[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2017.6.23. 〇〇특별시 〇〇구 OOO(이하 “쟁점양도주택”이라 한다) 및 배우자와 함께 임대주택 4건을 보유하고 있던 중 배우자와 함께 〇〇특별시 〇〇구 OOO(이하 “대체주택”이라 한다)를 취득하였고, 이후 청구인은 2020.11.5. 쟁점양도주택을 OOO원에 양도하였다.

나. 청구인은 고가주택인 쟁점양도주택의 양도가액 중 9억원까지에 해당하는 양도차익에 대해「소득세법 시행령」 제155조 제1항 및 같은 조 제20항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하고, 9억원 초과분에 해당하는 양도차익에 대하여 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상을 보유한 경우로 보아 중과세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

다. 청구인은 2024.5.7. 쟁점양도주택의 양도소득에 대해 장기보유특별공제를 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.7.9. 이를 거부하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 「소득세법」 제95조 제3항의 적용대상은 「소득세법」 제104조 제7항 각호에 해당하는 자산에 해당되는 경우에도 장기보유특별공제를 배제한다는 규정이 없으므로 쟁점양도주택에 대해서 중과세율을 적용한다 하더라도 장기보유특별공제는 적용해야 한다.

  (가) 「소득세법」제95조 제2항의 특징

「소득세법」 제95조 제2항은 “제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.”고 규정하고 있는바, 장기보유특별공제에 관한 내용만을 규정하고 있고, 제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외하는 방식으로 규정하고 있어, 제외 대상 자산에 해당할 경우 장기보유특별공제 계산 산식 자체를 적용하지 않는다.

 즉,「소득세법」 제95조 제2항은 장기보유특별공제 적용 대상 자산만 산식에 의하여 장기보유특별공제액을 계산하고 장기보유특별공제 배제 대상이면 계산도 하지 않고 적용배제하는 것이므로, 장기보유특별공제 배제대상으로 열거된 미등기양도자산과 「소득세법」 제104조 제7항 각호에 해당하는 양도소득세 중과대상 자산은 산식을 적용하지 않고 장기보유특별공제가 배제되는 것이다.

 또한 「소득세법」 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제 배제대상은 「소득세법」 제95조 제1항에 의하여 양도가액에서 필요경비를 차감하는 방법으로 산정한 양도차익에 같은 항 표1 및 표2에 의한 공제율을 적용하는 방식으로 계산하는 대상을 말하는 것이다.

 따라서 「소득세법」 제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산에 대해 장기보유특별공제를 배제한다는 것은 자산의 양도차익에 같은 항 표1 및 표2에 의한 공제율을 적용하는 방식으로 계산되는 금액을 장기보유특별공제액으로 적용받을 수 없다는 것이고 자산의 양도차익은 「소득세법」 제95조 제1항에 따라 “양도가액-필요경비”로 산출하는 대상을 전제로 하고 있다.

  (나) 「소득세법」 제95조 제3항의 특징

「소득세법」 제95조 제3항은 양도차익과 장기보유특별공제를 함께 규정하고 있고, 위 규정의 적용 대상은 적용대상은 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)으로, 「소득세법 시행령」제154조 제1항의 보유 및 거주요건을 충족하였으나 양도가액이 9억을 초과하는 주택을 말한다.

 이때 고가주택 자산의 양도차익 계산 방법(「소득세법 시행령」 제160조 제1항 제1호) 및 장기보유특별공제 계산 방법(「소득세법 시행령」 제160조 제1항 제2호)은 「소득세법 시행령」에 위임되어 있다.

  (다) 「소득세법」 제95조 제2항과 제3항의 비교

   1) 위에서 살펴본 바와 같이 「소득세법」 제95조 제2항은 장기보유특별공제에 관한 것만을 규정하고 있으나 「소득세법」 제95조 제3항은 장기보유특별공제액 계산 뿐만 아니라 양도차익 계산도 함께 규정하고 있기 때문에 문제가 발생한다.

