1.처분개요

가. 청구인은 1999.5.20. 서울특별시 성동구 OOO 주택(이하 “쟁점종전주택”이라 한다)을 단독으로 취득하여 보유‧거주하던 중인 2020.7.21. 서울특별시 도봉구 OOO 주택(이하 “쟁점신규주택”이라 한다)을 배우자와 공동명의로 취득한 후, 2020.8.28. 쟁점종전주택을 양도가액 OOO원에 양도하였고, 2020.9.15. 쟁점종전주택의 양도에 대하여 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례 및 1세대 1주택자에게 적용되는 80%의 공제율로 장기보유특별공제를 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점신규주택을 취득할 당시 쟁점종전주택과 쟁점신규주택은 모두 조정대상지역 내 주택으로, 이 경우 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례를 적용받으려면 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 제2호 가목에 따라 쟁점신규주택의 취득일로부터 1년 이내에 쟁점신규주택으로 세대전원이 이사를 하고 전입신고를 하였어야 하나, 청구인이 쟁점신규주택으로 이사한 사실이 없는 것을 확인하여 2022.11.9. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.

다. 서울지방국세청장(이하 “감사청”이라 한다)은 2025.2.11.부터 2025.2.28.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 쟁점종전주택의 양도를 1세대 1주택의 양도로 보지 않는 경우에는 「소득세법」 제95조 제2항 단서에 따라 1세대 1주택자에게 적용되는 장기보유특별공제를 적용받을 수 없으므로, 1세대 1주택자에게 적용되는 같은 항 표2가 아닌 표1을 적용하여 청구인의 2020년 귀속 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하라고 처분청에 처분지시를 하였고, 이에 처분청은 2025.9.17. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 쟁점종전주택의 양도가 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례의 적용대상이 아니라고 본 이 건 처분은 부당하다.

  (가) 조정대상지역 내 거주이전 목적의 일시적 2주택에 대한 1세대 1주택 특례가 적용되려면 「소득세법 시행령」 제155조 제1항에 따라, ① 신규주택을 종전주택의 취득일로부터 1년 이후 취득할 것, ② 신규주택의 취득일로부터 1년 이내에 종전주택을 양도할 것, ③ 신규주택의 취득일부터 1년 이내에 신규주택으로 세대전원이 전입할 것이라는 1세대 1주택으로 인정받을 수 있는 이 3가지 요건을 모두 충족하더라도 과세특례를 적용받기 위해서는 같은 영 제154조 제1항에 따라 ④ 2년 이상 보유하고 보유기간 중 2년 이상 거주하는 요건을 충족하여야 한다.

  처분청은 쟁점종전주택의 양도에 대하여 ①, ②, ④요건은 충족하였다고 보았음에도 ③요건을 충족하지 못한 것으로 보아, 청구인에게 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례를 적용하지 않았으나 이는 부당한 처분에 해당한다.

  (나) 청구인은 2021.7.21.까지 쟁점신규주택에 전입하지 않아 거주이전을 목적으로 하는 일시적 2주택자에게 적용되는 1세대 1주택 특례의 요건을 갖추지 못하였으나, 약 21년 동안 장기간 보유ㆍ거주하던 쟁점종전주택을 먼저 양도하고 이후 쟁점신규주택을 취득하려 하였음에도 부득이하게 쟁점신규주택을 먼저 취득하게 된 다음과 같은 불가피한 사정을 고려하면, 쟁점종전주택의 양도를 1세대 1주택의 양도로 인정하는 것이 타당하다.

   1) 첫째, 쟁점종전주택 양도에 대한 계약일은 2020.6.13., 쟁점신규주택 취득에 대한 계약일은 2020.6.19.로, 쟁점종전주택 양도에 대한 계약일이 6일 빠르므로 청구인이 쟁점종전주택을 먼저 양도하고자 하였음은 명확하다.

   2) 둘째, 쟁점신규주택 취득대금 OOO원에서 임차보증금 OOO원을 제외한 나머지 취득대금 OOO원의 원천을 살펴보면, 쟁점신규주택 취득에 대한 계약금 OOO원과 잔금 OOO원은 각각 쟁점종전주택 양도에 대한 계약금 OOO원과 중도금 OOO원을 받아 지급하였고, 2020.6.13. 쟁점종전주택 양도에 대한 계약금이 입금되기 전 청구인과 그 배우자의 예금은 OOO원에 불과하였으므로 대출이 실행되거나 양도대금이 입금되지 않으면 취득대금을 지급할 수 없는 상황이었음은 객관적으로 확인된다.

   3) 셋째, 청구인이 쟁점신규주택 취득대금 전액을 조기지급하여 쟁점종전주택 양도 전에 쟁점신규주택에 대한 소유권이전등기를 완료한 것은, ㉠ 쟁점신규주택 취득대금 OOO원이 쟁점종전주택 양도대금 OOO원의 22.5% 수준에 불과하여 쟁점종전주택의 양도에 대한 계약금과 중도금으로 지급하는 것이 충분히 가능했고, ㉡ 국토교통부 아파트실거래가 공개시스템에서 확인할 수 있듯이 쟁점신규주택의 양도자도 거래대금을 조기에 지급받기 위해 시세보다 약간 낮은 가격으로 거래하였기 때문이다.

   4) 넷째, 쟁점신규주택의 취득일은 2020.7.21. 쟁점종전주택 양도일은 2020.8.28.로 차이가 약 38일에 불과하며, 이는 사회통념상 허용 가능한 기간이다.

