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심판청구기타
청구법인이 가공세금계산서를 수취하여 그 공금가액 상당액을 손금산입한 것으로 보아 법인세를 부과하고 소득금액변동통지한 처분의 당부
조심-2025-서-1676생산일자 2026.02.05.
AI 요약
요지
쟁점거래처는 자료상으로 조사되었고 청구법인이 쟁점거래처에 쟁점세금계산서 공급대가를 실제 지급하였음을 입증하지 못한 이상 손금불산입한 처분에 잘못이 없으나 쟁점세금계산서 공급가액은 청구법인 직원 계좌에서 대행업자 계좌로 순차 이체된 사실이 확인되어 그에 대해서는 재조사하는 것이 타당함
질의내용

[주 문]

OO세무서장이 2024.7.1. 청구법인에게 한 2018년 귀속 OOO원의 소득금액변동통지는 청구법인, A 및 B 등의 금융거래내역 등을 통해 C로부터 2018년 제1기 및 제2기 중 수취한 세금계산서상 공급가액 OOO원의 귀속이 불분명한 경우에 해당하는지 여부에 대한 재조사를 실시하여, 그 결과에 따라 2018년 귀속 소득금액변동통지액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2016년 12월 개업하여 전자상거래 소매업(의류 등), 온라인 정보제공업 등을 영위하는 법인사업자로서 매입처인 C(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 의류 매입 명목으로 2018년 제1기에 공급가액 OOO원, 제2기에 공급가액 OOO원이고 합계가 OOO원(이하 “쟁점매입액”이라 한다)인 매입 세금계산서를 수취(이하 “쟁점세금계산서” 또는 “쟁점거래”라 한다)하였다.

나. 중부세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점거래처에 대해 부가가치세 세목별 조사를 실시하여 청구법인이 2018년 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 2021.3.15. 처분청에 자료통보 하였다.

다. 처분청은 2024.7.1. 청구법인에게 <표1>과 같이 2018년(이하 “쟁점사업연도”라 한다) 제1기, 제2기 각 부가가치세 및 2018사업연도 법인세를 경정·고지하고 대표이사 D에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동 통지하였다.

<표1> 2018년 부가가치세, 법인세 고지내역

○○○

라. 청구법인은 위 각 처분 중 2018사업연도 법인세 부과처분 및 소득금액변동통지에 대하여 2024.10.7. 이의신청을 거쳐 2025.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) (주위적 청구) 청구법인은 전자상거래 소매업(의류 등), 온라인 정보제공업 등을 영위하는 법인으로 쟁점거래처로부터 의류를 구입해 판매하는 과정에서 청구법인이 청구법인의 의류담당 직원인 A의 계좌로 의류대금을 이체하면 다시 A이 이 돈을 OOO 새벽시장에서 의류 구매를 대행해 주는 B에게 이체하였고 B은 쟁점거래처에게 현금 지급 또는 계좌이체의 방법으로 의류 대금(부가가치세 제외)을 지급하였다. 청구법인은 OOO 새벽시장의 관행에 따라 월 1회 쟁점거래처와 부가가치세를 정산하였는데 청구법인이 한 달 치 부가가치세를 쟁점거래처에 지급하면 쟁점거래처가 쟁점세금계산서를 발급하는 방법이었다.

 (2) 처분청은 청구법인이 쟁점거래처에게 월별로 세금계산서 합계액에 대한 부가가치세를 입금한 내역이 확인되는 것은 자료상으로부터 세금계산서를 수취하고 부가가치세만 입금하는 전형적인 사실과 다른 세금계산서의 거래형태라고 주장하나 이는 실질과세 원칙, 근거과세 원칙에 반하는 것이다. 현금으로 쟁점거래에 대한 대금을 지급하고, 부가가치세만 따로 입금하는 것은 조세회피목적이 아닌 OOO 새벽시장의 관행이자 거래 편의를 위한 것이고, 위 방식이 자료상의 거래형태와 유사하다 하여 이러한 거래형태를 전부 가공거래라고 보는 것은 부당하다.

 청구법인은 이러한 실질을 입증하기 위하여 쟁점거래처의 직원 E으로부터 물품대금 지급사실확인서를 받아 제출하였다.

 (3) 의류소매업인 청구법인의 매출 총이익률은 2018년 52.15%로 업종 평균 43.22%를 크게 웃돌고 있으며, 쟁점거래를 가공으로 보아 매입에서 제외하게 되면 매출총이익률이 58.37%가 되어 비정상적이므로 쟁점거래를 정상거래로 보아야 한다.

