1. 처분개요

가. 청구인은 1994년 9월부터 비상장법인인 주식회사 A(이하 “양수법인”이라 한다)에서 임원(부사장)으로 근무하다가 2024년 4월 퇴직한 자로, 2003.11.3.(2,000주), 2008.4.4.(5,000주)에 각각 취득한 양수법인 발행주식 합계 7,000주(1주당 OOO원, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하다가 2024.4.21. 양수법인에게 쟁점주식을 OOO원(1주당 OOO원)에 매도하는 계약을 체결한 후 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고하였다.

나. 이후 2025.3.7. 청구인은 쟁점주식 양도가액이 실제 수령한 OOO원이므로 과다납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.5.21. 이를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 주식양수도 계약이 해제될 수 있는 조건인 회사발전기금 출연채무액(OOO원)은 쟁점주식 매매계약 당시 이미 차감하기로 합의한 쟁점주식의 양도대가와 관련하여 부담하는 금원이므로 이는 쟁점주식의 양도가액에서 차감되어야 한다.

  (가) 「소득세법」 제96조 제1항에 따르면, ‘양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다’고 규정하고 있는데, 실지거래가액이란 양도목적물의 양도당시의 객관적인 교환가치에 의한 가액이 아니라 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액, 즉 양도자가 양도목적물의 대가로 실제 수령하거나 약정한 금액을 의미하는 것으로, 관련 판례(대법원 1992.5.12. 선고 91누10848 판결)에서도 실지취득가액을 확인하는 것은 실질과세원칙에 충실하기 위하여 실지의 양도소득금액을 파악하기 위한 것이라고 판시하였다.

  (나) 양도계약의 내용에서 매매가액을 감소시키는 부담이 발생하여 양도인이 수령한 금전의 일부를 지출한 것이 당해 자산의 양도대가와 관련하여 지급된 경우에는 그 양도가액에서 이를 차감하여야 한다.

  (다) 심판결정례(조심 2014서1054, 2015.1.12. 외 다수, 같은 뜻임)에 따르면, 청구인이 주식매매계약서 상의 특약사항에 따라 발전기금 출연 채무액을 부담하는 조건으로 주식을 양도하는 경우, 해당 채무액은 주식의 양도 대가와 관련하여 부담하는 것으로 양도가액에서 제외하는 것이 타당하다고 결정한바, 주식양수도 계약이 해제될 수 있는 조건인 발전기금 출연 채무액은 쟁점주식 매매계약 당시 이미 차감하기로 합의한 쟁점주식의 양도대가와 관련하여 부담한 것이므로 이는 쟁점주식의 양도가액에서 차감하여야 하고 이를 고려하지 않고 단순히 매매계약의 성립 및 특약과 동의가 있다는 사정만으로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

 (2) 실질과세원칙에 따라 발전기금 출연 채무액 명목으로 공제되어 지급받지 못한 금액은 쟁점주식 양도가액에서 제외하여야 한다.

  청구인이 발전기금 출연 채무액 명목으로 공제되어 지급받지 못한 금액은 쟁점주식 양도가액에서 반환된 금액에 해당하고, 심판결정례 및 판례에서도 실질과세원칙에 따라 양도가액에서 발전기금 명목으로 반환하였으므로 쟁점주식의 양도로 지급받은 대가는 발전기금 출연 채무액을 제외한 금액으로 보아야 한다.

 (3) 쟁점주식 양도가액에서 차감하는 것이 타당하지 않더라도 주식계약 체결까지의 과정을 볼 때, 청구인이 양수법인과 합의한 쟁점주식 매매대금은 실제 수령한 금액으로 보는 것이 타당하다.

  (가) 청구인은 1994년 9월 양수법인에 입사하여 근무하다가 2024.4.30. 퇴사하였는데, 근무 중이던 2003년 11월과 2008년 4월에 각각 주식 2,000주, 5,000주를 취득하였고, 특히 2008년 4월에 취득한 5,000주는 3자간의 ‘주식 양도 및 포기약정서’를 체결하고 주식을 취득하였다.

  (나) 청구인이 양수법인을 퇴사(2024.4.30.)하기 전인 2024.4.1. 양수법인과 쟁점주식 매매계약을 체결하였는데, 그 당시 특약사항에는 ‘매매대금에서 제세공과금 등을 공제한 금액의 50%를 발전기금 명목으로 양수법인에게 증여한다’는 내용이 포함되어 있다.

