1.처분개요

가. 청구법인은 OOO 설립된 후, 2014.7.2. A로부터 OOO 제조사업 부문을 인수하여 OOO 등 OOO 부품을 제조·판매하는 사업을 영위하고 있고, 청구법인의 대표자 B는 2012.6.25.부터 청구법인의 대표이사로 재직하면서 청구법인의 지분 100%를 보유하고 있다.

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.1.7. 청구법인에 대한 2021∼2023사업연도 법인통합조사(이하 “이 건 세무조사”라 한다)에 착수하였고, 2025.2.11. 대표자 급여 과다지급 혐의에 한정하여 조사범위를 2019∼2020사업연도까지 확대하였으며, 2019∼2023사업연도에 대한 대표자 급여 과다지급 혐의 중에서, 2019사업연도에 관한 법인세 부과제척기간의 만료일(2025.3.31.)이 임박함에 따라 2019사업연도에 대표이사 B에게 업무기여에 대한 보수로 인정되는 부분을 초과하여 지급한 OOO원(이하 “쟁점보수”라 한다)에 대해 「법인세법 시행령」 제43조 제1항을 적용하여 손금불산입 처분하는 것으로 판단해 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 이에 처분청은 2025.3.11. 청구법인에게 2019사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.6.9. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

 이 건 처분에는 위법한 조사대상선정, 세무조사 사전통지 생략 및 세무조사 범위 확대, 청구인의 과세전적부심사 청구 기회를 박탈한 중대한 절차적 위법이 있다.

 조사청은 별다른 납득할 만한 사유도 없이 2019∼2020사업연도를 건너뛴 채 2021∼2023사업연도에 대해서만 수시선정 사유로 조사대상으로 선정한 후 세무조사 사전통지도 생략한 채 세무조사를 개시한 다음, 그 세무조사 중에 조사대상기간을 2019∼2020사업연도까지 확대하여 2019사업연도에 대한 부과제척기간 만료까지 불과 1달도 남지 않은 시점에서 청구인에게 세무조사결과통지를 하고 그로부터 5일만에 이 건 처분을 하였다. 이는 납세자의 과세전적부심 청구권을 박탈하는 등 여러 과세 절차상 문제를 야기한 중대한 위법이 있는바 그 구체적인 사유는 아래와 같다.

 (1) [쟁점① 관련] 세무조사대상으로 선정할 사유가 없음에도 조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 한 과세처분은 위법하다(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결 등, 같은 뜻임).

 이와 관련하여 처분청은 쟁점보수가 청구인의 유사·동종업체 대표이사의 보수 및 청구인의 다른 임원의 보수에 비해 현저히 높고, 동일 쟁점에 대해 세무조사(이하 “기존세무조사”라 한다)를 실시하여 2014∼2018사업연도에 대한 부과처분(이하 “기존부과처분”이라 한다)이 존재한다는 점을 들어 청구인에게 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호의 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’가 있는 경우에 해당하므로 세무조사 수시선정 사유가 있다는 의견이다.

 그러나 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호에서 말하는 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 신고 내용에 탈루나 오류가 있음이 확인될 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 뒷받침되는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 의미하는바(대법원 2014.6.26. 선고 2012두911 판결 등, 같은 뜻임), 처분청이 주장하는 사정만으로는, 2014∼2018사업연도와 그 과세기간도 다르고 보수금액도 다른 2021∼2023사업연도에 지급된 별개의 보수가 실질적으로 이익처분에 의한 상여에 해당하여 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의’가 있다거나 이를 ‘인정할 만한 명백한 자료’가 있는 경우라고 보기 어렵다.

 (2) [쟁점② 관련] 세무조사 사전통지 제외사유가 없음에도 불구하고 사전통지를 생략하고 과세자료를 수집하여 한 과세처분은 위법하다[「국세기본법」 제81조의7 제1항, 부산고등법원 2022.5.13. 선고 2021누21842 판결(대법원에서 그대로 확정), 같은 뜻임].