 (4) (예비적 청구) 「법인세법 시행령」 제106조(소득처분)에서 ‘귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 한다’는 문언은 명백히 귀속이 불분명한 경우를 그 요건으로 규정하고 있으나 쟁점매입액의 귀속은 금융거래증빙에 의하여 청구법인과 청구법인의 대표이사 D 외의 자인 B에게 귀속된 것이 명백하게 확인되어 귀속이 ‘분명’한 경우에 해당한다.

 세법은 조세법률주의에 따라 세법의 엄격해석을 규정하고 있고 세법은 그 문언에 충실하게 해석하여야 하며 해석에 있어서 자의적 보충이나 보정은 원칙적으로 허용되지 않는다고 천명하고 있다.

 쟁점매입액은 청구법인 제출한 계좌내역 및 청구법인의 직원 A 계좌에서 인적 용역사업자인 B 계좌로 대금이 이체된 것으로 귀속된 사실이 금융거래증빙에 의하여 명백히 확인되므로 귀속이 분명한 경우에 해당하여 대표자 상여처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) (주위적 청구) 청구법인은 쟁점거래가 OOO 새벽시장의 일반적인 거래형태로 실지 거래 후 현금으로 지급하였다고 주장하나, 청구법인의 직원 A의 계좌에서 이체된 내역에 ‘OOO결제’ 등의 표기가 되어 있을 뿐 직원 A 계좌에서 인적 용역사업자인 B 계좌로 대금이 이체된 후 B이 대금을 어떤 식으로 쟁점거래처에게 지급하였는지 확인할 증빙이 없다. 또한, 청구법인은 쟁점거래처의 세무조사 당시 거래사실확인 안내문을 수령하였음에도 소명자료를 제출하지 않았고, 청구법인의 주장대로 쟁점거래가 정상거래라면 청구법인의 인적용역사업자인 B의 계좌내역 및 사입내역 등 증빙 가능한 자료를 제출할 수 있음에도 제출하지 않고 있으며, 쟁점거래처의 조사를 통해 가공거래가 상당한 정도로 입증된 상태에서 정상거래임을 입증하기 위해서는 납세자측에서 입증할 필요가 있는 것이다(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결 등, 같은 뜻임).

 

 (2) 청구법인이 제출한 간이영수증 및 선급금 원장, 쟁점거래처 직원이 작성한 물품대금 지급확인서 등만으로는 실제 거래가 있음이 입증되었다고 보기 어려운 반면, 청구법인이 월별로 세금계산서 1매를 수취하고, 부가가치세 상당액만 쟁점거래처 계좌로 이체한 사실은 명백히 확인되는바, 이는 전형적인 가공거래의 형태이다.

 일반적인 거래는 공급자가 매입자에게 재화·용역을 공급하면서 세금계산서를 발행하고 대금을 직접 청구·영수하는 형태이나 청구법인은 직접거래를 하지 아니하고 직원의 계좌를 이용하여 거래하는 형태로 청구법인이 제시한 쟁점세금계산서 수취내역 및 선급금 원장은 쟁점 거래처가 의류를 직접 공급한 사실과의 관련성이 있다고 단정하기 어렵다.

 (3) (예비적 청구) 청구법인의 대표이사 D은 국세청 전산망에 따르면 2016.12.1.부터 현재까지 대표이사로 제직 중에 있음이 확인되며 청구법인의 발행주식 총수의 100%를 보유한 주주로 경영을 사실상 지배하고 있는 대표자에 해당한다.

 (4) 청구법인은 쟁점거래에 대해 가공 여부를 확정하였을 뿐 쟁점매입액의 사외유출 여부가 불분명하며 청구법인의 대표이사가 지급받은 사실이 없으므로 대표자 상여처분은 부당하다고 주장하나,

「법인세법 시행령」 제106조(소득처분)에서 ‘귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 한다’와 같이 대표자의 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 법인에 의한 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대해 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것으로서, 이 경우 청구법인은 그 의제된 사실과 다른 사실을 구체적으로 입증하는 방법으로 소득처분 및 그에 따른 소득금액통지의 취소를 구할 수 있다 할 것이다.

