1. 청구취지

가. 피고 ●●세무서장이 202X. 10. 20. 원고에 대하여 한 201X 사업연도 법인세 000원(가산세 포함), 201X 사업연도 법인세 000원(가산세 포함), 201X 사업연도 법인세 000원(가산세 포함)의 각 부과처분과 201X년 제2기 부가가치세 000원(가산세 포함), 201X년 제1기 부가가치세 000원(가산세 포함), 201X년 제2기 부가가치세 000원(가산세 포함), 201X년 제1기 부가가치세 000원(가산세 포함), 201X년 제2기 부가가치세 000원(가산세 포함)의 각 부과처분을 모두 취소한다.

나. 피고 ●●지방국세청장이 202X. 10. 19. 원고에 대하여 한 소득자를 AAA으로 한 201X년 귀속 000원, 201X년 귀속 000원, 201X년 귀속 000원의 상여 소득금액변동통지처분, 소득자를 BBB로 한 201X년 귀속 000원, 201X년 귀속 000원, 201X년 귀속 000원의 배당 소득금액변동통지처분, 소득자를 CCC로 한 201X년 귀속 000원, 201X년 귀속 000원, 201X년 귀속 000원의 배당 소득금액변동통지처분, 소득자를 DDD으로 한 201X년 귀속 000원, 201X년 귀속 000원의 상여 소득금액변동통지처분, 소득자를 EEE으로 한 201X년 귀속 000원, 201X년 귀속 000원의 배당소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심판결을 청구취지 기재와 같이 변경한다.

나. 피고들

제1심판결 중 피고들 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주택건설매매 및 임대업 등을 영위하고 있는 법인이다. 원고는 주식회사 가가가(이하 법인명에서 ‘주식회사’를 생략한다), 나나나, 다다다, 라라라, 마마마 등을 계열사로 두고 있다.

나. 원고와 그 계열사들은 AAA과 그의 친족인 DDD, BBB, FFF, GGG, EEE, HHH 등 및 계열사들이 지분 100%를 보유하고 있다.

다. 피고 ●●지방국세청장은 201X. X. 19.부터 201X. X. 2.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 피고 ●●세무서장에게 아래와 같은 조사 내용이 포함된 과세자료를 통보하였다.

라. 피고 ●●세무서장은 위 조사 결과에 따라 원고의 각 사업연도 소득금액을 경정하여 202X. X. 20. 원고에게 다음과 같이 법인세 부과처분(가산세 포함, 이하 같다)과 부가가치세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 부가가치세 처분’이라 한다)을 하였다.

마. 피고 ●●지방국세청장은 202X. 10. 19. 위와 같이 경정된 원고의 소득금액을 토대로 다음과 같이 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다).

바. 원고는 위 각 처분에 불복하여 202X. X. X. 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 202X. X. X. ‘쟁점①과 관련하여 원고가 나나나에 대여한 대여금 중 일부를 원고의 업무 관련 대여금으로 보아 관련 지급이자를 손금에 산입하고, 쟁점④와 관련하여 원고가 마마마에 P1부동산을 양도한 거래에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 않는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다.

사. 이에 따라 피고 ●●세무서장은 202X X. X. 다음과 같이 법인세 부과처분 중 일부를 감액경정하였다(이하 피고의 원고에 대한 202X. X. X.자 법인세 부과처분 중 위 감액경정에 따라 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 각 법인세 처분’이라 하고, 이 사건 각 부가가치세 처분과 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 처분의 위법 여부

가. 쟁점① 부분에 관한 판단

1) 원고의 주장

원고는 201X~201X 사업연도에 P2에서의 ‘B1빌딩’ 개발 사업과 P3에서의 ‘P3호수공원 B1아파트’ 개발 사업의 추진 과정에서 시행사이자 신축건물의 건축주인 나나나에게 금원을 대여하였다. 원고가 관계사인 나나나과 지속적으로 함께 사업을 수행하는 협력관계에 있는 이상, 원고가 나나나의 경영계속을 위하여 자금을 대여하였는바, 업무관련성이 인정되어야 한다. 특히 조세심판원은 원고가 시공사로 참여하는 사업의 ‘사업부지 매입자금’ 및 ‘사업용 건물 인수자금’을 나나나에게 대여한 경우에는 업무관련성을 인정하였는데, 나나나가 원고로부터 차입한 자금으로 사업부지를 매입하는 경우와 나나나가 금융기관으로부터 차입한 자금으로 사업부지를 매입한 후 원고로부터 차입한 자금으로 금융기관에 변제를 하는 경우는 그 경제적 실질이 동일하므로 달리 취급해서는 아니된다.

2) 관련 법리 및 규정

가) 법인세법 제28조2) 제1항 제4호 (나)목은 ‘특수관계인에게 해당 법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등으로서 대통령령으로 정하는 것에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액’은 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는다고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제53조 제1항은 위 법률에서 ‘대통령령으로 정하는 것’이란 ’명칭 여하에 불문하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액을 말한다‘고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 위 법률에서 ’대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액‘이란 ’지급이자‘에 ’업무와 관련이 없는 자금의 대여액과 업무와 관련이 없는 자산가액의 합계액을 총차입금으로 나눈 비율‘을 곱한 것을 말한다고 규정하고 있다.

나) 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목, 법인세법 시행령 제53조 제1항에서 법인이 특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 조달 등을 위한 차입금에 대한 이자를 손금으로 산입할 수 없도록 규제하고 있는 것은, 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 조달 등을 위한 차입금에 대하여 지출한 이자는 법인의 수익을 창출하기 위하여 지출한 비용이 아니므로 수익대응성이 없어 세무회계상 이를 손금으로 보기 어려울 뿐만 아니라, 조세정책적으로도 법인인 기업의 사주가 자신의 개인적인 필요를 위해 기업자금을 무분별하게 유출하여 기업이 부실화되는 것을 막고, 아울러 특수관계에 있는 계열기업들이 업무와 무관하게 상호간에 자금대여 등으로 얽히게 되어 어느 한 기업이 도산할 경우 다른 계열기업이 연쇄도산하거나 부실하게 되는 것을 방지하기 위하여, 즉 재무구조가 취약한 법인이 타인자본에 의존하여 자금을 비생산적으로 활용하는 것을 규제함으로써 기업의 재무구조를 개선하고 건전한 경제활동을 유도하는 데에 있다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12645 판결 등 참조).

한편, 가지급금의 업무관련성 여부는 납세법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2007. 9. 20. 선고 2006두1647 판결, 대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두15450 판결 등 참조). 계열회사에 대한 대여금이 납세법인의 매출이나 수익의 증대에 직접적이고 상당한 수준으로 기여한다면 업무와 관련성이 있다고 볼 수 있을 것이나, 대여금이 납세법인의 매출이나 수익 증대에는 별다른 기여를 하지 못하고 주로 자금지원을 받는 계열회사의 순수한 운전자금으로 사용되었다면 그러한 대여금은 납세법인의 업무와 관련 없이 지급한 가지급금으로 보아야 할 것이다(대법원 2003. 3. 11. 선고 2002두4068 판결, 대법원 2013. 9. 12. 선고 2013두11451 판결 등 참조).