 이에 관하여 처분청은 조사청이 2021∼2023사업연도에 대한 세무조사 개시 후 2019∼2020사업연도에 대한 세무조사 범위확대통지를 한 경우이므로 사전통지에 관한 규정이 적용되지 않는다고 주장하는 한편, 같은 쟁점으로 2014∼2018사업연도에 대한 부과처분에 대해 불복 소송이 진행 중이었으므로 사전통지를 할 경우 증거인멸 우려가 있어 사전통지 생략사유가 있었다는 의견이다.

 그러나 조사청은 애당초 2021∼2023사업연도에 대한 세무조사에 관한 사전통지를 위법하게 생략하였고, 위법한 세무조사에 터잡아 이루어진 2019∼2020사업연도에 대한 세무조사 대상범위 확대 역시 위법한 것으로 보아야 하며, 세무조사 범위확대 통지를 하였다는 사정만으로 당초 사전통지 생략으로 인한 위법성이 치유된다거나 단절되는 것으로 볼 수 없다. 처분청이 인용하는 하급심 판결[부산고등법원(창원) 2022.1.19. 선고 2021누10067 판결]은 적법하게 개시된 세무조사 중에 조사범위가 확대된 것이므로 세무조사 개시가 위법한 이 사건과 기본적인 사실관계를 달리한다.

 또한, 사전통지 생략사유가 인정되려면 세무조사 개시 당시를 기준으로, 세무조사 사전통지를 하면 납세자가 관련 자료를 인멸할 우려가 있음이 객관적으로 인정될 수 있는 경우여야 한다. 그런데 청구법인은 쟁점보수 총액에 대하여 법인세 및 원천세 등 관련 세무신고 및 납부를 성실히 이행하였고, 관련 자료를 인멸하였거나 인멸한다는 어떠한 정황도 없었으며, 실제로도 관련 자료를 인멸한 적도 없다(대법원 2023.11.2. 선고 2021두46742 판결은 세무조사과정에서 주식명의신탁, 사실과 다른 경위서 제출이나 허위진술이 밝혀져야 이에 해당한다고 보고 있다).

 (3) [쟁점③ 관련] 「국세기본법」 제81조의9 제1항은 예외적인 경우를 제외하고는 세무조사 진행 중 조사범위를 확대할 수 없다고 규정하고 있고, 「국세기본법 시행령」제63조의10은 예외적으로 세무조사 범위를 확대할 수 있는 경우를 규정하고 있다.

 이에 대하여 처분청은 당초 최소한의 범위에서 조사를 하기 위해 2021∼2023사업연도를 조사대상으로 선정하였고, 다만 2019∼2020사업연도 역시 당초 조사건과 사실관계가 유사하여 조사범위를 확대한 것이라고 주장한다.

 그러나 2021∼2023사업연도의 사실관계와 2019∼2020사업연도의 사실관계가 유사하다는 처분청 주장은 그 자체로 처음부터 2019∼2020사업연도에 대한 세무조사도 함께 개시할 필요성이 인정되는 사정일 뿐이지, 세무조사 범위를 확대할 사정이 아니다.

 더욱이 만약 세무조사범위를 최소화하기 위한 목적이라면, 부과제척기간 만료일이 가장 앞선 2019∼2020사업연도에 대한 세무조사부터 개시하였어야 하고, 그것이 통상적인 과세실무에도 부합한다는 점에서도 처분청 주장은 이유가 없다.

 (4) [쟁점④ 관련] 과세관청이 국세행정을 장기간 해태함으로써 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하의 기간이 남은 시점에 이르러 과세전적부심사를 거칠 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분하는 것은 위법하다는 것이 조세심판원과 대법원의 일관된 입장이다(조심 2022서1817, 2022.9.29., 조심 2024서148, 2024.5.16., 대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결 등, 같은 뜻임).

 이에 관하여 처분청은 당초 최소한의 범위로 조사대상기간을 선정하였고, 예치자료를 통해 이사회 결의를 초과하는 보수가 일부 지급되었으며, 조사대상기간을 확대하는 과정에서 부과제척기간이 얼마 남지 않아 부과처분에 이른 것이고, 청구인이 과세전적부심사를 청구하더라도 채택될 가능성이 희박하였으며, 처분청이 청구인의 절차적 권리를 박탈하기 위해 고의로 그 검토나 처리를 지연하였다고 볼 수 있는 사정이 없으므로 적법하다는 의견이다.

