[주 문]
심판청구를 기각한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구인 A는 OOO 및 OOO(2호를 합하여, 이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 취득한 후 이를 장기일반민간임대주택으로 하여 2024.5.17., 2024.9.10. 양천구청장에게 민간임대사업자등록을 하였다.
나. 청구인 A와 그 배우자 청구인 B(이하 “청구인들”이라 한다)는 2018.11.19. 공동(지분 각 2분의1)으로 취득한 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2024.12.30. OOO원에 양도한 후, 쟁점주택의 양도일 현재 청구인들 세대의 주택수를 3주택으로 보아 일반세율을 적용하여 2025.2.25. 2024년 귀속 양도소득세 합계 OOO원(아래 <표1> 기재)을 신고․납부하였다.
<표1> 양도소득세 신고 및 경정청구 내역
ㅇㅇㅇ
다. 청구인 A는 쟁점주택의 양도일 이후인 2025.2.14., 2025.2.21. 동작․성동세무서장에게 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록(주택임대업)을 신청하였고,
청구인들은 쟁점임대주택을 「소득세법 시행령」 제155조 제20항에 따른 장기임대주택으로 보아 청구인들 세대의 주택수에서 제외한 후 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다는 취지로 2025.5.12. 처분청에 2024년 귀속 양도소득세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.4. 이를 거부하였다.
라. 청구인들은 이에 불복하여 2025.9.29. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인들 주장 및 처분청 의견
가. 청구인들 주장
청구인들은 쟁점주택을 양도할 당시 A가 소유한 쟁점임대주택에 대해 2024.5.17., 2024.9.10. 민간주택임대사업자등록을 마친 상태였고, 쟁점주택의 양도일 이후 동작·성동세무서장에게 「소득세법」에 따른 사업자등록을 하였으므로 「소득세법 시행령」 제155조 제20항에서 정한 요건을 모두 갖추었다.
청구인들은 쟁점임대주택에 대해 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록과 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 하였음은 물론, 실제 쟁점임대주택을 주거용으로 임대하고 있는바, 「소득세법 시행령」 제155조 제20항에 따라 쟁점임대주택을 청구인들 세대의 주택수에서 제외한 후 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여야 한다.
아울러 「소득세법 시행령」 제155조 제20항에서 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하기 위한 요건으로 규정한 사업자등록과 민간임대사업자등록은 쟁점임대주택이 법에서 정한 장기임대주택에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 기준에 불과할 뿐, 사실상 「소득세법」상의 사업자등록과 민간임대사업자등록의 실질에는 차이가 없어 두 가지의 등록 기준을 모두 충족하여야 할 특별한 이유도 없으므로 실질과세원칙에 반하고, 사업자등록이라는 형식적 요건을 갖추지 못하였다는 이유만으로 관련 법규를 알지 못한 주의의무 위반에 대해 1세대 1주택 비과세 특례의 적용을 배제하는 것은 청구인의 재산권을 과도하게 침해하는 것으로 합목적성에도 반한다.
나. 처분청 의견
쟁점임대주택은 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호 마목에 따른 장기일반민간임대주택으로, 청구인 A는 쟁점임대주택에 대한 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 완료하지 아니하여 「소득세법 시행령」 제155조 제20항의 장기임대주택요건을 충족하지 못하였다.
청구인들은 사업자등록과 임대주택등록을 강제하는 것이 단지 임대주택에 해당하는지 여부를 판단하기 위한 기준에 불과하다고 주장하나, 조세정책상 합목적성에 의해 생산 및 추진되고 있는 규정으로, 관련 법률에 따라 요건이 규정되어 강제되고 있는 조항을 청구인들의 주장만으로 합목적성에 반한다고 판단하기는 어렵다.
또한 청구인들은 사업자등록이라는 형식적 요건을 갖추지 못하였다고 하여 비과세 특례규정의 적용을 배제하는 것은 실질과세의 원칙에 반하는 것으로, 청구인들의 재산권을 과도하게 침해한 것이라고 주장하나, 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 감면요건의 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.
청구인들은 쟁점주택에 대한 양도소득세를 정상적으로 신고한 후 쟁점임대주택에 대한 소득세법상의 사업자등록요건을 충족하기 위하여 2025.2.14., 2025.2.21. 동작․성동세무서장에게 사업자등록신청을 한 것으로 확인되고, 이에 비추어 보더라도 청구인들 스스로 쟁점임대주택이 「소득세법 시행령」 제167조의3 제1항 제2호의 요건을 충족하지 못한 사실을 인지하고 있었음을 알 수 있다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점주택 양도 당시 소유하고 있던 쟁점임대주택에 대한 소득세법상 사업자등록을 하지 아니하여 1세대 1주택 비과세 특례 적용을 배제하여 경정청구를 거부한 처분의 당부
나. 관련 법령
(1) 소득세법
제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여) ① 새로 사업을 시작하는 사업자는 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다.
② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.
③ 이 법에 따라 사업자등록을 하는 사업자에 대해서는 「부가가치세법」 제8조를 준용한다.
(2) 소득세법 시행령(2024.11.12. 대통령령 제34990호로 일부개정된 것)
제154조(1세대 1주택의 범위) ①법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.(단서생략)
제155조(1세대 1주택의 특례) ⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택{같은 호 가목 및 다목에 해당하는 주택의 경우에는 해당 목의 단서에서 정하는 기한의 제한은 적용하지 않되, 2020년 7월 10일 이전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 주택으로 한정하며, 같은 호 마목에 해당하는 주택의 경우에는 같은 목 1)에 따른 주택[같은 목 2) 및 3)에 해당하지 않는 경우로 한정한다]을 포함한다. 이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다} 또는 같은 항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 “장기어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받거나 같은 법 제24조 제2항에 따른 위탁을 받아 어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 “직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(이하 이 항에서 “직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.