 (5) 쟁점매입액이 법인계좌에서 청구법인 직원의 계좌로 이체하고 이후 청구법인의 인적용역사업자인 B에게 입금된 후 쟁점매입액이 어떻게 지급되었는지 귀속이 불분명하므로, 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호의 “익금에 산입한 금액이 사외로 유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 경우”에 해당하는 것이라고 보아야 할 것이므로 쟁점거래를 가공거래로 보아 손금부인하면서 대표이사 인정상여처분한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

 ① (주위적 청구) 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

 ② (예비적 청구) 쟁점거래를 가공거래로 보더라도 쟁점매입액이 귀속이 불분명한 경우에 해당하지 않으므로 대표자 상여처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】 ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 (2) 법인세법 제19조【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

「조세특례제한법」 제100조의18 제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제67조【소득처분】다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

 (3) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】 ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

  가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

  나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

  다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

   라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다. 사실관계 및 판단

 (1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

  (가) 법인등기사항전부증명서에 따르면 청구법인은 2016.10.27. 설립되어 서울특별시 OOO를 본점 소재지로 하여 온라인 정보제공업, 전자상거래업 등을 영위하는 법인사업자이며, 쟁점사업연도 대표자는 D이고 법인등기사항전부증명서의 임원에 관한 사항은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 법인등기사항전부증명서 임원에 관한 사항

○○○

  (나) 청구법인은 2018사업연도 법인세 과세표준을 OOO원으로 신고하였으나, 쟁점세금계산서의 매입금액이 손금불산입되고 경정된 과세표준은 OOO원이며, 그 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 법인세 신고 및 경정 내역

○○○

  (다) 쟁점세금계산서의 각 발행일자, 품목명, 공급가액, 세액은 아래 <표4>와 같다.

<표4> 2018년 쟁점 거래처로부터 수취한 매입세금계산서 내역

○○○

  (라) 조사청은 2020.9.18.부터 2020.12.31.까지 쟁점거래처에 대하여 세무조사를 실시한 후 쟁점거래처가 실물거래 없이 세금계산서를 발급하였다고 보아 쟁점세금계산서 등을 가공거래를 통해 발급된 것으로 확정하고, 쟁점거래처의 대표자 F을 고발하였다. 조사청의 조사종결보고서에 기재되어 있는 쟁점세금계산서 관련 내용은 다음과 같다.

   1) 쟁점거래처는 2014.5.1. 서울특별시 OOO에서 개업한 의류 도매업체이다. 조사청은 쟁점거래처의 매입처인 G 등이 자료상으로 고발되어 가공거래혐의에 대한 자료가 통보되자 자체 검토를 거쳐 쟁점거래처도 자료상 혐의가 있다고 보아 2020년 8월경 조사대상자로 선정하였다.

   2) 쟁점거래처는 2018년 제2기 매출이 급등한 것으로 신고한 후에 고액 체납이 발생하였고 2019.9.11. 자진 폐업하였다.

   3) 조사청이 조사할 당시 쟁점거래처는 부가가치세 및 종합소득세 OOO원을 체납하고 있었고, 쟁점거래처의 사업장은 서울특별시 OOO이고, 위 사업장의 임대인이 제출한 부가가치세 신고서의 부동산임대공급가액 명세서에 따르면 쟁점거래처는 위 사업장에 2018.7.28. 전입하였다가 2019.7.31. 퇴거한 것으로 나타난다.

   4) 세무조사 당시 쟁점거래처 대표자 F은 서울구치소에 수감 중이었고, 조사청은 서울구치소에 출장하여 심문을 진행하였다. 조사청은 F이 세무사의 조력을 받아 조사에 임하겠다고 하여 심문을 중단하였으나, 이후 세무사가 조사청을 방문하거나 연락을 한 사실은 없다.

  (마) 청구법인은 쟁점거래처의 매장 직원인 E(OOO)이 작성해 준 물품대금 지급 사실확인서를 제출하였고 그 내용은 아래 <표5>와 같다.

<표5> 쟁점거래처 직원 E이 작성한 사실 확인서

○○○

  (바) 청구법인의 대표 D은 B이 쟁점거래처로부터 현금을 지급하고 물품을 구입한 뒤에, 청구법인이 월별 정산한 부가가치세를 쟁점거래처에 납부하고 세금계산서를 발급받는 이유에 대한 사유서를 제출하였는데 그 내용의 요지는 아래와 같다.