「소득세법」 제95조 제2항은 장기보유특별공제 배제하기 위해 장기보유특별공제 대상자산에서 제외하는 방식을 취하고 있는데, 동일한 방식으로 「소득세법」 제95조 제3항의 적용 대상 자산에서 제외하는 것으로 본다면, 장기보유특별공제 배제대상이 되면 장기보유특별공제액 자체를 계산하지 않고 배제하는 것이므로 「소득세법 시행령」에 위임된 계산산식의 적용대상이 될 수 없다.

 결과적으로 해당 자산에 대해서는 장기보유특별공제를 배제할 수 있지만 양도차익 계산도 대통령령에 위임된 계산방식으로 계산하지 못하는 문제가 발생한다.

 위와 같이 「소득세법 시행령」의 산식 적용대상 자체가 아니게 되므로, 산식의 내용에 의하여 장기보유특별공제를 배제한다는 논리도 성립될 수 없다. 산식의 적용은 장기보유특별공제 대상만이 적용할 수 있기 때문이다.

   2) 「소득세법」 제95조 제2항의 자산의 양도차익 계산 방식은 「소득세법」 제95조 제3항의 자산의 양도차익 계산 방식과 다르고 장기보유특별공제 계산 방식도 다르다.

「소득세법」 제95조 제2항의 자산의 양도차익은 「소득세법」 제95조 제1항에 의하여 “양도가액 –필요경비”로 산출하는 대상을 전제로 하고 있으나 「소득세법」 제95조 제3항에서는 「소득세법」 제95조 제1항에 의한 자산의 양도차익 계산 방식을 따르지 않고 「소득세법 시행령」에 위임하고 있다. 또한 장기보유특별공제 계산 방식도 「소득세법」 제95조 제2항이 아닌 「소득세법 시행령」에 위임된 별도 계산 방식에 의하도록 하고 있다.

「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제 배제는 자산의 양도차익을 「소득세법」 제95조 제1항에 의하여 “양도가액 –필요경비”로 산출하는 대상을 전제로 하고 있고 장기보유특별공제 계산도 위 양도차익에 「소득세법」 제95조 제2항의 표1 및 표2에 의하여 계산하는 대상을 전제로 하고 있으므로 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제를 위와 다르게 위임된 「소득세법 시행령」에 의하여 계산하는 대상에까지 확대 적용할 수 없다.

 (2) 양도소득세 중과 규정과 장기보유특별공제 규정은 별도 규정이므로 양도소득세 중과 대상이라 하더라도 장기보유특별공제를 배제하는 규정을 별도로 두고 있지 않다면 장기보유특별공제 적용이 가능하다.

 쟁점양도주택은 「소득세법 시행령」 제167조의3에 의하여 1세대 3주택 중과 대상인 것은 맞으나, 1세대 3주택 중과 대상이면 반드시 「소득세법」 제95조의 장기보유특별공제 적용대상이 될 수 없다고는 할 수 없다.

 양도세 중과 규정과 장기보유특별공제 규정은 별도 규정이므로 장기보유특별공제 관련 규정에서 장기보유특별공제를 배제하는 대상으로 열거하고 있어야 장기보유특별공제의 적용배제가 가능하다. 만약 쟁점양도주택에 대해 장기보유특별공제 배제 규정을 두고 있지 않다면 양도세 중과 대상이라도 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다.

 이러한 사례는 비사업용 토지 사례를 통해 확인할 수 있다.

 비사업용 토지의 경우 개정 전에는 「소득세법」 제95조 제2항에서 비사용토지에 대한 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 명시적으로 있었기 때문에 중과세율이 적용되고 장기보유특별공제도 적용받지 못했었다.

 하지만 현행 세법에서는 비사업용 토지의 경우 「소득세법」 제95조 제2항에서 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 삭제되어 「소득세법」 제104조 제1항 제8호에 해당하는 비사업용토지의 경우라도 중과세율이 적용되지만, 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다.

