[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인 A⋅B(이하 청구인 A⋅B을 합하여 “청구인들”이라 한다)은 1997.1.21. OO시 OO구 OOO 소재 토지(876.1㎡, 이하 “쟁점토지”라 한다)와 상가건물(“쟁점건물”이라 하고 쟁점토지와 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 취득하여 부동산임대사업에 사용하다가, 2022.9.30. 주식회사 C 및 주식회사 D(이하 “매수법인”이라 한다)에게 OOO원(토지분 가액 OOO원, 건물분 가액 295,000,000원)에 일괄양도한 후, 2022.10.19. 2022년 제2기 부가가치세를 신고⋅납부하였다.
나. OO지방국세청장 등은 청구인들의 양도소득세 경정청구를 검토하는 과정에서 청구인들이 실지거래가액으로 구분한 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있다는 사실을 확인하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.3.11. 「부가가치세법」 제29조 제9항 및 같은 법 시행령 제64조 제2항에 따라 쟁점부동산 양도가액 OOO원을 기준시가로 안분계산한 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 보아 청구인들에게 2022년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정⋅고지하였다.
다. 청구인들은 이에 불복하여 2025.4.3. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부동산의 양도거래는 재화(건물)의 공급(매매) 당시 건물이 철거 예정이었으므로 건물가액을 낮게 거래한 것이다.
(가) 쟁점부동산 매매 시 매수법인은 노후화된 건물을 철거 후 신축을 할 예정이었는바, 청구인들은 매수법인의 요청에 따라 매매계약일 이후 잔금일까지 기존 임차인 명도에 적극 협력하였고, 이로 인하여 잔금일까지 상당수의 임차인이 퇴거한 상태였기 때문에 매도 후 건물이 곧 철거된다는 것은 의심할 여지가 없는 상황이었다.
(나) 매수법인이 쟁점건물을 즉시 철거하고 사옥을 신축할 예정이기 때문에 청구인들과 매수법인은 계약조건으로 기존 임차인들의 명도를 청구인들이 적극 협조하는 것으로 하였고, 매수법인의 요청에 의해 임차인의 명도가 계약서상 잔금일인 2022.9.30. 이전에 완료되면 잔금일은 명도 완료일로부터 10일 이내로 정한다는 특약을 기재하였다.
< 쟁점부동산 매매계약서 제14조(특약사항) 제9항 >
○○○
(다) 매매계약 체결 후 청구인들은 매수법인의 요청에 따라 임대차계약이 갱신되지 않도록 임차인들에 대해 해지 통보를 진행하였고, 매수법인은 잔금 지급 후 곧바로 철거에 들어갈 수 있도록 청구인들에게 기한 미도래 임차인들에 대한 임대차계약 해지와 명도가 잔금일 전에 이루어지는 경우 명도일과 잔금일 사이의 임대료와 관리비를 인센티브로 주겠다고 제시하기까지 하였으며, 이러한 내용은 청구인 A과 매수법인의 대표 E 간에 주고받은 카카오톡 메신저 내용에서도 확인할 수 있다.
(다) 하지만 임차인의 명도가 매매계약 잔금지급일인 2022.9.30.까지 종료되지 않아 잔금일 이후로 이어졌고, 청구인들은 그 이후 사정에 대해서는 잘 알지 못하였으나, 이후 처분청으로부터 부가가치세가 경정⋅고지될 수 있다는 연락을 받고 매수법인에게 확인해 보니, 임차인 중 301호가 아직 퇴거하지 않아 건물을 철거하지 못하고 있다는 사실을 알게 되었고, 현재 쟁점부동산은 퇴거하지 않은 호실 외에는 “철거”, “X”라는 스프레이로 표기되어 있다.
(2) 계약 당시 철거가 예정되어 사업에 활용되지 아니할 것이 확실히 예견되었고, 이후 일부 임차인의 명도가 지연되는 부득이한 사유로 철거가 지연되고 있음에도 건물에 대하여 부가가치세를 부과하는 것은 부당하다.
(가) 매수법인은 매매계약 시부터 건물 철거계획에 대해 청구인들에게 설명하고 기존 임차인의 명도의 협력 요청을 하였는바, 실제로 명도절차가 이루어졌음에도 임차인 중 한 명이 퇴거하지 아니하여 건물을 철거를 하지 못한 것은 부득이한 사유에 해당한다.
(나) 임차인이 퇴거하지 않는 사유를 정확히는 알 수 없으나, 청구인들 입장에서는 계약일은 물론 잔금일까지 매도 후 철거가 이루어질 것으로 확신할 수 밖에 없는 상황이었으므로 전체 매도가액 중 건물가액을 실제에 맞게 낮게 책정할 수 밖에 없었다.
