[주 문]
OO세무서장이 2024.4.8. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구에 대한 거부처분은 OOO 소재 지상 3〜5층의 주택 30개호 중 6개호(301·305·306·504·508·509)를 제외한 나머지 호에 대하여는 「조세특례제한법」제97조 제1항의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용하여 그 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. A(청구인의 배우자로, 2023.10.8. 사망, 이하 “피상속인”이라 한다)은 1971.2.26. OOO 소재 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하였고, 1994.6.21. 지하 1층 및 지상 1~2층 상가(이하 “쟁점상가”라 한다), 지상 3~5층 국민 주택규모 이하 주택 30개호(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 근린생활시설 및 공동주택(이하 쟁점상가와 쟁점주택을 합하여 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 호별 구분 등기하였으며, 1996.7.2. OO도 OO시장에게 쟁점주택에 대한 주택임대사업자 등록을 하였다.
나. 피상속인은 2021.5.3. 주식회사 A 외 1인과 쟁점부동산의 일괄 양도계약을 하였다가, 2021.12.29. B 주식회사와 계약서를 재작성하였는바, 2022.2.15. 쟁점상가를 우선 양도하고, 쟁점부동산을 멸실(2022.11.28.)한 후 2022.12.27. 쟁점주택을 양도하였으며, 2023.2.27. 쟁점주택에 대해 2022년 귀속 양도소득세 OOO원으로 신고하였다.
다. 피상속인이 2023.10.8. 사망함에 따라 상속인인 청구인은 2024.1.9. 쟁점주택에 대한 양도소득세 OOO원 중 OOO원을 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 등을 적용하여 환급하여야 한다는 취지로 경청청구하였다.
라. 처분청은 양도일 현재 쟁점주택은 멸실되어 토지의 양도소득만 산정되므로 임대주택에 대한 감면세액이 없다는 등의 사유로 2024.4.8. 청구인에게 이를 거부통지하였다.
마. 청구인은 이에 불복하여 2024.7.5. 이의신청을 거쳐 2024.10.23. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
가. 청구인 주장
(1) 쟁점주택은 나대지(토지)의 양도가 아니라 주택의 양도에 해당한다.
(가) 소득세법 기본통칙 89-154-12(매매특약이 있는 주택의 1세대 1주택 비과세 판정) 해석 사례에서는, “매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 따라 1세대1주택에 해당하는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일을 기준으로 한다”라고 해석해 왔으나, 일부 매도인들이 다주택자 중과세를 회피하기 위해 양도일 전에 주택을 인위적으로 멸실하는 등의 폐단이 발생함에 따라, 기획재정부는 2022.12.20. 양도일(잔금청산일)을 원칙적인 기준일로 변경하였으며, 기존 해석을 신뢰한 선의의 납세자를 보호하기 위하여 해당 회신일 이후 체결되는 매매계약부터 변경된 기준을 적용한다고 회신하였다.
(나) 쟁점부동산의 매매계약일(2021.5.3., 2021.12.29.)은 기획재정부 회신일(2022.12.20.) 이전이므로 쟁점주택은 나대지 양도가 아니라 주택의 양도로 보아야 하는바, 조특법 제97조에 따라 쟁점주택의 양도소득세를 감면하여야 할 것이다.
(2) 쟁점주택은 장기임대주택의 요건을 모두 충족하므로 감면대상에 해당한다.
(가) 쟁점주택은 피상속인이 1971.2.26. 쟁점토지를 취득하였고, 1994.6.21. 토지 지상에 지하 1층, 지상 1층 및 2층은 상가로, 지상 3층부터 지상 5층까지는 30호실의 쟁점주택으로 사용되는 쟁점부동산을 신축하였으며, 쟁점주택은 전용면적 40㎡ 초과〜60㎡ 이하로 국민주택규모에 해당하는바, 쟁점주택은 ① 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 주택으로 국민주택 규모에 해당되므로 조특법 제97조의 취득요건과 규모 요건을 모두 충족한다.