 따라서 아래에서는 쟁점양도주택과 같은 경우에 대해 장기보유특별공제를 배제하는 규정을 두고 있는지를 살펴보고자 한다.

 (3) 「소득세법」 제95조 제3항은 장기보유특별공제를 배제하는 별도 규정을 두고 있지 않다. 따라서 쟁점양도주택은 중과세율 적용 대상이라 하더라도 장기보유특별공제 적용은 가능하다.

  (가)「소득세법」 제95조 제3항은 「소득세법」 제95조 제1항과 제2항의 특별규정이고 적용대상자산이 서로 겹치지 않는 별개의 조항이다.

「소득세법」 제95조 제1항은 “양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다”고 규정하고 있고, 「소득세법」 제95조 제2항에서는 「소득세법」 제95조 제1항을 적용할 때 장기보유특별공제액을 계산하는 대상과 그 계산 방식을 규정하고 있다.

 그러나 「소득세법」 제95조 제3항에서는 제1항과 다르게 양도차익 및 장기보유특별공제액을 계산하는 대상을 함께 설정하고 그 계산 방식을 대통령령에 위임하고 있다.

 먼저 「소득세법」 제95조 제1항과 제2항 및 제3항의 관계를 살펴보고자 한다.

 첫째, 「소득세법」 제95조 제3항은 같은 법 제1항 및 제2항의 특별규정이다

「소득세법」 제95조 제1항은 양도소득, 양도차익, 장기보유특별공제액을 규정하고 있고 제2항은 제1항을 적용할 때 장기보유특별공제액 대상 및 계산방식을 규정하고 있다.

 그러나 「소득세법」 제95조 제3항은 제95조 제1항에도 불구하고 양도차익 및 장기보유특별공제액을 산출하도록 규정하고 있어 제1항의 특별규정에 해당되고 제2항은 제1항을 적용할때 장기보유특별공제액 적용대상 및 계산방식을 규정하고 있으므로 제3항은 제2항의 특별규정에도 해당된다.

 둘째, 「소득세법」 제95조 제3항과 「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항을 동시에 적용받을 수 있는 자산은 없다.

 특별규정인 「소득세법」 제95조 제3항이 적용되는 자산은 양도차익 및 장기보유특별공제액 계산시 「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항이 아닌 제3항에 의하여 계산하는 것이고 그 계산은 대통령령에 위임되어 규정된 계산 산식에 의하여 계산한다.

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 따라서, 「소득세법」 제95조 제3항이 적용되는 자산인지 여부가 먼저 선택되고 「소득세법」 제95조 제3항의 적용 대상이 아니어야 「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항의 적용 여부를 검토하게 되므로 「소득세법」 제95조 제3항이 적용되는 자산이면서 동시에 「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항의 적용자산이 되는 경우는 없다. 따라서 「소득세법」 제95조 제3항이 적용되는 자산과 「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항이 적용되는 자산은 겹치지 않는 별개의 자산이다.

  (나)「소득세법」 제95조 제3항에서 장기보유특별공제를 배제하는 대상을 선정하는 방법은 본문의 적용 대상 자산에서 제외하는 방법, 「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제 배제 대상을 차용하는 방법, 대통령령에 위임하여 선정하는 방법이 있으나 「소득세법」 제95조 제3항은 장기보유특별공제 배제 대상을 선정하는 별도의 어느 방법도 마련되어 있지 않다.

   1) 「소득세법」 제95조 제3항의 본문 적용대상 자산에서 제외하는 규정이 없고 본문의 적용 자산에서 제외하면 비과세 요건을 갖춘 고가주택에 대한 양도차익 계산 산식의 적용 대상에서도 제외되는 문제가 발생한다.

 만약 「소득세법」 제104조 제7항 각호의 자산을 「소득세법」 제95조 제3항의 장기보유특별공제 대상에서 배제하려면 「소득세법」 제95조 제3항의 적용을 제외하는 규정을 두었어야 한다.

