1. 처분의 경위

가. 원고는 2021. 9. 10. 한국토지주택공사 등에 ① 하남시 ◇◇◇◇ 대 85㎡, ② 같은 동 대 57㎡, ③ 같은 동 전 4㎡, ④ 같은 동 대 51㎡(이하 위 ① 내지 ④ 토지를 합하여 ‘이 사건 나머지 토지’라 한다), ⑤ 같은 동 대 600㎡(이하 ‘이 사건 쟁점 토지’라 한다)에 관하여 2021. 8. 25. 자 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었는데, 그에 따른 다음 표 기재와 같은 양도대금 ㅇㅇㅇ원은 구 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(2022. 2. 3. 법률 제18828호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항 단서에 따라 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상받기로 하였다.

나. 원고는 2021. 8. 25.경 피고에게 이 사건 나머지 토지 및 이 사건 쟁점 토지 중 401/600 지분(양도가액 ㅇㅇㅇ원)의 양도에 대하여 양도가액을 ㅇㅇㅇ원, 취득가액을 ㅇㅇㅇ원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 ㅇㅇㅇ원을 예정신고ㆍ납부하면서, 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제77조의2 제1항에 따른 ㅇㅇㅇ원의 세액감면을 신청하였다.

다. 원고는 2021. 11. 30.경 피고에게 이 사건 쟁점 토지의 양도대금 중 나머지 ㅇㅇㅇ원에 대하여 구 조특법 제77조의2 제1항에 따른 과세이연을 신청하였다.

라. 피고는 2024. 10. 7.부터 2024. 10. 26.까지 원고에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후, ① 하남시 ◇◇◇◇ 대 51㎡의 취득가액 및 장기보유특별공제를 정정하고 ② 이 사건 쟁점 토지에 대하여 구 조특법 제77조의2 제1항에 따른 세액감면과 과세이연이 중복으로 적용될 수 없다고 보아 2024. 11. 5. 원고에게 양도가액을 ㅇㅇㅇ원, 취득가액을 ㅇㅇㅇ원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 ㅇㅇㅇ원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

구 조특법 제127조 제7항 단서는 ‘토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용 받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다’고 규정하고 있는데, 구 조특법 제77조의2 제1항의 세액감면 규정과 같은 항의 과세이연 규정은 구 조특법 제127조 제7항 단서에서 규정하는 다른 감면규정이므로, 이 사건 쟁점 토지에 대하여 중복되지 않는 범위 내에서 구 조특법 제77조의2 제1항의 세액감면 규정과 같은 항의 과세이연 규정이 모두 적용될 수 있다. 설령 이 사건 쟁점 토지에 대하여 중복되지 않는 범위 내에서도 구 조특법 제77조의2 제1항의 세액감면과 같은 항의 과세 이연 중 하나만 선택해야 한다고 하더라도, 피고는 자의적으로 세액감면만 적용하고과세이연을 부인하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 판단

앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을종합하여 보면, 이 사건 쟁점 토지의 양도에 대하여 구 조특법 제77조의2 제1항의 세액감면 규정이 적용된 이상, 이 사건 쟁점 토지의 양도에 대하여 같은 항의 과세이연 규정이 적용될 수 있다고 보기 어렵다. 따라서 이와 같은 전제에서 선 이 사건 처분이위법하다고 할 수 없다.

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 참조).

2) 구 조특법 제127조는 ‘중복지원의 배제’에 관하여 규정하고 있는데, 같은 조 제7항은 본문에서 ‘거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다’고 규정하고 있고, 단서에서 ‘다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다’고 규정하고 있다.

이와 같이 구 조특법 제127조 제7항 단서는 같은 항 본문의 예외라는 규정 형식을 취하고 있는데, 구 조특법 제127조 제7항 본문은 ‘거주자가 토지등을 양도하여 둘이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우’를 전제로 하고 있는 점에다가,

구 조특법 제127조 제2항 등 같은 조의 다른 조항들도 조세혜택의 중복지원인지 여부에 관하여 투자자산(제2항), 사업장(제5항) 등을 기준으로 조세혜택의 중복 여부를 판단하면서, 하나의 투자행위 등이 수개의 조세혜택의 요건을 동시에 충족하는 경우 하나의 혜택만 지원받을 수 있음을 규정하고 있는 점 등을 더하여 보면, 구 조특법 제127조 제7항 단서는 같은 항 본문의 위 전제 요건(거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우) 충족을 전제로 한다고 해석하는것이 자연스럽다.

3) 구 조특법 제77조의2 제1항은 ‘거주자가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ’토지보상법‘이라 한다)에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 “대토보상”이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수있다’고 규정하여 그 문언상 거주자로 하여금 토지보상법에 따른 공익사업의 시행으로 일정한 시기 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 대토보상받는 부분에 대하여 세액감면 또는 과세이연 중 하나를 선택하도록 규정하고 있다. 구 조특법 제77조의2는 위 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 대토보상받는 부분 중 일부분에 대하여 세액감액을 선택하고 나머지 부분에대하여 과세이연을 선택하는 것을 명시적으로 허용하고 있지도 않다.

