[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2008.12.24. 설립되어 컴퓨터, 액정모니터 제조업 및 IT 컨설팅업을 영위하고 있는 법인으로 2020.4.29. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)으로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서①”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점매입거래①”이라 한다)를, 주식회사 B(이하 “B”라 하고, 관련 거래를 “쟁점매입거래②”이라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서②”라 하고, 쟁점매입세금계산서①과 합하여 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 각 1매씩 수취한 후 같은 날 C 주식회사(이하 “C”라 한다)에 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”이라 하고, 관련 거래를 “쟁점매출거래”라 하며, 쟁점매입세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 하고, 관련 거래를 “쟁점거래”라 한다) 1매를 발급하였다가,

 2020.6.30. 계약해제를 사유로 쟁점매입세금계산서②와 쟁점매출세금계산서에 대하여 부(-)의 수정세금계산서를 발급 및 수취하였고, 쟁점매입세금계산서①은 A이 수정세금계산서 발급을 거부하여 매입세액 공제대상에서 제외하는 것으로 2020년 제1기 부가가치세를 신고하였다.

<표1> 쟁점세금계산서상 품목

○○○

<표2> 쟁점매입세금계산서①상 거래품목(이하 “쟁점물품”이라 한다)

○○○

나. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2020.9.1.부터 2020.11.27.까지 A에 대한 조사를 실시한 결과, 쟁점매입거래①과 관련한 A의 매입을 가공거래로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2025.1.23.부터 2025.3.31.까지 청구법인에 대한 조사를 실시하여, 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 가공세금계산서로 보아 관련 가공세금계산서 발급에 따른 가산세(공급가액의 3%)를 부과하여 2025.5.21. 청구법인에게 2020년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정⋅고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래의 경위 및 관련 재화 등의 실제 공급은 다음과 같다.

  (가) 청구법인은 2020.4.27. C와 ‘OOO 데이타센터 구축 사업’(이하 “데이터센터구축사업”이라 한다)에 필요한 네트워크 장비, 각종 서버 등을 공급하고, 그 대가로 C로부터 OOO원을 지급받기로 하는 계약을 체결하였고, 같은 날 A과 위 데이터센터 구축에 관한 계약에 따라 C에게 공급할 쟁점물을OOO원에 공급받기로 하는 내용의 물품계약을 체결하였으며, 데이터센터 구축에 필요한 나머지 물품 등은 B로부터 OOO원에 공급받기로 하는 내용의 물품계약을 체결하였다.

  (나) A은 다음날인 2020.4.28. 주식회사 D(이하 “D”라 한다)와 쟁점물품을 OOO원에 공급받기로 하는 물품공급계약을 체결하였는바, 위 계약들은 모두 C의 데이터센터구축사업을 목적으로 하는 것으로 어느 한 단계에서 이행이 안 될 경우에는 모든 거래가 무산되는 구조였으므로 관련 업체들은 원발주처인 C가 물품대금을 지급하지 못할 경우 전체 거래를 해제하기로 하고, 각자 발행한 세금계산서를 취소하기로 합의하였다.

  (다) 쟁점물품은 2020.4.29. C 본점인 인천광역시 서구 OOO(이하 “535호”라 한다)에서 당시 청구법인 직원(현재 청구법인 대표이사) E의 검수를 거쳐 납품되었고, C 소속 직원인 F는 이를 인수하면서 “상기내역의 규격과 수량을 상기 납품일자에 상기 납품장소에서 확인 및 인수하였습니다”라는 내용이 기재되어 있는 납품확인서에 자필로 서명하였으며, 위 남품확인서에는 쟁점물품의 내역이 기재된 상세한 내역이 별지로 첨부되어 있고, 각 별지의 오른쪽 하단에 F가 자필로 서명하였다.

  (라) 그러나 C는 물품대금을 지급하지 않았고, 청구법인은 2020.7.10. A에게 쟁점매입세금계산서①의 취소를 요청하는 취지의 내용증명을 발송하였으나, A은 수정세금계산서의 발행을 거부하였다.

 (2) 쟁점거래와 관련한 재판기록 등을 통하여 쟁점매출거래 및 쟁점매입거래①이 ‘4자간 합의 조건’에 따라 순차적으로 진행된 실물 거래임을 확인할 수 있다.

  (가) 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점거래는 명백한 실체가 있었고, 청구법인은 ‘4자간 합의 조건’에 따라 정당하게 거래를 해제한 후 수정세금계산서를 발행하였고, 매입거래에 대하여도 수정세금계산서를 수취하였던 것이다.

