1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 5. 26. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세(가산세 포함) 부과처분을 취소한다.1)

원고의 항소이유는 제1심에서 주장한 바와 크게 다르지 않고, 제1심 및 당심이 적법하게 채택․조사한 증거들을 원고의 주장에 비추어 다시 살펴보더라도 제1심의 사실 인정과 판단은 모두 정당하다. 따라서 이 사건에 관하여 이 법원이 설시할 이유는, 다음과 같이 일부를 고쳐 쓰는 부분을 제외하고는 제1심판결의 이유 부분과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약칭을 포함하여 이를 인용한다.

○ 제1심판결 제3면 제20행부터 제6면 제3행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『2) 과세전적부심사 청구권 박탈 주장에 관한 판단

   가) 구 국세기본법(2023. 12. 31. 법률 제19926호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제81조의15 제3항은 각 호에서 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 있는데, 그 중 제3호는 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 들고 있다. 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙, 관련 규정의 문언과 체계, 과세예고통지의 기능 등에 비추어 보면 위 제3호 규정을 과세전적부심사를 넘어 과세예고통지에 대한 예외사유로까지 확장해석할 수는 없으므로, 과세관청은 구 국세기본법 제81조의15 제1항이 정한 과세예고통지 대상에 해당하는 경우에는 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에도 과세예고통지를 하여야 하고, 만약 그러한 과세예고통지 없이 과세처분을 하였다고 한다면 해당 과세처분은 이로 인하여 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 보아야 한다. 다만 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간의 만료일이 매우 임박하게 되었고, 이로 인하여 과세처분에 앞서 과세예고통지를 할 시간적 여유가 거의 없고 과세예고통지를 하더라도 납세자가 누릴 절차적 이익도 거의 없는 등 과세예고통지를 생략하더라도 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예고통지를 하지 않았다는 점만으로 과세처분이 위법하게 된다고 평가하기는 어렵다(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결 참조).

   나) 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제6호증, 을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

     ⑴ 원고는 이 사건 아파트를 양도할 당시인 2017. 8. 23.경 조정대상지역에 있는 거주주택인 이 사건 아파트 외에도 조정대상지역에 3채의 장기임대주택을 추가로 보유하고 있었기에, 거주주택인 이 사건 아파트의 양도소득에 대하여 비과세 적용을 받기 위해서는 1세대 3주택 이상자에 대한 비과세 요건을 규정한 소득세법 시행령 제155조 제20항에 따라 이 사건 아파트에서의 거주기간이 2년 이상이었어야 했다.

     ⑵ 그런데 원고는 주민등록상 이 사건 아파트에 거주한 기간이 2년에 미달하는 약 1년 11개월에 불과하였다. 그럼에도 2017년 말경 양도소득세 예정신고를 하면서 1세대 1주택자에 대하여만 적용되는 소득세법 시행령 부칙(2017. 9. 19. 대통령령 제28293호) 제2조에 따라 자신에게는 2년 거주 요건이 적용되지 않는다는 전제 하에서 양도소득세 간편신고서 양식에 ‘1세대 1주택 비과세’라고 기재하여 예정신고를 하였다(원고는 자신이 소유한 나머지 주택들의 경우 장기임대주택이기에 양도소득세 중과세 여부를 판단할 때 제외되기에 자신은 1가구 1주택자에 관한 소득세법 관련 규정이 적용된다고 생각한 것으로 여겨진다).

     ⑶ 피고는 2022년경 원고의 주소지 변경으로 원고의 관할 세무서가 되게 된 후 원고의 양도소득세 예정신고가 적정한지 여부를 검토하다가, 원고의 위 양도소득세 신고서의 기재 내용만으로는 원고가 ‘1세대 1주택 비과세’ 대상자에 해당하지 않는다고 보고, 2022. 12. 21. 원고에게 ‘양도 당시 다주택자로 확인되므로, 1세대 1주택 비과세 적정 여부의 확인이 필요하다. 이에 대한 해명자료를 2023. 1. 6.까지 제출해주기 바라고, 해명자료를 제출기한까지 제출한 경우 제출일로부터 30일(기한연장 통지를 한 경우 그 기한 연장일) 내에 그 검토결과를 통지할 것이며, 제출기한까지 회신이 없거나 제출한 자료가 불충분할 때에는 과세자료 내용에 따라 가산세를 포함한 세금이 부과될 수 있다’는 취지의 내용이 기재된 ‘해명자료 제출 안내문’(갑 제7호증, 을 제4호증)을 보냈다.

