직접 경작하였다.

쟁점농지는 A이 바다를 매립하여 1979년 직접 조성한 농지로, 1979년 경기도 평택시 OOO의 농가주택을 구입하고 실제 거주하면서 20년 이상 직접 경작한 농지이므로 「소득세법」에서 규정하는 8년 이상 직접 경작한 농지에 해당한다.

(2) 쟁점농지와 농가주택의 부동산등기부등본에 의하면 A은 1979년부터 청구인에게 쟁점농지를 증여한 2004년 내지 2005년까지 실제 보유하고 있었고, 농지원부상 쟁점농지는 자경으로 기재되어 있으며, A이 쟁점농지에서 실제 벼농사를 경작하였기에 쌀소득보전직불금을 지급받을 수 있었던 것이므로, 쟁점농지는 A이 직접 경작한 농지이다.

쟁점농지의 부동산 등기부등본에 의하면 바다를 매립하여 1979년 농지(답)로 신규 등록되면서 최초 소유자가 A이었고, 2004년과 2005년 청구인에게 증여하기 전까지 A이 계속 소유하고 있었다.

쟁점농지 소재지에 위치한 농가주택의 부동산 등기부등본에 의하면 A은 1979년 매매를 원인으로 하여 농가주택을 구입한 이후 계속해서 보유하고 있다가 2011년 아들인 청구인에게 상속된 사실을 확인할 수 있는바, 이를 통해 A이 농가주택에 실제로 거주하면서 쟁점농지를 경작하였다는 사실을 확인할 수 있다.

쟁점농지의 농지원부에 의하면 A이 당시 소유하였던 쟁점농지를 포함한 경기도 평택시 OOO의 모든 농지에 대한 경작구분이 ‘자경’으로 기재되어 있는 사실을 확인할 수 있고, 해당 농지에서 실제로 벼를 직접 경작하였으므로 경기도 평택시장으로부터 쌀소득등의 보전에 관한 법률에 따른 쌀소득보전직불금을 지급받은 것이다.

즉, 쟁점농지를 A이 경작하였다는 점은 쟁점농지와 농가주택의 부동산등기부등본, 농지원부, 쌀소득보전직불금 지급확인서를 통해 확인할 수 있다.

(3) A의 주민등록표 초본에 의하면 A이 경기도 평택시 OOO 농가주택으로 주소를 이전하여 거주한 기간이 16년 이상인 사실을 확인할 수 있다.

A은 쟁점농지를 취득하기 전 서울특별시에 거주하고 있었기 때문에 자녀들은 서울에서 학교를 다니고 있었고, 1979년 쟁점농지 및 농가주택을 취득하여 A 본인이 쟁점농지 및 농가주택으로 거주지를 이전하였다 하더라도 다른 가족들은 교육목적 등으로 주소를 바로 옮길 수 없는 상황이었다.

A의 주민등록표 초본에 의하면 A은 1985.6.6.부터 실제 거주하였던 경기도 평택시 OOO의 농가주택으로 주소지를 변경하였고, 청구인에게 쟁점농지를 증여하기 전까지 주민등록표 초본상 주소지가 농가주택으로 기재된 기간만 16년 이상에 해당하는바 「소득세법 시행령」 제168조의14 제3항에서 정하는 바에 따라 8년 이상 토지 소재지에 거주하면서 쟁점농지를 직접 경작한 사실이 확인된다.

(4) A이 농가주택에 실제 거주하면서 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였다는 사실은 당시 A과 같이 농사를 지었던 F 직원 G․H․I 및 마을주민 J․K․L 사실확인서를 통해서도 확인할 수 있다.

A이 농사를 짓던 당시 마을 이장(1996.1.3.～2009.9.1.)이었던 J에 의하면 A이 경작한 농지 면적이 매우 넓었기 때문에 그로 인해 영농 자금을 다른 마을보다 더 많이 받을 수 있도록 A의 쌀 직불금 신청시 경작사실확인서도 작성해 주었으며, A은 직원들과 함께 쟁점농지에서 직접 농사를 지었고 마을 주민들도 해마다 A의 농지에 가서 품을 팔고는 했었으며 A은 15년 이상 해당 농지를 경작하였다고 진술하였다.

K는 A이 경작하였던 쟁점농지가 매우 넓어서 A이 직원들과 같이 농사를 지었고 K 본인은 젖소와 한우를 사육하면서 볏짚이 필요하였는데 매번 농번기에 A 농지에서 농사일을 도와주고 볏짚을 받으면서 알고 지냈고 A은 13년 이상 농사를 지었다고 진술하였다.

L 역시 쟁점농지가 매우 넓어서 A은 직원들과 같이 농사를 지었고 주민들도 A 농지에 가서 품을 팔고는 했으며 A의 주택이 L 본인의 밭과 경계가 붙어 있어 밭에서 일하면서 자주 보거나 일하러 갈 때 A의 주택 앞으로 지나가면서 종종 보았고 A은 10년 이상 쟁점농지에서 농사를 지었다고 진술하였다.

G과 H은 A이 쟁점농지에서 농사를 경작하기 위하여 설립하였던 F의 직원들이고 경기도 평택시 OOO에 거주하면서 A과 같이 쟁점농지에서 직접 농사를 지었기 때문에 객관적 사실관계를 누구보다 구체적으로 알고 있던 당사자들이다. 이들은 사실확인서를 통해 A이 쟁점농지를 자경하였다는 사실을 확인해주었다.

