[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 전자칠판 등의 제조․판매자로, 중국에서 수입한 전자칠판을 국내에서 생산한 것처럼 거짓 표기 후 유통시켜, 대표이사 A와 그 동생 B(이사)과 함께 유죄판결(이하 “쟁점형사판결”이라 한다)을 받았는데, 그에 대응하기 위해 2021～2023년에 법무법인들에게 OOO원(이하 “쟁점지출”이라 한다)을 지출하는 한편, 2023.10.5.에는 A로부터 OOO원에 취득한 특허권(이하 “쟁점금액”, “쟁점특허권” 및 “쟁점거래”라 한다)을 무형자산으로 계상하고, 쟁점금액은 A의 기타소득으로 원천징수하였다.

나. 처분청은 쟁점지출을 업무무관으로 손금 부인하고, 일부(OOO원)는 개인(이사) 부담분을 청구법인이 대납한 것으로 보아 상여로 처분하는 한편, 쟁점거래는 사실상 청구법인이 창출한 쟁점특허권을 대표이사로부터 위장․취득한 것으로 보아 부인하는 등 2025.6.25. 청구법인에게 아래 <표>와 같이 법인세 등의 경정․고지 및 소득금액변동통지를 하였다.

ㅇㅇㅇ

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 쟁점지출은 청구법인이 업무상 발생한 분쟁에 대응하기 위해 법무용역을 공급받은 대가로 지급한 것으로, 그 자체로 손금이다.

 처분청은 쟁점형사판결의 피고인에 청구법인 외에 이사들도 포함되었다는 이유로, 이사들에게 사외유출되었다고 보았으나, 이사들은 청구법인의 이사 지위에서 수사를 받아 기소된바, 별도의 개인자격으로 받은 것은 아니기에 달리 볼 합리적 근거는 될 수 없다.

 또한, 처분청이 쟁점형사판결 외에 그와 관련된 행정처분(이하 “쟁점행정처분”이라 한다)에 대응하기 위한 행정심판 및 행정소송 관련 지출을 손금으로 인정한 점을 고려하면, 쟁점지출 또한 그와 관련된 것으로 함께 손금으로 인정되어야 한다.

 A는 쟁점특허권 외에도 2014년부터 다수의 특허를 개인 명의로 출원하여 일부는 매각하였음에도 아무런 문제가 없었던바, A가 쟁점특허권을 개인적으로 발명하였음은 의심할 여지가 없는데도(담당 변리사도 쟁점특허권에 대해 별도의 연구시설과 연구인력이 없더라도, 개인이 발명할 수 있다는 의견을 제시하였다), 유독 쟁점거래만 문제 삼아 부인한 처분청의 판단은 납득하기 어렵다.

나. 처분청 의견

 청구법인과 이사들은 생산지를 거짓․위조하는 등 반사회적 행위를 저질러 유죄판결을 받은바, 쟁점지출은 이러한 비상식적․반사회적 행위에 대응하기 위한 목적일 뿐, 정상적인 사업활동에서 발생한 지출(손금)로 볼 수 없음은 명백하다[｢법인세법｣상 손금요건(사업관련성, 수익관련성, 통상성)을 갖추었다고 보기도 어렵다].

 쟁점형사판결에 따르면, 이사들은 청구법인과 함께 소송당사자로서 개인 지위에서 기소(피고인)되어 유죄판결을 받았음을 알 수 있는데, 청구법인이 이사들이 부담할 법무비용까지 전부 부담한 이상, 그 일부는 이사들에게 귀속된 상여로 보아야 함은 당연하다.

 유죄판결 후 후속 행정처분과 관련한 지출은 형사사건이 아닌 점을 감안, 청구법인이 제시한 객관적 증빙에 따라 손금으로 인정하였으나, 쟁점지출은 행정처분에 앞선 반사회적 범죄행위에 따른 수사, 기소, 형사소송 과정 등에 대응하기 위한 지출인바, 양자를 동일하게 취급할 수는 없다.