  (나) 이는 ① A(원고)과 D(피고) 사이의 서울남부지방법원 OOO 채무부존재확인 사건의 1심 판결문 및 법원의 감정서 등 재판기록, ② A(원고)과 청구법인(피고) 사이의 서울남부지방법원 OOO 물품대금 사건의 1심 판결문 및 재판기록으로 모두 확인이 가능하다.

  (다) A이 ‘4자간 합의 조건’을 위반하여 쟁점매입거래①에 대하여 수정세금계산서 발행을 거부하면서 문제가 발생한 것인데, 위 채무부존재확인 사건과 물품대금 사건의 원고인 A은 채무부존재확인 소송에서는 ‘4자간 합의 조건’의 ‘존재’를 주장하며 D에 대하여 물품대금 지급의무가 없다고 주장한 반면, 청구법인을 상대로 한 물품대금 소송에서는 ‘4자간 합의 조건’의 ‘부존재’를 주장하며 물품대금을 청구하였는바, 이는 A이 연속한 거래에 대하여 모순된 행위와 주장을 하고 있는 것으로 청구법인은 A의 사기와 기망에 의한 피해자임을 알 수 있다.

  (라) 청구법인이 A으로부터 물품을 매입하여 실제 C에 납품한 사실이 확인되고(현재까지 535호에 보관되고 있고, 처분청도 이에 대한 이견이 없음), 거래 당시 A, 청구법인, C가 계약서 및 견적서상 일치하는 실물이 있는 것을 확인하고 검수와 인수확인을 거쳤으며, 이후 C의 요청에 의하여 청구법인은 수정세금계산서를 발행하고, 물품의 반납처리를 요청한 점 등에 비추어 보더라도 이를 가공거래로 보기 어렵다.

 (3) 청구법인을 쟁점거래에서 도관으로 볼 수 없다.

  데이터센터구축사업은 당시 신사업으로 주목받던 클라우드 관련 사업으로 청구법인이 주력으로 영위하던 서버 사업과 관련하여 사업영역을 확장할 수 있다는 점과 이후 서버 유지 및 관리 등 수익 창출이 기대되는 등 기대효과가 높았던 점, 계약서상 ‘대금지급 완료 후 소유권 이전’ 조항을 넣은 것은 청구법인이 거액의 거래에 따르는 위험을 관리하기 위해 기울인 정상적인 경영활동으로 상거래에 있어 청구법인이 ’주의 의무‘를 다하였던 점, 만약 청구법인이 실물거래 없이 이득만을 보려 하였다면 A이 공급한 물품만으로 거래하였을 것이지만, 청구법인이 그 외 품목까지 추가하여 거래를 진행한 것은 서버 관련 총괄사업자로서의 입지를 굳혀 향후 사업까지 고려한 것인 점등에 비추어 보면, 청구법인 입장에서는 해당 거래를 통해 창출할 이익 등 경제적인 동기가 명확하였고, 거래구조 내 위험을 최소화하기 위하여 대금 지급의 방식 등을 적극적으로 계약 내용에 반영하였으므로 거래 중간의 도관역할이 아닌 실질적인 거래당사자로서 거래행위를 한 것임을 알 수 있다.

 (4) 쟁점매입거래②는 가공세금계산서가 아닌 세금계산서의 공급가액이 ‘사실과 다른 세금계산서’(공급가액 1% 가산세)에 해당하는 것으로 보아야 한다.

  (가) 쟁점매입거래②에 따른 물품 및 용역공급의 실존 여부에 대하여 보면, 청구법인은 B로부터 데이터센터 구축에 필요한 서버 등 물품과 용역을 공급받기로 약정하고, 2020.4.20. 견적서를 통하여 물품 등을 발주하였으며, 대금의 결제와 인도는 발주처인 C와의 대금지급 방식이 원청수금 방식이었으므로 B가 최종 납품처인 C에 납품 확인을 받더라도 물품의 소유권 이전과 설치는 발주처의 대금지급 시까지 유보하는 것으로 협의하였다.

  (나) 납품 당일 쟁점매입거래② 품목 중 제품은 현장에 이동시키지는 않았으나, 대금이 지급되는 시점에 이전 및 설치하는 것으로 C로부터 납품확인을 받았고, C가 납품확인서를 작성함에 따라 제품의 납품이 완료된 것으로 보아 거래금액 전체에 대하여 쟁점매입세금계산서②를 수취하였으나, 이후 C로부터의 대금을 받지 못하게 됨에 따라 계약의 해제를 원인으로 하는 쟁점매입세금계산서②를 취소하는 수정세금계산서를 발급받았다.

