1. 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를모두 기각한다.

2. 원고의 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2021. 12. 15. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부가가치세 경정거부처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2021. 12. 15. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부가가치세 경정거부처분 중 부가가치세 부분을 모두 취소한다.

나. 피고

주문 제1항 기재와 같다.

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는 아래와 같이 고치는 이외에는 제1심판결의 해당 부분 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결문 제3면 표 아래 제1행부터 제4면 제4행까지를 아래와 같이 고친다.

『2) BBBB는 00세무서장에게 이 사건 당초 세금계산서에 따라 이 사건용역에 관한 부가가치세(2017년 제1기부터 2020년 제2기까지)를 신고하면서 이 사건 부가가치세 상당액을 매출세액에 산입하였다.

3) BBBB는 위 신고에 따른 부가가치세 2,428,667,043원 중 2017년 제1기부터 2018년 제2기까지의 부가가치세 548,937,690원은 납부하였으나, 2019년 제1기부터 2020년 제2기까지의 부가가치세 1,879,729,353원은 체납하였다.』

○ 제1심판결문 제4면 제12행 이하에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『1) 원고는 00세무서장에게 이 사건 당초 세금계산서에 따라 CCC플랜트 공사 및 DDD 하수처리장 설치공사 용역에 관한 부가가치세 (2017년 제1기부터 2020년 제2기까지)를 신고하면서 이 사건 부가가치세 상당액을 매입세액에 산입하였다.』

○ 제1심판결문 제4면 제13행의 ‘1)’을 ‘2)’로, 제15행의 ‘2)’를 ‘3)’으로 각 고친다.

○ 제1심판결문 제4면 제18행의 ‘3,0606,354원’을 ‘3,060,606,354원’으로 고친다.

2. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 부가가치세 부분에 관한 판단

1) 원고의 주장 요지

원고와 BBBB는 이 사건 용역에 관하여 영세율이 아닌 일반 세율(10%)로 합의하여 이 사건 당초 세금계산서를 발급하였으므로, 수정세금계산서 발급사유인 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제9호의 ‘세율을 잘못 적용하여 발급한 경우’에 해 당하지 아니한다. 또한 BBBB는 이 사건 당초 세금계산서를 발급할 당시에 피고가 그 세액을 경정할 것을 미리 알고 있었으므로 수정세금계산서 제한사유인 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호의 ‘과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고있는 경우’에 해당한다. 따라서 BBBB는 이 사건 수정세금계산서를 발급할 수 없음에도 피고는 이 사건 수정세금계산서에 기초한 이 사건 수정신고를 받아들였고, 이 사건 수정신고의 취소를 구하는 원고의 청구를 받아들이지 않는 이 사건 거부처분을 하였다. 따라서 이 사건 거부처분 중 조세심판원에 의하여 취소된 부분을 제외한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 판단

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하여 보면, 이 사건 수정세금계산서의 발급에 위법이 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 이 사건 수정세금계산서에 기초한 이 사건 수정신고의 취소를 구하는 원고의 청구를 받아들이지 않은 이 사건 거부처분이 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

가) 부가가치세법 제32조 제7항은 ‘세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서를 발급할 수 있다.’라고 규정하고 있다. 동법 시행령 제70조 제1항은 ’법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.‘라고 규정하고 있고, 같은 항 제9호는 ’세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다)‘라고 규정하고 있으며, 같은 항 제5호 각목은 ’가. 세무조사의 통지를 받은 경우‘, ’나. 세무공무원이 과세자료의수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우‘, ’다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우‘, ’라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우‘를 규정하고 있다. 위 각 규정에 의하면, 세율을

잘못 적용하여 세금계산서를 발급한 경우에는, 세금계산서를 발급한 자가 세무조사의 통지를 받은 경우 등 과세표준 또는 세액이 경정될 것을 미리 알고 있는 경우가 아닌 한, 수정세금계산서를 발급할 수 있다고 봄이 상당하다.

나) 이 사건 용역은 국외에서 공급하는 용역이므로 부가가치세법 제22조에 의하여 영세율을 적용하여야 한다. 그런데 BBBB는 이 사건 용역에 관한 세율을 일반 세율(10%)로 적용하여 원고에게 이 사건 당초 세금계산서를 발급하였다. 따라서 이 사건 당초 세금계산서는 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제9호의 ’세율을 잘못 적용하여 발급한 경우‘에 해당하므로, BBBB는 위 세율을 영세율로 수정한 이 사건 수정세금계산서를 발급할 수 있다.