3) 인정사실

가) 원고는 주택건설매매 및 임대업, 부동산매매 및 임대업 등을 그 목적사업으로 하고 있다.

나) 원고는 201X년부터 202X년까지 사이에 법인세법상 특수관계인에 해당하는 나나나가 시행한 ① ‘P3호수공원 B1’ 아파트 개발사업, ② P2 ‘B1빌딩’ 개발사업에서 시공사로 참여하였다.

다) 원고는 201X년부터 201X년까지 나나나에 총 00회에 걸쳐 합계 000억원을 대여하고 그 중 000억 원을 00 나누어 회수하였다. 그중 이 사건에서 문제된 대여금은 다음과 같다(이하 순번대로 ‘이 사건 ① 내지 ⑨ 대여금’이라 한다). 이 사건 ⑦ 대여금을 제외한 나머지 대여금의 사용처에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없다.

4) 구체적 판단

위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 ③, ④, ⑤, ⑦ 대여금은 원고가 자신의 영업과 관련없이 특수관계자인 나나나에 운영자금 지원 등을 위해 지급한 것으로 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목, 법인세법 시행령 제53조 제1항에서 정한 ‘특수관계자에게 업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

ⓐ 원고는 주택건설매매 및 임대업, 부동산매매 및 임대업 등을 그 목적으로 하고 있는데, 나나나의 차입금 상환 등으로 사용된 이 사건 ③, ④, ⑤, ⑦ 대여금을 원고의 위 목적사업에 관련된 자금으로 보기는 어렵다. 원고는 당심에 이르러, 나나나가 추진한 여러 개발사업에 원고가 시공사로 참여하여 매출을 얻었고, PF사업 구조상 시행사의 자금조달을 지원하는 것은 건설업의 현실적 관행이며, 일부 자금은 기존 차입금 상환(리파이낸싱)에 사용되어 결과적으로 원고의 사업 리스크를 줄이는 효과가 있었으며, 원고 정관상 ‘기타 금융업’ 목적도 포함되어 있으므로 자금 운용 자체가 사업 범위에 속한다는 취지로도 주장하나(원고 202X. X. X 자 준비서면 3면 등), 아래 사정들에 비추어 보면 위와 같은 금전 대여는 금융업에서 예정하는 통상적인 영업행태라 볼 수 없을 뿐더러, 원고와 나나나 사이에 경제적 협업관계에 비추어 위와 같은 대여 행위로 원고가 일정한 경제적 반사이익을 얻었다 하더라도 이를 원고의 매출 내지 수익의 증대에 직접적으로 기여한 것이라고 평가할 수는 없다.

ⓑ 원고는 이 사건 ③, ④, ⑤, ⑦ 대여금의 경우와 같이 나나나가 금융기관으로부터 차입한 자금으로 사업부지를 매수하거나 사업부지를 소유한 법인에 관한 주식·채권을 매수한 후 원고로부터 차입한 자금으로 금융기관에 변제를 하는 경우는, 나나나가 원고로부터 차입한 자금으로 사업부지를 매수하거나 사업부지를 소유한 법인에 관한 주식·채권을 매수하는 경우와 그 경제적 실질이 동일하므로 달리 취급해서는 아니 된다고 주장한다. 그러나 나나나이 자금의 조달 방식을 달리하여 원고로부터 차입한 자금으로 금융기관에 변제를 하는 이상, 이 사건 ③, ④, ⑤, ⑦ 대여금은 그것이 원고 자신의 독자적인 영업활동을 위한 것이라거나 주채무자인 시행사의 결격사유 발생으로 원고 자신의 보증채무를 이행한 것과 다름없다는 등의 특별한 사정이 없는 한 이 사건 나머지 대여금과 달리 원고의 매출 내지 수익의 증대에 간접적으로 기여할 수 있을 뿐이라고 봄이 타당하고, 원고 주장의 경제적 실질만으로는 이와 달리 볼 수 없다. 즉 합리적인 경제주체인 기업은 각자의 경영환경에 따라 자금조달 방식을 자유롭게 선택할 수 있는 것인데, 나나나가원고가 아닌 금융기관으로부터 차입한 이상 그러한 차입금의 상환을 원고가 지원하는 것은 외부에서 이미 조달한 차입금에 대한 채무의 상환을 나나나가 아닌 원고가 사실상 부담할 것인지가 가장 직접적인 문제이고 이는 원고가 경영상 판단에 따라 나나나가 사업부지 매수 등을 위해 대여할 것인지의 문제와는 구분되므로, 원고로부터 차입하는 경우와 달리 원고로부터 차입한 자금으로 금융기관에 변제하는 경우 그 대여금 지급이자가 손금불산입된다고 하여 이를 불합리하다고 평가하기는 어렵고, 달리 원고 주장과 같이 판단할 만한 근거가 부족하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

한편, 원고는 이 사건 ⑦ 내지 ⑨ 대여금의 액수를 합하면 000억 원으로, 나나나가 다다다 인수 당시 지출한 액수와 일치하며 그 대여 시기도 서로 유사하므로, 이 사건 ⑦ 대여금은 다다다 인수로 사용되었다는 취지로 다툰다. 그러나 나나나가 이 사건 ⑦ 대여금의 대여일 전에 다다다 인수비용 중 일부를 지급하였는바(갑 제0호증의 1 내지 5) 이 사건 ⑦ 대여금은 다다다 인수비용이 아니라 나나나의 차입금 상환에 사용되었던 것으로 보이고, 원고 또한 이 사건 ⑦ 대여금의 경우 원고 및 가가가에 대한 기존 차입금에 상환하였다는 취지로 진술하기도 하였다(원고 202X. X. X자 준비서면).

ⓒ 원고가 201X년부터 201X년까지 나나나에 대여한 대여금액은 합계 000억원에 이르는데, 이는 원고의 201X년말 당시 자본금 000억 원의 0배, 자기자본 000억 원의 0배에 달하는 금액이고, 원고의 201X년 매출액 000억 원을 현저히 초과하는 금액이다. 또한 원고의 단기차입금은 201X년 000억 원에서 201X년 000억 원으로 증가하였는데, 같은 기간 원고의 나나나에 대한 대여금은 000억 원 증가하였다. 이는 원고가 사실상 단기차입금을 조달하여 나나나에 다시 대여한 것으로 보인다.

ⓓ 원고는 위와 같이 거액의 단기차입금을 조달하여 다시 대여하는 방식으로 나나나에 이 사건 ③, ④, ⑤, ⑦ 대여금을 대여하면서 이사회를 개최하는 등 내부통제 절차를 거치거나 대여금의 용도를 제한하지도 않았던 것으로 보이고, 이에 관한 담보를 제공받지도 않았다.