F 총무였던 G은 그 외에도 A이 쟁점농지에서 농사를 짓기 위해 당시 경기도 평택시에 소재하였던 OOO농협이나 OOO농협 OOO지점에서 농약, 비료, 기타 농자재 등을 구매하였고, 수확한 쌀은 정부 수매물량으로 농협에서 판매하거나 경기도 평택시에 소재하였던 OOO정미소를 통해 판매하였다는 사실을 추가로 확인하여 주었다.

현재 M의 대표(과거 M의 대표는 청구인임)인 I은 일손이 부족한 시기에 쟁점농지에 직접 가서 A의 농사일을 도와주었고 A의 농가주택에 가서 같이 밥도 먹고 잠을 자기도 하였기에 본인들이 알고 있고 경험한 실제 사실에 대하여 사실확인서를 제출하였다고 진술하였다.

(5) A이 농가주택에 실제 거주하면서 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였다는 사실은 ① 1993년 이전 A 메모장에 수기로 농장을 관리하면서 해야 할 일들을 정리한 내역이 있는 점, ② 1993.5.14. 쟁점농지에서 농사를 짓기 위하여 농사용 면세유를 구매한 면세유 대금 수령서, ③ 1994년～1996년 경기도 평택시장이 A의 배우자 N에게 화물차에 대한 환경개선부담금 납부고지서를 발급한 사실이 확인되는바, A뿐 아니라 배우자도 농가주택에 거주하면서 화물차를 소유하고 있었던 사실이 확인되는 점, ④ 1995년～1998년 국민건강보험공단 평택지서는 A에게 건강보험료 고지서를 발부한 사실이 확인되는바, 그 무렵 A이 농가주택에 실제 거주하면서 건강보험 지역가입자였던 사실이 확인되는 점, ⑤ 1998년 농사용 및 주택용 전기요금 고지서를 수령한 사실이 확인되는 점, ⑥ 2003년 및 2004년 F 총무 G은 쟁점농지에서 생산할 쌀을 평택경기미로 판매한 내역을 A에게 보고한 자료가 확인되는 점, ⑦ A의 2001년 수첩에 의하면 A이 H, G과 함께 농가주택에서 농장일을 직접 수행하였다는 점이 기재되어 있는 점, ⑧ 2004년 1월 OOO지점은 당시 조합원이었던 A에게 2003.12.31. 출자금 현황과 배당금 설명을 위한 서신을 보낸 것으로 확인되는바, 그 무렵 A이 농업협동조합법에 따라 경기도 평택시 OOO에 거주하면서 1년 중 90일 이상 쟁점농지를 경작한 사실이 확인되는 점 등에 비추어 A은 쟁점농지를 8년 이상 직접경작한 사실이 다수의 증거에 의해 확인된다.

(6) O은 A이 농가주택에 거주하면서 쟁점농지를 경작하였다는 사실을 확인하여 주는 것이고, 다른 사업들은 아들 P이 영위한 것이거나 쟁점농지의 자경여부와 무관한 것이다.

(가) 과거 A 명의로 이루어진 사업 중 O은 1989년 A이 경기도 평택시 OOO의 농가주택에 거주하면서 진행한 것으로 쟁점농지에서 벼농사를 경작하고 추수한 후 남은 볏짚으로 젖소를 키워서 Q에 납품하다가 1993년에 폐업한 사업이다. 이는 오히려 A이 농가주택에 거주하면서 쟁점농지에서 직접 경작하였다는 사실을 확인하여 주는 것이다.

(나) 서울특별시 마포구 OOO에 사업장을 두고 있는 제조업(프린트업)의 B는 1994.9.30. 아들 R(당시 42세)과 공동사업자로 설립하여 운영한 것인데, 청구인이 아닌 아들 R이 실사업자이다. 제판 및 조판업인 E 역시 청구인이 아닌 아들 R이 운영한 사업체이다.

(다) 만화영화제작업인 S은 대물변제로 받아 1997.9.11. 대표이사로 등록된 것에 불과하고, 그 외에 사업장은 임대사업으로 쟁점농지의 자경여부와 무관하다.

(7) 처분청 의견에 대한 항변

(가) 처분청은 청구인이 쟁점농지를 양도한 2019년 양도소득세 신고시에는 비사업용 토지로 신고하였으므로 A이 재촌자경요건을 충족하지 아니하였다는 점을 알고 있었다는 의견이나, 청구인이 2019년 당시 비사업용토지로 신고하였다가 이후 경정청구를 제기한 것은 2019년 양도소득세 신고 당시 청구인이 쟁점농지를 증여받은 지 15년이 경과하여 관련 증거자료를 준비할 시간이 부족하였고 사업용 토지로 신고할 경우 세무조사 등을 받을 수 있으므로 우선 비사업용토지로 신고하고 8년 이상 자경농지의 증거자료를 준비한 이후 경정청구를 진행하는 것이 더 낫다는 세무대리인의 의견을 반영하여 우선 비사업용 토지로 신고한 것이고, 이후 관련 증거자료를 확보하여 과다 납부한 양도소득세에 대하여 경정청구, 이의신청 및 심판청구의 절차를 거치고 있는 것이다.

