[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1.처분개요

가.청구법인은 2000.12.22. 설립되어 화장품 제조업 등을 영위하는 법인으로, 2021년 제1기 부가가치세 과세기간 중 청구법인과 특수관계법인인 A 주식회사(이하 “A”이라 한다) 및 B 주식회사(이하 “B”라 한다)와 A 및 B가 보유한 상표권(OOO, OOO, B, 이를 합하여 이하 “쟁점상표권”이라 한다)에 대하여 아래 <표1>과 같이 각 계약별 대상국가 내 화장품 품목에 대한 상표권 라이센싱 계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고, 쟁점계약에 따른 라이센스 수수료 등 합계 OOO원을 A 및 B에게 지급한 후 아래 <표2>와 같이 A 및 B로부터 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하여 이에 대한 매입세액을 공제한 후 2021년 제1기 부가가치세를 신고․납부하였다.

<표1> 쟁점계약 세부 내역

○○○

<표2> 쟁점세금계산서 세부내역

○○○

나.인천지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과 청구법인이 실제 용역거래사실 없이 사실과 다른 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 이에 따라 처분청은 2024.12.9. 청구법인에게 2021년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2025.3.7. 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

 (1) 청구법인이 A 및 B와 쟁점상표권에 대한 쟁점계약을 체결하게 된 경위는 다음과 같다.

  (가) 쟁점상표권 중 OOO의 경우 A이 2017.12.14. 상표권자인 이탈리아 소재 법인(C)과 상표라이선스 계약을 체결하여 상표 사용권을 확보하였고, 쟁점상표권 중 OOO의 경우 A이 2018.3.2. 상표권자인 홍콩 소재 법인(D, 이하 “홍콩 법인”이라 한다)과 상표라이선스 계약을 체결하여 상표 사용권을 확보하였으며, B의 경우 A의 완전 자회사인 B가 보유한 자체 상표권이다.

  (나) A의 경우 명품 플랫폼 사업을 시작한 이후 명품 의류소비 확대로 매출이 상승하여 이를 바탕으로 화장품 제조 및 판매 등으로 사업영역 확장을 추구하고자 화장품 제조 및 판매업을 영위하던 중 청구법인을 인수하였고, 청구법인의 기존 보유 브랜드 성장이 어려워진 점을 고려하여 기존 브랜드를 구조조정하면서 A 및 A의 자회사 B가 보유하고 있던 유명 의류브랜드인 쟁점상표권을 확보하여 화장품 사업에 접목 후 국내․외 화장품 판매 및 유통을 통해 기존 사업을 확대하고자 하는 취지의 내부 사업계획를 수립하였다.

  (다) 청구법인과 A 및 B 모두 세법상 특수관계가 있던 관계로 세법이 정하는 바에 따라 쟁점상표권의 가치를 전문적으로 평가하는 외부 회계법인에 공정하고 객관적인 평가를 의뢰한 후 그 결과에 따라 산정된 쟁점상표권의 가치를 근거로 이사회 의결 등 제반 절차를 준수하여 쟁점계약을 체결하게 되었다.

  (라) 쟁점계약 체결 이후 청구법인이 쟁점상표권을 활용한 관련 사업을 추진하던 2021.6.18. 청구법인, A 및 B의 대표이사 E이 구속되고, A 및 B의 연쇄 부도로 인해 부득이하게 쟁점상표권을 활용한 화장품 제품 개발 및 판매 사업이 중단된 것이다.

 (2) 쟁점상표권은 모두 특허청에 등록된 무형자산으로서 수년간 활발한 사업활동으로 인지도 등 가치가 누적되어 있던 자산으로, 청구법인이 쟁점상표권에 대한 외부 회계법인의 객관적인 평가를 거쳐 그 결과에 따라 쟁점계약을 체결한 후 관련 대금을 A 및 B에게 지급하고 쟁점세금계산서를 수취하였으므로, 쟁점상표권의 가치가 없다는 전제에서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 처분청이 한 이 건 처분은 위법․부당하다.

  (가) 청구법인은 쟁점상표권의 가치를 외부 회계법인의 평가를 통해 적정하게 산정하여 쟁점계약을 체결하였고, 이후 청구법인에 대한 회계감사결과나 청구법인이 전환사채를 발행하는 과정에서 증권사의 실사결과를 통해 쟁점계약 및 쟁점상표권 모두 정상적인 거래임이 입증되었다.