 그런데, 「소득세법」 제95조 제3항 본문이 적용되는 자산은 “제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산”이고 조합원입주권은 부동산을 취득할 수 있는 권리로서 양도소득세가 중과되지 않으므로 “제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다, 「소득세법」 제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)”와 같이 제한하면 된다.

 하지만 이렇게 제한하면 문제가 발생한다. 「소득세법」 제95조 제3항은 양도차익 및 장기보유특별공제액의 계산 방식을 함께 대통령령으로 위임하고 있으므로 장기보유특별공제 계산 산식인 「소득세법 시행령」 제160조 제1항 제2호가 적용 배제될 뿐만 아니라 양도차익 계산 산식인 「소득세법 시행령」 제160조 제1항 1호의 산식도 적용이 배제되는 문제가 발생하기 때문이다.

「소득세법」 제104조 제7항 각호에 해당하는 중과 대상에 대해 양도차익 계산 산식 또한 적용이 배제되는 문제를 해결하려면 「소득세법」 제95조 제3항의 본문이 적용되는 자산 중 장기보유특별공제만 적용 배제하는 규정을 두어야 하나 현행 「소득세법」 제95조 제3항은 이러한 규정이 없다.

   2)「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제 배제 대상 규정을 차용하고 있지도 않다.

「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항이 적용되는 자산과 「소득세법」 제95조 제3항이 적용되는 자산은 겹치지 않는 완전히 별개의 자산이다. 따라서 「소득세법」 제95조 제1항 및 제2항은 별도의 차용 규정이 없는한 별개의 자산인 「소득세법」 제95조 제3항이 적용되는 자산에는 적용되지 않는다.

 이러한 측면에서 「소득세법」 제95조 제2항을 살펴보면, 「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제 적용배제 대상은 미등기양도자산과 「소득세법」 제104조 제7항 각호의 자산이다.

「소득세법」 제95조 제3항의 본문에서는 적용 자산에 대하여 “제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의” 라고만 표현하여 “제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다”는 「소득세법」 제95조 제2항의 규정을 차용하는 규정을 두고있지 않다.

   3) 대통령령에 위임하여 장기보유특별공제 배제 대상을 선정하는 방법도 없다.

 「소득세법」제95조 제3항은 시행령에 양도차익 및 장기보유특별공제액의 계산 방식을 위임했을 뿐 장기보유특별공제 규정이 적용되는 대상이 어떤 자산인지에 대해서는 위임하고 있지 않다.

 그에 반해 「소득세법」 제95조 제2항에서는 장기보유특별공제대상만 계산산식에 의하여 공제액을 계산하고 장기보유특별공제 배제 대상이면 계산도 하지 않고 적용 배제한다.

 만약 「소득세법」 제95조 제3항에 동일한 방식을 적용한다면 「소득세법」 제95조 제3항의 장기보유특별공제 배제대상이면 계산도 하지 않고 장기보유특별공제 적용을 배제하므로 「소득세법 시행령」 제160조 제1항 제2호의 장기보유특별공제 계산 산식 자체가 필요하지 않아 대통령령의 위임 대상에 해당되지 않는다.

 위에서 보는 바와 같이 「소득세법」 제95조 제3항 본문에서 장기보유특별공제 배제대상을 선정하고 있지 않고 장기보유특별공제를 적용배제하는 대상 규정을 제1항 또는 제2항에서 차용하는 규정도 없는바, 제3항의 적용을 배제하기 위해서는 장기보유특별공제 배제대상을 규정하기 위한 위임규정이 있어야 함에도 불구하고, 장기보유특별공제의 적용을 배제하기 위한 위임규정이 없다는 것은 「소득세법」 제95조 제3항의 적용자산에 대해서는 장기보유특별공제를 배제할 의도가 없었거나 입법미비에 해당한다고 보아야 한다.