(나) 처분청은 2003년 경기도 평택시에 수용된 일부농지에 대하여 A이 양도소득세를 신고하지 아니하였고, 평택세무서장이 8년 자경감면을 미적용하여 고지한 양도소득세 부과처분에 대하여 A이 별다른 불복 없이 납부한 것에 대하여 A이 재촌 자경요건을 충족하지 아니하였다는 점을 잘 알고 있었다는 의견이나, 당시 A은 70세가 넘는 고령으로 건강이 좋지 않아 병원에 자주 입원하여 양도소득세 신고를 하지 못하였고 이후 평택세무서장으로부터 양도소득세 부과처분을 받고 제대로 확인하지 못하고 납부한 것에 불과하다.

(다) 처분청은 A의 배우자 N의 주민등록초본상 주소지가 A과 다르므로 실제 A이 재촌자경을 하지 아니하였을 가능성이 있다는 의견이나, A은 농가주택에서 거주하며 쟁점농지를 경작하였고 배우자인 N는 서울에서 자녀들을 돌봐야 하는 입장이었으므로 A과 동일하게 주소지를 이전할 수 없었다. 그러나 N의 경우에도 주민등록초본상 농가주택에 주소를 둔 기간이 8년 이상이고 경기도 평택시장으로부터 화물차 납부고지서, 전기요금 고지서 등을 받았는바, N 역시 경기도 평택시에 소재한 농가주택에 실제로 거주한 사실을 확인할 수 있다.

(라) 처분청은 6만2천평이라는 대규모 농지를 직원 몇 명과 수작업으로 경작하였다는 주장은 설득력이 떨어진다는 의견이나, 농장 직원 H은 그가 입사한 1986년 당시 A이 승용 이양기와 트랙터 등을 보유하고 있었고 이러한 농기계와 직원 및 일용직 인부들을 고용하여 농사를 지었으며 국내 농기계를 구매하기 위하여 1987년경 T라는 회사에서 H이 농기계 사용방법을 교육받고 이를 이수한 이후에 트렉터나 콤바인 등을 추가로 구매하였다고 설명하였다.

(8) 이상과 같이, 쟁점농지는 청구인의 직계존속인 A이 8년 이상 쟁점농지 소재지인 경기도 평택시 OOO, 청구인이 대표로 있던 회사 직원들의 사실확인서에 불과하여 이를 A의 재촌․자경을 입증하는 객관적인 증빙으로 인정하기 어렵다.

청구인은 쟁점농지를 양도하고 2019년 당시 이를 비사업용토지로 보아 관련 양도소득세를 신고․납부하였다가, 그로부터 약 5년이 경과한 2024년에 이르러서야 쟁점농지의 증여자인 부 A이 1979년부터 증여시까지 재촌․자경한 농지이므로 비사업용토지에 해당하지 않는다고 주장하며 당초 비사업용토지에 대한 중과세율(52%)을 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였던 것을 일반세율(42%)로 경정하여 그 차액에 해당하는 금액의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

청구인은 경정청구시 A이 재촌․자경하였다는 증거서류로 농지원부, 청구인이 대표로 있던 M 직원 등 4인의 자경사실확인서, 2005년 귀속 쌀소득보전직불금 지불확인서를 제출하였다.

A이 농지원부에 쟁점농지를 자경한 것으로 기재되어 있기는 하나, 농지원부는 농지관리 및 농업정책의 효율적 추진을 위해 작성․비치하는 지방자치단체의 행정 내부자료에 불과하여 청구인이 농지원부를 발급받았다는 사실만으로 직접 경작사실을 인정하기는 어렵다.

청구인이 제출한 자경사실확인서는 A이 설립한 F의 직원들인 G, H 등 5인이 제출한 것으로, 이들은 A이 쟁점농지에서 직접 경작하였다고 진술하고 있으나 객관적인 증빙없이 이들의 사실확인서와 진술만으로 직접 경작사실을 인정하기 어렵다.

청구인은 2005년 귀속 쌀소득보전직불금(OOO원) 자료를 제출하였으나, 구 「쌀소득 등의 보전에 관한 법률」(2009.3.25. 법률 제9531호로 일부 개정)이 쌀 소득등보전지불금 지급요건으로 직접 경작을 새로 규정하고 있어, 위 법 시행 이전의 경우 직불급 수령 사실로 직접 경작사실을 추정할 수 없다.

청구인은 A이 6만2천평에 달하는 쟁점농지의 벼농사를 짓기 위하여 F을 설립하고 직원들을 고용하였으며 농가주택을 구입하여 실제 거주하면서 농사를 직접 경작하였다고 주장하나, 부친이 설립하였다는 F은 NTIS상 사업자등록이 되어 있지 않아 존재를 확인할 수 없고 회사를 설립하여 6만2천평에 달하는 대규모 면적의 농지를 경작하였다면 오랜 시간이 흘렀더라도 회사와 관련된 서류가 일부라도 남아있어야 할텐데 청구인은 이와 관련된 객관적인 증빙(예를 들면 농약, 비료, 농자재 구입내역 및 쌀 판매내역 등)을 전혀 제출하지 못한 채 관련인들의 사실확인서만 제출하고 있다.

