1. 처분개요

가. 청구법인은 2001.3.15. 설립되어 서울특별시 송파구 OOO에서 철근콘크리트 공사 등 건설업을 주요 사업으로 영위하는 법인사업자이다.

나. 청구법인은 2019사업연도 중 상시 100명 이상의 근로자를 고용한 사업주로서 「장애인고용촉진 및 직업재활법」(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제28조에 따라 근로자의 총수의 100분의 5 범위에서 대통령령이 정하는 비율 이상의 장애인을 의무적으로 고용하여야 하나, 의무고용률에 미치지 못하여 같은 법 제33조에 따라 납부한 장애인고용부담금 OOO원을 2019사업연도 법인세 신고 시 손금불산입하였다.

다. 청구법인은 2025.2.20. 처분청에 2019사업연도에 신고한 장애인고용부담금은 손금에 산입되는 ‘세금과 공과금’에 해당한다고 보아 2019사업연도 장애인고용부담금에 대한 법인세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.3.7. 청구인의 경정청구에 대해 거부처분을 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.23. 이의신청을 거쳐 2025.10.16. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

 (1) 청구법인이 2019사업연도 손금불산입으로 신고한 장애인고용부담금은 「법인세법」 제19조에 따른 손금산입 요건을 충족한다.

  (가) 장애인고용부담금은 사회정책적 목적을 위해 부과되는 법정부담금으로서 최근 법원 판례(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결, 서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결)에 따라 손금에 산입되는 세금과 공과에 해당한다.

  (나) 「법인세법」 제21조에 손금불산입대상 공과금은 ‘벌금, 과료, 과태료, 가산금, 체납처분비 등’으로 한정하고 있으며, 장애인고용부담금은 성격상 장애인고용의무를 이행하지 않은 사업주에게 부과되는 일종의 제재적 성격은 있으나, 법률상 ‘벌금, 과료, 과태료, 가산금, 체납처분비’에 해당하지 않는다. 최근 서울고등법원(2023누45325)도 ‘장애인고용부담금은 사회정책적 목적을 위해 부과되는 부담금으로, 벌금 등 손금불산입 공과금에 해당하지 않는다’라고 판시하였다.

  (다) 법원은 택지초과부담금의 손금산입여부를 다투는 판결에서 구「법인세법」(1998.12.28. 법률 제5581호로 전부개정되기 전의 것) 제16조 제5호에 대해 원칙적으로 공과금이 손금에 산입됨을 전제로 하고, 예외적으로 손금에 산입되지 않는 공과금의 범위와 종류를 대통령령에서 위임한 것으로 보아야 한다고 판시(대법원 2024.3.18. 선고 2001두1949 판결)하였으므로, 법률에 손금불산입대상으로 명시하지 않은 공과금은 원칙적으로 손금에 산입된다고 보아야 한다.

  (라) 장애인고용부담금은 환경개선부담금, 교통유발부담금과 같이 기업활동에 필히 수반되는 법정 의무 비용으로서 기업의 수익 창출에 직접 관련된 비용인점을 고려할 필요가 있다.

 (2) 장애인고용부담금의 손금불산입은 사실상 이중 제재로 헌법상 과잉금지 원칙에 반하며 업종별 특수성을 고려하지 않아 형평의 원칙에 어긋난다.

  (가) 장애인고용부담금은 의무불이행 시 경제적 부담을 주어 장애인고용을 간접적으로 유도하고 이를 촉진하기 위한 정책임에도 손금으로 인정하지 않을 경우 부담금과 함께 2차적 세금부담까지 안게 되어 사실상 이중 제재에 해당하므로 헌법상 과잉금지원칙에 반한다.