 이와 관련하여, 2021.2.17. 개정된 「소득세법 시행령」은 「소득세법 시행령」 155조 및 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택으로서 「소득세법 시행령」 제154조 제1항을 충족한 경우 양도세 중과세율도 적용되지 않도록 개정 보완하였다,

 개정 보완의 방식은 「소득세법 시행령」 제167의 3 제1항 제13호와 「소득세법 시행령」 제167조의 10 제1항 제15호에서 “ 제155조 또는 「조세특례제한법」에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택”을 1세대 3주택 및 1세대 2주택 양도세 중과세율 적용대상에서 제외하도록 열거하는 방식이다.

 정부도 쟁점양도주택과 같은 상황에 있는 주택에 대해 양도세를 중과하는 것이 당초 중과세 취지와 맞지 않다고 보고 입법적으로 보완한 것이다.

 당초부터 1세대 2주택 중과 또는 1세대 3주택이상 양도세 중과에서 제외하려면 「소득세법 시행령」 제167조의3 또는 「소득세법 시행령」 제167조의10에서 중과에서 제외하는 주택으로 열거하였어야 하나 이를 입법적 미비에 의하여 열거하지 못했던 것이다.

 반대로 「소득세법」 제95조 제3항의 적용 자산에 대해 장기보유특별공제의 배제를 하고 싶었다면 「소득세법」 제95조 제3항에 명백히 장기보유특별공제 배제 대상으로 열거하였어야 한다. 배제 규정이 없는 현행 세법은 입법적 미비에 해당한다.

 장기보유특별공제 배제는 납세자의 권리를 제한하는 규정이므로 법률에 명백히 규정되어야 하고 장기보유특별공제의 적용을 배제하는 명문의 규정이 없다면 「소득세법」 제95조 제3항이 적용되는 자산에 대해서는 장기보유특별공제를 적용하여야 한다.

 (4) 「소득세법」 제95조 제3항에 미등기 양도자산에 대한 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 없어도 장기보유특별공제 배제는 가능하다.

 미등기양도자산은 「소득세법」 제91조 제1항에서 “ 제104조 제3항에서 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 이 법 또는 이 법 외의 법률 중 양도소득에 대한 소득세의 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있어 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산이 될 수 없으므로 「소득세법」 제95조 제3항에 의한 양도차익 및 장기보유특별공제 계산 대상이 아니다.

 따라서 미등기 양도자산은 「소득세법」 제95조 제3항에 미등기양도자산을 제외한다는 규정이 없어도 「소득세법」 제95조 제2항에 의하여 장기보유특별공제가 배제되고 제1항에 의하여 양도차익을 계산한다.

 (5) 「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제 배제 대상은 양도차익을 “자산의 양도차익= 양도가액 –필요경비”로 산출하는 대상을 전제로 하고 있고 「소득세법」 제95조 제3항의 적용 대상인 쟁점양도주택처럼 고가주택에 대해서는 처음부터 장기보유특별공제를 배제할 의도가 없었다.

「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제액은 양도차익에 같은 항 표1 및 표2에 의한 공제율을 적용하는 방식으로 계산한다. 여기서 자산의 양도차익은 「소득세법」 제95조 제1항에 의하여 양도가액에서 필요경비를 차감한 것을 말한다.

 따라서 「소득세법」 제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산에 대해 장기보유특별공제를 배제한다는 것은 자산의 양도차익에 같은 항 표1 및 표2에 의한 공제율을 적용하는 방식으로 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 적용받을 수 없다는 것이고 자산의 양도차익은 “양도가액 –필요경비”로 산출하는 대상을 전제로 하고 있다.

 하지만 「소득세법」 제95조 제3항은 “고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 = 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액*”에 의해 계산하고 “과세대상 양도차익=자산의 양도차익*”에 의하여 계산하므로 「소득세법」 제95조 제2항이 전제하고 있는 장기보유특별공제 배제 대상이 될 수 없다. 이러한 대상에도 장기보유특별공제를 배제하고 싶었다면 반드시 장기보유특별공제 배제 대상을 선정하는 규정을 두었어야 하나, 위에서 언급한 바와 같이 현행 「소득세법」 제95조 제3항에서는 그런 배제규정을 두고있지 않으므로, 입법미비이거나 처음부터 장기보유특별공제를 배제할 의도가 없었던 것으로 보인다.

