[주 문]

OO세무서장이 2025.1.2. 청구인에게 한 2017.2.1. 증여분 증여세 OOO원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 주식회사 A(2025년 2월 주식회사 B로 흡수합병되어 소멸한 회사로, 이하 “A”라 한다)는 2003.5.12. 설립되어 OO도 OO시 OOO에서 혈당측정기 및 혈당측정 스트립 등을 제조․판매하는 회사이다.

청구인은 2017.2.1. 주식회사 C(2017.2.28. 주주총회 결의로 해산하여 2017.5.8. 청산종결한 회사로, 이하 “쟁점상대방”이라 한다)로부터 A가 발행한 비상장 보통주식 3,154,109주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 OOO원, 총 OOO원에 취득(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.

나. OO세무서장은 2018년 10월경 쟁점상대방 등에 대한 세무조사를 실시하여, 쟁점상대방이 특수관계 없는 청구인에게 정당한 사유 없이 쟁점주식을 정상가액인 1주당 OOO원(시가로 본 매매사례가액 OOO원의 70%)보다 저가(OOO원)에 양도하였다고 보고, 「법인세법」제24조 제1항 및 같은 법 시행령 제35조 제2호에 따라 정상가액과 거래가격의 차액 OOO원을 비지정기부금으로 보아 손금불산입한 후 2018.12.10. 이미 청산종결된 쟁점상대방의 주주 및 대표이사이자 청산인이었던 A을 제2차 납세의무자로 지정하여 쟁점상대방의 2017사업연도 법인세 OOO원을 납부고지하였다.

위 조사결과를 통보받은 처분청은 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다) 제35조 제2항의 적용하여 2017.2.1. 증여분 증여세 OOO원에 대한 과세예고통지를 하였고, 청구인은 과세전적부심사를 청구하였으나, 그 청구가 2019.2.20. 불채택됨에 따라 2019.2.25. 위 세액이 결정․고지되자 2019.2.28. 위 증여세를 납부한 후 불복절차는 진행하지 아니하였다.

다. 쟁점상대방의 청산인 A은 위 법인세 부과처분에 불복하여 조세심판청구를 제기하였다가 2019.12.20. 기각결정(조심 2019서2182)을 받았고, 그에 대한 행정소송에서 2023.3.16. 대법원으로부터 원고승소 확정판결(이하 “쟁점판결”이라 한다)을 받았다.

라. 청구인은 쟁점판결일(2023.3.16.)부터 약 1년 8개월 후인 2024.11.25. 후발적 사유(쟁점판결)의 발생을 이유로 처분청에 2017.2.1. 증여분 증여세 OOO원에 대한 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.1.2. 청구인이 쟁점판결의 당사자가 아니어서 후발적 경정청구의 요건을 충족하지 못한다는 이유로 경정청구를 거부하였다.

마. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점판결로 인하여 쟁점거래를 통해 청구인에게 발생한 증여이익이 존재하지 않는 것으로 확정되었고, 법원 및 조세심판원도 제3자의 판결을 후발적 경정청구 사유로 인정하고 있는바, 쟁점판결의 소송 당사자가 아니라는 사유로 한 경정청구 거부처분은 위법하다.

  (가) 쟁점판결의 항소심에서 법원은 OO세무서장이 쟁점상대방에 대한 법인세 부과처분의 근거로 삼았던 ‘쟁점상대방이 쟁점거래를 통해 거래상대방(청구인)에게 무상이전한 비지정기부금(청구인의 증여이익)과 해당 거래에 있는 정당한 사유의 부존재’는 착오로 잘못 판단한 위법한 처분이라고 판단하여 1심 판결과 달리 원고승소 판결을 하였고, 이에 대하여 대법원은 항소심 판결이 타당하다고 보아 심리불속행 기각판결을 하여, 최종적으로 청구인에게 증여이익이 발생하지 아니하였다는 사실을 확정하였다.

  (나) 청구인은 쟁점판결의 실질적 당사자인바, 단순히 해당 소송의 원고 또는 피고가 아니라는 이유만으로 후발적 경정청구의 당사자 적격이 없다고 보는 것은 타당하지 아니하다.