  (나) 처분청은 쟁점상표권이 기존에 화장품 품목에 사용된 적이 없는 것으로서 그 가치를 평가한 외부 기관의 결과 또한 신뢰할 수 없다는 의견이나, 다음과 같은 이유로 이를 받아들이기 어렵다.

   1) A은 쟁점상표권에 대한 상표권 등록 후 2018년경부터 쟁점상표권을 활용하여 일본 등에서 뷰티숍을 운영하는 등 이를 활용한 화장품 제품 출시를 기획하는 등 관련 사업활동을 하였고, 청구법인도 쟁점계약 체결 이후 쟁점상표권을 활용한 화장품 사업 추진을 위해 화장품 시장분석 및 쟁점상표권의 연도별 예상 매출액 분석 등 사업계획을 수립하였으며, 이는 청구법인이 작성한 기획안, 사업보고서 및 업무보고자료를 통해 확인된다.

   2) 또한 쟁점계약을 체결하기에 앞서 쟁점상표권에 대하여 외부 회계법인에게 평가를 의뢰하여 이에 대한 객관적인 가치 평가를 받은 사실이 있고, 청구법인이 쟁점상표권 중 OOO에 대한 상표권자의 지분을 인수하고자 2021.4.28. 전환사채를 발행하는 과정에서 이를 인수한 증권사 또한 쟁점상표권에 대한 조사를 실시하여 그 가치를 인정하였으며, 2022년경 청구법인의 감사의 요청으로 외부전문가가 실시한 조사에서도 쟁점상표권이 가치가 없다거나 쟁점계약이 부당하다는 의견이 없었던 것으로 확인되는 등 외부 전문기관의 검증을 통해 쟁점상표권의 가치나 쟁점계약의 적정성이 확인되었다고 볼 수 없다.

   3) 또한 쟁점상표권 중 OOO의 경우 쟁점계약 이후 2022년 5월경 청구법인과 특수관계가 없는 법인(주식회사 F)이 이에 대한 상표권 양수도 계약을 체결하여 이를 OOO원에 양수하는 사실도 있어 쟁점상표권 모두 상당한 가치가 누적된 진정한 상표권임이 입증된다고 할 것이다.

   4) 이와 같이 쟁점상표권은 모두 실제 가치가 있는 무형자산으로서 적정하게 평가된 가치에 따라 쟁점계약을 체결하고 이에 대한 대가를 지급한 후 쟁점세금계산서를 수취한 것이므로 이를 가공거래에 따른 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청이 한 이 건 처분은 위법․부당하다.

  (다) 또한 처분청은 쟁점세금계산서를 발급한 A 및 B가 그에 따른 부가가치세를 납부하지 않았으므로 쟁점세금계산서가 가공거래에 따른 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 의견이나, A 및 B의 경우 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세를 신고하였으나, 대표이사의 구속 및 부도로 인해 부득이 부가가치세를 납부하지 못하게 된 것일 뿐이고, 청구법인의 경우 쟁점계약에 따라 부가가치세를 포함한 대금을 A 및 B에게 지급하였음에도 매출처인 A 및 B의 부가가치세 체납에 대하여 책임을 지울 수는 없다고 할 것이다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인이 A 및 B와 쟁점상표권에 대한 쟁점계약의 체결 경위를 고려할 때 이는 정상적인 상표권 계약이라고 인정하기 어려운바, 쟁점세금계산서는 실제 용역을 제공받지 않고 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

  (가) 쟁점계약 체결 당시 청구법인, A 및 B 모두 E이 위 법인들의 사주이자 대표이사로 재직하면서 실질적인 쟁점계약에 대한 모든 의사결정을 단독적으로 행사할 권한을 가진 자였고, 쟁점계약의 체결과 관련된 청구법인의 이사회 회의록 또한 등기임원의 도장을 도용하여 날인하는 등 쟁점계약의 경우 비정상적인 의사결정 절차에 따라 체결된 것으로 보인다.

