[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2005.1.26. 설립된 후 대기오염방지시설을 제작 및 설치하는 업을 영위하고 있다.

나. 환경부 산하기관인 OOO및 지방자치단체(이하 “지자체등”이라 한다)는 2019년경부터「소규모 사업장 대기오염 방지시설 설치 지원사업」(이하 “쟁점지원사업”이라 한다)을 시행하였고, 대기오염 방지시설 설치를 희망하는 자동차 정비공업사(이하 “정비공업사”라 한다)에게 총 공사비의 90% 상당액을 지원하였는데, 지자체등이 정비공업사 중 방지시설 설치 지원대상자로 선정하게 되면, 청구법인은 대기오염 방지시설 설치공사를 수행하고, 해당 정비공업사를 대리하여 지자체등으로부터 보조금을 직접 수령하였다.

다. 청구법인은 총 공사비 중 10%(공사착수 시)를 해당 정비공업사로부터 자부담금으로, 90%를 지자체등으로부터 보조금으로 각각 수취하였으나, 일부 정비공업사(이하 “쟁점정비공업사”라 한다)로부터 2020년 제1기부터 2023년 제2기까지 부가가치세 합계 OOO원(이하 “쟁점미회수채권”이라 한다)을 받지 못하였다.

  이에 청구법인은 2024.7.23. 회수기일부터 2년 이상 경과한 쟁점미회수채권에 대하여「부가가치세법」제45조 제1항, 같은 법 시행령 제19조의2 제1항 및「법인세법 시행령」제19조의2 제1항 제9호의2에 따라 대손세액으로 공제해 달라는 취지의 경정청구를 처분청에 제기하였다.

라. 처분청은 2024.7.23.부터 2024.9.11.까지 청구법인의 경정청구한 내용을 검토한 결과,「부가가치세법」제45조 제1항에 따라 쟁점미회수채권(부가가치세) 중 110분의 10에 해당하는 금액만을 대손세액으로 일부 인용하고, 나머지 금액인 2020년 제1기～2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원은 거부하였다(아래 <표1> 참조).

마. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.6. 이의신청을 거쳐 2025.5.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 사업자는 외상판매 등의 경우 공급일이 속하는 과세기간에 매출채권(부가가치세 포함)의 회수 여부에 관계없이 부가가치세를 납부하여야 하는데, 매출채권이 대손처리되어 거래징수하지 못한 부가가치세가 공급자의 경제적 손실로 귀착되고, 공급받는 자는 거래징수당하지 않은 부가가치세를 매입세액으로 공제받는 결과가 초래되는 불합리성을 방지하기 위하여 대손금에 대한 부가가치세를 공급자의 매출세액에서 대손세액으로 차감하고 이에 대응하여 공급받는 자의 매입세액에서 대손처분받은 세액을 차감하고자 하는 것이 대손세액 공제의 취지이다.

 (2) 쟁점미회수채권은 전액 부가가치세에 해당한다.

  정비공업사는 설치공사 착수금 10%와 부가가치세액만을 부담하는 거래구조이고, 지원사업에 대한 공사 착수 시 청구법인이 정비공업사로부터 총 공사비의 10%(자부담금)를 착수금 명목으로 수령한 후 대기배출시설 설치허가증, 공사계약서, 계약이행보증보험 및 설치계획서와 함께 착수금 입금확인증을 지자체등에 제출하여야 공사착수 허가를 받게 된다.

  이후 총 공사비의 90%는 지자체등에서 보조금으로 지급하는데, 공사착공 후 그 중 70%를 받고, 준공신고 후 나머지 20%를 지급받으면서 총 공사비에 대한 세금계산서를 발행한다.

  이와 같이 청구법인이 총 공사비에 대한 세금계산서를 교부하여야 잔금(부가가치세 별도)까지 지급이 되는 구조로, 청구법인이 정비공업사에게 세금계산서를 교부하면서 부가가치세를 별도로 지급받게 되는데, 해당 정비공업사의 자금 사정 등에 따라 부가가치세를 받지 못하더라도 세금계산서는 정상적으로 교부하여야 하는 실정이다.