  (다) 청구인은 쟁점주식 매매계약 체결 당시 부사장으로 근무하고 있었는데, 관련 법령상 일반근로자와 달리 임원의 경우 근속기간에 대한 보장을 받을 수 있는 상황이 아니었다. 양수법인의 핵심경영진과 사업운영방식에 대한 갈등이 쌓여 있어서 언제든 해고·해임 등이 가능한 상황으로 만55세까지 근무기간을 보장받을 수 없었고 실제로 쟁점주식 매매계약 체결 직후 청구인은 핵심경영진으로부터 감봉 및 휴직권고 등을 제안받아 사실상 퇴사를 권고받은 상황이었다.

  (라) 이러한 배경에서 양수법인으로부터 쟁점주식 매매계약을 요구받은 청구인은 2008년 4월 체결된 ‘주식양도 및 포기약정서’ 제2조 양도계약의 무효 규정에 따라 ① 만55세 이전에 자진퇴사 혹은 해임될 경우 주식의 소유권을 주장하기 어려운 점, ② 상장주식과 달리 비상장주식에 해당하는 쟁점주식의 처분이 쉽지 않은 점 등을 감안하여 청구인이 양수법인과 합의한 쟁점주식 매매대금에서 회사발전기금을 증여하도록 하는 불리한 약정(특약사항)을 받아들여 매매계약을 체결하게 되었다.

  또한, 쟁점주식 매매계약서 작성이나 관련 양도소득세 신고도 양수법인이 지정한 자가 진행하는 과정에서 수정을 요구하거나 제대로 확인하기 어려운 상황이었다.

  (마) 청구인은 양수법인에게 쟁점주식을 양도하고 그 양도대가로 OOO원만 수령하였는바, 쟁점주식 매매계약이 해제될 수 있는 조건인 회사발전기금 출연 채무액은 쟁점주식 매매계약 당시 이미 차감하기로 합의한 쟁점주식의 양도대가와 관련하여 부담한 금원이므로 이를 쟁점주식의 양도가액에서 차감하여야 한다.

<표1> 쟁점주식 매매대금 수령내역

○○○

나. 처분청 의견

(1) 청구인과 양수법인은 거래당사자들의 청약과 승낙의 의사표시가 합치되어 쟁점주식의 양도가액을 OOO원으로 하는 쟁점주식 매매계약(1주당 가액 OOO원)을 체결하였는바, 이는 「민법」 제563조에 따라 정상적으로 성립된 계약이다.

  (가) 청구인은 2025.3.7. 2024년 귀속 양도소득세 경정청구시 청구인과 양수법인이 2008.4.4. 체결한 주식 5,000주에 대한 ‘주식양도 및 포기약정서’와 매매대금 및 청구인(양도자) 서명이 없는 ‘주식매매계약서’, ‘주식양도대금 입금내역서’ 등을 제출하였는데, 불복을 제기하면서 주식매매계약서의 제3조 제1항(특약사항)이 청구인에게 불리한 약정이고, 통상적인 증여에 해당하지 아니한다는 주장이다.

  (나) 처분청은 청구인이 경정청구 시 제출한 쟁점주식 매매계약서와 양도소득세 신고시 제출된 쟁점주식 매매계약서, 양수법인이 제출한 쟁점주식 매매계약서가 각각 다르다는 사실을 확인하였고, 이외 차감동의서, 직불동의서, 양수인의 자기주식 계정별 원장, 대체전표 등 쟁점주식 매매와 관련된 객관적인 자료를 확인하였다.

  해당 차감동의서에는 주식매매계약서 제3조(특약) 제1항 및 제2항에 따라 “수령한 매매대금(OOO원)에서 발전기금을 증여하는데 단, 발전기금은 차감하고 잔액만 수령하겠다”는 내용이 기재되어 있고, 쟁점주식 양도가액은 OOO원인데, 청구인이 발전기금 명목으로 OOO원을 양수법인에게 증여한 것으로 확인된다.

  (다) 청구인은 양수법인과 작성한 주식매매계약서가 불합리한 계약서라고 주장하나, 청구인은 비상장주식인 쟁점주식을 양수법인에게 양도하는 것 이외는 현금화할 방법이 없어 양수법인에게 쟁점주식을 양도하는 것이 최선의 선택이라는 판단하에 비상장주식을 양도한 것이고, 양수법인은 청구인으로부터 쟁점주식을 취득하는 것이 청구인에게 과도한 보상이라고 보았으나, 30여년간 근무한 공로가 있으므로 50% 정도 발전기금 명목으로 매매대금에서 상계하는 것이 좋다는 판단하에 청구인과 양수법인 간의 합의에 따라 쟁점주식 매매계약을 체결한 것이다.

