[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1996.8.28. 전라북도 익산시 OOO 토지 584.4㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)를 취득(매매)하여, 1998.8.11. 쟁점①토지상에 건물 328.72㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하고, 2008.6.9. 및 2014.5.22. 같은 시 같은 동 298-1 전 1,884㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다) 및 298-2 토지 198㎡(이하 “쟁점③토지”라 하고, 쟁점①토지, 쟁점②토지 및 쟁점③토지를 합하여 “쟁점토지”라 하며, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득(상속 및 매매)하였으며, 2016.12.22. 유한회사 A(이하 “A”이라 한다)과 함께 쟁점토지상에 공동주택을 건설하는 내용의 주택건설사업계획승인을 받았다.

나. 청구인(매도인)은 2018.1.4. A(매수인)과 쟁점부동산의 매매대금을 OOO원(계약금 OOO원은 계약시, 잔금 OOO원은 신축건물 준공 후 등)으로 하고, ‘쟁점토지는 신축공사를 위한 것으로 매매가액은 쟁점건물을 포함하며 매도인은 사업진행을 위해 쟁점건물 멸실 등에 협조한다’는 내용의 특약을 정하여 쟁점부동산에 대한 매매계약을 체결한 후 2018.2.28. 쟁점건물을 철거하였다.

   한편, 쟁점토지는 2018.1.31.자 신탁을 원인으로 2019.2.13. 주식회사 B(이하 “B”라 한다)에게 소유권이전등기되었고, 2013.12.22.자 주택건설사업계획승인과 관련하여 쟁점토지상에 신축된 공동주택이 2021.3.25. B에게 소유권보존등기되었으며, 쟁점토지 및 신축 공동주택은 2021.5.13. 신탁재산의 귀속을 원인으로 A에게 소유권이전등기되었다.

다. 청구인은 2021.7.2. 쟁점부동산의 양도일을 2021.5.13.로, 양도가액 (OOO원)을 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액으로 안분한 후 쟁점건물의 취득가액(환산취득가액)을 양도가액에서 공제하여 쟁점부동산에 대한 2021년 귀속 양도소득세를 신고⋅납부하였다.

라. 서울지방국세청장은 2023.10.16.부터 2023.11.2.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 신고한 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고와 관련하여, 양도일(2021.5.13.) 현재 쟁점건물이 철거(2018.2.28.)되어 쟁점토지만 양도된 것으로 보아 양도가액 OOO원을 토지의 양도가액으로 하고 쟁점건물의 취득가액은 필요경비 부인하여 양도소득세를 경정할 것을 처분청에 지시하였으며, 처분청은 이를 반영하여 2024.4.26. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정⋅고지하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 양도 전 철거된 건물의 취득가액에 대한 필요경비 산입은 토지와 건물의 취득목적, 지상건물의 철거목적, 토지의 이용목적에 따라 다양하며 다음 <표1>과 같은 해석사례를 볼 수 있는바, 그 중 토지와 건물을 함께 취득한 후 해당 취득건물을 일정기간 사용하다가 양도한 경우로서, 양도계약서에 토지와 건물을 구분하고 대가를 지급한 건물이 매수인의 요구에 따라 철거되었다면 이는 토지 및 건물을 양도한 것으로 보아 해당 건물의 취득가액을 필요경비로 인정하는 것이 타당하다고 해석하였다(조심 2011서2361, 2012.6.7. 등).

 <표1> 법원 등의 해석사례

 (2) 청구인이 쟁점토지를 취득하고 쟁점건물을 신축한 후 상당기간 사용하다가 매매계약조건에 따라 양도일 전에 쟁점건물을 멸실하여, 쟁점건물 가액이 당초부터 양도가액에 포함되었으므로 쟁점건물의 취득가액은 필요경비에 산입하여야 한다.

  (가) 쟁점부동산에 대한 매매가액 OOO원에는 멸실된 쟁점건물의 가액이 포함되어 있다.

   1) 매매계약서상 쟁점토지와 쟁점건물을 별도로 표기하여 양도하기로 하였고, 특약사항 7호에서 매매가액 OOO원에 건물을 포함한다고 명확하게 규정하면서, 특약사항 8호에서 원활한 사업진행을 위해 건물의 멸실 및 각종 인⋅허가에 협조하도록 규정한 점에서 매매가액 OOO원에는 멸실될 쟁점건물의 가액이 포함되어 있음을 알 수 있다.