다) 이에 대하여 원고는, 당사자의 합의에 따라 영세율이 적용되는 거래에 대하여 일반 세율(10%)을 적용할 수 있고, 이 사건 당초 세금계산서는 BBBB와 원고의 합의에 따라 일반 세율로 적용한 것이므로, 이 사건 당초 세금계산서는 ’세율을 잘못 적용하여 발급한 경우‘에 해당하지 않는다고 주장한다. 그러나 ① 부가가치세법 제22조는 ’국외에서 공급하는 용역에 대하여는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.‘라고 일의적으로 규정하고 있고, 같은 법 제30조도 ’부가가치세의 세율은 10퍼센트로 한다.‘라고 일의적으로 규정하고 있으며, 위 각 세율을 당사자의 합의에 따라 배제하거나 선택할 수 있다는 취지의 규정은 찾기 어려운 점, ② 원고는, 부가가치세법상 영세율 제도는 납세자를 지원하기 위한 세제혜택이므로 이를 포기하는 것도 납세자에게 달려 있다고 주장하나, 영세율 제도는 단순히 위와 같이 납세자 개인에게 세제혜택을 부여하는 제도가 아니라, 수입국에서 다시 부가가치세를 과세하는 경우의 이중과세를 방지하고, 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적을 달성하며(대법원 2007. 6. 14. 선고 2005두12718 판결 참조), 수출하는 재화의 가격조건이 유리하게 하여 국제적 경쟁력을 향상시키기 위한 목적을 갖고 있으므로, 납세자가 영세율 적용 여부를 자유롭게 선택할 수 있다고 보기 어려운 점, ③ 나아가 원고는, 영세율의 혜택을 포기하고 일반 세율(10%)을 적용할 수 있는 것은 행정해석상으로도 이견 없이 허용되고 있다고 주장하나, 원고가 제시한 부가가치세 집행기준 60-0-9 및 조세심판원 결정(2023. 8. 23.자 조심2022부5247 결정 등)은 영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세액(10%)을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 이에 따라 과세표준과 납부세액을 신고·납부하는 등 조세를 탈루한 사실이 없는 경우에는 결과적으로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보지 않겠다는 것일 뿐이고, 영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세액을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 과세표준과 납부세액을 신고하였으나 이를 납부하지 않은 경우에까지 당사자가 일반 세율로 합의할 수 있다는 내용은 아닌 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 당사자의 합의에 따라 영세율이 적용되는 거래에 대하여 일반 세율을 적용할 수 있다고 보기 어려우므로, 이를 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 모두 받아들이지 아니한다.

라) 나아가 원고는, BBBB가 00세무서 소속 공무원으로부터 이 사건 용역이 영세율 적용대상이라는 것을 고지하였으므로 이는 ’세무조사의 통지를 받은 경우 등 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우‘에 해당하여 이 사건 수정세금계산서를 발급할 수 없다고 주장한다. BBB 대표 EEE와 AA 구매팀장 FFF의 2021. 9. 3.자 녹취록(갑 제12호증)에 의하면, EEE이 FFF에게 ’아니, 국세청 직원을 만났더니 그분이 대충 그런데, 물어봤어요. 솔직히 안 물어봤는데 지난번에 법리검토니 뭐 이런 걸 했다는데 그게 뭐여, 내가 물어본 게 딱 두가지에요. 자 그러면 내가 이거를 이렇게 했을 때 국세청에서 할 수 있는 게 뭐냐 그랬더니 강제집행 해가지고 폐업시키는 거 하나가 있다. 그렇게 하시는 거냐. 그리고 또 하나 뭐 검토가 뭐냐. 그때서 그런 경정청구라는 거를 얘기해주는 거에요.‘라고 말한 사실은 인정된다. 그러나 ① 이 사건 수정세금계산서를 발급할 당시 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호 각목의 수정세금계산서 발급 사유로서 세무조사의 통지가 있었다거나(가목), 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수하였다거나(나목), 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받았다고(다목) 볼 만한 사정이 없는 점, ② 설령 위와 같이 국세청 직원이 EEE에게 경정청구에 관하여 언급한 적이 있었다고 하더라도, 그 언급 경위 및 내용 등 에 비추어 보면, 위와 같은 사정이 세무조사의 통지를 받은 경우 등에 준하는 경우(라목)라고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 보면, 위와 같은 사실만으로 이 사건 수정세금계산서를 발급할 수 없는 경우에 해당한다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