   5) 다섯째, 과세특례가 배제되어 부담하게 되는 양도소득세 OOO원 중 본세는 OOO원으로 실제 취득금액 OOO원과 차이가 없어, 양도소득세가 부과될 위험을 감수하면서까지 쟁점신규주택을 먼저 취득할 이유가 없다.

   6) 여섯째, 조정대상지역 내 일시적 2주택자로 1세대 1주택 특례가 적용되는 전입요건은 2020.2.11.부터 2022.5.9.까지 양도하는 경우에 한시 적용되다가 삭제되었는데, 그 취지는 ‘납세자 불편을 해소하고 과도한 규제를 합리화’였는바, 전입요건을 적용하면, 양도한 쟁점종전주택이 과세특례 적용대상인지를 양도일로부터 최대 1년이 지나서야 확정되므로, 양도할 당시에는 세법에 따른 정상신고에 해당하였으나 양도를 하고 난 다음 사후에 발생한 사유로 과소신고가 되는 문제점을 해결하기 위하여 ‘납세자 불편해소 및 과도한 규제 합리화’라는 취지로 삭제한 것으로 보인다.

   7) 일곱째, 이 건과 같이 신규주택을 취득한 후 종전주택을 양도한 사안에 대해, 신규주택을 먼저 취득하게 된 불가피한 사정이 있음을 인정하여 이 경우 종전주택의 양도를 1세대 1주택의 양도에 해당하는 것으로 판단한 조세심판원의 결정례도 있다.

   조세심판원은 신규주택을 먼저 취득할 수밖에 없었던 불가피한 사정이 있음을 인정하여 종전주택을 1세대 1주택 양도로 보았고(조심 2025중127, 2025.5.28, 조심 2023부9792, 2024.1.18.), 신규주택 취득으로 3주택 상태에서 1주택을 양도함으로써 양도소득세 중과대상이 된 사안에 대하여 불가피한 사정이 있음을 인정하여 1세대 2주택으로 보아 중과를 배제하였다(조심 2022중7727, 2023.2.8.).

 (2) 처분청이 이 건에 장기보유특별공제의 공제율을 80%로 적용하지 않은 것은 부당하다.

  (가) 청구인은 쟁점종전주택을 3년 이상 보유하고 보유기간 중 2년 이상을 거주하였으므로, 쟁점종전주택의 양도에 대하여 1세대 1주택에 대한 80%의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다.

  (나) 1세대 1주택으로서 보유기간 3년 이상이고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 고가주택의 경우에는 80%의 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다.

  2018.10.23. 「소득세법 시행령」 제159조의3이 개정(2020.1.1. 이후 양도분부터 적용)되기 전에는 보유기간 3년 이상인 고가주택은 거주기간과 무관하게 80%의 장기보유특별공제율이 적용되었으나, 위 개정에 따라 ‘보유기간이 3년 이상이고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상’인 경우에 한하여 장기특별공제에 1세대 1주택에 적용되는 우대공제율을 적용하도록 변경되었다.

 「소득세법 시행령」 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세요건은 2년 이상 보유(조정대상지역은 2년 이상 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상)하는 것이므로, 2020.1.1. 이후 80%의 장기보유특별공제율의 적용대상인 보유기간이 3년 이상이고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 주택은 고가주택을 제외하고는 모두 비과세되므로 80%의 장기보유특별공제율이 적용될 여지가 없다.

  2018.10.23. 「소득세법 시행령」 제159조의3의 개정 전후의 장기보유특별공제율 80% 적용대상은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 2018.10.23. 개정 전후 「소득세법 시행령」 제159조의3 비교

  (다) 「소득세법 시행령」 제154조 제1항은 1세대 1주택에 대한 비과세요건을, 같은 영 제155조 제1항은 거주이전 목적의 일시적 1세대 2주택자를 1세대 1주택자로 인정하기 위한 요건을 규정하고 있는데, 같은 영 제155조 제1항은 2020.2.11. 개정되어 조정대상지역에 전입요건을 추가한 후 2022.5.31. 삭제되어, 전입요건은 2020.2.11.부터 2022.5.9.까지 양도분에 일시적으로 적용되었다.

 「소득세법 시행령」 제155조 제1항의 요건은 1세대 1주택으로 인정하기 위한 요건일 뿐 비과세요건은 아니므로, 같은 영 제154조 제1항의 비과세요건을 갖추어야만 비과세가 적용되는 것이다.

  2020.2.11. 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 개정 전‧후 조정대상지역의 1세대 1주택 비과세요건(같은 영 제154조 제1항)과 1세대 1주택 인정요건(같은 영 제155조 제1항)은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 2020.2.11. 개정 전‧후 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 비교

 「소득세법 시행령」 제155조 제1항은 1세대 2주택자를 1세대 1주택자로 인정하기 위한 요건을 규정한 조항이므로, 위 <표2>의 ⑤번 요건도 당연히 1세대 1주택 인정요건이어야 하지만, 다음과 같은 이유로 ⑤번 요건은 ‘비과세요건’으로 보아야 한다.

  1) 첫째, 입법자 스스로도 ‘신규주택으로 전입요건’을 추가한 취지를 ‘비과세요건 강화’로, 이후 이를 삭제한 취지를 ‘비과세요건 완화’로 설명하고 있어서, 위 전입요건이 ‘비과세요건’임을 밝히고 있다.