ⓔ 그렇다면 원고가 나나나에 위 대여금들을 대여하였던 것은, 특수관계자인 나나나가 유동성이 좋지 않았고 당시 차입금을 상환할 필요가 있었던 상황에서 원고가 자신의 신용에 기반하여 조달한 차입금을 나나나의 운영자금으로 사용될 수 있도록 지원하는 목적이 주된 것으로 보일 뿐, 두 법인이 특수관계에 있다는 점을 고려하지 아니하고는 객관적으로 경제적인 합리성이 있는 행위라고 평가할 수 없다. 그 밖에 이 사건 ③, ④, ⑤, ⑦ 대여금이 원고의 매출 내지 수익의 증대에 직접적이고 상당한 수준으로 기여를 한다는 사실을 인정할 만한 객관적인 사정 등을 찾아보기 어렵다.

ⓕ 위 ⓐ 내지 ⓔ 사정에 의하면, 이 사건 ③, ④, ⑤, ⑦ 대여금이 원고의 매출 내지 수익의 증대와는 별다른 상관관계가 없고, 오히려 원고의 매출 등에 악영향을 끼쳤을 가능성이 높아 보인다.

나. 쟁점② 부분에 관한 판단

1) 원고의 주장

가) 원고는 나나나로부터 ‘B1빌딩 신축공사’를 도급받았고, ‘B1빌딩 신축공사’의 시공사로서 00공사로부터 원고를 ‘공급받는 자’로 하여 교부받은 시설부담금 세금계산서에 따라 실제로 B1빌딩 시설부담금을 지급하였다. 따라서 이는 업무관련비용으로 법인세법상 손금에 해당한다.

나) 원고는 가가가와 ‘P3B22단지’ 개발사업의 공동시공사인데, ‘P3B22단지’ 개발사업의 흥행을 위하여 동일한 B1 브랜드를 사용하는 ‘P3B21단지’에 대한 주민들의 만족도를 높이는 것이 중요하다고 판단하였다. 이에 가가가가 시공한 ‘P3B21단지’에 헬스기구를 설치하는 비용으로 000원을 지출하였는바, 업무관련성이 인정되어야 한다.

다) 원고는 200X, 200X년 III에게 금원을 대여하면서 이에 대한 담보로 III 소유의 P3 00-2 등 8필지 토지(이하 ‘P3 토지’라 한다)에 관하여 근저당권을 설정하였다. 원고는 III의 사망에 따라 III의 배우자인 JJJ로부터 P3 토지를 이전받았는데, 법인인 원고는 농지법에 따라 농지인 P3 토지를 취득할 수 없었기 때문에 어쩔 수 없이 AAA 명의로 취득하였다. 이후 JJJ의 채권자인 KKK가 P3 토지와 관련하여 JJJ와 AAA을 피고로 하여 사해행위취소소송을 제기하였는데, 원고는 P3 토지의 실질적 소유자로서 소유권을 보호하기 위해 법률자문비용을 지출하였다. 따라서 이는 업무관련성이 인정되어야 한다.

2) 관련 법리 및 규정

법인세법 제19조5) 제1항은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다’고, 같은 조 제2항은 ‘손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다’고 각 규정하고 있다.

여기에서 말하는 ‘일반적으로 용인되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다. 그리고 납세의무자가 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정은 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2021. 9. 16. 선고 2017두68813 판결 등 참조).

3) 구체적 판단

가) 시설부담금 부분

앞서 든 증거들, 갑 제X호증, 을 제X호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 피고들이 강조하는 사정이나 제출된 증거들만으로는 시설부담금 부분이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 점이 증명되었다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 시설부담금 부분에 관한 원고의 주장은 이유 있다.

ⓐ 원고는 B1빌딩 신축공사의 시공사이고, 00공사로부터 원고를 공급받는 자로 한 시설부담금에 관한 세금계산서를 교부받고 00공사에 시설부담금 201X년 000원, 201X년 000원, 201X년 000원을 납부하였다.

ⓑ 전기사업법 제16조 제1항 및 그 위임에 따른 00공사 기본공급약관(이하 ‘이 사건 약관’이라 한다) 제8조 제1항은 ‘고객이 전기사용을 새로 신청하거나 변경하고자 할 경우에는 미리 이 약관을 승낙하여야 합니다’라고, 같은 조 제3항은 ‘전기사용장소의 소유자가 아닌 고객이 전기사용을 신청하거나 변경하고자 할 경우에는 해당 소유자의 동의를 받아야 합니다’라고 각 규정하고 있고, 제83조는 ‘고객이 새로 전기를 사용하거나 계약전력을 증가시키는 경우 또는 고객의 희망에 따라 공급설비를 변경하는 경우에 배전선로 공사비는 고객이 부담하는 것을 원칙으로 합니다’라고, 제84조 제1항은 ‘고객이 새로 전기를 사용하거나 계약전력을 증가시켜 일반공급설비로 전기를 공급받는 경우에는 공사발생 유무 및 공사내역에 관계없이 제93조(표준시설부담금의 산정)에 따라 산정한 금액을 부담합니다’라고 규정하고 있다. 그러나 위 조항들만으로는 건물(전기사용장소)의 소유자인 ‘시행자’가 무조건 전기설비에 관한 시설부담금을 부담 하여야 한다고 보기 어렵다. 오히려 앞서 본 이 사건 약관 제8조 제3항의 문언에 비추어 이 사건 약관에서 전기공급계약을 체결할 ‘고객’을 반드시 전기사용장소의 소유자로 국한하고 있지는 아니한 점, 전기사업법은 다수의 수요자에게 생활에 필수적인 전기를 공급하는 공익사업인 전기판매사업의 합리적 운용과 사용자의 이익보호를 위하여 계약자유의 원칙을 배제하여 전기판매사업자와 수요자와의 공급계약에 대하여 당사자가 개별적으로 계약조건을 협정하는 것을 금지하고 오로지 전기공급약관의 정함에 따르도록 하여 특히 전기요금에 관하여는 공공요금의 공정하고 합리적인 결정이라는 입장에서 엄격한 절차를 요구하고 있는바(대법원 1989. 4. 25. 선고 87다카2792 판결 등 참조), 시설부담금의 부담주체를 결정하는 문제는 위와 같은 이 사건 약관의 취지와는 직접적인 관련이 없는 점 등을 고려하여 보면, 피고들 주장과 같이 이 사건 약관에서 전기공급계약의 당사자를 전기사용장소의 소유자 내지 점유자로 제한하고 있다고 볼 수 없다.

ⓒ 피고들은, 원고가 나나나를 위하여 B1빌딩 신축공사를 하는 용역의 제공자에 불과하고, 이러한 건물 공사로 인해 완공되는 B1빌딩에서 전기를 새로 사용할 자는 빌딩을 신축하여 소유하게 될 사업시행자인 나나나라고 주장한다. 그러나 이 사건 약관에서 전기공급계약의 당사자를 전기사용장소의 소유자로 제한하고 있다고 볼 수 없음은 위 ⓑ항에서 살펴 본 바와 같은바, 건물을 신축하면서 발생하는 전기설비에 관한 시설부담금을 시행사가 부담할지, 시공사가 부담할지 여부는 당사자 사이의 협의에 따라 결정될 수 있다. 그리고 원고가 사업상 협력관계에 있는 나나나과의 협의에 따라 시설부담금을 부담하였다면, 이는 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 수익과 직접 관련된 것으로 볼 수 있으므로 이를 두고 손비의 요건을 갖추지 못하였다고 볼 수 없다.