A이 쟁점농지에서 농사를 지었던 기간은 1979년부터 2004년 또는 2005년까지로 1970년대 또는 1980년대 초의 경우 기계화가 되어있지 않아 수작업으로 농사를 짓던 시기인바, 6만2천평이라는 대규모의 농지를 직원 몇 명이 경작하였다는 주장은 쉽게 믿기 어렵다.

더욱이 국세청 전산망을 통해 A의 총사업내역을 조회한 결과 O, B, ㈜C, D, E 등의 사업내역이 확인되는데, O을 제외하고는 제조업 사업장 B, 주식회사 S, E 등의 사업장이 모두 서울에 소재하고 있어 쟁점농지 소재지인 경기도 평택시에서 A이 재촌 자경하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

한편 A의 주민등록표 초본에 의하면 A은 1988.8.29.부터 1996.10.1.까지 및 1997.12.23.부터 2008.6.3.까지 쟁점농지 소재지에 주소를 두고 있었던 것으로 확인된다. 반면 배우자 N의 주민등록표 초본에 의하면 쟁점농지 소재지에 주소지를 둔 기간은 1988.8.29.부터 1994.10.10.까지, 1994.12.12.부터 1996.10.1.까지로 확인되는바, 부부가 함께 쟁점농지 소재지에 실제 거주한 것인지 의심스럽다.

(2) 청구인이 쟁점농지의 재촌자경을 거듭 주장함에 따라 처분청 소속 공무원은 2025.4.15. 및 2025.4.23. 두 차례에 거쳐 쟁점농지 소재지를 방문하여 탐문조사를 실시하였는바, 쟁점농지 소재지에 거주하는 주민들에 의하면 A은 쟁점농지 소재지에 거주하지 아니하였고, 두 달에 한 번 정도 내려와서 주소지 바로 옆에 있는 별장에서 놀고 갔으며 실제 농사는 쟁점농지 및 농가주택을 관리하는 사람들에 의해서 경작되었다고 진술하였다.

즉, A은 주민등록상으로만 쟁점농지 소재지에 거주하는 것으로 되어 있을 뿐 실제로는 거주하지 않았고 쟁점농지도 제3자에 의해 경작된 것이다. 이는 A이 재촌은 물론 자경요건도 충족하지 못하였다는 것으로 쟁점농지는 사업용토지로 볼 수 없다.

A은 쟁점농지를 청구인에게 증여하기 전인 2003년 경기도 평택시에 수용된 일부 토지에 대하여 양도소득세를 무신고하였고, 평택세무서장은 이에 대하여 8년자경 요건에 해당하지 아니하는 것으로 보아 양도소득세를 부과하였음에도 A은 불복청구 없이 이를 납부하였고, 쟁점농지의 경우에도 2019년 양도소득세 신고시 비사업용 토지로 신고하였다가 2024년에 와서 사업용토지로 주장하며 경정청구를 제기하였는데 이는 청구인은 이미 A이 쟁점농지를 재촌자경하지 아니한 사정을 알고 있었기 때문이라고 할 것이다.

쟁점농지 인근 주민들의 진술에 의하면 A과 마찬가지로 청구인 역시 쟁점농지 소재지에 주민등록만 되어 있고 실제 거주하지는 않으며 경기도 평택시 OOO읍에 거주하는 관리인이 가끔씩 와서 주택을 관리한다고 진술하였다.

(3) 이상과 같이 청구인은 A이 F을 설립하여 직원들을 고용하여 쟁점농지를 직접 경작하였다고 주장하나, 이들은 A과 특수관계에 있었던 사람들의 사실확인서와 주장에 불과하고 그에 대한 객관적 또는 직접적 증빙을 제출하지 못하고 있다.

A은 서울에 다수의 사업장을 가지고 있었던 것으로 확인되고, 주민등록표 초본상 배우자 N는 쟁점농지 소재지가 아닌 곳에 거주한 이력이 다수 확인되는 점 등에 비추어, A이 쟁점농지를 8년 이상 경작하였는지 여부는 불분명한 것으로 보인다. 따라서 쟁점농지의 양도에 대해 일반 세율을 적용하여 달라는 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점농지는 청구인의 부 A이 8년 이상 직접 경작하여 비사업용토지에 해당하지 않으므로 양도소득세 계산시 중과세율(52%)이 아닌 일반세율(42%)이 적용되어야 한다는 청구인의 경정청구를 거부한 처분의 당부

나. 관련 법령 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점농지를 2004년 및 2005년 부 A으로부터 증여를 원인으로 취득하고 2019.10.21. 한국농어촌공사에 OOO원에 양도한 후, 2019.11.6. 이를 비사업용토지로 보아 「소득세법」 제104조 제1항 제8호에 따른 중과세율(52%)이 적용되는 것으로 하여 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

(2) 쟁점농지의 등기사항전부증명서는 다음과 같다.

○○○

(3) 청구인은 A이 쟁점농지를 구입한 직후 쟁점농지 소재지인 경기도 평택시 OOO에 소재한 농가주택을 구입하여 거주하였다고 주장하며, 해당 농가주택의 건물 등기사항전부증명서를 제출하였다.

