[주 문]

OOO세무서장이 2025.1.13. 청구법인에게 한 2016년 제1기분 부가가치세 OOO원의 부과 처분은 부과제척기간을 5년(세금계산서 불성실가산세 제외)으로 하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2012년 4월 설립되어 OOO회사에 OOO 및 OOO를 납품하는 OOO OOO법인(OOO)이다.

나. OOO세무서장은 청구법인의 매출처인 A(이하 B과 함께 “쟁점매출처”라 한다)에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시한 결과 청구법인이 쟁점매출처에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 것으로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고,

  처분청이 청구법인에게 2016년 제1기부터 제2기까지 매입·매출관련 자료를 제출받아 검토한 결과, 아래 <표1>과 같이 매입처(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하고 쟁점매출처에 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 하고, 쟁점매입세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급하였으나,

  쟁점세금계산서가 실물의 공급없이 수수된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아, 2025.1.13.과 2025.1.14.에 청구법인에게 부가가치세 2016년 제1기분 OOO원을 경정·고지하였다.

<표1> 처분청이 부인한 쟁점매입·매출거래 내역

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점세금계산서 중 쟁점매출세금계산서가 가공이라 하더라도 쟁점매입세금계산서는 정상 세금계산서에 해당한다.

  (가) 청구주장에 앞서 청구법인이 쟁점매입처 및 쟁점매출처와 거래하게 된 경위는 아래와 같다.

   1) 청구법인은 2016년 1월 ‘C OOO팀’ 소속 직원인 D으로부터 C에 의료기기를 납품할 것을 제안받고, 대형의료병원과 거래할 수 있는 좋은 기회라고 생각하여 D이 지정한 쟁점매입·매출처와 쟁점세금계산서에 따른 거래를 하였다. 하지만 거래대금으로 지급받은 전자어음이 최종부도처리 됨으로써 매출대금 중 일부를 받지 못하게 되었고 이에 D에게 자금상환계획서를 수령하는 등 매출대금 회수를 위한 노력을 다하였다(OOO지방법원 2018.1.19. 선고 OOO).

   2) 청구법인은 종국적으로 소송에서 승소하였으나 D이 재산이 없어 현재까지 매출대금을 회수하지 못하였으므로 가공거래 당사자가 아닌 명백한 피해자이다.

  (나) 청구법인은 D을 믿고 거래를 하였고 매출 이후 경과에 대하여 알기 어려운 위치에 있었으므로 선의의 거래당사자에 해당한다.

   1) 청구법인은 D이 C의 현직 구매담당 팀장인 사실을 확인하였고, C에 방문하여 관련 의료기기 일부가 이미 실제 납품되어 설치 및 시운전 중에 있었기 때문에 의심할 만한 정황이 없었다.

   2) 이후 OOO세무서장이 자료제출을 요구한 이후에야 쟁점매출처 중 하나인 A이 청구법인을 기망한 사실을 알게 되었고, 이에 따라 과세관청에 청구법인의 피해내역에 대하여 소명하였다.

   3) 청구법인은 통상적인 유통과정과 같이 쟁점매입처에서 제품을 직접 수령하지 않고 쟁점매출처로 바로 운송하게 하는 방식으로 거래를 한 것이어서 쟁점매출처와의 거래가 사실과 다른 거래라는 사실은 알지 못하였으므로 청구법인에게 과실이 있다고 볼 수 없다.

   4) 청구법인에 대한 OOO지방검찰청의 조세범칙조사가 있었으나, 혐의없음으로 종결되었고, 매입·매출세금계산서가 정상적으로 존재하고, 조세 탈루나 조세회피목적 또는 외형부풀리기 의도가 없었던 점 등을 감안할 때 청구법인은 거래상대방의 일방적인 기망행위에 의하여 막대한 금전적인 손실을 입은 선의의 거래당사자이다.

  (다) 이 건 부과처분의 경우 아래와 같은 이유로 근거과세원칙에도 위배된다.

   1) 이 건 부과처분 이전에 삼성세무서장에게 4차례에 걸쳐 소명자료를 제출하였으나 4년 8개월이 지난 이후에 부과처분이 이루어지면서 청구법인에 대한 세무조사도 실시하지 아니하고 부과제척기간 10년을 적용하였다.

   2) OOO세무서장은 쟁점매출처 중 하나인 A에 대한 조사를 실시하여 과세자료를 처분청에 통보하였으나, 처분청은 청구법인의 매입거래에 대한 소명자료제출을 요구하지 아니하고 관련 자료수집 절차도 없이 매입거래를 부인하는 과세처분을 하였다. 쟁점매입처 중 하나인 B으로부터 매입한 금액은 OOO원인데 이 중 쟁점매출처인 A에 매출된 금액은 OOO원에 불과하고, 다른 쟁점매입처인 OOO로부터의 매입액은 OOO원인데 A에 매출한 금액은 OOO원에 불과함에도 처분청은 관련 매입세액을 전부 부인하였다. 처분청은 쟁점매입처이면서 쟁점매출처인 B과 쟁점매입처인 E및 청구법인에 대한 조사는 진행하지 않고 이 건 부과처분을 한 것이다.

