[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2001.1.1. 개업하여 경기도 안성시 OOO에서 부직포(마스크 등), 청정실(淸淨室, Clean room)용 소모자재 제조업을 영위하는 법인으로, 창업자이자 최대주주(지분율 83%)인 a(대표이사 b의 배우자, 이하 “쟁점최대주주”라 한다)가 2017.1.25. 대표이사에서 사임하고 배우자 b(지분율 17%)이 대표이사로 취임한 후 2024.6.25. 쟁점최대주주가 다시 공동대표이사로 취임하였다.

나. 중부지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인의 2019～2022사업연도에 대한 법인 통합조사를 실시한 결과, 쟁점최대주주가 2017년 1월경 대표이사에서 사임하였음에도 불구하고 2019년부터 2021년까지 합계 OOO원의 급여를 지급받아 대표이사 b의 급여 합계 OOO원보다 OOO원(이하 “쟁점급여”라고 한다)을 과다하게 수취한 것을 확인하고, 「법인세법」제26조 및 같은 법 시행령 제43조 제2항에 따라 쟁점급여를 손금불산입하여야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 이에 따라 처분청은 2024.11.11. 청구법인에게 2019～2021사업연도 법인세 합계 OOO원(2019사업연도분 OOO원, 2020사업연도분 OOO원, 2021사업연도분 OOO원)을 경정․고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.31. 이의신청을 거쳐, 2025.6.19. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2001년 1월경 설립되어 25년간 청정실(淸淨室, clean room)용 소모자재 제조업을 경영하고 있는 중소기업으로, 쟁점최대주주는 청구법인의 창업일 이후 현재까지 실질적인 경영주로서 생산 및 판매 등 회사업무 전반에 대하여 최종 의사결정을 하는 자이다.

반면, 대표이사 b은 당초 재무업무를 담당하고 있었으나, 국가기관 및 지방자치단체의 입찰이나 납품과 관련하여 여성기업인에게 가점(인센티브)을 주는 제도를 활용하기 위하여 2017년 1월경부터 대표이사로 등재되었고, 대표이사 등재 후 현재까지도 재무업무만을 담당하고 있다.

＜표1＞ 쟁점최대주주 및 b의 대표이사 재임기간 등

OOO

(2) 청구법인에 대한 조사 당시 예치한 자료 중 기안문 결재내용에 따르면, 쟁점최대주주의 직함은 대표이사 또는 회장으로 혼용되어 사용되었고, 대표이사 b의 경우 이사 직함으로 결재한 내역이 일부 있으나 대표이사 직함으로 결재한 내역은 확인되지 않으며, 결재순서는 c, b, 쟁점최대주주의 순으로 파악되어 쟁점최대주주가 실질적으로 최종결재권자인 대표이사로서의 업무를 집행하였음이 확인된다.

이처럼 쟁점최대주주는 청구법인의의 생산, 판매, 투자 계획 등 중요한 의사결정의 최종책임자인 반면, b은 재무업무 외에는 관여하지 않고, 법인의 중요의사결정을 할 수 있는 실질적인 권한이 없는바, 단순히 등기상 대표이사보다 급여가 많다는 사유만으로 쟁점급여를 부인한 것은 「국세기본법」제14조 제2항의 실질과세 원칙에 반하는 처분이다.

(3) 청구법인은 임원보수지급규정에 따라 보수한도(OOO원) 내에서 임원들의 경영회의 결과에 따라 급여를 결정하였고, 외형이 OOO원 정도인 중소기업에서 형식적인 대표자가 실질적인 경영주인 회장(배우자)의 근로계약서를 작성한다는 것은 관례에 비추어 현실성이 없으며, 이러한 상항에서 회장의 급여 산정내역을 수치화 한다는 것은 불가능하다고 할 것이다.

(4) 쟁점최대주주는 「대외무역법」 위반에 따라 2016년 10월∼2018년 8월경까지 형 집행으로 사무실 출근이 불가하여 2016년 12월에 대표이사를 사임하고 청구법인의 중요한 사항에 대하여 옥중 결재를 하였던 사유로 2017∼2018년에 급여를 절반으로 낮춰서 지급하였으며, 2019년경 복귀 후 정상적으로 업무를 수행하여 급여 OOO원을 수령하였는바, 이는 2016년 급여 OOO원 대비 117% 증가한 것으로 3년간의 물가 상승률 고려시 통상적인 급여로 볼 수 있다.