   2) 매매계약서의 특약사항 1호에서 본 계약은 도시형생활주택 신축공사를 위한 것이라고 규정하면서, PF대출을 명시하고 있는데, 매수인인 A은 B를 통한 건물을 신축하기 위하여는 토지만 필요함에 따라 쟁점건물의 멸실 및 인⋅허가 변경 등이 필요한 경우 형식적 소유자인 청구인에게 협조를 구할 필요가 있으므로 이를 계약서에 명시한 것으로 보인다. 그러므로 청구인은 매매계약에 따른 원만한 사업진행을 위해 건물의 멸실에 협조한 후 B에 등기이전을 하였던 것이다.

  (나) 쟁점건물 철거에 대하여 매수인인 A이 철거비용(OOO원)을 지불하기로 한 각서를 제출하면서 2018년 2월 철거를 이행(부득이 청구인이 대신 멸실)한 사실이 있으므로 쟁점건물 철거는 매수인의 요청에 따른 것으로 보아야 한다.

 (3) 청구인의 설계용역비 지출, 명도비용 지출, 공사계획승인 요청 등을 보면 쟁점건물의 멸실이 예정되었다는 처분청 의견은 아래와 같이 타당하지 않다.

  (가) 처분청은 2017.8.3. ㈜C과 체결한 공사계약서 및 견적서상 철거 부분이 확인된다고 하면서 2018.1.4. 쟁점부동산 양도계약전에 이미 철거가 시작된 것이라는 의견이나, ㈜C과 체결한 공사계약서를 보면, 공사명은 현장토목 공사로서 옹벽, 하수로, 배수로, 휀스, 지방붕괴복구, 타설 및 철거 등의 공사로 쟁점토지 중 쟁점건물이 소재한 쟁점①토지를 제외한 나머지 토지에 대한 주변공사임이 명확하게 확인되고 있는 점, 청구인이 D(주)에 철거 의뢰하고 철거비용 OOO원을 2018.6.26. 지급(계좌이체)한 점, 철거일자를 ‘2018.2.1.∼ 2018.2.28.’로 하여 2018.1.29. 철거 신고한 점 등을 종합하면 쟁점건물 철거는 2017년 8월이 아닌 2018년 2월에 이루어졌음이 명백하다.

  (나) 2018년 2월에 철거공사, 2018년 6월에 공사대금지급, 2018년 8월에 A과 철거비용에 대한 각서 작성을 하게 된 것은, 매매계약에 없는 철거공사비용으로 인해 공사완료 후 매수자인 A에 비용지급을 요청하고 기다리던 중 대금 미지급기간이 많이 경과되어(4개월) 청구인이 공사업체인 다산에 철거공사대금을 선지급한 후, 2018년 8월 A으로부터 2천만원에 대한 지급각서를 받게된 것이며, 이후 2021년 7월 잔금수령 시 건물이 원만하게 완공되었고 수령할 철거비용이 매매대금 대비 큰 금액이 아니라서 A과의 합의에 따라 철거비용 수령을 포기하게 되었다.

  (다) 또한, 청구인이 건축허가를 받은 후 건물신축 사업을 진행시키지 못한다면 언제든지 허가신청을 취소⋅변경⋅포기 등을 할 수 있는 것이므로 주택건설사업에 따른 건축허가신청, 연접한 토지[쟁점건물의 부속토지가 아닌 인접한 대지 및 토지(田)]에 대한 토목공사 및 설계용역을 발주한 사실만으로 쟁점건물의 철거를 진행한 것으로 볼 수는 없는 것이다.