(6) 결론적으로, 「소득세법 시행령」 제167조의3에 의한 1세대 3주택 양도세 중과 대상인 쟁점양도주택의 경우 「소득세법」 제95조 제3항이 적용되는 자산에 해당 되고, 「소득세법」 제95조 제3항에서 장기보유특별공제 배제 대상을 규정하고 있지 않으므로 쟁점양도주택 또한 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다고 본다.

 이 경우 「소득세법 시행령」 제160조 제1항 제1호에 의하여 양도차익을 계산하고 「소득세법 시행령」 제160조 제1항 제2호에 의하여 장기보유특별공제액을 계산하면 된다.

 그 이외의 자산은 「소득세법」 제95조 제1항에 의하여 양도차익을 계산하고 「소득세법」 제95조 제2항의 적용 대상이면 장기보유특별공제액을 계산하고 적용 대상이 아니면 장기보유특별공제액도 계산하지 않고 적용 배제하면 되는 것이다.

나. 처분청 의견

 청구인은 쟁점양도주택과 같은 경우 「소득세법」 제95조 제3항에 해당하는 자산으로서 제3항에는 장기보유특별공제 제외되는 자산이 열거되어 있지 아니하므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장한다.

 그러나 「소득세법」 제95조 제1항에서 ‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고 같은 조 제2항에서 ‘장기보유특별공제액이란 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하면서 장기보유특별공제를 적용할 수 있는 대상자산에서 「소득세법」 제104조 제7항 각호에 따른 자산(조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 주택)을 제외하도록 명확히 규정하고 있다.

「소득세법」 제95조 제3항에서 ‘제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는바, 「소득세법」 제95조 제3항은 양도자산이 제95조 제1항 및 제2항에 따른 장기보유특별공제 대상이지만 고가주택에 해당되는 경우에 제2항의 산출식에도 불구하고 별도의 계산식에 따르도록 하겠다는 규정일 뿐, 제95조 제1항 및 제2항과 별개의 자산을 규정한 것이라고 보기 어려우므로, 이 사건 주택(9억원 초과분)이 ‘조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택’에 해당되어 「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제 적용 대상에서 제외된 이상 제95조 제3항을 적용할 여지가 없으며, 법문언에 따라 장기보유특별공제가 배제되는 것이 당연하다.

 (2) 법령의 개정 연혁을 보더라도 장기보유특별공제가 적용될 수 없다.

  가) 「소득세법」 제95조 제2항의 개정 연혁

 양도소득을 계산함에 있어 장기보유특별공제를 규정한 「소득세법」 제95조 제2항은 부동산 경기에 따라 양도소득세가 강화 또는 완화로 개정되면서 장기보유특별공제 배제 대상도 개정을 거쳐 왔다. 그 개정 연혁을 살펴보면 아래와 같다.

 2009.1.1. 시행된 법률 제9270호에서는 장기보유특별공제를 적용하지 않는 자산을 “제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산”이라고 규정하였는데, 요약하면 중과세대상 자산인 1세대 3주택 이상, 1세대 2주택, 비사업용 토지, 미등기 양도 자산에 대하여는 장기보유특별공제를 배제하겠다는 것이다.

 2012.1.1. 시행된 법률 제11146호에서는 장기보유특별공제를 적용하지 않는 자산을 “제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지”라고 규정하였는데 “세율을 적용받는 자산”이라는 문구가 삭제되고 장기보유특별공제 배제 대상 자산에서 주택을 삭제하여 다주택자에 대해서도 장기보유특별공제 적용이 가능하게 되었다. 즉, 장기보유특별공제 적용 배제 대상 자산을 구체적으로 미등기 양도자산 및 비사업용 토지로 열거한 것이다.

