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심판청구기각
가공매입에 대응하는 가공매출이 있는지 여부
조심-2025-서-3504생산일자 2025.12.24.
AI 요약
요지
처분청의 재조사 결과, 청구법인이 가공매출로 주장하는 거래가 가공매입에 대응된다고 보기 어려운 것으로 확인되었는바, 청구주장 이유 없음
질의내용

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 OOO 개업하여 서울특별시 OOO에서 의약품 도매업을 영위하고 있는 법인으로, 2014년 제2기부터 2016년 제2기까지 ㈜A(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 공급가액을 “쟁점매입액”이라 한다)를 수취하여 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다.

나. OOO세무서장은 쟁점매입처에 대한 조사결과, 쟁점매입처가 실물거래 없이 청구법인에게 쟁점매입세금계산서를 발급한 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 수취한 행위를 「국세기본법」제26조의2 제2항의 부정행위로 보아 10년의 국세부과 제척기간을 적용하여, 2023.3.15. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 부가가치세 및 법인세를 각 경정·고지하였다.

<표1> 이 건 처분내용

○○○

다. 청구법인은 쟁점매입세금계산서상 매입물품을 ㈜B(이하 “쟁점매출처”라 한다)에 OOO원에 매출한 것으로 가공매출을 계상하고 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 공급가액을 “쟁점매출액”이라 한다)를 발급하였으므로, 쟁점매입액과 쟁점매출액을 상계한 차액에 대해 법인세를 과세하여야 하고, 이에 따라 법인의 자산이 사외로 유출되지 아니하였으므로 대표자에 대한 상여처분이 부당하다고 주장하며 2023.11.16. 심판청구를 제기한 결과, 2025.2.12. 우리 원은 처분청으로 하여금 쟁점매출처에 대한 가공매출 여부와 쟁점매입세금계산서상 매입대금의 사외유출 여부를 재조사하도록 결정(조심 2023서OOO, 2025.2.12.)하였으나, 처분청은 재조사 결과 당초 처분이 정당하다고 보아 2025.5.12. 청구법인에게 원처분을 유지하는 취지의 결정을 통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인은 쟁점매입세금계산서의 매입물품을 쟁점매출처에 매출한 것으로 가공매출을 계상하고 법인세 신고하였으므로 쟁점매입액에서 쟁점매출액을 상계한 차액에 대하여 과세되어야 한다.

  (가) 청구법인은 원래 OOO 및 OOO와 같은 전문의약품을 도매하는 회사이나, 쟁점매입세금계산서 거래는 청구법인이 통상적으로 취급하는 의약품이 아닌 홍삼, 크림, 아이라이너, 슬림워터 등 의약외품(이하 “쟁점물품”이라 한다)으로 청구법인의 통상적인 거래품목과 확연하게 구분할 수 있다.

  (나) 아래 표에 따르면 청구법인은 쟁점매입처로부터 쟁점물품을 매입한 뒤, 짧으면 수일 내 또는 몇 달 뒤에 쟁점매출처에 매출한 것으로 처리하고 쟁점매출세금계산서를 발행한 사실을 확인할 수 있다.

<표2> 2016∼2017사업연도 매입·매출원장

○○○

  (다) 처분청은 쟁점매입세금계산서의 매입물품에 대한 쟁점매출처로의 매출사실이 존재한다는 자체는 인정하면서도 계약서, 증빙서류 등의 구체적이고 객관적인 증빙서류를 제출한 바 없다는 등의 이유로 연관성을 인정하지 않고 있지만, 가공매출에 대한 계약서 및 금융증빙 등은 사실상 제시하기 곤란하다.

  (라) 쟁점매출처와의 통화내용을 통해서도 가공매출 사실이 확인되고, 설령 쟁점매출처의 동의가 없었다 하더라도 청구법인의 매입·매출처원장에 아래 <표3>, <표4>와 같이 쟁점물품의 일자별 거래내역이 상세하게 기록·보관되어 있으므로 사실관계를 확인할 수 있다.

<청구법인과 쟁점매출처와의 통화 내용 녹취록, 2023.5.30.>

○○○

<표3> 쟁점물품 매입원장

○○○

<표4> 쟁점물품 매출원장

○○○

  (마) 쟁점물품은 용역의 공급이나 자가소비 재화가 아닌 상품이나 재고로 인식되어야 할 물품으로 만일 매출이 없었다고 가정하면 법인 장부상 재고로 표시되어야 하지만 청구법인은 결산상 이를 신고한 사실이 없으며, 매입과 매출간의 거래시기의 차이는 있지만, 쟁점물품에 대하여 2015〜2017사업연도 중 쟁점매출처로 매출한 것으로 계상한 사실은 처분청도 인정하고 있다.