  (다) 법원은 판결이 부과처분에 대한 직접적인 것이 아니더라도 판결에 따른 논리필연적인 결과로 부과처분의 근거가 없어지면 후발적 경정청구의 대상이 된다고 분명하게 판시(OOO)하고 있고, 조세심판원도 제3자의 판결이라 하더라도 납세의무자의 과세표준과 세액의 확정에 직접적인 영향을 주는 경우에는 후발적 경정청구 사유에 해당한다(조심 2022서1568, 2023.1.18., 조심 2016광2300, 2017.6.27., 조심 2020전1154, 2021.3.15. 참조)고 인정하고 있다.

 (2) 청구인은 쟁점판결의 존재를 안 날(2024.10.17.)부터 3개월 이내인 2024.11.25.에 경정청구를 제기하였으므로, 후발적 경정청구의 기간요건을 충족한다.

  쟁점상대방은 2017.5.28. 청산종료됨에 따라 사무실이나 임직원이 없었고, 청구인이 연락할 방법이 없었으며, 쟁점상대방의 대표이사 A과는 상호 간 형사고소 및 민사소송을 제기한 바 있어, 전혀 연락 하지 않던 관계로, 청구인은 쟁점판결의 확정 당시에는 그 판결의 존재를 알지 못하였다.

  그러던 중 청구인은 2024년 9월경 우연히 A의 OO투자자로 함께 참여하였던 다른 투자자로부터 쟁점상대방이 법인세 부과처분에 대한 소송에서 최종 승소하였다는 소식을 전해 들었고, 이에 청구인은 2024년 10월경 OO세무서 재산세과와 OO세무서 조사과를 방문하여 관련 과세자료를 열람하고 사본을 교부받았으며, 2024.10.17. OO세무서장을 상대로 “정보공개청구”를 하여 관련 과세자료와 필요한 문서 등을 교부받았고, 그 결과 당초 청구인에게 부과된 증여세 OOO원이 잘못 부과된 것이라는 사실을 비로소 알게 되었다.

 (3) 정부부과세목인 증여세를 처분청이 잘못 부과하였다면, 처분청이 상증세법 제76조 제4항에 따라 결정․경정할 의무가 있음에도 불구하고, 그 의무를 이행하지 아니한 채 한 이 건 처분은 위법하다.

  (가) 신고납부세목이 아닌 정부부과세목인 증여세의 경우 과세관청이 적법한 세액을 결정․경정하여야 함에도 불구하고, 처분청은 그 의무를 이행하지 않고 있다.

  증여세와 같은 정부부과 세목은 통상의 신고납세세목과 달리 과세관청에만 조세채권·채무관계를 확정, 결정, 경정하는 권한을 부여하고 있으므로, 과세관청에게는 납세자에게 경정청구권을 부여하는 것에 앞서서 전적으로 바른 납세액을 결정해야 하는 의무가 있다.

  따라서 상증세법 제76조 제4항에서 ‘세무서장 등은 제1항이나 제2항에 따라 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 결정 후 그 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정하거나 경정(更正)한다.’라고 규정하여 과세관청에게 적법한 세액에 맞게 경정하여야 할 의무가 있음을 분명히 규정하고 있다.

  이 건에서 처분청은 청구인에게 증여이익이 발생하지 아니하였음을 쟁점판결을 통해 확인하였음에도 불구하고 위 법에 따른 경정의무를 이행하지 않고 있으므로, 이 건 처분은 위법하다.

  (나) 납세자 권리구제를 확대하기 위한 제도의 취지를 고려할 때, 후발적 경정청구 사유는 폭넓게 인정되어야 한다.

  후발적 사유의 발생에 기초한 납세자의 후발적 경정청구권은 법률상 명문의 규정이 있는지 여부에 따라 좌우되는 것이 아니라, 조세법률주의 및 재산권을 보장하고 있는 헌법의 정신에 비추어 볼 때 조리상 당연히 인정되는 것이고, 「국세기본법」이 수정신고제도만을 두고 있다가 제45조의2를 신설하여 후발적 사유에 의한 경정제도를 신설한 것은 위와 같은 조리상의 법리를 확인한 것(OOO)이다.