   2) 둘째, ⑤번 요건이 1세대 1주택 인정요건이라면, ⑤번 요건 충족으로 2주택 상태가 해소되어야 할 것이나, 2주택 상태의 해소 여부는 ④번 요건만으로 결정되는 것이지 ⑤번 요건에는 전혀 영향을 미치는 것이 아니어서, ⑤번 요건은 ‘1세대 1주택 인정요건’이 아닌 ‘비과세요건’에 해당한다.

   이 건과 유사한 사안에 조세심판원은 80% 장기보유특별공제율이 적용되지 않는다고 결정하였으나(조심2024서3001, 2024.10.28.), 이는 전입요건이 ‘1세대 1주택 인정 요건’인지 ‘비과세요건’인지를 엄격히 살피지 않고, 단지 「소득세법 시행령」 제155조 제1항에 규정되어 있다는 사유로 ‘1세대 1주택 인정요건’으로 간주한 것에서 비롯된 것으로 타당하지 않다.

   따라서 「소득세법 시행령」 제155조 제1항에 규정된 전입요건은, 요건을 갖추더라도 2주택 상태가 해소되지 않는 것이므로, ‘1세대 1주택 인정요건’이 될 수 없는 ‘비과세요건’에 해당하는 것이다.

 (3) 전입요건의 미충족은 가산세 부과사유가 될 수 없다.

  (가) 납세의무 성립시기를 규정한 「국세기본법」 제21조에 따르면, 양도소득세는 양도일이 속하는 달의 말일에 성립하는 것이 원칙이고, 수시부과하여 징수하는 국세는 수시부과 사유가 발생한 때에 성립하도록 규정되어 있다.

  성립한 납세의무는 신고로 확정되며, 양도소득세는 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 내에 신고하여야 하고, 무신고하거나 신고내용에 오류 등이 있는 경우 과세관청이 결정(경정)하여 납세의무를 확정하는 것이다.

  (나) 신고로 확정된 납세의무는 신고내용이 납세의무의 성립일까지 존재한 사실관계에 비추어 오류가 있는 경우에만 과세관청의 경정으로 변경될 수 있고, 납세의무의 성립일 이후 발생한 사유는 신고로 확정된 납세의무에 아무런 영향을 미치지 않아야 하는 것이 조세법률주의 원칙에도 부합한다.

  (다) 거주이전 목적의 일시적 2주택자의 신규주택에의 전입은 종전주택 양도일 이후에 이루어지는 것이 통상적이므로, 「소득세법 시행령」 제155조 제1항에서도 ‘신규주택 취득일부터 1년 이내에 전입’해야 일시적 2주택으로 1세대 1주택 특례를 적용받을 수 있도록 규정하고 있는데, 이는 종전주택 양도일과 신규주택 전입일은 최대 1년의 차이가 발생하는 것을 의미하는바, 따라서 전입요건의 충족 여부는 양도일이 지나서 최대 1년이 되어야 확정될 수밖에 없다는 것이다.

  (라) 이 건의 경우 쟁점신규주택 취득일은 2020.7.21.로, 쟁점종전주택의 양도와 쟁점신규주택으로 전입해야하는 기한은 2021.7.21.이고, 청구인은 쟁점종전주택을 2020.8.28. 양도하였는데, 청구인의 쟁점종전주택 양도에 따른 양도소득세 납세의무의 성립일은 2020.8.31.이고, 청구인은 신고기한인 2020.10.31.까지 신고‧납부의무를 이행하였으므로, 신고로 납세의무가 확정된 세액을 과세관청이 경정하여 변경하는 것은 신고내용에 오류 등이 있는 경우에만 정당화될 수 있으나, 신고 이후 발생한 사정을 이유로 경정하는 것은 허용되지 않는 것이다.

  청구인 세대가 쟁점신규주택에 전입해야하는 기한은 2021.7.21.이므로, 전입기한이 지난 2021.7.22.에 전입요건 미충족에 따른 추징사유가 발생하였으므로, 청구인이 전입요건 미충족에 따른 납세의무의 성립일은 2021.7.22.이고, 이는 사후관리사항에 해당하는 것입다.

  ‘전입요건’이 사후관리사항인지에 대한 다툼에서 법원(서울행정법원 2025.1.4. 선고 2024구단55603 판결)은 ‘비과세 특례 여부가 사후적으로 밝혀진다는 이유만으로 사후관리 요건이라고 보지 않는 것이 조세법률주의에 부합하는 해석’이라 판결하였으나, ‘전입요건’은 사후관리사항으로 명확히 규정되지는 않았음에도 실질적으로 사후관리사항임이 명백하므로 이는 타당하지 않다.

  ‘사후관리’란 특정 시점까지 요건의 이행함을 전제로 납세의무성립일에 세부담을 면제 또는 경감하고, 기한까지 이행하지 않은 경우 면제 또는 경감한 세액을 다시 징수하는 것을 말하는데, 세법은 사후관리 위반에 따라 발생한 납세의무의 성실한 이행을 위해 사유발생일을 납세의무성립일로 하여 추가 신고납부하도록 규정하고 있고, 이를 이 사건에 대입하면, 쟁점종전주택의 양도일에는 2021.7.21.까지 전입함을 전제로 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례가 적용되며, 2021.7.21.까지 전입요건을 충족하지 않아 과세특례로 경감된 세액이 징수되는 것이므로, ‘전입요건’은 사후관리사항이다.

