[주 문]

  송파세무서장이 2025.7.4. 청구인에게 한 2020년 제1기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구인은 2019.4.7. 경기도 광주시 OOO 임야를 취득하였고, 해당 토지 위에 전원주택(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 분양할 목적으로 2019.4.24. A이라는 상호로 사업자등록을 하였다(쟁점건물 건축물대장 요약은 아래 <표1> 참조).

<표1> 쟁점건물 관련 건축물대장(일부발췌)

○○○

나. 청구인은 2020년 제1기 과세기간 중 B(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취한 후 그에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2020년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급받았다.

다. 처분청은 2025.6.2.부터 2025.6.20.까지 청구인에 대해 부가가치세 세목별조사를 실시하여, 쟁점세금계산서를 실제 재화나 용역의 공급 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 불공제하여 2025.7.4. 청구인에게 2020년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정․고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.9.8. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 (1) 청구인은 쟁점세금계산서를 수취하면서 당초 계약서에 법인사업자인 주식회사 B(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 사업자등록번호가 기재되어 있지 않아 쟁점세금계산서를 쟁점법인이 발행한 것으로 알고 있었으며, 쟁점매입처와 쟁점법인이 서로 다르다는 것은 처분청이 청구인에게 보낸 부가가치세 해명자료 안내문을 보고 알게 되었는바,

   동일한 상호의 개인사업자와 법인사업자를 운영하는 거래상대방의 기망으로 인하여 청구인은 정상적으로 거래하고 대금을 모두 지급하였음에도 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 부당하다.

 (2) 처분청이 청구인의 2020년 제1기 부가가치세 신고 후 환급결정 시 사실과 다른 세금계산서 수취로 지적하였다면 청구인이 매입자발행세금계산서를 처분청에 요청할 수 있어서 정상적인 매입세금계산서를 수취할 수 있었으나 청구인은 이러한 기회를 상실당하였고, 처분청이 위 환급결정 시 공사 관련 서류 일체를 검토하여 정상거래로 본 건에 대하여 조세범칙조사를 실시한 것은 중복조사금지 규정에 해당하므로 이는 위법하고 부당하다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 쟁점세금계산서를 공급받은 자로서 선량한 주의의무를 다하지 못하였다.

  (가) 청구인과 처분청은 쟁점세금계산서가 공급하는 자가 사실과 다른 세금계산서라는 것에 이견이 없고, 청구인이 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 알지 못한 것에 대하여 과실이 없다는 특별한 사정이 있었는지 여부를 입증하여야 한다.

  (나) 쟁점건물에 대한 건축허가 및 사용승인 시 제출된 서류에 쟁점법인의 사업자등록증 사본 및 건설업등록증이 제출된 것이 확인되므로, 청구인이 쟁점세금계산서 수취 및 부가가치세 신고 당시 거래상대방의 사업자등록번호를 몰랐다는 것은 청구인이 쟁점세금계산서를 수취하면서 선량한 주의의무를 다하지 못한 것임이 분명하다.

 (2) 부가가치세 환급과 관련하여 처분청은 환급금의 기한 내 지급을 위해 청구인으로부터 이메일로 관련 계약서와 대금지급 증빙을 제출받아 단순한 사실관계 확인만을 하였으므로, 이는 세무조사에 해당하지 아니하므로 청구인의 중복세무조사 금지 원칙 위배와 관련한 주장은 부당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구인은 선의의 거래당사자라는 청구주장의 당부

② 이 건 처분이 중복조사에 의한 위법한 처분인지 여부

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구인의 2020년 제1기 부가가치세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 부가가치세 신고 및 경정 내역

○○○

  (나) 청구인은 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서를 아래 <표3>과 같이 제출하였다.

<표3> 쟁점세금계산서 수취 내역

○○○

  (다) 청구인은 쟁점건물 신축과 관련하여 쟁점법인과 작성한 표준도급계약서를 아래 <표4>와 같이 제출하였다.

<표4> 표준도급계약서(일부발췌)

○○○

  (라) 청구인은 쟁점건물 신축과 관련하여 쟁점법인과의 공사비 지불 관련 문서를 아래 <표5>와 같이 제출하였다.

<표5> 쟁점건물 신축 관련 공사비 지불 문서(일부발췌)

○○○

  (마) 청구인은 쟁점건물 신축과 관련한 공사비 지불 증빙으로 계좌거래내역을 아래 <표6>과 같이 제출하였다.

<표6> 쟁점건물 공사비 관련 계좌 거래내역(일부발췌)

○○○

  (바) 청구인은 처분청이 청구인을 「조세범 처벌법」위반으로 송파경찰서에 고발하였으나, 송파경찰서장이 청구인을 “혐의 없음”으로 불송치결정하였다며, 수사결과 통지서를 아래 <표7>과 같이 제출하였다.

<표7> 청구인에 대한 수사결과 통지서

○○○

  (사) 청구인은 쟁점건물 신축 관련 하도급대금 직불 동의서 및 관련 확인서 등을 제출하였다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여,

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 선량한 주의의무를 다하지 못하였다는 의견이나,

    실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서를 교부받았다고 하더라도, 공급받는 자가 공급자의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못한 데에 과실이 없다는 사정을 이를 주장하는 자가 상당한 입증을 한 경우 예외적으로 선의의 거래당사자로 인정할 수 있다할 것인바(대법원 2002.6.28. 선고 2002두2277 판결, 같은 뜻임),

    청구인이 쟁점건물 신축과 관련하여 쟁점법인과 작성한 표준도급계약서 등에 쟁점법인의 사업자등록번호가 누락되어 있는 가운데, 청구인이 제출한 서류 및 증빙 등으로 보아 청구인이 쟁점법인의 사업자등록번호를 확인할 수 없는 사정이 있었다고 보이고, 처분청은 청구인이 거짓세금계산서를 수취한 것으로 보아 고발하였으나, 이에 대해 서울송파경찰서장은 “혐의없음”으로 불송치결정을 하였으며, 쟁점법인과 쟁점매입처는 법인격은 다르지만 상호가 흡사하고 이상권이 대표이사 및 대표자로 되어 있는 등 청구인이 2020년 제1기 과세기간 중 쟁점법인과 거래를 하면서 쟁점세금계산서가 사실과 다르다는 것을 알지 못하였고 그러한 사정을 알지 못한 데에 과실이 있다고 인정하기는 어려워 보이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 수취한 청구인에게 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 이에 대한 심리를 생략한다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

 (1) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

제38조(공제하는 매입세액)

 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

 1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출 하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 (2) 국세기본법

제81조의4(세무조사권 남용 금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)