  따라서, 총 공사비에 대한 부가가치세는 세금계산서를 교부할 때 정비공업사로부터 수취하여야 하나, 쟁점정비공업사로부터 받지 못한 부가가치세 상당액은 쟁점미회수채권으로 전액 부가가치세에 해당한다.

 (3) 쟁점미회수채권이 전액 부가가치세이므로 대손세액은 쟁점미회수채권의 110분의 10이 아니라 전액으로 보아야 한다.

 「부가가치세법」상 대손세액공제는 부가가치세를 공급받은 자로부터 회수하지 못하여 공급자가 부담하게 되는 경우 이를 구제하기 위하여 적용하는 제도로,「부가가치세법」제45조 제1항에서 대손세액은 대손금액의 110분의 10으로 규정하고 있으나, 이는 대손금액에 매출채권과 부가가치세가 혼재되어 불분명한 경우에 적용하는 것이다.

  이 건의 경우 정비공업사는 총 공사비의 착수금과 부가가치세만을 부담하는데, 청구법인은 착수금 10%는 공사착공을 위한 입금이 계약조건으로 해당 정비공업사로부터 반드시 지급받는 것이고, 나머지 90%는 준공 후 지자체등으로부터 지급받는바, 세금계산서 발행 시 해당 정비공업사로부터 별도로 지급받아야 하는 부가가치세를 회수하지 못한 쟁점미회수채권은 전액 부가가치세에 해당하므로 이를 대손세액으로 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1)「부가가치세법」상 재화 또는 용역의 공급시기가 확정되면 공급자는 실제로 공급대가를 수취하였는지 여부와 관계 없이 해당 부가가치세를 납부할 의무를 지게 된다.

  원칙적으로 공급자를 납세의무자로 하고 거래징수의무가 부여되어 있는 한, 공급 이후 공급대가가 대손이 된다 하더라도 이는 공급이 확정된 이후의 사정에 불과할 뿐 국가는 대손세액을 공제해 줄 이유가 없다.

  다만, 공급자 입장에서 실질적으로 공급대가를 수령하지 못하였는데, 부가가치세를 내는 것은 너무 엄격한 일이라 할 수 있어 정책적인 배려차원에서 대손세액공제 규정을 두고 있다.

  한편, 대손사유 발생으로 공급자와 공급받은 자 간 부가가치세의 경제적 부담이 왜곡되는 것을 시정하고 최종 소비자가 아닌 사업자가 부가가치세를 부담하게 되는 결과를 방지하고자 하는데, 대손세액공제의 취지가 있는바, 대손세액 요건과 절차를 엄격히 적용하여야 한다.

 (2) 청구법인이 쟁점정비공업사로부터 회수하지 못한 쟁점미회수채권 전액을 대손세액으로 공제할 수는 없다.

  쟁점미회수채권은「법인세법 시행령」제19조의2 제1항 제9의2에서 규정한 회수기일이 2년 이상 경과한 외상매출금 등으로 대손사유 요건에는 해당하나,「부가가치세법」제45조 제1항에서 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것)의 전부 및 일부가 일정한 대손사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우 대손금액에 110분의 10을 적용하여 계산한 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다고 규정하고 있는바,

  쟁점정비공업사로부터 미회수한 쟁점미회수채권 전액을 부가가치세로 보아 대손세액으로 공제해 달라는 청구주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  미회수한 부가가치세 상당액인 쟁점미회수채권 전액을 대손세액으로 공제할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법

제45조(대손세액 공제특례) ① 사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산, 강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음의 산식에 따라 계산한 금액(이하 “대손세액”이라 한다)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다. 다만, 그 사업자가 대손되어 회수할 수 없는 금액(이하 “대손금액”이라 한다)의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 더한다.

② 제1항을 적용받고자 하는 사업자는 제49조에 따른 신고와 함께 대통령령으로 정하는 바에 따라 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하여야 한다.