(5) 쟁점최대주주 및 대표이사 b의 결재건수 및 베트남 출장 횟수는 아래 ＜표2＞ 및 ＜표3＞과 같고, 내부문건의 내역을 보더라도 대표이사 b의 결재문서는 주로 경상경비 지출 건에 대한 결재 등이지만, 쟁점최대주주의 결재문서는 영업이익률을 제고하기 위해 기존의 OEM방식 매출에서 자사 고유브랜드에 의한 매출로 생산․영업 방식을 획기적으로 개선하거나 설비투자 및 발주처 변경, 직원 채용 등 비정기적인 중요사항에 관한 것이다.

＜표2＞ 쟁점최대주주 및 b의 결재건수

OOO

＜표3＞ 쟁점최대주주 및 b의 베트남 출장횟수

(단위 : 회)

OOO

(1) 청구법인은 조사대상 기간 중 쟁점최대주주가 대표이사 b에 비해 더 많은 급여를 지급받은 사유에 대하여 객관적․구체적 증빙을 제시하지 못하였다.

＜표4＞ 쟁점최대주주 및 b의 급여

(단위 : 백만원)

○○○

(2) 청구법인과 함께 동시 세무조사를 실시한 주식회사 A(이하 “A”라 한다)의 대표이사이자 청구법인의 등기이사인 c이 작성한 확인서에는 쟁점최대주주 등에 대한 급여와 관련하여 객관적인 산정근거 등이 없다고 기재되어 있다.

(3) 쟁점최대주주는 대표이사에서 사임한 2017년을 전후하여 사임 이전보다 급여를 적게 수취하던 중 조사대상기간인 2019사업연도부터 전년 대비 2배 이상 인상된 것과 관련하여 정당한 사유를 입증할 수 있는 증빙을 제시하지 못하고 있으며, 청구법인의 지분을 전부 소유한 쟁점최대주주 및 b 등에 의하여 사실상 임의적으로 쟁점최대주주의 급여를 지급한 것으로 보인다.

＜표5＞ 쟁점최대주주 급여

(단위 : 백만원)

○○○

또한, 쟁점최대주주가 2017년 1월경 대표이사에서 사임한 이후 청구법인의 과세표준은 2019사업연도까지 다소 증가하는 추세였으나 2017사업연도 및 2018사업연도의 급여는 대표이사로 재직했던 사업연도보다 절반정도 감소한 상태였으며, 2020사업연도부터는 과세표준이 전년 대비 절반으로 감소하고, 2021사업연도에는 결손상태였음에도 쟁점최대주주에 대한 급여는 계속 대표이사 등보다 많이 지급함에 따라 쟁점최대주주의 급여는 청구법인의 운영실적과는 무관하게 정당한 사유 없이 지급된 것으로 보인다.

＜표6＞ 쟁점최대주주의 급여와 청구법인의 과세표준 비교

(단위 : 백만원)

○○○

(4) 조사청이 세무조사 당시 확보한 청구법인의 전자결재 건수(2019.1.1.∼2022.12.31.)는 아래 ＜표7＞과 같이 청구법인의 등기이사인 c이 쟁점최대주주보다 월등하게 많은 것으로 확인되어 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점최대주주만이 청구법인에 실질적인 영향력을 행사하였다는 주장을 인정하기 어렵다.

＜표7＞ 청구법인의 전자결재 건수

OOO

또한, 쟁점최대주주는 청구법인 뿐만 아니라 A(대표이사 c)의 전 대표이사로서, 청구법인의 주장에 따른다면 쟁점최대주주는 2016년 12월∼2017년 1월경 청구법인 및 A의 대표이사직에서 사임하고 특수관계 있는 배우자와 아들을 각각 대표이사로 선임하였음에도 불구하고, 청구법인은 쟁점최대주주에 의해 의사결정이 이루어지는 등 비정상적으로 운영되었으며, 단순히 쟁점최대주주에게 지급한 급여의 정당성을 주장하기 위해 대표이사의 법적인 정당성을 아무런 법적 근거 없이 부정하는 것과 다름이 없다.

(5) 「법인세법 시행령」제43조는 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유 없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 판례는 이에 대하여 ‘법인의 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰기 때문에 그 초과금액을 손금불산입하는 것’이라고 보았다(대법원 2014.8.28. 선고 2014두6753 판결).