(나) 피상속인이 1996.7.2. 쟁점주택 30호실에 대해 OO시장에게 「민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대주택」으로 임대사업자 등록을 하였고, 청구인이 증빙으로 제출한 호실별 계좌입금내역에서 2000.12.31. 이전에 임대료가 입금된 것으로 확인되며, 쟁점주택의 임대기간이 10년 이상인 것이 계좌입금내역, 전입신고, 계약서 등 증빙자료에 의하여 확인된다 할 것이다.
(다) 설령 처분청의 의견과 같이 쟁점주택 중 일부에 대한 감면요건 충족 여부가 불분명하다면 불분명한 주택에 대해서만 감면을 배제하면 될 뿐이나 쟁점주택 전부를 감면대상이 아닌 것으로 단정하여 이 건 경정청구를 거부한 것은 부당하고, 호실별로 조특법 제97조에 의한 감면대상에 해당되는지 여부를 확인하여 감면대상에 충족하는 호실의 양도소득에 대해서는 환급을 결정해야 할 것이다.
나. 처분청 의견
(1) 피상속인은 이 건 양도일 현재 토지를 양도하여 토지 양도에 따른 양도소득을 산정하므로 쟁점주택에서 발생한 양도소득은 없다 할 것이다.
(가) 대법원에서 양도소득세 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 한다고 분명히 판시하고 있고(OOO), 조특법에 따른 장기임대주택 양도소득세 감면 규정은 2000.12.31. 이전에 임대를 개시한 5개 호 이상의 국민주택을 5년 또는 10년 이상 임대한 후 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해 감면하는 규정으로, 피상속인은 쟁점부동산에 대한 두 번의 매매계약서를 작성하였고, 첫 번째 계약시 토지, 건물 및 지상물 일체를 양도하면서 호별 거래가액 구분 없이 일괄 기재하였으며, 청구인은 쟁점부동산의 거래가액을 토지 면적(㎡당 OOO원)으로 산정하였다고 소명한 바 있다.
이에 피상속인이 쟁점주택을 임대하였다 하더라도 양도일 현재 쟁점주택은 멸실되어 토지의 양도에 따른 양도소득만 산정되므로 임대주택에서 발생한 양도소득이 없어 감면할 세액이 없다 할 것이다.
(나) 대법원 판결에서 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장·유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 판결하였는바(OOO), 특혜규정인 조특법 제97조는 주택 양도소득에 대한 양도소득세를 감면하고 있어, 양도일 현재 주택이 아닌 경우에는 적용할 수 없다.
(다) 소득세법 기본통칙 89-154-12(매매특약이 있는 주택의 1세대 1주택 비과세 판정)과 동일하게 매매특약에 의하여 주택을 멸실한 경우 매매계약일 현재 기준으로 판단하도록 규정되어 있지 않다.
(2) 조특법 제97조에 따른 감면요건 충족 여부가 불분명하다.
(가) 조특법상 감면 대상 임대주택임을 주장하는 청구인이 이를 입증하여야 함에도 주택 임대차계약서, 주민등록 전입세대 열람내역 등 객관적인 증빙자료를 일부만 제출하였고, 전입신고내역서는 소재지와 임차인의 성명, 전입신고 일자와 확정일자는 확인되지만 임대 기간은 확인되지 않는다.
(나) 청구인이 증빙으로 제출한 호별 계좌거래내역은 임대개시일 및 임대기간을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료가 될 수 없고, 쟁점부동산 사업장의 직원인 “B”이 입금자로 다수 확인되며, 호별 입금 내역 중 아래와 같이 동일한 자료를 각각 다른 호의 입금 증빙으로 제출하였다.
<호별 입금 내역 중 동일자료>
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(다) 처분청은 청구인의 경정청구 내용을 검토하는 과정에서 쟁점주택의 전입세대 열람 및 확정일자 현황을 OOO에게 요청하였으나, 과거 특정기간에 대한 조회는 불가하였으며, 임대차계약서도 보유·관리하고 있지 않아 제공받지 못하였다.