  (마) 조세법률주의 원칙상 조세의 부과와 징수는 반드시 법률에 근거해야 하므로, 사후관리 위반에 따른 신고납부 절차도 당연히 법률로 규정되어야 하나, ‘전입요건’과 관련한 위반에 대한 신고납부 규정이 없으므로, 법률에 규정이 없어 신고납부의무를 이행할 수 없게 되어, 부과처분도 할 수 없는 것이고, 설령 부과처분이 가능하여도 가산세는 부과할 수 없다.

   사후관리규정을 두고 있는 어느 세법도 사후관리를 위반한 경우에 추가 신고납부하도록 하면서 이자상당액을 가산하는 경우는 있어도, 가산세를 포함하여 신고납부하도록 규정한 경우는 없다.

 (4) 처분청의 답변에 대한 청구인의 항변은 다음과 같다.

  (가) 쟁점종전주택을 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례 대상이 아니라고 본 처분은 다음과 같은 잘못이 있다.

   1) 처분청은 종전주택의 양도에 대한 매매계약일이 신규주택의 취득에 대한 매매계약일보다 빠른 사안에 대하여 기각된 조세심판의 결정례(조심 2023서8860, 2023.9.8., 조심 2024서5364, 2025.2.19., 조심 2025서26, 2025.4.1.)가 있고, 청구인이 제시한 조세심판의 인용 결정례(조심 2025중127, 2025.5.28., 조심 2023부9792, 2024.1.18., 조심 2022중7727, 2023.2.8.)는 신규주택 매도인의 사정으로 취득계약의 잔금일보다 변경 계약의 잔금일이 당겨져 일시적 2주택이 된 사안을 인용한 사안이므로 이 건과 다른 사안이라는 의견이다.

   그러나, 청구인은 심판청구 시 ① 양도계약일이 취득계약일보다 빠르고. ② 양도대금을 받아야만 취득대금을 지급할 수 있는 상황이며, ③ 쟁점신규주택 취득대금이 쟁점종전주택 양도대금의 22% 정도에 불과한 것에 더하여 쟁점신규주택 매도자의 요구가 있었고, ④ 취득일과 양도일의 차이가 38일에 불과하며. ⑤ 과세특례가 배제될 경우 부담할 양도소득세가 취득금액과 비슷하여 쟁점신규주택을 먼저 취득할 이유가 없다는 등의 쟁점종전주택을 양도하기 전에 쟁점신규주택을 취득할 수 밖에 없는 불가피한 사정에 더하여, 쟁점신규주택의 전 소유자와 임차인 간 임대차계약 자동갱신으로 임대기간이 2021.6.17.까지 연장되었다는 내용으로 청구인이 쟁점신규주택에 즉시 전입하지 못한 이유도 밝혔음에도, 처분청은 위와 같은 청구주장과 기각된 조세심판 결정례의 쟁점과 기각이유를 종합적으로 살피지 않고, 청구주장 중 양도계약일이 취득계약일보다 빠르다는 부분이 조세심판 결정례와 같음을 이유로 청구주장을 배척하였는데, 처분청이 근거로 제시한 조세심판의 결정례 등은 아래 <표3>과 같이 쟁점 등이 이 건과 다르므로 청구주장을 배척하는 근거가 될 수 없다.

<표3> 처분청 제시 선결정례 등과 이 건의 주요내용 비교

○○○

   2) 또한, 처분청은 청구인이 제시한 인용된 조세심판 결정례의 쟁점과 결정이유 등은 살피지 않고, 신규주택 매도인의 사정으로 잔금일이 당겨짐에 따라 취득시기가 달라진 경우에 한하여 인용되는 것으로 호도하고 있으나, 조세심판의 결정문에는 처분청이 제시한 사유 외에도 1세대 1주택 비과세 취지 및 2주택 기간이 매우 단기간인 점, 대체주택의 취득이 투기 목적을 위한 것이었다고 보기 어려운 점 등을 종합적으로 판단하여 인용한 것으로 처분청의 인용논리는 잘못된 것이다.

   최근 법원(서울행정법원 2025.8.27. 선고 2024구단71520 판결)도 원고가 취득한 신규주택(양도일 2020.12.29.)에 전입하지 않은 상태에서 종전주택을 양도(2023.11.21.)한 사안에 대하여, ① 종전주택을 대체하기 위해 신규주택을 매수한 것에 불과한 점, ② 신규주택의 매수를 실거주 목적이 아니라고 할 수 없는 점, ③ 2주택 소유에 투기목적을 인정할 수 없는 점. ④ 일시적으로 볼 수 있을 정도로 기간이 매우 짧은 점. ⑤ 1세대 1주택 비과세 취지 등을 종합적으로 고려하여 종전주택의 양도(2021.1.18.)를 1세대 1주택 양도로 인정하였다.

  (나) 80%의 장기보유특별공제율 적용배제는 다음과 같은 이유로 잘못된 것이다.

조세심판원은 이 건과 같은 사안에 대하여 공제율 80%의 장기보유특별공제가 적용되지 않는다고 결정하였으나(조심 2024서3001, 2024.10.28.), 이 결정은 「소득세법 시행령」 제155조 제1항에 1세대 1주택 인정요건으로 규정된 전입 요건이 ‘1세대 1주택 인정요건’에 적합한 것인지를 엄격히 살피지 않은 결정이므로 타당하지 않다.

  조정대상지역 내 1세대 1주택 인정요건(「소득세법 시행령」 제155조 제1항)과 비과세요건(「소득세법 시행령」 제154조 제1항)은 아래와 같다.