  (다) 쟁점매입거래② 역시 '4자간 해제조건 합의'에 따라 원발주처의 대금 미지급 시 계약 전체가 해제되는 것이었고, 이후 대금 지급이 불투명한 상황에서 물품의 실물 이동과 설치를 유보한 것은 리스크 회피를 위한 경영상 합리적인 조치였으며, 합의에 따라 계약을 해제하고 수정세금계산서를 수수한 것은 정상적인 상거래 과정이다.

  (라) 따라서 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 수취한 것이 아닌, 거래품목 중 제품 부분에 대하여는 원발주처의 납품 확인을 통하여 세금계산서를 발급받은 것이지만, 제품 외 계약상 포함된 제품의 구축 및 테스트 등 용역까지 완료되는 시기를 공급시기로 본다면, 공급시기가 도래하기 전 계약금액 전부에 대하여 세금계산서를 발급받은 것으로 세금계산서의 공급가액이 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하는 것이므로 부가가치세법 제60조 제2항 제5호에 따른 가산세(공급가액 1%)를 적용하여야 한다.

 (5) (예비적 청구) 매입거래①거래에 대하여 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부

  (가) 설령 처분청의 의견대로 쟁점매입거래①이 가공거래라고 하더라도 청구법인은 거래 당시 공급자인 A의 사업자등록 및 그 명의 계좌를 확인하고 거래를 하였을 뿐, 해당 물품들이 최초부터 어떠한 경로를 통해 얼마에 공급되었는지 확인할 수 없었고, 발주처인 C가 요청한 물품들의 실물을 현장에서 A과 C 간에 직접 확인시키고 거래한 것일 뿐이다.

  (나) 청구법인은 쟁점매출거래가 취소된 이후 A으로부터 수정세금계산서를 수취하지 못하였지만, 공급계약이 해제된 것으로 보아 해당 매입세액을 부가가치세 신고에서 제외하여 매입세액을 공제받지 아니하였고, 세무상 손금으로도 계상하지 아니하였다.

  (다) 앞서 살펴본 바와 같이 A은 쟁점거래에 대하여 청구법인을 상대로 ‘물품대금을 청구하는 소송’을 제기하였는바, 정상적인 계약해제가 있음에도 A이 고의적으로 수정세금계산서를 발행하지 않고 대금 편취를 목적으로 청구법인에게 소송을 제기한 점 등을 고려한다면, 청구법인은 쟁점거래 과정에 있어 거래상대방의 악의에 의한 피해자로 쟁점매입세금계산서①을 수취한 부분은 선의의 거래당사자로서 불이익한 처분은 받지 않는 것이 타당하다.

 (6) 처분청 의견에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다.

  (가) ‘4자간 합의조건’에 따라 실제 물품의 공급이 있었다는 사실은 청구법인이 제출한 채무부존재사건의 준비서면과 법원의 판결문에서 명확하게 확인된다.

  (나) 처분청은 유통마진이 비정상적이라는 의견이나, 청구법인은 매입처인 A의 견적과 실물을 확인하고 거래한 것일 뿐, 당시는 A이 어떠한 경로로 매입을 하는 것인지는 알 수 없었고, 처분청이 주장하는 비정상적 유통마진이라 하는 것은 최초 매입거래(D)를 기준으로 할 뿐, 해당 마진이 비정상적이라는 이유로 청구법인의 거래까지 비정상적 유통마진이 발생하는 것으로 볼 수 없으며, 청구법인의 마진은 약 5%에 불과하다.

  (다) 처분청은 청구법인이 도관에 불과하다는 의견이나, 청구법인은 서버 제조 및 설치, 시스템 유지관리를 주업종으로 영위하는 회사 로, 해당 거래를 통해 클라우드서버의 납품만이 아니라 구축과 유지관리를 목적으로 자신의 계산과 책임하에 해당 거래를 한 것이고, 견적서의 양식만 바꾸어 작성하였다는 것은 C가 매입처와 납품품목을 구체적으로 지정하였기에 동일한 견적을 작성하는 것이 통상적이다.

  (라) 청구법인은 위험을 회피하기 위해 물품대금의 지급 완료후 소유권이 이전하는 방식으로 계약을 진행하였고, 계약에 따라 60일 이내 대금지급이 이루어지지 않아 계약의 해제를 이유로 적법하게 수정세금계산서 발행(매출처) 및 발행요청(매입처)을 한 것이다. 만일 청구법인이 도관역할을 한 것이라면 거래한 물품이나 대금에 관하여 어떠한 책임이나 권한도 없었을 것이나, 매입처인 A에게 거액의 물품대금 피소를 당하여 1심에서 패소한 상황만 보더라도, 청구법인이 도관역할을 하였다는 의견은 사실이 아님을 알 수 있다.