ⓓ 피고들은 원고와 나나나 사이의 도급계약서에 시설부담금에 관한 별도의 약정이 없고, 도급금액에 시설부담금이 포함되어 있다는 증거가 없다는 점을 근거로 들고 있으나, 위와 같은 사정들만으로는 나나나가 부담하여야 할 시설부담금을 원고가 대신 부담하였다고 보기 어렵다.

ⓔ 피고들은 “법인이 본사 사옥을 신축하면서 전기사업법 제16조 및 전기공급약관 제83조에 따라 00공사에 납부하는 전기 인입비용 부담액은 법인세법 시행령제31조 제2항에 의하여 신축하는 건물의 자본적 지출로 처리하는 것”이라는 취지로 밝힌 유권해석을 들어 원고가 지출한 시설부담금은 납부 사업연도 일시에 손금 산입할 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 행정 각 부처의 장 등이 일반 국민의 소관 법령의 해석에 관한 질의에 대하여 하는 회신은 법원을 구속하지 못하는 점, 해당 사안은 질의법인이 ‘직접 지출’한 전기 인입비용 부담액을 당기비용으로 인식할지 아니면 자본적 지출로 처리할지 여부에 대한 답변으로서 이 사건과 같이 신축하는 건물의 소유자가 아닌 시공사가 실제로 시설부담금을 지출한 상황에서 해당 손금을 부인할 수 있는지에 원용하기에 적절하지 아니한 점 등을 고려하면, 피고들이 강조하는 위 사정만으로는 이 부분 처분이 적법하다고 볼 수 없다.

나) 헬스기구 설치비용 부분

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ⓐ 원고가 헬스기구 설치비용을 부담한 ‘P3B21단지’ 아파트의 경우 ‘B1’이라는 동일한 브랜드를 사용할 뿐, 원고의 매출이나 수익 등과는 직접적인 관련이 없는 점, ⓑ 원고가 시공하는 ‘P3B22단지’ 아파트 개발사업의 흥행을 위한 목적이었다면, 원고가 ‘P3B22단지’ 아파트에 직접 헬스기구를 설치하는 것이 그 목적에 더욱 부합하는 점 등을 종합하면, 헬스기구 설치비용이 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 볼 수 없고, 원고의 주장과 같이 단지 원고가 시공한 ‘P3B22단지’ 아파트와 동일한 브랜드로 인식되었다는 사정만으로는 이와 달리 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다) 법률자문비용 부분

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ⓐ KKK가 제기한 사해행위취소소송의 피고는 원고가 아니라 매도인 JJJ와 매수인 AAA인 점, ⓑ P3 토지의 실질적 소유자가 원고라는 점을 뒷받침할만한 객관적인 사정을 찾아볼 수 없는 점, ⓒ AAA 등이 해당 소송에서 승소하였을 경우 원고가 소송비용을 패소자 측에서 전부 또는 일부라도 회수하였다고 볼 만한 자료가 없는 점, ⓓ 위 토지의 이익 귀속 주체가 그 소유권자인 AAA으로 보이는 점 등을 종합하면, 법률자문비용은 원고의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라) 소결

따라서 쟁점② 부분에 관한 원고의 주장 중 시설부담금 부분은 이유 있고, 나머지 부분은 이유 없다.

다. 쟁점③ 부분에 관한 판단

1) 원고의 주장

가) 원고는 2014. 4. 29. OO공사로부터 분양받은 P2 P4 000 대지 000㎡(이하 ‘P4용지’라고 한다)를 계약금과 중도금을 납부하고 잔금만을 납부하지 않은 상태에서 마마마에게 P4용지 분양권을 분양원가에 전매하였다.

나) 원고는 그 당시 부채비율이 높아 ‘건설업 등록기준’에 미달한다는 이유로 영업정지 5개월의 행정처분 통지를 받아 차입금을 늘려 잔금을 조달할 수 없었고, 용지를 취득하여 실제 건설 등 사업을 수행하여 수익을 내기 위한 장기간 추가적인 자원을 투입할 여력이 없었기 때문에 마마마에 전매할 수밖에 없었다. 또한 P4용지는 아직 잔금이 납부되지 아니하여 토지가 아닌 토지를 취득할 수 있는 권리 분양권 상태에 있었으므로 구 택지개발촉진법(2021. 1. 5. 법률 제17875호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조의2 등에 따라 양도가액을 분양원가로 하는 경우에만 이를 양도할 수 있었다. 이에 원고는 P4용지 분양권을 분양원가에 전매하였는바, 이를 두고 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 행위라고 볼 수 없다.

다) 또한 P4용지의 양도가 아니라 P4용지 분양권의 양도이기 때문에 토지의 감정가격이 아니라 분양권의 감정가격을 토대로 부당행위계산부인 규정을 적용하였어야 한다. 그러나 피고는 토지인 P4용지의 감정가격을 토대로 부당행위계산부인 규정을 적용하여 익금산입 처분을 하였다.

2) 관련 법리 및 규정

가) 법인세법 제52조6)가 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조7) 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 과세권자가 이를 부인하고, 법령에 정한 방법에 의한 객관적이고 타당한 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 하며(대법원 2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결, 대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조), 단순히 비특수관계자와의 거래형태와 비교하여 비특수관계자라면 통상 할 수 없는 행위 또는 계산인데 특수관계자이기 때문에 행할 수 있다는 기준만에 의하여 결정할 수는 없다(대법원 1990. 5. 11. 선고 89누8095 판결 등 참조).

나) 법인세법 제52조의 위임에 따른 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호는 부당행위계산의 유형 중 하나로 ‘자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우’를 들고 있다. 즉, 저가 양도인지 여부는 ‘시가’보다 낮은 가액으로 양도하였는지로 판단해야 한다.

다) 법인세법 제52조 제2항은 부당행위계산에서의 ‘시가’를 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 한다’고 정의하고 있고, ‘시가’와 관련하여 구 법인세법 시행령 제89조 제1항은 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ‘법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다’고 규정하면서 제1호에서 ‘감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액’, 제2호에서 ‘상속세 및 증여세법(이하 ’상증세법‘이라 한다) 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액’을 들고 있다. 즉, 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용함에 있어 ‘시가’란 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’을 기준으로 하면서 매매사례가액(법인세법 시행령 제89조 제1항), 감정가액(법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호), 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 가액(법인세법시행령 제89조 제2항 제2호)의 순으로 적용하여야 한다.

3) 인정사실

가) 원고는 201X. X. X. OO공사(이하 ‘OO’라 한다)로부터 자족시설용지로 지정된 P4용지를 000원에 분양받았다. 원고는 다음과 같이 매매대금 중 잔금만을 제외한 계약금 및 중도금 합계 약 000억 원을 납부하였다.