(라) 2000.12.31. 이전 임대개시 여부와 관련하여, 30개 호의 쟁점주택 중 11개 호(302호, 308호, 310호, 401호, 402호, 405호, 407호, 408호, 501호, 504호, 509호)만이 확정일자와 전세권 설정 등으로 2000.12.31. 이전 임대개시를 확인할 수 있었고, 임대주택을 5년 또는 10년 이상 임대하였는지 관련하여, 피상속인의 부가가치세 신고 및 세금계산서 발행 내역 등으로 확인되는 임차인은 쟁점주택을 주거용으로 사용한 것으로 볼 수 없어 임대기간 요건 충족 여부가 불분명하다.
(마) 청구인이 제출한 거래내역의 임차인 중 OOO, OOO, OOO, OOO, OOO 등도 쟁점주택을 주거용으로 사용하였는지 여부가 불분명하고, 국세청 예규(재산세과-640, 2009.3.27.)에 따르면, 조특법 제97조 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어 임대주택을 양도 당시 임대주택 외의 용도로 사용하다 양도하는 경우 위 감면 규정을 적용받을 수 없다고 되어 있으며, 쟁점주택을 주택 외 용도로 사용하다 양도한 것으로 일부 확인되는 아래 호실은 조특법 제97조에 따른 임대주택 감면 대상이 아니다 할 것이다.
<쟁점주택 중 주택 외의 용도로 사용된 호실>
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(바) 따라서 피상속인은 매매계약 당시 건물을 제외한 토지 면적을 기준으로 양도가액을 산정하였고, 양도일 현재 건물이 철거되어 임대주택에서 발생한 양도소득이 없으며, 청구인이 제출한 증빙서류는 조특법 제97조 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정을 충족하였다고 볼 수 없으므로, 이 건 경정청구 거부 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
매매특약에 따라 잔금청산일 전 멸실한 쟁점주택에 대하여 조특법 제97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용할 수 있는지 여부
나. 관련 법령
(1) 조세특례제한법
제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.
1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택
2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.
③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(2) 조세특례제한법 시행령
제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다.
② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비 계산에 관하여는 「소득세법 시행령」 제122조 제4항 및 제5항을 준용한다.
③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 기획재정부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조 제4항에 따른 임대사업자 등록증 또는 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료
2. 임대차계약서 사본
3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본. 이 경우 「주민등록법」 제29조 제1항에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.
5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류
⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 "주택임대기간"이라 한다)의 계산은 다음 각 호에 의한다.
1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것
3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것
4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것
5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것
⑥ 법 제97조 제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할세무서장은 「전자정부법」 제36조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기사항증명서 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 한다.
(3) 소득세법
제97조(정의) 이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
7. "주택"이란 허가 여부나 공부(公簿)상의 용도 구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.
제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
(4) 소득세법 시행령
제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일
다. 사실관계 및 판단
(1) 피상속인은 1971.2.26. 쟁점토지를 취득하여 1994.6.21. 쟁점토지에 쟁점부동산을 신축하여 쟁점상가 15개 호와 쟁점주택 30개 호를 호별 구분 등기하였고, 쟁점주택에 대하여 1996.7.2. OO시청에 주택임대사업자등록을 하였으며, 2020.9.8. 임대의무기간 경과로 자동말소되었다.
이후 피상속인은 2021.5.3. 주식회사 A 외 1인과 양도가액 OOO원으로 쟁점부동산을 일괄 양도하는 계약을 체결하였다가, 2021.12.29. B 주식회사와 쟁점상가 및 쟁점주택의 대지권 비율로 양도가액을 구분하여 각각 OOO원, OOO원으로 쟁점상가와 쟁점주택에 대한 매매계약서를 각각 재작성하였고, 2022.2.15. 피상속인은 쟁점상가의 잔금을 수령하고 소유권을 이전하였으며 2021.5.3. 주식회사 A 외 1인과 체결한 양도계약의 매매특약에 따라 쟁점부동산을 멸실(2022.11.28.)하고 2022.12.27. 쟁점주택에 대한 잔금을 청산한 후 2023.2.27. 주택분에 대한 양도소득세를 OOO원으로 신고하였다.
