[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2019∼2023사업연도 중 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 고용노동부장관에게 장애인고용부담금 합계 OOO원(이하 “쟁점부담금”이라 한다)을 납부한 후 이를 손금에 산입하지 아니하고 2019∼2023사업연도분 법인세를 각 신고·납부하였다.

나. 청구법인은 쟁점부담금이 「법인세법」제21조 제5호의 손금불산입대상 공과금에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이를 손금산입하여 아래 <표1>과 같이 처분청에 경정청구를 하였고, 처분청은 2025.5.21. 쟁점부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 보아 경정청구를 거부하였다.

<표1> 청구법인의 경정청구 내역(청구법인 제출)

○○○

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 쟁점부담금은 「법인세법」 제21조 제5항의 “법령에 따른 의무불이행 또는 금지·제한 등의 위반”에 대한 “제재”로서 부과되는 공과금에 해당하지 아니하므로 손금에 산입하여야 한다.

  (가) 쟁점부담금은 의무불이행에 대한 제재로 부과된 공과금으로 볼 수 없으므로, 손금불산입의 대상이 되는 공과금에 해당하지 않는다.

   1) 「법인세법」은 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금(「법인세법」 제21조 제4호) 또는 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금(제5호)을 손금불산입 대상으로 규정하고 있다.

     가) 장애인고용법은 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주는 그 근로자의 총수에 따라 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당하는 장애인을 고용하도록 하고(장애인고용법 제28조 제1항), 의무고용률에 못미치는 장애인을 고용하는 사업주는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 장애인고용부담금을 납부하여야 한다고 규정하고 있다(같은 법 제33조 제1항).

    나) 헌법재판소는 장애인고용부담금을 “고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적ㆍ조정적 (특별)부담금'의 성격”이라 판단하면서(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 전원재판부 결정), “사회연대책임의 이념을 반영하여 장애인의 고용에 따르는 경제적 부담을 장애인을 고용하는 사업주와 고용하지 아니하는 사업주간에 평등하게 조정하고, 실업 중인 장애인의 고용촉진을 위해 장애인을 새로이 고용하는 사업주가 작업설비 등의 개선을 위하여 지는 부담을 줄이기 위한 사업주의 공동각출금”으로써, “고용률을 하회하는 사업체의 사업주로부터 기금을 납부받아 고용률을 초과해서 장애인을 고용한 사업주에게 고용지원금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 평등화”하기 위한 목적의 부담금이라 설시한 바, 장애인고용부담금은 장애인고용법상 의무고용률을 적용받지 않거나 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 지급되는 장애인고용장려금(장애인고용법 제30조)을 지급하기 위하여 설치된 ‘장애인 고용촉진 및 직업재활 기금’의 주된 재원으로써 의무불이행에 대한 ‘제재’라기 보다 장애인 고용촉진이라는 정책적 목적을 달성하기 위하여 사업주 간에 비용을 분담하기 위한 부담금의 성격으로 보는 것이 타당하다.

○○○

   다) 또한 장애인고용법은 장애인고용부담금 관련 신고의무를 이행하지 않거나 거짓으로 신고하는 경우에는 장애인고용부담금과 별도로 제재로서의 성격을 가진 과태료를 부과하도록 규정하고 있는바(장애인고용법 제86조 제3항 제1호), 이러한 장애인고용법의 구조적 측면에서도 장애인고용부담금 그 자체를 장애인고용법에 따른 “제재로서 부과되는 부담금”으로 보기는 어렵다.

  (나) 관련 법령의 개정은 손금 대상인 공과금의 범위에 대한 규정 방식을 변경한 것일 뿐, 종전 규정에서 손금으로 열거되었던 공과금을 부인하겠다는 취지로 이루어진 것이 아니다.

   1) 구 「법인세법」(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 것) 제16조 제5호는 공과금을 원칙적으로 손금불산입의 대상으로 규정하는 한편, 구 「법인세법 시행령」(1997.12.31. 대통령령 제15564호로 개정되기 전의 것) 제25조 제1항은 손금불산입에서 제외되는 공과금을 제한적으로 열거하면서 장애인고용부담금을 손금불산입에서 제외되는 공과금, 즉 손금산입 대상 공과금으로 명시적으로 규정하고 있었다.