나) 원고는 201X. X. X. P2시장으로부터 건설업 등록기준 자본금 0억 원에 미달한다는 이유로 영업정지 0개월(201X. X. X.~201X. X. X.)의 처분을 받았다. 위 행정처분 통지서에는 ‘건설업 등록기준 중 자본금 미달사항은 영업정지처분 종료일을 기준일로 한 재무관리상태진단을 받으시기 바랍니다’라고 기재되어 있다.

다) 원고는 회계법인으로부터 영업정지처분 종료일인 201X. X. X. 기준 재무관리 상태진단을 받아 적격의견이 기재된 재무관리상태진단보고서를 제출하였다. 이후 원고에 대한 추가적인 행정처분이 이루어지지는 않았다.

라) 원고는 201X. X. X. 법인세법상 특수관계인에 해당하는 마마마에 P3용지를 분양가 000억 원에 매도하는 내용의 부동산매매계약을 체결하였다. 원고, 마마마 및 OO는 201X. X. X. ‘마마마가 P4용지에 관하여 원고와 OO 사이에 체결된 매매계약상 일체의 권리의무를 그대로 승계한다’는 내용의 권리의무승계계약을 체결하였다. 마마마는 같은 날 원고에게 000억 원을 지급하고, OO에 잔금 합계 00억원(= 원금 00억 원 + 연체료 0억 원)을 지급하였다. 원고와 마마마는 같은 날 OO에 매수인 명의변경을 신청하였고, OO는 이를 허용하였다.

마) B3과 B4은 감정평가법인에 담보대출 목적으로 P4용지에 관한 감정평가를 의뢰하였고, 그 결과는 다음과 같다.

바) 피고는 위 각 감정가액의 평균액인 000원(이하 ‘이 사건 감정가액’이라 한다)이 P4용지 분양권의 시가라는 전제 하에 이 사건 감정가액과 분양원가인 000원의 차액 상당액인 000원을 익금산입하였다.

사) 원고와 마마마의 201X년말 기준 재무현황은 다음과 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제0 내지 0호증, 을 제0호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

4) 구체적 판단

가) 저가양도 해당 여부

위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, P4용지의 분양원가인 000억 원이 P4용지 분양권의 법인세법상 시가에 해당한다고 볼 수 없고, 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에 따라 이 사건 감정가액을 P4용지 분양권의 시가로 봄이 타당하다. 따라서 원고는 특수관계인인 마마마에 P4용지 분양권을 시가보다 낮은 가격에 양도한 것이다.

ⓐ P4용지의 분양원가인 000원은 P4용지 분양권 매도 당시의 불특정다수인 사이의 거래가격이 아니다. 또한 그 무렵 P4용지 분양권에 관하여 시가 즉, ‘특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’은 존재하지 않는 것으로 보인다.

ⓑ 구 택지개발촉진법 제19조의2 제1항은 ‘이 법에 따라 조성된 택지를 공급받은 자는 소유권 이전등기를 하기 전까지는 그 택지를 공급받은 용도대로 사용하지 아니한 채 그대로 전매할 수 없다. 다만, 이주대책용으로 공급하는 주택건설용지 등 대통령령으로 정하는 경우에는 본문을 적용하지 아니할 수 있다’고 규정하고 있고, 구 택지개발촉진법 시행령(2017. 12. 29. 대통령령 제28554호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제13조의3 제9호는 ‘택지를 공급받은 자가 시행자로부터 공급받은 가격 이하로 전매하는 경우’를 전매가 허용되는 특례 중 하나로 규정하고 있다.

원고의 경우 당시 위 규정들이 적용되어 공급받은 가격인 분양원가 이하로 마마마에 전매할 수밖에 없었던 것은 사실이다. 그러나 구 택지개발촉진법령에 의해 제한된 가격을 일률적으로 시가로 인정하는 별다른 법적 근거가 없는 점, 구 택지개발촉진법상의 전매제한이 적용되어 예외적으로만 전매가 허용되는 상황에서, 후술하는 경제적 합리성 측면에서 보았을 때 원고와 특수관계인이 아닌 자 간의 실제 거래를 하였을 때 구 택지개발촉진법령상 제한에 따른 가격으로 P4용지를 매도하였을 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 위 법령상 제한에 따른 가격을 법인세법 제52조 제2항의 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’에 해당한다고 볼 수 없다. 또한, 만약 법령상 제한을 이유로 해당 가격이 시가에 해당한다고 본다면, 이는 개발로 인한 막대한 이익이 예상되는 상황에서 법령상 제한을 악용하여 오히려 특수관계인에게 부동산을 저가로 양도함으로써 그 이익을 분여하는 것을 허용하는 결과를 초래한다. 요컨대, 구 택지개발촉진법령에 의해 제한된 가격으로 P4용지를 매도할 수밖에 없었다는 점은 경제적 합리성의 유무에서 고려될 사정 중 하나에 불과하다.

ⓒ 그렇다면 P4용지 분양권은 시가가 불분명한 경우에 해당한다고 할 것인바, 법인세법 시행령 제89조 제2항에 따라 감정가액, 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 가액 순으로 시가를 정하여야 한다.

원고가 이미 분양대금의 약 00%에 해당하는 금원을 납부한 상태에서 잔금기한이 이미 도래하였기 때문에 별다른 제한 없이 잔금만 납부하면 언제든지 토지 소유권을 취득할 수 있는 상황이었다. 여기에 B3과 B4이 과세관청과 무관하게 당시 P4용지의 객관적 가치를 알아보기 위한 목적에서 P4용지에 관한 감정평가를 의뢰하였던 점, P4용지는 OO가 택지로 개발한 토지를 분양한 것으로서 신축 아파트 등의 분양권과 동일하게 취급하기 어려운 점 등까지 보태어 보면, 이 사건 감정가액이 P4용지 분양권의 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호의 감정가액에 해당한다고 봄이 타당하다.

ⓓ 원고는, 이 사건 감정가액은 P4용지에 관한 것으로서 P4용지 ‘분양권’에 대한 시가 산정에는 이 사건 감정가액이 이용될 수 없음을 전제로 하여, P4용지 분양권에는 구 택지개발촉진법령상 가격 제한에 따라 ‘프리미엄’이 존재할 수 없으므로 취득 원가에 따른 P4용지 분양권 거래는 시가에 따른 것이라고 주장한다.

그러나 원고의 위와 같은 전제가 타당하지 아니함은 위 ⓒ항에서 살펴 본 바와 같고, 나아가 원고가 구 택지개발촉진법상 전매 허용 요건을 준수하였는지 여부와 원고가 P4용지 분양권을 시가보다 낮은 가격에 양도하였는지 여부는 별개의 법적 문제로서, 원고가 P4용지 분양권을 시행자로부터 공급받은 가격에 전매하였다고 하더라도 이는 해당 전매행위가 부당행위계산부인의 대상인지 여부의 판단에는 영향을 미치지 아니한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

나) 경제적 합리성의 존부

위 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제00호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 P4용지 분양권 양도행위는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래에 해당한다고 봄이 타당하다.