(4) A의 주민등록표 초본에 의하면 A은 1988.8.29.부터 1996.10.1.까지 및 1997.12.23.부터 2009.6.3.까지 쟁점농지 소재지에 주민등록을 두고 있었던 것으로 확인된다. 구체적 내역은 다음과 같다.

＜표2＞ A 주민등록표 초본

○○○

(5) 청구인이 제출한 A의 농지원부(최초작성일자 1991.5.28.)에 의하면 농지 경작현황으로 소유하고 있는 전 5필지 6,240㎡ 중 4필지 4,513㎡를 자경하고 1필지 2,727㎡는 임대하고 있다고 기재되어 있으며, 소유농지현황에 쟁점농지 소재지가 기재되어 있으며 공부지목 및 실제지목란에는 ‘답’, 주재배작물란에는 ‘벼’, 경작구분란에는 ‘자경’으로 각 기재되어 있다. 임대하고 있는 1필지는 쟁점농지 소재지가 아닌 경기도 과천시 소재 농지인 것으로 확인된다.

(6) 청구인은 다음과 같이 A이 2005년 평택시장으로부터 쌀소득보전직불금 OOO원을 지급받았다는 내용이 기재된 확인서를 제출하였다.

(7) 청구인은 A이 쟁점농지에서 농사를 지었다는 내용의 사실확인서를 제출하였다.

(가) A과 함께 쟁점농지에서 농사를 지었던 F의 직원 G과 H은 사실확인서(작성일자 2024.8.7.)를 통해 A과 함께 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하였다고 진술하였다. 구체적 내용은 다음과 같다.

○○○

(나) 청구인은 경기도 평택시 OOO에 설립하였던 농산물 유통업을 영위하는 농업회사법인 M의 직원들 중 I(현재 대표이사), U, V도 A이 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다는 내용의 사실확인서(작성일자 2024.8.5.)를 제출하였는바, 구체적 내용은 다음과 같다.

○○○

(다) A이 쟁점농지에서 농사를 짓기 위하여 설립하였던 F의 직원이었고 F의 총무를 담당하였다는 G은 A과 같이 쟁점농지에서 8년 이상 실제 농사를 경작하면서 농약, 비료, 기타 농자재를 구입한 사실과 당시 수확한 쌀을 판매하였던 사실에 대하여 2024.10.24. 추가 사실확인서를 통해 확인하여 주었다.

○○○

(라) F 직원 H은 추가 사실확인서를 통해 A이 2003년 양도한 농지도 쟁점농지와 동일하게 A이 농가주택에 거주하면서 20년 이상 실제 경작한 농지이며, 8년 이상 자경한 농지로 양도소득세가 면제되어야 한다고 진술하였다.

○○○

(마) 당시 마을 이장이었던 J, 마을 주민 중 경기도 평택시 OOO에 거주하면서 벼농사와 젖소, 한우목장을 하고 있는 K, 쟁점농지 바로 옆 밭을 소유하고 있는 L은 사실확인서를 통해 A이 쟁점농지에서 직접 농사를 지었던 사실을 확인해 주었다. 구체적 내용은 다음과 같다.

○○○

(바) A의 재촌자경에 대한 처분청 의견과 청구인의 주장은 다음과 같다.

1) 처분청은 청구인이 쟁점농지의 재촌자경을 거듭 주장함에 따라 처분청 소속 공무원이 2025.4.15. 및 2025.4.23. 두 차례에 거쳐 쟁점농지 소재지를 방문하여 탐문조사를 실시하였는바, 쟁점농지 소재지에 거주하는 주민들에 의하면 A은 쟁점농지 소재지에 거주하지 아니하였고, 두 달에 한 번 정도 내려와서 주소지 바로 옆에 있는 별장에서 놀고 갔으며 실제 농사는 쟁점농지 및 농가주택을 관리하는 사람들에 의해서 경작되었다고 진술하였다는 의견이다.

2) 이에 대하여 청구인은 A이 2005년에 OOO 새마을회로부터 농가주택 바로 옆 토지인 경기도 평택시 OOO 마을회관 토지를 구입하였는데, A이 당시 고령에 병환으로 병원에 자주 입원하게 되면서 토지에 대한 소유권이전등기가 마쳐지지 않았고 2010년 청구인이 OOO 새마을회를 상대로 해당 토지의 소유권이전등기를 구하는 소송을 제기하면서 마을회관 토지 소유권 문제로 청구인과 마을 주민들간에 다툼이 발생하였다. 소송결과 청구인이 승소하여 마을회관 토지 소유권이 청구인에게 이전된 이후로 A과 청구인에 대한 마을 주민들의 인식이 좋지 않은 상황이었고 이로 인해 마을 주민들이 A의 재촌자경에 대하여 실제와 다르게 진술한 것으로 보인다고 소명하였다.

(8) 국세청 전산망을 통해 확인되는 A의 총사업내역은 ＜표3＞ 기재와 같다.

＜표3＞ A 사업내역

○○○

(가) 처분청은 국세청 전산망을 통해 A의 총사업이력을 조회한 결과 A은 O을 제외하고는 제조업 사업장 B, 주식회사 S, E 등의 사업장이 모두 서울에 소재하고 있어 쟁점농지 소재지인 경기도 평택시에서 A이 재촌 자경하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다는 의견이다.