  (마) 처분청은 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하지 아니한다는 의견이나, 청구법인은 거래 당사자들과 함께 현장확인을 하였고, 설령 납품된 물품이 중고품 또는 하자품이라고 하더라도 거래 당시에는 이를 알 수 없었던 상황이며, 실제 대금의 수수가 없었던 것은, 계약상 기한 내 대금미지급 시 계약해제(소유권 이전하지 않는)를 조건으로 계약한 것이기 때문이며, 청구법인은 쟁점거래를 통하여 조세를 포탈하거나 금전적 이익을 취한 사실이 없다.

  (바) 처분청이 B와의 매입거래②와 관련하여 청구법인이 C에 실제 재화나 용역은 공급한 사실이 없다는 의견이나,

  납품 당일 거래 품목(해당 품목은 구축까지 진행하는 품목임) 중 제품에 해당하는 부분에 대하여 대금이 이행될 시 이전 및 설치하는 조건으로 원발주처인 C가 납품확인서를 작성함에 따라 제품의 납품이 완료된 것으로 보아 거래금액 전체에 대하여 세금계산서를 발급받았으나, 이후 대금회수가 불가해짐에 따라 계약의 해제를 원인으로 하는 해당 세금계산서를 취소하는 수정세금계산서까지 발급받은 점 등에 비추어 보면, 제품의 단순한 납품만이 아니라 계약상 구축 및 테스트 등 용역까지 완료되는 시기를 공급시기로 본다면 쟁점매입거래②의 경우 공급 시기가 도래하기 전 계약금액 전부에 대하여 세금계산서를 발급받은 것이므로 세금계산서의 공급가액이 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하는 것으로 보아, 「부가가치세법」 제60조 제2항 제5호에 따른 가산세(사실과 다른 세금계산서, 1%)를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 데이터센터구축사업은 실체가 불분명하다.

  (가) 데이터센터구축사업은 쟁점거래의 원발주처인 C의 G 대표가 외부 투자를 받아 진행되는 사업으로 C는 쟁점거래가 진행되기 전인 2020.4.1. 설립된 신설법인이며, 처분청은 청구법인에 대한 조사 과정에서 청구법인, A, C에 데이터센터구축사업에 대한 사업계획서(운영계획, 자금 조달 계획 포함) 등을 요청하였으나, 위 업체들은 모두 이에 대한 회신이 없었고, 거래 당시 업체 간 주고받은 물품들에 대한 계약서, 견적서, 납품확인서, 공문 등만 제출하여 데이터센터구축사업의 구체적인 내용을 확인할 수 없었다.

  (나) 일반적인 클라우드 데이터센터는 클라우드 서비스를 제공하기 위해 구축된 IT인프라 시설로 물리적 서버, 네트워크 장비, 보안 시스템이 모여있는 장소인바, 특정 기업이 아닌 다수의 고객을 대상으로 서비스를 제공하는 사업을 의미하고, 많은 전력을 소모하며 그에 따라 많은 열을 발생시키는 구조이기에 구축되는 위치가 중요하다.

  (다) 하지만 쟁점물품의 최종 납품 장소인 535호는 C가 해당 사업장을 임차하고 있던 H로부터 전체 면적 134.46㎡(40평) 중 일부 면적 16.77㎡(5평)을 무상 사용하기로 한 장소로 데이터센터로 사용하기에는 적합한 장소가 아니고, C가 이 외 다른 사업장을 임차한 사실도 없다.

 (2) 청구법인은 쟁점거래가 ‘4자간 합의 조건’에 따라 순차적으로 진행된 실물거래라고 주장하나, 납품된 물품들은 실제 시장가치가 없거나 사용 가치가 없는 것들로 정상거래처럼 보이기 위해 형식적으로 주고 받은 것에 불과하다.

   (가) 청구법인은 ‘4자간 합의 조건’을 주장하나, 이와 관련된 합의서 등 증빙서류는 없어 정확히 어떤 내용인지 확인이 불가능하고, 최초 공급처인 D는 주식회사 I로부터 'CS-SW-P2000' 품목 50개를 OOO원에 매입한 후 같은 날 A에 OOO원에 판매한 것으로 확인되나, 주식회사 I은 위 품목을 매입한 내역이 없다.