 그러나 조사청은 2019사업연도에 대한 세무조사부터 실시할 수 있었음에도 불구하고, 이를 누락 또는 간과한 채 2021∼2023사업연도에 대한 세무조사를 실시하였다가, 이후 2025년 초에 이르러 이미 2019사업연도 법인세 부과제척기간의 만료일로부터 3개월 미만의 기간만 남은 시점에 비로소 세무조사를 개시한 귀책사유가 존재할 뿐이고, 청구인의 과세전적부심사 청구 기회를 박탈한 것은 그 자체로 절차적 정당성을 결여하여 위법한 것이지, 과세전적부심사 청구를 하였을 경우의 채택결정을 받을 가능성 등을 근거로 과세전적부심사 청구의 기회 자체를 박탈한 위법성이 치유될 수도 없다.

 또한, 청구인은 2019년 초 이사회 의결을 통해 대표이사 보수를 OOO원으로 정하고 연봉계약을 체결하였다가 이후 비상경영에 따른 긴축운영 조기종료 및 하반기 영업이익 확대를 고려하여 주주총회에서 정한 보수 한도(OOO원)의 범위 내에서 OOO원의 상여금을 대표이사에게 추가 지급한 것일 뿐이고, 무엇보다도 청구인은 쟁점보수 전부를 그 금액 그대로 이미 과세당국에 신고하였으므로, 처분청이 주장하는 사정들은 부과제척기간의 만료일이 임박하게 된 부득이한 사정에 해당한다고 볼 수 없다.

 요컨대 처분청이 주장하는 사정들은 청구인의 과세전적부심사 청구 기회를 박탈한 것을 정당화할 수 있는 사유가 될 수 없고, 그와 같이 볼 만한 예외적인 사정을 처분청이 증명한 바도 없으므로, 이 사건 처분에는 중대한 절차적 위법사유가 존재한다.

 (5) [쟁점⑤ 관련] 쟁점보수는 인건비로서 전액 손금에 해당하며, 이를 실질상 이익처분에 의한 상여로 볼 수도 없다.

 쟁점보수를 ‘실질적인 이익처분에 의한 상여’로 의제하려면 형식과 실질의 현저한 괴리 및 조세회피 목적이 인정되어야 하고, 설령 쟁점보수를 실질적인 이익처분에 의한 상여로 볼 수 있더라도 이 건 처분의 기초를 이루는 기준 금액(처분청 주장의 적정 보수)이 객관성과 합리성을 결여한 것이라면 이 사건 처분을 위법한 것으로 보아야 한다.

 처분청은 싱가포르 법인인 C 대표이사의 2019년 기본급여 OOO USD을 기준으로 청구인 대표이사의 적정 보수를 산정하였으나, 주식보상 등을 합한 총 보수는 OOO USD에 이른다. 이처럼 국내법인도 아닌 외국법인 대표이사의 ‘기본급여’ 만을 기준으로 청구인 대표이사의 적정 보수를 산정한 것은 객관성을 결여한 것으로서 현저히 불합리하고, C가 대표이사의 보수를 정할 때 고려한 아시아-태평양 지역의 외국법인 대표이사 보수(OOO 등)나 내국법인 대표이사 내지 임원 보수(OOO)와 비교해 보더라도 쟁점보수를 과다한 것으로 단정할 수 없다.

 또한, 청구인에게 쟁점보수 지급을 통해 법인세를 회피하려는 목적이 있었다고 볼 객관적 근거도 없으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나.처분청 의견

 (1) [쟁점① 관련] 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호는 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 세무조사 대상자로 수시 선정할 수 있다고 규정하고 있고, 세무조사 대상 수시 선정 사유를 재조사 개시 사유와 같이 ‘조세의 탈루 사실을 확인할 상당한 정도의 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 인정할 수 있는 경우’로 엄격하게 제한하여 해석할 것은 아니고(서울고등법원 2022.6.7. 선고 2021누67307 판결, 대법원 확정, 같은 뜻임), 수시세무조사대상 선정의 적정성은 세무조사통지서만을 기준으로 판단할 것이 아니라 조사대상선정검토표, 탈세정보 수집보고서 및 그 첨부 서류 등을 종합하여 이를 판단함이 타당하다[대전고등법원 2016.8.11. 선고 2015누13909 판결(대법원에서 그대로 확정), 같은 뜻임]