(나) 이에 대하여 청구인은 다음과 같이 소명하였다.

1) 과거 A 명의로 이루어진 사업 중 O은 1989년 A이 경기도 평택시 OOO의 농가주택에 거주하면서 진행한 것으로 쟁점농지에서 벼농사를 경작하고 추수한 후 남은 볏짚으로 젖소를 키워서 Q에 납품하다가 1993년에 폐업한 사업이다. 이는 오히려 A이 농가주택에 거주하면서 쟁점농지에서 직접 경작하였다는 사실을 확인하여 주는 것이다.

2) 서울특별시 마포구 OOO에 사업장을 두고 있는 제조업(프린트업)의 B는 1994.9.30. 아들 R(당시 42세)과 공동사업자로 설립하여 운영한 것인데, 청구인이 아닌 아들 R이 실사업자이다. 제판 및 조판업인 E 역시 청구인이 아닌 아들 R이 운영한 사업체이다.

3) 만화영화 제작업인 S은 대물변제로 받아 1997.9.11. 대표이사로 등록된 것에 불과하고, 그 외에 사업장은 임대사업으로 쟁점농지의 자경여부와 무관하다.

(9) 청구인은 A이 쟁점농지를 자경하였다는 사실을 입증하기 위하여 다음과 같은 자료를 추가로 제출하였다.

(가) 청구인은 A이 과거에 쟁점농지 등의 농장에서 해야 할 일들을 정리한 메모라고 주장하며 다음의 자료를 제출하였다.

1) 청구인이 제출한 메모장에 의하면 농장을 관리하면서 해야 할 일들을 정리해 놓은 것을 알 수 있고, 1993년 이전 A이 쟁점농지의 농사를 직접 관리하고 자경하였다는 사실이 확인된다고 주장한다.

2) 청구인은 해당 메모가 A이 1989년부터 1993년까지 경기도 평택시 OOO에서 운영한 O의 목장이 함께 기재되어 있는 것으로 보아 O이 폐업된 1993년 이전에 작성된 것이라고 주장하고 있다.

(나) 청구인은 F 직원이었던 G이 1993.5.14. 농협에서 농업용 면세유 대금을 수령한 수령서를 제출하였다.

1) 당시 면세유는 정부가 농어민의 원가부담을 절감하기 위해 구 「조세감면규제법」에 따라 농․어업용 유류에 대해 부가가치세 및 특별소비세 등을 전액 면세해 공급한 유류이다.

2) 청구인은 A의 직원인 G이 1993.5.14. 면세유 대금을 수령한 수령서는 당시 A이 쟁점농지에서 농사를 위하여 농업용 면세유를 구매하였다는 것이고, 이는 A이 쟁점농지에서 농사를 직접 경작하였다는 사실을 확인하여 주는 것이라고 주장하고 있다.

(다) 청구인은 1994년～1996년 경기도 평택시장이 청구인의 배우자 N에게 부과한 화물자동차 환경개선부담금 납부고지서를 제출하였다.

1) 청구인은 화물자동차에 대한 환경개선부담금 납부고지서를 제출하며 이는 A이 쟁점농지에서 농사를 짓기 위하여 화물자동차를 구입하여 보유하고 있었던 사실을 입증하는 것이라고 주장하고 있다.

2) OOO 차량에 대한 1994.7.1.부터 1994.12.31.까지에 대한 고지서와 OOO 차량에 대한 1995.1.1.부터 1996.6.30.까지 기간에 대한 고지서로, 납부자 N는 A의 배우자이며, 주소지는 경기도 평택시 OOO로 기재되어 있다.

(라) 청구인은 국민건강보험공단 평택지사에서 A에게 보낸 건강보험료 납부를 독촉하는 고지서(1995년 5월～1996년 10월까지 18개월분, 1998년 1월～1998년 3월까지의 3개월분의 2부)를 제출하며, A이 국민건강보험공단 평택지사의 건강보험료 지역가입자였다는 것은 A이 경기도 평택시 OOO에 소재하는 농가주택에 실제 거주하였다는 점을 입증하는 것이라고 주장하고 있다.

(마) 청구인은 1998년 1월과 2월에 A에게 고지된 한국전력공사의 전기요금고지서를 제출하였다.

1) 위 전기요금고지서 중 2건은 농사용 전기요금 고지서이고, 다른 1건은 주택용 전기요금 고지서이며 납부의무자가 A과 배우자 N인 것을 확인할 수 있다.

2) 청구인은 이를 통해 A과 배우자가 쟁점농지 소재지에 거주하였다는 점 및 쟁점농지에서 농사를 지었다는 점(농사용 전기 사용)을 확인할 수 있다고 주장하고 있다.

(바) 청구인은 A이 OOO은행으로부터 받은 2001년 수첩을 제출하였다. 해당 수첩 내용에 의하면, G 많이 다쳐 OOO에 입원, 선봉이와 소나무 정비, 잔디밭 돌 치우기, 오전 중 선봉 소나무 치기 등이 기재되어 있는 것을 확인할 수 있다.

(사) 청구인은 F 총무 G이 2003년과 2004년 F이 G 또는 A으로부터 평택경기미를 매입한 내역을 제출하였다. 청구인은 이를 쟁점농지에서 생산된 쌀의 판매내역이라고 주장하고 있다.