  (바) 다만, 처분청은 재조사에서 쟁점물품이 쟁점매출처 외에 다른 매출처에 매출된 사실을 들어 가공매입·매출이 직접 대응된다고 볼 수 없다는 의견이나, 쟁점매출처는 전부 가공거래처로 거래상대방이 이를 인정하였고, 매출대금은 전액 외상매출금으로 현재까지 계상되어 있는 등 가공매출임을 명백하게 증명할 수 있었기 때문에 이를 주장하게 된 것이며, 다른 매출처는 정상거래 중에 일부 가공거래가 포함되어 구분하기 어렵고, 거래상대방이 가공거래 포함 사실을 인정하지 않은 상태에서 가공매입·매출 상계를 주장할 실익이 없어 전체 가공 매입액 OOO원 중 쟁점매출처로의 매출 OOO원에 대하여만 상계를 주장하여 재조사 결정을 받게 된 것이다.

     

 (2) 가공매입에 상계되는 가공매출이 발생하여 법인의 실질적인 자산의 유출이 없음에도 불구하고 가공매입 전액을 대표자의 상여로 소득처분하는 것은 부당하다.

  (가) 조세심판원 심판례와 예규에 의하면(조심 2019서3742, 2020.2.18., 심사소득 2012-0016, 2012.5.25.)에 의하면 가공매출과 가공매입이 있는 경우 그 차액만을 상여처분 할 수 있는지 여부는 가공매입에 구체적으로 대응되는 가공매출액인지, 가공매입금액과 가공매출금액이 서로 상계되어 실질적인 자산 유출이 없는 경우에 해당하는지 여부가 밝혀져야 한다고 명시하고 있다.

  (나) 쟁점물품은 특수하게 쟁점매입처에서만 발생한 거래로서 비정상적 매입거래이고, 쟁점물품과 동일한 품목을 쟁점매출처에 매출한 것으로 계상하였으며, 매입일자와 매출일자가 당일 또는 몇 달 이내로 크게 차이나지 않으므로 가공매입금액과 가공매출금액이 구체적으로 대응되어 상계되고 있는 것으로 보아 그 부분에 대하여는 예규해석 및 판례에서 명시하고 있는 실질적인 자산의 유출이 없는 경우에 해당한다고 할 것이다.

  (다) 또한 처분청에서 제시한 쟁점매입처의 대표자 심문조서 내용에도 쟁점매입세금계산서 거래에 따른 대금은 반환한 사실이 기재되어 있어 대표자에게 사외유출된 사실이 없다는 사실이 나타난다.

<그림1> 쟁점매입처 대표자 신문조서 중 청구법인 관련 부분

○○○

 나. 처분청 의견

 (1) 쟁점매출세금계산서와 쟁점매입세금계산서가 연관성이 있다고 보기 어렵다.

  (가) 청구법인이 제출한 2016년∼2017년 매입·매출원장을 검토한 결과, 청구법인이 쟁점매출처에게 발급한 세금계산서의 거래품목, 금액, 발급시기 등을 볼 때, 일부 동일한 품목 이외의 거래도 다수 있어 가공매출이라고 주장하는 매출에 상응하는 다른 매입이 있었을 가능성을 배제할 수 없고, 쟁점매출처 매출이 가공매입에 대응하는 매출로 보기에는 거래일자가 1년 이상 차이가 커 과세기간도 맞지 않는다.

  (나) 청구법인이 제출한 매출원장을 보면 거래 수량을 확인할 수 없고, 공급가액도 일치하지 않으며, 특정일자에 일부 품목이 일치한다는 사실만으로 해당 매출이 가공매입에 대응하는 것이라고 단정할 수 없다. 또한 청구법인은 쟁점매입처·쟁점매출처와의 거래와 관련하여 계약서, 금융자료와 같이 구체적이고 객관적인 증빙을 제출하지 아니하였다.

  (다) 청구법인이 제출한 2014∼2017 귀속 매출원장에 대하여 품목별로 매출내역을 집계하면 아래 <표5>와 같이 쟁점물품이 쟁점매출처 외에도 다수의 다른 매출처에도 매출로 계상된 것으로 확인된다.