  (다) 또한 D는 주식회사 J로부터 ’데이터브릿지 SW' 품목 100개를 OOO원에 매입한 후 같은 날 A에 OOO원에 판매한 것으로 확인되나, 주식회사 J는 위 품목을 매입한 내역이 없고, D는 위 품목에 추가로 3개 품목(Unity 300H 2개, DD6300 U120TB 1개, Net Worker 1개)을 A에 판매한 것으로 확인되나, 추가 3개 품목에 대한 매입내역도 확인되지 않는다.

<표3> 쟁점거래 관련 A의 매입품목

○○○

  (라) A은 위 <표3>의 물품들을 ‘OOO 데이타센터 구축’이라는 품목 1개로 세금계산서를 발급하였고, 청구법인을 거쳐 최종 매출처인 C에 납품되었는바, 쟁점거래와 관련한 물품이 D에서 C까지 납품되는 과정에서 동일 물품이 OOO에서 OOO이 되는 비정상적 유통 마진이 발생하였다.

  (마) 청구법인 E 대표의 심문조서에 의하면, A으로부터 매입한 물품의 시가가 적정한지에 대한 조사청의 질문에 “A과의 계약서상 대금 지급 시 소유권을 이전한다는 조항이 있었기 때문에 물품의 시가는 판단할 필요가 없었다”라고 답변하였는바, 공급가액의 산정 근거 및 물품들의 시가는 알지 못하는 것을 알 수 있다.

  (바) A(원고)과 D(피고)의 채무부존재확인 청구 소송(OOO)의 내용을 보면, D가 C에 납품한 물품들은 A/S가 불가능한 물품, 2017년∼2018년에 제조된 중고 물품, 사이트가 없어 다운받을 수 없는 소프트웨어 증서 등 실물은 있으나 실제 시장가치가 없는 제품인 것으로 확인되고, 해당 물품들이 현재까지 방치되어 있는 점으로 볼 때, 시장가치가 없음을 알 수 있다.

<채무부존재확인 청구의 소 내용 중 발췌>

○○○

 (3) 청구법인은 쟁점거래에서 도관역할을 한 것으로 형식적으로 세금계산서를 수수하였을 뿐, 자기 책임하에 재화나 용역을 공급하고 세금계산서를 발급 및 수취한 것으로 보기 어렵다.

  (가) 청구법인은 쟁점거래를 통해 창출할 이익 등 경제적인 동기가 명확하였고, 거래구조 내 위험을 최소화하기 위하여 대금지급의 방식 등을 계약내용에 반영한 것이라고 주장하나, 청구법인 E 대표의 문답서, 심문조서 등에 의하면, 2010년 청구법인에서 퇴사한 K로부터 제안을 받고 쟁점거래에 참여하게 된 사실을 알 수 있다.

  K가 청구법인에게 납품할 회사가 C라는 사실을 통보하였거나, 거래 관련 견적서 초안을 청구법인 담당자에게 제공하여 이를 청구법인 양식으로 바꾸어 견적서를 작성한 점 등에 비추어 볼 때, 청구법인을 쟁점거래에 끼워넣어 단순 도관 역할을 하게 한 것으로 보이고, 쟁점세금계산서는 형식상 발행된 세금계산서로 보인다.

  (나) 실제 거래 당시 D에서 C로 납품한 시장가치가 없는 물품 외에는 청구법인이 C에 재화나 용역을 공급한 사실이 없는 것으로 확인된다.

  (다) 청구법인은 최종매출처인 C에게 추가로 물품과 용역을 제공하는 계약임을 주장하나, C는 물적⋅인적시설도 없는 신생 법인으로 유사한 사업을 진행한 이력도 없는 것으로 확인되고, 고액의 거래를 진행하면서도 청구법인은 C로부터 자금조달계획 등을 확인한 사실도 없다.

  (라) 2020.8.24.부터 2020.11.24.까지 영등포세무서장이 실시한 D에 대한 조사 결과, D와 A의 거래가 가공거래로 확정되었고, 조세심판원은 2024.2.8. A이 제기한 심판청구사건을 심리한 결과, 쟁점매입세금계산서①을 가공세금계산서로 판단하였다.

 (4) 쟁점매입거래②는 가공세금계산서가 아닌 세금계산서의 공급가액이 ‘사실과 다른 세금계산서’(공급가액 1% 가산세)에 해당하는 것으로 보아야 한다는 청구주장에 대하여

  (가) 청구법인 대표이사 E의 심문조서를 보면, 청구법인은 K의 제안에 의해 B와 계약을 맺었음을 알 수 있고, B의 2020년 수입금액은 OOO원으로 쟁점매입거래②는 B 전체 매출의 50%에 해당한다.