  (나) 또한 쟁점계약에 따라 청구법인이 A 및 B에 지급한 대금의 경우 최종적으로 E 및 배우자에게 OOO원이 지급되었고, 나머지 대금 또한 A의 채무 상환 및 E과 특수관계인이 지분 100%를 보유한 법인(G 주식회사)에 대한 자금 지원 등 청구법인의 보유 자금을 E 등을 위해 유출된 것으로 확인되며, 또한 쟁점계약에 따라 쟁점상표권에 대한 1년차 최소 보장 로열티의 지급 기한이 2021.6.30.임에도 청구법인이 쟁점계약 체결 직후 최소 보장 로열티를 지급하였는데, A이 쟁점계약에 따라 수취한 용역대금으로 거래처 만기어음 결제에 사용한 정황과 쟁점계약 체결 당시 A의 매출 급감으로 인한 유동성 문제가 있었던 점을 고려할 때 E이 이러한 문제를 해결하고자 쟁점계약을 체결하였던 것으로 보인다.

<표3> 쟁점계약에 따른 용역대금 자금 흐름

○○○

  (다) 한편 쟁점상표권 중 OOO의 경우 이탈리아 소재 법인이 보유 중인 상표권인데, A의 경우 위 이탈리아 소재 법인과 OOO 상표권에 대한 라이센스 계약을 체결한 것으로 확인될 뿐, 이를 다시 라이센싱할 수 있는 권한이 있는지도 불분명하고, 쟁점상표권 중 OOO의 상표권자인 홍콩 법인 또한 E이 100% 지분을 출자하여 설립한 법인임에도 A과의 OOO 상표권에 대한 라이센스 계약시 신원 불상의 외국인(K)이 홍콩법인의 대표로 서명을 한 것으로 나타나 라이센스 계약 자체도 신뢰하기 어렵다.

  (라) 또한 청구법인의 경우 쟁점계약에 따라 청구법인이 쟁점상표권에 대한 적법한 사용 권한을 보유하고 있었음에도 E의 구속 및 A의 부도 이후 쟁점계약을 즉시 해지하였는데, 이러한 정황을 고려할 때 청구법인이 애초에 쟁점상표권을 청구법인의 사업활동에 활용하여 사용할 계획이 없었음이 확인된다.

  (마) 쟁점계약의 체결과 관련된 의사결정 과정이나 쟁점계약에 따라 A 및 B가 수취한 용역대금의 최종 사용 용도 등을 고려할 때 이는 E이 청구법인을 인수한 직후 청구법인의 자금을 유출하여 개인적인 용도로 사용하고자 청구법인으로 하여금 쟁점계약을 체결하고 그에 따라 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보이는바, 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.

 (2) 청구법인은 쟁점상표권에 대한 외부 기관의 객관적인 평가를 통해 쟁점상표권이 실체가 있는 상표권이고, 그에 대한 사용권을 획득하여 청구법인의 매출 상향을 도모하고자 하였던 점이 증빙자료를 통해 입증되는 이상 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 위 주장을 받아들이기 어렵다.

  (가) 청구법인은 쟁점계약 체결에 앞서 쟁점상표권에 대하여 외부 회계법인의 평가를 통해 적정 가치를 산정한 후 그에 따라 쟁점계약을 체결한 것이라고 주장하나, 쟁점상표권에 대한 무형자산 평가보고서의 경우 공인회계사회가 제정한 가치평가 서비스 수행기준을 미준수한 보고서로 쟁점상표권의 가치 평가 근거인 상표별 예상매출액도 A 및 B의 상표별 매출액 대비 20∼100배 이상 과다하게 산정된 것으로 나타나 해당 평가보고서 자체를 신뢰하기 어렵고, 그에 따라 산정된 쟁점계약에 따른 쟁점상표권의 대가도 신뢰하기 어렵다.

  (나) 또한 청구법인은 청구법인 감사인의 요청에 따라 실시한 외부 조사를 실시한 결과 쟁점계약에 따라 E이 청구법인의 자금을 횡령한 것으로 볼 수 없다고 판단된 이상 쟁점세금계산서를 가공 세금계산서로 볼 수는 없다고 주장하나, 청구법인이 법률사무소에 의뢰하여 실시한 외부조사보고서에 따르면 쟁점상표권에 대한 무형자산 평가보고서의 가치 산정에 대한 기초 자료가 오류가 있고, 공인회계사회가 제정한 가치평가 서비스 수행기준을 미준수한 보고서라는 점을 지적하였음에도 E의 자금 횡령 여부만을 중점적으로 조사한 것으로 쟁점계약에 따른 쟁점상표권 거래가 가공거래에 해당하지 않는다는 등의 내용을 조사한 것이 아니므로 이를 근거로 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다는 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

  (다) 한편 청구법인은 증권사가 실시한 실지조사 결과 쟁점계약이 정상적인 것을 전제로 청구법인이 발행한 OOO원 상당의 전환사채를 인수하였으므로, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 주장하는데, 실제 청구법인이 발행한 전환사채를 2021.4.27. 증권사가 인수하기는 하였으나, 쟁점상표권을 활용한 사업이 진행되지 않아 자금사용 미승인 후 2021.8.20. 청구법인이 전액 조기상환한 것으로 확인되는바, 위와 같은 청구법인의 주장도 받아들이기 어렵다.

