[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 1999.9.16. 〇〇시 〇〇구 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 매매를 원인으로 취득하여 2018.6.11. OOO원에 양도한 후, 2018.7.25. 쟁점주택의 양도가 1세대1주택 비과세 요건을 갖춘 것으로 보아 양도가액 9억원 초과분에 해당하는 양도 차익에 대하여 일반세율 및 장기보유특별공제를 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2020.2.21. 아래 <표1>과 같은 주택 보유 현황을 이유로 쟁점주택의 양도를 「소득세법」(2018.12.31 법률 제16104호로 일부개정되기 전의 것) 제104조 제7항 제3호에 의한 조정대상지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하고 장기보유특별공제를 배제하여 2018년 귀속 양도소득세를 OOO원으로 수정신고하였다.

<표1> 2018.6.11. 현재 청구인 세대의 주택 보유 현황

나. 이후 청구인은 2024.5.7. 쟁점주택이 「소득세법」 제104조 제7항 제3호에 의한 중과 대상에 해당하나, 같은 법 제95조 제3항에서 위 조항의 적용 대상에 대하여 장기보유특별공제를 배제하는 규정을 두고 있지 아니하는바, 쟁점주택의 양도가액 9억원 초과분에 해당하는 양도차익에 제95조 제3항에 따른 장기보유특별공제를 적용한 후 중과세율을 적용하여야 한다고 주장하며 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 처분청에 제기하였고, 처분청은 2024.7.9. 쟁점주택이 「소득세법」 제95조 제2항에서 규정하는 조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이므로 장기보유특별공제적용대상이 아니라고 보아 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2024.10.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 「소득세법」 제95조 제3항의 적용대상을 보면, 같은 법 제104조 제7항 각 호(3호 : 조정대상지역에 있는 1세대 3주택)의 자산에 해당하는 경우에도 장기보유특별공제를 배제한다는 명문의 규정이 없으므로 쟁점주택에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 경정하여야 한다.

  (가) 「소득세법」 제95조의 구조는 다음과 같다.

   1) 「소득세법」 제95조 제2항에서는 장기보유특별공제 적용대상만 계산식에 의하여 장기보유특별공제액을 계산하고, 장기보유특별공제 배제 대상으로 열거된 미등기양도자산과 같은 법 제104조 제7항 각호에 해당하는 양도세 중과 대상 자산의 경우 계산식을 적용하지 않고 적용을 배제하는 것으로 규정하고 있다.

   2) 「소득세법」제95조 제3항은 양도소득의 비과세 대상에서 제외되는 고가주택에 대한 규정으로, 양도차익 계산방법과 장기보유특별공제액 계산방법을 함께 규정하고 있는바, 같은 조 제2항은 양도차익과 관련하여 제1항에 의하여 “양도가액–필요경비”로 산출하는 자산을 전제로 하고 있는 반면, 같은 조 제3항은 제1항에 의한 자산의 양도차익 계산이 아닌 별도로 같은 법 시행령 제160조에 그 양도차익의 계산방법을 위임하고 있고, 또한 장기보유특별공제 계산방식도 「소득세법」제95조 제2항이 아닌 같은 법 시행령에 위임된 별도의 계산 방식에 의하도록 하고 있다.

  (나) 양도소득세 중과 규정과 장기보유특별공제 규정은 별도의 규정이므로 양도소득세 중과 대상이라도 장기보유특별공제를 배제하는 명문의 규정을 별도로 두고 있지 않다면 장기보유특별공제 적용이 가능하다. 쟁점주택은 「소득세법 시행령」 제167조의3에 의한 1세대 3주택 중과 대상이긴 하나, 1세대 3주택 중과 대상이라고 하여 반드시 「소득세법」 제95조의 장기보유특별공제 적용을 배제하여야 하는 것은 아니다. 양도소득세 중과 규정과 장기보유특별공제 규정은 별도 규정이므로 장기보유특별공제 관련 규정에서 장기보유특별공제를 배제하는 대상으로 열거하고 있어야 그 적용을 배제하는 것이나, 쟁점주택에 대하여 장기보유특별공제를 배제하는 규정을 두고 있지 않다면 양도세 중과대상이라도 장기보유특별공제를 적용받을 수 있다.