나. 가산세 부분에 관한 판단

1) 원고의 주장 요지

이 사건 수정세금계산서를 발급할 수 있는지에 관하여 견해의 대립이 존재하는 등 원고가 이 사건 부가가치세 상당액을 매입세액으로 공제받은 것을 원고의 의무위반이라고 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재한다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 판단

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 부가가치세 상당액을 매입세액에서 공제하여 부가가치세를 과소 납부한 것에 대한 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

가) 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국세기본법‘이라 한다) 제47조의5 제1항, 제2항은 부가가치세 등 국세를 징수하여 납부할 의무를 지는 자가 징수하여야 할 세액을 법정납부기한까지 납부하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 가산세를 납부하여야 한다고 규정하고 있다.1) 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 부가가치세 상당액을 매입세액으로 공제받을 수 없음에도, 이 사건 부가가치세 상당액을 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 과소 납부하였으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 규정에 의하여 가산세를 납부할 의무가 있다.

나) 한편 국세기본법 제48조 제1항 제2호는 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 ’납세자가 의무를 이행하지 아니한데 대한 정당한 사유가 있는 경우‘에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다. 여기서 ’정당한 사유‘가 있는지 여부를 판단하기 위해서는 가산세 부과의 근거가 되는 개별 법령 규정의 취지를 충분히 고려하면서, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있어 납세의무자가 의무이행을 다하지 못한 것을 탓할 수 없는 경우에 해당하는지 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2016. 10. 13. 선고 2014두39760 판결, 대법원 2025. 6. 12. 선고 2024두66181 판결 등 참조).

다) 원고와 BBBB이 취급하는 업무 및 상호간의 관계, 이 사건 각 계약과 이 사건 용역의 규모 및 내용 등에 비추어 볼 때, 원고가 영세율이 아닌 일반 부가가치세율을 적용한 이 사건 당초 세금계산서에 기초하여 매입세액을 공제하고 부가가치세를 과소 납부한 것은 부가가치세법 제22조에 따른 영세율 적용을 알지 못한 단순한 법률의 부지나 오해에 비롯된 것에 불과하고, 동법 제22조에 따른 영세율 적용을 아는 것이 무리였다거나 이를 아는 것을 기대하는 것이 무리였다고 보기 어렵다.

라) 원고는, 당사자의 합의로 영세율 적용을 배제할 수 있는지에 관하여 세법상 견해의 대립이 있으므로 이 부분 납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다는 취지로 주장한다. 그러나 ① 앞서 본 바와 같이 국외에서 제공하는 용역에 관하여는 부가가치세법 제22조에 따라 일의적으로 영세율이 적용된다고 봄이 타당한 점, ② 원고가 제시한 앞서 본 집행기준 및 조세심판원 결정은 영세율이 적용되는 용역의 공급에 대하여 일반 세율(10%)을 적은 세금계산서를 발급하고 ’과세표준과 납부세액이 신고·납부된 경우‘ 조세탈루의 사실이 없다면 가산세를 부과하지 않는다는 내용일 뿐, 이 사건과 같이 ’과세표준과 납부세액이 납부되지 아니한 경우‘까지 영세율을 적용하지아니할 수 있다는 내용이 아닌 점, ③ 이 사건에 관한 조세심판원 결정은 이미 과세표준과 세액이 신고·납부된 2017년 제1기부터 제2018년 제2기까지의 부가가치세는 위 집행기준 등에 의하여 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다는 내용일 뿐이고, 과세표준과 세액이 신고·납부되지 아니한 2019년 제1기부터 2020년 제2기까지의 부가가

치세까지 영세율을 적용하지 아니할 수 있다는 내용이 아닌 점 등을 종합하여 보면, 사건에 관하여 당사자의 합의로 영세율의 적용을 배제할 수 있는지에 관하여 세법상 견해의 대립이 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

마) 세법상의 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니한다(대법원 1991. 9. 13. 선고 91누773 판결 등 참조). 따라서 원고가 이 사건 부가가치세 상당액을 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 납부할 당시 이 사건 당초 세금계산서의 세율이 잘못 기재되어 있다는 것을 알지 못한 데에 단순히 고의, 과실이 없다는 사정만으로는 국세기본법 제48조 제1항 제2호의 ’정당한 사유‘가 있다고 보기 어렵다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 모두 기각하여야 한다. 제1심판결 중 피고 패소 부분은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 피고의 항소를 받아들여 이를 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각하며, 제1심판결 중 원고 패소부분은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.