  (라) 실제 청구법인은 쟁점상표권과 관련된 사업계획을 수립하여 청구법인의 사업 활동에 사용하고자 하였다고 주장하나, 쟁점계약에 따라 쟁점상표권의 사용권한을 보유하게 되었음에도 이를 활용하여 발생한 매출이 전무하고, 쟁점상표권과 관련된 사업계획 자체도 단순 업무일지 및 일반적인 화장품 업계 현황조사 자료에 불과할 뿐 쟁점상표권을 활용할 구체적인 사업계획서 등 객관적인 증빙자료를 제출하지 못한 이상 쟁점상표권을 사업활동에 활용하고자 하였다는 청구법인의 주장을 신뢰하기 어렵다.

3.심리 및 판단

가.쟁점

 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

나.관련 법령 : <별지> 기재

다.사실관계 및 판단

 (1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 청구법인, A 및 B와 관련된 사실관계는 다음과 같다.

   1) 청구법인은 화장품 제조업 등을 영위한 법인으로 2021.3.29. A 등이 청구법인 발행주식을 인수하여 최대주주가 되었고, 같은 날 대표이사로 E이 선임된 것으로 확인된다.

   2) A은 2011.1.28. 설립되어 의류 제조업 등을 영위한 법인으로 E이 A의 최대주주이자 대표이사로 재직하였고, 2021년 7월경 부도처리된 후 2022.1.31. 직권폐업처리된 것으로 확인되며, B는 A의 100% 자회사로 E이 대표이사로 재직하였던 법인이다.

  (나) 쟁점상표권과 관련되 사실관계는 다음과 같다.

   1) OOO 상표권의 경우 2018.1.18. E이 단독으로 설립한 홍콩법인이 보유한 상표권으로 2018.7.27.을 출연일로 하고 2020.5.28. 홍콩법인을 상표권자로 하여 특허청에 상표등록을 한 것으로 확인되고, A과 홍콩법인은 2018.3.2. A이 OOO 상표권을 사용하여 판매한 제품 판매금액의 7%를 로열티로 지급하기로 하는 내용으로 라이센스 계약을 체결하였으며, 2021.3.3. OOO 상표권을 활용하여 한국, 중국 및 일본에서 화장품 품목의 제조 및 판매 등에 대한 서브라이센스 계약을 체결한 것으로 확인된다.

<표4> 홍콩법인과 A간 OOO 상표권 라이센스 계약

○○○

   2) OOO 상표권의 경우 이탈리아 소재 법인(H)이 보유한 상표권으로 2016.4.26.을 출연일로 하고 2017.5.23. 위 이탈리아 소재 법인을 상표권자로 하여 특허청에 상표등록을 한 것으로 확인되고, 2017.12.14. A과 이탈리아 소재 법인(C)은 A이 OOO 상표권을 사용하여 판매한 제품 판매금액의 4%를 로열티로 지급하기로 하는 내용으로 라이센스 계약을 체결한 것으로 나타난다.

   3) B 상표권의 경우 B가 보유한 상표권으로 2017.10.12.을 출연일로 하고 2018.6.15. B를 상표권자로 하여 특허청에 상표등록을 한 것으로 확인된다.

  (다) 쟁점계약과 관련되 사실관계는 다음과 같다.

   1) 청구법인은 A과 아래 <표5>와 같이 OOO 상표권을 활용한 화장품 품목을 한국, 중국 및 일본에서 7년간 판매할 수 있는 내용으로 상표권 라이센스 계약을 체결하였다.

<표5> 쟁점계약 중 OOO 상표권 라이센스 계약 내용

○○○

   2) 청구법인은 A과 아래 <표6>과 같이 OOO 상표권을 활용한 화장품 품목을 한국 및 중국에서 7년간 판매할 수 있는 내용의 상표권 라이센스 계약을 체결하였다.