 ‘명백한 자료’라 함은 ‘법인등기부등본, 부동산등기부등본, 매매계약서, 표준대차대조표, 손익계산서, 언론기사 등 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 신고 내용에 탈루나 오류가 있을 개연성이 상당한 정도로 인정’되는 정도면 족하다[광주고등법원 2022.12.8. 선고 2022누10541 판결(대법원에서 그대로 확정), 같은 뜻임].

 처분청의 세무조사 대상자 선정은 ‘① 조사대상 선정 당시 기존부과처분은 고등법원에서 적법하다고 판단된 상황이었고, 대상자 선정을 위한 서면 검토 과정에서, 대표 B가 자신의 보수를 구체적 기준 없이 과다하게 확정한 정황을 확인한 점, ② 처분청은 대상자 선정 검토 시 단일 혐의만을 근거로 하는 것이 아니고, 해외 법인등기부등본 등을 통하여 다른 혐의들(해외현지법인에 대한 대여금 이자 미수취 혐의 등)도 확인한 점, ③ 이외 청구법인의 법인세 및 부가가치세 신고서 및 제출 서류 등을 근거로 혐의를 확인한 점’에 근거해 적법하게 이루어졌다.

 (2) [쟁점② 관련] 청구인은 이 건 세무조사착수 전 동일한 혐의로 2014∼2018사업연도에 대해 급여의 형식으로 법인 유보이익을 분여한 사안에 대하여 이에 대해 불복 소송(서울고등법원 2024.11.28. 선고 OOO 판결, 국승)이 진행 중이었으므로 조사청이 세무조사를 사전에 통지를 하는 경우 관련 증거를 인멸하거나 임의로 수정할 가능성이 있어 조사목적을 달성할 수 없다고 보고 「국세기본법」 제81조의7 제1항에 근거하여 세무조사 사전통지를 생략한 것이다.

 조사청은 조사착수 시 ‘주주총회 및 이사회 의사록, 2023 관리직 연봉근로계약서, 취업․인사․사내규정집 등’ 최소한의 범위 내에서 장부·서류 등을 일시보관하였으며, 예치자료에서 이사회 의사록 자료와 실제 지급한 보수액에 차이가 있음을 확인하였다. 조사청이 만약 세무조사 사전통지를 하였다면 청구인은 혐의 관련한 서류를 삭제하거나 임의로 수정하였을 가능성이 다분하다.

 조사청은 이 건 세무조사를 함에 있어 납세자에게 2025.2.13. ‘세무조사 범위확대 통지’를 함으로써, ‘세무조사 범위 확대를 하며 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지’한바 법정 절차를 적법하게 준수하였다.

 그러므로, 이 건 세무조사는 범위 확대에 따른 것으로서, 「국세기본법」 제81조의6 제1항의 사전통지 규정이 적용되지 않는 것으로, 이와 관련한 절차상 위법이 존재하지 않다.

 (3) [쟁점③ 관련] 세무조사 범위 확대 관련 규정인 「국세기본법 시행령」 제63조의10 제2호는 ‘명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우’를 명시하고 있고,

 이는 탈루 혐의가 있다고 해서 조사대상 과세기간을 부과제척기간 내 모든 과세기간으로 선정할 경우 납세자의 권익이 과도하게 침해될 우려가 있어, 최소한의 범위로 세무조사 수행함을 전제로 한 규정으로서, 청구법인의 주장처럼 처음부터 부과제척기간 내 모든 과세기간을 선정하는 것이 당연한 행정처리였다면 애초에 존재할 이유도 없는 규정이다.