   2) 헌법재판소는 상기와 같은 법인세법령의 규정방식에 대하여, 공과금은 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띄는 것이므로 공과금은 「법인세법」상 손금에 산입됨이 원칙이라고 하며, 구 법인세법령이 공과금을 원칙적으로 손금불산입하고 손금산입 대상 공과금을 제한적으로 열거하는 방식으로 규정한 것을 위헌으로 판단하였다(헌법재판소 1997.7.16. 선고 96헌바36내지49 결정).

○○○

   3) 위와 같은 헌법재판소의 위헌 결정의 취지에 따라 손금불산입되는 공과금의 범위를 현행 「법인세법」과 같이 모법에 포괄적인 규정의 형태로 열거하는 것으로 개정하며 종전 규정을 삭제하였는데, 이는 법인세법령상 공과금의 손금산입 범위가 더 넓어지는 방식으로 규정 방식이 개정된 것일 뿐 장애인고용부담금과 같이 과거에는 손금 산입 대상으로 인정되던 공과금을 손금으로 인정하지 않겠다는 취지로 개정된 것이 아니다.

   4) 따라서 개정 전후 및 현재에 이르기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 인해 장애인고용부담금을 손금불산입할 필요성이 새로 생겼다거나, 법령 개정 또는 입법 과정에서 그에 대한 논의가 있었다고 볼 여지가 없는 이상, 장애인고용부담금이 손금 산입 대상 공과금에 해당한다는 입법 취지는 현행 「법인세법」 하에서도 계속해서 유지되고 있다고 보아야 하며, 위 법령 개정 후 오랜기간 과세관청의 질의회신(서이46012-10993, 2003.5.19., 서이46012-10673, 2001.12.5.)에 따라 장애인고용부담금이 손금으로 인정되어 왔음에도, 단지 기획재정부 해석(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.)이 변경되었다는 사유만으로 장애인고용부담금이 손금불산입 대상이 되는 것은 조세법률주의 및 납세자 신뢰보호원칙에 반하는 해석이다.

  (다) 최근 법원은 장애인고용부담금이 법령에 따른 의무불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 않으므로 손금에 산입되는 공과금이라고 판단하였다.

   1) 최근 법원은 이 건 청구와 동일한 쟁점에 대하여, 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무불이행에 대한 ‘제재로서 부과된 공과금’에 해당하지 아니하므로 손금에 산입되는 공과금이라고 판단하였다(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결, 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결).

   2) 법원은 위 판결 과정에서, 장애인고용부담금이 의무이행을 유도하는 성격을 가지고 있기는 하나, 헌법재판소의 설시와 같이 장애인고용부담금은 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하며, 장애인고용법상 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않더라도 이에 대하여 형사처벌하는 등의 규정은 없고, 설령 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 경우에도 모든 사업주가 장애인고용부담금을 납부할 의무가 발생하는 것도 아니며, 장애인고용부담금은 장애인을 고용하는 사업주와 그렇지 않은 사업주 간의 경제적 부담을 평등하게 조정하기 위한 사업주의 공동갹출금으로서 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비의 성격을 가진다고 볼 수밖에 없으며, 의무불이행에 대한 제재로서 부과되는 벌금이나 과태료의 경우 고의 또는 과실이라는 귀책 사유를 고려하여야 하지만 장애인고용부담금은 그러한 사유를 고려하지 않고 일률적으로 부과되는 점 등을 고려할 때 장애인 고용 촉진이라는 목적의 달성을 위하여 세법 해석을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입하는 방식으로 납세자에게 불리하게 해석하는 것은 바람직하지 않다고 판단하였다.

   3) 따라서, 쟁점부담금은 손금에 산입되는 것이 마땅하므로, 청구법인이 당초 과다하게 신고·납부한 경정대상 사업연도 귀속 법인세의 과세표준과 세액을 감액하여 환급결정하여야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 쟁점부담금은 「법인세법」 제21조 제5호의 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금”에 해당하여 손금불산입하는 것이 타당하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

  (가) 장애인고용부담금은「법인세법상」‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다.

