[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인(묘지 분양대행 및 관리)은 ㈜A로부터 (재)B의 소유토지를 묘지공원으로 조성하는 공사용역(이하 “A”, “B” 및 “쟁점공사”라 한다)을 자신이 공급받은 것으로 하여 세금계산서를 수취한 다음, 이를 다시 B에게 분할․공급한 것으로 하여 세금계산서를 발급하는 한편, 묘지용 석재 판매금 일부는 자신의 계좌로 직접 이체받았고(2022.10.11. 및 2022.11.7. 입금된 OOO원으로, 이하 “쟁점이체”라 한다), 반려동물 추모공원 조성을 위한 환경디자인 개발 명목으로 지출(2020.1.22. 지출한 OOO원으로, 이하 “쟁점지출”이라 한다)하고 수취한 세금계산서의 매입세액은 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.

나. 처분청은 2025.1.17. 및 2025.4.15. 쟁점공사, 쟁점이체 및 쟁점이출 등과 관련하여, 청구법인에게 2019년 제2기부터 2020년 제2기까지의 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지하였다.

 (1) 쟁점공사 : 청구법인은 B과 함께 쟁점공사를 공급받고, 자신이 대표로 세금계산서를 수취한 것으로, 수취하자마자 공동매입자인 B에게 세금계산서를 재발급하였어야 함에도 과소 발급하였다.

 (2) 쟁점이체 : 해당 입금액에 상응하여 매출로 신고한 증빙이 확인되지 않는바, 매출 누락으로 봄이 타당하다.

 (3) 쟁점지출 : 타인(제3자)인 ㈜C(동물장례업 영위)를 대신하여 지급한 것으로, 청구법인의 업무와 관련한 지출은 아니다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.17. 및 2025.6.27. 이의신청을 거쳐, 2025.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 처분청은 청구법인과 B을 쟁점공사의 공동매입자로 보았으나, 그 전제(공동매입)가 성립할 수 없는 이상, 이 건 처분은 그 자체로 위법하다.

  (가) 청구법인은 B과 단순한 협력관계에 있을 뿐, B과 공동사업자로 등록한 적이 없고, 설령 (등록과 무관하게) 실질상 공동사업자로 보려 해도 그에 상응하는 손익분배비율 등 필요한 근거도 전혀 없으며, 게다가 청구법인이 쟁점공사로 조성된 묘지에 대해 어떠한 소유권(지분)도 없는 점까지 고려하면, 쟁점공사를 공동매입으로 보겠다는 전제는 완전히 잘못되었다.

  (나) B의 사정(유동성 부족 등)상, 쟁점공사 비용을 B이 즉시 부담하기 어려워, 청구법인이 (B의 제안에 따라) A을 상대로 쟁점공사를 공급받아 공사비를 지급하되, 이를 다시 B에게 분할․공급한 것으로, 이들 거래는 각각 별도의 독립된 계약을 체결하여 이루어진바, 사실상 하도급 거래의 일종으로 봄이 합리적이고, 앞선 거래(매입: A과 청구법인)와 후속 거래(매출: 청구법인과 B)가 반드시 같은 과세기간에 이루어져야만 하는 것도 아니다.

  (다) 청구법인 입장에서 보면, 분할․재발급함에 따라 공사 초기에는 매입이 매출보다 많지만, 이후 시간 경과에 따라 매출이 증가하여, 전체적(약 6년)으로 보면 매입과 매출은 대체로 일치하는바(단지 귀속시기 차이에 불과하다), 이들 거래를 통해 탈루된 부가가치세가 없었다는 점이 확인되고 탈루할 의사도 전혀 없었다.

  (라) 만약, 쟁점공사와 관련한 세금계산서 수수가 잘못되었다면, 실질효과는 귀속시기 차이에 불과한 점을 감안하여, 납부불성실 가산세 등은 관련하여 수수한 세금계산서 전체(과세기간과 관계없이)를 전부 상계한 다음음 과소 납부한 순액에 한해 적용함이 타당하다.