<표4> 조정대상지역내 1세대 1주택 인정 및 비과세 요건

  1세대 1주택자인 청구인은 2020.7.21. 쟁점신규주택 취득으로 일시적 1세대 2주택이 되었다가 2020.8.28. 쟁점종전주택을 양도함으로써 1세대 1주택이 되었으므로, 쟁점종전주택을 취득한 날부터 양도한 날까지 7,771일 중 단 38일만 2주택이었다.

  청구인이 1세대 1주택 인정요건 중 위 <표4>의 ②번 요건을 충족하지 않았음에도 장기보유특별공제율 80%의 적용대상으로 보는 이유는, 전입요건은 양도주택과 직접 관련이 없고, 법령상 전입기한인 2021.7.21.은 종전주택을 양도(2020.8.28.)하여 2주택 상태가 해소된 이후여서 비과세요건은 될 수 있어도 1세대 1주택 인정요건은 될 수 없기 때문이다.

  1세대 1주택 인정요건은 2주택 기간에 관한 것으로, 2주택 상태가 ①번 요건에 따라 성립하여야 하고, ②번과 ③번 요건에 따라 해소되어야 한다는 것이나, 2주택 상태의 해소는 오로지 ③번 요건으로만 되는 것이지 ②번 요건은 2주택 상태의 해소와 아무런 관련이 없다.

  ②번 요건을 충족하지 못한 경우 1세대 1주택으로 보지 않겠다는 것이나, 전입기한 종료일에는 이미 종전 주택을 양도하여 1주택이 되었음에도 2주택으로 보겠다는 것이어서 이는 타당하지 않다.

  백 번 양보하여 1세대 1주택 인정요건이 될 수 있더라도, 양도소득세는 양도일 상황으로 판단하는 것이므로, 전입기한을 양도일까지로 규정하여야 하는데, 만약 전입기한을 양도일 이후로 하면 신고납부 세목인 양도소득세는 별도의 신고납부 규정을 두어야 하고, 별도 규정이 없다면 부과처분도 할 수 없다.

  전입기한을 양도일까지로 규정했어야 한다는 청구주장에 대해 처분청은 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 본문 중 ‘다음 각호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우’를 종전주택 양도일까지로 규정된 것이라는 의견을 제시할 수 있으나, 같은 항 각 호 외 단서에서 임대차기간이 끝나는 날이 신규주택의 취득일로부터 1년 이후인 경우에만 임대차계약 종료일까지(2년 한도, 갱신계약 제외)를 전입기한으로 규정하고 있을 뿐, 계약기간이 1년 이하로 남아 있는 경우 임대차계약 종료일까지로 규정하지 않아 1년의 전입기한이 적용되므로 그러한 주장은 타당하지 않다. 또한, 국세청 부동산납세과 배포 ‘사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 10(제1회)’은 취득한 신규주택에 임차인이 없거나 1년 미만의 임차인이 있는 경우는 신규주택의 취득일부터 1년 이내를 전입기한으로 표시하고 있다.

전입 요건을 추가한 입법취지(2020.2.11.)와 삭제한 입법취지(2022.5.31.)에서 전입 요건이 비과세 요건임을 명확하게 표명하고 있다.

 청구인의 고가주택 양도차익을 기준으로 아래 <표5>의 Ⓐ는 1세대 2주택인 경우(처분청 입장), 1세대 1주택으로 보는 전입요건의 성격에 대하여 Ⓑ는 이를 인정요건으로 보는 경우이고 Ⓒ는 이를 비과세요건으로 보는 경우이며, Ⓓ는 1세대 1주택인 경우에 산정되는 양도소득금액으로 아래와 같고, Ⓑ는 Ⓐ와 같은 개념으로 볼 수 있다.

<표5> 양도소득세 구분

(단위 : 원)

○○○

  위와 같이, Ⓑ와 Ⓒ는 비과세가 배제되는 것은 같으나 장기보유특별공제의 공제율(Ⓑ는 30% 일반공제율, Ⓒ는 80% 공제율)에 차이가 있고, Ⓓ는 비과세 및 80%의 장기보유특별공제율이 적용됨에 따라 차이가 발생한 것이다.

  위 <표4>의 ③번 요건(1년 내 양도)을 충족하지 못한 경우에는 2주택 상태에서의 양도이므로 ②번 요건 충족 여부와 무관하게 위 <표5>의 Ⓐ에 따라 양도소득금액이 산정되는 것이 맞으나, ③번 요건을 충족한 경우에는 ②요건이 1세대 1주택 인정요건인지 비과세 요건인지를 따지지 않더라도, 1세대 2주택자와 같은 세부담을 하는 것은 조세 정의 차원에서도 이는 타당하지 않다.

  (다) 가산세 부과처분의 당부

  이 건 부과처분은 사후관리사항에 해당하는 것이나 사후관리에 따른 신고납부 규정이 없으므로 가산세는 부과되지 않는다는 청구주장에 대해, 처분청은 판례(서울행정법원 2025.1.4. 선고 2024구단55603 판결)를 근거로 일시적 2주택 비과세특례가 적용되는 요건인 신규주택 전입신고는 사후관리 요건에 해당하지 아니하므로 가산세 부과처분은 정당하다는 의견이다.