<표5> 청구법인 매출장의 품목별 매출현황

○○○

가)   (라) 청구법인은 가공매출 주장의 근거로 쟁점매출처가 가공매출임을 밝히는 것에 동의를 하였다고 주장하나, 동의를 확인할 수 있는 구체적인 증빙이 없으며, 쟁점매출처와의 전화통화 내용 녹취록은 통화의 거래상대방이 쟁점매출처의 직원인지, 대표자인지 여부도 확인되지 않고, “예, 예”, “아니 그러니까 자료는...”, “아니 그러니까 저는 이의를 떠나서...”등의 대화 내용만으로는 가공매출의 증빙자료로 인정할 수 없다.

 (2) 쟁점매입액의 귀속이 불분명한 이상 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 단서에 따라 대표자에게 귀속된 것으로 보아야 한다.

나)   (가) 법인이 매입사실이 없음에도 불구하고 장부에 외상매입금을 계상하였다가 이를 반제한 것으로 하여 가공의 가수금을 계상한 경우에도 달리 특별한 사정이 없는 한 그 가수금이 사외유출된 것으로 보는 것이고(국심 2005서3046, 2006.9.28. 참고), 가공으로 가수금을 계상하고 동 가수금으로 대금을 지급한 것처럼 기장만 하였더라도 그 이후 동 가수금이 법인의 일반적인 영업활동에 의하여 마련된 현금에 의하여 반제되었다면 반제시점에 쟁점경비의 대금이 사외유출된 것이라고 보아야 할 것이다(국심 2001중3218, 2002.3.27. 참조).

다)   (나) 청구법인은 쟁점매입처로부터 수취한 자금을 대표자 가수금으로 계상 후, 가공매입대금을 외상매입금을 지출한 것으로 처리한 것이 확인되었다. 청구법인의 대표자는 해당 가수금에 대하여 청구법인에 대한 금전적 청구권의 형태로 보유하고 있는 것으로 대표이사에게 반제해야 할 채무이므로, 특별한 사정이 없는 한 가공 매입금액은 대표이사에게 귀속된 것으로 볼 수 있다.

라)

마) <표6> 청구법인의 현금 계정별 원장

바) ○○○

사)

아) <표7> 청구법인의 예금 계정별 원장

자) ○○○

차)

카)   (다) 또한, 청구법인의 현금출납장에 2016.12.1. 현금으로 지급한 거래대금 OOO원은 청구법인의 일반적인 영업활동에 의하여 마련된 현금으로 지급한 것으로 실제 사외에 유출되지 않았다고 볼 특별한 사정이 없고, 그 귀속이 분명하지 아니한 이상 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 단서에 따라 대표자에게 귀속된 것으로 보아야 한다.

<그림2> 청구법인의 현금출납장, 2016.12.1. 지출내역

○○○

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점매입세금계산서상 매입물품을 쟁점매출처에 매출한 것으로 가공매출을 계상하였으므로 쟁점매입액에서 쟁점매출액을 상계한 차액에 대해 법인세를 과세하고 소득처분하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법

  제67조【소득처분】다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1.제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고

 (2) 법인세법 시행령

  제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 내용 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청은 청구법인에게 위 <표1>과 같이 법인세 등을 각 경정·고지하였고, 청구법인은 쟁점물품을 쟁점매출처에 매출한 것으로 가공매출을 계상하였으므로, 이를 상계한 차액에 대하여만 법인세를 과세하여야 하고, 그에 따라 법인의 자산이 사외로 유출되지 아니하였으므로 대표자에 대한 상여처분이 부당하다고 주장하며 2023.11.16. 심판청구를 제기한 결과, 2025.2.12. 우리 원은 처분청으로 하여금 쟁점매출처에 대한 가공매출 여부 및 쟁점매입세금계산서상 매입대금의 사외유출 여부를 재조사하도록 결정(조심 2023서OOO, 2025.2.12.)하였으나, 처분청은 재조사 결과 당초 처분이 정당하다고 보아 2025.5.12. 청구법인에게 원처분을 유지하는 취지의 결정을 통지하였다.

<조심 2023서OOO, 2025.2.12. 결정문 발췌>

○○○

 (2) 양측은 우리 원이 재조사 결정을 한 당초 심판청구서상 기재된 사실관계를 동일하게 제출하였고, 그 주요 내용은 아래와 같다.

  (가) <표8> 쟁점가공세금계산서 공급가액

○○○

 

  (나) <표9> 법인세 경정·고지 내용

○○○

  (다) 쟁점매입처 대표자에 대하여 2018년 10월경 수원지방검찰청이 작성한 「피의자 신문조서」 사본 중, 청구법인과의 쟁점가공거래와 관련된 부분을 발췌하면 아래와 같다.