     ⑷ 원고는 위 안내문을 받고 2023. 1. 12. 피고의 사무실에 찾아가 추가 증빙서류는 제출하지 않은 채 ‘이 사건 아파트 양도는 거주 요건이 필요 없어 비과세에 해당하고, 그러한 사정을 양도소득세 예정신고를 한 때로부터 2개월 후에 삼성세무서에서 다 설명했다’고만 주장하였고, 그러한 취지에서 위 ‘해명자료 제출 안내문’(갑 제7호증, 을 제4호증)에 ‘임대주택. 양도소득세 내고 두 달 후쯤 ○○세무서에 다 소명했음’이라고 기재하여 피고에게 제출하였다.

     ⑸ 이에 피고의 담당 조사관은 원고에게 공부상 기재된 날 외에 추가로 거주한 사실이 있음을 증빙할 만한 자료 등 비과세 요건을 증빙할 수 있는 추가자료 제출을 요청하기 위하여 원고와 수차례 전화연결을 시도하였으나 연결이 되지 않았고, 이에 2023. 4. 12. 원고에게 추가로 ‘이 사건 아파트 양도소득세 관련 문의가 있어 전화 드렸으나 통화가 되지 않아 문자 보내니 연락 부탁드립니다’라는 취지의 전화 회신을 요청하는 문자메시지(을 제5호증 제5면)를 보내기도 하였다.

     ⑹ 원고는 위와 같은 문자메시지에도 불구하고 피고에게 비과세 요건에 관한 추가 소명자료를 제출하지 아니하였고, 피고 담당 조사관에게 연락하지도 않았다. 이에 피고는 이 사건 아파트 양도가 비과세 요건을 충족하지 못했다고 판단하고, 2023. 4. 21.경 원고에게 양도소득세를 과세하기로 하고 그 과세자료 확보를 위해 ○○시 ○○구청에 이 사건 아파트의 취득일, 취득 당시의 과세표준 등 과세내역 자료를 요청하였다. ○○ ○○구청은 같은 달 25. 피고에게 그 내용을 회신하였다.

     ⑺ 피고는 2023. 5. 초경 이 사건 양도소득세 과세를 위해 원고에게 과세예고통지서를 등기우편으로 발송하였다. 그러나 위 과세예고통지서는 2023. 5. 2., 같은 달 3., 같은 달 9.에 각 폐문부재 등을 이유로 송달불능 되었다. 한편 피고는 그 무렵 이 사건 양도소득세의 부과제척기간의 만료일(2023. 5. 31.)이 임박해지자 위와 같이 확보한 과세자료를 바탕으로 서둘러 양도소득세액을 계산한 후 원고에게 납부고지서를 등기우편으로 발송하였다. 그러나 위 납부고지서 역시 2023. 5. 4., 같은 달 8., 같은 달 11.에 각 폐문부재 등을 이유로 송달불능 되었다.

     ⑻ 피고 담당 조사관은 위와 같은 과세예고통지서 및 납부고지서의 송달이 제대로 이루어지지 않자, 2023. 5. 2. 원고 주거지에 직접 찾아가 과세예고통지서의 교부송달을 시도하였다. 그러나 원고의 주거지가 폐문부재 상태이어서 교부송달을 할 수 없었다. 이에 부득이 원고 주거지의 우편함에 ‘과세예고통지서를 교부하고자 하였으나 부재중이어서 본 안내문을 부착하였다. 2023. 5. 9. 다시 교부송달하기 위해 방문할 예정이다. 그 전이라도 본 안내문과 신분증을 가지고 와서 찾아가거나 수령하기 편한 시간, 장소를 전화로 알려주면 직접 교부하겠다’는 취지의 ‘과세예고통지서 도착 안내문’을 부착해두었다. 또한 피고의 담당 조사관은 2023. 5. 3. 원고의 주거지를 다시 찾아가 납부고지서의 교부송달도 시도하였다. 그러나 그 송달 역시 폐문부재를 이유로 실패하였다. 이에 담당 조사관은 원고 주거지의 우편함에 앞서 본 바와 같은 방식으로 재방문 예정일을 2023. 5. 10.로 적은 ‘납부고지서 도착안내문’을 부착해두었다.

