1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2024. 1. 8. 원고에 대하여 한 부가가치세 1,015,717,780원(가산세 포함)의 부과처분은 무효임을 확인한다.

가. 원고는 2016. 4. 22. 부가가치세 면세사업자(주택신축판매업) 사업자등록을 하고, ○○ ○○구 ○○동 341-38에 지하 1층 지상 14층 규모의 오피스텔 52호(이하 ‘이 사건 오피스텔’)를 신축하고 분양을 마친 후 2016. 12. 31. 폐업하였으며, 2016년 제1기 및 제2기 과세기간 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

나. ○○지방국세청장(이하 ‘조사청’)은 2022. 5. 9.부터 2022. 5. 28.까지 원고에 대한 개인통합조사(조사대상기간 2016. 1. 1. ∼ 2016. 12. 31.)를 실시하여(이하 ‘이 사건 조사’), 이 사건 오피스텔 공급이 조세특례제한법제106조 제1항 제4호에서 규정한 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급에 해당하지 아니함에도 원고가 이 사건 오피스텔 매출에 대한 부가가치세를 무신고한 것으로 보아 2016년 제2기 부가가치세 등에 대한 세무조사 결과를 통지하였다. 이에 따라 피고는 과세전적부심사 청구의 기회를 부여함 없이 2022. 5. 27. 원고에게 2016년 제2기 부가가치세 1,015,717,780원을 결정하였다(이하 ‘당초 처분’).

다. 원고는 2022. 12. 20. 조사청에 위 당초 처분에 대하여 이의신청을 하였고, 조사청은 2023. 3. 8. 별지 기재와 같은 이유로 원고의 이의신청을 인용함에 따라 당초 처분이 취소되었다.

라. 조사청은 2023. 10. 16. 원고에게 이 사건 조사 결과를 재통지하였고, 원고는 2023. 11. 10. 과세전적부심사청구를 하였으나, 2023. 12. 20. 불채택으로 결정되었다.

마. 피고는 2024. 1. 8. 원고에게 2016년 제2기 부가가치세 1,015,71717,780원(가산세 포함)을 결정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 2, 4, 5호증, 을 1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

   이 사건 처분에는 다음과 같은 하자가 있고, 그 하자는 중대‧명백하다. ① 원고는 부가가치세 신고대상임을 몰라서 과세표준신고서를 제출하지 않은 것이기 때문에 7년(국세기본법 제26조의2 제2항 제1호)이 아니라 5년(국세기본법 제26조의2 제1항)의 부과제척기간의 적용되어야 하는바, 이 사건 처분은 5년의 부과제척기간이 도과한 2024. 1. 8. 이루어졌다. ② 원고는 통지서 수령을 회피하지 않아 송달 예외사유가 부존재 하는데, 이 사건 조사결과 재통지는 법률로 정한 세무조사결과통지기간 20일을 훨씬 도과하여 이루어졌으며, 원고가 과세전적부심사결과 통지를 받기 전에 이 사건 처분이 이루어졌다.

 나. 관계 법령

   ■ 국세기본법

제26조의2(국세의 부과제척기간)

① 국세를 부과할 수 있는 기간(이하 "부과제척기간"이라 한다)은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다. 다만, 역외거래[「국제조세조정에 관한 법률」 제2조제1항제1호에 따른 국제거래(이하 "국제거래"라 한다) 및 거래 당사자 양쪽이 거주자(내국법인과 외국법인의 국내사업장을 포함한다)인 거래로서 국외에 있는 자산의 매매ㆍ임대차, 국외에서 제공하는 용역과 관련된 거래를 말한다. 이하 같다]의 경우에는 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 한다.

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기간을 부과제척기간으로 한다.

1. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우: 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년(역외거래의 경우 10년)

제81조의12(세무조사의 결과 통지)

① 세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 다음 각 호의 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다. 다만, 납세관리인을 정하지 아니하고 국내에 주소 또는 거소를 두지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

제81조의15(과세전적부심사)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(과세전적부심사)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다.

1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다.

3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

 다. 판단

 1) 과세처분이 당연무효라고 하기 위해서는 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다(대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두34848 판결 등 참조).