<표6> 쟁점계약 중 OOO 상표권 라이센스 계약 내용

○○○

   3) 청구법인은 아래 <표7>과 같이 2021.5.21. B와 B 상표권을 활용한 화장품 품목을 한국 및 중국에서 7년간 판매할 수 있는 내용의 상표권 라이센스 계약을 체결하였다.

<표7> 쟁점계약 중 OOO 상표권 라이센스 계약 내용

○○○

  (라) 청구법인은 A 및 B에게 쟁점계약에 따른 라이센스 양수대가 및 1년차 최소 로열티 등 합계 OOO원을 지급(부가가치세액 포함)한 후 쟁점세금계산서를 수취하였고, A과 B는 쟁점세금계산서와 관련된 2021년 제1기 부가가치세 전액을 체납 중인 것으로 확인된다.

  (마) 청구법인은 2021.7.5. A의 부도 이후 2021.7.19. 쟁점계약해지 통보 및 기 지급한 라이센스 양수대가 및 최소 로열티 반환 요청통보를 한 것으로 확인된다.

 (2) 청구법인은 쟁점세금계산서가 정상적인 용역거래에 따라 수취한 세금계산서에 해당한다고 주장하면서 다음과 같은 자료를 제출하였다.

  (가) 청구법인은 쟁점상표권을 활용하여 발생한 매출은 없으나, 향후 화장품 사업에서 쟁점상표권을 활용한 제품을 개발 및 판매하기 위해 구체적인 사업계획을 수립하였다고 주장하면서 내부 사업보고서 및 기획안 등을 제출하였다.

<표8> 쟁점상표권 사업보고서 주요 내용

○○○

<표9> 쟁점상표권 관련 기획안

○○○

  (나) 청구법인은 외부 회계법인이 청구법인의 사업계획을 기준으로 유사 기업 매출 추이, 관련 시장 전망 등을 고려하여 현금흐름을 산정한 후 쟁점상표권에 대한 무형자산 가치 평가보고서를 작성하였고, 그에 따라 산정된 쟁점상표권의 가치를 기반으로 쟁점계약을 체결하고, 그에 따른 상표권의 대가 및 최소 로열티를 A 및 B에 지급하였으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 주장하면서 쟁점상표권에 대한 평가보고서를 제출하였다.

<표10> 외부 회계법인의 쟁점상표권 평가보고서

○○○

  (다) 청구법인은 외부 감사인의 요청에 따라 실시한 청구법인에 대한 외부 전문가가 작성한 조사보고서상 쟁점상표권에 대하여 청구법인이 실제 업무수행 내역이 확인되었다고 기재되어 있는 이상 쟁점상표권과 관련된 용역거래를 가공거래로 볼 수 없다고 주장하면서 외부 조사보고서를 제출하였다.

<표11> 외부 조사보고서(작성일자 2022.3.8.)상 쟁점상표권 관련 청구법인 업무 수행 내역

○○○

  (라) 청구법인은 A 및 B의 경우 쟁점상표권을 활용한 화장품 사업 확장을 추진 중이었고, 2021.2.15. A과 특수관계가 없는 주식회사 I와 쟁점상표권 중 OOO 상표권에 대하여 계약금 OOO원, 5년간 최소 보장 로열티 OOO원 상당의 상표사용권 계약을 체결하였으며, 이후 2022년 5월경 주식회사 F가 쟁점상표권 중 OOO 상표권에 대하여 OOO원 규모의 상표권 양수도계약을 체결하여 이를 양수하는 등 쟁점상표권의 가치가 없다는 처분청의 의견을 받아들일 수 없다고 주장하면서 A의 쟁점상표권 관련 사업 활동 내역 및 OOO 상표권 관련 라이센스 계약서를 제출하였다.

<표12> A의 쟁점상표권 관련 사업 활동 내역

○○○

<표13> OOO 상표권 관련 라이센스 계약

○○○

<표14> OOO 상표권 양수도계약 관련 신문기사

○○○

 (3) 조사청은 쟁점상표권과 관련된 용역거래가 가공거래로서 그에 따라 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 의견으로 다음과 같은 자료를 제출하였다.