     ⑼ 원고는 위와 같이 주거지 우편함에 부착된 안내문을 보고 2023. 5. 8. 피고의 사무실을 방문하였다. 이에 피고의 담당 조사관은 원고에게 과세예고통지서와 납부고지서를 교부하고자 하였으나 원고는 그 수령을 거절하였다.

     ⑽ 이에 피고는 2023. 5. 11. 이 사건 처분서를 공시송달 처리하였고, 그 송달은 2023. 5. 26. 효력이 발생하게 되었다.

   다) 위와 같은 사실에 의하면, 원고에 대한 피고의 과세예고통지 지연은, ➀ 원고가 양도소득세 예정신고 과정에서 이 사건 아파트의 양도가 1세대 1주택의 양도이어서 비과세 대상이라고 잘못 신고한 것과, ➁ 관할세무서 변경으로 원고에 대한 과세 관할권을 이관받게 된 피고가 뒤늦게나마 그 사실을 발견하고, 2022. 12. 21.경부터 원고에게 양도소득세 과세 대상이 될 수 있음을 알리면서 원고가 주장하는 비과세 요건의 충족여부에 대한 소명자료를 제출할 기회를 제공하였음에도, 원고가 비과세 대상자라는 자신의 주장만을 앞세우며 소명자료의 제출을 지연하면서 피고 담당 조사관의 연락도 제대로 받지 않는 바람에, 피고의 담당 조사관이 원고의 소명자료 제출을 기다리고 관련 자료를 직접 수집하는데 시간이 소요된 것에서 기인한 것임을 알 수 있다. 이로 인해 양도소득세 부과제척기간 만료일이 임박해지면서 피고에게 과세예고통지를 할 시간적 여유가 거의 없게 되었다. 이러한 상황에서 피고는 원고와 수차 연락을 시도하였으나 원고와의 연락이 제대로 되지 않자, 뒤늦게나마 우편송달은 물론 원고의 주거지까지 찾아가 교부송달까지도 시도하면서 과세예고통지를 하고자 노력하였다. 그러나 그러한 송달시도들은 실패하였고, 피고의 담당 조사관이 원고의 주거지에 붙여둔 송달 안내문을 보고 뒤늦게 피고의 사무실에 찾아온 원고는 담당 조사관이 교부하는 과세예고통지서의 수령을 거부하기까지 하였다. 한편 원고는 2022. 12. 21.경부터 피고로부터 이 사건 아파트 양도소득의 경우 비과세 여부가 거주 요건 충족 여부에 의하여 결정되는데 원고의 경우에는 그러한 요건을 제대로 갖추지 못하여 문제가 되고 있음을 안내받은 상태였기에, 이에 관하여 스스로 소명하거나 다툴 시간적 여유가 충분히 있었다고 보이므로, 설령 이 사건 과세예고통지를 적절한 시기에 받지 못하였다고 하더라도 그로 인하여 침해되는 절차적 이익이 거의 없다고 볼 수 있다. 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 비록 피고가 원고에게 이 사건 처분을 하는 과정에서 3개월 전에 과세예고통지 하지 않은 점이 있다고 하더라도, 그러한 사정만으로 이 사건 과세처분이 위법하다고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.』

○ 제1심판결 제7면 제3행의 “참조).” 다음에 “피고가 2017년경 원고로부터 양도소득세 예정신고를 받았을 당시에 원고로부터 1세대 3주택 이상자에 대한 비과세 요건을 규정한 소득세법시행령 제155조 제20항 충족 여부에 관한 질의를 받았다고 보이지 아니하고 이에 관하여 원고가 양도소득세 비과세 대상이 된다는 공적 의견을 표시하였다는 자료도 없는 점,”을 추가한다.

○ 제1심판결 제7면 제9행과 제10행 사이에 다음과 같은 내용을 추가한다.