  (라) 한편, 쟁점부동산의 양도에 건물이 포함된 경우 매매계약서상 양도가액에 건물의 부가가치세에 대한 내용이 포함되어 있었어야 한다는 처분청 의견과 관련하여, 청구인은 2017년 3월 폐업하였으므로 세금계산서 발급 또는 매매계약서상에서 부가가치세에 대한 언급을 할 수 없는 상태였으며, 이 경우 폐업시 잔존재화에 대한 부가가치세 납부의무는 있을 수 있으나, 청구인은 당초 쟁점건물에 대한 매입세액 공제를 받지 않았고, 쟁점건물에 대한 임대사업개시 후 10년을 초과한 상태이므로 폐업시 잔존재화에 대한 부가가치세 납부의무도 없다 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 양도소득세 집행기준 97-163-41(철거되는 건물의 취득가액이 필요경비에 산입되지 않는 경우) 및 선결례 등에 의하면, 토지와 건물을 함께 취득하여 장기간 사용 후 건물을 철거하고 나대지 상태로 양도하는 경우, 건물의 취득가액과 철거비용 등은 토지의 취득가액에 산입하지 않는 것이고, 양도소득세 집행기준 97-163-42(건물을 매매계약조건에 따라 멸실한 경우로서 건물가액이 양도가액에 포함된 경우) 및 유사 판례 등에 의하면, 매매계약일 현재 건물은 존재하였으나 멸실하여 잔금청산일(양도일) 현재 건물이 존재하지 않는 경우, 건물의 취득가액을 필요경비로 산입할 수 있다 할 것이나, 이에 해당하려면 반드시 총매매가액에 건물가액이 포함된 사실이 명백하여 각 자산별(토지 및 건물)로 양도차익을 각각 계산할 수 있어야 한다.

 (2) 청구인의 경우 매매계약 체결 전에 2016.12.22. 신축건물 공사계획 승인, 2016년 11월 설계비 지급, 2017년 8월 쟁점토지 및 건물의 공사비 지출, 2017년 2월 임차인에게 명도비용 지급, 2017년 3월 쟁점건물에 대한 임대사업 폐업 등으로 볼 때 매수인의 요청이 아니더라도 쟁점건물을 철거하여 주택을 신축할 것이 예정되어 있었으므로 매수인과의 매매계약 조건에 의해 쟁점건물을 철거한 것으로 보이지 않고, 시간 경과에 따라 철거가 명백한 상황에서 건물의 가액 및 토지의 가액 등에 대한 언급 없이 매매계약서에 ‘건물을 포함한다’는 문구만으로 매매금액에 건물의 가액이 명백히 포함되었다고 보기는 어렵다 할 것이다. 또한, 이 건 매매계약서에 쟁점건물 양도분 부가가치세 내역 및 세금계산서 발행이 없고, 양도가액 OOO원에 건물분 부가가치세가 포함된 것으로 안분하여 신고하지 않았으므로 쟁점토지 양도에 쟁점건물을 포함한 것으로 보기 어렵다.

 (3) 청구인은 2017.8.3. ㈜C과 체결한 공사계약서의 대상이 쟁점건물 소재 쟁점①토지를 제외한 쟁점②⋅③토지만이라고 주장하나, 계약서 앞 페이지에 쟁점①토지가 제외되어 있지만 견적서 및 구체적인 공사내역서에는 쟁점토지 전부가 대상이고, 청구주장처럼 연접한 쟁점②⋅③토지만을 공사대상으로 하였다면 견적서에 철거공사는 없었을 것이며, 청구인은 해당 공사비용 OOO원을 쟁점①⋅②⋅③토지 모두에 안분하여 필요경비로 공제하였으므로 해당 공사가 쟁점건물 소재지인 쟁점①토지와 무관하지 않음을 알 수 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점건물 및 쟁점토지에 대하여 매매계약하였으나, 양도일 전 쟁점건물이 멸실된 경우, 양도가액에 쟁점건물 가액이 포함된 것으로 보아 쟁점건물 취득가액을 필요경비에 산입하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

 소득세법

 제94조 (양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

  가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

  나. 지상권

  다. 전세권과 등기된 부동산임차권

 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 따른다.

 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

 1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」 제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

  가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

  나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

 2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

 3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에서 확인된 내용은 다음과 같다.

  (가) 청구인은 1996.8.28. 쟁점①토지를 취득하여 1998.8.11. 그 지상에 쟁점건물(연면적 328.72㎡, 주용도 근린생활시설)을 신축하고, 2008.6.9. 및 2014.5.22. 쟁점②토지 및 쟁점③토지를 각 상속 및 매매로 취득하였다.