  (라) 또한 청구법인이 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입금액을 부인함에 따라 발생한 법인세에 대하여도 환급하여야 한다.

   1) 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 과세자료를 검토하여 2016년 제1기분 매입금액인 OOO원을 매입감 결정하였고, 2016년 제1기분 매출금액인 OOO원과 2016년 제2기분 매출금액인 OOO원을 매출감하여 2025.1.14. 2016사업연도 법인세 OOO원을 환급한바 있다.

   2) 하지만 처분청은 2016사업연도 법인세와 관련하여 매입비용을 (-)결정하면서 청구법인에게 과세예고통지 절차를 생략하였고, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자(대법원 2016.4.15. 선고 2015두52326 판결)에 해당한다.

   3) 매입금액 부인에 따른 2016사업연도 법인세 효과를 계산하면 OOO원이므로 이를 환급하여야 한다.

 (2) 부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분은 위법·부당하다.

  (가) 법원은 부과제척기간 10년을 적용하기 위해서는 납세자가 허위의 세금계산서에 의해 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에도 거래상대방이 이 계약에 따른 대금 전부를 매출세액으로 신고·납부하지 않았다거나, 경정청구를 하여 환급받는 등의 행위를 하여 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 명백한 인식이 있어야 한다고 판시(대법원 2015.2.26. 선고 2014두42001, 대법원 2015.1.15. 선고 2014두11618 판결 등 참조)한 바 있다.

  (나) 청구법인의 경우 각 과세기간에 매출 및 매입세금계산서에 대하여 적법하게 신고하였고 관련 세액을 모두 납부하였는 바, 법원에서 판시한 바와 같이 국가의 조세수입감소를 가져오게 될 것이라는 명백한 인식이 전혀 없었다. 또한 처분청은 청구법인이 2016년 제1기 부가가치세를 공제받았다는 이유로 부가가치세를 면탈하였다는 의견이나, 2016년 제1기와 제2기에 매출거래가 발생하여 매출세액을 납부하였는바 매입 후 매출이 발생하는 당연한 구조를 감안할 때 청구법인이 조세를 면탈하였다는 처분청의 판단은 타당하지 않다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점세금계산서는 모두 실물거래 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 쟁점매입세금계산서만 정상거래라는 청구주장을 받아들일 수 없다.

  (가) 쟁점매출세금계산서와 관련하여 청구법인이 적극적으로 정상거래임을 주장하고 있지 않은 가운데 청구법인이 제출한 OOO지방법원 판결에서도 단순히 금전지급의무에 대해서만 판시하고 있으므로 이를 근거로 쟁점세금계산서가 실물거래를 전제로 발급되었다고 볼 수 없다. 또한 D이 작성한 자금상황계획서를 보면 ‘제가 OOO 직원이라는 신분을 가지고 청구법인에서 물건을 구매한 것처럼 하여 마진 포함 OOO원 정도를 받아 진행하는 일의 사업자금으로 사용하였습니다. 앞으로 아래와 같이 자금을 상환할 계획입니다.’라고 기재되어 있어 이를 실물 거래의 증빙으로 보기도 어렵다.

  (나) 청구법인은 쟁점세금계서와 관련한 계약서나 송장, (의료기기) 시험운전 증명서 등을 제출하지 아니하였고, 청구법인의 주장과 같이 C에 실제 의료기기 등이 공급되었다고 한다면 C이 청구법인을 통해 공급된 의료기기를 매입한 내역이 있어야 함에도 이와 관련한 자료를 제출한 바 없다.

  (다) 쟁점매입처이자 쟁점매출처인 B에 대한 OOO세무서장의 현지확인에서 쟁점매출세금계산서가 실물거래가 없이 수취된 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 확인서를 제출받은 사실이 있고, 청구법인도 해당 세금계산서에 대한 OOO세무서장의 가산세 부과처분에 대하여 불복을 제기한 사실이 없다.

  (라) 청구법인은 불복과정에서 쟁점매출세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하더라도 쟁점매입세금계산서는 정상거래를 기반으로 발급되었다고 주장하나, 청구법인이 ‘C에 납품하기 위하여 쟁점매입처로부터 매입하여 쟁점매출처에 매출하였다’는 취지로 소명서를 제출한 바 있어, 가공인 매출에 대응하는 정상매입이라는 주장은 청구법인 주장에도 맞지 않는 것이다.

  (마) 또한 불복청구에서 청구법인은 일부 매입물품을 청구법인이 자체 사용하였다고 주장하나, 이를 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제출하지 않아 청구주장을 신뢰할 수 없고, 매입과 관련한 계약서나, 거래명세서 및 발주서 등의 자료도 제출되지 아니하였다.