『한편, 원고는 만약 피고가 원고에게 양도소득세 예정신고 당시 또는 이 사건 처분 이전에 이 사건 양도소득이 비과세 요건을 충족하지 못함을 제대로 안내해주었다면 자신이 조세특례제한법 제99조의2 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정에 따른 신고를 하여 양도소득세를 면제받고 농어촌특별세만 납부하는 길을 선택했을 것인데도 그러한 안내를 해주지 아니하였으므로, 신의성실의 원칙상 원고에 대하여 양소소득세를 부과할 수 없다는 취지로도 주장한다.

그러나 양도소득세와 같은 신고납부방식의 조세에서 과세관청이 양도소득세 예정신고를 하는 납세자에게 다양한 비과세 요건들 중 어느 하나를 충족하는지에 관하여 개별적으로 안내해줄 의무가 있다고 할 수 없고, 양도소득세 비과세 요건은 다양할 뿐 아니라 해당 요건의 충족 여부는 증빙자료 등에 의하여 사실관계를 구체적으로 확정한 후에서야 비로소 결정될 수 있는 것이어서 양도소득세 예정신고 과정에서 신고자에 대한 제한된 정보만을 가지고 있는 과세관청이 그 신고자에게 공적 의견을 미리 제시하기도 어렵다는 점을 고려할 때, 원고의 양도소득세 예정신고 과정에서 과세관청이 원고에게 양도소득세 비과세 요건 충족 여부에 관하여 제대로 확인하고 안내해주지 않았다고 하여 과세관청에 어떠한 잘못이 있다고 할 수 없다.

또한 피고는 2022. 12. 22.경 원고에게 2017. 8. 31.자 양도소득세 예정신고서의 기재 내용만으로는 ‘1세대 1주택 비과세’ 요건을 충족하지 못하므로 추가 소명자료를 제출하라고 안내하고, 이후 추가 소명자료 제출 기간을 부여하면서 그 제출을 독촉하기 위해 수차 연락을 시도해 왔음은 앞서 본 바와 같은바, 이러한 사정에 비추어 보면, 피고가 이 사건 양도소득세 부과 처분에 이르는 과정에서 원고에게 원고가 양도소득세 비과세 요건에 해당하지 않는다는 사실을 제대로 고지하지 않아 불이익을 준 잘못이 있다고 보기도 어렵다.

따라서 이와 다른 전제 하의 원고의 주장 역시 받아들이기 어렵다[나아가 살펴보더라도 조세특례제한법 제99조의2에 의한 양도소득세의 감면은 대상자가 대통령령으로 정하는 방법에 따라 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용되는데(위 법 제99조의2 제5항), 원고는 그러한 신청을 한 바 없어 위 감면 조항을 적용받을 여지가 없다. 뿐만 아니라 갑 제3호증의 기재에 의하면, 이 사건 아파트의 경우 위 감면 규정이 적용되는 대상이 되는 2013. 4. 1.부터 2013. 12. 31.까지 사이에 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득된 주택도 아닌 것으로 보인다].』

○ 제1심판결 제8면 제3행부터 제28행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『구 국세기본법(2023. 12. 31. 법률 제19926호로 개정되기 전의 것)

제26조의2 (국세의 부과제척기간)

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

제48조 (가산세 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다

음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

제81조의15 (과세전적부심사)

① 세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 이 조에서 "과세예고통지"라 한다)하여야 한다.

1. 세무서 또는 지방국세청에 대한 지방국세청장 또는 국세청장의 업무감사 결과(현지에서 시정조치하는 경우를 포함한다)에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

2. 세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료 및 현지 확인조사에 따

라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세하는 경우

3. 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우. 다만, 「감사원법」 제33조에 따른 시정요구에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 과세처분하는 경우로서 시정요구 전에 과세처분 대

상자가 감사원의 지적사항에 대한 소명안내를 받은 경우는 제외한다.

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

1. 「국세징수법」 제9조에 규정된 납부기한 전 징수의 사유가 있거나 세법에서 규정하는 수

시부과의 사유가 있는 경우

2. 「조세범 처벌법」 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 경우』

2. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하다. 원고의 항소는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.