<쟁점매입처 대표자의 피의자 신문조서>

○○○

  (라) 청구법인의 쟁점매입처에 대한 외상매입금 원장 내용은 아래 <표10>과 같으며, 처분청은 청구법인이 해당 외상매입금의 변제와 관련하여 대표이사 가수금 또는 가지급금으로 계상한 사실을 확인하였다.

<표10> 청구법인의 쟁점매입처 외상매입금 원장 내용

○○○

  (마) 처분청이 확인한 쟁점매입대금 결제 관련한 금융거래 내용은 아래와 같다.

○○○

(3) 그 외 청구법인이 제출한 자료한 자료는 아래와 같다.

  (가) <표11> 쟁점매입세금계산서 및 쟁점매출세금계산서 내용

○○○

  (나) 청구법인의 쟁점매출처에 대한 거래처 원장에는 가공매출 관련 매출대금을 외상매출금으로 계상하였고, 현재까지 회수하지 아니한 것으로 나타난다.

<그림3> 외상매출금 계정별원장

○○○

  (다) 쟁점매입처 매입원장과 쟁점매출처 매출원장 일부를 발췌하면 아래와 같다.

<그림4> 쟁점매입처 매입원장

○○○

<그림5> 쟁점매출처 매출원장

○○○

 (4) 처분청은 재조사 과정에서 청구법인에게 쟁점매출처 관련 자료를 요청하였고, 이에 따라 청구법인으로부터 2014∼2017사업연도의 전산전표, 쟁점매입처 매입원장, 쟁점매출처 매출현황 및 쟁점매출처와의 통화 녹음 파일 등을 제출받았다.

 처분청은 제출된 자료를 검토한 결과, 청구법인이 제출한 매출원장상 거래 수량을 확인할 수 없고 공급가액 또한 서로 일치하지 아니하며, 쟁점물품이 위 <표5>와 같이 쟁점매출처 외에도 다수의 다른 매출처에 매출된 것으로 계상되어 있는 점 등을 확인하였다는 의견이다.

 (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세금계산서상 매입물품을 쟁점매출처에 매출한 것으로 가공매출을 계상하였으므로, 쟁점매입액에서 쟁점매출액을 상계한 차액에 대해 법인세를 과세하고 소득처분하여야 한다고 주장하나,

 우리 원은 청구법인이 2023.11.6. 제기한 심판청구(조심 2023서OOO, 2025.2.12.)에서 처분청으로 하여금 쟁점매입세금계산서상의 가공매입액에 상응하는 쟁점매출처로의 가공매출이 있었는지 여부 및 쟁점매입세금계산서상 매입대금이 사외로 유출되었는지 여부를 재조사하라는 결정을 하였는데, 처분청의 재조사 과정에서 청구법인이 제시한 쟁점매출처의 매출원장(<그림5>)을 보면, 거래수량을 확인하기 어렵고, 청구법인이 당초 제출한 쟁점물품의 매출원장(<표4>)과도 거래일자 및 공급가액이 일치하지 아니하는 점, 쟁점매입액과 쟁점매출액의 거래시점이 1년 이상 차이가 나는 반면, 쟁점물품을 2016년 재고자산으로 보유하였다가 2017사업연도에 쟁점매출처에 판매한 것으로 처리하였다는 자료도 확인하기 어려운 점, 나아가 청구법인은 당초 쟁점물품이 일반 적인 청구법인의 매입 물품과 달리 의약외품으로서, 쟁점매입처로부터 매입하여 쟁점매출처로 매출하였다고 주장하였으나, 재조사 과정에서 쟁점물품이 쟁점매출처 외에도 다수의 다른 매출처에 매출된 사실이 확인(<표5>)되는바, 다른 거래처에 대한 매출이 가공이라는 사실이 확인되지 않은 이상, 쟁점매출처에 대한 매출만을 가공매출이라고 단정하기 어렵고, 쟁점매입처 외 다른 매입처를 통해 쟁점물품을 구입한 내역이 없다는 사실도 확인하기 어려운 점, 당초 우리 원의 재조사 취지는 쟁점매입액과 쟁점매출액이 서로 대응·상계되어 실질적으로 법인의 자산이 사외로 유출되지 아니한 경우에는 사외유출을 전제로 한 상여처분을 할 수 없다는 것이나, 위와 같이 쟁점매출액이 쟁점매입액과 대응된다고 보기 어려우므로 이를 상계한 차액에 대해 소득처분하기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

                                  

                               가공매입에 대응하는 가공매출이 있는지 여부