 법인이 아닌 개인의 발명으로 인정되려면, 단순한 아이디어 제공을 넘어 해당 발명에 이르기까지 구체적 행위가 드러나야 하는데, A는 쟁점특허권과 관련한 연구노트, 실험일지 등 개인 발명이었다고 인정할 증빙은 제시하지 못한 반면, 청구법인의 기업부설연구소에서 문건(쟁점특허권 관련 기안과 특허도출 진행계획 등)이 작성된 점 등에 비추어, A가 대표자의 지위에서 벗어나 순수하게 개인적인 지위에서 쟁점특허권을 발명한 것으로 인정하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점지출 손금부인 및 그 일부를 상여로 소득처분한 당부

 ② 쟁점특허권은 대표이사가 개인적으로 발명한 것으로, 정상대가를 지급하고 양수하였다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

 (2) 법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 체납처분비

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 것

제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액

제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

제67조(소득처분) 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ②법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

 1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액

 2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액

제106조(소득처분) ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

 1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것.(단서생략)

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 법 제94조의 규정에 의한 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제135조의 규정에 의한 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

(4) 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

 5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다)

제21조(기타소득) ① 기타소득은 이자소득ㆍ배당소득ㆍ사업소득ㆍ근로소득ㆍ연금소득ㆍ퇴직소득 및 양도소득 외의 소득으로서 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

22의2. 종업원등 또는 대학의 교직원이 퇴직한 후에 지급받는 직무발명보상금

(5) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다.

 3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료(관련 판결문 및 법인세 신고내역 등)에 따른 사실관계는 다음과 같다.

  (가) 인천지방검찰청은 청구법인, A, B을 사기죄, 대외무역법 및 관세법위반 등 위반혐의로 기소하여 쟁점형사판결을 통해 청구법인은 벌금 OOO원, A와 B은 징역 1년 6개월(집행유예 2년)에 벌금 OOO원씩 선고되었는데, 이후 추가 항소 없이 확정되었다.

  (나) 청구법인은 위 사건 등과 관련하여 법무법인 A 및 B에 OOO원 및 OOO원 등 총 OOO원을 (쟁점)지출하였는데, 처분청은 이를 반사회적 범죄행위에 대응하기 위한 업무무관 지출로 보아 손금 부인한 후, 그 중 OOO원은 이사들 개인부담분을 청구법인이 대납한 것으로 보아 상여로 처분하고, 나머지 금액(OOO원)은 공동 지출로 보아 4(청구법인) : 3(A) : 3(B) 비율로 안분하여 귀속시킨 다음, 청구법인 분은 기타사외유출로, 이사들 분은 상여로 각각 소득처분하였다.

  (다) 쟁점형사판결이 확정되자, 청구법인은 2023.11.3. 조달청으로부터 입찰참가자격 제한처분을, 2024.6.5.에는 OOO으로부터 직접생산확인 취소처분을 받아 현재 행정소송이 진행 중인데, 이 건 처분에 앞선 과세전적부심사 단계에서 청구법인은 이들 행정처분에 대응하기 위해 추가로 법무용역을 공급받고 그에 따른 지출증빙(쟁점지출 외)을 제시하여 해당 금액 OOO원은 손금으로 인정되었다.

  (라) 청구법인은 2015년에 기업부설연구소를 설치하여, 2021년부터 2023년까지 OOO원을 연구개발비로 지출하였고, 그와 관련하여 OOO원을 연구개발세액공제로 받았다.

  (마) A에게 쟁점특허권이 자신의 고유 발명임을 입증할 자료를 요청하였으나, 개인연구노트 또는 실험일지 등 이를 추정할 수 있는 객관적 증빙자료는 제시하지 않은 반면, 청구법인의 기업부설연구소에서 작성한 기안과 특허도출 진행계획에 따르면 쟁점특허권과 관련한 사항이 기재되어 있고, 쟁점특허권의 특허출원을 위임받은 특허법인(C)에 따르면 관련된 협의를 A 개인이 아닌 청구법인의 기업부설연구소와 연락하여 진행한 것으로 나타난다.