  (다) 「소득세법」 제95조 제3항은 장기보유특별공제를 배제하는 별도 규정을 두고 있지 않으므로 쟁점주택은 양도세 중과세율 적용대상이긴 하지만 장기보유특별공제 적용은 가능한 것으로 보아야 한다.

   1) 「소득세법」 제95조 제3항은 같은 조 제1항과 제2항의 특별규정이고, 같은 조 제3항과 제1항 및 제2항이 동시에 적용되는 자산이 없으므로 적용대상이 서로 중복되지 않는다.

   2) 「소득세법」 제95조 제3항에서 장기보유특별공제를 배제하는 방식은 ①본문의 적용대상 자산에서 제외하는 방법, ② 같은 조제2항의 장기보유특별공제 배제대상을 차용하는 방법, ③ 대통령령에 위임하여 선정하는 방법이 있으나, 같은 조 제3항에는 장기보유특별공제 배제대상을 규정하는 위의 어떠한 방법도 마련되어 있지 않는바, 장기보유특별공제의 적용을 배제하기 위한 명문의 규정이 없다는 것은 입법자가 같은 항이 적용되는 자산에 대해서 장기보유특별공제를 배제할 의도가 없었거나 또는 입법미비에 해당한다고 보아야 할 것이다.

  (라) 미등기 양도자산의 경우 「소득세법」 제95조 제3항에 장기보유특별공제를 배제하는 규정이 없어도 그 적용의 배제가 가능한바, 같은 법 제91조 제1항은 “제104조 제3항에서 규정하는 미등기양도자산에 대하여는 이 법 또는 이 법 외의 법률 중 양도소득에 대한 소득세의 비과세에 관한 규정을 적용하지 아니한다”고 규정하고 있어 같은 법 제95조 제3항에 의한 양도차익 및 장기보유특별공제 계산대상이 아니므로 같은 항에서 미등기양도자산을 제외한다는 명문의 규정이 없어도 같은 조 제2항에 의하여 장기보유특별공제가 배제되고, 같은 조 제1항에 의하여 양도차익을 계산하는 것이다.

  (마) 「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제 배제대상은 자산의 양도차익을 ‘양도가액 –필요경비’로 산출하는 자산을 전제로 하고 있고, 같은 조 제3항의 적용대상인 고가주택에 대해서는 처음부터 장기보유특별공제를 배제할 의도가 없었던 것으로 보인다.

   1) 「소득세법」 제95조 제2항의 장기보유특별공제액은 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 적용하여 계산하고, 여기서 자산의 양도차익은 같은 조제1항에 의하여 양도가액에서 필요경비를 차감한 것을 의미하는바, 같은 법 제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산에 대해 장기보유특별공제를 배제한다는 것은 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율표 의하여 계산되는 금액을 장기보유특별공제액으로 적용받을 수 없다는 것이고, 자산의 양도차익은 “양도가액 –필요경비”로 산출하는 대상을 전제로 하고 있다.

   2) 하지만 「소득세법」 제95조 제3항은 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익과 장기보유특별공제액을 같은 법 시행령 제160조 제1항에 따라 계산하므로 같은 조 제2항이 전제하고 있는 장기보유특별공제 배제대상이 될 수 없고, 그럼에도 불구하고 장기보유특별공제를 배제하려 하였다면 같은 조 제3항에 장기보유특별공제 배제대상을 선정하는 규정을 두었어야 하나, 그러한 규정이 없는바, 처음부터 장기보유특별공제를 배제한 의도가 없었던 것으로 보인다.

나. 처분청 의견

 (1) 조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 주택은 장기보유특별공제 적용대상이 아니고, 청구주장을 뒷받침할 근거 규정도 없다.

 (가) 청구인은 쟁점주택의 경우 「소득세법」 제95조 제3항에 해당하는 자산(양도소득세 비과세 대상에서 제외되는 고가주택)으로서 해당 조항에는 장기보유특별공제가 제외되는 자산이 열거되어 있지 아니하므로 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 같은 조 제1항에서 ‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 ‘장기보유특별공제액이란 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하면서, 장기보유특별공제를 적용할 수 있는 대상 자산에서 ‘「소득세법」 제104조 제7항 각호에 따른 자산(조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 주택)’을 제외하도록 명확히 규정하고 있다.