  이는 청구인의 선택에 의한 계약인 것이지, 불리하거나 불가피한 계약은 아니며, 만약 청구인이 불리한 방식의 계약이라고 본다면 쟁점주식 매매계약서에 대하여 사기, 강박에 의한 의사표시든지, 진의 아닌 의사표시에 의한 계약으로 무효를 주장하였을 것이다.

 (2) ‘실지거래가액’은 당해 자산의 대가로 당사자가 수수한 가액을 말하고, 급부의 대가임이 매매계약이나 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액이며, 계약이 체결됨에 따라 권리와 의무의 관계가 성립되어 청구인은 주권을 교부하고 명의개서 절차를 이행할 ‘채무’와 발전기금 명목으로 금원을 증여해야 하는 ‘채무’가 발생하는 것이지 쟁점주식에 담보된 채무액이 있는 것은 아니다.

  (가) ‘실질거래가액’의 사전적 의미는 당해 자산의 대가로 매매당사자가 수수한 금전적 가액을 의미하여 급부의 대가임이 매매계약이나 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하고, 매매목적물의 거래가액을 전액 현금을 수수하지 않고 당해 매매목적물에 담보된 채무 또는 임차인에 대한 반환 채무 등을 인수하는 조건으로 매매하는 경우에도 실지거래가액을 계산함에 있어서는 매매가액에서 인수한 채무액을 공제하고 수수한 현금만을 실지거래가액으로 계산하는 것이 아니라, 채무액도 매매가액에 가산한 금액을 실지거래가액으로 보아 양도차익을 계산하고 있다.

  일례로서 전세보증금(채무액)이 있는 부동산을 양도 시 양도인은 전세보증금(채무액)을 제외하고 매매대금을 수령하였더라도 계약서 상 전체 양도가액이 실지거래가액인 것이지 전세보증금(채무액)을 제외한 실수령액을 실지거래가액이라고 하지 아니한다.

  (나) 양수법인의 문답서(진술서)에 따르면, 청구인은 쟁점주식에 담보된 채무액과 양수법인에게 갚아야 할 채무액이 없는 것을 확인한 후 계약을 체결하였고, 설령 채무액이 있다 하더라도 양도차익 계산 시 채무액을 실지거래가액에서 차감하여 계산하지는 않는다.

  (다) 따라서 쟁점주식 매매계약서 제3조 제1항 ‘발전기금 명목으로 증여한다’는 내용은 「상속세 및 증여세법」 제2조 제6호에서 규정하는 ‘증여’에 해당하고, 발전기금 OOO원은 ‘증여재산’으로 보아야 하며, 양수법인도 발전기금 OOO원을 ‘자산수증이익’으로 회계처리 하였는바, 쟁점주식 매매계약서와 같이 청구인의 동의하에 실지거래가액 OOO원에서 발전기금 OOO원을 제외하는 등 매매와 관련된 제반 증빙서류가 계약내용과 일치하는 것으로 보아 쟁점주식 양도가액을 OOO원으로 보는 것이 타당하다.

 (3) ‘시가’란 불특정다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정하는 가액을 말하고, 비상장주식의 가액은 평가기준일 현재 시가로 평가하는데, 「상속세 및 증여세법」에서는 평가기준일 전·후 6개월(증여의 경우 후 3개월) 이내의 매매·감정·수용·경매 또는 공매 등이 있어서 그 가액이 확인되는 경우에도 이를 시가로 포함하도록 하고 있고, 비상장주식의 매매가액 등 시가를 산정하기 어려운 경우에는 비상장법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령으로 정하는 방법(보충적 평가방법)에 의하여 평가하도록 규정하고 있다.

  a 외 3인은 2023년에 양수법인에게 비상장주식 7,000주를 1주당 OOO원으로 양도하였고, 이후 2024.4.29. a이 양수법인에게 비상장주식 2,000주를 양도할 당시 1주당 가액은 OOO원이었으며, 같은 날 청구인도 쟁점주식을 1주당 OOO원에 양도하였다.

  양수법인의 비상장주식이 평가기준일(양도일) 기준으로 평가기간 내에 1주당 가액이 OOO원으로 매매된 사례가 있는바, 청구인은 쟁점주식을 1주당 OOO원으로 하여 매매가액을 OOO원으로 계약을 체결한 후 해당가액을 양도가액으로 하여 정상적으로 양도소득세를 신고한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주식 양도가액을 당초 매매계약체결 시 약정한 회사발전기금 등을 제외하고 실제 수령한 금액으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다.

  (가) 청구인이 신고한 2024년 귀속 양도소득세 신고서상 양도소득금액 계산명세는 아래 <표2>와 같다.