  전입요건이 사후관리사항인지에 대한 다툼에서 법원(서울행정법원 2025.1.4. 선고 2024구단55603 판결)은 전입신고 및 이사의무의 이행 여부에 따라 비과세가 결정되는 측면이 있으나 (중간생략) 추가 신고ㆍ납부기한을 별도로 규정하지 않았던 것은 사후관리 규정과는 다른 입법 목적 등에 따른 것으로 보이고, (중간생략) 비과세 특례 여부가 사후적으로 밝혀진다는 이유만으로 사후관리 요건이라고 볼 수 없다’라고 판결하여, 사후관리사항으로 볼 수 없는 이유를 다른 사후관리 규정과 달리 추가 신고ㆍ납부규정이 두고 있지 않다는 것으로 밝히고 있다.

  위 판결은 전입신고 등의 이행 여부에 따라 비과세가 결정되는 측면이 있다는 것을 인정하면서도 추가 신고납부규정을 별도로 둔 경우에만 사후관리사항으로 볼 수 있다는 것이나, 별도의 신고납부규정을 두지 않았다고 하여 이를 사후관리사항이 아니라고 할 수는 없으며, 전입신고 등의 이행 여부에 따라 비과세가 결정되는 측면이 있는 것 자체가 사후관리가 필요하다는 것이다.

  이 건도 쟁점종전주택 양도(2020.8.28.)에 따른 양도소득세를 당시 법령에 따라 성실하게 신고납부의무를 이행하였으나, 쟁점신규주택의 취득일부터 1년 후인 전입기한 2021.7.21.까지 전입하지 않았으므로 당초 신고로 확정되었던 납세의무를 변경할 필요가 발생하였다.

  신고로 확정된 납세의무는 과세관청의 경정 또는 납세자의 신고에 의하여 변경되는 것이어서 신고로 납세의무가 확정되는 양도소득세에 있어 과세관청의 경정을 통한 납세의무의 변경은 신고가 없거나 신고내용에 오류 등이 있는 경우에만 가능하므로, 납세자의 신고가 있는 경우로서 신고내용에 오류 등이 없는 경우에는 과세관청이 일방적으로 납세의무를 변경시킬 수 없으므로, 신고로 확정된 납세의무를 신고 이후에 발생한 사실인 미전입을 이유로 과세관청이 변경하기 위해서는 먼저 추가 신고납부의무를 부여해야 하는바 이러한 사항이 곧 사후관리사항인 것이다.

  조세법률주의 원칙상 조세의 부과와 징수는 반드시 법률에 근거해야 하므로, 사후관리에 따른 신고납부 절차도 당연히 법률로 규정되어야 하나 전입요건과 관련 별도의 신고납부 규정은 없다.

  신고납세제도의 국세는 반드시 신고납부의무 이행을 위한 규정을 두어야 하고, 규정이 없다면 부과처분도 할 수 없는 것이며, 설령 부과처분이 가능하더라도 가산세는 부과할 수 없다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 쟁점종전주택을 양도한 후 관련 법령에서 정하는 신규주택 전입요건을 충족하지 못하였으므로, 쟁점종전주택 양도에 대하여 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례를 적용하지 않는 것이 타당하다.

  (가) 청구인은 쟁점종전주택을 양도하기 전에 쟁점신규주택을 취득하여 쟁점종전주택 양도일 현재 2주택자에 해당하였고, 쟁점종전주택 양도 후 2020.9.4. 서울특별시 도봉구 OOO에 전입하여 현재까지 거주하였는바, 쟁점신규주택으로 전입한 사실이 없다.

  쟁점종전주택 양도계약일이 쟁점신규주택 취득계약일보다 6일 빠른 사실에 비추어 볼 때, 청구인은 쟁점종전주택을 양도한 후 쟁점신규주택을 취득하려는 의도가 있었다.

  그리고 일시적 2주택에 해당하게 된 경위 및 그 불가피한 특별한 사정이 있었다고 청구인은 주장하나, 조세심판원의 결정례(조심 2023서8860, 2023.9.8., 조심 2024서5364, 2025.02.19., 조심 2025서26, 2025.4.1.)에서도 종전주택 양도계약일이 신규주택 취득계약일보다 빠른 경우에도 이 건 청구주장과 달리 기각결정된 것으로 확인되고, 「소득세법」상 양도일은 계약일이 아닌 대금청산일이다.

  (나) 청구인은 양도소득세가 부과될 위험을 감수하면서까지 쟁점신규주택을 먼저 취득했어야 할 이유가 없었고, 조정대상지역내 일시적 2주택자에 대한 전입요건을 삭제한 입법취지는 납세자 불편해소 및 과도한 규제 합리화로 청구인은 쟁점종전주택 양도는 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례에 해당한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하므로 「소득세법」상 부동산의 취득 및 양도시기는 계약일이 아닌 대금청산일이며 주택 취득과 양도의 목적 및 의도와는 무관하게 세법은 모든 납세자에게 일률적으로 적용 및 해석되어야 하며 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다.

  (다) 이 건과 유사한 사안에 대하여 청구인은 1세대 1주택 비과세를 인정한 조세심판원의 결정례(조심 2025중127, 조심 2023부9792, 조심 2022중7727)를 들어 쟁점종전주택의 양도에 대하여 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례를 인정하여야 한다고 주장하나, 청구인이 제시한 심판결정례는 신규주택 매도인의 사정으로 신규주택 취득 당초 매매계약시 잔금일자보다 변경 매매계약시 잔금일자가 앞당겨져 일시적 2주택이 되어 인용된 사례이며, 청구인의 경우에는 쟁점신규주택의 취득 계약에도 잔금일자가 쟁점종전주택의 양도계약에 따른 잔금일자보다 빨라 일시적 2주택에 해당되므로, 쟁점종전주택을 1세대 1주택 비과세로 인정하여야 한다는 청구주장은 잘못된 것이다.