 (나) 「소득세법」 제95조 제3항에서 ‘제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하고 있는바, 같은 조 제3항은 양도자산이 같은 조 제1항 및 제2항에 따른 장기보유특별공제 대상이지만 고가주택에 해당되는 경우에 같은 조 제2항의 산출식에도 불구하고 별도의 계산식에 따르도록 하겠다는 규정일 뿐, 같은 조 제1항 및 제2항과 별개의 자산을 규정 한 것이라고 보기 어렵고, 쟁점주택이 ‘조정대상지역 내에 있는 주택으로서 1세대 3주택’에 해당되어 같은 조 제2항의 장기 보유특별공제 적용 대상에서 제외된 이상 같은조 제3항을 적용할 여지는 없으며, 법문언에 따라 장기보유특별공제가 배제되는 것으로 해석하는 것이 타당하다.

 (2) 법령의 개정 연혁을 보더라도 장기보유특별공제가 적용될 수 없다.

  (가) 「소득세법」 제95조 제2항의 개정 연혁, 「소득세법」 부칙 제14조(2008.12.26. 법률 제9270호로 신설된 후 2012.1.1. 법률 제11146호로 최종 개정된 것)의 개정 연혁을 종합하여 보더라도 장기보유특별공제의 적용이 배제되는 것이 타당하다.

  (나) 당초 위 「소득세법」 부칙 제14조는 2008.12.26. 법률 제9270호로 신설될 당시 주택의 양도에 대한 특례세율(45% 또는 일반세율) 및 장기보유특별공제를 배제하기 위해 마련된 규정으로, 특례기간 동안 취득한 주택을 추후 양도할 경우 일반세율을 적용하되, 장기보유특별공제의 적용은 배제되도록 하여 동 규정과 관계없이 일반세율을 적용받는 주택과는 차등을 두었다.

  (다) 이후 2012.1.1. 주택시장 활성화를 위한 양도소득세 완화 조치로 「소득세법」 제95조 제2항을 개정하여 중과 대상 주택에도 장기보유특별공제를 전면적으로 허용하였으므로 그 개정 취지에 맞춰 「소득세법」 부칙 제14조 제2항이 삭제되었고, 2017년 이후 주택시장 과열에 따른 각종 부동산 대책이 발표되면서 양도소득세도 강화되었는데, 그 일환으로 「소득세법」 제104조 제7항이 신설되어 다주택자가 조정대상지역 내 주택을 양도할 경우 10% 또는 20%가 가산되는 중과세가 2018.4.1.부터 시행되었고, 같은 항에 따라 중과되는 주택은 장기보유특별공제가 배제되도록 같은 법 제95조를 개정하였다.

  (라) 따라서 「소득세법」 제104조 제7항에 따라 중과세되는 주택은 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 「소득세법」 부칙 제14조 제1항에 따라 일반세율을 적용할 수는 있을지라도 당초 같은 법 부칙 제14조의 신설 취지에 맞게 장기보유특별공제는 배제되어야 하고, 「소득세법」 제95조 제2항이 2012.1.1. 개정되면서 장기보유특별공제의 배제와 관련하여 “세율을 적용받는 자산”이라는 문구가 삭제되고 이후에는 장기보유특별공제 배제대상 자산을 구체적으로 열거하여 명시하고 있는바, 특례규정으로서 세율만을 규정하고 있는 위 「소득세법」 부칙 제14조는 문언 그대로 세율에만 적용될 뿐이며, 장기보유특별공제와 관련해서는 「소득세법」 제95조 제2항이 적용되어야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 조정대상지역 내 1세대 3주택 이상을 보유한 상태에서 쟁점주택을 양도한 경우 9억원 초과분에 대하여 장기보유특별공제를 적용하여야 하는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 소득세법

 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액) ① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기 양도자산과 같은 조 제7항 각호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조에 따른 관리처분계획인가 및 빈집 및 소규모주택정비에 관한 특례법 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (표1⋅2 생략)

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

 제104조(양도소득세의 세율) ⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

 (2) 소득세법 시행령

 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. (이하 생략)

 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내(중략)에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다(이하 생략).