ⓐ 원고는 P4용지의 분양원가 중 약 00%에 해당하는 계약금 및 중도금 합계 000억 원을 납부하였고, 잔금 약 00억 원만이 남은 상태였다. 여기에 앞서 살펴본 원고의 재무현황을 보태어 보더라도, 잔금을 납부하지 못할 만한 특별한 사정을 찾아 보기 어렵다. 반면 마마마의 경우 201X년 당시 결손금이 000억 원에 이르는 등 P4용지 분양권의 매매대금을 지급할 여력이 현저히 부족했던 것으로 보인다. 이에 마마마은 P4용지 분양권의 매매대금을 AAA과 금융기관으로부터 전부 차입하여 지급하였는데, AAA이 위 금융기관 차입금에 관한 지급보증 및 담보를 제공하기도 하였다.

ⓑ 설령 원고가 당시 현금성 자산이 부족하여 잔금을 지급할 여력이 없었다고 하더라도, 원고는 201X. X.경 B3에 P4용지를 담보로 한 대출을 문의하였고,이에 따라 B3이 감정을 진행하여 P4용지의 감정평가액이 000원으로 산정되었던 점, 원고보다 재무상태가 현저히 좋지 않았던 마마마도 매매대금의대부분을 금융기관으로부터 대출받아 지급하였던 점, 원고는 당시 나나나, 마마마에 대한 대여금채권을 보유하고 있었는데(을 제0호증) 그러한 대여금 채권을 상환받거나 이를 담보로 제공하여 대출을 받는 방식도 충분히 가능하였을 것인 점 등을 고려하면, 원고의 주장과 같이 잔금 납부일 무렵 원고가 기존 중도금에 대한 채무의 납부일이 이미 도래하여 이를 상환해야 하는 상황에 있었더라도 원고로서는, 추가 대출을 받아서라도 기존 중도금 채무를 상환하는 것은 물론이고 잔금 또한 충분히 지급할 수 있었을 것으로 보인다.

ⓒ 원고는 건설업등록기준상 자본금을 미달하였다는 이유로 영업정지처분을 받았던 것이고, 영업정지처분 종료일 당시 위 기준을 충족하였는바, 별도의 추가처분을 받지 않았다. 또한 위 영업정지처분으로 인하여 전매 무렵 추가 차입을 할 수 없었다는 점을 뒷받침할 객관적인 사정이 없다. 원고의 주장과 같이 영업정지처분을 받은 상황에서 P4용지를 취득하여 보유하는 것이 비합리적이라고 판단하였다면 원고는 영업정지 시작일(201X. X. X.) 이후인 201X. XX. X.에도 대출을 받아 중도금의 0차 할부금 약 00억 원을 납부할 이유가 없어 보인다. 더욱이 원고가 위 영업정지처분 종료일로부터 약 0개월이 경과한 201X. X. X. 마마마에 P4용지 분양권을 전매하였는바, 전매 당시에는 위 영업정지처분으로 인한 어떠한 제한이 존재하지도 않았던 것으로 보인다.

ⓓ 원고가 작성한 201X. X. X. 기준 수지분석표에 의하면, P4용지를 개발할 경우 00억 원의 사업이익이 발생할 것으로 예상되는 상황이었다. 그러한 상황에서 잔금 00억 원 때문에 막대한 사업이익을 포기하고 위 토지를 분양원가 그대로 매도한다는 것은 일반 사회통념상 도저히 받아들이기 어렵다. 설령 원고가 경영판단 하에 직접 개발사업을 진행하지 않는다고 하더라도 원고는 잔금을 지급하여 P4용지의 소유권을 이전받은 후에는 엔티사업에 구 택지개발촉진법령상의 가격 제한 없이 매도할 수 있었을 것이므로, 원고가 구 택지개발촉진법령상의 제한 가격과 시가 사이의 차익을 실현할 수 있는 기회를 포기하였다는 것 역시 받아들이기 어렵다. 이와 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 행한 거래형태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것임이 충분히 인정된다.

5) 소결

따라서 쟁점③ 부분에 관한 원고의 주장은 모두 이유 없다.

라. 쟁점⑤ 부분에 관한 판단8)

1) 원고의 주장

가) 원고는 LLL로부터 P4시 P1읍 P5리 0 00 외 8필지와 그 지상 건물(이하 통틀어 ‘P5리 부동산’이라 한다)을 000원에 매수하였다. 그러나 법인인 원고가 농지를 취득할 수 없었기 때문에, P5리 부동산 중 농지는 AAA이, 나머지는 원고가 각 매수하는 것으로 계약을 수정하였다. 그런데 피고는 이를 원고와 LLL 사이의 ‘일괄계약’을 통한 특수관계인 간 이익 분여로 보아 부당행위계산부인규정을 적용하였다.

나) 그러나 P5리 부동산에 관하여 특수관계가 있는 원고와 AAA 사이에는 아무런 거래가 이루어지지 않았고. 특수관계가 없는 제3자인 LLL과 각각 부동산 매매계약을 체결하였는바, 부당행위계산부인 규정이 적용될 수 없다.

다) AAA은 임시적으로 P5리 부동산 중 농지 답을 보유하고 있다가 추후 사업승인 등 관련 허가가 이루어진 이후 이를 다시 원고에게 양도할 계획이었는바, AAA에 대한 이익 분여의 목적 등이 전혀 존재하지 않았다. 따라서 별도의 감정평가 등을 통하여 시가를 산정하는 과정을 거치거나 기준시가에 따라 취득가액을 배분하는 것이 오히려 부자연스러운 상황이었는바, 이를 두고 사회통념이나 상관행에 반하는 거래라고 할 수는 없다.

2) 관련 법리 및 규정

부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말한다. 법인세법 시행령 제88조 제1항이 부당행위로 인해 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제8호에서는 개별적·구체적인 행위유형을 규정하고, 제9호에서는 ‘기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’라고 하여 개괄적인 행위유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제8호에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다 할 것이고, 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하며, 한편 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).

3) 인정사실

가) 원고는 201X. XX. 1X. LLL과 P5리 부동산을 000원(= 계약금 000원 + 잔금 000원)에 매수하는 내용의 매매계약(이하 ‘종전 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 같은 날 계약금 000원을 지급하였다.

나) 원고와 AAA는 201X. X. X. LLL과 P5리 부동산 중 농지(이하 ‘제1번 P5리 부동산’이라 한다)는 AAA가 000원에, 나머지(이하 ‘제2번 P5리 부동산’이라 한다)는 원고가 000원(= 계약금 ,000원 + 잔금 000원)에 각 매수하는 것으로 다시 매매계약(이하 순서대로 ‘제1, 2번 개별계약’이라 한다)을 체결하였다. 원고는 같은 날 LLL에게 기존에 지급한 종전 매매계약의 계약금을 제2번 개별계약의 계약금으로 하고, 나머지 잔금 000원을 지급하였고, AAA도 같은 날 LLL에게 제1번 개별계약의 매매대금 000원을 지급하였다.