 한편 조사사무처리규정 제13조의 ‘최소한의 조사대상 기간’과 관련하여, 과세관청은 “타 사업연도에 탈세제보나 차명계좌 등으로 인한 탈루 혐의가 확인되지 않는 한, 조사대상 기간으로 ‘최근 3개 사업연도’를 선정하는 것을 원칙”으로 하고 있는 내부 지침을 준수하여 업무를 처리하고 있는데,

 청구법인은 기존세무조사 이후 동일 쟁점에 대한 아무 시정 노력 없이, 오히려 처분청의 내부 지침은 그 자체로 과세 행정의 해태이고, 그로 인해 처음부터 전체 사업연도를 조사하지 않은 사정이 곧 범위 확대 사유에 해당하게 되는 것은 아니라며, 납세자 권익 보호 취지와 배치되는 주장을 하고 있는 것이다.

 (4) [쟁점④ 관련] 대법원은 ‘국세기본법령이 과세예고통지의 대상으로 삼고 있지 않거나 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우라면, 과세관청이 과세예고통지를 생략하고 과세처분을 하였다고 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다’(대법원 2012.10.11. 선고 2010두19713 판결, 대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결 등, 같은 뜻임)고 판시하였고,

 한편 쟁점①∼③에서 전술한 바와 같이 처분청에게는 법령 등에 규정된 업무 처리 절차상, 부과제척기간 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 된 정당한 사유가 있었고, 비록 그 과정에서 청구법인의 과세전적부심사의 기회가 부득이하게 박탈되는 결과가 초래되기는 하였으나, 그 이유가 처분청이 국세행정을 장기간 해태한 데 있다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

 당해 사건에서 결과적으로 부과권 행사가 제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 부과처분이 이루어진 사정은 존재하나, ① 처분청은 청구인의 부담을 줄이기 위하여 사무처리규정에 따라 당초 최소한의 범위로 조사대상기간을 선정하였고, ② 조사과정에서 예치한 자료를 통하여 이사회 결의를 초과하여 보수가 지급되었다는 사정을 추가로 확인하였다. 또한, ③ 처분청이 조사대상기간을 부득이하게 확대하는 과정에서 청구인에게 부과권 행사가 제척기간이 얼마 남지 않은 상황에서 부과처분을 한 것이고, ④ 특히 동일쟁점에 대한 부과처분이 국승으로 확정된 이상 설령 청구인이 적부심 청구를 하였다고 하더라도 청구인이 채택결정을 받을 가능성은 매우 희박하였다고 보이는바, 처분청이 청구인의 절차적 권리를 박탈하기 위하여 고의로 그 검토나 처리를 지연하였다고 볼 수 있는 사정은 없었다. 따라서 조사청이 국세행정을 장기간 해태함으로써 과세전적부심 청구를 생략한 채 과세처분을 하였다는 청구인의 주장은 타당하지 않다.

 (5) [쟁점⑤ 관련] 청구법인의 대표 B는 정관 등 절차를 위배하여 고액의 급여를 지속적으로 받았을 뿐 아니라, 그 급여는 B가 1인 주주이자 대표이사로서 자신의 보수를 별다른 제약 없이 자유롭게 정할 수 있는 특별한 지위를 이용하여 구체적인 급여 산정기준 없이 지급된 것이다.

 청구법인 대표이사 보수 확정 절차는 “연봉계약서 작성→이사회 개최→주주총회”인데, B는 최종 급여로 처분청이 조사 중 입수한 의사록에서 확인되는 보수보다 OOO원 초과된 금액을 받았고, 이로써 청구법인의 이사회 개최나 임원연봉 계약서 등은 요식행위에 불과했음을 알 수 있다.

 이런 사정 등에 비추어보았을 때, 쟁점보수는 B가 청구법인의 특수관계인의 지위를 이용하여 자신의 급여를 자의적으로 결정하는 등 사실상 잉여금 처분 목적으로 지급된 것이라 볼 수 있고, 이는 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적․계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려(대법원 2017.9.21. 선고 2015두60884 판결, 같은 뜻임)한 판단 결과이다.