  (나) 청구법인은 철근콘크리트공사 전문건설 중소업체로 장애인을 현장직으로 채용할 경우 업무효율성이 크게 떨어지는 등 장애인을 고용할 수 없는 업종별 특수성으로 이해 부득이 장애인고용부담금을 납부하였으나, 납부한 장애인고용부담금을 손금으로 인정하지 않는 경우 업종별 특수성을 고려하지 않은 이중 불이익에 해당하므로 과잉금지원칙 및 기업간 형평의 원칙에 반한다.

나. 처분청 의견

 (1) 「법인세법」 제21조 제5호는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’을 손금불산입대상으로 규정하는바, 장애인고용의무 불이행에 대한 징벌적 성격을 갖고 있는 장애인고용부담금은 법령 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금에 해당한다.

  (가) 장애인고용법은 사업주에게 장애인고용률 준수 의무를 부여하고, 의무고용률에 미달하는 경우 부담금을 부과하므로 장애인고용부담금은 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당한다.

  (나) 장애인고용부담금 산정의 중요한 요소인 ‘부담기초액’은 「최저임금법」상 최저임금액의 100분의 60 이상 범위에서 장애인고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 가산되고 있고, 특히 장애인고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로써 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우 ‘부담기초액’은 「최저임금법」상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로 이는 장애인고용부담금이 ‘징벌’적 성격을 갖고 있음을 나타낸다.

  (다) 장애인고용부담금은 조세와 마찬가지로 공법상 금전지급의무에 해당하므로 장애인고용부담금을 납부할 의무가 있는 자가 그 의무를 이행하지 아니하였을 때 국세 체납처분의 예에 따라 강제 징수할 수 있다.

  (라) 어떠한 공과금이 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지․제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제․개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언), 공과금 부과의 요건과 절차 등 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당하다.(서울고등법원 2020.1.31. 선고 2019누35635 판결도 같은 입장)

  (마) 기획재정부도 장애인고용부담금을 「법인세법」 제21조 제5호의 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금으로 해석하였다. (기획재정부 법인제세과-145, 2018.02.21.)

 (2) 장애인고용부담금을 손금으로 인정할 경우 그 손금이 반영된 법인세 상당액을 사실상 국가가 보조하는 효과 또는 제재의 효과를 경감시키는 결과를 초래하여 장애인고용을 기피하고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 선택하는 등 장애인고용 증진이라는 정책 목적 달성을 저해할 우려가 있으므로 장애인고용부담금을 손금산입하지 않는 것이 타당하다.

 (3) 「법인세법」상 공과금은 ‘국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담’으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 사업경비의 성격을 띠는 것으로 손금에 산입됨이 원칙이나, 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 목적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않는 경우에는 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것이 소득에 대한 과세로서의 법인세법의 본질 및 구조에 부합한다(대법원 2004.03.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결 참조).

 (4) 신청법인이 제시한 판결(서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325)은 현재 대법원에 계류(대법원 2024두30809)되어 심리가 진행 중이므로 대법원 확정판결이 있기 전에는 장애인고용부담금이 손금불산입 대상에 해당하는지 여부를 법원이 판단한 것으로 볼 수 없다.

3. 조사내용

가. 쟁점

  장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호에 따른 손금불산입 대상 공과금에 해당되는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 법인세법

  (가) 2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것

제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

3. 벌금, 과료(통고처분에 따른 벌금 또는 과료에 상당하는 금액을 포함한다), 과태료(과료와 과태금을 포함한다), 가산금 및 강제징수비

4. 법령에 따라 의무적으로 납부하는 것이 아닌 공과금

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

  (나) 1998.9.16. 법률 제5553호로 개정된 것

제16조(손금불산입) 다음 각 호에 게기하는 손비는 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.

5. 대통령령이 정하는 공과금

 (2) 법인세법 시행령

  (가) 2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정된 것

제19조(손비의 범위) 법 제19조 제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

10. 제세공과금

  (나) 법인세법 시행령(1997.11.29. 대통령령 제15516호로 개정된 것)

제25조(공과금의 범위) ① 법 제16조 제5호에서 “대통령령이 정하는 공과금”이라 함은 다음 각호의 것(특별회비를 제외한다)을 제외한 공과금을 말한다.