(2) 임대주택을 매매특약에 따라 양도일(잔금정산일) 전에 멸실한 경우로서 조특법 제97조를 적용할 수 있는지에 대한 유권해석은 아래와 같고, 당초 소득세법 기본통칙 89-154-12에 따라 매매계약일 현재를 기준으로 하였다가, 기획재정부 재산세제과-1543, 2022.12.20.에 따라 양도일(잔금청산일)을 기준일(회신일 이후 매매계약 체결하는 경우부터 적용)로 변경되었다.
89-154-12(매매특약이 있는 주택의 1세대1주택 비과세 판정) 영 제154조 제1항의 규정에 따른 1세대1주택 비과세의 판정은 양도일 현재를 기준으로 한다. 다만, 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의하여 1세대1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 한다. <삭제 2024.3.15.> |
<소득세법 기본통칙>
<서면-2022-법규재산-5613, 2023.2.16.>
「조세특례제한법」제97조(이하 “쟁점특례”)는 주택에 대한 양도소득세 감면특례로, 귀 서면질의의 사실관계와 같이, 임대주택(A)을 매매특약에 따라 양도일(잔금청산일) 전에 멸실한 경우로서 양도일 현재 나대지 상태로 양도한 경우에는 쟁점특례가 적용되지 않는 것입니다. 또한, 주택에 대한 매매계약을 체결하고, 그 매매특약에 따라 잔금청산 전에 주택을 멸실한 경우 양도물건의 판정방법에 관하여는 기획재정부 해석사례(재산세제과-1543, 2022.12.20.)를 참고하시기 바랍니다. < 기획재정부 재산세제과-1543, 2022.12.20. > [질의내용] ○ 주택에 대한 매매계약을 체결하고, 그 매매특약에 따라 잔금청산 전에 멸실한 경우, 1세대1주택 비과세, 장기보유특별공제(표1, 표2) 및 다주택자 중과세율 적용 여부 등 판정 시 양도물건의 판정 기준일 (제1안) 매매계약 체결일 (제2안) 양도일 [회신] 귀 질의의 경우 양도일(잔금청산일)이 기준일이며, 회신일 이후 매매계약 체결하는 경우부터 적용하는 것입니다. |
(3) 피상속인이 쟁점주택에 대해 OO도 OO시장에게 한 주택임대사업자 등록증의 주요 내용을 보면, 301호부터 510호(합계 30개 호)까지 쟁점주택을 1996.7.2.을 최초등록일로 하여 임대사업자등록(등록번호 1996-OO시-임대사업자-10)을 한 사실이 나타난다.
(4) 피상속인과 주식회사 A 외 1인이 2021.5.3. 작성한 쟁점부동산의 최초 매매계약서의 주요 내용 및 특약은 아래와 같다.
<쟁점부동산의 최초 매매계약서(2021.5.3.)>
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(5) 피상속인과 B 주식회사가 2021.12.29. 작성한 쟁점부동산 매매계약서(쟁점주택과 쟁점상가를 구분하여 작성) 중 아래는 쟁점주택의 매매계약서(2021.12.29.)이고, 부동산의 표시에 제302호부터 510호까지 동일하며, 피상속인이 수령한 쟁점부동산의 양도대금 입금내역은 아래 <표1>과 같다.
<쟁점주택의 매매계약서(2021.12.29.)>
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<표1> 쟁점부동산의 양도대금 입금내역
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(6) 청구인은 쟁점주택 임대차 내역을 아래 <표2>와 같이 정리하여 주장하며, 쟁점주택 30개 호 일부에 대하여 각 호별 계약서(66건), 월세 입금(거래)내역, 전입신고내역(43건), 확정일자(34건) 등을 제출하였다.
