사 건 2025누2009 법인세부과처분등취소

원고, 피항소인 AA 주식회사

피고, 항소인 GG세무서장

제 1 심 판 결 부산지방법원 2024. 11. 21. 선고 2023구합22611 판결

변 론 종 결 2025. 8. 20.

판 결 선 고 2025. 11. 26.

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2021. 8. 9. 원고에 대하여 한, ① 2018 사업연도 결손금을 2,769,090,031원만큼 감액한 처분을, ② 2019 사업연도 법인세(가산세 포함) 736,644,110원의 부과처분 중 10,565,800원을 초과하는 부분을, ③ 2020 사업연도 법인세(가산세 포함) 169,883,390원의 부과처분 중 96,214,900원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결 이유 중 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 당사자들 주장의 요지

가. 원고

이 사건 각 처분은 이 사건 각 이익을 익금불산입하는 내용의 이 사건 세무조정을 부인하고 이 사건 각 이익을 익금산입 하도록 한 것으로, 이는 아래와 같은 이유에서 위법하므로 모두 취소되어야 한다.

1) 주위적 주장

이 사건 각 이익은 회계상으로만 비용으로 인식된 이 사건 쟁점 수수료를 회계상 환입하기 위한 것이다. 이 사건 쟁점 수수료는 세무상으로는 손금으로 인식된 바 없으므로, 그 환입을 위한 세무상 익금 역시 상정할 수 없다. 그럼에도 불구하고 이 사건 각 처분은 이 사건 각 이익이 세무상 익금으로 인정됨을 전제로 내려졌다.

2) 제1예비적 주장

종전 소송 판결들에 비추어, 이 사건 수수료 약정에 따른 선주 수수료 채무는 선주가 원고에 그 지급을 청구할 때에 비로소 세무상 손금으로 확정된다. 따라서 설령 이 사건 쟁점 수수료가 세무상 손금으로 인식되었는지 여부와 무관하게 이익이 익금으로 산입될 수 있다 하더라도, 이 사건 쟁점 수수료에 관하여 선주들의 지급 청구가 없었던 이상 이에 대한 손금산입을 할 수 없고, 이를 전제로 한 손금의 환입, 즉 익금 또한 인정될 수 없다.

3) 제2예비적 주장

설령 이 사건 수수료 약정에 따른 선주 수수료 채무가 선주의 지급 청구 없이도 선박 건조일 또는 인도일로부터 60일이 지나면 손금으로 확정되고 그로부터 5년이 지나 소멸시효가 완성되면 그 환입에 따른 익금이 인정된다 하여도, 이 사건 쟁점 수수료에 관한 각 지급 채무의 소멸시효 완성일은 대상 선박의 건조일 또는 인도일에 따라 다르다. 따라서 이 사건 각 이익 역시 이를 이루는 각 채무의 소멸시효 완성일 당시의 사업연도별로 익금으로 귀속되어야 하고, 이를 전제로 법인세 및 가산세 부과가 이루어졌어야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 각 이익이 일괄적으로 2018 및 2019사업연도에 귀속됨을 전제로 이 사건 각 처분을 하였다.

나. 피고

1) 이 사건 처분사유에 관하여

이 사건 처분사유는 ‘이 사건 각 이익을 익금불산입한 세무조정을 부인하고 익금산입한 것’이 아니라 ‘원고가 손금 귀속시기가 도과한 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무를 손금산입한 세무조정을 부인하고 손금불산입한 것’이다.

2) 원고의 주위적 및 제1예비적 주장에 관하여

종전 소송 판결들에서 이 사건 수수료 약정에 따른 수수료 채무는 선박 건조일 또는 인도일로부터 60일이 지나면 손금으로 확정되는 것으로 정리되었으므로, 수수료 채무는 약정기일에 손금으로 귀속되어야 하고, 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무의 소멸시효가 완성된 이상 그로 인해 발생한 이 사건 각 이익은 당해 사업연도의 익금에 산입되어야 한다.

3) 원고의 제2예비적 주장에 관하여

원고는 이 사건 쟁점 수수료에 관한 각 지급 채무의 소멸시효 완성 여부를 피고가 증명해야 한다고 주장하나, 위 각 지급 채무의 소멸시효 완성 여부는 원고가 신고로 확정한 당초 신고내용의 과오에 대한 증명이므로 원고가 증명책임을 부담하고, 원고가 이를 증명하지 않는 이상 이 사건 각 처분은 적법하다.