  (나) 청구인은 2016.11.23. ㈜E종합건축사사무소와 쟁점토지상의 ‘도시형생활주택 및 오피스텔 신축 공사’ 관련 재설계 및 감리계약 등을 체결하고, 2016.12.22. 쟁점토지 상에 공동주택(도시형생활주택, 임대)을 건설하는 내용의 주택건설사업계획을 승인(사업주체 : 청구인 및 A)받았으며, 2017.8.3. ㈜C과 현장명을 ‘쟁점②⋅③토지’로, 공사명을 ‘현장토목(옹벽, 하수로, 배수로, 휀스, 지반붕괴복구, 타설 및 철거 등)’으로 하는 내용의 공사계약을 체결하였다..

  (다) 청구인(매도인)은 2018.1.4. A과 쟁점부동산(쟁점토지 및 쟁점건물)에 대한 매매계약을 아래 <표2>와 같이 체결하였다.

 <표2> 매매계약서상 주요내용

  (라) 청구인은 쟁점건물 임차인(OOO 영등점 대표 F)과 ‘상가 명도 합의서’를 작성하고 2017.2.20. 합의금 OOO원을 지급(이체)한 후 철거공사를 진행하였으며, 쟁점건물은 2018.2.28. 철거말소(건축물대장)되었다.

  (마) 청구인과 A은 2018.12.28. 쟁점토지상에 건축공사 착공을 하고, 2019.2.13. 쟁점토지에 대하여 2018.1.31.자 신탁계약에 따라 B에게 소유권이전등기하였으며, B는 2021.3.3. 쟁점토지상에 공동주택을 신축(사용승인)하였다.

  (바) A은 2021.5.13. 신탁재산의 귀속을 원인으로 A 명의로 쟁점토지 및 신축건물에 대한 소유권이전등기를 경료하였다.

  (사) 청구인은 2021.7.2. 쟁점토지 및 쟁점건물을 양도자산으로, 양도일을 2021.5.13.로, 양도가액(OOO원)을 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액으로 안분한 후 쟁점건물의 취득가액(환산취득가액)을 필요경비로 공제하여 아래 <표3>과 같이 2021년 귀속 양도소득세를 신고⋅납부하였다.

 <표3> 청구인의 이 건 양도소득세 신고내역

  (아) 처분청은매매가액 OOO원을 쟁점토지의 양도가액으로 보고 쟁점건물의 취득가액을 필요경비 부인하여 아래 <표4>와 같이 이 건 양도소득세를 과세하였다.

 <표4> 처분청의 이 건 양도소득세 경정내역

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 토지와 건물을 취득하여 장기간 사용 후 건물을 철거하고 나대지 상태로 양도하는 경우에는 일반적으로 토지만을 양도하는 것이므로 건물의 취득가액을 필요경비로 산입할 수 없다 할 것이나, 장기간 사용한 토지와 건물을 양도하는 매매계약(건물가액이 양도가액에 포함)을 체결하면서 매수인의 사정으로 양도(잔금지급일) 전 건물을 멸실하는 내용의 매매계약조건을 정하고, 그에 따라 건물을 멸실하여 토지만을 양도하는 경우에는 건물의 취득가액을 필요경비로 산입할 수 있다 할 것이다.

    이 건의 경우, 청구인이 쟁점건물 및 쟁점토지를 취득하여 장기간 사용하다가 2018.2.28. 쟁점건물을 철거함에 따라 이 건 양도일(2021.5.13.) 현재 나대지 상태의 쟁점토지만 남아 있었던 점, 청구인이 쟁점부동산에 대한 매매계약 체결(2018.1.4.) 전에 쟁점토지상에 공동주택을 건설하기 위한 설계 및 감리계약(2016.11.23.), 주택건설사업계획승인(2016.12.22.), 토목공사(2017.8.3.) 등을 진행하였으며, 쟁점건물 철거를 위하여 쟁점건물 임차인과 명도합의(2017.2.20.)를 한 것으로 보아 쟁점건물의 철거는 매수인의 사정으로 인한 매매계약조건에 따른 것이라기 보다는 청구인의 계획하에 이루어진 것으로 보이는 점등에 비추어 이 건 양도는 쟁점토지만을 양도한 것으로 보이므로 ‘매매계약 후 매수인의 필요에 따라 쟁점건물을 멸실한 것이어서 쟁점건물의 취득가액을 필요경비에 산입하여야 한다’는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.