<표2> 청구인 제출한 쟁점주택의 임대차 내역 정리
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(7) 청구인은 2000.12.31. 이전에 쟁점주택의 임대개시가 되었음을 입증할 수 있는 증빙으로 상수도요금(가정용) 호실별 부과내역을 아래 <표3>과 같이 제출하였고, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO 등의 임차인은 쟁점주택을 사원용 사택(직원숙소)로 사용하였으며, 쟁점주택은 구조로 보아 주거용 외 용도로 사용할 수 없다는 증빙으로 아래와 같이 일부 호실의 내부 사진 등을 제출하였다.
<표3> 쟁점주택의 상수도요금 호실별 부과내역
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<쟁점주택 한 호실의 내부 사진>
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(8) 쟁점부동산과 관련하여 피상속인이 최근 신고한 부가가치세 및 종합소득세 신고내역은 각 <표4>·<표5>와 같다.
<표4> OOO 부가가치세 신고내역
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<표5> OOO 종합소득세 신고내역
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(9) 피상속인이 2000년 제2기부터 2022년 제1기까지 발행한 세금계산서 등 발행 내역을 살펴보면, OOO, OOO, OOO, OOO, OOO의 임차인에 대한 세금계산서 발행 내역은 확인되지 않고(면세), 처분청이 쟁점주택 중 사업자등록이 되어 있다는 호실 중 305호 OOO(2017년 제1기부터 2021년 제2기까지, 월 OOO원 정도의 임차료), 306호 OOO(2019년 제2기부터 2021년 제2기까지 월 OOO원 정도의 임차료), 504호 OOO(2020년 제1기부터 2021년 제2기까지 월 OOO원 정도의 임차료), 508호 및 509호 OOO(2013년 제2기부터 2020년 제2기까지 월 OOO원 정도의 임차료)는 세금계산서가 발행된 사실이 확인된다.
(10) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 피상속인이 쟁점부동산의 양도일 현재 주택이 아닌 토지(나대지)를 양도한 것이고, 임대차계약서 등 자료가 일부만 제출되어 쟁점주택의 임대기간이 확인되지 않거나 일부 호실은 사업자가 임차하여 장기임대주택 감면을 적용하기 어렵다는 의견이나,
소득세법 기본통칙 89-154-12에서 매매특약에 따라 1세대1주택에 해당하는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일을 기준으로 한다고 해석해 왔고, 기획재정부는 2022.12.20. 잔금청산일을 원칙적인 기준일로 변경(회신일 이후 매매계약 체결하는 경우부터 적용함)하였는데, 피상속인은 쟁점부동산의 양도계약을 2021.5.3.(변경 후 2021.12.29.)에 하였으므로, 비록 쟁점주택의 잔금청산일 이전에 쟁점주택이 멸실되었다고 하더라도 매매계약일 당시를 기준으로 볼 때, 이 건은 주택의 양도로 보아야 할 것인 점, 조특법 제97조의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 적용받기 위해서는 2000.12.31. 이전에 임대가 개시되어야 하고, 처분청은 쟁점주택 중 11개 호실만이 2000.12.31. 이전에 임대개시를 확인할 수 있다고 하나, 피상속인은 쟁점주택에 대하여 1996.7.2. 주택임대사업자 등록을 하였고, 나머지 호실이 상가용 또는 자가 사용하였다는 것이 확인되지 않는다면 공부상의 용도에 따라 주택으로 사용(임대개시)된 것으로 보아야 하는 점, 조특법 제97조의 요건에 임대주택을 5호 이상 및 10년 이상 임대하면 되는 것인바, 피상속인은 쟁점부동산을 양도한 2022.12.27.까지 약 25년을 보유하였고, 쟁점주택 30개 호 중에서 전부는 아니라 하더라도 제출된 각 호별 월세계약서, 전입세대열람, 월세 입금내역, 상하수도(가정용) 납부내역 등에 의하여 주택으로 임대한 사실이 확인되는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택 중 사업자가 사업용으로 사용하거나 피상속인이 세금계산서를 발행한 6개호(301·305·306·504·508·509)는 주택에서 제외하더라도 나머지 24개호를 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이 건 양도소득세 경정청구를 거부한 처분은 잘못인 것으로 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.