   1) 장애인고용법은 사업주에게 장애인 고용률 준수의무를 부여하고 있고 의무고용률(3.1%)에 미달하는 경우 부담금을 부과하므로 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당한다.

   2) 장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 최저임금법상 최저임금액의 100분의 60이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 ‘가산’되어 있고, 특히, 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘기초부담액’은 최저임금법상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로 이는 장애인고용부담금이 ‘징벌’적 성격이 있는 것을 보여주는 것이다.

   3) 또한 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 장애인고용부담금 납부의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세 체납처분의 예에 따라 강제징수할 수 있다(장애인고용법 제37조).

  (나) 장애인고용부담금은 장애인고용법상의 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록 하고 있는 점으로 장애인고용부담금은 손금불산입 대상이다. 기획재정부 또한 유권해석을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면 장애인고용부담금을 「법인세법」제21조 제5호의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하다.

  (다) 또한, 장애인고용부담금이 손금으로 인정될 경우 제도 취지와 달리 장애인 고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하게 되는 역효과 문제가 예상되므로 당초 정책적 목적달성을 저해할 우려도 감안해야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 장애인고용부담금이 「법인세법」제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부

나. 관련 법률 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인은 2019사업연도부터 2023사업연도까지 장애인고용법 제33조에 따라 고용노동부 장관에게 아래 <표2>와 같이 쟁점부담금을 납부하였고, 쟁점부담금이 「법인세법」 제21조 제5호에서 규정하는 손금불산입되는 공과금에 해당하는 것으로 보아 손금 불산입하여 각 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고⋅납부하였다.

<표2> 청구법인의 사업연도별 쟁점부담금 신고·납부내역

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 (2) 기획재정부는 장애인고용법상 장애인고용부담금의 손비인정여부와 관련하여 당초 손비로 인정된다는 취지로 유권해석하였다가, 2018.2.21. 이후 신고·납부하여야 하는 장애인고용부담금부터 손비로 인정하지 않는다는 내용으로 유권해석을 변경하였다.

<표3> 장애인고용부담금에 대한 기획재정부의 유권해석

 (3) 서울행정법원은 장애인고용부담금의 손금산입 대상 여부와 관련하여, 아래 <표4>와 같이 장애인고용부담금은 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금에 해당하지 않아 손금산입 대상이 된다고 판시하였고, 서울고등법원 (2023.12.5. 선고 2023누45325 판결)도 같은 취지로 판결하였다.

<표3> 서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결 주요 내용

 (4) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 공과금에 해당하지 않는다고 주장하나, 「법인세법」상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결)이며, 이때 어떠한 공과금이 「법인세법」제21조 제5호에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한바, 장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점, 장애인고용부담금은 장애인고용법 제33조에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로 이는 「법인세법」 제21조 제5호의 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 보이는 점(조심 2021서711, 2021.8.6. 및 조심 2022서1526, 2022.5.2., 같은 뜻임), 기획재정부도 해석을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.) 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점부담금을 「법인세법」제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금으로 보아 청구법인에게 이 건 경정청구 거부처분을 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법률

(1) 법인세법(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것)

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

  3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 체납처분비

  4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

  5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법(2017.11.28. 법률 제15110호로 개정된 것)

제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다.

제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 특정한 장애인의 능력에 적합하다고 인정되는 직종에 대하여는 장애인을 고용하여야 할 비율을 대통령령으로 따로 정할 수 있다. 이 경우 그 비율은 의무고용률로 보지 아니한다.

④ 제1항에 따른 상시 고용하는 근로자 수 및 건설업에서의 공사 실적액 산정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 50명 이상 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

  1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설·장비의 설치, 수리에 드는 비용

  2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

  3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의4 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 「장애인복지법」 제58조 제1항 제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

  1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

  2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

  3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우

⑧ 사업주는 제5항에 따라 신고한 부담금이 실제 납부하여야 하는 부담금에 미치지 못할 때에는 해당 연도 2월 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고하고 그 부담금의 차액을 추가로 납부할 수 있다.