3. 판단

가. 이 사건 처분사유에 관한 판단

이 사건 각 처분의 처분사유에 관하여, 원고는 피고가 ‘이 사건 각 이익을 익금불산입한 세무조정을 부인하고 익금산입한 것’이라고 주장하는 반면, 피고는 ‘이 사건 쟁점 수수료 지급 채무를 손금산입한 세무조정을 부인하고 손금불산입한 것’이라고 주장하므로, 이 사건 각 처분의 적법 여부를 판단하기에 앞서 처분사유가 무엇인지에 관하여 본다.

살피건대, 세무조정 과정에서 발생하는 ‘익금불산입’과 ‘손금산입’은 각 사업연도 소득금액의 계산 시에 회계상의 당기순이익에서 차감하는 세무조정이라는 점에서 소득금액에 미치는 영향은 동일하나, ‘익금불산입’은 회계상 수익으로 계상한 금액이 법인세법상 익금으로 산입되어야 할 금액보다 많을 때에 이루어지는 것인 반면, ‘손금산입’은 회계상 비용으로 계상한 금액이 법인세법상 손금으로 인정되어야 할 금액보다 적을 때 이루어지는 것으로서 그 발생 원인에 있어서는 차이가 있다.

앞서 든 증거들과 을 제6 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 수수료 약정에 따른 선주 수수료 중 미지급금으로 회계처리가 되었으나 선주가 선박을 인도받고도 5년 넘게 원고에게 지급을 구하지 않는 이 사건 쟁점 수수료에 대하여 소멸시효가 완성된 것으로 보고 이를 환입하는 내용의 이 사건 회계처리를 하였고, 그에 따라 실제로는 원고에게 이익이 발생하지 아니하였음에도 수수료 채무가 면제되는 이익이 발생한 것과 같은 결과를 조정하기 위하여 이 사건 세무조정을 한 것이라고 인정된다. 이와 같은 이 사건 세무조정의 경위와 구체적인 내용에 비추어 보면, 원고는 이 사건 각 이익을 익금에서 제외함으로써 세무상 순자산의 증감에 영향이 없도록 세무조정을 한 것이라고 봄이 타당하다.

그 뿐만 아니라 피고가 이 사건 세무조사 당시부터 조세심판을 거쳐 제1심 법원에 이르기까지 이 사건 세무조정에 대하여, 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액‘을 수익으로 정의하고 있는 법인세법 시행령 제11조에 따라 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무의 소멸시효 완성으로 인한 채무면제이익은 익금에 해당함에도 원고가 채무면제이익을 익금불산입하는 조정을 통해 당해연도 법인세 소득금액을 감소시킨 것은 위법하다고 일관되게 주장하였던 것에 비추어 보더라도, 이 사건 처분은 ‘원고가 이 사건 각 이익을 익금불산입한 세무조정을 부인하고 익금산입한 것’이라고 보인다. 다만 원고의 대표이사는 이 사건 세무조사 당시 ‘이 사건 선주 수수료 채무 감소액은 2018년 이전 사업연도 손금산입 세무조정 대상임에도 불구하고 2018년도 및 2019년도에 손금산입하여 소득금액을 과소신고하였다’는 내용의 확인서를 작성하기는 하였으나, 그 취지는 ‘선주가 장기간 청구하지 않은 선주수수료 미지급금을 감액하고 잡이익 계상하는 회계처리를 하였고, 이러한 비용환입액을 제거하기 위해 세무조정을 하였다’는 내용에 불과하므로, 이러한 사정만으로 달리 보기는 어렵다.

한편 피고는 이 법원에 이르러 이 사건 각 처분은 원고가 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무를 손금산입한 세무조정을 부인하고 손금불산입한 것이라고 주장하나, 이는 손금산입과 익금불산입의 세무조정이 사실상 동일한 효과를 발생시킨다는 점을 근거로 이 사건 세무조정의 성격을 실질과 다르게 파악한 것이어서 받아들일 수 없다.

결국 이 사건 각 처분은 ’이 사건 각 이익을 익금불산입한 이 사건 세무조정을 부인하고 익금산입한 것‘이라고 인정되므로, 이를 전제로 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관하여 본다.

나. 원고의 주위적 및 제1예비적 주장에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 제3의 가.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

〇 제1심판결문 제8면 제9행의 “찾을 수 없다.” 다음에 아래 내용을 추가한다.