(아) 2004년 1월 OOO지점은 당시 조합원이었던 A에게 2003.12.31. 출자금 현황 및 배당금 설명을 위하여 서신을 발송하였는바, 이를 통해 A이 당시 1년 중 90일 이상을 농업에 종사하였음을 확인할 수 있다고 주장하고 있다.

(10) 경기도 평택시의 OOO지구 개발과 관련한 도로개설(도로명 ‘OOO’)로 인하여 A 소유의 경기도 평택시 OOO외 21필지(총 22필지)가 경기도 평택시에 수용되면서 경기도 평택시장에게 양도되었다.

(가) 당시 A은 양도소득세를 신고하지 아니하였고, 평택세무서장은 해당 농지를 비사업용토지로 보아 관련 양도소득세를 고지하였으나, 청구인은 이에 불복하지 아니하고 모두 납부한 것으로 확인된다.

(나) 이에 대하여 청구인은 당시 A은 70세가 넘는 고령으로 건강이 좋지 않아 병원에 자주 입원하여 양도소득세 신고를 하지 못하였고 이후 평택세무서장으로부터 양도소득세 부과처분을 받고 제대로 확인하지 못하고 납부한 것에 불과하다고 소명하였다.

(11) A의 배우자 N의 주민등록표 초본상 주소지 변동내역은 ＜표4＞ 기재와 같다.

＜표4＞ N(A의 배우자) 주민등록표 초본상 주소지 변동내역

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(12) 청구인은 2024.8.21. 쟁점농지는 청구인의 부 A이 8년 이상 자경하여 비사업용토지에 해당하지 않으므로 양도소득세 계산시 일반세율(42%)이 적용되어야 한다는 취지의 경정청구를 하였으나 처분청은 2024.10.16. 이를 거부하였다. 경정청구 검토보고서의 구체적 내용은 다음과 같다.

○○○

(13) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

① 1994년～1996년 경기도 평택시장이 A의 배우자 N에게 화물차에 대한 환경개선부담금 납부고지서를 발급한 사실이 확인되는바, 그 무렵 A 또는 N가 화물차를 소유하고 있었던 것으로 보이는 점, ② 1995년～1998년 국민건강보험공단 평택지서는 A에게 건강보험료 고지서를 발부한 사실이 확인되는바 그 무렵 A이 건강보험 지역가입자였던 사실이 확인되는 점, ③ 1998년 A이 농사용 및 주택용 전기요금 고지서를 수령한 사실이 확인되는 점, ④ 2004년 1월 OOO지점은 당시 조합원이었던 A에게 2003.12.31. 출자금 현황과 배당금 설명을 위한 서신을 보낸 것으로 확인되는바, 그 무렵 A이 해당 조합의 조합원이었던 사실이 확인되는 점, ⑤ 농지원부에 쟁점농지는 A이 벼농사를 자경한 것으로 기재되어 있고, A은 쟁점농지 인근 주택을 1979.12.10. 구입하였으며, 주민등록표 초본에 의하면 1985.6.6. 최초로 쟁점농지 소재지에 주민등록을 이전한 이래 1988.8.29.～1996.10.1., 1997.12.23.～2009.6.3. 기간동안 주민등록을 8년 이상 유지하고 있는 것으로 확인되는 점, ⑥ A이 쟁점농지 인근에서 거주하며 쟁점농지를 직접 경작하였다는 내용의 다수의 사실확인서가 제출된 점 등에 비추어 A이 쟁점농지를 재촌자경하였다고 볼 수 있는 측면이 있는 반면, 농업용 면세유를 공급받기 위해서는 농업기계 보유현황 및 경작사실 등을 면세유류관리기관(지역농협 등)에 신고해야만 하기 때문에 1993년 당시 A이 아닌 면세유를 공급받은 것으로 확인되는 G이 그 무렵 농기계를 소유하고 농지를 경작하였을 것으로 예상됨에도, 청구인이 제출한 F 직원 H 사실확인서는 이에 반하여 A이 승용이양기와 트랙터 등을 소유하고 있었다고 진술하고 있고, 청구인 대리인 공인회계사 고봉관․정교순은 이와 관련하여 당시 G은 F의 총무로 A을 위하여 일하는 직원이었으므로 G이 면세유를 공급받은 것은 G이 하였더라도 이는 A을 위하여 한 것이라는 취지로 진술한 점, 62,000평에 달하는 쟁점농지를 경작하기 위하여 필요한 비료 등의 구입, 쟁점농지에서 경작된 쌀 등의 판매의 주체가 A이라는 사실 등을 객관적으로 확인할 수 있는 증빙을 제출하지 못하고 있는 점, G, H 등은 A이 운영하던 농장의 직원으로 청구인이 A으로부터 쟁점농지를 증여받은 이후 쟁점농지를 임대하여 직접 경작하고 있는 것으로 확인되는바, G이나 H이 쟁점농지의 경작과 관련된 증빙을 가지고 있는 것만으로 A이 쟁점농지를 청구인에게 증여하기 전 이를 직접 경작하였다는 점이 입증된 것으로 보기 어려운 점, 처분청 소속 공무원은 2025.4.15. 및 2025.4.23. 두 차례에 걸쳐 쟁점농지 소재지를 방문하여 탐문조사를 실시하였는데, 쟁점농지 소재지에 거주하는 주민들에 의하면 A은 쟁점농지 소재지에 거주하지 아니하였고, 두 달에 한 번 정도 내려와서 주소지 바로 옆에 있는 별장에서 놀고 갔으며 실제 농사는 쟁점농지 및 농가주택을 관리하는 사람들에 의해서 경작되었다고 진술하였던 것으로 확인되는 점 등을 고려하면 쟁점농지가 A이 아닌 다른 사람에 의해 경작된 것으로 볼 수 있는 측면이 있어 이에 대한 추가적인 확인이 필요한 것으로 보이고, 처분청이 제시한 A의 사업자등록 내역에 의하면 A이 서울특별시에 다수의 사업장을 운영하였던 것으로 나타나므로 이를 부인하는 청구인의 주장에 대해 청구인의 구체적인 추가 소명이 필요한 것으로 보이는 점 등에 비추어 A이 쟁점농지의 소재지에 8년 이상 거주하며 쟁점농지를 직접 경작하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 쟁점농지 목록