다) 피고는 이를 원고와 LLL 사이의 일괄계약을 통한 특수관계인 AAA에게 이익을 분여한 행위로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하였고, P5리 부동산의 총 매매대금 000원을 기준시가에 비례하여 안분한 금액인 000원을 AAA이 매수한 제1번 P5리 부동산의 시가로 보아 AAA의 매수대금 000원과의 차액을 익금산입하였다.

라) 한편, 원고와 AAA은 201X. 12.경 00신탁으로부터 P5리 부동산과 동일한 P6리 사업 용지에 속하는 P4시 P1읍 P6리 00 일대 토지 0필지(이하 통틀어 ‘P6리 토지’라 한다)를 나누어 매수하였다. P6리 토지의 경우 전체 토지의 매매대금을 정한 뒤 이를 기준시가로 안분한 금액을 각 계약의 매매대금(원고: 00억 원, AAA: 00억 원)으로 정하였다.

4) 구체적 판단

가) 일괄계약인지 여부

위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고와 AAA은 LLL과 P5리 부동산의 매매대금을 전체적으로 정하고 양수하는 일괄계약을 체결하였다고 봄이 타당하다.

ⓐ 원고는 당초 LLL과 사이에 P5리 부동산의 면적 1평당 약 000만 원으로 계산하여 P5리 부동산의 전체 매매대금을 000원으로 정하였고, 당초 계약이 제1, 2번 개별계약으로 변경되었음에도 매매대금의 총액은 그대로 유지되었다.

ⓑ 제1, 2번 개별계약에 관한 별도의 매매계약서가 작성되긴 하였다. 그러나 이는 원고의 요구로 종전 매매계약을 제1, 2번 개별계약으로 나누어서 다시 체결하였던 것이다. LLL은 원고가 미리 작성하여 온 제1, 2번 개별계약서에 날인만 하였을 뿐이고, 제1, 2번 개별계약의 매매대금, 매수인 등에 관하여 별도로 검토하지 않았다.

ⓒ 원고는 P5리 부동산을 사업부지 중 일부로 사용할 계획이었기 때문에 P5리 부동산을 포함한 일단의 토지를 매입할 필요가 있었다. LLL도 P5리 부동산의 개별 필지의 가격보다 전체 매매대금을 계약체결의 가장 중요한 요소로 고려하였던 것으로 보인다.

ⓓ P5리 부동산의 총 매매대금 000원을 기준시가에 비례하여 안분한 제1번 P5리 부동산의 매매대금은 000원이고, 제2번 P5리 부동산의 매매대금은 000원이다. 그런데 제1번 P5리 부동산의 제1번 개별계약상 매매대금은 000원이고, 제2번 P5리 부동산의 제2번 개별계약상 매매대금은 000원이다. 즉, 제1번 P5리 부동산의 매매대금은 지나치게 낮게 제2번 P5리 부동산의 매매대금은 지나치게 높게 책정되었음을 알 수 있고, P5리 부동산 전체를 일괄매각하지 않았다면 이와 같은 가격조정은 사실상 불가능하였을 것으로 보인다.

나) 제1번 P5리 부동산의 시가

(1) 앞서 살펴본 바와 같이 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 ‘시가’란 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’을 기준으로 하면서 매매사례가액(법인세법 시행령 제89조 제1항), 감정가액(법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호), 상증세법상 보충적 평가방법에 의한 가액(법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호)의 순으로 적용하여야 한다.

(2) 위 인정사실과 위 가)항을 통해 살펴본 사정들을 종합하면, 원고는 특수관계인이 아닌 자인 LLL과 정상적인 거래를 통해 P5리 부동산 전체의 매매대금을 000원으로 정하였는바, 이는 P5리 부동산 전체의 매매사례가액으로서 시가에 해당한다고 할 것이다. 다만, 제1, 2번 P5리 부동산의 개별 매매사례가액과 감정가액은 존재하지 않는다.

(3) 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건의 경우 P5리 부동산 전체의 매매사례가액으로서 시가인 000원을 기준시가로 안분한 가액이 제1, 2번 P5리 부동산의 시가에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 제1번 P5리 부동산의 시가는 000원이다.

ⓐ 법인세법 시행령 제89조 제2항은 “법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액 (감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액), 2. 「상속세 및 증여세 법」 제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액”이라고 규정하고 있다.

ⓑ 구 상속세 및 증여세법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제49조 제4항은 상속재산의 평가와 관련하여 ‘제1항 각호의 가액(매매사례가액, 감정가액, 경매가액 등을 의미)에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다’고 규정하고 있고, 구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제61조 제1항 제1호는 ‘토지의 경우 개별공시지가에 따른다’고 규정하고 있다. 구 상증세법 시행령 제49조 제4항은 그 입법취지나 내용에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등 수개의 자산을 일괄거래한 경우로서 그 전체의 실지거래 가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 때에 그 가액의 합리적인 산정방법으로 기준시가의 비례에 의한 안분계산방법을 규정한 것인바, 전체 토지를 각 필지별 가치의 우열을 구분·특정함이 없이 전체로서 거래가액을 정한 것이라면, 필지별 실지양도가액은 전체의 실지거래가액을 기준시가에 의하여 안분한 가액이라 할 수 있다(대법원 1994. 6. 14. 선고 93누10019 판결의 취지 참조).

ⓒ 토지의 양도소득세를 산정함에 있어서 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26982호로 개정되기 전의 것) 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것) 제64조 제1항 제1호도 기준시가에 비례하여 안분계산하여야 한다고 규정하고 있다. 대법원도 ‘위 조항이 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것’이라고 판시하였다(대법원 2012. 1. 26. 선고 2010두21402 판결 등 참조). 이에 비추어 보면, 이 사건과 같이 토지 전체의 매매사례가액이 존재하고 개별 토지의 매매사례가액과 감정 가액이 존재하지 않는 상황에서 기준시가에 따라 안분계산하여 개별 토지의 시가를 정한 것은 객관적이고 합리적인 방안으로 보인다.

다) 원고와 AAA 사이의 거래로서 부당행위계산부인 규정 적용 여부

ⓐ 원고가 LLL과의 매매계약을 통해 AAA에게 이익을 분여하는 행위가 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 내지 제8호의 행위유형에 해당하지는 않는다. 따라서 위 행위가 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호의 ‘기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’에 해당하 는지가 문제된다.

ⓑ 앞서 살펴본 바와 같이 원고와 AAA은 P5리 부동산 전체를 매수하는 기회에 제1번 P5리 부동산의 대매매금을 시가보다 낮게 평가하는 대신 제2번 P5리 부동산의 매매대금을 시가보다 높게 평가하는 방식으로 매매계약을 체결하였고, 이를 통해 원고가 사실상 제1번 P5리 부동산의 시가와 매매대금 사이의 차액을 부담하게 되었는바, 위 거래로 인해 AAA은 원고로부터 위 차액 상당액의 이익을 분여받게 되었다. 여기에 위 거래 당시 AAA은 원고의 대표이사로서 원고의 특수관계인에 해당하는 점, 법인세법 시행령 제88조 제2항에 의하면 특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에도 부당행위계산부인 규정이 적용되는 점까지 보태어 보면, 위 행위는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호(자산의 저가양도)에 준하는 행위로 법인인 원고의 이익을 특수관계인 AAA에게 분여한 것이므로, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호에 해당하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있다고 봄이 타당하다.