  위와 같은 취지에서 법원은 채무자의 도산으로 인하여 비영업대금의 이익이 소득의 실현가능성이 없는 것으로 사후적으로 확정된 경우를 후발적 경정청구 사유로 인정하면서, 후발적 경정청구와 관련된 「국세기본법」 및 같은 법 시행령 규정을 예시규정으로 판단(OOO)한 바 있고, 통상적인 경정청구와 별도로 후발적 경정청구 제도를 두어 납세자의 권리를 보다 두텁게 보장하기 위한 제도의 취지를 고려하면, 후발적 경정청구 사유를 폭넓게 인정하는 것이 타당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 「국세기본법」제45조의2 제2항에서 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다라고 규정하고 있다.

 (2) 후발적 경정청구의 사유로 인정되는 ‘판결’은 해당 납세의무자가 그 판결의 당사자인 경우만를 의미한다 할 것(OOO)이므로, 쟁점판결의 당사자가 아닌 청구인은 쟁점판결을 이유로 후발적 경정청구를 할 수 없다고 보는 것이 타당한바, 경정청구를 거부한 이 건 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 거래상대방이 청구인과의 쟁점거래에 따른 법인세 부과처분에 대한 행정소송에서 승소한 경우, 청구인에게 후발적 경정청구가 인정되는지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다.

 (가) 날짜별 사실관계는 아래 <표1>과 같다.

<표1> 날짜별 사실관계

  (나) 쟁점상대방이 제기한 법인세 부과처분 취소 소송에서 법원(1심 : 원고 패소, 2심 : 원고 승소, 대법원 : 심리불속행 기각)이 판단한 내용은 아래와 같다.

<표2> 1심 판결서(OOO, 원고 패소) 주요내용

<표3> 2심 판결서(OOO, 원고 승소) 주요내용

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 처분청은 청구인이 쟁점판결의 소송당사자가 아니므로, 쟁점판결의 발생은 청구인에게 적용되는 후발적 경정청구의 사유에 해당하지 않는다고 주장한다.

  (나) 「국세기본법」제45조의2 제2항에서 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 그 1호에서 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’라고 규정하고 있고, 이러한 후발적 경정청구는 납세의무 성립 후 과세표준 및 세액의 산정기초에 일정한 후발적 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하기 위한 데에 그 취지가 있다 할 것(OOO)이다.

  한편, 후발적 경정청구는 해당 납세자가 종전에 행한 거래나 행위 등이 ‘판결’ 등에 의해 다른 것으로 확정되었을 때 할 수 있는 것인바, 그러한 경정청구의 속성상 일반적으로는 그 판결에 따른 법률효과가 기속되는 소송의 당사자에게 청구의 적격이 있다 할 것(OOO)이다.

  다만, 해당 소송의 판단대상이 된 거래 또는 행위 등이 실질적인 관점에서 당사자 사이에 투명하게 다투어져서 판결이유에서 실체적 진실을 담은 사실관계가 드러나고, 사실관계 판단이 납세자의 과세표준과 세액의 계산근거가 되는 거래 여부를 확정하는 데에 직접적인 영향을 주는 사유이며, 관련된 판결의 논리필연적인 결과로 납세자에 대한 과세근거가 없는 것으로 확정되는 경우라면, 실질적 조세법률주의 및 재산권 보장의 관점, 후발적 경정청구 제도의 취지 등에 비추어, 예외적으로 판결의 직접적인 소송당사자가 아닌 사람에게도 후발적 경정청구를 인정할 수 있다 할 것(조심 2016광2300, 2017.6.27., 조심 2020전1154, 2021.3.15. 등, 같은 뜻임)이다.