⑳ 제167조의3 제1항 제2호 가목부터 라목까지의 규정에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 아니한다. 이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 "장기가정어린이집"이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. (후략)

 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

 167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위) ①법 제104조제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (각 호 생략)

⑦ 제1항 제2호ㆍ제3호ㆍ제8호의2 및 제4항을 적용받으려는 자는 해당 임대주택등 또는 일반주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.

3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본. 이 경우 「주민등록법」 제29조 제1항에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 내용 등이 확인된다.

  (가) 청구인은 2018.6.11. 쟁점주택을 양도한 후 2018.7.25. 「소득세법」 제89조 제1항 제3호에 따라 일시적 2주택 특례(같은 법 시행령 제155조 제1항) 및 거주주택 특례(같은 조 제20항)를 적용하여 양도가액 9억원 초과분에 해당하는 양도차익에 「소득세법」 제104조 제1항 제1호에 따른 일반세율을 적용하고, 같은 법 제95조 제3항에 따른 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세를 신고·납부하였다가, 2020.2.21. 쟁점주택의 양도를 같은 법 제104조 제7항 제3호에 의한 조정대상지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과세율을 적용하고, 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 양도소득세를 OOO원으로 수정신고 하였다.

  (나) 청구인은 2024.5.7. 쟁점주택의 양도가 양도소득세 중과 대상이기는 하나, 장기보유특별공제 적용대상에 해당하는 것으로 보아 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2024.7.4. 쟁점주택이 「소득세법」 제95조 제2항에서 규정하는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이므로 장기보유특별공제의 적용이 불가한 것으로 보아 경정청구를 거부하였다.

  (다) 「소득세법」 제95조 제3항이 적용되는 자산은 해당 조항에 장기보유특별공제 배제대상이 없으므로 같은 법 시행령 제160조 제1항 제1호에 의하여 양도차익을 계산하고, 같은 항 제2호에 의하여 장기보유특별공제액을 계산하는 것이며, 그 외의 자산은 같은 법 제95조 제1항에 의하여 양도차익을 계산하고, 같은 조 제2항의 적용대상이면 장기보유특별공제액을 계산하며, 같은 조 제2항의 적용대상이 아닌 경우는 장기보유특별공제액을 계산하지 않고 적용을 배제하면 된다는 것이 청구인의 주장으로. 청구인이 제시한 같은 법 제95조의 양도차익 산정과 장기보유특별공제 적용에 관한 순서를 도식화한 것은 아래 <그림>과 같다.

<그림> 청구인이 도식화한 장기보유특별공제 및 세율 적용의 순서도

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 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주택이 조정대상지역에 있는 1세대 3주택에 해당하여 중과세율 적용 대상이나, 「소득세법」 제95조 제3항 등에서 해당 주택에 대하여 장기보유특별공제를 배제한다는 명문의 규정이 없으므로 이를 적용하여야 한다고 주장하나,

 쟁점주택의 양도가 「소득세법」 제104조 제7항 제3호에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다는 점에는 청구인도 이견이 없고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등, 같은 뜻임),

 「소득세법」 제95조 제3항, 같은 법 시행령 제160조 제1항에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은 ‘법 제95조 제1항에 따른 양도차익’과 ‘양도가액에서 9억원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있고, 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ‘법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ‘양도가액에서 9억원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있는데, 「소득세법」 제95조 제2항 본문은 ‘법 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104 제7항 각 호에 따른 자산 등은 제외된다)으로서 보유기간이 3년 이상인 자산의 양도차익에 대하여 해당 조항에서 정한 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 ‘장기보유 특별공제액’이라고 규정하고 있으므로, 결국 같은 조 제3항 및 같은 법 시행령 제160조 제1항에서 정한 바에 따라 고가주택에 대한 양도소득금액을 계산함에 있어서 장기보유특별공제 적용 여부도 위 관계 법령에서 정한 바에 따라 쟁점주택이 같은 법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 같은 법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다(서울고등법원 2023.7.11. 선고 2021누70815 판결, 같은 뜻임).

  따라서 쟁점주택이 그 양도 당시 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 해당되는 것으로 본 이상 장기보유특별공제의 적용이 배제된다 할 것이므로(조심 2021서881, 2021.7.23., 같은 뜻임), 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.