 또한, 청구법인은 처분청이 산정한 적정보수가 객관성과 합리성이 결여되었으므로 이 건 부과처분이 위법하다고 주장하나,

 청구법인에 대한 동일쟁점의 기존부과처분에 대한 소송에서 법원은 ‘C는 OOO를 제조하는 업체로서 원고와 생산제품 및 반도체 시장경기에 따른 경제환경이 비슷하였고, OOO 제조업체 중에서 급여정보를 확인할 수 있는 유일한 업체로서, 대표이사 급여를 책정함에 있어 글로벌 업체와 아시아·태평양 업체를 비교대상으로 삼아 그 대표이사 보수와 21개의 아시아 기업의 대표이사 보수 중위값을 지표로 삼고 있었다’면서 ‘C가 임원에게 지급하는 보수를 기준으로 원고의 적정급여를 산정하는 것이 부당하다고 볼 수 없다.’고 판단한 바 있고(서울고등법원 2024.11.28. 선고 2023누70222 판결, 대법원에서 그대로 확정),

 이러한 사정은 이 건 세무조사에서도 크게 다르지 않고, 이러한 경위로 처분청이 적정보수를 산정한 것에는 위법이 있다고 볼 수 없다.

3.심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 세무조사 수시선정 사유가 없음에도 청구법인을 조사대상으로 선정하여 이루어진 세무조사인지 여부

 ② 세무조사 사전통지를 생략한 채 실시한 세무조사에 해당하는지 여부

 ③ 조사범위 확대 사유가 없음에도 2019사업연도로 조사대상 기간을 확대했는지 여부

 ④ 청구법인의 과세전적부심사 청구 기회가 실질적으로 박탈되었는지 여부

 ⑤ 쟁점보수를 이익처분에 의하여 지급한 상여금으로 볼 수 있는지 및 실제 타 업체들의 대표이사 보수와 비교할 때 쟁점보수가 과다한 것인지 여부

나.관련 법령 :　<별지> 기재

다.사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 조사청은 2019.8.29.부터 2019.11.16.까지 청구법인에 대한 2015〜2018사업연도 및 2014년 급여 부분에 대한 기존세무조사를 실시하였고, 그 결과 대표이사 B에게 지급된 급여를 이익처분에 의한 상여금으로 보아 2014〜2018사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지(기존부과처분)하였다.

  (나) 청구법인은 기존부과처분에 대하여 불복을 제기하였고, 이에 대해 우리 원의 기각 결정이 있었으며, 법원에서도 모두 기각 판결이 선고되었고, 1심은 2023.11.23., 항소심은 2024.11.28., 상고심 2025.4.3. 각 선고(심리불속행 기각)되었다.

  (다) 이 건 세무조사에 대한 조사대상선정검토표의 내용은 아래 <표1>과 같고, 그 내용을 살펴보면 청구법인의 정관, 임원보수규정, 주주총회 서면결의서, 청구법인의 손익계산서, 대표자 급여 내역, 다른 임원의 보수, 유사·동종업체의 대표이사 보수와 비교, 해외현지법인 재무상황 및 부동산등기사항 전부증명서 등을 분석하여 청구법인은 조사대상자로 선정한 것으로 확인된다.

<표1> 조사대상 선정 검토표

○○○

  (라) 이 건 세무조사에 착수해 조사청이 예치하여 일시보관한 서류의 목록은 아래 <표2>와 같고, 그 내용을 살펴보면 주주총회 및 이사회 의사록, 2023 관리직 연봉 근로계약서, 취업·인사·사내규정집이 있다.

<표2> 일시보관 서류 목록

○○○

  (마) 청구법인의 임원보수규정의 내용은 아래 <표3>과 같고, 2022년 이사회 의사록의 내용은 아래 <표4>와 같으며, 처분청이 제출한 자료에 따르면 이사회 의사록과 대표이사 실제 급여 지급액의 차이는 아래 <표5>와 같다.

<표3> 임원보수규정

○○○

<표4> 2022년 이사회 의사록

○○○

<표5> 이사회 의사록과 실제 지급 급여액의 차이

○○○

  (바) 이 건 세무조사의 조사범위를 확대하기 위하여 처분청이 작성한 조사범위 확대 신청서의 내용은 아래 <표6>과 같고, 그 내용을 살펴보면 이 건 세무조사에 의해 2021∼2023사업연도에 대해서도 기존세무조사와 같이 대표이사 B에 대한 급여 지급 문제가 있음을 확인하고 사실관계가 유사한 2019∼2020사업연도에 대해서도 인건비 관련하여 조사대상 범위를 확대하는 것으로 기재되어 있다.