  (다) 이 건에서, 쟁점판결은 청구인에게 쟁점주식을 양도한 거래상대방인 쟁점상대방이 그 거래와 관련한 법인세 부과처분에 불복하여 제기한 행정소송으로, 법원은 해당 거래에서 과세관청이 적용한 시가(1주당 OOO원)가 객관적인 교환가치를 적정하게 반영된 매매사례라거나 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 반영한 것이라고 보기 어렵고, 설령 그 가액이 시가에 해당한다 하더라도, 청구인과 쟁점상대방이 실제 거래한 가액(1주당 OOO원)이 정상가액이라고 믿을 만한 합리적인 사유가 있거나, 그 가액에 쟁점주식을 양도하는 것이 합리적인 경제인의 관점에서 비정상적이었다고 보기 어려워 해당 거래가 법인세 과세대상인 저가양도가 아니라고 판단하였던바, 그와 같은 법원의 실체적 사실관계 조사․심리 및 판단내용을 보면, 쟁점판결은 위에서 본 바와 같이 예외적으로 청구인의 후발적 경정청구 사유로 인정되는 ‘판결’에 해당한다고 보는 것이 타당하다.

  한편, 후발적 경정청구의 기간요건에 관하여 “사유가 발생한 것을 ‘안 날’부터 3개월 이내”로 규정하고 있는데, 청구인은 쟁점상대방과 특수관계가 없고, 쟁점상대방은 쟁점거래 직후인 2017.5.8. 청산종결되어 법인격이 소멸한바, 소송의 직접 당사자가 아닌 청구인으로서는 쟁점상대방을 통해 쟁점판결의 선고 당시에는 그 사실을 알기 어려웠을 것으로 보이고, 쟁점판결의 선고 사실 등과 관련하여 청구인이 OO세무서장에게 정보공개 청구를 하여 그에 대한 통지를 받은 2024.10.29.이 후발적 경정청구의 기산일(사유의 발생사실을 안 날)로 보는 것이 타당하고, 그 날부터 3개월 이내인 2024.11.25. 제기된 이 건 후발적 경정청구는 그 기간요건도 충족한다 할 것이다.

  따라서 처분청이 이 건 후발적 경정청구가 「국세기본법」제45조의2 제2항의 요건을 충족하지 못한다고 보아 그 청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

(2) 국세기본법 시행령

제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우

(3) 상속세 및 증여세법

제35조(저가 양수 또는 고가 양도에 따른 이익의 증여) ② 특수관계인이 아닌 자 간에 거래의 관행상 정당한 사유 없이 재산을 시가보다 현저히 낮은 가액으로 양수하거나 시가보다 현저히 높은 가액으로 양도한 경우로서 그 대가와 시가의 차액이 대통령령으로 정하는 기준금액 이상인 경우에는 해당 재산의 양수일 또는 양도일을 증여일로 하여 그 대가와 시가의 차액에서 대통령령으로 정하는 금액을 뺀 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

제76조(결정ㆍ경정) ① 세무서장등은 제67조나 제68조에 따른 신고에 의하여 과세표준과 세액을 결정한다. 다만, 신고를 하지 아니하였거나 그 신고한 과세표준이나 세액에 탈루(脫漏) 또는 오류가 있는 경우에는 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정한다.

② 세무서장등은 「국세징수법」 제9조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 있는 경우에는 제1항에도 불구하고 제67조나 제68조에 따른 신고기한 전이라도 수시로 과세표준과 세액을 결정할 수 있다.

④ 세무서장등은 제1항이나 제2항에 따라 과세표준과 세액을 결정할 수 없거나 결정 후 그 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 그 과세표준과 세액을 조사하여 결정하거나 경정(更正)한다.

(4) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정되기 전의 것)

제24조(기부금의 손금불산입) ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·교육·종교·자선·학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 "지정기부금"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 "손금산입한도액"이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금 외의 기부금은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 제2항에 따른 기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)

2. 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금과 제13조 제1호에 따른 결손금의 합계액

(5) 법인세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 일부개정되기 전의 것)

제35조(기부금의 범위) 법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

2. 법인이 제87조에 따른 특수관계인 외의 자에게 정당한 사유없이 자산을 정상가액보다 낮은 가액으로 양도하거나 정상가액보다 높은 가액으로 매입함으로써 그 차액중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액. 이 경우 정상가액은 시가에 시가의 100분의 30을 가산하거나 100분의 30을 차감한 범위안의 가액으로 한다.