 2) 다음의 사정을 종합하면 이 사건 조사 결과가 2023. 10. 16. 재통지 되었고, 이 사건 처분 이후 과세전적부심사 결과가 원고에게 송달되었더라도 이를 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 주장은 이유 없다.

   ① 1984. 8. 7. 법률 제3746호로 개정되기 이전의 국세기본법은 제27조 및 제28조에서 국세징수권의 소멸시효에 관하여 규정하고 있었을 뿐 국세부과권에 관하여는 아무 규정도 두고 있지 않다가, 아무리 납세의무자를 비난할 여지가 있더라도 조세채권이 영구 무한히 간다는 것은 곤란하다는 생각에서 위 개정으로 국세부과권의 제척기간에 관한 제26조의2 규정이 신설되었다.

이는 조세법률관계를 신속히 확정짓기 위한 것으로, 납세인구가 늘어나고 과세대상인 경제거래가 다양해지면서 조세체계가 고도로 전문화되고 복잡해져 조세채권·채무관계를 언제까지나 불확정한 상태로 둔다면 조세법률관계가 불안정하게 되어 바람직하지 않게 되므로, 이러한 점을 고려하여 납세의무자의 법적 안정을 기하는 동시에 일정 기간의 경과로 국가가 과세권을 행사하는 데 있어서의 어려움을 해소하려는 데에 그 입법취지가 있다고 할 것이다(헌법재판소 2002. 12. 18. 선고 2002헌바27 전원재판부 결정 등 참조).

원고는 2016년 제2기 부가가치세 과세표준신고를 하지 않았고, 이는 납세자가 과세표준신고를 하여야 할 의무가 있음에도 그 신고를 하지 않은 무신고에 해당한다. 국세부과권의 제척기간에 관한 제26조의2 규정의 문언 및 체계, 위 입법연혁 및 취지 등에 비추어 보면, 설령 원고가 부가가치세 신고대상임을 몰라서 과세표준신고서를 제출하지 않았더라도, 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 이상 그 부가가치세의 부과제척기간은 5년이 아닌 7년으로 보아야 한다.

   ② 세무조사결과통지는 과세전적부심사의 전제 조건으로 기능한다는 점에 그 의의가 있으므로, 원고가 당초 처분에 대하여 이의신청을 하였고, 이 사건 조사 결과통지서(갑 3호증)를 적법하게 송달받아 실제 2023. 11. 10. 과세전적부심사를 청구한 이상, 이 사건 조사결과 재통지로 인해 원고의 절차적 권리가 침해당하였다고 볼 수 없다(설령 원고 주장대로 원고가 각 통지서 수령을 회피한 적이 없더라도, 이 사건에서 과세관청이 원고의 과세전적부심사의 기회를 의도적으로 배제하기 위하여 과세권을 남용한 것이라고 볼 아무런 근거가 없으므로, 달리 볼 것은 아니다).

   ③ 과세전적부심사제도는 과세처분을 하기 전에 과세할 내용을 미리 납세자에게 통지하고 그 내용에 이의가 있는 납세자로 하여금 과세관청에 적법심사를 청구할 수 있도록 함으로써 납세자 권리구제의 실효성을 제고하기 위하여 마련된 절차이다. 납세자는 과세전적부심사를 청구하여 과세처분 전에 자신의 의견을 진술할 기회를 가질 수 있고, 이에 따라 과세관청은 사전에 위법·부당한 과세처분을 스스로 시정할 수 있게 되는바, 이러한 과세전적부심사제도는 과세처분에 관한 사전적·예방적 권리구제절차라는 데에 그 취지가 있다.

원고는 과세전적부심사를 청구하여 과세처분 전에 자신의 의견을 진술할 기회를 가졌고, 피고는 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항 본문1)에 따라 과세전적부심사 결정이 있었던 2023. 12. 20.까지 해당 과세처분을 유보하였다가 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분에 위 규정에 위반한 절차적 하자가 존재한다고 볼 수 없다.

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1) 국세기본법 시행령 제63조의15(과세전적부심사의 범위 및 청구 절차 등)

④ 법 제81조의15 제2항에 따라 과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보(留保)하여야 한다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 기각한다.