 (2) 청구법인이 제시한 심리자료는 다음과 같다.

  (가) A는 2014년부터 개인 지위에서 다수의 특허(13건)를 발명하였고 이들 중 일부는 매각되었음에도 아무런 문제가 없었는데, 유독 쟁점거래만 문제 삼는 것은 납득하기 어렵다면서, 관련된 특허 목록을 제시하였다.

  (나) 쟁점특허권은 특별한 인적․물적시설 등의 환경을 필요로 하는 것은 아니며 과거 A의 발명 이력 등에 비추어, 개인적인 발명으로 보기에 부족함이 없다면서, 쟁점특허의 출원을 담당한 변리사의 기술가치평가 추가의견서(2025.9.3.) 등을 제시하였다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대해 보건대, 청구법인은 쟁점지출에 대해 청구법인의 사업상 매출 및 이익 증대와 관련하여 발생한 사건에 대응하기 위한 것으로, 손금으로 인정되어야 한다고 주장하나,

 원칙적으로 ‘손비는 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이고, “일반적으로 용인되는 통상적인 비용”이란 해당 법인과 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서 지출할 것이라고 기대되는 비용으로, 이에 해당하는지 여부는 지출 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등에 비추어, 객관적으로 판단하되 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되어야 할 것인바(OOO),

  쟁점지출은, 청구법인과 그 임원들의 반사회적 범죄행위(중국제품을 한국제품으로 위조하여 유통)에 대응하기 위하여 지출된 것으로 이를 일반적으로 용인되는 통상적인 비용이었다고 인정하기 어려운 점, 형사사건의 소송당사자에 청구법인은 물론 임원들도 자신들의 범죄행위에 대해 개인지위에서의 피고인으로 포함되어 있는 점, 임원들의 범죄행위가 청구법인의 사업영위를 위해 불가피했거나 그 지위에서 의무적으로 행한 행위였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 쟁점지출은 손금으로 인정하기 어렵고, 또한 그 일부는 대표이사 등 임원들이 개인적으로 부담할 것을 법인이 대납한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점지출의 손금을 부인하여 법인세를 고지하는 한편, 쟁점지출의 일부를 임원들의 상여로 소득금액변동통지를 한 처분에는 달리 잘못은 없는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대해 보건대, 청구법인은 대표이사가 개인적으로 발명한 쟁점특허권을 정당한 대가를 지급하고 매수한 것이라고 주장하나,

  쟁점특허권은 청구법인의 주된 사업과 관련된 것으로, 청구법인의 경험, 노하우 및 기술력이 반영된 것으로 보이고, 여기에 청구법인이 그간 연구전담부서를 설치하여 연구개발비를 지출하면서 관련된 세액공제를 받았던 사정까지 감안하면, 특별한 사정이 없는 한 쟁점특허권은 청구법인이 스스로(자가) 취득한 것으로 봄이 타당한 점, 쟁점특허권을 개발하는 과정에서 대표이사 개인의 아이디어가 반영되었을 수도 있으나, 대표이사가 이를 넘어 쟁점특허권의 개발에 있어 핵심적인 역할을 담당하였는지 여부가 불분명하고, 이와 관련하여 대표이사가 수행한 구체적인 연구 자료나 개발을 위한 개인적인 지출내역 등과 같은 객관적 증빙자료도 확인되지 않는 점 등에 비추어, 청구법인은 스스로 창출한 쟁점특허권을 대표이사로부터 취득한 것으로 가장한 것으로 보이므로, 처분청이 이를 전제로 쟁점거래를 부인하고 쟁점금액을 대표이사의 상여로 소득금액변동통지를 한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.