   1) OOO 새벽시장에서 의류 구입은 새벽에 이루어지므로 B이 물품을 구입하고 청구법인에게 결제를 요청하더라도 청구법인이 쟁점거래처에 곧바로 계좌이체할 수 없게 되어 물품 대금 지급까지 시간이 지체될 수밖에 없으며, 이때 다른 업체가 쟁점거래처에게 현금을 지급하면 쟁점거래처는 먼저 결제한 다른 업체에게 물건을 판매하게 되므로 청구법인이 현금거래를 하지 않으면 원하는 물건을 구입할 수 없게 된다.

   2) 청구법인이 직원 A의 계좌에 물품 구입 대금을 이체하는 이유는 OOO 새벽시장 의류 구입은 새벽에 진행되고 해당 시간에 법인 통장을 반출하여 법인계좌에서 직접 출금하기는 부담이 되며, 전날 물품 대금을 미리 출금하는 것도 현금관리에 어려움이 있기 때문에 편의상 청구법인의 계좌에서 A의 계좌로 우선 물품대금을 이체해 놓는 것이다.

  (사) 청구법인이 쟁점거래처로부터 수령한 거래영수증은 아래 <표6>과 같다.

<표6> 쟁점거래처로부터 수령한 영수증(일부)

○○○

  (아) A의 2018년 1월 H은행 계좌OOO이체 내역을 살펴보면 청구법인으로부터 ‘OOO결제’라는 거래내용으로 돈을 입금받고 이를 다시 ‘OOO결제’라는 거래내용으로 B에게 이체한 것이 확인되며 그 내용은 아래 <표7>과 같다.

<표7> A의 H 계좌이체 내역 (1월 거래분)

○○○

  (자) 청구법인의 쟁점거래처에 대한 선급금 원장(1월 거래분) 내역은 아래 <표8>과 같다.

<표8> 청구법인의 쟁점거래처에 대한 선급금 원장

○○○

  (차) 이의신청결정서에 기재되어 있는 A 및 B에 대한 계좌이체 내역은 아래와 같다.

   1) 청구법인이 제출한 청구법인의 H 계좌와 A의 계좌(I은행, H)를 살펴보면, 청구법인의 H 계좌에서 A 계좌로 ‘OOO 결제’ 혹은 ‘OOO부가세’ 등의 항목으로 이체(OOO건, 총 OOO원)되었고,

   2) A이 청구법인 등으로부터 입금된 금액을 ‘OOO결제’ 또는 ‘부가세’ 항목으로 B의 계좌로 이체(OOO건 OOO원)하거나 쟁점거래처를 포함한 거래처 등에 ‘부가세’ 혹은 ‘OOO결제’ 등 항목으로 이체·출금한 내역이 확인된다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여,

 (가) 먼저, 쟁점①에 관하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서는 가공거래를 통해 수취한 것이 아니라고 주장하나, 쟁점거래처가 2017.7.1.부터 2018.12.31.까지 공급가액 OOO원의 세금계산서 수취 및 공급가액 OOO원의 세금계산서 발급에 대하여 「조세범 처벌법」상 사실과 다른 세금계산서 발급 및 수취 혐의로 고발된 점, 청구법인은 쟁점거래처에게 쟁점매입액을 실제 지급했음을 입증할 수 있는 계좌이체내역 등을 제출하지 못하고 있는 점, B이 현금으로 쟁점거래처에게 쟁점매입액을 지급하였다고 주장하나 이를 입증할 수 있는 B의 계좌거래내역 등이 제출되지 않은 점 등에 비추어 쟁점세금계산서가 실물 거래 없이 발급된 것으로 보고 해당 공급가액을 손금불산입하여 한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 (나) 다음으로 쟁점②에 관하여 살피건대, 처분청은 쟁점매입액이 사외로 유출되었고 그 귀속이 불분명하므로 대표자에 대한 상여로 소득처분되어야 한다는 의견이나, 「법인세법 시행령」 제106조 제1항 제1호에 따르면 법인의 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 처분하나, 그 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있는 것인데, 쟁점거래를 가공거래로 보더라도 쟁점거래를 위해 이체된 쟁점매입액이 청구법인의 직원인 A의 계좌에서 B의 계좌로 순차로 이체된 것이 확인되므로 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에 해당하지 않는 것으로 볼 수 있는 점, 청구법인의 계좌에서 쟁점매입액이 이체된 A 및 B 등의 계좌거래 내역에 대한 추가조사가 필요한 점 등을 감안하여 청구법인, A 및 B 등의 금융거래내역 등을 통해 쟁점매입액의 귀속이 불분명한 경우에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

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