  (나) 조사청은 B에 거래사실확인을 위해 전자메일, 견적서, 시방서 등 자료를 회신받아 검토하였으나, 실제 재화나 용역의 공급은 없었던 것으로 확인되었다.

  (다) 세금계산서의 발급 시기 및 선발급 세금계산서의 공급 시기에 관하여 「부가가치세법」 제34조 및 같은 법 제17조에서는 그 기준을 명확히 규정하고 있는바, 쟁점세금계산서는 실제 재화나 용역의 공급 없이 수취 및 발급한 것으로 확인되므로 세금계산서 불성실 가산세 3%를 적용하여 부과한 처분은 적법하다.

 (5) (예비적 청구) 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부에 대하여

  거래상대방의 사업자등록증 확인 여부 및 그에 따른 세금계산서 수수 여부, 대금의 지급 관계, 기타 관련 증빙 등 거래당시에 거래상대자가 위장사업자임을 알지 못하는 경우에는 선의의 거래당사자로 볼 수 있으나, 쟁점거래의 경우 실제 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수취한 점, 관련된 쟁점거래 관련 물품들이 중고품 또는 하자품으로 거래 당시에도 이를 인식하였던 것으로 보이는 점, 실제 대금의 수수가 없었던 점 등에 비추어, 청구법인이 선의의 거래당사자로 주의의무 등을 다했다고 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점세금계산서를 실제 재화나 용역의 공급 없이 가공거래에 따라 발행된 세금계산서로 보아 가산세(공급가액 3%)를 부과한 처분의 당부

 ② 청구법인이 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

 (1) 부가가치세법 제9조【재화의 공급】① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

제9조【용역의 공급】① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

② 제1항에 따른 용역의 공급의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제9조【재화의 공급시기】① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

  2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

  3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제16조【용역의 공급시기】① 용역이 공급되는 시기는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때로 한다.

  1. 역무의 제공이 완료되는 때

  2. 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때

② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

  1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

  2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

  3. 공급가액과 부가가치세액

  4. 작성 연월일

  5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제60조【가산세】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

  5. 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 적혀 있지 아니하거나 사실과 다른 경우 그 공급가액의 1퍼센트. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 경우는 제외한다.

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

  1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우 : 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

  6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우 : 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 사실이 확인된다.

  (가) 청구법인은 2008.12.24. 서울특별시 구로구 OOO에서 컴퓨터, 액정모니터 제조업을 주업종으로 개업한 후 2018년 6월 같은 구 OOO로 사업장을 이전하여 IT 구축 및 설계, 컨설팅 등 사업을 영위하고 있다.

  (나) 청구법인은 E, L이 각자 대표이사로 업무를 수행하고 있고, 클라우드사업 등 부서에 임직원 약 70명이 근무하고 있으며, 조사 대상기간인 2020사업연도 법인세 신고 수입금액은 OOO원이고, 2024년 수입금액은 OOO원으로 나타난다.

  (다) 청구법인의 수정계산서 발급 및 수취와 관련하여 보면, 청구법인은 2020.7.6. C로부터 ‘당사 사정으로 대금 지급이 지연되니 2분기에 발행된 세금계산서를 7월 10일 이전에 취소하고 3분기로 재발행을 요청한다’는 내용의 공문을 받고, ‘계약의 해제’를 원인으로 작성일자 2020.6.30., 발급일자 2020.7.10.의 수정세금계산서를 발행하여 해당 매출을 취소하였으며, 해당 내용을 B와 A에 전달하였는바, 이에 따라 B는 2020.6.30. 관련 매출을 취소하였으나, A은 이를 거절한 것으로 나타난다.

  (라) 2020년 9월 실시한 A에 대한 범칙조사 당시 조사팀의 현장확인 결과, C에 납품된 데이타센터 구축 관련 물품들이 C 사업장에 미설치 상태로 있는 것으로 확인되었고, 2025년 1월 실시한 청구법인에 대한 부가가치세 세목별 범칙조사 당시에도 조사팀이 C G 대표에게 유선으로 확인한 결과, 해당 물품들은 현재까지 사업장에 그대로 방치되어 있는 것으로 나타난다.

  (마) 쟁점거래에 대한 조사청과 처분청의 조사내용은 다음과 같다.