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＜별지2＞ 관련 법령

(1) 소득세법

제104조의3[비사업용 토지의 범위] ① 제104조 제1항 제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시·광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치시(특별자치시에 있는 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)·특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조 제2항에 따라 설치된 행정시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조 제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍·면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시·광역시·특별자치시·특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 토지로서 거주자의 거주 또는 사업과 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령으로 정하는 토지

② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.

(2) 소득세법 시행령

제168조의14[부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등] ③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다.

1의2. 직계존속 또는 배우자가 8년 이상 기획재정부령으로 정하는 토지소재지에 거주하면서 직접 경작한 농지·임야 및 목장용지로서 이를 해당 직계존속 또는 해당 배우자로부터 상속·증여받은 토지. 다만, 양도 당시 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(녹지지역 및 개발제한구역은 제외한다) 안의 토지는 제외한다.

(3) 쌀소득 등의 보전에 관한 법률

제6조[쌀소득등보전직접지불금 지급대상자] 쌀소득등보전직접지불금의 지급대상이 될 수 있는 자는 제5조의 규정에 의한 쌀소득등보전직접지불금의 지급대상 농지에서 논농업에 종사(휴경하는 경우를 포함한다)하는 농업인등으로 한다. 다만, 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 자는 그러하지 아니하다.

1. 논농업에 이용하는 농지면적이 1천제곱미터 미만인 자

2. 「농지법」 제11조 제1항의 규정에 의하여 농지처분명령을 받은 자

제7조[쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록] ① 쌀소득등보전직접지불금을 지급받고자 하는 자는 농림부령이 정하는 바에 따라 주소지 관할 읍장·면장 또는 동장(이하 "읍·면장"이라 한다)에게 매년 2월말까지 등록하여야 한다.

② 읍·면장은 제1항의 규정에 의하여 등록신청을 받은 때에는 현지조사 등 필요한 조사를 하고, 그 조사결과를 첨부하여 농림부장관에게 제출하여야 한다.

③ 농림부장관은 제2항의 규정에 의한 조사결과를 바탕으로 등록신청인이 제6조의 규정에 의한 지급대상자로 인정되는 경우에는 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자로 등록하고 신청인에게 등록증을 교부하여야 한다.

④ 제2항의 규정에 의한 조사의 항목·방법 및 등록증 교부 등에 관하여 필요한 사항은 농림부령으로 정한다.

(4) 농지법

제51조[농지원부의 작성비치] ① 시·구·읍·면장은 농지의 소유 및 이용실태를 파악하여 이를 효율적으로 이용·관리하기 위하여 대통령령이 정하는 바에 의하여 농지원부를 작성·비치하여야 한다.

② 시·구·읍·면장은 제1항의 규정에 의한 농지원부를 작성·정리하거나 농지의 이용실태를 파악하기 위하여 필요한 때에는 당해 농지의 소유자로 하여금 필요한 사항을 보고하게 하거나 관계공무원으로 하여금 그 상황을 조사하게 할 수 있다.

③ 시·구·읍·면장은 농지원부의 내용에 변동사항이 발생한 때에는 그 변동사항을 지체없이 정리하여야 한다.

④ 제1항의 농지원부에 기재할 사항을 전산정보처리조직에 의하여 처리하는 경우에는 그 농지원부화일(磁氣디스크·磁氣테이프 기타 이와 유사한 방법에 의하여 기록보관하는 農地原簿를 말한다)은 제1항의 규정에 의한 농지원부로 본다.

⑤ 농지원부의 서식·작성·관리와 전산정보처리조직등에 관하여 필요한 사항은 농림수산부령으로 정한다.

제52조[농지원부의 열람 또는 등본등의 교부] ① 시·구·읍·면장은 농지원부의 열람 또는 그 등본의 교부신청이 있는 경우에는 농림수산부령이 정하는 바에 의하여 이를 열람하게 하거나 그 등본을 교부하여야 한다.

② 시·구·읍·면장은 자경하고 있는 농업인 또는 농업법인의 신청이 있는 경우에는 농림수산부령이 정하는 바에 의하여 자경증명을 발급하여야 한다.