 (2) 묘지를 분양받더라도 실제 장례는 늦게 이루어지는 경우가 통상적임을 고려하면, 분양당시 판매한 묘지석의 일부 잔금 등을 실제 장례할 때 이체받아 발생한 것일 뿐, 매출 누락으로 보기 어렵다(잔금까지 판매액 전부를 분양당시 매출로 신고한다). 처분청이 이러한 사정을 충분히 고려하지 않은 채, 쟁점이체액의 전부를 매출 누락으로 봄에 따라, 이중과세 등 부당한 결과가 발생하게 되었다.

 (3) 청구법인은 비록 쟁점지출을 할 당시에는 동물장례업을 영위하고 있지 않았지만, 추후 동물장례 분야까지 사업을 확대할 것을 염두해 두고 소액을 관련 디자인용역 발주비로 지출한 것인바, 이를 업무무관 지출로 단정할 수 없다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구법인과 B은 공동의 이해관계를 기초로 A으로부터 쟁점공사를 공급받고, 청구법인이 대표로 세금계산서를 수취하였는바, 그렇다면, 청구법인은 즉시 공동매입자인 B에게 그에 상응하는 세금계산서를 다시 발급하였어야만 했다.

  (가) 쟁점공사의 계약서에는 청구법인은 물론, B도 도급인으로 명시되어 있고, 청구법인이 공사대상 토지의 소유자가 아닌 점(묘지의 분양대행 및 관리자에 불과)까지 고려하면, 토지소유자인 B을 배제한 채, 청구법인이 A으로부터 (묘지를 조성하려는) 쟁점공사 용역을 단독으로 공급받았다고 보기 어렵다.

  (나) 결국, 청구법인은 B과의 사업상 동반자 관계를 기반으로 B을 대신하여 세금계산서를 수수한 것으로, 그 실질은 공동매입자 중 일방이 다른 일방 분을 대신하여 수취한 것과 동일하다고 할 것인바, 그렇다면 후속으로 공동매입자 간에 적절한 세금계산서 재수수가 있었어야 함에도 청구법인은 이를 위반(과소 발급)하였다.

  (다) 청구법인은 하도급 거래로 보아야 한다는 취지로도 주장하나, 청구법인은 건설업 면허가 없는 점(묘지 분양대행 및 관리자에 불과)을 고려하면, A으로부터 건설용역을 공급받아 다시 B에게 건설용역을 공급한 사업자로 볼 수 없음은 당연하다.

 (2) 조사단계에서 쟁점이체액에 대응하는 매출증빙(세금계산서 등 발급 내역)을 수차례 요구하였음에도, 청구법인은 이를 입증할 만한 적격 증빙 등 객관적 자료를 제시하지 못한바, 쟁점이체액을 매출누락으로 추정한 것은 정당하다.

 (3) 조사단계에서 청구법인 스스로 쟁점지출이 ㈜C의 비용을 대납한 것임을 인정하였는바, 쟁점지출을 청구법인의 업무무관 지출로 보아 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ① 청구법인이 쟁점공사와 관련한 세금계산서를 적법하게 수수하였는지 여부[세금계산서 수취 후 과소 (분할)발급 등 여부]

 ② 쟁점이체 금액의 매출 누락 해당 여부

 ③ 쟁점지출 금액의 업무무관지출 해당 여부

나. 관련 법령 : <별지> 참조

다. 사실관계 및 판단

 (1) 처분청이 판단한 쟁점공사와 관련한 거래구조는 아래 <그림>과 같은데, 이에 따르면 쟁점공사의 공급자는 A, 공급받는 자는 청구법인과 B인데, 청구법인이 대표로 세금계산서를 수취한 이상, 청구법인은 B에게 그에 상응한 세금계산서(공급일자 동일)를 재발급하였어야 함에도 (임의로) 과소 (분할)발급하였다는 의견이다.