   1) A에 대한 조사청의 조사내용

    가) I 및 D의 실질 대표자 M과 최종 매출처 C의 대표이사 G이 공모하여 실체가 없는 사업을 계획하고 일정 수수료를 보장하는 조건으로 중간단계에 재무구조가 건전한 A과 청구법인 두 업체를 끼워 넣어 도관역할을 하도록 하였다.

    나) A의 전무이사 F는 평소 친분이 있던 M으로부터 D가 A에 납품할 부품의 견적서와 A이 청구법인에 납품할 부품의 견적서 두 개를 받아서 A으로 상호만 바꾸어 견적서만 작성했을 뿐 A은 D로부터 직접적으로 납품할 부품을 받거나 청구법인에 부품을 납품한 사실이 없다.

    다) M은 청구법인에서 퇴사한 K로 하여금 청구법인에 접근하여 A과 동일한 방식으로 일정 수수료를 보장하는 조건으로 청구법인이 실물거래 없이 세금계산서만 발행하도록 하였다.

   라) 조사청이 535호를 방문하여 확인한 결과, A이 D로부터 납품받아 청구법인에 납품하였다는 부품은 미설치 상태로 현장에 있었고, 현장에 있던 C 대표이사 G에게 문의한 결과, 청구법인이 공급하기로 했던 부품 중 OOO원 정도가 납품되지 않아서 계약을 해지하였으며, 청구법인이 부품을 회수해 가지 않고 있어 부품공급 당시 그대로 있는 상태라고 하였다.

    마) 청구법인은 A으로부터 수취한 매입세금계산서 공급가액 OOO원과 청구법인이 자체적으로 조달하여 납품하기로 한 공급가액 OOO원을 합한 총 공급가액 OOO원의 세금계산서를 C에 발행하였으나, C가 대금지급일까지 대금을 지급하지 못하여 계약해제를 원인으로 2020.6.30.을 작성일자로 2020.7.10. 부(-)의 수정세금계산서를 발행한 후 N에 두 차례 공문을 보내 계약을 취소해 줄 것을 요청하였고, A이 매출을 취소해 주지 않아 2020년 제1기 확정 부가가치세 신고 시 A으로부터 수취한 매입세금계산서 OOO원과 C에 발행한 매출세금계산서 OOO원을 포함하지 않고 신고하였다.

    바) 대금은 최종 매출처인 C에서 지급받아 순차적으로 다음 단계로 지급하는 것으로 되어 있었으나, C가 대금을 지급하지 않아 대금수수 사실은 나타나지 아니한다.

   2) D에 대한 조사청의 조사내용

    1) D는 I로부터 CS-SW-P2000 품목 50개를 공급가액 OOO원에 매입한 후 같은 날(2020.4.29.) A에게 공급가액 OOO원에 공급한 것으로 하여 세금계산서를 발행하였으나, I은 위 품목 50개를 공급받은 내역이 없다.

    2) D는 O로부터 데이터브릿지SW 100개를 공급가액 OOO원에 공급받아 같은 날(2020.4.29.) A에게 OOO원에 공급한 것으로 하여 세금계산서를 발행하였으나, O는 위 부품을 공급받은 내역이 없다.

    3) D는 A에게 공급한 Unity 300H 2ro, DD6300 U120TB 1개, Net Worker 1개를 구입한 내역이 없다.

    4) D가 A에게 공급한 부품 중 하드웨어의 경우 단종되어서 A/S가 불가능(보증기간이 만료되었을 뿐만 아니라 작동이 불가능)한 2009년 생산품이거나 2017년～2018년 생산품이며, 소프트웨어의 경우 해당 소프트웨어를 다운받을 수 있는 사이트 또는 프로그램이 없어 구동할 수 없는 하자 있는 부품이 공급되었지만, A은 D의 실질 대표자 M으로부터 6%의 유통마진을 보장받는 제안을 받고 견적서와 세금계산서만 수취하였기 때문에 이러한 하자 부품을 파악하지도 못했고, D에서 A과 청구법인을 거치지 않고 최종 매출처인 C로 직접 부품이 이동되어 A은 도관회사의 역할만 하였으므로 가공매입으로 확정하였다.

   3) 청구법인에 대한 조사청의 조사내용

    1) 청구법인은 2020.4.29. A으로부터 수취한 부품과 자체적으로 납품하기로 한 공급가액 OOO원을 추가해서 C에게 공급가액 OOO원의 세금계산서를 발행하였으나 2020.6.30. 계약 해제를 원인으로 매출을 감소하는 부(-)의 수정세금계산서를 발행하였다.