<표2> 양도소득금액 계산명세

                                                                             (단위 : 원)

○○○

  (나) 2023～2024사업연도 양수법인의 자기주식 취득내역은 아래 <표3>과 같은바, 양수법인은 2023사업연도에 a 외 3인으로부터 자기주식 총 7,000주를, 2024사업연도에 청구인 외 2인으로부터 총 10,000주를 각각 주당 OOO원에 취득한 것으로 나타난다.

<표3> 양수법인의 자기주식 취득내역

(단위 : 주, 원)

○○○

  (다) 청구인이 양도소득세 신고시 및 경정청구시 제출한 쟁점주식 매매계약서와 양수법인이 제출한 쟁점주식 매매계약서는 형식과 내용이 다소 상이하나, 해당 계약서에는 모두 쟁점주식 매매가액을 OOO원으로 기재되어 있고, 청구인이 경정청구 시 제출한 계약서와 양수법인이 제출한 계약서의 제3조(특약)에는 ‘을(청구인)은 수령한 매매대금에서 제세공과금을 공제한 금원의 50%를 갑(양수법인)에게 발전기금 명목으로 증여한다’고 기재되어 있다.

  (라) 청구인은 자신과 양수법인, b 간에 2008.4.4. 작성한 ‘주식양도 및 포기약정서’를 제출하였고, 그 내용은 다음과 같다.

< 주식양도 및 포기 약정서 >

○○○

  (마) 청구인이 2024.4.21. 작성하여 양수법인에 제출한 회사발전기금 ‘차감 동의서’와 세무신고 수임료 ‘직불동의서’는 다음과 같다.

< 차감동의서 >

○○○

< 직불동의서 >

○○○

 (2)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 당초 계약체결시 쟁점주식 매매대금에서 약정한 회사발전기금 등을 제외하여야 한다고 주장하나,

  양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 ‘실지거래가액’이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말하는 것인바(대법원 2011.2.10. 선고 2009두19465 판결 등 참조), 청구인과 양수법인이 체결한 매매계약서상 쟁점주식의 매매대금은 OOO원(1주당 OOO원)으로 기재되어 있고, ‘청구인이 수령한 매매대금에서 제세공과금을 공제한 금원의 50%를 양수법인에게 발전기금 명목으로 증여하고, 해당 발전기금을 차감한 잔액을 청구인에게 지급’(특약)하기로 합의한 것으로 나타나는 점, 설령 청구주장과 같이 쟁점주식 매매계약이 청구인에게 불리한 약정이라 하더라도 거래당사자 간의 사기나 강박 등에 의한 무효의 계약이라고 보기 어려운 점, 청구인은 당초 약정된 쟁점주식의 매매대금에서 발전기금 등을 차감하는데 동의한 것으로 확인되는 점, 양수법인은 2023∼2024사업연도 중에 청구인 외 다른 양도인으로부터 자기주식을 1주당 OOO원에 취득한 사례가 다수 존재하고, 청구인이 증여한 발전기금(OOO원)을 자산수증이익으로 회계처리한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 위 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 소득세법

 제88조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 5. “실지거래가액”이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다.

 제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 (2) 소득세법 시행령

제159조(부담부증여에 대한 양도차익의 계산) ① 법 제88조 제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 경우 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산할 때 그 취득가액 및 양도가액은 다음 각 호에 따른다.

 2. 양도가액: 다음 계산식에 따른 금액

 제167조(양도소득의 부당행위 계산) ③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.

 1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

 2. 그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때

 (3) 상속세 및 증여세법

 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 6. “증여”란 그 행위 또는 거래의 명칭ㆍ형식ㆍ목적 등과 관계없이 직접 또는 간접적인 방법으로 타인에게 무상으로 유형ㆍ무형의 재산 또는 이익을 이전(移轉)(현저히 낮은 대가를 받고 이전하는 경우를 포함한다)하거나 타인의 재산가치를 증가시키는 것을 말한다. 다만, 유증, 사인증여, 유언대용신탁 및 수익자연속신탁은 제외한다.

 7. “증여재산”이란 증여로 인하여 수증자에게 귀속되는 모든 재산 또는 이익을 말하며, 다음 각 목의 물건, 권리 및 이익을 포함한다.

  가. 금전으로 환산할 수 있는 경제적 가치가 있는 모든 물건

  나. 재산적 가치가 있는 법률상 또는 사실상의 모든 권리

  다. 금전으로 환산할 수 있는 모든 경제적 이익

 제143조(추계결정 및 경정) ③ 법 제80조 제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.

 1의2. 수입금액(「고용정책 기본법」 제29조에 따라 고용노동부장관이 기업의 고용유지에 필요한 비용의 일부를 지원하기 위해 지급하는 금액으로 재정경제부령으로 정하는 것은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법