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 (2) 처분청은 청구법인과 B이 함께 쟁점공사를 공급받았다고 판단한 근거로, ①쟁점공사 계약서상 도급인에 청구법인과 B이 함께 기명 날인되어 있다는 점과 ②청구법인이 B 소유의 기존 묘지에 관리용역 등을 공급하는 등 양자 간에는 공동의 이해관계가 있다는 점을 제시하였고, 손익분배비율은 명목상 나타나지 않지만, 청구법인이 B에 세금계산서를 분할․발급하는 과정에서 이윤이 포함되었기에 이를 손익분배비율로 볼 수 있다는 의견을 제시하였다.

 (3) 쟁점공사 관련 세금계산서 수수를 하도급 거래의 일종으로 보아야 한다는 청구주장에 대하여, 처분청은 청구법인이 공사를 공급받아 다시 공사를 공급할 지위가 아니라면서 근거로, A은 건설업면허가 있지만 청구법인은 건설업면허가 없다는 점을 제시하였다.

 (4) 쟁점이체와 관련하여, 처분청은 수차례 요구에도 불구하고, 청구법인으로부터 쟁점이체 금액에 해당하는 적격 매출 증빙(세금계산서 발급 등) 등을 제시하지 못했다는 점을 제시하였다.

 (5) 쟁점지출과 관련하여, 처분청은 당초 매입세액불공제와 함께 손금부인 및 대표자상여 (소득)처분도 하였는데, 소득처분 부분은 청구법인이 ㈜C의 실제 비용을 대납한 사실이 인정되었기 때문에 인용되었다면서, 타인의 지출을 대납한 이상, 청구법인의 업무 관련 지출은 될 수 없다는 점을 제시하였다.

 (6) 청구주장 입증을 위해 제시된 자료는 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 쟁점공사 등과 관련하여, 과세기간 별로 인식한 매입/매출 현황을 제시하면서, 인식 시점상의 차이만 존재할 뿐, 실질상으로는 매출 누락으로 볼 수 없다고 주장한다.

  (나) 쟁점공사의 실질 도급인(공급받은 자)은 청구법인(단독)이 되어야 한다면서, 그 근거로 ①공동날인 외에는 계약서상 도급인을 다수(2개 업체)로 하겠다는 내용이나 흔적이 없는 점 ②오히려 계약서 특약(제5조 제1항 : 도급인 의무 관련) 등에 따르면, 공사도급인으로 청구법인만 언급하고 있는 점 등을 제시하였다.

  (다) 쟁점공사 계약서(표준도급계약서) 도급인 란에 청구법인과 B의 날인이 함께 기재된 것과 관련하여, 도급계약의 실질과 무관하게 부득이한 측면(A이 B을 도급자에 포함시켜야 법인묘지 설치 허가를 받을 수 있다며 요구)이 있었다면서, ｢장사 등에 관한 법률｣ 제14조 제5항을 제시하였다.

  (라) 공동사업으로 보려면, 공동사업자 간의 이익분배비율 등이 설정되어야 함은 필수적인데, 이에 부합하는 근거가 없다는 점을 제시하면서, 처분청 의견(청구법인이 B에 세금계산서를 발급할 때 발생하는 이익을 분배로 볼 수 있다)에 대해서는, 그 이익은 묘지 등 관리용역에 대한 대가일 뿐, 쟁점공사상 이익 배분은 아니라는 입장이다(쟁점공사와 관련하여 청구법인은 실질상 중간 역할을 하였을 뿐, 실질적인 이득을 얻은 것은 없다는 취지).

  (마) 또한, 이 사건 쟁점공사 관련 거래를 공급받는 자(명의자)와 이후 그 공급을 실제로 소비하는 자가 다른 경우로 볼 수도 있다면서 근거로 ｢부가가치세법 시행령｣ 제69조 제14항을 제시하였는데, 쟁점공사의 공급자인 A이 계약상 명의자(공급받는 자인 청구법인)에게 세금계산서를 교부하고, 이후 그 명의자가 실제 소비자(B)에게 세금계산서를 교부한 것으로, 양자 간의 시간적 차이는 공사 전체를 보면 일치하기에 누락된 부가가치세는 없다고 주장한다.