 2016.1.1. 시행된 법률 제13558호에서는 장기보유특별공제를 적용하지 않는 자산을 “제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산”이라고만 규정하였는데, 기존에 열거되어 있던 장기보유특별공제 배제대상 자산 중 미등기 양도자산에 대해서만 장기보유특별공제 배제를 유지하고, 비사업용 토지는 장기보유특별공제를 적용 해주는 것으로 개정하였다.

 2018.4.1. 시행된 법률 제15225호에서는 장기보유특별공제를 적용하지 않는 자산을 “제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산과 같은 조 제7항 각호에 따른 자산”이라고 규정하고 있는바, 다주택자에 대한 중과세 시에 장기보유특별공제의 적용이 배제되도록 하였다.

 나) 2008.12.26. 신설된 「소득세법」 부칙 제14조의 개정 연혁

 양도소득세율에 대한 특례를 규정한 「소득세법」 부칙 제14조는 2008.12.26. 신설된 후 3차례의 개정을 거쳐 현재에 이르고 있는데, 그 개정 연혁을 살펴보면 아래와 같다.

「소득세법」 부칙 제14조는 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설될 당시 주택의 양도에 대한 특례세율(45% 또는 일반세율) 및 장기보유특별공제를 배제하기 위한 규정으로 마련되었다.

 2009.5.21. 개정된 법률 제9672호는 부칙 제14조의 전문을 개정하였는데, 특례가 적용되는 자산의 취득시기를 명확히 하고, “주택”을 “자산”으로 범위를 확대하였으며, 모든 자산에 대하여 일반세율이 적용되는 것으로 개정하였다.

 2010.12.27. 개정된 법률 제10408호는 부동산 경기의 회복세가 보이지 않자, 특례 적용이 가능한 취득시기만을 기존 2010.12.31.에서 2012.12.31.까지로 2년 연장하였다.

 2012.1.1. 개정된 법률 제11146호에서는 세율을 규정한 제1항은 그대로 두고, 장기보유특별공제를 규정한 제2항은 삭제하였다. 따라서 2012.1.1. 개정 이후에는 부칙 제14조에 더 이상 장기보유특별공제와 관련된 규정이 존재하지 않게 되었다.

 다) 위 두 조항의 개정 연혁을 종합하여 보면, 장기보유특별공제의 적용이 배제되는 것이 지극히 타당하다.

 정부는 2009년경 부동산 시장 여건 등을 감안하여 2009.3.16.부터 2010.12.31.까지 주택의 양도분에 대하여 중과세를 유예하였고, 이와 동시에 수요를 진작시키기 위해 같은 기간 동안의 취득분에 대하여는 기본세율을 적용하는 「소득세법」 부칙 제14조를 신설하였다.

 당초 부칙 제14조의 취지는 특례기간 동안 취득한 주택을 추후 양도할 경우 일반세율을 적용 해주되, 같은 조 제2항에서는 장기보유특별공제의 적용은 배제되도록 하여 부칙 제14조와 관계없이 일반세율을 적용받는 주택과는 차등을 두었다.

 2012.1.1. 주택시장 활성화를 위한 양도소득세 완화 조치로 「소득세법」 제95조 제2항을 개정하여 중과세 대상 주택에도 장기보유특별공제를 전면적으로 허용하였으므로 그 개정 취지에 맞춰 부칙 제14조 제2항도 삭제되었다.

 2017년 이후 주택 시장이 과열되면서 각종 부동산 대책이 발표되었고, 이에 따라 양도소득세도 강화되었는데, 그 일환으로 「소득세법」 제104조 제7항이 신설되어 다주택자가 조정대상지역 내 주택을 양도할 경우 10% 또는 20%가 가산되는 중과세가 2018.4.1.부터 시행되었고, 위 제104조 제7항에 따라 중과세되는 주택은 장기보유특별공제가 배제되도록 「소득세법」 제95조를 개정하였다.