  (바) 청구법인은 법인세 관련 과세예고통지가 이루어지지 않아 적법한 절차를 위반하였다고 주장하나, 청구법인이 해명을 거부함에 따라 처분청은 법인세를 결정하지 못하고 부가가치세만 과세예고통지하였고, 이후 청구법인이 과세전적부심사를 청구함에 따라 처분청은 청구법인의 신청을 받아들여 법인세를 (환급)경정한 바 있으므로 청구주장은 이유없다.

 (2) 청구법인은 쟁점매입세금계산서에 근거하여 2016년 제1기 부가가치세 OOO원을 공제받은 사실이 있고, 이는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위에 해당하여, 「조세범처벌법」제3조 제6항 제2호 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(사기 기타 부정한 행위)에 해당하는 바, 법원 판결 등에 비추어 부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분에는 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

 ② 부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

  (1) 국세기본법

  제26조의2(국세의 부과제척기간) ① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 “부과제척기간”이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 : 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

2. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 “부정행위”라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제를 받은 경우 : 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년(역외거래에서 발생한 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 15년). 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 또한 같다.

3. 납세자가 부정행위를 하여 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 : 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년

  가. 「소득세법」 제81조의10 제1항 제4호

  나. 「법인세법」 제75조의8 제1항 제4호

  다. 「부가가치세법」 제60조 제2항 제2호, 같은 조 제3항 및 제4항

⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에도 불구하고 지방국세청장 또는 세무서장은 다음 각 호의 구분에 따른 기간이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.

1. 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 소송에 대한 결정이나 판결이 확정된 경우 : 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년

 (2) 국세기본법 시행령

  제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 「조세범 처벌법」 제3조 제6항에 해당하는 행위를 말한다.

 (3) 조세범 처벌법

  제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 「조세특례제한법」 제5조의2 제1호에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

 (4) 부가가치세법(2015.12.15. 법률 제13556호로 일부 개정된 것)

  제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

  제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

  제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 그 공급가액(제1호 및 제2호의 경우에는 그 세금계산서등에 적힌 금액을 말한다)에 2퍼센트를 곱한 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다.

 (가) 쟁점매입세금계산서와 쟁점매출세금계산서 내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 쟁점매입세금계산서와 쟁점매출세금계산서 상세 내역

○○○

  (나) 청구법인은 쟁점매입·매출처와 쟁점세금계산서와 관련한 계약서를 작성한 사실이 없고, D과 계약서를 작성하였다고 주장하며 아래 <표3>과 같은 계약서를 제출하였다.

<표3> 청구법인이 D과 작성한 계약서

○○○

  (다) 청구법인이 D과 계약서를 작성하게 된 경위에 대하여 아래 <표4>와 같이 소명서를 제출하였다.

<표4> 청구법인의 소명서 중 일부(D과 계약서 작성 경위)

○○○

  (라) D이 청구법인에게 작성한 자금상환계획서는 아래 <표5>와 같다.

○○○

  (마) 청구법인이 물품대금을 지급받지 못하였다는 취지로 D을 피고하여 제기한 소송의 판결은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 민사소송 판결 중 일부

○○○

  (바) 청구법인은 OOO세무서장, OOO지방검찰청과 처분청에 쟁점세금계산서와 관련한 소명자료를 제출하였다.

<표7> 청구법인 소명자료 제출내역

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다고 주장하나,

  청구법인은 쟁점매입세금계산서를 발급하게 된 경위를 F이 C에 이미 공급되어 있던 의료기기와 관련하여 쟁점매입처와 쟁점매출처로부터 쟁점세금계산서를 수수하자고 제안함에 따라 <표3>과 같은 계약서를 작성하였다고 소명하였는 바, 청구주장을 받아들인다 하더라도 이는 재화가 인도됨에 따라 「부가가치세법」상 공급이 완료된 거래에 대하여 청구법인이 이를 공급받거나 공급하지 아니하고 세금계산서를 수수한 경우에 해당하므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분에는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 부과제척기간 10년을 적용하여 과세한 처분에는 잘못이 없다는 의견이나,

 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 '사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우'에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고․납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고․납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 할 것(대법원 2022.5.26. 선고 2022두32825 판결, 같은 뜻임)이므로,

  청구법인은 쟁점매입처로부터 쟁점매입세금계산서를 수취하면서 부가가치세 상당액을 쟁점매입처에 지급하였고 쟁점매입처도 해당 부가가치세 상당액을 매출세액으로 신고·납부한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청 간 다툼이 없는 것으로 보이므로 청구법인이 사실과 다른 쟁점매입세금계산서를 수취하여 매입세액공제를 받았다 하더라도 이를 통해 국가 조세수입의 감소를 가져오게 될 것이라는 인식이 있었다고 보기는 어렵다 할 것인바, 세금계산서 불성실 가산세를 제외한 이 건 부가가치세의 경우에는 5년의 부과제척기간을 적용함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.