 (7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대해 보건대, 청구법인은 A으로부터 쟁점공사 용역을 공급받아(매입), 이를 다시 B에게 장기간 분할․공급한 것(매출)으로, 이들 매입․매출은 별도의 독립된 거래에 해당하므로 공급시기 등은 반드시 일치되어야 하는 것은 아니라고 주장하나,

  토지를 묘지공원으로 조성하는 쟁점공사 용역을 실제로 공급받은 자는 (청구법인이 아닌) 토지소유자인 B으로 보일 뿐, 청구주장은 청구법인이 건설업 면허가 없어 공사용역을 공급할 지위에 있지 않아 받아들이기 어려울 뿐만 아니라, 실질적으로도 쟁점공사와 관련하여, 청구법인이 (A이 수행한 공사 외에) 추가로 수행한 부분 등은 달리 나타나지 않는바, 결국 이 사건 세금계산서 수수는 B의 자금 사정 등을 원인으로, 청구법인이 B을 대신하여 공사대금을 지급하되 이후 장기간에 걸쳐 그 자금을 분할․회수하려는 것으로 보여 실질상으로는 자금거래의 성격으로 봄이 타당할 것이다.

  다만, 처분청이 청구법인과 B 간의 공동 이해관계 등을 고려하여, 청구법인의 매입을 부인하지 않고, 청구법인이 B을 대표하여 A으로부터 세금계산서를 수취한 것으로 인정한 이상, 청구법인은 B에게 그 매입에 상응하는 매출세금계산서를 발급하였어야 함에도 이를 과소 발급하였는바(실매입자를 대표하여 세금계산서를 수취한 것임에도, 이후 매출세금계산서의 발급시기를 앞선 매입세금계산서 수취와 별도로 판단할 수 있다고 보면, 재화/용역의 공급시기와 손익의 귀속시기 등을 임의로 조작할 수 있어 이를 용인하기 어렵다), 처분청이 쟁점공사와 관련하여 청구법인이 B에게 발급하여야 할 매출세금계산서를 과소 발급한 것으로 보아 청구법인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  한편, 청구법인은 매출세금계산서를 과소 발급한 것으로 보더라도, 이후 과세기간에는 과다 발급하였기에 전체적인 효과는 공급시기 차이에 불과하다면서, 납부지연가산세는 과세기간별로 구분하지 않고, 전체를 상계하여 과소 납부된 순액 기준으로 부과되어야 한다고도 주장하였으나, ｢국세기본법｣ 제47조의4 제6항에 따라 과세기간을 잘못 적용하여 먼저 과다 납부하고, 이후 과소 납부한 경우에는 앞서 과다 납부한 분을 이후 과소 납부한 분의 선납으로 볼 수 있겠으나, 이 건의 경우 이에 해당하지 않아(청구주장에 따르면, 먼저 과소 납부하고 이후에 과다 납부한 것이 된다), 그 부분 청구주장 또한 받아들이기 어렵다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대해 보건대, 청구법인은 쟁점이체 금액에 상당하는 매출이 이미 신고한 매출액에 포함되어 있을 것인데도, 이를 충분히 고려하지 않은 채, 쟁점이체 금액을 매출 누락으로 단정하여 이중과세 등 부당한 문제가 발생하였다고 주장하나,

  처분청은 조사 단계에서 쟁점이체 금액이 매출로 인식되었음을 나타내는 객관적인 증빙 자료(세금계산서 등의 발급 내역)를 수차례 요구하였으나, 청구법인이 제시하지 못한 이상, 청구주장은 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

  (다) 마지막으로 쟁점③에 대해 보건대, 청구법인은 쟁점지출에 대해 향후 동물 장례 분야까지 사업을 확대할 것을 염두한 것이라면서 업무 무관 지출로 단정할 수 없다고 주장하나,