『이와 관련하여 원고는, 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무가 소멸하는 경우에 발생하는 수익은 기존에 인식한 비용의 효과를 제거하기 위한 것이고 실제로 이익이 발생한 것이 아니어서 법인세법상 익금에 해당하지 아니하므로, 이를 익금불산입해야 한다고 주장한다. 그러나 원고의 주장은 이른바 현금주의에 따라 실제 선주 수수료가 지급된 시점에 손금산입을 하는 것과 달리 선주 수수료가 지급되지 않은 경우에는 이를 손금에 산입할 수 없다는 것을 전제로 하는데, 앞서 본 것과 같이 종전 소송 판결들에서 원고가 이 사건 수수료 약정에 따라 선주에게 선주 수수료를 지급하기로 약정하는 때에 그 지급 의무가 확정적으로 발생하는 것으로 판단된 이상, 원고로서는 위와 같은 지급 의무가 확정된 시점에 이를 손금으로 산입하였어야 한다고 볼 것이므로, 그와 다른 취지의 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.』

〇 제1심판결문 제9면 제4행의 “없다” 다음에 아래 내용을 추가한다.

『(원고는 피고가 종전 소송 판결들 이후에도 접대비에 해당한다는 이유로 손금을 부인하였던 처분을 취소하고 이를 손금으로 산입하는 취지의 경정처분을 함으로써 피고 스스로도 실제 지급된 수수료에 대하여 현금주의에 따라 손금산입을 하였다는 취지로 주장하나, 피고는 ’종전 소송 판결들에 따라 약정된 지급기일에 선주 수수료를 손금으로 산입했어야 하나 구체적인 자료가 없는 상황에서 손금산입하는 것이 불가능하였다‘는 입장으로, 종전 소송 판결들에서 쟁점이 되었던 실제 지급된 수수료에 대해 손금산입을 하면서 미지급된 부분에 대해서는 별도의 처분을 하지 않았다는 사정만으로 피고가 종전 소송 판결들의 취지에 반하여 현금주의에 따라 확정적으로 과세처분을 한 것이라고 단정하기는 어려워 보인다)』

다. 원고의 제2예비적 주장에 관한 판단

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 아래와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 제3의 나.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

〇 제1심판결문 제11면 제14행 다음에 아래 내용을 추가한다.

『나아가 이 사건 수수료 약정에 따른 선주 수수료 채무의 소멸시효 완성 여부에 관한 증명책임을 부담하는 주체가 누구인지에 관하여 본다. 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있으므로 어느 사업연도의 소득에 대한 과세처분의 적법성이 다투어지는 경우 과세관청으로서는 ‘과세소득이 있다’는 사실 및 그 소득이 ‘그 사업연도에 귀속된다’는 사실을 입증하여야 하고, 그 소득이 어느 사업연도에 속한 것인지 확정하기 곤란하다 하여 과세대상 소득의 확정시기와 관계없이 과세관청이 그 과세소득을 조사·확인한 대상 사업연도에 소득이 귀속되었다고 할 수는 없으므로(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두1826 판결, 대법원 2007. 6. 28. 선고 2005두11234 판결 등 참조), 이 사건과 같이 법인세법 제15조 제1항 및 제3항, 같은 법 시행령 제11조 제6호에 따라 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액, 즉 채무면제이익을 익금으로 산입하는 경우 법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 익금에 산입될 수익액에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있다고 보아야 한다.

결국 법인세법상 채무면제이익의 귀속시기는 그 채무가 면제된 날이 속하는 사업연도이므로, 피고는 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무 전부가 소멸시효완성으로 면제된 것인지 여부 및 각 채무의 소멸시효 기산점과 그로부터 5년의 상사소멸시효 기간이 경과한 시점이 바로 2018 및 2019 사업연도라는 구체적인 사실에 관한 증명책임을 부담한다. 그럼에도 피고는 이 사건 쟁점 수수료 지급 채무의 소멸시효가 2018 및 2019 사업연도에 완성된 것인지 여부에 관하여 아무런 증명을 하지 아니한 채 이 사건 각 이익이 일괄적으로 위 사업연도에 귀속됨을 전제로 이 사건 각 처분을 하였으므로, 이는 위법하여 그대로 유지될 수 없다. 따라서 원고가 수수료 지급 채무의 소멸시효에 관한 증명책임을 부담하고, 원고가 이를 증명하지 않은 이상 이 사건 처분이 적법하다는 취지의 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.』

라. 취소의 범위

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결 이유 중 제3의 다.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

4. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.