<표6> 조사범위 확대 신청서

  (사) 처분청은 조사청의 세무조사 담당공무원들이 2024.12.4. 청구법인에 대한 세무조사에 착수하기 위하여 출장신청을 하고 청구법인의 사업장 근처에서 조사 착수를 위해 대기 중이었으나, 2024.12.3. 선포되었던 비상계엄의 영향으로 조사착수가 중지되어 착수 직전에 조사를 연기하게 되었다고 주장하며 출장신청 내용(아래 <표7>)과 조사원증을 제출하였다. 제출한 조사원증에는 조사대상을 청구법인으로 하고, 조사기간을 2024.12.4.부터 2025.2.15.까지로 하는 내용이 기재되어 있다.

<표7> 처분청 출장 신청서

○○○

  (아) 청구법인은 기존세무조사와는 달리 2019사업연도 임금에 대하여는 연봉계약서가 작성되었다고 주장하며 연봉계약서를 제출하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 수시선정 사유가 존재하지 않음에도 청구법인을 세무조사 대상으로 선정하여 진행된 이 건 세무조사는 위법하다고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의6 제3항 제4호의 규정에 따르면 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 세무조사 수시선정 사유에 해당하고, 수시세무조사 대상 선정의 적정성은 조사대상선정검토표 등을 종합하여 이를 판단함이 타당한바(대전고등법원 2016.8.11. 선고 2015누13909, 같은 뜻임),

  이 건 세무조사에 대한 조사대상선정검토표에는 청구법인의 정관, 임원보수규정, 주주총회 서면결의서, 청구법인의 손익계산서, 대표자 급여 내역, 다른 임원의 보수, 유사·동종업체의 대표이사 보수와 비교, 해외현지법인 재무상황 및 부동산등기사항 전부증명서 등을 분석하여 청구법인을 조사대상자로 선정한 것으로 확인되는 점에 따라 이 건 세무조사 시 청구법인을 세무조사 대상으로 선정한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 세무조사 시 사전통지를 하지 않은 위법인 존재한다고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의7 제1항의 규정에 의하면 세무조사에 대한 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 사전통지를 생략할 수 있다고 규정되어 있고, 세무조사를 실시하기에 앞서 사전통지를 할 경우 직원들이 진술을 담합하거나 관련 증빙자료를 인멸할 개연성이 있다면, 사전통지로 인해 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에 해당한다고 볼 수 있는바(조심 2025중1804, 2025.12.23., 같은 뜻임),

  기존세무조사에 대한 소송에서 보수급여 산정 근거가 존재하는지 여부를 근거로 대표이사 급여의 성격을 판단한 점, 이 건 세무조사를 통해 주주총회 및 이사회 의사록, 2023 관리직 연봉 근로계약서, 취업·인사·사내규정집을 예치하였는데, 세무조사 사전통지가 있었다면 보수 산정 기준이 미비된 기존 이사회 의사록이 인멸되거나, 가공의 급여산정 근거가 제작됐을 가능성이 있는 점 등에 비추어 처분청이 사전통지를 생략하고 이 건 세무조사를 한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

  (다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 세무조사를 2019∼2020사업연도로 확대한 것은 위법하다고 주장하나, 「국세기본법」 제81조의9 제1항 및 동법 시행령 제63조의10 제2호에 따르면 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우에는 세무조사의 범위를 확대할 수 있는 것이고, 세무조사 진행 중 다른 과세기간에도 동일한 세금탈루 혐의가 있을 것이라고 추정할 수 있는 경우에 조사대상 과세기간의 범위를 확대하는 것은 적법한 것이므로(조심 2019인4106, 2020.12.22., 같은 뜻임),