같은 조 제3항도 ‘제1항에 따라 양도소득세를 감면받거나 과세이연받은 거주자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면받거나 과세이연받은 세액 및 이자 상당 가산액을 양도소득세로 납부하여야 한다’고, 같은 조제4항도 ‘제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다’고 각 규정하여 구 조특법 제77조의2 제1항의 세액감면과 같은 항의 과세이연이 동시에 적용될 수 없다는 전제에서 규정하고 있다. 구 조세특례제한법 시행령(2024. 2. 29. 대통령령 제34263호로 개정되기 전의 것) 제73조 제1항, 제4항, 제5항, 제6항도 같은 전제에서 규정하고 있다.

조세특례제한법 제77조의2는 ‘대토보상에 대한 양도소득세 과세특례’에 관하여 ①양도소득세 세액감면(100분의 20) 또는 과세이연(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정된 것), ② 양도소득세 세액감면(100분의 15) 또는 과세이연(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정된 것), ③ 양도소득세 세액감면(100분의 40) 또는 과세이연(2019. 12.31. 법률 제16835호로 개정된 것)으로 개정되어 왔는데, 이러한 개정 경과를 살펴보더라도 대토보상받은 부분에 대하여 ‘일정한 범위를 정하여 세액감면의 혜택’을 부여하거나 ‘과세이연의 혜택’을 부여하는 것이 입법자의 의도로 보인다.

이처럼 대토보상 받는 부분에 대하여 구 조특법 제77조의2 제1항의 조세감면의 혜택 또는 같은 항의 과세이연의 혜택이 택일적으로 적용될 수 있을 뿐이므로, 거주자가 토지 등을 양도하여 대토보상받은 부분에 대하여 구 조특법 제77조의2 제1항의 조세감면 규정을 적용받은 이상, 구 조특법 제127조 제7항 단서에 따라 구 조특법 제77조의2제1항의 과세이연 규정이 적용될 수 있다고 볼 수 없다.

4) 구 조특법 제133조 제1항은 ‘개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억 원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액’을 규정하고 있고, 제2호에서 ‘5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다’고 규정하고 있으며, 같은 호 (나)목에서 ‘5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억 원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액’을 규정하고 있다.

만일 원고의 주장과 같이 하나의 토지 중 일부 지분에 대하여 구 조특법 제77조의2 제1항의 조세감면 규정을 적용하고 나머지 지분에 대하여 같은 항의 과세이연 규정을 적용하도록 한다면, 대토보상 받는 부분에 대하여 구 조특법 제77조의2 제1항의 조세감면의 혜택 또는 같은 항의 과세이연의 혜택이 택일적으로 적용하도록 규정하고 나아가 구 조특법 제77조의2 제1항에 따른 양도소득세 감면의 종합한도를 규정하는 구 조특법 제77조의2 및 구 조특법 제133조 제1항의 입법취지에 정면으로 반하게 된다.

5) 원고가 제시하는 유권해석(법령해석과-4352, 2021. 12. 14.)은 ‘토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도하고, 그 양도대금 중 일부는 현금으로 나머지는 공익사업의 시행자가 조성하는 토지로 보상받은 경우 현금으로 지급받은 분에 대하여는 조세특례제한법 제77조를, 토지로 보상받은 분에 대하여는 같은 법 제77조의2를 적용받을 수 있다’는 내용으로 토지로 보상받은 분에 대하여 구 조특법 제77조의2 제1항의 세액감면 규정과 같은 항의 과세이연 규정이 모두 적용될 수 있는지가 문제되는 이 사건과 구체적인 사실관계를 달리한다.

6) 원고는 설령 이 사건 쟁점 토지에 대하여 중복되지 않는 범위 내에서도 구 조특법 제77조의2 제1항의 세액감면과 같은 항의 과세이연 중 하나만 선택해야 한다고 하더라도, 피고는 자의적으로 세액감면만 적용하고 과세이연을 부인하였으므로, 이 사건 처분이 위법하다는 취지로도 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 쟁점 토지의 양도에 대하여 구 조특법 제77조의2 제1항의 세액감면 규정이 적용된 이상, 이 사건 쟁점 토지의 양도에 대하여 같은 항의 과세이연 규정이 적용될 수 있다고 보기 어려우므로, 피고가 원고의 이 사건 나머지 토지 및 이 사건 쟁점 토지 중 401/600 지분(양도가액 ㅇㅇㅇ원)의 양도에 대한 2021년 귀속 양도소득세 신고ㆍ납부 및 구조특법 제77조의2 제1항의 세액감면 신청이 있고 난 뒤 약 3개월 후에 있었던 원고의 이 사건 쟁점 토지의 양도대금 중 나머지 499,077,988원에 대한 과세이연 신청을 받아들이지 아니하였다고 하여 이 사건 처분을 위법하게 한다고 볼 수 없다. 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.