 (2) 청구인은 관련 법령에 따른 신규주택으로 전입요건을 충족하지 못해 쟁점종전주택이 1세대 1주택 비과세 대상이 아니므로 장기보유특별공제율 80% 적용할 수 없다.

 청구인은 조정대상지역에 있는 종전쟁점주택을 보유한 상태에서 조정대상지역의 쟁점신규주택을 취득한 경우에 해당하여 신규주택 취득일로부터 1년 이내 또는 기존 임차인의 임대차기간 만료시점까지 쟁점신규주택으로 이사하고 전입신고를 마쳐야 함에도 청구인은 현재까지도 쟁점신규주택으로 이사 및 전입신고를 하지 않아 쟁점종전주택은 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례 대상에 해당하지 않으므로, 1세대 1주택자에 대한 장기보유특별공제율(80%)이 아닌 일반 장기보유특별공제율(30%)을 적용하여 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

 (3) 일시적 2주택 비과세 특례상 신규주택 전입신고는 사후관리 요건에 해당하지 아니하므로 가산세 부과처분은 정당하다.

 청구인은 종전주택에 한 1세대 1주택 비과세를 적용받기 위해 취득 후 전입요건은 사후관리 요건에 해당하고, 사후관리 요건을 충족하지 못한 경우에 대한 신고ㆍ납부 규정이 별도로 존재하지 아니하므로 가산세는 부과취소되어야 한다고 주장하나, 청구인이 제시한 법원판례(서울행정법원 2025.1.4. 선고 2024구단55603 판결)에서 ‘사후관리 요건이라고 함부로 보지 않는 것이 조세법률주의에 부합되는 해석이다.’라고 판시하고 있으며, 「소득세법 시행령」 제155조 제1항 제2호의 경우에는 법령에 사후관리 사항이 규정되어 있지 아니하고, 비과세 특례를 배제할만한 사유가 발생한 이후 일정한 기간 내에 양도소득세를 추가 신고·납부할 규정이 없다는 사유로 청구인에게 가산세를 부과하는 것은 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

  ① 쟁점종전주택의 양도에 대하여 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

  ② 쟁점종전주택의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 때 1세대 1주택의 양도에 적용되는 80%의 공제율을 적용해야 한다는 청구주장의 당부

  ③ 이 건 가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 과세전적부심사 결정서에 기재된 청구인의 쟁점종전주택 양도 및 쟁점신규주택 취득에 대한 내역은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 쟁점종전주택, 쟁점신규주택의 취득 및 양도 내역

(단위:백만원)

○○○

＊주. 쟁점신규주택 계약일을 2020.6.15.에서 2020.6.19.로, 계약금을 OOO원에서 OOO원으로 변경

<쟁점종전주택 양도계약서 및 잔금지급 영수증>

○○○

<쟁점신규주택 취득계약서 및 잔금지급 영수증>

○○○

<쟁점종전주택 양도 등기부등본 발췌>

○○○

<쟁점신규주택 취득 등기부등본 발췌>

○○○

 (2) 청구인의 주민등록 전‧출입 이력은 아래 <표7>과 같고, 청구인은 심판청구일까지 쟁점신규주택으로 전입한 사실은 없는 것으로 나타난다.

<표7> 청구인의 주민등록 전‧출입 이력

○○○

 (3) 청구인은 쟁점신규주택의 양도자가 거래대금을 조기에 받으려고 양도대금을 시세보다 약간 낮춰 거래하였다고 주장하면서, 이를 입증하기 위하여 아래 <표8>과 같이 쟁점신규주택의 매매계약일부터 7월까지 국토교통부 아파트실거래가 거래내역을 제출하였다.

<표8> 쟁점신규주택 유사 매매사례가액

(단위 : 만원)

○○○

 (4) 청구인은 처분청도 전입기한을 신규주택 취득일부터 1년으로 인식하고 있다면서 아래와 같이 국세청 설명자료[사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 10(제1회) 6페이지]를 제출하였다.

○○○

 (5) 청구인의 양도소득세 신고내역과 처분청의 경정내역은 아래 <표9>와 같다.

<표9> 쟁점종전주택 양도에 대한 양도소득세 신고‧경정내역

(단위:원)

○○○

  (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다.

  (가) 쟁점①과 관련하여, 청구인은 관련규정의 개정취지와 쟁점종전주택과 쟁점신규주택의 거래목적, 양도시기 및 대금지급 내역 등을 고려할 때 쟁점종전주택의 양도에 대하여 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례를 적용해야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 「소득세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항 제2호 가목은 종전주택이 조정대상지역 내에 있는 상태에서 조정대상지역 내에 있는 신규주택을 취득한 경우에는 신규주택의 취득일로부터 1년 이내에 신규주택으로 세대전원이 이사하고 전입신고를 한 경우에 일시적 2주택으로서 1세대 1주택의 양도로 보도록 규정하고 있으므로, 이 건의 경우 청구인은 쟁점종전주택이 조정대상지역 내에 있는 상태에서 역시 조정대상지역 내에 있는 쟁점신규주택을 취득한 후, 비록 38일만에 쟁점종전주택을 양도하였으나 쟁점신규주택을 취득한 날로부터 5년이 넘게 경과한 심판청구일까지 쟁점신규주택에 세대전원이 이사하고 전입신고를 한 사실이 없는바, 이 건 쟁점종전주택의 양도는 「소득세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항 제2호 가목에 따라 1세대 1주택의 양도로 보는 경우에 해당하지 않는 점, 청구인이 투기과열지구로 지정된 조정대상지역 내에 있는 쟁점신규주택을 취득한 후 5년이 경과한 심판청구일까지 쟁점신규주택으로 이사한 사실이 없어 쟁점신규주택의 취득목적이 실거주 등을 위한 것이 아닌 양도차익을 얻기 위한 것으로 보여, 부득이한 사정이 있는 일시적 2주택자의 양도소득세 부담을 낮춰 주거안정을 도모하려는 일시적 2주택에 대한 1세대 1주택 과세특례 제도의 취지상 쟁점종전주택의 양도에 대하여 과세특례를 적용하는 것이 부적절한 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점종전주택의 양도에 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특레를 적용해야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