(다) 조세심판원은 매매계약시 철거가 예정되어 있어 납세자가 건물가액을 산정하지 않아 과세관청이 매도가액에 대하여 기준시가로 안분하여 과세한 사건에서 철거가 예정된 건물에 대해 정상적인 시가로 과세하면 안된다고 판단하였고(조심 2009부3194, 2009.12.10. 참조), 명도의 지연과 같은 부득이한 사유로 인해 건물의 철거가 늦어진 경우라면 예외적인 경우로 인정하여 건물에 대해 정상적인 과세표준으로 과세하면 안된다고 판단하였다(조심 2019서0983, 2019.07.24.참조).
(라) 이 사건의 경우 쟁점건물이 1984.10.10. 준공되어 매도 당시에는 약 38년이 경과한 매우 노후한 건물로 바이오 사업을 영위하는 매수법인이 이를 철거하고 신축을 하려는 상황이었고, 빠른 명도 및 철거를 위해 매매계약일부터 매도인인 청구인들의 협조 하에 절차가 진행되는 등 쟁점건물의 철거가 예정되어 사업에 공하지 아니할 것이 확실히 예견되는 점, 청구인들은 2022.9.30. 쟁점부동산을 양도하면서 부동산 임대업과 관련된 개인사업자 등록을 폐지하였던 점, 매수법인은 잔금일 이후에도 명도를 위한 노력을 계속적으로 경주하였고 전체 호실 중 1곳만 현재 명도가 안 되고 있는데, 명도가 완료된 호실은 공실상태를 유지하고 있고 철거 예정 건물에 표시되는 “철거”, “X” 표시가 창문 및 외벽에 표기되어 있어 현재까지 임대나 다른 용도로 사용한 사실이 없는 점, 매수법인의 부득이한 사유로 건물 철거가 늦어지는 것은 매도일 이후의 사정으로 이는 당초 매매계약 당시에 예상할 수 없었고, 매도인의 의사와 관계없이 발생한 일임에도 매도인에게 그 책임을 부담시키는 것은 지나치게 가혹한 점 등에 비추어, 쟁점건물이 매도일 이후 즉시 철거되지 않았다는 이유로 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 부당하다.
나. 처분청 의견
(1) 쟁점토지와 쟁점건물의 양도가액을 기준시가에 따라 안분 계산하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.
(가) 청구인들이 쟁점부동산 잔금청산일까지 임차인들로부터 임대료를 수취하였고, 양도 이후에는 매수법인이 기존 임차인에게 계속하여 임대용역을 제공하고 임대료를 지급받았는바, 이는 매매계약서 특약사항인 ‘양수법인이 잔금지급일로부터 기존 임대차를 승계’한다는 내용에 따른 것이고, 임차인에 대한 명도는 매수법인의 책임으로 명시되어 매매계약서 특약사항에 따라 명도가 원활하지 않음에도 청구인들이 매수법인에게 중도금을 요구하였으며, 매수법인은 이에 응하는 것을 청구인들이 증빙으로 제출한 카톡 대화 내용에서도 확인할 수 있는바, 쟁점부동산 매매계약이 쟁점건물 멸실을 전제로 한 양도계약이 아님을 알 수 있다.
(나) 청구인은 매매계약서상 쟁점건물의 가액을 실지거래가액이라고 주장하나, 매매계약서상 쟁점건물의 가액 OOO원은 전체 매매가액의 1% 수준으로 양도 이전 쟁점건물의 1년간 임대료 매출이 OOO원인 점에 비추어 보더라도, 해당 가액은 쟁점건물의 사용가치보다 현저히 낮게 책정된 것으로 보이는바, 이는 자산의 가액을 자의적으로 구분하여 조세회피하려는 의도가 있었던 것으로 보기에 충분하다.
(다) 매수법인으로부터 제출받은 쟁점부동산 사용 및 리모델링공사계획과 처분청 담당자의 쟁점부동산 현장확인 결과에 의하면, 쟁점건물은 2025년 4월 현재 멸실되지 않은 채 일부 임차인에게 사무실로 임대하고 있고, 건물 리모델링 완료하여 매수법인이 자가사용하고 있는바, 이 건 양도일(2022.9.30.) 이후 2025년 4월까지 철거되지 않고 리모델링 후 계속 사용 중인 쟁점건물이 철거건물 또는 철거 예정건물에 해당한다고 보기는 어렵다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
청구인들이 실지거래가액으로 구분한 쟁점부동산 토지⋅건물 가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있는 것으로 보아 기준시가로 안분하여 과세한 처분의 당부
나. 관련 법령
(1) 부가가치세법
제29조(과세표준) ⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다.
(2) 부가가치세법 시행령
제64조(토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산) ① 법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 “건물등”이라 한다)에 대한 「소득세법」 제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액.