1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날, 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 또는 같은 법 제24조제2항에 따른 위탁의 계약서상 운영개시일 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것
2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 “임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다.
3. 장기어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 고유번호를 부여받고, 장기어린이집을 운영하고 있을 것
(3) 부가가치세법
제8조(사업자등록) ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.
② 사업자는 제1항에 따른 사업자등록의 신청을 사업장 관할 세무서장이 아닌 다른 세무서장에게도 할 수 있다. 이 경우 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청한 것으로 본다.
⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 신청을 받은 사업장 관할 세무서장(제3항부터 제5항까지의 규정에서는 본점 또는 주사무소 관할 세무서장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 사업자등록을 하고, 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 발급하여야 한다.
(4) 민간임대주택에 관한 특별법(2023.8.16. 법률 제19680호로 일부 개정된 것)
제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
1. 삭제 <2018.1.16.>
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택
(5) 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙(2023.12.12. 국토교통부령 제1283호로 일부개정된 것)
제2조(임대사업자의 등록 등) ① 법 제5조 제1항 및 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」(이하 “영”이라 한다) 제4조 제4항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 별지 제1호서식의 임대사업자 등록신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 제출(정보통신망을 이용한 제출을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)하여야 한다. 이 경우 「재외국민등록법」 제2조에 따른 재외국민(이하 “재외국민”이라 한다)이나 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」 제2조 제4호의 외국인등(이하 “외국인”이라 한다)인 경우에는 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.(이하 생략)
② 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자가 「소득세법」 제168조 제1항에 따른 사업자등록을 같이 하려는 경우에는 제1항에 따른 등록신청서에 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제4호서식의 사업자등록 신청서를 함께 제출하여야 한다. 이 경우 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 함께 제출받은 사업자등록 신청서를 지체 없이 관할 세무서장에게 송부(정보통신망을 이용한 송부를 포함한다)하여야 한다.
⑤ 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 영 제4조 제6항에 따라 임대사업자 등록증을 발급한 때에는 그 사실을 지체 없이 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 통보하여야 한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 청구인들과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.
(가) 부동산 등기부등본을 살펴보면, 쟁점주택은 2018.8.28. 매매를 원인으로 2018.11.9. 청구인들 명의(지분 각 2분의1씩)로 소유권이전등기가 경료된 후, 2024.10.1. 매매를 원인으로 2024.12.30. 문창권·지해인의 명의로 소유권이전등기가 경료된 것으로 나타난다.
(나) 청구인들은 2025.2.25. 쟁점주택의 양도가액 OOO원에서 취득가액 OOO원을 차감하여 과세표준을 산정한 후 일반세율을 적용하여 산정한 2024년 귀속 양도소득세 합계 OOO원을 신고․납부하였다.
<표2> 양도소득세 신고 및 경정청구 내역
ㅇㅇㅇ
(다) 민간임대사업자등록증을 살펴보면, A는 아래 <표3>에서와 같이 2024.5.17., 2024.9.10. 쟁점임대주택을 임대물건으로 하여 「민간임대주택법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였다.
<표3> 쟁점임대주택의 사업자등록 현황
ㅇㅇㅇ
(라) 사업자등록신청현황 조회화면 등을 살펴보면, A는 쟁점주택의 양도일 이후인 2025.2.14., 2025.2.21. 동작·성동세무서장에게 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록신청서(부동산업, 주택/주거용건물임대업)를 제출하였고, 사업자등록신청서상 개업일을 2024.5.17., 2024.9.10.로 기재한 것으로 조회된다.
<사업자등록신청현황 조회화면>
ㅇㅇㅇ
<쟁점주택의 임대에 관한 사업자등록신청서 중 일부>
ㅇㅇㅇ
(마) 청구인들은 2025.5.12. 쟁점임대주택을 청구인들 세대의 주택수에서 제외한 후 쟁점주택의 양도에 대해 1세대 1주택 특례를 적용하여야 한다는 취지로 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.7.4. 이를 거부하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다.
청구인들은 쟁점임대주택에 대해 민간임대사업자등록 후 임대 중이므로 「소득세법」에 따른 사업자등록을 하지 않더라도 이를 청구인들 세대의 주택수에서 제외되는 장기임대주택으로 보아야 한다고 주장하나,
조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 이상 법문 그대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 인정할 수 있는 것은 더욱 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바,
「소득세법 시행령」 제155조 제20항 제2호에서 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받을 수 있는 장기임대주택의 요건으로, 거주주택의 양도일 현재 「소득세법」 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 그 주택을 임대하고 있을 것을 규정하고 있으나, 쟁점주택의 양도일 현재 청구인들 세대는 이를 충족하지 못한 점,
민간임대사업자등록은 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대주택의 체계적 관리를 위하여 지방자치단체장에게 등록하는 것이고, 「소득세법」에 따른 사업자등록은 주택임대소득에 대한 신고 및 납부의무를 이행하기 위하여 세무서에 등록하는 것으로, 그 근거 법령과 목적, 등록기관, 사업자등록에 따른 의무 및 이에 따른 혜택 등이 다른 별개의 제도로, 쟁점주택의 양도일 현재 쟁점임대주택에 관하여 민간임대사업자등록을 이행하였다 하여 「소득세법」상 사업자등록까지 이행한 것으로 보아 세제상 혜택을 부여하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
4. 결론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.