청구법인의 최대주주이자 전 대표자였던 쟁점최대주주가 정관 및 법인등기부상 존재하지 않는 임의직함인 “회장”으로 청구법인의 운영에 일부 관여한 것이 확인되나, b 역시 청구법인의 등기된 대표이사로서 그 직무를 정당하게 수행한 사실이 확인되므로 쟁점최대주주가 대표이사와 유사한 직무를 수행한 점이 인정되는바, 조사대상 기간 중 쟁점최대주주가 대표이사와 사실상 동일 직위에 있는 임원에 해당하는 것으로 보이고, 대표이사 급여의 2배 이상을 지급받는 것에 대한 객관적 산정근거나 정당한 사유가 없는 점, 법인등기부상 회장 직위가 별도로 존재하지 아니하고 결재 내용을 보면 쟁점최대주주와 대표이사의 업무에 차이가 있는 것으로 보기 어려운 점, 쟁점최대주주가 회장 직함 외에 대표이사 직함으로 결재한 내역도 있는 점 등에 비추어, 쟁점급여를 손금불산입한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점법인의 대표자 급여를 초과하여 쟁점최대주주에게 지급한 쟁점급여를 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 법인세법(2020.12.22. 법률 제17652호로 개정된 것)

제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 인건비

(2) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27829호로 개정된 것)

제43조(상여금 등의 손금불산입) ① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

④ 상근이 아닌 법인의 임원에게 지급하는 보수는 법 제52조에 해당하는 경우를 제외하고 이를 손금에 산입한다.

⑤ 법인의 해산에 의하여 퇴직하는 임원 또는 직원에게 지급하는 해산수당 또는 퇴직위로금 등은 최종사업연도의 손금으로 한다.

⑥ 삭제 ＜2009.2.4.＞

⑦ 제3항에서 “지배주주등”이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등(이하 “지배주주등”이라 한다)을 말한다.

⑧ 제3항 및 제7항에서 “특수관계에 있는 자”란 해당 주주등과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

1. 해당 주주등이 개인인 경우에는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

가. 친족(「국세기본법 시행령」제1조의2 제1항에 해당하는 자를 말한다. 이하 같다)

나. 제2조 제5항 제1호의 관계에 있는 법인

다. 해당 주주등과 가목 및 나목에 해당하는 자가 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

라. 해당 주주등과 그 친족이 이사의 과반수를 차지하거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 30 이상을 출연하고 그 중 1명이 설립자로 되어 있는 비영리법인

마. 다목 및 라목에 해당하는 법인이 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인

2. 해당 주주등이 법인인 경우에는 제2조 제5항 각 호(제3호는 제외한다)의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자

(3) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것)

제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음의 사실이 확인된다.

(가) 청구법인의 사업현황은 아래 ＜표8＞과 같고, 2022사업연도 기준 청구법인의 특수관계법인 현황은 아래 ＜표9＞와 같다. 조사청은 청구법인과 특수관계법인 A, 주식회사 B(이하 “B”이라 한다)에 대하여 동시조사를 실시한 것으로 확인된다.

＜표8＞ 청구법인 사업현황

○○○

＜표9＞ 청구법인의 특수관계법인 현황

○○○

(나) 청구법인의 등기사항전부증명서상 대표이사 변동내역은 아래 ＜표10＞과 같고, 임원등록 현황은 아래 ＜표11＞과 같다.

＜표10＞ 청구법인의 대표이사 변동내역

○○○

＜표11＞ 청구법인의 임원 등록현황

○○○

(다) 청구법인이 2019～2022사업연도 중 쟁점최대주주와 b에게 지급한 급여는 아래 ＜표12＞와 같다. 처분청은 쟁점최대주주에게 지급한 급여 중 대표이사 b의 급여를 초과하는 쟁점급여를 손금불산입하였다.

＜표12＞ 쟁점최대주주 및 대표이사 급여 지급내역

(단위 : 원)

○○○

(2) 처분청은 과세근거로서 다음의 자료를 제출하였다.

(가) 조사청은 청구법인과 특수관계법인인 A, B에 대하여 동시조사를 실시하면서, A․B의 대표이사이자 청구법인의 등기이사인 c이 조사 당시 작성한 확인서를 증빙으로 제출하였는바, 해당 확인서에는 “각 법인별 정관에 규정된 ‘임원보수규정’에 근거하여 지급하였으나 a(쟁점최대주주)와 상기 본인이 지급받은 급여의 산정 시 객관적인 산정 근거는 별도로 있지 않으며, 연초에 임원들이(미등기 임원 포함) 전년의 실적과 목표를 정리하는 경영회의 과정에서 임원들의 급여를 정하였으나 ‘근로계약서’ 등은 따로 작성하지 않았습니다.”라는 내용이 나타난다.