라) 경제적 합리성의 존부

위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 LLL과의 매매계약을 통해 AAA에게 이익을 분여하는 행위는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래에 해당한다고 봄이 타당하다.

ⓐ 제1번 P5리 부동산의 제1번 개별계약상 매매대금과 시가는 약 3배 가량 차이가 난다. 그러나 제1번 P5리 부동산의 매매대금을 위와 같이 높게 평가할 특별한 가격형성요인을 찾아보기 어렵다.

ⓑ AAA이 당시 원고의 대표이사였음은 앞서 본 바와 같고, 원고가 종전 매매계약 뿐만 아니라 제1, 2번 개별계약의 업무를 모두 처리하였다. 여기에 위 가), 나), 다)항에서 살펴본 매매계약 체결의 경위, 진행과정, 매매대금 산정 등에 관한 내용까지 보태어 보면, 원고의 행위가 원고의 이익보다는 AAA의 이익을 더 우선시했던 것으로 보인다.

ⓒ 원고와 AAA은 P5리 부동산과 달리 P6리 토지의 경우 전체 토지의 매매대금을 정한 뒤 이를 기준시가로 안분한 금액을 각 계약의 매매대금으로 정하였다.

ⓓ 원고는 제1번 P5리 부동산이 농지라서 AAA가 취득할 수밖에 없었다고도 주장하나, 이는 제1번 P5리 부동산분을 AAA 개인 명의로 취득하게 된 데에 대한 이유는 될 수 있을지 몰라도 AAA이 제1번 P5리 부동산을 기준시가로 안분한 금액보다도 현저히 낮은 가격에 매수하게 한 점에 대하여 충분히 수긍할만한 합리적인 이유가 되기는 어렵다.

ⓔ 원고는, AAA이 임시적으로 제1번 P5리 부동산을 보유하고 있다가 추후 사업승인 등 관련 허가가 이루어진 이후 이를 다시 원고에게 양도할 계획이었으므로, 가액의 배분은 임의적으로 이루어져 경제적 합리성이 결여되지 않았다고 주장한다(원고 202X. X. X.자 준비서면 등). 그러나 원고의 위와 같은 주장을 뒷받침할 만한 증거가 없고, 위 주장에 의하더라도 AAA이 (일시적으로라도) 제1번 P5리 부동산분을 본인 명의로 저가에 취득하여 이익을 분여받았다는 점이 달라지는 것은 아닐뿐더러 그와 같은 이익 분여를 원고와 AAA 사이에 사후적으로라도 재조정하는 과정을 거쳐 원고가 P5리 부동산에 대한 이익을 전유하고 있다고 볼 만한 자료가 없고, 앞서 본 관련 법리에 의하면 부당행위계산부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것도 아니므로, 원고가 강조하는 위와 같은 사정만으로는 앞선 판단에 장애가 되지 아니한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

마) 소결론

따라서 쟁점⑤ 부분에 관한 원고의 주장은 모두 이유 없다.

마. 쟁점⑥ 부분에 관한 판단

1) 원고의 주장

가) 원고는 200X. X. X. 발생한 P7지구주택재개발정비사업조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)에 대한 0억 0만원의 대여금 채권(이하 ‘이 사건 채권’이라 한다)을 0년 후인 201X. X. X. 회수불능으로 판단하여 잡손실로 손금에 산입하였다. 이후 원고가 이 사건 조합 등을 피고로 하여 제기한 대여금반환청구소송에서 이 사건 조합이 원고에게 0억 원을 201X. X. X.까지 지급하라는 내용의 201X. X. X.자 화해권고결정이 확정되었고, 이 사건 조합은 201X. X. X. 원고에게 0억 원을 지급하였다. 이에 원고는 위 0억 원을 AAA 단기차입금으로 기장하였고, 나머지 000만 원은 회수불능으로 확정되었다.

나) 피고는 원고가 201X사업연도에 손금으로 계상한 잡손실 0억 000만 원이 대손금 요건을 충족하지 못하였다는 이유로 손금불산입하였다. 피고의 주장과 같이 위 0억 000만 원이 201X년에 대손금 요건을 갖추지 못하였다면, 적어도 201X년에 실제로 회수불능으로 확정된 000만 원의 경우 손금으로 인정해주어야 한다.

2) 관련 법리 및 규정

법인세법 제19조의2 제1항9)은 ‘내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 ’대손금‘이라 한다)은 대통령령으로 정하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제19조의210) 제1항에서 위 대손금의 하나로 제1호는 ‘상법에 의한 소멸시효가 완성된 외상매출금 및 미수금’을 들고 있다. 법인세법 시행령 제19조의2 제3항은 위와 같이 소멸시효가 완성된 채권은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 손금에 산입하도록(신고조정) 규정하고 있다.

3) 구체적 판단

이 사건 채권이 200X. X. X 발생한 사실, 원고가 그로부터 5년이 경과하기까지 별다른 시효중단 조치를 취하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 이에 의하면, 이 사건 채권은 상사채권으로서 201X. X. X경 소멸시효기간 5년의 경과로 인해 소멸되어 회수할 수 없는 대손금에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 채권의 경우 채무자의 자산상황 지급능력 등 자산성 유무에 대하여 회수불능이라는 회계적 인식을 한 여부에 관계 없이 그에 대응한 청구권이 법적으로 소멸되어 당연히 회수할 수 없게된 것으로 봄이 타당하므로, 신고조정에 따라 해당 사유(소멸시효 완성)가 발생한 날이 속하는 201X 사업연도의 손금에 산입할 수 있을 뿐이고, 회수불능을 이유로 원고가 대손금으로 회계상 처리를 한 201X 사업연도에 손금산입할 수 없다(대법원 1990. 3. 13.선고 88누3123 판결 등 참조). 원고가 주장하는 000만 원도 마찬가지로 201X 사업연도의 손금에 산입하였어야 하고, 201X 사업연도에 손금산입할 수는 없다.

따라서 쟁점⑥ 부분에 관한 원고의 주장도 이유 없다.

바. 소결

1) 따라서 쟁점② 부분의 시설부담금에 관한 원고의 주장은 이유 있고, 원고의 나머지 주장은 모두 이유 없으므로, 이 사건 각 처분 중 쟁점② 부분은 위법하다.

2) 이에 의하면, 이 사건 각 처분의 정당세액은 아래와 같으므로,11) 이 사건 각 처분 중 해당 정당세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 피고 ●●세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고의 피고 ●●지방국세청장에 대한 청구 및 피고 ●●세무서장에 대한 나머지 청구는 이유 없어 이를 각 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고, 원고와 피고들의 항소는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.