  이 건 심판청구에 앞선 이의신청에서 청구법인 스스로 쟁점지출에 대해, 제3자인 ㈜C의 업무상 지출을 대납한 것이라고 주장하여 일부 인용(당초 처분청은 쟁점지출을 업무무관 지출로 보아 손금 부인과 함께 불분명 사외유출된 것으로 보아 청구법인의 대표자상여로 소득처분하였으나, 이의신청에서 쟁점지출의 실귀속자가 제3자로 인정됨에 따라 소득처분 부분은 인용되었다)되었던 바, 이미 제3자의 업무지출로 인정된 상황에서, 변경된 청구주장만으로 그와 달리 판단하기 어렵고, 쟁점지출을 제3자의 업무지출로 인정함과 동시에 청구법인의 업무지출로도 인정하게 되면 이중으로 손금을 인정하는 모순이 발생하는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점지출을 청구법인의 업무무관 지출로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.

<별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법

제32조(세금계산서 등) ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

⑥ 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매 등 대통령령으로 정하는 경우에는 제1항에도 불구하고 해당 재화 또는 용역을 공급하는 자이거나 공급받는 자가 아닌 경우에도 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급하거나 발급받을 수 있다.

제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

제77조(사업과 직접 관련이 없는 지출) 법 제39조제1항제4호에 따른 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 「소득세법 시행령」 제78조 또는 「법인세법 시행령」 제48조, 제49조제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따른다.

(2) 부가가치세법 시행령

제69조(위탁판매 등에 대한 세금계산서 발급) ② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 법 제32조 제6항에 따라 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한다. 이 경우 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 덧붙여 적어야 한다.

⑭ 「전기사업법」에 따른 전기사업자가 전력을 공급하는 경우로서 전력을 공급받는 명의자와 전력을 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 그 전기사업자가 전력을 공급받는 명의자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하고 그 명의자는 발급받은 세금계산서에 적힌 공급가액의 범위에서 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급하였을 때(세금계산서의 발급이 면제되는 경우로서 재정경제부령으로 정하는 경우에 그 세금계산서를 발급하였을 때를 포함한다)에는 그 전기사업자가 전력을 실제로 소비하는 자를 공급받는 자로 하여 세금계산서를 발급한 것으로 본다.

⑮ 동업자가 조직한 조합 또는 이와 유사한 단체가 그 조합원이나 그 밖의 구성원을 위하여 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 경우와 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」에 따른 공동 도급계약에 의하여 용역을 공급하고 그 공동 수급체의 대표자가 그 대가를 지급받는 경우 및 「도시가스사업법」에 따른 도시가스사업자가 도시가스를 공급할 때 도시가스를 공급받는 명의자와 도시가스를 실제로 소비하는 자가 서로 다른 경우에 관하여는 제14항을 준용한다.

(3) 국세기본법

제47조의4(납부지연가산세) ① 납세의무자(연대납세의무자, 납세자를 갈음하여 납부할 의무가 생긴 제2차 납세의무자 및 보증인을 포함한다)가 법정납부기한까지 국세(「인지세법」 제8조제1항에 따른 인지세는 제외한다)의 납부(중간예납ㆍ예정신고납부ㆍ중간신고납부를 포함한다)를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부(이하 “과소납부”라 한다)하거나 환급받아야 할 세액보다 많이 환급(이하 “초과환급”이라 한다)받은 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 가산세로 한다. (각 호 생략)

⑥ 국세(소득세, 법인세 및 부가가치세만 해당한다)를 과세기간을 잘못 적용하여 신고납부한 경우에는 제1항을 적용할 때 실제 신고납부한 날에 실제 신고납부한 금액의 범위에서 당초 신고납부하였어야 할 과세기간에 대한 국세를 자진납부한 것으로 본다. 다만, 해당 국세의 신고가 제47조의2에 따른 신고 중 부정행위로 무신고한 경우 또는 제47조의3에 따른 신고 중 부정행위로 과소신고ㆍ초과신고 한 경우에는 그러하지 아니하다.

(4) 장사 등에 관한 법률

제14조(사설묘지의 설치 등) ⑤ 시장등은 묘지의 설치ㆍ관리를 목적으로 「민법」에 따라 설립된 재단법인에 한정하여 법인묘지의 설치ㆍ관리를 허가할 수 있다.