③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 제38조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 그 사업자가 폐업하기 전에 재화 또는 용역을 공급하는 자가 제1항에 따른 대손세액공제를 받은 경우에는 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다. 다만, 그 공급을 받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액을 빼지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업자의 관할 세무서장이 빼야 할 매입세액을 결정 또는 경정(更正)하여야 한다.

 (2) 부가가치세법 시행령

제87조(대손세액 공제의 범위) ① 법 제45조 제1항 본문에서 "파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

 1. 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2제1항에 따라 대손금으로 인정되는 경우

 (3) 법인세법 시행령

제19조의2(대손금의 손금불산입) ① 법 제19조의2 제1항에서 "채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 9의2. 중소기업의 외상매출금 및 미수금(이하 “외상매출금등 이라 함)으로서 회수기일이 2년 이상 지난 외상매출금등

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실들이 확인된다.

  (가) 처분청의 부가가치세 경정청구 검토조서 등에 의하면, 처분청은청구법인의 경정청구한 내용을 검토한 결과, 아래 <표1>와 같이 쟁점미회수채권(미회수된 부가가치세) 중 110분의 10에 해당하는 금액만을 대손세액으로 인용하고 나머지 금액은 거부한 것으로 나타난다.

<표1> 청구법인의 경정청구에 대한 인용 등 내역

(단위 : 원)

  (나) 청구법인이 쟁점정비공업사로부터 쟁점미회수채권을 회수하지 못하였다는 것과 쟁점미회수채권이 대손세액 공제의 요건을 갖추었다는 것에 대하여는 처분청이 달리 이견을 제시하지 않았다.

  (다) 지자체등 쟁점지원사업 공고문에 의하면, 지원사업 내용 등이 유사하고, 대부분 대기오염 방지시설 설치를 위하여 실제 소요되는 총 사업비의 90%를 지원한다고 기재되어 있는 것으로 나타난다.

  (라) 쟁점정비공업사가 각 지자체등에게 쟁점지원사업에 대한 지원신청을 한 후, 지원사업 선정승인 통보서를 받게 되는바, 그 서식은 아래와 같이 동일한 것으로 나타난다.

  (마) 청구법인과 쟁점정비공업사 간 체결한 대기오염 방지시설 설치 계약서상 주요내용은 다음과 같다.

  (바) 청구법인이 제출한 위 지자체등 쟁점지원사업 공고문 및 설치 계약서 등에 따르면, 정비공업사에 해당하는 지원업체 또는 수혜기업은 보조금을 지원받아 설치한 방지시설을 설치한 후 3년간 의무적으로 가동하여야 하며, 반기별로 점검 결과를 지자체등에 보고하도록 되어 있고, 방지시설을 가동하지 않은 사실이 확인될 경우 보조금을 반환하도록 규정되어 있는 것으로 나타난다.

 (2) 청구법인은 쟁점정비공업사(총 41개 업체) 명단(아래 <표2> 참조), 쟁점정비공업사별 거래처 원장(부가가치세는 별도 기장․관리, 아래 참조), 미수금 지급 독촉에 대한 내용증명 1부를 각각 제시하면서 이 건 처분이 부당하다고 항변하였다.

<표2> 쟁점정비공업사 명단

<쟁점정비공업사별 거래처 원장(일부 발췌)>

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점정비공업사로부터 회수하지 못한 쟁점미회수채권이 부가가치세에 해당하므로 이를 전액 대손세액으로 공제하여야 한다고 주장하나,「부가가치세법」제45조 제1항에 따르면, 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 대손금액의 110의 10을 대손세액으로 하여 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인이 부가가치세를 구분하여 수취한다 하더라도 이를 이유로 쟁점미회수채권에 대한 대손세액의 계산 방법을 달리 적용할 수는 없는 점, 지자체등이 지급한 보조금 상당액(90%)과 쟁점정비공업사가 직접 부담하는 자부담금(10%) 및 부가가치세 상당액 등은 모두 하나의 매출채권을 구성하는 것으로 보아야 할 것이고, 그 중 쟁점정비공업사가 지급하기로 한 일부 금액이 미회수되었다 하여 부가가치세만을 따로 떼내어 미회수한 것이라 단정할 수는 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.