  (가) 조사청은 쟁점계약과 관련된 의사결정 과정에 대하여 청구법인의 당시 대표이사인 E도 구체적인 답변을 하지 못하고 있고, 당시 청구법인의 등기임원도 쟁점계약 체결 사실을 인지하지 못하였다고 회신하는 등 쟁점계약의 신빙성이 의심된다는 의견으로 E의 문답서를 제출하였다.

<표15> E의 문답서

○○○

  (나) 조사청은 쟁점계약 중 OOO 상표권에 대한 라이센스 계약의 경우 해당 상표권자의 서브라이센스 승인 여부에 대해 청구법인이 이탈리아 소재 법인의 직원이라는 신원불상자의 확인서만을 이 건 세무조사 종결일 이후 제출하였을 뿐이므로, 해당 상표권자의 서브라이센스 승인도 불분명한 상황이라는 의견으로 청구법인이 제출한 사실확인서를 제출하였다.

<표16> OOO 상표권 관련 사실확인서(청구법인 제출)

○○○

  (다) 조사청은 E의 경우 A의 특수관계법인(J 주식회사)의 대표이사로 재직하면서 쟁점상표권 중 OOO 및 OOO 상표권에 대하여 쟁점계약과 유사한 라이센스 계약을 체결한 후 그에 따른 상표권 양수도대금을 지급받았으나, 위 법인의 경영진 교체 이후 E을 횡령 등의 혐의로 고소하고 청구법인에게도 업무 협조 요청 통지서를 발송한 사실이 확인되는 이상 쟁점계약 또한 실제 상표권 라이센싱을 위한 계약으로 보기 어렵다는 의견으로 J 주식회사가 청구법인에게 송부한 업무 협조 요청 통지서를 제출하였다.

<표17> J 주식회사의 업무 협조 요청 통지

○○○

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 특정거래가 실질적인 용역의 공급이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에게 있는 것이나, 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 상당한 정도로 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 처분의 위법성을 다투는 납세의무자가 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 점에 대한 입증의 필요가 있다고 할 것이다(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결, 같은 뜻임).

  (나) 쟁점상표권 중 OOO 상표권의 경우 A이 상표권자(H)가 아닌 C와 라이센스 계약을 체결한 것으로 확인되고, 해당 라이센스 계약에서도 A이 제3자에게 위 상표권의 사용을 허여할 권한을 부여한다는 내용이 확인되지 않으며, 쟁점상표권 중 OOO 상표권의 경우 A과 홍콩 법인 간의 라이센스 계약시 홍콩법인의 대표자로 서명한 자가 실제 홍콩법인의 대표이사 또는 등기임원이 아닌 신원불상자인 것으로 확인되어 해당 라이센스 계약의 신빙성을 확인하기 어려우므로, 쟁점계약에 따라 위 상표권과 관련된 용역공급이 실제 있었다고 보기 어려운 점, 쟁점계약에 따라 A 등이 수취한 용역대가가 청구법인, A 및 B의 당시 대표이사 E 및 그 특수관계자 등에게 귀속된 것으로 확인되는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점계약에 따라 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 상당한 정도로 하였다고 볼 수 있다.

  (다) 반면, 청구법인은 쟁점계약의 체결일로부터 2개월이 경과하기도 전에 A 및 B에게 쟁점계약의 해지를 통보하고 쟁점계약에 따라 기 지급한 용역대가(라이센스 대가 및 최소 로열티)를 반환해달라고 요청한 것으로 확인되고, 실제 청구법인이 쟁점상표권을 활용한 제품의 제조 및 판매 등을 한 사실이 없는 것으로 확인되며, 쟁점세금계산서가 실제 쟁점계약에 따른 용역을 공급받고 수취한 세금계산서라고 주장할 뿐, 쟁점상표권에 대한 용역의 공급이 있었다고 볼 만한 객관적인 증빙자료를 제출한 사실이 없다.

  (라) 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에서 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우를 해당 매입세액을 불공제하도록 규정하고 있는데, 위 규정의 ‘사실과 다르다’는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것인바(대법원 2025.5.29. 선고 2023두41314 판결, 같은 뜻임), 청구법인이 쟁점계약의 형식과 달리 실제 쟁점상표권에 대한 사용허여 등의 용역을 제공받았다고 인정하기 어려운 이상, 그에 따라 수취한 쟁점세금계산서의 경우 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 것이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4.결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

 (1) 부가가치세법

 제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다.

 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 1.제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

 (2) 부가가치세법 시행령

 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급