    2) D 실질 대표자 M과 최종 매출처인 C 대표이사 G이 공모하여 처음부터 실체가 없는 쟁점사업의 중간단계에 A과 청구법인을 끼워넣어 부품을 공급하였다.

  (바) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

    1) 청구법인은 관련 재판의 기록 등을 통해 쟁점매입거래①과 쟁점매출거래가 ‘4자간 합의 조건’에 따라 순차적으로 진행된 명백한 실물 거래임이 확인된다고 주장하며, A이 D를 상대로 서울남부지방법원에 제기한 채무부존재확인소송의 판결문(서울남부지방법원 OOO) 및 소장, 준비서면 등 재판기록, A이 청구법인을 상대로 서울남부지방법원에 제기한 물품대금 사건의 판결문(서울남부지방법원 OOO)및 소장 등 재판기록을 제출하였고, 청구법인이 제출한 증빙의 주요내용과 입증취지를 정리하면 아래 <표4>와 같다.

<표4> 청구법인이 제출한 증빙의 주요내용과 입증취지

○○○

  (다) 청구법인이 제출한 서울구로경찰서장의 불송치 통지서(2025.11.3.)에 의하면, 처분청은 2025.4.22. 쟁점거래에 대하여 청구법인을 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 서울구로경찰서장에게 고발하였고, 이에 서울구로경찰서장은 2025.11.3. “불송치(혐의없음)”로 수사결과를 통지(OOO)한 것으로 확인된다.

 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다.

  (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 비록 계약이 해제되어 대금을 지급받지 못하였으나, 실제 물품이 C에게 납품된 사실이 확인되고, 쟁점매입거래①과 쟁점매출거래와 관련하여 수정세금계산서를 발급 및 수취하였으며, 거래처의 사기와 기망에 의한 피해자인 점 등에 비추어 볼때, 쟁점세금계산서를 실제 재화나 용역의 공급 없이 가공거래에 따라 발행된 세금계산서로 보아 가산세(공급가액 3%)를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나,

  조사청의 조사결과 쟁점물품의 거래는 I 및 D의 실질 대표자 M과 최종 매출처 C의 대표이사 G이 공모하여 실체가 없는 데이터센터사업을 계획하고 일정 수수료를 보장하는 조건으로 중간단계에 A과 청구법인 두 업체를 끼워 넣어 도관역할을 하도록 한 것으로 조사된 점, 쟁점물품의 거래는 D, A, 청구법인, C로 재화를 공급하는 것과 같은 외관을 취하고 있으나 중간 단계의 A과 청구법인과 관련한 거래는 형식에 불과한 ‘끼워넣기 거래’로서 세금계산서만 수수한 것으로 조사청 등의 조사 결과에 의하여 확인된 점, 청구법인이 A이나 B로부터 실제 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 세금계산서만 수취한 것으로 나타나고, 청구법인이 제시한 자료만으로는 청구법인이 자기책임 하에 A과 B로부터 재화나 용역을 공급받고 C에 공급한 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점세금계산서를 실제 재화나 용역의 공급 없이 발행된 세금계산서로 보아 가산세(공급가액 3%)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

  (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 설령 쟁점거래를 가공거래로 보더라도, 매입거래① 거래 과정에서 공급자인 A의 사업자등록 및 그 명의 계좌를 확인하고 거래하였고, 부당하게 매입세액을 공제받거나 손금으로 계상한 사실도 없으며, 정상적인 계약해제가 있음에도 N이 고의적으로 수정세금계산서를 발행하지 않고 대금 편취를 목적으로 청구법인에게 소송을 제기한 점 등을 고려한다면, 청구법인을 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장하나,

  부가가치세 과세대상에서 제외되는 선의의 거래대상자라 함은 세금계산서의 실물거래를 한 사실과 청구법인이 상대방을 신뢰할 수밖에 없을 정도가 제출증빙 등으로 확인되어, 청구법인의 잘못을 탓할 수 없을 때 인정되는 것이며, 세금계산서상의 공급자가 실제로 재화를 공급하는 자가 아니라는 사실을 알지 못하였고, 그 알지 못한 데에 과실이 없어야 하는바(조심 2010중2716, 2011.1.18., 같은 뜻임),

  쟁점거래는 실제 재화나 용역의 공급이 없는 가공거래로 보이고, 청구법인이 거래 과정에서 거래 상대방의 기망 등으로 인하여 피해를 보았다는 사정만으로는 선의의 거래당사자로 인정하기 어려우며, 달리 청구법인이 선의의 거래당사자로서 정당한 주의의무를 다하였음이 청구법인 제시하는 자료에 의하여 객관적으로 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.