32. 장애인고용촉진등에관한법률에 의하여 납부하는 장애인고용부담금

 (3) 장애인고용촉진 및 직업재활법

제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 “의무고용률”이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다.

제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 「최저임금법」에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설・장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

제37조(독촉 및 체납처분) ① 고용노동부장관은 부담금, 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부 의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다.

② 고용노동부장관은 제1항에 따라 독촉을 하는 경우에는 독촉장을 발부하여야 한다. 이 경우에는 10일 이상의 납부 기간을 주어야 한다.

③ 제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부 기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.

제86조(과태료) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 200만원 이하의 과태료를 부과한다.

1. 제33조 제5항에 따른 신고를 하지 아니하였거나 거짓된 신고를 한 때

다. 사실관계 및 판단

 (1) 이 건 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실들이 나타난다.

  (가) 청구법인이 제출한 장애인고용부담금 신고서의 의하면 청구법인은 2018년 상시 100명 이상의 근로자를 고용한 사업주로서 장애인고용법 제33조에 따라 장애인고용률이 의무고용률에 미치지 못하여 아래 <표>와 같이 장애인고용부담금 합계 OOO원을 2019.1.30. 한국장애인고용공단 서울동부지사에 신고·납부 하였다.

<표> 청구법인의 2018년 고용현황 및 장애인고용부담금 산출내역

○○○

  (나) 청구법인이 국세청에 신고한 내역 및 청구법인이 제출한 삼성세무서 안내문에 의하면 청구법인은 2019사업연도 법인세 신고 시 장애인고용부담금을 세무조정하지 않고 법인세 신고를 하였으나, 2020.8.25. 당시 관할세무서인 삼성세무서가 장애인고용부담금을 손금불산입하지 않은 이유에 대한 해명을 요청하자 2020.8.25. 장애인고용부담금을 손금불산입하여 수정신고 하였다.

  (다) 청구법인이 제출한 경정청구서에 의하면 청구법인은 2025.2.20. 장애인고용부담금이 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입대상 공과금에 해당하지 않는다고 보아 이를 손금산입하여 기납부한 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였다.

  (라) 처분청의 경정청구 처리결과 통지서와 이의신청 결정서에 의하면 처분청은 2025.3.7. “청구법인이 손금산입 청구한 장애인고용부담금은 「법인세법」 제21조 제5호에 의거 손금불산입되는 공과금에 해당하므로 청구주장 이유 없다고 판단됨에 따라 기각하고자 합니다.”라는 처리 사유를 기재한 경정청구 처리결과를 통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2025.6.4. 처분청에 경정청구 기각 처분에 대한 이의신청을 제기하였으나, 처분청은 2025.7.23. 국세심사위원회의 심의를 거쳐 이의신청 기각결정을 하였다.

 (2) 장애인고용부담금에 대한 기획재정부(현재 재정경제부) 유권해석은 아래와 같다.

 (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다.

  (가) 「법인세법」상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적 부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이나, 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결, 같은 뜻임)이며, 이때 어떠한 공과금이 「법인세법」 제21조 제5호에 따라 손금불산입 대상이 되는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반을 이유로 부과되는 공과금’에 해당되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무 불이행의 내용, 근거 법령의 제・개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용, 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단하여야 하는 것이다.

  (나) 「장애인고용촉진 및 직업재활법」은 장애인의 인간다운 생활을 위해 고용촉진 및 직업재활이 이루어질 수 있도록(제1조) 각 사업주에게 장애인고용의무의 이행을 강제하면서(제28조) 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록(제33조) 하는 점, 장애인고용부담금은 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로 이는 「법인세법」 제21조 제5호의 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 보이는 점(조심 2025서3489, 2025.12.23. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 이 건 장애인고용부담금을 「법인세법」 제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.