(나) 조사 당시 확보된 2019～2022사업연도 전자결재 최종결재 목록에 따르면, 쟁점최대주주 총 32건, 대표이사 b 20건, 이사 c 531건으로 c의 결재건수가 가장 많으나, c의 경우 대표이사 b과 유사한 급여를 지급받고 청구법인의 운영에 관여한 것으로 확인되어 별도의 처분은 하지 않은 것으로 확인된다.

(다) 청구법인의 연도별 수입금액 및 과세표준 변동내역과 쟁점최대주주 및 대표이사의 급여를 비교하면 아래 ＜표13＞과 같다.

＜표13＞ 청구법인의 수입금액 등과 쟁점최대주주 및 대표이사 급여

(단위 : %, 백만원)

○○○

(라) 청구법인의 2019～2021사업연도 임원 급여 지급결의와 관련한 주주총회의사록 내용을 요약하면 아래 ＜표14＞와 같고, 매년 쟁점최대주주 및 b 2인이 주주총회를 개최하여 승인한 것으로 나타난다.

＜표14＞ 주주총회의사록 요약

(단위 : 백만원)

○○○

(마) 청구법인의 2019～2021사업연도 상여금 지급결의와 관련한 이사회의사록 내용을 요약하면 아래 ＜표15＞와 같고, 매년 쟁점최대주주, 대표이사 b, 이사 c 3인이 참석하여 이사회 개최 후 지급을 결의한 것으로 나타난다.

＜표15＞ 이사회의사록 요약

○○○

(3) 청구법인의 법인세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 ＜표16＞과 같다.

＜표16＞ 법인세 신고 및 경정내역

○○○

(4) 청구법인은 쟁점최대주주가 청구법인의 최종결재자로서 결재한 목록 및 기안서 등을 제출하면서 이는 청구법인의 중요한 의사결정과 관련한 문서이고, 대표이사 b 및 이사 c이 결재한 문서는 단순한 경비처리 등에 관한 것이라고 주장하였다.

○○○

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

(가) 청구법인은 쟁점최대주주가 청구법인의 최종 의사결정권자로서 대표이사 b에 비하여 중요한 업무를 수행하였으므로 쟁점급여를 손금불산입한 처분은 부당하다고 주장한다.

(나) 「법인세법」제26조는 인건비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 같은 법 제43조 제1항은 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금을, 같은 조 제3항은 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액을 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고,

법인이 지배주주인 임원에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적ㆍ계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 「법인세법 시행령」제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다 할 것이다(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결, 같은 뜻임).

(다) 이 건의 경우, 청구법인은 사실상 쟁점최대주주의 가족에 의해 운영되고 있는 것으로 보이는데, 쟁점최대주주 및 대표이사 b의 급여지급 내역에 따르면, 쟁점최대주주가 2017년 1월경 대표이사 직에서 사임하고 배우자인 b이 대표이사로 취임하게 되면서 b의 급여는 2016년 OOO원에서 2017년 OOO원으로 2배 이상 증가하였고, 이후 비슷한 수준으로 유지되었으며, 쟁점최대주주는 형 집행에 따른 복역기간에 급여가 감소하였다가 출소 이후인 2019년에는 복역 전의 급여보다 증가된 급여를 수령함에 따라, 쟁점최대주주 및 b의 급여 합계액은 쟁점최대주주의 수감 이전인 2016년 OOO원에 비해 수감 이후인 2019년 OOO원, 2020년 OOO원으로 급격하게 증가하였고, 2021년에는 청구법인의 매출액이 크게 감소(OOO원→OOO원)하였음에도 쟁점최대주주 및 b의 급여 합계액은 2020년과 유사한 수준인 OOO원이어서 쟁점최대주주에게 지급한 급여가 합리적으로 산정되었다고 보기 어려운 점, 청구법인은 쟁점최대주주에게 지급한 급여의 객관적 산정기준을 제시하지 못하고 있는 점, 쟁점최대주주의 출소 이후에도 b이 대표이사 직을 유지하면서 출소 이전과 유사한 급여를 수령하였고, 청구법인이 제출한 자료만으로는 쟁점최대주주가 대표이사 b에 비해 특별히 중요한 업무를 수행하였다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.