 따라서 「소득세법」 제104조 제7항에 따라 중과세되는 주택은 부칙 제14조 제1항에 따라 일반세율을 적용할 수는 있을지라도 당초 부칙 제14조의 신설 취지에 맞게 장기보유특별공제는 배제되어야 마땅하다.

 게다가 「소득세법」제95조 제2항이 2012.1.1. 개정되면서 장기보유특별공제의 배제와 관련하여 “세율을 적용받는 자산”이라는 문구가 삭제되고, 이후에는 장기보유특별공제 배제대상 자산을 구체적으로 열거하여 명시하고 있다.

 이와 관련하여 대법원은 “조세법률주의에 의하여 조세법규를 해석할 때는 법문대로 해야 할 것이고 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것이라 판시하고 있는바(대법원 2003.1.24. 선고 2002두9537 판결 등), 특례규정으로서 세율만을 규정하고 있는 부칙 제14조는 문언 그대로 세율에만 적용될 뿐이며, 장기보유특별공제와 관련해서는 「소득세법」 제95조 제2항이 적용되어야 한다.

 따라서 부칙 제14조에 따라 일반세율이 적용되는 주택을 제104조 제7항(다주택자 중과세)에 따른 자산이 아닌 것으로 보아, 장기보유특별공제까지 적용 해주어야 한다는 청구인의 주장은 그 근거를 찾을 수 없는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  조정대상지역 내 1세대 3주택(쟁점양도주택, 대체주택 및 임대주택)을 보유한 상태에서 쟁점양도주택을 양도한 경우, 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

  (1) 소득세법(2023.12.31. 법률 제19933호로 일부개정되기 전의 것)

  제95조(양도소득금액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 (2) 「소득세법 시행령」(2022.2.15. 대통령령 제32420호로 일부개정되기 전의 것)

  제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택(하나의 건물이 주택과 주택 외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 딸린 토지에 주택 외의 건물이 있는 경우에는 주택 외의 부분은 주택으로 보지 않는다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다.

  (가) 쟁점양도주택의 등기사항증명서에 의하면, 청구인은 2017.6.23. 쟁점양도주택을 OOO원에 취득하여, 2020.11.5. OOO원에 양도한 것으로 나타나는바, 양도가액이 9억원을 초과하여 고가주택에 해당한다.

  (나) 쟁점양도주택 양도 당시(2020.11.5.) 청구인 및 배우자의 주택 보유 현황은 아래 <표> 기재와 같다.

<표> 2020.11.5. 현재 청구인과 배우자의 주택보유 현황

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률을 종합하여 살피건대, 청구인은 양도차익에 대한 장기보유특별공제 적용과 관련하여, 「소득세법」제95조 제3항이 같은 조 제1항 및 제2항의 특별규정에 해당하므로 고가주택에 해당하는 쟁점양도주택의 양도에 대하여는 「소득세법」제95조 제3항에 따른 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 「소득세법」제95조 제1항에서 ‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 ‘장기보유특별공제액이란 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하면서 장기보유특별공제를 적용할 수 있는 대상자산에서 제104조 제7항 각호에 따른 자산(조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 주택)을 제외하도록 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서 ‘제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는바, 「소득세법」제95조 제3항은 양도자산이 제95조 제1항 및 제2항에 따른 장기보유특별공제대상이지만 고가주택에 해당되는 경우에 제2항의 산출식에도 불구하고 별도의 계산식에 따르도록 하겠다는 규정이지 제95조 제1항 및 제2항에 우선하여 적용하는 특별규정에 해당한다고 보기 어려우므로, 쟁점양도주택(9억원 초과분)이 ‘조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택’에 해당되어 「소득세법」제95조 제2항의 장기보유특별공제 적용 대상에서 제외된 이상 제95조 제3항을 적용할 여지가 없다 할 것이다(조심 2022서5663, 2022.10.12. 같은 뜻임).

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.