  (나) 쟁점②와 관련하여, 청구인은 「소득세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항 및 제155조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세가 적용되는 요건을 1세대 1주택 인정요건과 1세대 1주택 비과세요건으로 나누어 쟁점종전주택의 양도를 처분청이 고가주택에 대한 1세대 1주택 과세특례의 대상에서 제외한 근거규정인 같은 영 제155조 제1항 제2호 가목의 요건은 비과세요건에 해당하므로, 이 규정을 제외한 나머지 요건을 갖춘 쟁점종전주택의 양도는 1세대 1주택 인정요건을 갖추었으므로 1세대 1주택 양도에 적용되는 80%의 장기보유특별공제율을 적용해야 한다고 주장하나, 「소득세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항 각 호 외의 본문은 일시적 2주택에 대하여 같은 항 각 호의 요건을 갖춘 경우 “이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다”고 규정하여 1세대 1주택 인정요건과 비과세요건을 구분하지 않는 것으로 보여 각 규정에 따른 요건을 충족하는 경우 ‘비과세 대상인 1세대 1주택’으로 보고 있는 것으로 해석되는 한편, 같은 영 제159조의4는 ‘법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대 주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조․제155조의2․제156조의2․제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고’라고 규정하여 같은 영 제155조 제1항에 따라 일시적 2주택으로서 비과세 대상인 1세대 1주택으로 보지 않는 경우는 1세대 1주택에 적용되는 장기보유특별공제율의 적용대상에서 제외하도록 규정하고 있는 것으로 해석되는바, 앞서 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 쟁점종전주택의 양도는 같은 영 제155조 제1항에 따라 일시적 2주택으로서 비과세 대상인 1세대 1주택에 해당하지 않는 것으로 보이므로, 처분청이 쟁점종전주택의 양도에 1세대 1주택에 적용되는 80%의 공제율이 아닌 일반적인 경우 적용되는 30%의 공제율로 장기보유특별공제를 적용한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (다) 쟁점③과 관련하여, 청구인은 「소득세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항 제2호 가목의 요건은 사후관리사항에 해당하므로, 이를 충족하지 못하여도 납세의무 성립일을 기준으로 청구인의 양도소득세 신고는 세법에 따른 정당한 신고에 해당하고, 가산세를 부과하는 별다른 추징규정 등도 없어서 이 건 가산세 부과는 부당 또는 위법하다고 주장한다.

  그러나, 「소득세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항 제2호 가목의 요건은 1세대 1주택의 양도에 적용하는 비과세특례를 예외적으로 실거주를 위해 부득이하게 발생하는 일시적 2주택자에게도 적용하기 위한 요건으로, 비록 납세의무가 성립할 당시에는 1세대 1주택의 요건을 충족하지 못하였으나 예외적으로 신규주택의 취득일로부터 1년 이내에 신규주택으로 이사 및 전입신고를 하면 1세대 1주택의 양도와 동일하게 세법을 적용하기 위한 것으로서, 이는 납세의무가 성립할 당시에 해당 요건을 갖추어 비과세, 감면, 공제 등 과세특례를 제공받은 경우 그 과세특례 요건을 일정기간 지속적으로 유지하는지를 체계적으로 관리하는 사후관리와 다른 것으로 보이는 점, 「소득세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항은 “다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다”라고 하여 같은 항 각 호는 일시적 2주택인 경우라도 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하기 위한 요건을 규정한 것으로 보이고, 사후에 같은 항 각 호의 요건을 갖추지 못한 경우 비과세특례 등으로 감면받은 세액 등을 추징하는 별도의 규정이 없어서 이를 사후관리 대상으로 보고 입법하였다고 보기 어려운 점, 청구주장과 같이 「소득세법 시행령」(2021.2.17. 대통령령 제31442호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항 제2호 가목을 사후관리 사항으로 해석한다면, 신규주택으로 전입 및 이사할 의사가 없더라도 2주택인 경우 일단 과세특례의 혜택을 받고 사후에 감면받은 세액만 추징․납부하면 되므로, 감면받은 세액에 대하여 정상적인 납부기한이 경과하여도 아무런 불이익이 없어서 정상적으로 신고․납부한 납세자가 오히려 불이익하게 되는 과세형평에 반하는 문제가 발생하고, 이는 실거주 주택수요자의 주거안정을 도모하려는 1세대 1주택 과세특례 제도의 취지에도 반하는 점 등에 비추어, 쟁점종전주택 양도에 대해 청구인에게 가산세를 부과한 처분은 부당 또는 위법하다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.