② 법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다.
1. 다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우
2. 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 내용이 확인된다.
(가) 쟁점건물의 건축물대장 상 내역은 아래 <표1>과 같다.
<표1> 쟁점건물 건축물대장의 상세 내역
○○○
(나) 청구인들은 2022.3.31. 매수법인과 쟁점부동산 매매계약을 체결하였는바, 매매계약서상 매매대금은 OOO원으로 토지분 OOO원, 건물분 OOO원(건물분 부가가치세 OOO원)으로 기재되어 있고, 매매계약서의 특약사항에 의하면, 제3항에는 “매도인은 본건 매매부동산의 임대차 내용에 대한 각 임대보증금, 각 임대료, 각 관리비에 대한 상세내역을 2022년 3월 31일까지 매수인에게 교부하고(임대차계약서로 대체 가능), 매수인은 잔금지급일로부터 기존 임대차를 승계한다”고 되어 있고, 제9항에는 “본건 부동산상 임차인 등에 대한 명도는 매수인의 책임으로 한다. 만약 임차인들의 명도가 2022년 9월 30일 이전에 완료되면 잔금지급일은 명도완료일로부터 10일 이내로 정한다”고 되어 있다.
<표2> 부동산 매매 계약서 내역
○○○
(다) 쟁점부동산 양도 당시 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가 및 처분청의 안분계산 내역은 아래 <표3>과 같고, 청구인들도 계산내역에 대해서는 이견이 없다.
<표3> 쟁점부동산의 토지 및 건물 기준시가 안분계산 내역
○○○
(라) 처분청은 쟁점부동산이 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에 해당하는지 여부를 확인하기 위하여 2024.9.9. 매수법인측에 쟁점부동산의 사용 현황 등에 대한 자료를 요청하였고, 매수법인(주식회사 C)이 2024.9.27. 처분청에 회신한 쟁점부동산 사용계획 자료 등에 의하면, 매수법인은 당초 취득 당시 쟁점부동산을 재건축하려 하였으나, 3층 임차인이 임대차보호법을 근거로 퇴거하지 않아 재건축을 진행하지 못하였고, 쟁점부동산을 리모델링 공사(2024.8.28.∼2024.10.18.)한 후 아래 <표4>와 같이 사용할 계획으로 나타나며, 실제로 매수법인은 쟁점건물을 리모델링한 후 매수법인의 사옥 등으로 사용 중으로 3층 등 일부는 임대하여 임대료를 수취(관련 부가가치세 신고)한 것으로 나타난다.
<표4> 쟁점건물 사용계획(센터명 : C OOO센터)
○○○
<표5> 주식회사 C의 부동산임대명세서
○○○
(마) 청구인들은 매수법인이 매매계약 체결 이후 임차인들을 내보내고 건물을 신축할 예정이었고, 청구인들은 매수법인의 요청에 따라 임대차계약이 갱신되지 않도록 임차인들에게 계약해지 통보를 진행하였다는 증빙으로 매수법인측과의 카카오톡 메시지 내용 등을 제출하였고, 청구인들이 쟁점건물이 철거되지 못하고 있다는 사실을 알게 되어 쟁점부동산을 방문하였을 당시의 현장 사진 등을 제출하였다.
<A과 매수법인 대표 E 간 카카오톡 메시지 내역>
○○○
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인들은 쟁점부동산의 양도가 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물은 철거하고 토지만 사용하는 경우에 해당하여 건물가액(OOO원)을 낮게 거래한 것으로 쟁점부동산 토지⋅건물의 실지거래가액을 기준시가로 안분하는 등 재계산하여 건물 공급분에 대한 부가가치세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하나,
쟁점건물은 청구인들이 쟁점부동산 잔금청산일까지 임대하여 임대인들로부터 임대료를 수취하였고, 양도 이후에는 매수법인이 기존 임차인으로부터 임대료를 지급받은 것으로 나타나며, 현재까지 멸실되지 않은 채 매수법인이 건물 리모델링을 완료하여 사옥으로 사용(일부 사무실을 임대)하고 있어 양도 당시 철거 예정인 건물로 보기는 어려워 쟁점부동산의 양도가 「부가가치세법 시행령」 제64조 제2항 제2호에 따른 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’에 해당한다고 보기 어려운 점, 「부가가치세법」제29조 제9항 제2호에서 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피 방지 목적으로 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조 제1항에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상의 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조 제1항에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는 점, 청구인이 구분한 쟁점부동산의 토지와 건물 실지거래가액이 기준시가로 안분계산한 가액과 30/100 이상 차이가 있는 것으로 확인되고, 청구인들도 이에 대해서는 이견이 없는 점 등에 비추어, 처분청이 기준시가에 의하여 안분 계산하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.