  이 건 세무조사를 통해 2021∼2023사업연도에 대한 대표이사 임금문제가 기존세무조사와 동일하게 발생할 것이 밝혀졌고, 2019∼2020사업연도도 기존세무조사 및 이 건 세무조사대상 과세기간의 사실관계와 차이가 없어 동일하거나 유사한 세금탈후 혐의가 있는 것으로 의심되므로 세무조사 범위를 확대할 수 있는 것으로 보이는 점, 「국세기본법」 제81조의4 제1항의 규정에 따르면 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 한다고 규정하고 있고, 조사대상 과세기간을 선정하는 기준 및 방법은 국세기본법령에 규정되어 있지 않으므로 조사청이 이 건 세무조사의 조사대상 과세기간을 2019∼2020사업연도가 아닌 2021∼2023사업연도로 한 것에 대하여는 법령 위반이 있다고 볼 수 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어 이 건 세무조사 시 조사청이 2021∼2023사업연도를 조사범위로 선정하였다가 2019∼2020사업연도로 조사범위를 확대한 것에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (라) 다음으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 처분청은 이 건 세무조사 시 2019사업연도 법인세는 부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우이므로 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유가 적용된다는 의견이나, 「국세기본법」제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없으며(대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결, 같은 뜻임), 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 하는 것인데(대법원 2025.6.5. 선고 2025두33014 판결, 같은 뜻임),

  기존세무조사를 통해 대표자 급여 쟁점에 대해서 과세 처분이 이미 이루어졌고, 이에 대한 불복 절차에서 청구법인의 청구를 기각하는 1심 판결이 2023.11.23. 선고되었으므로 처분청이 2심 판결의 결과를 기다리지 않고도 부과제척기간이 임박하기 전에 세무조사를 실시하여 청구법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하고 이 건 처분이 가능했을 것으로 보이는 점, 청구법인은 2024.12.4. 세무조사에 착수할 계획이었으나 부득이한 사유로 인하여 2025년 1월이 되어서야 이 건 세무조사에 착수하였다는 의견이나, 처분청은 2025.1.7. 이 건 세무조사에 착수하여 2025.2.7.에서야 그 기간을 2019사업연도까지 확대하였고, 그로부터 다시 1달이 지난 시점인 2025.3.11.에서야 이 건 과세가 이루어졌는바, 2024.12.4. 세무조사에 착수하였다고 하더라도 이 건 처분을 하면서 청구법인에게 과세전적부심사 기회를 부여할 수 있을 것이라 보기 어려운 점, 조사청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 처분청에 의해 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 과세전적부심사기회를 부여하지 않은 이 건 처분은 위법한 것으로 판단된다.

  (마) 쟁점④가 인용됨에 따라 쟁점⑤는 별도로 심리할 실익이 없으므로 이를 생략한다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 국세기본법

 제81조의6(세무조사 관할 및 대상자 선정) ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

 제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자에게 조사를 시작하기 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 제81조의9(세무조사 범위 확대의 제한) ① 세무공무원은 구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 조사진행 중 세무조사의 범위를 확대할 수 없다.

② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사의 범위를 확대하는 경우에는 그 사유와 범위를 납세자에게 문서로 통지하여야 한다.

 제81조의15(과세전적부심사) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 “과세전적부심사”(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

2. 제1항 각 호에 따른 과세예고통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우. 다만, 고발 또는 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에 대해서는 그러하지 아니하다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우

 (2) 국세기본법 시행령

 제63조의10(세무조사 범위의 확대) 법 제81조의9 제1항에서 "구체적인 세금탈루 혐의가 여러 과세기간 또는 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 구체적인 세금탈루 증거자료가 확인되어 다른 과세기간ㆍ세목 또는 항목에 대한 조사가 필요한 경우

2. 명백한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용의 착오 등이 있는 조사대상 과세기간의 특정 항목이 다른 과세기간에도 있어 동일하거나 유사한 세금탈루 혐의 또는 세법 적용 착오 등이 있을 것으로 의심되어 다른 과세기간의 그 항목에 대한 조사가 필요한 경우

 (3) 법인세법

 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 제26조(과다경비 등의 손금불산입) 다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 인건비

 (4) 법인세법 시행령

 제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

   3. 인건비

 제43조(상여금 등의 손금불산입) ① 법인이 그 임원 또는 직원에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다. 이 경우 합명회사 또는 합자회사의 노무출자사원에게 지급하는 보수는 이익처분에 의한 상여로 본다.

② 법인이 임원에게 지급하는 상여금 중 정관ㆍ주주총회ㆍ사원 총회 또는 이사회의 결의에 의하여 결정된 급여지급기준에 의하여 지급하는 금액을 초과하여 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.

③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다.